Name: x-ray crystallography to study the oligomeric state transition of the thermotoga maritima m42 aminopeptidase tmpep1050
Uploaded: 2020-05-13T14:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about X-Ray Crystallography to Study the Oligomeric State Transition of the Thermotoga maritima M42 Aminopeptidase TmPep1050 at JoVE.com

우리는이 논문을 교정하고 건설적인 의견을 주는 마틴 로버에게 감사드립니다. Proxima 2 빔라인(SOLEIL 싱크로트론)에 대한 액세스는 블록 할당 그룹 20151139 내에 있었습니다.

1. 재조합 TmPep1050의 생산 및 정화
참고: 이하 복제 절차 및 이전 연구에서 적응된 야생형 TmPep1050의정화(11)를설명한다. 대안적으로, 복제는 합성 유전자를 사용하여 수행 될 수있다. TmPep1050 변종을 생성하기 위해, 사이트 지향 돌연변이 발생은 병렬 프로토콜(SPRINP)방법(30)에서단일 프라이머 반응과 같은 다음 수행될 수 있다. 정제 프로토콜은 T...

본 명세서에 기재된 프로토콜은 구조 수준에서 TmPep1050의 디머-도데카메르 전환을 이해할 수 있게 한다. 방법론은 TmPep1050 올리고머11의구조를 결정하기 위해 이전에 경험되었다. 가장 어려운 단계는 안정적인 디머로 도데카운더의 해리를 촉진하는 조건을 찾는 것이었습니다. 이러한 조건은 금속 이온 공동 인자가 추가 될 때 디머가 dodecamers로 재결합 할 수있을만큼 온화했다. 올?...

올리고머화는 많은 단백질의 생물학적 기능을 지시하는 지배적인 과정입니다. 대장균에서는단백질의 35%만이 단황1인것으로 추정됩니다. 모르피인이라고 불리는 일부 단백질은 각 올리고메릭 상태2에서뚜렷한 구조를 갖는 하위 단위를 가진 여러 올리고메릭 상태를 채택할 수도 있다. 그들의 올리고메릭 상태 사이 전환은 수시로 각 올리고머 국가가 다른 특정 활동 또는 기능을 가질 수 있기 때문에 단백질 활동을 통제하는 평균입니다. 모페에인의 몇 가지 예는 문학, 특히 포르포빌리노겐 신타제3,HPr 키나아제/포스파타제4,론 프로테아제5,락테이트 탈수소효소6,글리세랄데히드-3-인산염 탈수소효소7,피루바테 키나제8,피루바테 키나제 8, 표루바테 키나테 레카제 8, 피루바테 키나테스 8, 카테카테 키나테스10,카테카테 레테이트에이질성 에서 잘 문서화되어 있다. 최근에는 M42 아미노펩티다아제 TmPep1050을 설명했는데, 모피인과 같은 행동을 가진 효소의 또 다른 예는 그의 활동이 올리고메릭상태(11)에의존한다. 그것의 oligomeric 상태 사이 전환은 하위 단위의 몇몇 구조적인 수정을 유도하는 그것의 금속 공동 인자에 의해 중재됩니다.
M42 아미노펩티다아제 가족은 MH 클랜12,13에속하며 박테리아와고고학(14)에널리 분포되어 있다. M42 아미노펩티다스는 펩티드를 분해하는 정품 이핵 효소로, 길이15의아미노산 잔기는 최대 35개까지 이다. 12개의 서브유닛으로 만들어진 독특한 테트라헤드론 모양의 구조를 채택하고, 내부 캐비티를 지향하는 활성 부위를 가지고 있습니다. 이러한 배열은 종종 제어되지 않는 프로테오리시스를 피하기 위해 활성의 나노 구획화로 설명된다. M42 아미노펩티다스의 생리적 기능은 단백질분해(16,17)에서발생하는 프로테솜, 가수분해 펩타이드와 연관될 수 있다. 피로코커스 호리코시이는 4개의 M42 아미노펩티다아제(aminopeptidases)를 보유하고 있으며, 각각 구별되지만 보완적인특이성(18,19,20,21)을제시한다. 단수적으로, 두 가지 유형의 서브유닛으로 만든 이종복합체는 P. horikoshii에설명되어 있으며, 펩티다섬복합체(22,23)의존재를 시사한다.
M42 아미노펩티다제의 여러 구조는 문헌(11,16,18,19,20,24,25, 25,26)에기재되었다. 하위 단위는 두 개의 고유한 도메인, 촉매 도메인 및 이량화 도메인으로 구성됩니다. 촉매 도메인은 전체 MH 일족에 보존 공통 α /β 접을 채택, 고풍스러운 촉매 도메인인 아미노 펩티다아제 AP1 되는 비브리오 프로테오리틱스27. 이 분화 도메인은 PDZ와 같은 접이식16을 채택하고, 올리고머화에서의 역할 외에도, 내부캐비티(11)에서기판 접근 및 바인딩을 제어하는 역할을 가질 수 있다. 기본 빌딩 블록은 이량자이기 때문에, 도드카메르는 종종 6 개의 희미한 사람의 협회로 설명되며, 각 디머는 테트라 헤드론(16)의각 가장자리에 배치된다. M42 아미노펩티다스의 올리고머화는 금속 보조인의 가용성에 의존한다. 종종 Zn2+ 및 Co2+의희석금속 이온은 펩티드 결합 및 가수분해에 촉매적으로 관여합니다. 그들은 두 개의 별개의 바인딩 사이트에서 발견 됩니다., 즉 M1 및 M2 사이트. 두 금속 이온은 또한 PhTET2, PhTET3, PfTET3 및 TmPep105011,24,28,29에대해 입증된 바와 같이 올리고머화를 정밀하게조정한다. 금속 보조 인자가 고갈되면, 도드카메르는 PhTET2, PhTET3 및 TmPep105011,16,28,또는 단량제와 같이 디머로 분해됩니다.
여기에 TmPep1050 올리고머의 구조를 연구하는 데 사용되는 프로토콜이 여기에 제시된다. 이 프로토콜은 단백질 정제, 단백질 활성 스크리닝, 결정화, X선 회절 및 분자 대체를 포함하는 일반적인 방법의 집합입니다. 메탈로엔자임, 단백질 올리고머화, 단백질 결정화 및 분자 대체를 다루는 데 내재된 미묘함을 강조합니다. 연구의 경우 는 또한 TmPep1050 dodecamers 단량체로 더 해리 수 있는지 여부를 보여주기 위해 제시된다. 이 문제를 해결하기 위해 TmPep1050 변종 TmPep1050H60A H307A는그의-60 (M2 사이트) 및 His-307 (M1 사이트)을 Ala 잔류물으로 돌연변이하여 금속 결합 부위가 손상된 금속 결합 부위를 연구했습니다. 이 프로토콜은 다른 M42 아미노펩티다제 또는 모르피인과 같은 행동을 가진 금속로효소를 연구하기 위해 수용될 수 있다.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>1,10-phenanthroline</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>13, 137-7</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amicon Ultra 0.5 ml Centrifugal Filters Ultracel 30K</td>
			<td>Merck Millipore</td>
			<td>UFC503096</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amicon Ultra 15 Centrifugal Filters Ultracel 30K</td>
			<td>Merck Millipore</td>
			<td>UFC903024</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Benzonase Nuclease</td>
			<td>Merck Millipore</td>
			<td>70664-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CCP4</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
			<td>visit http://www.ccp4.ac.uk/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>cOmplete EDTA-free</td>
			<td>Roche</td>
			<td>5056489001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Coot</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
			<td>visit https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/personal/pemsley/coot/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Crystal Screen I</td>
			<td>Hampton Research</td>
			<td>HR2-110</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Crystal Screen II</td>
			<td>Hampton Research</td>
			<td>HR2-112</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DreamTaq Green PCR Master Mix</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>K1082</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EasyXtal 15-well tool</td>
			<td>NeXtal</td>
			<td>132007</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Escherichia coli PPY strain</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
			<td>see reference 31</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Escherichia coli XL1 blue strain</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>200249</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gel Filtration Calibration Kit HMW</td>
			<td>GE Healthcare Life Sciences</td>
			<td>28-4038-42</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gel Filtration Calibration Kit LMW</td>
			<td>GE Healthcare Life Sciences</td>
			<td>28-4038-41</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gel Filtration Standard</td>
			<td>Biorad</td>
			<td>1511901</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GeneJET Plasmid Miniprep Kit</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>K0503</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Index</td>
			<td>Hampton Research</td>
			<td>HR2-144</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Litholoops</td>
			<td>Molecular Dimensions</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-leucine-p-nitroanilide</td>
			<td>Bachem AG</td>
			<td>40010720025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Natrix 1</td>
			<td>Hampton Research</td>
			<td>HR2-116</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Natrix 2</td>
			<td>Hampton Research</td>
			<td>HR2-117</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Neggia plugin</td>
			<td>Dectris</td>
			<td>N/A</td>
			<td>visit https://www.dectris.com/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NeXtal Tubes JCSG Core Suite I</td>
			<td>NeXtal</td>
			<td>130724</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NeXtal Tubes JCSG Core Suite II</td>
			<td>NeXtal</td>
			<td>130725</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NeXtal Tubes JCSG Core Suite III</td>
			<td>NeXtal</td>
			<td>130726</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NeXtal Tubes JCSG Core Suite IV</td>
			<td>NeXtal</td>
			<td>130727</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pBAD-TOPO</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>K430001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phenix</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
			<td>visit https://www.phenix-online.org/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phusion High-Fidelity DNA polymerase</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>F-530L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Salt RX 1</td>
			<td>Hampton Research</td>
			<td>HR2-107</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Salt RX 2</td>
			<td>Hampton Research</td>
			<td>HR2-109</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SnakeSkin Dialysis Tubing, 3.5K MWCO</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>88242</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Source 15Phe</td>
			<td>GE Healthcare Life Sciences</td>
			<td>17014702</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Source 15Q</td>
			<td>GE Healthcare Life Sciences</td>
			<td>17094705</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Superdex 200 prep grade</td>
			<td>GE Healthcare Life Sciences</td>
			<td>17104301</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermotoga maritima MSB8 strain</td>
			<td>American Type Culture Collection</td>
			<td>ATCC 43589</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TmCD00089984</td>
			<td>DNASU Plasmid Repository</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>XDS</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
			<td>visit http://xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>xdsme</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
			<td>visit https://github.com/legrandp/xdsme</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

x-ray crystallography to study the oligomeric state transition of the thermotoga maritima m42 aminopeptidase tmpep1050

M42 아미노펩티다스는 12개의 서브유닛으로 이루어진 기능활성 복합체를 형성한다. 그들의 조립 과정은 이머 도데카메르 전환을 유발하는 금속 이온 공동 인자에 의해 규제되는 것으로 보입니다. 금속 이온 바인딩시 활성 부위및 상호 작용 인터페이스에서 여러 가지 구조적 수정이 발생하여 자체 조립을 촉진하기 위해 희미한 모양을 형성합니다. 이러한 수정을 관찰하려면 구조 연구 전에 안정적인 올리고머를 분리해야 합니다. 여기에 보고된 TmPep1050의 안정적인 도데카머와 디머, T. 마리티마의M42 아미노펩티다아제, X선 결정학에 의한 구조 결정의 정화를 허용하는 방법이다. 디머는 킬링 에이전트로 금속 이온을 제거하여 도데카머로부터 제조되었습니다. 그들의 보조 인자가 없으면, dodecamers는 덜 안정되고 가열시 완전히 해리되었다. oligomeric 구조는 간단한 분자 대체 접근에 의해 해결되었습니다. 방법론을 설명하기 위해 금속 이온 결합에 완전히 손상된 TmPep1050 변종의 구조는 단량체에 대한 희미한 기조의 더 이상 분해를 보여주지 않는 것으로 제시된다.

TmPep1050에서 단량체로 가능한 dodecamer 해리를 연구하기 위해, His-60 및 His-307 코돈은 합성 유전자를 사용하여 알라닌 코돈으로 대체되었다. 이 유전자는 TmPep1050 이체의 발현 및 정제를 위한 pBAD 벡터로 복제된 후 TmPep1050H60A H307A라는이름의 이체이다. 크기 배제 크로마토그래피(도3B)는정제된 단백질이 56kDa(단량체의 분자량36.0 kDa)의 명백한 분자량을 가졌다는 것을 보여?...

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X-Ray Crystallography to Study the Oligomeric State Transition of the Thermotoga maritima M42 Aminopeptidase TmPep1050

이 프로토콜은 구조 수준에서 M42 아미노펩티다아제인 TmPep1050의 디머-도데카메르 전환을 연구하기 위해 개발되었다. 단백질 정제에서 X선 데이터 처리에 이르기까지 간단한 파이프라인입니다. 결정발생, 데이터 세트 인덱싱 및 분자 교체는 연구의 경우, TmPep1050H60A H307A 변이체를 통해 강조되었다.

열토가 마리티마 M42 아미노펩티다제 TmPep1050의 올리고메릭 상태 전환을 연구하는 엑스레이 결정학

The M42 aminopeptidases form functionally active complexes made of 12 subunits. Their assembly process appears to be regulated by their metal ion ...

이 프로토콜은 비활성 디머와 활성 도데카메르 사이의 균형을 이루는 다른 올리고머화 의존적 활동과 아미노펩티다제의 연구를 용이하게 한다. 이 기존의 기술은 모든 실험실에서 쉽게 수행 할 수 있습니다. 빔라인 또는 엑스레이 결정화 시설에 대한 접근이 필요한 것 외에도 특수 장치가 필요하지 않습니다.일부 적응을 통해, 이 방법은 올리고머화의 정도에 의존하는 활동 또는 기능을 가진 다른 단백질에 적용될 수 있다. 엑스레이 데이터를 처리하려면 사용자는 결정예 학적에 대한 최소한의 이해가 있어야합니다. 우리는 교육을 따르고 XDS 위키를 방문하고 Phenix 자습서를 시청하도록 사용자를 초대합니다.활동 분석기를 수행하려면 100mM L-류신 p-니트로아닐드 25마이크로리터를 50밀리알러 MOPS965마이크로리터, 250 마이크로몰라 코발트 2염화 2개, 메탄올 Pre를 75도 의 건조 목욕으로 배양한 후, 효소를 1mmmops로 희석하기 전에 50밀리아플루에틸라를 첨가한다. 다음으로, 반응 혼합물에 10개의 마이크로리터를 추가하고 1시간 이상 섭씨 75도 건조 목욕에 반응을 되돌리기 전에 생성된 용액을 소용돌이시다. 용액이 노랗게 변하면 20%의 산산으로 반응을 멈추고 혼합물을 소용돌이로 처리한 후 실온으로 냉각하십시오.그런 다음 반응 믹스의 알리쿼트를 분광광계 세포로 옮기고 410 나노미터에서 흡수체를 효소 없이 배양된 반응 믹스에 대하여 부정적인 대조군으로 읽습니다. 아포엔자임 제제를 위해, 50 밀리머 걸레 MOPS 의 890 마이크로리터, 0.5 어어 암모늄 황산염 및 정제 된 TmPep1050의 100 마이크로 리터에 1, 10 페난트로인 스톡 솔루션10 마이크로 리터를 추가합니다. 코발트 2염화물을 첨가하지 않고 입증된 바와 같이 활성 분석체를 사용하여 활동 손실을 확인한다.분석 후, 투석 튜브로 샘플을 전송하고 섭씨 4도에서 50 밀리리터 의 200 밀리리터와 0.5 해저 황산염에 대해 샘플을 투석한다. 투석48시간 투석을 3회 신선한 버퍼로 교환하고 투석관에서 샘플을 채취한다. 30킬로톤 컷오프가 있는 울트라 여과 장치를 사용하여 샘플을 다시 100 마이크로리터로 농축하고 280나노미터의 나노 체피 분광계에 대한 농도를 확인합니다.디머를 준비하려면 아포엔자를 50 밀리머 MOPS와 0.5 의 어금니 암모늄 황산염으로 1마이크로몰라 농도로 희석시키고, 75°C의 건조 목욕에서 2시간 동안 반응을 배양한다. 그런 다음 효소 샘플을 적어도 50 마이크로리터 농도로 농축하고 크기 배제 크로마토그래피에 의해 분자량을 확인합니다. 단백질 결정의 모양, 크기 및 결정성을 향상시키기 위해 크리스탈 액적 부피를 10 마이크로리터로 가져오기 위해 최적화된 결정화 용액의 적절한 부피를 결정 방울에 첨가합니다.액적을 1.5 밀리리터 마이크로 튜브로 옮기고 90마이크로리터의 결정화 용액을 잘 시드에 추가합니다. 각 종자 희석에 대해, 결정화 플레이트에 적절한 수의 우물에 500 마이크로리터를 넣고 결정화 시약2개 소리터와 0.2 마이크로리터의 단백질 시료를 잘 혼합한다. 그런 다음 결정화 시약의 각 웰에 지원을 수정합니다.크리스탈 따기의 경우, 액체 질소로 목욕을 채우고 질소로 샘플 처리에 사용되는 바이알이나 바구니를 떨어 세웁니다. 액체 질소를 취급하는 것은 심각한 동상을 일으킬 수 있습니다 위험합니다. 극저온 장갑과 보호 눈 고글과 같은 적절한 개별 보호 기능을 착용하십시오.결정 크기에 따라 다양한 크기의 샘플 따기 루프를 설정하고 쌍안경을 사용하여 크리스탈을 포함하는 방울을 선택합니다. 그런 다음 루프를 사용하여 하나의 우물에서 분리된 크리스탈을 부드럽게 선택하고 루프를 적절한 바이알에 넣기 전에 즉시 액체 질소로 루프를 급락시합니다. 회절 점 강도를 측정하려면 XDS가 실행되는 폴더를 만들고 이미지에 대한 경로를 찾습니다.xdsme을 실행하려면 터미널 창에서 명령을 입력합니다. XDS가 작업을 종료한 후 올바른 LP 파일을 확인하고 공간 그룹 결정, 데이터 완전성, 가장 높은 해상도, 크리스탈 모사이시티 및 데이터 품질의 확률을 기록합니다. XDS 무의미한 로그를 확인하여 공간 그룹의 가능성을 얻은 후 명령을 사용하여 XDS에서 제안한 다른 공간 그룹 솔루션으로 xdsme을 다시 실행하여 이전 프로세스를 재정의하지 않도록 합니다.데이터 통계를 기반으로 최상의 솔루션을 선택한 후 명령을 입력하여 XSCALE 및 XDSCONV를 실행합니다. 비정상적인 산란 항목없이 위상을 확인하려면 4P X, Y 좌표를 사용하여 분자 교체를위한 시작 모델을 준비하십시오. PDB 파일에서 Phenix PDB 파일 편집기를 사용하여 A 단조근을 추출하고 알란에서 아미노산을 잘라.XDSCONV에서 생성된 반사 파일과 입력으로 시퀀스를 분류하여 X를 실행합니다. Xtriage에서 로그 파일을 확인합니다. 완전성, 비대칭 단위의 하위 단위 수, 이불트로피, 얼음 고리의 존재 및 트위닝 발생에 유의하십시오.분자 교체를 위해 Phenix에서 Phaser-MR을 실행하려면 폴리알라닌으로 잘린 반사 파일, 서열 및 시작 4P 6 Y 모델을 선택하고 실행을 클릭합니다. 완료되면 모델이 발견되었는지 확인하고 분자 대체 점수를 확인하십시오. 최소 8의 번역 계수 Z 점수는 솔루션이 결정적으로 정확하다는 것을 나타냅니다.분자 교체에 의해 위상을 결정한 후 자동 빌드 실행을 선택하고 실행을 클릭합니다. 필요한 모든 파일이 자동으로 추가됩니다. 완료되면 COOT의 전자 밀도 맵에 따라 COOT에서 모델을 확인하고 모델을 수동으로 빌드하고 구체화합니다.이 모델을 사용하여 시퀀스와 회절 데이터를 입력으로 사용하여 Phenix에서 수동으로 선별된 모델을 구체화하여 Phenix를 참조하여 올바른 전략을 선택하는 데 도움을 줍니다. 개선 결과 확인 후, 개선 무료 및 정제 작업이 감소해야합니다. MolProbity 지표를 존중해야 하며 실제 공간 상관 관계가 낮은 이상값은 제한되어야 합니다.최상의 정제 모델이 생성되면 서버에서 MolProbity를 실행하고 프로그램에서 식별한 이상값을 확인합니다. 크기 배제 크로마토그래피는 정제 된 단백질의 명백한 분자량을 결정하는 데 사용할 수 있습니다. 펩티드의 결정화 상태는, 이량제의 상태 의 주위에 PEG 농도 대 pH를 변화시킴으로써 최적화될 수 있다.예를 들어, 최고의 TmPep1050 H60A H307A 결정은, 마이크로 결정성을 향상시키기 위해 마이크로 시딩의 1주기 후에 5.2 및 20%PEG 3350 농도의 pH를 가진 0.1 어금다산나트륨 구연산체에서 얻어졌다. 이 분석에서, 데이터 색인은 TmPep1050 H60A H307A 결정의 공간 그룹이 C2221이었다는 것을 보여주었지만, XDS는 또 다른 해결책인 MP 스페이스 그룹을 제안했다. TmPep1050 H60A H307A의 구조는 자동화 및 수동 세련미의 여러 주기 후에 완료될 수 있습니다.단량체 와 두더지 당 마이너스 16.2 킬로 칼로리의 인터페이스 형성의 자유 에너지 사이의 1, 710 평방 곡스트롬의 인터페이스 표면으로 올리고메릭 상태를 확인합니다. 여기서, TmPep1050 의 활성 부위에 비해 TmPep1050 H307A 활성 부위의 클로즈업을 관찰할 수 있다. 모델을 구축할 때 전자 밀도에서 보는 것만 빌드하여 해석, 데이터를 과도하게 방지하고 모델을 연마하는 데 시간을 할애하십시오.이머와 도데카메르의 분자량은 또한 네이티브 질량 분석법에 의해 결정될 수 있습니다. 그리고 이 방법은 전환 올리고머를 검출하는 데 유용할 수 있다.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

X-Ray Crystallography to Study the Oligomeric State Transition of the Thermotoga maritima M42 Aminopeptidase TmPep1050

Preparation and Delivery of Protein Microcrystals in Lipidic Cubic Phase for Serial Femtosecond Crystallography

준비 및 직렬 펨토초 결정학에 대한 지질 큐빅 단계에서 단백질 미세 배달

Membrane proteins (MPs) are essential components of cellular membranes and primary drug targets. Rational drug design relies on precise structural ...

연구

생화학

Combining X-Ray Crystallography with Small Angle X-Ray Scattering to Model Unstructured Regions of Nsa1 from S. Cerevisiae

Combining X-Ray Crystallography with Small Angle X-Ray Scattering to Model Unstructured Regions of Nsa1 from S. Cerevisiae

S. Cerevisiae 에서 Nsa1의 구조화 되지 않은 영역을 모델링 하는 데 작은 각 x 선 산란 된 x-선 결정학을 결합

Determination of the full-length structure of ribosome assembly factor Nsa1 from Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae) is challenging because of the ...

Characterization of Glycoproteins with the Immunoglobulin Fold by X-Ray Crystallography and Biophysical Techniques

X 선 결정학 및 생물 기술에 의해 면역 글로불린 겹와 Glycoproteins의 특성

Glycoproteins on the surface of cells play critical roles in cellular function, including signalling, adhesion and transport. On leukocytes, several of ...

Structural Studies of Macromolecules in Solution using Small Angle X-Ray Scattering

작은 각 엑스레이 뿌리기를 사용 하 여 솔루션에서 고분자의 구조 연구

Protein-protein interactions involving proteins with multiple globular domains present technical challenges for determining how such complexes form and ...

An All-in-one Sample Holder for Macromolecular X-ray Crystallography with Minimal Background Scattering

최소한의 배경 산란을 갖춘 거대 분자 X선 결정학을 위한 올인원 샘플 홀더

Macromolecular X-ray crystallography (MX) is the most prominent method to obtain high-resolution three-dimensional knowledge of biological macromolecules. ...

Cell Culture on Silicon Nitride Membranes and Cryopreparation for Synchrotron X-ray Fluorescence Nano-analysis

싱크로트론 X선 형광 나노 분석을 위한 실리콘 질화물 멤브레인의 세포 배양 및 저온 준비

Very little is known about the distribution of metal ions at the subcellular level. However, those chemical elements have essential regulatory functions ...

Screening for Thermotoga maritima Membrane-Bound Pyrophosphatase Inhibitors

Screening for Thermotoga maritima Membrane-Bound Pyrophosphatase Inhibitors

써모토가 마리티마 멤브레인 경계 파이로포스파타제 억제제 스크리닝

Membrane-bound pyrophosphatases (mPPases) are dimeric enzymes that occur in bacteria, archaea, plants, and protist parasites. These proteins cleave ...

Optimizing the Growth of Endothiapepsin Crystals for Serial Crystallography Experiments

연속 결정학 실험을 위한 Endothiapepsin 결정의 성장 최적화

Here, a protocol is presented to facilitate the creation of large volumes (&#62; 100 &#181;L) of micro-crystalline slurries suitable for serial ...

The Automated Crystallography Pipelines at the EMBL HTX Facility in Grenoble

그르노블의 EMBL HTX 시설의 자동 결정화 파이프라인

EMBL Grenoble operates the High Throughput Crystallization Laboratory (HTX Lab), a large-scale user facility offering high throughput crystallography ...

High-Throughput Screening for Protein Crystallization

High-Throughput Screening to Obtain Crystal Hits for Protein Crystallography

High-Throughput Screening to Obtain Crystal Hits for Protein Crystallography (Video) | JoVE 

단백질 결정학을 위한 결정 적중을 얻기 위한 고처리량 스크리닝

X-ray crystallography is the most commonly employed technique to discern macromolecular structures, but the crucial step of crystallizing a protein into ...