Name: reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (rt-lamp) assay for the specific and rapid detection of tilapia lake virus
Uploaded: 2020-05-18T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification RT-LAMP Assay for the Specific and Rapid Detection of Tilapia Lake Virus at JoVE.com

Proje mali Tayland Araştırma Fonu (TRF) hibe numarası RDG6050078 ve Merkezi Tarım ve Gıda İleri Çalışmalar, İleri Çalışmalar Enstitüsü, Kasetsart Üniversitesi, Bangkok, Tayland Yüksek Öğretim Araştırma Teşvik ve Ulusal Araştırma Üniversitesi Projesi, Yüksek Öğretim Komisyonu Ofisi, Eğitim Bakanlığı, Tayland altında finanse edilmektedir. Araştırma kısmen Kasetsart Üniversitesi Lisansüstü Programı Bursu ile desteklenmiştir. Yazarlar dr Kwanrawee Sirikanchana video ve Piyawatchara Sikarin video düzenleme için konuşma için teşekkür etmek istiyorum.

Hayvan dokusu kullanımını içeren bu deney, Bangkok, Tayland'daki Kasetsart Üniversitesi Kurumsal Hayvan Bakım ve Kullanım Komitesi tarafından onaylanmıştır (protokol numarası ACKU61-VET-009).
1. Doku toplama
<ol><li>Aşırı dozda karanfil yağı (yani 3 mL/L'den fazla) kullanarak tilapia balığı namına ötenazi. Triain metansülfonat karanfil yağı alternatif olarak kullanılabilir.</li>
	<li>Postmortem tilapia'nın karnını açmak ve yaklaşık 30-50 mg karaciğer dokusu ?...

<ol>
	<li>Surachetpong, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Outbreaks+of+Tilapia+Lake+Virus+Infection,+Thailand,+2015-2016.">Outbreaks of Tilapia Lake Virus Infection, Thailand, 2015-2016.</a> Emerging Infectious Diseases. 23 (6), 1031-1033 (2017).</li><li>Eyngor, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+novel+RNA+virus+lethal+to+tilapia.">Identification of a novel RNA virus lethal to tilapia.</a> Journal of Clinical Microbiology. 52 (12), 4137-4146 (2014).</li><li>Adams, M. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Changes+to+taxonomy+and+the+International+Code+of+Virus+Classification+and+Nomenclature+ratified+by+the+International+Committee+on+Taxonomy+of+Viruses+(2017).">Changes to taxonomy and the International Code of Virus Classification and Nomenclature ratified by the International Committee on Taxonomy of Viruses (2017).</a> Archives of Virology. 162 (8), 2505-2538 (2017).</li><li>Bacharach, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+a+Novel+Orthomyxo-like+Virus+Causing+Mass+Die-Offs+of+Tilapia.">Characterization of a Novel Orthomyxo-like Virus Causing Mass Die-Offs of Tilapia.</a> MBio. 7 (2), 00431 (2016).</li><li>Jaemwimol, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Susceptibility+of+important+warm+water+fish+species+to+tilapia+lake+virus+(TiLV)+infection.">Susceptibility of important warm water fish species to tilapia lake virus (TiLV) infection.</a> Aquaculture. 497, 462-468 (2018).</li><li>Giews, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+Information+and+Early+Warning+System+On+Food+And+Agriculture.">Global Information and Early Warning System On Food And Agriculture.</a> Food and Agriculture Organization of the United Nations. , (2017).</li><li>Al-Hussinee, L., Subramaniam, K., Ahasan, M. S., Keleher, B., Waltzek, T. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Complete+Genome+Sequence+of+a+Tilapia+Lake+Virus+Isolate+Obtained+from+Nile+Tilapia+(Oreochromis+niloticus).">Complete Genome Sequence of a Tilapia Lake Virus Isolate Obtained from Nile Tilapia (Oreochromis niloticus).</a> Genome Announcements. 6 (26), (2018).</li><li>Thammatorn, W., Rawiwan, P., Surachetpong, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Minimal+risk+of+tilapia+lake+virus+transmission+via+frozen+tilapia+fillets.">Minimal risk of tilapia lake virus transmission via frozen tilapia fillets.</a> Journal of Fish Diseases. 42 (1), 3-9 (2019).</li><li>Fathi, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+Tilapia+Lake+Virus+in+Egypt+in+Nile+tilapia+affected+by+'summer+mortality'+syndrome.">Identification of Tilapia Lake Virus in Egypt in Nile tilapia affected by 'summer mortality' syndrome.</a> Aquaculture. 473, 430-432 (2017).</li><li>Tattiyapong, P., Sirikanchana, K., Surachetpong, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+validation+of+a+reverse+transcription+quantitative+polymerase+chain+reaction+for+tilapia+lake+virus+detection+in+clinical+samples+and+experimentally+challenged+fish.">Development and validation of a reverse transcription quantitative polymerase chain reaction for tilapia lake virus detection in clinical samples and experimentally challenged fish.</a> Journal of Fish Diseases. 41 (2), 255-261 (2018).</li><li>Waiyamitra, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+TaqMan+RT-qPCR+assay+for+tilapia+lake+virus+(TiLV)+detection+in+tilapia.">A TaqMan RT-qPCR assay for tilapia lake virus (TiLV) detection in tilapia.</a> Aquaculture. 497, 184-188 (2018).</li><li>Kembou Tsofack, J. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+Tilapia+Lake+Virus+in+Clinical+Samples+by+Culturing+and+Nested+Reverse+Transcription-PCR.">Detection of Tilapia Lake Virus in Clinical Samples by Culturing and Nested Reverse Transcription-PCR.</a> Journal of Clinical Microbiology. 55 (3), 759-767 (2017).</li><li>Dong, H. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Emergence+of+tilapia+lake+virus+in+Thailand+and+an+alternative+semi-nested+RT-PCR+for+detection.">Emergence of tilapia lake virus in Thailand and an alternative semi-nested RT-PCR for detection.</a> Aquaculture. 476, 111-118 (2017).</li><li>Notomi, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Loop-mediated+isothermal+amplification+of+DNA.">Loop-mediated isothermal amplification of DNA.</a> Nucleic Acids Research. 28 (12), 63 (2000).</li><li>Mori, Y., Notomi, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Loop-mediated+isothermal+amplification+(LAMP):+a+rapid,+accurate,+and+cost-effective+diagnostic+method+for+infectious+diseases.">Loop-mediated isothermal amplification (LAMP): a rapid, accurate, and cost-effective diagnostic method for infectious diseases.</a> Journal of Infection and Chemotherapy. 15 (2), 62-69 (2009).</li><li>Mori, Y., Nagamine, K., Tomita, N., Notomi, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+loop-mediated+isothermal+amplification+reaction+by+turbidity+derived+from+magnesium+pyrophosphate+formation.">Detection of loop-mediated isothermal amplification reaction by turbidity derived from magnesium pyrophosphate formation.</a> Biochemical and Biophysical Research Communications. 289 (1), 150-154 (2001).</li><li>Caipang, C. M., Haraguchi, I., Ohira, T., Hirono, I., Aoki, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+detection+of+a+fish+iridovirus+using+loop-mediated+isothermal+amplification+(LAMP).">Rapid detection of a fish iridovirus using loop-mediated isothermal amplification (LAMP).</a> Journal of Virological Methods. 121 (2), 155-161 (2004).</li><li>Soliman, H., El-Matbouli, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+inexpensive+and+rapid+diagnostic+method+of+Koi+Herpesvirus+(KHV)+infection+by+loop-mediated+isothermal+amplification.">An inexpensive and rapid diagnostic method of Koi Herpesvirus (KHV) infection by loop-mediated isothermal amplification.</a> Virology Journal. 2, 83 (2005).</li><li>Gunimaladevi, I., Kono, T., Venugopal, M. N., Sakai, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+koi+herpesvirus+in+common+carp,+Cyprinus+carpio+L.,+by+loop-mediated+isothermal+amplification.">Detection of koi herpesvirus in common carp, Cyprinus carpio L., by loop-mediated isothermal amplification.</a> Journal of Fish Diseases. 27 (10), 583-589 (2004).</li><li>Gunimaladevi, I., Kono, T., Lapatra, S. E., Sakai, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+loop+mediated+isothermal+amplification+(LAMP)+method+for+detection+of+infectious+hematopoietic+necrosis+virus+(IHNV)+in+rainbow+trout+(Oncorhynchus+mykiss).">A loop mediated isothermal amplification (LAMP) method for detection of infectious hematopoietic necrosis virus (IHNV) in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss).</a> Archives of Virology. 150 (5), 899-909 (2005).</li><li>Kono, T., Savan, R., Sakai, M., Itami, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+white+spot+syndrome+virus+in+shrimp+by+loop-mediated+isothermal+amplification.">Detection of white spot syndrome virus in shrimp by loop-mediated isothermal amplification.</a> Journal of Virological Methods. 115 (1), 59-65 (2004).</li><li>Soliman, H., El-Matbouli, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reverse+transcription+loop-mediated+isothermal+amplification+(RT-LAMP)+for+rapid+detection+of+viral+hemorrhagic+septicaemia+virus+(VHS).">Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) for rapid detection of viral hemorrhagic septicaemia virus (VHS).</a> Veterinary Microbiology. 114 (3-4), 205-213 (2006).</li><li>Yeh, H. Y., Shoemaker, C. A., Klesius, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+a+loop-mediated+isothermal+amplification+method+for+rapid+detection+of+channel+catfish+Ictalurus+punctatus+important+bacterial+pathogen+Edwardsiella+ictaluri.">Evaluation of a loop-mediated isothermal amplification method for rapid detection of channel catfish Ictalurus punctatus important bacterial pathogen Edwardsiella ictaluri.</a> Journal of Microbiological Methods. 63 (1), 36-44 (2005).</li><li>Yeh, H. Y., Shoemaker, C. A., Klesius, P. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sensitive+and+rapid+detection+of+Flavobacterium+columnare+in+channel+catfish+Ictalurus+punctatus+by+a+loop-mediated+isothermal+amplification+method.">Sensitive and rapid detection of Flavobacterium columnare in channel catfish Ictalurus punctatus by a loop-mediated isothermal amplification method.</a> Journal of Applied Microbiology. 100 (5), 919-925 (2006).</li><li>Sun, Z. F., Hu, C. Q., Ren, C. H., Shen, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sensitive+and+rapid+detection+of+infectious+hypodermal+and+hematopoietic+necrosis+virus+(IHHNV)+in+shrimps+by+loop-mediated+isothermal+amplification.">Sensitive and rapid detection of infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus (IHHNV) in shrimps by loop-mediated isothermal amplification.</a> Journal of Virological Methods. 131 (1), 41-46 (2006).</li><li>Shivappa, R. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+spring+viraemia+of+carp+virus+(SVCV)+by+loop-mediated+isothermal+amplification+(LAMP)+in+koi+carp,+Cyprinus+carpio+L.">Detection of spring viraemia of carp virus (SVCV) by loop-mediated isothermal amplification (LAMP) in koi carp, Cyprinus carpio L.</a> Journal of Fish Diseases. 31 (4), 249-258 (2004).</li><li>Wei, X. N., Zheng, Z. J., Zhang, L. H., Qu, F., Huang, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sensitive+and+rapid+detection+of+Aeromonas+caviae+in+stool+samples+by+loop-mediated+isothermal+amplification.">Sensitive and rapid detection of Aeromonas caviae in stool samples by loop-mediated isothermal amplification.</a> Diagnostic Microbiology and Infectious Disease. 60 (1), 113-116 (2008).</li><li>Chinabut, S., Puttinaowarat, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+choice+of+disease+control+strategies+to+secure+international+market+access+for+aquaculture+products.">The choice of disease control strategies to secure international market access for aquaculture products.</a> Developmental Biology. 121, 255-261 (2005).</li><li>Soto, E., Yun, S., Surachetpong, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Susceptibility+of+Tilapia+Lake+Virus+to+buffered+Povidone-iodine+complex+and+chlorine.">Susceptibility of Tilapia Lake Virus to buffered Povidone-iodine complex and chlorine.</a> Aquaculture. 512, 734342 (2019).</li><li>Jaemwimol, P., Sirikanchana, K., Tattiyapong, P., Mongkolsuk, S., Surachetpong, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Virucidal+effects+of+common+disinfectants+against+tilapia+lake+virus.">Virucidal effects of common disinfectants against tilapia lake virus.</a> Journal of Fish Diseases. 42 (10), 1383-1389 (2019).</li><li>Jansen, M. D., Dong, H. T., Mohan, C. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tilapia+lake+virus:+a+threat+to+the+global+tilapia+industry.">Tilapia lake virus: a threat to the global tilapia industry.</a> Reviews in Aquaculture. 11 (3), 725-739 (2019).</li><li>Yin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+simple+and+rapid+reverse+transcription-loopmediated+isothermal+amplification+(RT-LAMP)+assay+for+sensitive+detection+of+tilapia+lake+virus.">Development of a simple and rapid reverse transcription-loopmediated isothermal amplification (RT-LAMP) assay for sensitive detection of tilapia lake virus.</a> Journal of Fish Diseases. 42 (6), 817-824 (2019).</li><li>Savan, R., Kono, T., Itami, T., Sakai, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Loop-mediated+isothermal+amplification:+an+emerging+technology+for+detection+of+fish+and+shellfish+pathogens.">Loop-mediated isothermal amplification: an emerging technology for detection of fish and shellfish pathogens.</a> Journal of Fish Diseases. 28 (10), 573-581 (2005).</li><li>Phusantisampan, T., Tattiyapong, P., Mutrakulcharoen, P., Sriariyanun, M., Surachetpong, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+detection+of+tilapia+lake+virus+using+a+one-step+reverse+transcription+loop-mediated+isothermal+amplification+assay.">Rapid detection of tilapia lake virus using a one-step reverse transcription loop-mediated isothermal amplification assay.</a> Aquaculture. 507, 35-39 (2019).</li><li>Liamnimitr, P., Thammatorn, W., U-thoomporn, S., Tattiyapong, P., Surachetpong, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Non-lethal+sampling+for+Tilapia+Lake+Virus+detection+by+RT-qPCR+and+cell+culture.">Non-lethal sampling for Tilapia Lake Virus detection by RT-qPCR and cell culture.</a> Aquaculture. 486, 75-80 (2018).</li><li>Yin, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+simple+and+rapid+reverse+transcription-loopmediated+isothermal+amplification+(RT-LAMP)+assay+for+sensitive+detection+of+tilapia+lake+virus.">Development of a simple and rapid reverse transcription-loopmediated isothermal amplification (RT-LAMP) assay for sensitive detection of tilapia lake virus.</a> Journal of Fish Diseases. 42 (6), 817-824 (2019).</li><li>Khan, R. S. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+detection+of+infectious+bursal+disease+by+loop-mediated+isothermal+amplification+for+field+analysis.">Rapid detection of infectious bursal disease by loop-mediated isothermal amplification for field analysis.</a> Iranian Journal of Veterinary Research. 19 (2), 101-107 (2018).</li><li>Nagamine, K., Hase, T., Notomi, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Accelerated+reaction+by+loop-mediated+isothermal+amplification+using+loop+primers.">Accelerated reaction by loop-mediated isothermal amplification using loop primers.</a> Molecular and Cellular Probes. 16 (3), 223-229 (2002).</li><li>Debode, F., Marien, A., Janssen, E., Bragard, C., Berben, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+influence+of+amplicon+length+on+real-time+PCR+results.">The influence of amplicon length on real-time PCR results.</a> Biotechnology, Agronomy, Society and Environment. 21 (1), 3-11 (2017).</li></ol>

Kültür balıkçılığı endüstrisi sürekli önemli ekonomikkayıplaraneden viral enfeksiyonlar tarafından tehdit edilir9,23,28. Örneğin, ortaya çıkan TiLV dünyanın birçok yerinde tilapia üreten ülkeler için büyük bir tehdit oluşturmaktadır1,6,9. Şimdiye kadar, TiLVD önlemek için özel bir tedavi mevcut olmuştur. ...

Tilapia lake virus disease (TiLVD) tilapia viral bir hastalıktır(Oreochromis spp.) bildirildiğine göre Asya1dahil olmak üzere dünyanın birçok bölgesinde tilapia ölümlerine nedenolan,Dahil Asya 1 ,2,Afrika, ve Amerika. Hastalık ilk olarak 2009 yılında İsrail'de tilapia'nın kitlesel mortalitesi sırasında tanındı ve Kinneret Gölü'ndeki yabani tilapia sayısıyılda257'den 8 tona düştü. Hastalık tilapia göl virüsü neden olur (TiLV), hangi aile Amnoonviridae yeni bir cins Tilapinevirus ve yeni bir tür Tilapia tilapinevirusolarak atanmıştır3. TiLV genetik karakterizasyonu virüs 10 proteinler1,2,,4kodlama 10 segmentleri olan yeni bir zarflı, negatif-sense, tek iplikli RNA virüsü olduğunu gösterdi. Sarotherodoncinsi tilapia çeşitli türler , Oreochromis, ve Tilapine ve diğer sıcak su balıkları (örneğin, dev gourami(Osphronemus goramy)) TiLV duyarlı olduğu gösterilmiştir2,5. Şu anda, bu virüs küresel yayılmaya devam ediyor, muhtemelen enfekte canlı balık hareketi ile6,7, dondurulmuş tilapia veya ürün yoluyla viral iletim riski sınırlı iken8. TiLV enfeksiyonuna bağlı önemli mortalite, tilapia endüstrisi üzerinde önemli ölçüde zararlı bir ekonomik etkiye sahip olabilir. Örneğin, Mısır'da TiLV enfeksiyonu ile ilişkili yaz mortalite sendromunun ekonomik etkisi 100milyon9 ABD Doları olarak hesaplanmıştır. Bu nedenle balık çiftliklerinde bu hastalığın kontrolünü kolaylaştırmak için hızlı ve uygun bir tanı yöntemi geliştirmek önemlidir.
Şimdiye kadar TiLVD tanısı moleküler tahliller, viral izolasyon ve histopatolojiye dayanıyordu. TiLV tanısı için farklı PCR protokolleri ve astarları geliştirilmiştir10,11. Örneğin, bir SYBR yeşil tabanlı ters transkripsiyon kantitatif PCR (RT-qPCR) yöntemi gibi az iki kopya / μL virüsün algılama duyarlılığı ile geliştirilmişve TiLV algılama için doğrulanmıştır10. TiLV tespiti için diğer PCR yöntemleri TaqMan kantitatif PCR11, RT-PCR2, iç içe RT-PCR12, ve yarı iç içe RT-PCR13içerir. Ancak, bu yöntemler, reaksiyonların karmaşıklığı nedeniyle sonuç vermek için gelişmiş laboratuvar ekipmanı ve nispeten uzun süreler gerektirir, bu da onları saha uygulaması için uygun hale getirir.
Döngü aracılı izomal amplifikasyon (LAMP) testi hızlı, basit ve pratik alan uygulaması14,15. Teknik bir iplikçik yer değiştirme reaksiyonu prensibini kullanır, amplifikasyon reaksiyonu gelişmiş ve pahalı termal döngücü14olmadan izotermal koşullar altında çalışır iken,15. Sonuç olarak, güçlendirilmiş LAMP ürünleri veya RT-LAMP ürünleri, DNA veya RNA14'ün güvenli görüntülenmesi için floresan leke li agarose jel elektroforezi kullanılarak merdiven benzeri bantlarda veya bulanıklık veya beyaz çökelti 16,17,18varlığı için çıplak gözle gözlem de analiz edilir.18 Bu nedenlerden dolayı, bu teknik farklı balık patojenlerinin yerinde tespiti için kullanılmıştır17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27. Bu çalışmanın amacı TiLV tespiti için hızlı, hassas ve doğru bir RT-LAMP testi oluşturmaktır. RT-LAMP tne30 dakika içinde balık örneklerinde TiLV için tarama sunuyor. TiLVD tanı ve gözetimi için teknik uygulanabilir.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" style="width:961px;" width="961">
	<colgroup>
		<col />
		<col />
		<col />
		<col />
	</colgroup>
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Tissue collection:</td>
			<td style="width:224px;"></td>
			<td style="width:188px;"></td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Clove oil</td>
			<td style="width:224px;">Better Pharma</td>
			<td style="width:188px;">N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:255px;">Tricaine methanesulfonate</td>
			<td style="width:224px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:188px;">E10521</td>
			<td>An alternative option to clove oil</td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:255px;">RNA extraction:</td>
			<td style="width:224px;"></td>
			<td style="width:188px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:255px;">Acid guanidinium-phenol based reagent (TRIzol reagent)</td>
			<td style="width:224px;">ThermoFisher Scientific Corp.</td>
			<td style="width:188px;">15596026</td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:255px;">Acid guanidinium-phenol based reagent (GENEzol reagent)</td>
			<td style="width:224px;">Geneaid</td>
			<td style="width:188px;">GZR100</td>
			<td style="width:295px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Direct-zol RNA Kit:</td>
			<td style="width:224px;">Zymo Research</td>
			<td style="width:188px;">R2071</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">- Direct-zol RNA PreWash</td>
			<td style="width:224px;"></td>
			<td style="width:188px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">- RNA Wash Buffer</td>
			<td style="width:224px;"></td>
			<td style="width:188px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">- DNase/RNase-free water</td>
			<td style="width:224px;"></td>
			<td style="width:188px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">- Zymo-spin IIICG columns</td>
			<td style="width:224px;"></td>
			<td style="width:188px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:255px;">- Collection Tubes</td>
			<td style="width:224px;"></td>
			<td style="width:188px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:255px;">RT-LAMP:</td>
			<td style="width:224px;"></td>
			<td style="width:188px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">1x SD II reaction buffer</td>
			<td style="width:224px;">Biotechrabbit</td>
			<td style="width:188px;">BR1101301</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="25">
			<td height="25" style="height:25px;width:255px;">Magnesium sulfate (MgSO4)</td>
			<td style="width:224px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:188px;">7487-88-9</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">dNTP set</td>
			<td style="width:224px;">Bioline</td>
			<td style="width:188px;">BIO-39053</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Betaine</td>
			<td style="width:224px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:188px;">B2629</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:255px;">Calcein mixture</td>
			<td style="width:224px;">Merck</td>
			<td style="width:188px;">1461-15-0</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Bst DNA polymerase</td>
			<td style="width:224px;">Biotechrabbit</td>
			<td style="width:188px;">BR1101301</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">AMV reverse transcriptase</td>
			<td style="width:224px;">Promega</td>
			<td style="width:188px;">M510A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Nuclease-free water</td>
			<td style="width:224px;">Invitrogen</td>
			<td style="width:188px;">10320995</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:255px;">Elite dry bath incubator, single unit</td>
			<td style="width:224px;">Major Science</td>
			<td style="width:188px;">EL-01-220</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:255px;">Gel electrophoresis:</td>
			<td style="width:224px;"></td>
			<td style="width:188px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Agarose</td>
			<td style="width:224px;">Vivantis Technologies</td>
			<td style="width:188px;">PC0701-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Tris-borate-EDTA (TBE) buffer</td>
			<td style="width:224px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:188px;">SRE0062</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Tris-acetic-EDTA (TAE) buffer:</td>
			<td style="width:224px;"></td>
			<td style="width:188px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">- Tris</td>
			<td style="width:224px;">Vivantis Technologies</td>
			<td style="width:188px;">PR0612-1KG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">- Acetic acid (glacial), EMSURE</td>
			<td style="width:224px;">Merck Millipore</td>
			<td style="width:188px;">1000632500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:255px;">- Disodium Ethylenediaminetetraacetate dihydrate (EDTA), Vetec</td>
			<td style="width:224px;">Sigma-Aldrich</td>
			<td style="width:188px;">V800170-500G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Neogreen</td>
			<td style="width:224px;">NeoScience Co., Ltd.</td>
			<td style="width:188px;">GR107</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">DNA gel loading dye (6X)</td>
			<td style="width:224px;">ThermoFisher Scientific Corp.</td>
			<td style="width:188px;">R0611</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">DNA ladder and markers</td>
			<td style="width:224px;">Vivantis Technologies</td>
			<td style="width:188px;">PC701-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:255px;">Mini Ready Sub-Cell GT (Horizontal electrophoresis system)</td>
			<td style="width:224px;">Bio-Rad</td>
			<td style="width:188px;">1704487</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">PowerPac HC power supply</td>
			<td style="width:224px;">Bio-Rad</td>
			<td style="width:188px;">1645052</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Gel Doc EZ System</td>
			<td style="width:224px;">Bio-Rad</td>
			<td style="width:188px;">1708270</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">UV sample tray</td>
			<td style="width:224px;">Bio-Rad</td>
			<td style="width:188px;">1708271</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:255px;">N&#945;BI imager</td>
			<td style="width:224px;">Neogene Science</td>
			<td style="width:188px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:255px;">cDNA synthesis:</td>
			<td style="width:224px;"></td>
			<td style="width:188px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">ReverTra Ace qPCR RT Kit</td>
			<td style="width:224px;">Toyobo</td>
			<td style="width:188px;">FSQ-101</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Viva cDNA Synthesis Kit</td>
			<td style="width:224px;">Vivantis Technologies</td>
			<td style="width:188px;">cDSK01</td>
			<td>An alternative option for cDNA synthesis</td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:255px;">NanoDrop2000 (microvolume spectrophotometer)</td>
			<td style="width:224px;">ThermoFisher Scientific Corp.</td>
			<td style="width:188px;">ND-2000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:255px;">T100 Thermal Cycler</td>
			<td style="width:224px;">Bio-Rad</td>
			<td style="width:188px;">1861096</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:255px;">RT-qPCR:</td>
			<td style="width:224px;"></td>
			<td style="width:188px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">iTaq Universal SYBR Green Supermix</td>
			<td style="width:224px;">Bio-Rad</td>
			<td style="width:188px;">1725120</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Nuclease-free water, sterile water</td>
			<td style="width:224px;">MultiCell</td>
			<td style="width:188px;">809-115-CL</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">8-tube PCR strips, white</td>
			<td style="width:224px;">Bio-Rad</td>
			<td style="width:188px;">TLS0851</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Flat PCR tube 8-cap strips, optical</td>
			<td style="width:224px;">Bio-Rad</td>
			<td style="width:188px;">TCS0803</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:255px;">CFX96 Touch Thermal Cycler</td>
			<td style="width:224px;">Bio-Rad</td>
			<td style="width:188px;">1855196</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:22px;width:255px;">General equipment and materials:</td>
			<td style="width:224px;"></td>
			<td style="width:188px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Mayo scissors</td>
			<td style="width:224px;"></td>
			<td style="width:188px;">N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Forceps</td>
			<td style="width:224px;"></td>
			<td style="width:188px;">N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Vortex Genie 2 (vortex mixer)</td>
			<td style="width:224px;">Scientific Industries</td>
			<td style="width:188px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Microcentrifuge LM-60</td>
			<td style="width:224px;">LioFuge</td>
			<td style="width:188px;">CM610</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Corning LSE mini microcentrifuge</td>
			<td style="width:224px;">Corning</td>
			<td style="width:188px;">6765</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Pipettes</td>
			<td style="width:224px;">Rainin</td>
			<td style="width:188px;">Pipete-Lite XLS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">QSP filtered pipette tips</td>
			<td style="width:224px;">Quality Scientific Plastics</td>
			<td style="width:188px;">TF series</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:255px;">Corning Isotip filtered tips</td>
			<td style="width:224px;">Merck</td>
			<td style="width:188px;">CLS series</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="43">
			<td height="43" style="height:43px;width:255px;">Nuclease-free 1.5 mL microcentrifuge tubes, NEST</td>
			<td style="width:224px;">Wuxi NEST Biotechnology</td>
			<td style="width:188px;">615601</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (rt-lamp) assay for the specific and rapid detection of tilapia lake virus

Tilapia lake virus (TiLV) tarafından ortaya çıkan tilapia viral hastalığı olan Tilapia lake virus hastalığı (TiLVD), dünyanın birçok yerinde tilapia'nın kitlesel morbidite ve mortalitelerine yol açan kültür balıkçılığı endüstrisinde kalıcı bir sorundur. Bu nedenle tilv enfeksiyonu için etkili, hızlı ve doğru bir tanı testi ilk enfeksiyonu tespit etmek ve kültür balıkçılığı tarımında hastalığın yayılmasını önlemek için gereklidir. Bu çalışmada balık dokusunda tilapia göl virüsünü saptamak için son derece hassas ve pratik ters transkripsiyon döngü aracılı izotermal amplifikasyon (RT-LAMP) yöntemi sunulmuştur. Enfekte örneklerin RT-qPCR ve RT-LAMP testlerinin karşılaştırılmasında 63 (%100) pozitif sonuç saptandı. ve 51 (%80,95) örnekleri, sırasıyla. Ayrıca, enfekte edilmemiş örneklerin analizi, 63 enfekte olmayan mendilin hem RT-qPCR hem de RT-LAMP tahlilleri için olumsuz sonuçlar verdiğini göstermiştir. Tilapia beş patojenile çapraz reaktivite RT-LAMP kullanılarak değerlendirildi ve tüm testler de negatif sonuçlar gösterdi. Enfekte balıklardan alınan karaciğer ve mukus örnekleri RT-LAMP yöntemi kullanılarak karşılaştırılabilir sonuçlar göstererek, mukusların rt-LAMP'de balık öldürmemek için öldürücü olmayan bir tahkikat olarak kullanılabileceğini düşündürmektedir. Sonuç olarak, sunulan RT-LAMP tahsinin tilapia dokusunda TiLV tespiti için etkili bir yöntem sağladığını göstermiştir. Bu nedenle bu yöntem, TiLV'nin hızlı tanısı için çiftliklerde bir tarama aracı olarak önerilir.

Bu çalışmada tilapia'da TiLV enfeksiyonunu saptamak için rt-LAMP teşbelli geliştirilmiştir. Test edilen numuneler 2015-2016 yılları arasında Tayland'ın farklı bölgelerinde bulunan 14 çiftlikten toplanmıştır. Enfekte ve enfekte olmayan balıklar öncelikle fiziksel tanılara ve semptomatik TiLVD'nin görünüşüne göre gruplandı. TiLV enfeksiyonu daha sonra toplama işleminden sonra RT-PCR kullanılarak doğrulandı. Agarose jel elektroforezi ve Parlak yeşil rengin saptanması LAMP amfikonslarının d...

Watch this Scientific Journal Video about Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification RT-LAMP Assay for the Specific and Rapid Detection of Tilapia Lake Virus at JoVE.com

Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification RT-LAMP Assay for the Specific and Rapid Detection of Tilapia Lake Virus

Geleneksel RT-PCR tekniklerine göre nispeten kısa bir süre boyunca basit aletler kullanarak tilapia balıklarında TiLV tespiti için bir RT-LAMP tayini salıyoruz. Bu protokol, özellikle gelişmekte olan ülkelerde TiLVD'nin salgınının kontrol altına alabiliyor.

Tilapia Lake Virüs Ünün Özel ve Hızlı Tespiti İçin Ters Transkripsiyon Döngü Aracılı İzomal Amplifikasyon (RT-LAMP) Testi

Tilapia lake virus disease (TiLVD), an emerging viral disease in tilapia caused by the tilapia lake virus (TiLV), is a persistent challenge in the ...

Tilapia gölü virüsü, tilapia ve melez türlerinde yüksek mortaliteye neden olan yeni ortaya çıkan bir virüs ve bulaşıcı patojendir. Tilapia birçok gelişmekte olan ülkeler için ana protein kaynağı olduğu gibi, yeni virüs enfeksiyonu tilapia kültür balıkçılığı için büyük bir etkisi vardır, ve aynı zamanda dünya gıda güvenliğini tehdit ediyor. Balık dokusunda virüsü tespit etmek için hızlı, doğru ve hassas bir yöntem geliştirilmesi, hastalığın kontrolüne yardımcı olacak ve virüsün etkisini azaltacaktır.Bu videoda, balık örneklerinde tilapia göl virüsünün hızlı bir şekilde saptanması için ters transkripsiyon döngü aracılı izomal amplifikasyon veya RT-LAMP testi göstereceğiz. İkinci bölüm, RNA çıkarma. İlk olarak, steril 1.5 mililitre mikrosantrifüj tüp içine karaciğer dokusunun 3250 miligram ekleyin, içeren 600 için 1000 mikrolitre asit guanidinium-fenol baz reaktif, ve homojen kadar kıyma.Santrifüj 10, 000 RCF 30 saniye için, ve yeni bir tüp içine supernatant aktarın. Tüpe %95 eşit hacim ekleyin ve iyice karıştırın. Çözeltiyi bir toplama tüpüne yerleştirilen bir spin sütununa aktarın, ardından 10,000 RCF'de 30 saniye santrifüj edin.Akışı atın ve sütunu yeni bir toplama tüpüne aktarın. Sütuna 400 mikrolitre RNA PreWash ekleyin ve 10,000 RCF'de 30 saniye santrifüj yapın. Akış tan atın ve bu adımı yineleyin.Sütuna 700 mikrolitrelik RNA Yıkama Tamponu ekleyin ve 10,000 RCF'de iki dakika santrifüj edin. Daha sonra, steril bir 1.5 mililitrelik mikrosantrifüj tüp içine sütun aktarın. Son olarak, 100 mikrolitre, nükleaz içermeyen su ve santrifüj ile sütun matrisiçine elute RNA 30 saniye boyunca 10,000 RCF.Üçüncü bölüm, astar tasarımı. PrimerExplorer Sürüm 4 verimli LAMP tasarımı için en yaygın biyoinformatik aracıdır, veya RT-LAMP astarlar, hangi yazılım için iyi kılavuzları kendi web sitesinde mevcuttur. Burada, dört özel astar, iki iç ve iki dış astar oluşan, TiLV segment 3 altı farklı bölgeleri tanımak için tasarlanmıştır, Tayland kökenli.Bağlantının videoda gösterildiği web sitesine girdikten sonra PrimerExplorer V4'e tıklayın. TiLV'nin 3. Oluştur düğmesine tıkladıktan sonra yazılım işlenir ve sonuçlar gösterecektir. LAMP amplifikasyon dizileri optimize edildikten sonra, toplamda, bir çift dış astar ve iki çift iç astar, TiLV enfeksiyonunu saptamak için bu çalışma için seçildi.Bu astar kümesi burada gösterilmiştir. Dördüncü bölüm, RT-LAMP'nin gösterimi. Tilapia göl virüsüne özgü RT-LAMP ana karışımı aşağıdaki kimyasallardan oluşmaktadır.Tabloda gösterilen kimyasalları kullanarak bir ana karışım hazırlayın. Steril 1.5 mililitrelik mikrosantrifüj tüp içine ana karışımı 22 mikrolitre dağıtın. Daha sonra, reaksiyon tüpüne üç mikrolitre RNA şablonu ekleyin.Negatif kontrol için RNA malzemeleri yerine distile su kullanın ve iyice karıştırın. Reaksiyonları 65 derecede 60 dakika, ardından 10 dakika boyunca 80 santigrat derece yedirin. 30 dakika kuluçkadan sonra kalorimetrik değişiklikler çıplak gözle görülür.Uygun olduğu durumlarda, 100 Voltluk bir sabitle çalışan jel elektroforezini %1,5 agarose jel üzerinde 40 dakika boyunca gerçekleştirerek RT-LAMP tahsin sonuçlarını doğrulayabiliriz, bu şekilde bir kilobaz çifti moleküler boyutlu DNA Merdiveni parça boyutunu belirlemek için bir belirteç olarak yüklenir. Bölüm beş, temsili sonuçlar ve yorumlama. 30 dakika kuluçkadan sonra, balık dokularında TiLV'nin pozitif amplifikasyonunu öneren tahıl floresan reaksiyonu, uv ışığı altındaki enfekte örneklerde 365 nanometre dalga boyunda, negatif kontroldekilerin ise net ve biraz renksiz bir çözeltiye sahip olduğu açık bir şekilde gözlenmiştir.Buna karşılık, RT-LAMP ürünlerinin amplifikasyonu agarose jel elektroforezinde doğrulandı, ters DNA tekrarlarının çoklu amplifikasyonlarının çeşitli boyutlarını gösteren, TiLV enfekte numunelerde UV lambası altında kök-döngü yapıları oluşturan, negatif kontrol kuyularında ise hiçbir bant görüntülenmedi, sonuçlar RT-LAMP testine uygun olarak yapıldı. Tilapia gölü virüsünün yayılmasını azaltmak için, etkili bir tanı yöntemi kullanarak bu enfekte balıkların hemen taranması önemli anahtarlardan biridir. Yani, yeni geliştirilen RT-LAMP testi biyogüvenlik önlemi sürecinde uygulanacak hızlı ve hassas bir tanı aracı sunmalıdır.Teşp laboratuvarda veya yerinde tesislerde kullanılabilir. Bu yöntemin, tilapia gölü virüsünün yayılmasının azalmasına yol açabilecek enfekte balık popülasyonunun taranması için uygulanacağını umuyoruz.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP) Assay for the Specific and Rapid Detection of Tilapia Lake Virus

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

Yapışkan bant tabanlı Örnekleme ve Floresans kombinasyonu In situ</emHızlı Algılama> Hibridizasyon Salmonella Taze üretin

This protocol describes a simple approach for adhesive-tape-based sampling of tomato and other fresh produce surfaces, followed by on-tape fluorescence in ...

Detection of Infectious Virus from Field-collected Mosquitoes by Vero Cell Culture Assay

Vero Hücre Kültür Testi ile Alan toplanan Sivrisinekler Enfeksiyon Virüs Algılama

Mosquitoes transmit a number of distinct viruses including important human pathogens such as West Nile virus, dengue virus, and chickungunya virus. Many ...

Microwave Assisted Rapid Diagnosis of Plant Virus Diseases by Transmission Electron Microscopy

Mikrodalga Transmisyon Elektron Mikroskobu ile Bitki Virüs Hastalıkları Hızlı Tanı Destekli

Investigations of ultrastructural changes induced by viruses are often necessary to clearly identify viral diseases in plants. With conventional sample ...

High-throughput Detection Method for Influenza Virus

Gribi için yüksek verimlilik Tespit Yöntemi

Influenza virus is a respiratory pathogen that causes a high degree of morbidity and mortality every year in multiple parts of the world. Therefore, ...

Rapid Screening of HIV Reverse Transcriptase and Integrase Inhibitors

HIV ters transkriptaz ve integraz inhibitörleri hızlı taranması

Although a number of anti HIV drugs have been approved, there are still problems with toxicity and drug resistance. This demonstrates a need to identify ...

Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) Assays for the Species-specific Detection of Eimeria that Infect Chickens

Loop-mediated Isothermal Amplification LAMP Assays for the Species-specific Detection of Eimeria that Infect Chickens

Türler özgü Algılama Loop-aracılı İzotermal Amplifikasyon (LAMP) Tahliller<em&gt; Eimeria</em&gt; Tavuklar bulaştırmak ki

Eimeria species parasites, protozoa which cause the enteric disease coccidiosis, pose a serious threat to the production and welfare of chickens. In the ...

Nasal Wipes for Influenza A Virus Detection and Isolation from Swine

Domuz influenza A virüs Algılama ve İzolasyonu için Burun Mendil

Surveillance for influenza A viruses in swine is critical to human and animal health because influenza A virus rapidly evolves in swine populations and ...

The Development of Lyophilized Loop-mediated Isothermal Amplification Reagents for the Detection of Coxiella burnetii

The Development of Lyophilized Loop-mediated Isothermal Amplification Reagents for the Detection of Coxiella burnetii

tespiti için Liyofilize Döngü aracılı İzotermal Amplifikasyon Reaktifler Gelişimi<em&gt; Coxiella burnetii</em

Coxiella burnetii, the agent causing Q fever, is an obligate intracellular bacterium. PCR based diagnostic assays have been developed for detecting C. ...

In Vivo Assay for Detection of Antigen-specific T-cell Cytolytic Function Using a Vaccination Model

In Vivo Assay for Detection of Antigen-specific T-cell Cytolytic Function Using a Vaccination Model

Vivo Tahlil antijen spesifik T-hücre Cytolytic işlevi bir aşı modeli kullanılarak tespiti için

Current methodologies for antigen-specific killing are limited to in vitro use or utilized in infectious disease models. However, there is not a protocol ...

Zika Virus Specific Diagnostic Epitope Discovery

Zika virüs belirli tanılama Epitope bulma

High-density peptide microarrays allow screening of more than six thousand peptides on a single standard microscopy slide. This method can be applied for ...