Name: x-ray crystallography to study the oligomeric state transition of the thermotoga maritima m42 aminopeptidase tmpep1050
Uploaded: 2020-05-13T14:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about X-Ray Crystallography to Study the Oligomeric State Transition of the Thermotoga maritima M42 Aminopeptidase TmPep1050 at JoVE.com

Martine Roovers'a bu yazıyı doğruldurda ve yapıcı yorumlar da yaptığı için teşekkür ederiz. Proxima 2 beamline 'a (SOLEIL senkrotron) erişim Blok Ayırma Grupları 20151139 içinde ydi.

1. Rekombinant TmPep1050 üretimi ve arınması
NOT: Bundan sonra bir öncekiçalışma1adapte vahşi tip TmPep1050 klonlama prosedürü ve arınma açıklanmıştır. Alternatif olarak, klonlama sentetik bir gen kullanılarak yapılabilir. TmPep1050 varyantları oluşturmak için, site yönelimli mutagenez aşağıdaki yapılabilir, örneğin, paralel protokol tek astar reaksiyonları (SPRINP) yöntemi30. Arınma protokolü TmPep1050 türevleri i?...

Burada açıklanan protokol, TmPep1050'nin yapısal düzeydeki dimer-dodecamer geçişini anlamanızı sağlar. Metodoloji daha önce hem TmPep1050 oligomers11yapısını belirlemek için deneyimli oldu. En zorlu adım, dodecamer'ların istikrarlı dimers'a dönüşmesini teşvik eden koşulları bulmaktı. Bu tür koşullar metal iyon kofaktör eklendiğinde dimers dodecamers içine yeniden birliğini izin vermek için yeterince hafif olması gerekiyordu. Yapısal çalışmaları ve daha fazla bi...

Oligomerizasyon birçok proteinin biyolojik fonksiyonlarını belirleyen baskın bir süreçtir. Escherichia coli'deproteinlerin sadece %35'inin monomerik1olduğu tahmin edilmektedir. Morfin adı verilen bazı proteinler, her oligomerik durumda farklı bir yapıya sahip alt birimlere sahip birkaç oligomerik durumu bile benimseyebilir2. Onların oligomerik durumları arasındaki geçiş genellikle her oligomerik devlet farklı bir özel aktivite veya fonksiyon olabilir gibi protein aktivitesini düzenlemek için bir ortalamadır. Çeşitli morfin örnekleri literatürde iyi belgelenmiştir, özellikle porfobilinojen synthase3, HPr kiazaz /fosfataz4, Lon proteaz5, laktat dehidrogenaz6, gliserindehit-3-fosfat dehidrogenaz7, piruvat kiaz8, sitrat synthase9, veribonu10. Son zamanlarda, m42 aminopeptidaz TmPep1050, olan aktivitesi oligomerik devletlere bağlıdır morfin benzeri davranış, enzim başka bir örnek açıklanan11. Oligomerik durumları arasındaki geçiş, alt birimlerin çeşitli yapısal değişikliklerine neden olan metalik kofaktörleri tarafından aracılık edilir.
M42 aminopeptidaz ailesi MH klan12aittir ,13, ve yaygın Bakteri ve Archaea arasında dağıtılır14. M42 aminopeptidazlar, peptidleri 35 amino asit kalıntısına kadar bozan gerçek dinükleer enzimlerdir15. Aktif alanları bir iç kaviteye doğru yönlendirilmiş 12 alt birimden oluşan, tetrahedron şeklinde tuhaf bir yapı benimserler. Böyle bir düzenleme genellikle kontrolsüz proteoziz önlemek için aktivitenin nano-bölümleme olarak tanımlanır. M42 aminopeptidazların fizyolojik fonksiyonu proteozom ile ilişkili olabilir, protein yıkımı sonucu peptidler hidrolize16,17. Pyrococcus horikoshii dört M42 aminopeptidaz, her farklı ama tamamlayıcı özellikleri18sunan sahip,19,20,21. Tekil olarak, alt birimlerin iki farklı türde yapılan heterokompleksler P. horikoshiitarif edilmiştir , peptidasome kompleksleri varlığını düşündüren22,23.
M42 aminopeptidazların çeşitli yapıları literatürde tanımlanmıştır11,16,18,19,20,24,25,26. Alt birim iki farklı etki alanı, bir katalitik etki alanı ve bir dimerization etki alanından oluşur. Katalitik etki alanı tüm MH klan korunmuş ortak bir α / β kat benimser, archetypal katalitik etki Vibrio proteolyticus aminopeptidaz Ap1 vibrio proteolyticus27olmak. Dimerization etki alanı bir PDZ benzeri kat16 benimser ve olabilir, oliomerizasyon rolüne ek olarak, substrat erişim kontrol ve iç boşluğunda bağlama bir rol11. Temel yapı taşı bir dimer olduğu için, dodecamer genellikle altı dimer ilişkisi olarak tanımlanır, her dimer tetrahedron16her kenarında konumlandırılmış olmak. M42 aminopeptidazlarının oliomerizasyonu metal kofaktörlerinin bulunabilirliğine dayanır. Divalent metal iyonları, genellikle Zn2 + ve Co2+,katalitik peptit bağlama ve hidroliz katılır. Onlar iki ayrı bağlama siteleri, yani M1 ve M2 siteleri bulunur. İki metal iyonları da sürücü ve ince PhTET2, PhTET3, PfTET3 ve TmPep105011,24,28,29için gösterildiği gibi oligomerizasyon ayarlayın. Metal kofaktörtü tükendiğinde, dodecamer PhTET2, PhTET3 ve TmPep105011,16,28,hatta monomerler gibi dimers içine demonte, PhTET2 ve PfTET324,29gibi .
Burada sunulan TmPep1050 oligomerlerin yapılarını incelemek için kullanılan bir protokoldür. Bu protokol protein saflaştırma, proteolitik aktivite taraması, kristalizasyon, X-ışını kırınımı ve moleküler replasman gibi ortak yöntemler kümesidir. Metalloenzimlerle başa çıkmanın getirdiği incelikler, protein oligomerizasyonu, protein kristalizasyonu ve moleküler replasman vurgulanır. TmPep1050 dodecamers daha monomerler içine ayrıştırmak ya da olmadığını göstermek için bir çalışma olgusu da sunulmaktadır. Bu soruyu gidermek için, bir TmPep1050 varyantı, TmPep1050H60A H307A, olan metal bağlama siteleri Ala kalıntılar His-60 (M2 site) ve His-307 (M1 site) mutasyona uğratarak bozulur çalışılmıştır. Bu protokol, morfin benzeri davranışlı diğer M42 aminopeptidazları veya metalloenzimleri incelemek için uygun olabilir.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>1,10-phenanthroline</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>13, 137-7</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amicon Ultra 0.5 ml Centrifugal Filters Ultracel 30K</td>
			<td>Merck Millipore</td>
			<td>UFC503096</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amicon Ultra 15 Centrifugal Filters Ultracel 30K</td>
			<td>Merck Millipore</td>
			<td>UFC903024</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Benzonase Nuclease</td>
			<td>Merck Millipore</td>
			<td>70664-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CCP4</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
			<td>visit http://www.ccp4.ac.uk/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>cOmplete EDTA-free</td>
			<td>Roche</td>
			<td>5056489001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Coot</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
			<td>visit https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/personal/pemsley/coot/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Crystal Screen I</td>
			<td>Hampton Research</td>
			<td>HR2-110</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Crystal Screen II</td>
			<td>Hampton Research</td>
			<td>HR2-112</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DreamTaq Green PCR Master Mix</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>K1082</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EasyXtal 15-well tool</td>
			<td>NeXtal</td>
			<td>132007</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Escherichia coli PPY strain</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
			<td>see reference 31</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Escherichia coli XL1 blue strain</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>200249</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gel Filtration Calibration Kit HMW</td>
			<td>GE Healthcare Life Sciences</td>
			<td>28-4038-42</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gel Filtration Calibration Kit LMW</td>
			<td>GE Healthcare Life Sciences</td>
			<td>28-4038-41</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gel Filtration Standard</td>
			<td>Biorad</td>
			<td>1511901</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GeneJET Plasmid Miniprep Kit</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>K0503</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Index</td>
			<td>Hampton Research</td>
			<td>HR2-144</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Litholoops</td>
			<td>Molecular Dimensions</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-leucine-p-nitroanilide</td>
			<td>Bachem AG</td>
			<td>40010720025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Natrix 1</td>
			<td>Hampton Research</td>
			<td>HR2-116</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Natrix 2</td>
			<td>Hampton Research</td>
			<td>HR2-117</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Neggia plugin</td>
			<td>Dectris</td>
			<td>N/A</td>
			<td>visit https://www.dectris.com/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NeXtal Tubes JCSG Core Suite I</td>
			<td>NeXtal</td>
			<td>130724</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NeXtal Tubes JCSG Core Suite II</td>
			<td>NeXtal</td>
			<td>130725</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NeXtal Tubes JCSG Core Suite III</td>
			<td>NeXtal</td>
			<td>130726</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NeXtal Tubes JCSG Core Suite IV</td>
			<td>NeXtal</td>
			<td>130727</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pBAD-TOPO</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>K430001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phenix</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
			<td>visit https://www.phenix-online.org/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phusion High-Fidelity DNA polymerase</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>F-530L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Salt RX 1</td>
			<td>Hampton Research</td>
			<td>HR2-107</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Salt RX 2</td>
			<td>Hampton Research</td>
			<td>HR2-109</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SnakeSkin Dialysis Tubing, 3.5K MWCO</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>88242</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Source 15Phe</td>
			<td>GE Healthcare Life Sciences</td>
			<td>17014702</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Source 15Q</td>
			<td>GE Healthcare Life Sciences</td>
			<td>17094705</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Superdex 200 prep grade</td>
			<td>GE Healthcare Life Sciences</td>
			<td>17104301</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermotoga maritima MSB8 strain</td>
			<td>American Type Culture Collection</td>
			<td>ATCC 43589</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TmCD00089984</td>
			<td>DNASU Plasmid Repository</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>XDS</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
			<td>visit http://xds.mpimf-heidelberg.mpg.de/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>xdsme</td>
			<td>N/A</td>
			<td></td>
			<td>visit https://github.com/legrandp/xdsme</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

x-ray crystallography to study the oligomeric state transition of the thermotoga maritima m42 aminopeptidase tmpep1050

M42 aminopeptidazlar 12 alt birimden oluşan fonksiyonel olarak aktif kompleksler oluştururlar. Montaj süreci, dimer-dodecamer geçişini tetikleyen metal iyon kofaktörleri tarafından düzenleniyor gibi görünüyor. Metal iyon bağlama üzerine, aktif sitede ve etkileşim arabiriminde çeşitli yapısal değişiklikler meydana gelir ve dimerleri kendi kendini birleştirmeyi teşvik etmek için şekillendirir. Bu tür değişiklikleri gözlemlemek için, kararlı oligomerler yapısal çalışma dan önce izole edilmelidir. Burada bildirilen tmPep1050 kararlı dodecamers ve dimers arınma sağlayan bir yöntemdir, T. maritimabir M42 aminopeptidaz , ve X-ışını kristalografisi ile yapı tayini. Dimers bir şelat ajanı ile metal iyonları kaldırarak dodecamers hazırlanmıştır. Onların cofactor olmadan, dodecamers daha az kararlı oldu ve tamamen ısıtma üzerine ayrıştı. Oligomerik yapılar basit moleküler değiştirme yaklaşımı ile çözüldü. Metodolojiyi göstermek için, metal iyon bağlama da tamamen bozulmuş bir TmPep1050 varyantının yapısı, monomerler için dimerlerin daha fazla dökümünü göstermeden sunulmuştur.

TmPep1050 monomerler içine olası bir dodecamer dissociation çalışma için, His-60 ve His-307 kodonlar sentetik bir gen kullanılarak alanin kodon ile değiştirildi. Bu gen daha sonra ifade ve daha sonra TmPep1050H60A H307Aadlı ilgili TmPep1050 varyantı saflaştırma için pBAD vektörklonlandı. Boyut dışlama kromatografisi(Şekil 3B)saflaştırılmış proteinin 56 kDa (monomerin molekül ağırlığı 36.0 kDa) belirgin bir molekül ağırlığına sahip olduğunu gös...

Watch this Scientific Journal Video about X-Ray Crystallography to Study the Oligomeric State Transition of the Thermotoga maritima M42 Aminopeptidase TmPep1050 at JoVE.com

X-Ray Crystallography to Study the Oligomeric State Transition of the Thermotoga maritima M42 Aminopeptidase TmPep1050

Bu protokol, yapısal düzeyde bir M42 aminopeptidaz olan TmPep1050'nin dimer-dodecamer geçişini incelemek için geliştirilmiştir. Protein arınması ile X-ışını veri işlemeye kadar basit bir boru hattıdır. Crystallogenezis, veri seti indeksasyonu ve moleküler replasman çalışma bir olgu ile vurgulanmıştır, TmPep1050H60A H307A varyantı.

X-Ray Kristalografi Thermotoga maritima M42 Aminopeptidaz TmPep1050 Oligomerik Devlet Geçiş Çalışma

The M42 aminopeptidases form functionally active complexes made of 12 subunits. Their assembly process appears to be regulated by their metal ion ...

Bu protokol, aminopeptidazların farklı oligomerik durumları ve inaktif dimers ve aktif dodecamers arasında dengeli oligomerizasyona bağımlı aktivitelerile incelenmesini kolaylaştırır. Bu geleneksel teknik herhangi bir laboratuvarda kolayca yapılabilir. Ve bir ışın hattı veya x-ışını kristalografi sağlama tesisi gerektiren bir yana, özel cihazlar gerektirmez.Bazı adaptasyon ile, bu yöntem oliomerizasyon derecesine bağlı bir aktivite veya fonksiyon ile başka bir protein uygulanabilir. X-ışını verilerini işlemek için, kullanıcıların kristalografi konusunda en az bilgiye sahip olması gerekir. Kullanıcıları eğitimleri takip etmeye, XDS Wiki'yi ziyaret etmeye ve Phenix eğitimlerini izlemeye davet ediyoruz.Bir aktivite tahlil yapmak için, 50 milimolar MOPS 965 mikrolitre 100 mM L-Leucine p-Nitroanilide 25 mikrolitre ekleyin, 250 mikromolar kobalt iki klorür ve 10%metanol Pre ek MOPS ile bir mikromolar konsantrasyonu son enzim seyreltmeden önce, 75 santigrat derece kuru banyo reaksiyon karışımı inkümed. Daha sonra, reaksiyon karışımına bir mikromolar enzimin 10 mikrolitresini ekleyin ve reaksiyonu bir saatten fazla süreyle 75 santigrat derecekuru banyoya geri döndürmeden önce ortaya çıkan çözeltiyi girdap layın. Çözelti sarıya döndüğünde, reaksiyonu %20 asidik asit mililitreile durdurun ve oda sıcaklığına soğumasına izin vermeden önce karışımı girdaplayın.Daha sonra reaksiyon karışımının bir aliquot'unu spektrofotometre hücresine aktarın ve emicileri 410 nanometredeki emicileri enzimsiz bir reaksiyon karışımına karşı negatif kontrol olarak okuyun. Apoenzim hazırlama için, 50 milimolar MOPS 890 mikrolitre, 0.5 molar amonyum sülfat ve saftize TmPep1050 100 mikrolitre 10-fenanthroline stok çözeltisi 10 mikrolitre ekleyin. Kobalt iki klorür ilavesi olmadan gösterildiği gibi aktivite tsay kullanarak aktivite kaybı kontrol edin.Testten sonra, numuneyi bir diyaliz tüpüne aktarın ve numuneyi 200 mililitre 50 milimolar MOPS ve 4 santigrat derecede 0,5 molar amonyum sülfata karşı diyalize alın. 48 saatlik diyaliz sırasında diyalizi üç kez taze tamponla değiştirin ve diyaliz tüpünden numune alın. 30 kilodalton kesme ile ultra filtrasyon üniteleri kullanarak, geri 100 mikrolitre için örnek konsantre ve 280 nanometre bir nano hacim spektrofotometre konsantrasyonu kontrol edin.Dimers 50 milimolar MOPS ve 0.5 molar amonyum sülfat bir mikromolar konsantrasyona apoenzim seyreltmek hazırlamak için, ve 75 derece kuru banyoda iki saat boyunca reaksiyon kuluçka. Daha sonra enzim örneğini en az 50 mikrolitre konsantrasyona yoğunlaştırın ve boyut dışlama kromatografisine göre molekül ağırlığını kontrol edin. Protein kristallerinin şeklini, boyutunu ve kristalliğini artırmak için, kristal damlacık hacmini 10 mikrolitreye çıkarmak için bir damla kristale uygun kristalizasyon çözeltisi ekleyin.Damlacığı 1,5 mililitrelik bir mikro tüpe aktarın ve tohumlu kuyuya 90 mikrolitre daha kristalizasyon çözeltisi ekleyin. Her tohum seyreltmesi için, bir kristalizasyon plaka kuyularının uygun sayıda iyi başına kristalizasyon reaktif 500 mikrolitre ekleyin ve kristalizasyon reaktif iki mikrolitre ve iyi başına bir kristalizasyon desteği tohum 0.2 mikrolitre ile protein örnek iki mikrolitre karıştırın. Sonra kristalizasyon reaktif her kuyuya destekler düzeltmek.Kristal toplama için, sıvı nitrojen ile bir banyo doldurun ve azot içine örnek işleme için kullanılan herhangi bir şişe veya sepet dalma. Sıvı nitrojen kullanımı tehlikelidir ve şiddetli donmalara neden olabilir. Kriyojenik eldivenler ve koruyucu göz gözlükleri gibi uygun bireysel korumaları taktığından emin olun.Kristal boyutuna göre farklı boyutlarda örnek toplama döngüleri ayarlayın ve kristaliçeren bir damla seçmek için bir dürbün kullanın. Sonra yavaşça bir kuyudan izole kristal seçmek ve hemen uygun bir şişe içinde döngü yerleştirmeden önce sıvı azot döngü dalma için bir döngü kullanın. Kırınım nokta yoğunluklarını ölçmek için, XDS'nin çalıştırılacak bir klasör oluşturun ve görüntülere giden yolu bulun.xdsme çalıştırmak için, bir terminal penceresinde komutu girin. XDS iş sona erdikten sonra doğru lp dosyasını kontrol edin ve boşluk grubu belirleme olasılığını, veri bütünlüğü, en yüksek çözünürlük, kristal mozaiklik ve veri kalitesi ne not. Uzay gruplarının olasılığını elde etmek için XDS anlamsız günlük kontrol ettikten sonra, önceki işlemi geçersiz kılmak için ayrı bir klasörde, XDS tarafından önerilen farklı uzay grubu çözümleri ile xdsme yeniden çalıştırmak için komutları kullanın.Veri istatistiklerine göre en iyi çözümü seçtikten sonra, XSCALE ve XDSCONV'yi çalıştırmak için komutları girin. Anormal bir saçılma öğesi olmayan fazı belirlemek için, moleküler değiştirme için başlangıç modelini hazırlamak için 4P X, Y koordinatlarını kullanın. PDB dosyasından, A monomerini ayıklamak ve amino asitlerini alanin içinde doklamak için Phenix PDB dosya düzenleyicisini kullanın.X'i XDSCONV tarafından oluşturulan yansıma dosyası ve giriş olarak sırayla üçe katlandı. Xtriage'daki günlük dosyasını kontrol et. Asimetrik birimdeki alt birimlerin sayısı, anizotropi, buz halkalarının varlığı ve eşleştirme oluşumuna dikkat edin.Moleküler değiştirme için Phenix'te Phaser-MR çalıştırmak için yansıma dosyasını, sırayı ve ilk 4P altı Y modelini seçin ve Polialanin'de kesilmiş başlangıç 4P Y modelini seçin ve Çalıştır'ı tıklatın. tamamlandıktan sonra, bir model bulunup bulunmadığını kontrol edin ve moleküler değiştirmenin skorunu kontrol edin. En az sekiz bir çeviri faktörü Z puanı, çözümün kesin olarak doğru olduğunu gösterir.Moleküler değiştirme ile aşamayı belirledikten sonra Otomatik Oluştur'u çalıştır'ı seçin ve Çalıştır'ı tıklatın. Gerekli dosyaların tümü otomatik olarak eklenir. Tamamlandıktan sonra, COOT modeli kontrol edin ve oluşturmak ve el ile modeli rafine, COOT elektron yoğunluğu haritasına göre.Bu modeli, diziyi ve kırınım verilerini giriş olarak kullanarak Phenix'te el ile seçilmiş modeli hassaslaştırArak doğru stratejiyi seçmenize yardımcı olun. Arıtma sonuçları kontrol ettikten sonra, arıtma ücretsiz ve arıtma çalışmaları azaltmak gerekir. MolProbity göstergeleri saygı ve düşük reel alan korelasyon ile aykırı, sınırlı olmalıdır.En iyi rafine model oluşturulduğunda, sunucuda MolProbity çalıştırın ve program tarafından tanımlanan aykırı lıkları kontrol edin. Boyut dışlama kromatografisi saflaştırılmış proteinin görünür molekül ağırlığını belirlemek için kullanılabilir. Peptitin kristalizasyon durumu, dimer durumu etrafında PEG konsantrasyonu karşı pH değiştirerek optimize edilebilir.Örneğin, en iyi TmPep1050 H60A H307A kristalleri, mikro kristaliniteliği artırmak için mikro tohumlama bir döngü sonra, 5.2 ve% 20 PEG 3350 konsantrasyonu bir pH ile 0.1 molar sodyum sitrat elde edildi. Bu analizde, veri indeksleme TmPep1050 H60A H307A kristal uzay grubu C2221 olduğunu gösterdi, ancak XDS başka bir çözüm önerdi, MP uzay grubu. TmPep1050 H60A H307A yapısı, otomatik ve manuel arıtma birkaç döngüleri sonra tamamlanabilir.1, 710 kare angstromlar bir arayüz yüzeyi ile oligomerik durumu doğrulayan hem monomerler ve mol başına eksi 16.2 kilokalori arayüz oluşumu serbest bir enerji. Burada, TmPep1050 H60A H307A aktif sitenin bir yakın çekim TmPep1050 dimer ve dodecamer aktif siteye göre görülebilir. Bir model oluştururken yorumlama üzerinde önlemek için elektron yoğunluğu nda gördüğünüz sadece ne oluşturmak için dikkat edin, veri, ve modeli parlatmak için zaman ayırın.Dimer ve dodecamer'ın moleküler ağırlığı yerli kütle spektrometresi ile de belirlenebilir. Ve yöntemler geçiş oligomerleri tespit etmek için yararlı olabilir.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

X-Ray Crystallography to Study the Oligomeric State Transition of the Thermotoga maritima M42 Aminopeptidase TmPep1050

Preparation and Delivery of Protein Microcrystals in Lipidic Cubic Phase for Serial Femtosecond Crystallography

Hazırlık ve Seri Femtosecond Kristalografi için lipidik Cubic Faz Protein mikro kristallerinin teslimi

Membrane proteins (MPs) are essential components of cellular membranes and primary drug targets. Rational drug design relies on precise structural ...

Combining X-Ray Crystallography with Small Angle X-Ray Scattering to Model Unstructured Regions of Nsa1 from S. Cerevisiae

Combining X-Ray Crystallography with Small Angle X-Ray Scattering to Model Unstructured Regions of Nsa1 from S. Cerevisiae

X-ışını kristalografisi Nsa1 S. Cerevisiae üzerinden yapılandırılmamış bölgelerinde modellemek için küçük açı X-Ray saçılma ile birleştirerek

Determination of the full-length structure of ribosome assembly factor Nsa1 from Saccharomyces cerevisiae (S. cerevisiae) is challenging because of the ...

Characterization of Glycoproteins with the Immunoglobulin Fold by X-Ray Crystallography and Biophysical Techniques

X-ışını kristalografisi ve biyofiziksel teknikleri immünglobulin katlanmış glikoproteinlerin karakterizasyonu

Glycoproteins on the surface of cells play critical roles in cellular function, including signalling, adhesion and transport. On leukocytes, several of ...

Structural Studies of Macromolecules in Solution using Small Angle X-Ray Scattering

Küçük açı x-ışını saçılması kullanarak çözüm yapısal oluştururlar çalışmaları

Protein-protein interactions involving proteins with multiple globular domains present technical challenges for determining how such complexes form and ...

An All-in-one Sample Holder for Macromolecular X-ray Crystallography with Minimal Background Scattering

Minimal arka plan saçılma ile Macromoleküler X-ışını Kristalografi için bir hepsi bir arada örnek tutucu

Macromolecular X-ray crystallography (MX) is the most prominent method to obtain high-resolution three-dimensional knowledge of biological macromolecules. ...

Cell Culture on Silicon Nitride Membranes and Cryopreparation for Synchrotron X-ray Fluorescence Nano-analysis

Silikon Nitrür Membranları ve Synchrotron X-ışını Floresan Nano-Analizi için Kriyopreyeüzerine Hücre Kültürü

Very little is known about the distribution of metal ions at the subcellular level. However, those chemical elements have essential regulatory functions ...

Screening for Thermotoga maritima Membrane-Bound Pyrophosphatase Inhibitors

Screening for Thermotoga maritima Membrane-Bound Pyrophosphatase Inhibitors

Thermotoga maritima Membran Bağlı Pirofosfataz Inhibitörleri için tarama

Membrane-bound pyrophosphatases (mPPases) are dimeric enzymes that occur in bacteria, archaea, plants, and protist parasites. These proteins cleave ...

Optimizing the Growth of Endothiapepsin Crystals for Serial Crystallography Experiments

Seri Kristalografi Deneyleri için Endotiapepsin Kristallerinin Büyümesini Optimize Etme

Here, a protocol is presented to facilitate the creation of large volumes (&#62; 100 &#181;L) of micro-crystalline slurries suitable for serial ...

The Automated Crystallography Pipelines at the EMBL HTX Facility in Grenoble

Grenoble'daki EMBL HTX Tesisinde Otomatik Kristalografi Boru Hatları

EMBL Grenoble operates the High Throughput Crystallization Laboratory (HTX Lab), a large-scale user facility offering high throughput crystallography ...

High-Throughput Screening for Protein Crystallization

High-Throughput Screening to Obtain Crystal Hits for Protein Crystallography

High-Throughput Screening to Obtain Crystal Hits for Protein Crystallography (Video) | JoVE 

Protein kristalografisi için kristal isabetleri elde etmek için yüksek verimli tarama

X-ray crystallography is the most commonly employed technique to discern macromolecular structures, but the crucial step of crystallizing a protein into ...