Name: rna blot analysis for the detection and quantification of plant micrornas
Uploaded: 2020-07-11T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about RNA Blot Analysis for the Detection and Quantification of Plant MicroRNAs at JoVE.com

Forfatterne anerkender adgangen til stråling lab, som værtsinstituttet og BRIT for radioisotop. PVS-laboratoriet støttes af Det Nationale Center for Biologiske Videnskaber, Tata Institute for Fundamental Research and Grants (BT/PR12394/AGIII/103/891/2014; BT/IN/Swiss/47/JGK/2018-19; BT/PR25767/GET/119/151/2017) fra Department of Biotechnology, Indiens regering. MP anerkender DBT-Research Associateship, DBT, Indiens regering.

1. Præparat af en 15% denaturerende polyacrylamidegel
<ol><li>Der vejes og tilsættes 4,8 g urinstof, tilsættes 3,75 ml 40% acrylamid: bisacrylamidopløsning (19:1) og 1 ml 10x TBE pH 8,2 i et sterilt 50 ml rør.</li>
	<li>Urinstof opløses ved hjælp af et vandbad, der er indstillet til 60 °C, i en klar opløsning.</li>
	<li>Make-up volumen til 10 ml ved hjælp af frisk autoklaveret sterilt vand og afkøle gel mix til stuetemperatur.</li>
	<li>Tilbered frisk 10% (w / v) ammoniumpersulfatopløsning.</li>
</ol><p cla...

<ol>
	<li>Baulcombe, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+silencing+in+plants.">RNA silencing in plants.</a> Nature. 431, 356-363 (2004).</li><li>Anushree, N., Shivaprasad, P. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+Plant+miRNA+Biogenesis.">Regulation of Plant miRNA Biogenesis.</a> Proceedings of the Indian National Science Academy. 95, (2017).</li><li>Narjala, A., Nair, A., Tirumalai, V., Hari Sundar, G. V., Shivaprasad, P. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+conserved+sequence+signature+is+essential+for+robust+plant+miRNA+biogenesis.">A conserved sequence signature is essential for robust plant miRNA biogenesis.</a> Nucleic Acids Research. , (2020).</li><li>Chen, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=22-Nucleotide+RNAs+trigger+secondary+siRNA+biogenesis+in+plants.">22-Nucleotide RNAs trigger secondary siRNA biogenesis in plants.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107, 15269-15274 (2010).</li><li>Shivaprasad, P. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+microRNA+superfamily+regulates+nucleotide+binding+site-leucine-rich+repeats+and+other+mRNAs.">A microRNA superfamily regulates nucleotide binding site-leucine-rich repeats and other mRNAs.</a> Plant Cell. 24, 859-874 (2012).</li><li>Shivaprasad, P. V., Dunn, R. M., Santos, B. A., Bassett, A., Baulcombe, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraordinary+transgressive+phenotypes+of+hybrid+tomato+are+influenced+by+epigenetics+and+small+silencing+RNAs.">Extraordinary transgressive phenotypes of hybrid tomato are influenced by epigenetics and small silencing RNAs.</a> The EMBO Journal. 31, 257-266 (2012).</li><li>Akbergenov, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+characterization+of+geminivirus-derived+small+RNAs+in+different+plant+species.">Molecular characterization of geminivirus-derived small RNAs in different plant species.</a> Nucleic Acids Research. 34, 462-471 (2006).</li><li>Tirumalai, V., Swetha, C., Nair, A., Pandit, A., Shivaprasad, P. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=miR828+and+miR858+regulate+VvMYB114+to+promote+anthocyanin+and+flavonol+accumulation+in+grapes.">miR828 and miR858 regulate VvMYB114 to promote anthocyanin and flavonol accumulation in grapes.</a> Journal of Experimental Botany. , (2019).</li><li>Li, C., Zamore, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+Small+RNAs+by+Northern+Hybridization.">Analysis of Small RNAs by Northern Hybridization.</a> Cold Spring Harbor Protocols. (8), (2018).</li><li>Swetha, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Major+domestication-related+phenotypes+in+indica+rice+are+due+to+loss+of+miRNA-mediated+laccase+silencing.">Major domestication-related phenotypes in indica rice are due to loss of miRNA-mediated laccase silencing.</a> The Plant Cell. , (2018).</li></ol>

Denne metode kan i vid udstrakt grad anvendes til påvisning og kvantificering af små RNAs herunder mindre rigelige miRNAs. Protokollen beskriver hovedsageligt trinene til denaturering af det samlede RNA i en belastningsbuffer, størrelsesadskillelse ved gelelektroforese, overførsel af RNA til en membran, krydssammenkobling af RNA på membranen og hybridiseres ved hjælp af ønskede radioaktive netiver.
Det afgørende trin for ethvert blotting eksperiment er brugen af RNA af god kvalitet til...

Den nylige opdagelse af små regulerende RNA'er, mikroRNA'er, har ført til forskning i at forstå dem og deres rolle i planter og dyr1. Lange prækursorer af miRNA'er forarbejdes til 21 til 24 nt modne miRNAs ved HYL1 og specifikke dicer-lignende proteiner2,3. En 22 nt miRNA kan indlede kaskadehæmning ved at generere sekundære siRNAs4. Undersøgelser har vist miRNAs' og sekundære siRNA'ers rolle i udvikling, celle skæbne og stress reaktioner5,6.
Northern hybridisering er en eksperimentel metode, der rutinemæssigt anvendes til at detektere specifikke RNA-molekyler. Denne metode tilpasser brugen til påvisning af ca. 19 -24 nt lange små RNA'er fra en pulje af samlede RNAs7. I denne demonstration illustrerer vi brugen af denne teknik til påvisning og kvantificering af miRNA'er. Denne metode anvender mærkning af sonder, der anvender radioisotoper. Således kan miRNA-niveauer i prøven påvises med øget følsomhed. I modsætning til PCR-baserede metoder sikrer denne metode kvantificering af ekspression samt størrelsesbestemmelse af miRNA'erne. I denne protokol viser vi afgørende trin, der forbedrer miRNA-registrering. Vi har ændret trin i blotting og hybridisering for at opnå høj opløsning signal detektion af miRNAs. Denne teknik kan også anvendes til påvisning af andre endogene små RNA'er såsom siRNAs, tasi-sekundære RNA'er og snoRNAs.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>40% Acrylamide-bisacrylamide solution</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>A9926</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium persulphate (APS)</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1610700</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Blotting paper</td>
			<td>whatmann blotting paper I</td>
			<td>1001-125</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bromophenol blue</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>B5525-5G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Capillary loading tips</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>2239915</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deionized formamide</td>
			<td>Ambion</td>
			<td>AM9342</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Heating block</td>
			<td>Eppendorff</td>
			<td>5350</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hybond N+nylon membrane</td>
			<td>GE</td>
			<td>RPN203B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hybridization bottle</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>Z374792-1EA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hybridization Oven</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>1211V79</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N,N,N&#8217;,N&#8217;-Tetramethylethylenediamine (TEMED)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T7024-25ml</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PhosphorImager</td>
			<td>GE- Typhoon scanner</td>
			<td>29187194</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PhosphorImager screen and cassette</td>
			<td>GE healthcare</td>
			<td>GE28-9564-75</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipettes</td>
			<td>Gilson, models: P20 and P10</td>
			<td>FA10002M, FA10003M</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plastic pipette</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>357550</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polyacrylamide gel apparatus</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1658003EDU</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sephadex G-25 column</td>
			<td>GE healthcare</td>
			<td>27532501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Speed Vac Concentrator</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>20-548-130</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Spinwin</td>
			<td>Tarsons</td>
			<td>1010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T4 Polynucleotide Kinase (PNK)</td>
			<td>NEB</td>
			<td>M0201S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Transblot apparatus</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1703946</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ULTRAHyb hybridization buffer</td>
			<td>Ambion</td>
			<td>AM8670</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Urea</td>
			<td>Fischer Scientific</td>
			<td>15985</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UV-crosslinker</td>
			<td>UVP</td>
			<td>CL-1000L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex</td>
			<td>Tarsons</td>
			<td>3020</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath</td>
			<td>NEOLAB</td>
			<td>D-8810</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xylene cyanol</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>X4126-10G</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

rna blot analysis for the detection and quantification of plant micrornas

MicroRNAs (miRNAs) er en klasse af endogene udtrykt ikke-kodning, ~ 21 nt små RNA'er, der er involveret i reguleringen af genekspression i både planter og dyr. De fleste miRNAs fungerer som negative skift af genekspression rettet mod vigtige gener. I planter, primære miRNAs (pri-miRNAs) udskrifter genereres af RNA polymerase II, og de danner varierende længder af stabile stængel-loop strukturer kaldet pre-miRNAs. En endonuclease, Dicer-like1, behandler præ-miRNAs i miRNA-miRNA* duplexes. En af strengene fra miRNA-miRNA* duplex er udvalgt og lastet på Argonaute 1 protein eller dets homologer for at mpaltere spaltningen af målmRNAs. Selvom miRNA'er er nøglesignalmolekyler, udføres deres detektion ofte ved hjælp af mindre end optimale PCR-baserede metoder i stedet for en følsom nordlig blot-analyse. Vi beskriver en enkel, pålidelig og ekstremt følsom nordlig metode, der er ideel til kvantificering af miRNA-niveauer med meget høj følsomhed, bogstaveligt talt fra ethvert plantevæv. Derudover kan denne metode bruges til at bekræfte størrelsen, stabiliteten og overfloden af miRNAs og deres prækursorer.

I denne demonstration har vi opdaget og kvantificeret udtrykket af miR397 i forskellige væv af indica ris var whiteponni (Figur 1). miR397 er en 22 nt miRNA og bevaret miRNA. Udtrykket af miR397 kan påvises i alle de testede prøver. Som pr den næste generation sekventering data, prøve 1 (sætteplante væv) har miR397 ved 5 læser per million (rpm). Vi opdagede sit signal komfortabelt, hvilket indikerer, at metoden er meget følsom og kan bruges til at opdage selv meget...

Watch this Scientific Journal Video about RNA Blot Analysis for the Detection and Quantification of Plant MicroRNAs at JoVE.com

RNA Blot Analysis for the Detection and Quantification of Plant MicroRNAs

Denne metode viser brugen af den nordlige hybridiseringsteknik til at detektere miRNA'er fra total RNA-ekstrakt.

RNA Blot analyse til påvisning og kvantificering af plantemikrorna'er

MicroRNAs (miRNAs) are a class of endogenously expressed non-coding, ~21 nt small RNAs involved in the regulation of gene expression in both plants and ...

Hej der. Så dette er en lille RNA nordlige protokol. Det er et derivat af protokollen oprindeligt optimeret af Dr.Rashid Akbergenov.I denne metode kan man detektere små RNA'er på et sted mellem 20-24 nukleotid i længden, meget præcist og ved meget høj opløsning. Protokollen er dybest set en modificeret form for traditionel nordlig analyse, men her er procentdelen af acrylamid ret høj, det er 15 procent. Denne nordlige kan bruges til at detektere allerede kendte små RNA, enten mikro RNA eller andet sæt af små RNA, når sekvensen er kendt, eller det kan bruges til bekræftelse af overflod af små RNA kommer fra næste generation sekventering datasæt.Fordelen ved denne metode er, at man ikke bare kan se på mikro RNA overflod, men også den overflod af prækursorer, for eksempel mikro RNA'er kan udelade en forløber, som er omkring 30 til kan være et par hundrede nukleotid lang, kan dette også påvises samtidig, sammen med mikro RNA. Protokollen er meget enkel, meget ligetil, men man skal være meget forsigtig, mens du udfører nogle kritiske trin, som er opført i slutningen af denne protokol. Til fremstilling af 10 ml gelblanding tilsættes 4,8 gram urinstof, 3,75 ml 40%Acrylamidopløsning og 1 ml frisklavet 10X TBE, pH 8.2 og bland forsigtigt opløsningen.Opløs urinstof helt, ved at opvarme blandingen i et vandbad, indtil opløsningen ser klar. Der opsættes volumen til 10 ml ved hjælp af sterilt MilliQ-vand, og gelblandingen afkøles til stuetemperatur. Vask det nødvendige apparat med vaskemiddel, skrub dem forsigtigt for at fjerne resterende TBE og Acrylamid.Skyl dem yderligere med MilliQ-vand, og lad det tørre. Saml glaspladen sammen, sørg for begge er på samme niveau. Placer dem fast på svampen.Tilføj 8 mikro liter TEMED og 80 mikro liter 10% frisklavet APS til gel mix. Bland forsigtigt gelblandingen til de samlede plader. Sørg for, at gelen ikke lækker.Anbring kammen forsigtigt. Lad gelen polymerisere i ca. 45 minutter. Efter polymerisering af gelen skal glaspladerne fjernes fra samlingen.Vask glaspladerne med MilliQ vand. Og læg dem i løbekassetten. Anstæn skal løbekassetætten være inde i tanken.Hæld frisklavet 1X TBE, pH 8,2. Fjern kammen forsigtigt. Vask gelens brønde grundigt ved at pipettere bufferen.Dette trin fjerner bundfald af urinstof fra brønden og letter RNA til at køre ensartet på tværs af gelen. Luk låget af apparatet og for-køre den tomme gel på 80 volt i 30 minutter, for at kontrollere for eventuelle buffer lækage. Til fremstilling af 10 ml belastningsfarve vægtes 5 mg bromophenolblåt, 5 mg xylencyanol og tilsættes 10 ml deioiniseret formamid, og de blandes godt.Aliquot farvestoffet og opbevares ved 4 grader til videre brug. Aliquot 10 mikrogram total RNA i sterile 1,5 ml rør. Sørg for, at kvaliteten af RNA, dvs.forholdet 260:230 er større end eller tættere på to. Anstrang røret inde i en speedVac, og tør prøverne. Re-suspendere de tørrede RNA prøver i 8 mikro liter lastning farvestof.Varm prøverne op ved 98 grader i to minutter. Afkøl dem i et minut ved stuetemperatur. Vortex de afkølede RNA prøver for at sikre korrekt re-suspension i lastning farvestof.Drej rørene. Gentag trinene til opvarmning, køling og vortex i tre gange for at få fritflydende RNA. Stop forkørslen af gelen.Vask brøndene grundigt, før du lægger prøven, for at fjerne aflejringer af urinstof inde i brøndene. Varm de re-suspenderet RNA prøver ved 98 grader i et minut. Læg prøverne varme i brøndene ved hjælp af kapillær spidser.Undgå at indføre luftbobler. Komplet belastning af alle prøver og samle låget. Kør gel ved 80 volt i tre timer, eller indtil bromophenol blå løber helt.Brug positivt opladet nylonmembran til overførslen. Skær det til dimensionerne af glaspladen. Mærl membranen i øverste højre hjørne.Anvend forsigtigt membranen på overfladen af sterilt MilliQ-vand, og sørg for at placere etiketten nedad og vende mod vandoverfladen. Tag en ren bakke og forberede gel sandwich til elektro overførsel. Placer den grå side af kassetten ned.Hæld 1X TBE lidt over kassettens niveau. Fortæt fiberpuden i 1X TBE, og klem den for at fjerne luftbobler. Skær to stykker blotting papir til størrelsen af fiber pad.Fortætte et stykke blotting papir i 1X TBE og læg det over fiberpuden. Fjern luftbobler ved at rulle en plastikpipette over papiret. Pre-våd et andet stykke blotting papir i 1X TBE og læg det over kassetten.Rul over for at fjerne luftbobler. Nu er sandwichopsætningen klar til elektrooverførsel. Efter afslutningen af elektroforese, stoppe køre og fjerne låget fra apparatet.Fjern løbekassetten fra opsætningen. Tag glaspladerne ud af løbekassetten. Fjern forsigtigt gelen fra samlingen.Læg det over blotting papir, således at den første indlæste RNA prøve er mod din højre. Dyp forsigtigt den forblødte membran i 1X TBE, og placer den over gelen, der vender nedad mod den kaldte side nedad. Membranen og gelen må ikke tørre.Rul forsigtigt over for at fjerne luftboblen. Dyp et stykke blotting papir i 1X TBE og læg det over membranen. Fjern luftbobler.Placer et andet stykke blotting papir og fjerne luftbobler. Fuldfør sandwichen ved at lægge fiberpuden over samlingen. Luk kassetten fast.Anfør trans-blot kassetten i modulet. Fyld tanken med 1X TBE, pH 8.2, op til pletten mærket. Luk låget af apparatet og overføre ved 10 volt natten over ved 4 grader eller i et koldt rum.Hold UV cross linker klar og sæt den til 1200, lige før afslutningen af elektrooverførsel. Når overførslen er afsluttet, skal kassetten fjernes fra modulet. Placer den fugtige membran på et A4-ark, hvor den markerede side anbringes opad.Krydsforbindelse RNA til membranen ved bestråling med 254 nanometer UV-lys ved 120 milli joule. Den krydsforbundne skamplet kan opbevares i fire grader eller anvendes til hybridisering. Design en sonde, der er helt gratis for det lille RNA, der skal detekteres.End label sonden på det fem prime end ved hjælp af PNK enzym og kombinere komponenterne som vist. Inkuber reaktionsblandingen ved 37 grader i 30 minutter. Efter 30 minutters inkubation anvendes G-25 kolonner til at adskille umærkede sonder fra reaktionsblandingen.For at forbedre mærkningen af sonden skal G-25-kolonnen forberedes før brug. Placer skamplet, RNA side vender toppen, inde i en hybridisering flaske. Bland hybridiseringsbufferen kraftigt før brug.Tilføj 10 ml hybridisering buffer inde og placere hybridisering flaske inde i hybridisering ovnen, vedligeholde ved 35 grader med rotation. Udfør præ-hybridisering i 20 til 30 minutter. Efter pre-hybridisering fjerne flasken fra ovnen.Tilsæt forsigtigt den mærkede sonde i hybridiseringsbufferen. Sørg for, at der ikke oprettes luftbobler. Inkuber skamplet inde i ovnen ved 35 grader med rotation i 12 timer.Efter hybridisering skal du fjerne hybridiseringsbufferen fra flasken. Udfør en hurtig vask af blots, ved hjælp af vask buffer-I. Dette trin udføres for at fjerne overskydende hybridiseringsløsning fra blots.Yderligere inkubere blots ved 35 grader i 30 minutter ved hjælp af vask buffer-I. Udfør endnu en vask ved buffer-II ved 35 grader i 30 minutter. Efter vask af blot, placere den inde i en hybridisering dække, fjerne overskydende buffer og forsegle den.Placer den inde i en kassette og udsætte den for en strålingsfri fosfor-imager skærm i 12 timer. Registrer hybridiseringssignalet ved hjælp af tyfonbiomolekylær billedbehandling, og analysér resultaterne ved hjælp af ImageJ-software. For hybridisering af skamplet med andre sonder, udføre stripning trin som illustreret.Med denne teknik kan man anslå overfloden af mikro RNA, såvel som det er længde. Fra dette billede kan ekspression af mikro RNA 397 detekteres i alle prøverne. I denne skamplet, den overflod af prøve ene er ca 5 læser per million, som pr næste generation sekventering data, hvilket tyder på, at vores teknik kan opdage mindre rigelige mikro RNA'er også.Desuden kan man ved hjælp af ImageJ kvantificeringssoftware kvantificere ekspressionen af mikro 397 blandt prøverne. Her har vi brugt U6 og micro RNA 168 som lastning kontrol. Jeg vil tale om nogle afgørende skridt, der skal overvejes, mens du udfører eksperimentet.Sørg for at bruge god kvalitet RNA til prøve forberedelse. Mens vakuum tørring prøverne, undgå over tørring dem. Re-suspension af RNA i lastning farvestof er kritisk.Sørg for at forberede en fritflydende prøve. Der skal være forsigtighed under ilægning af gelen. Gelens brønde skal vaskes, og prøven skal læsses i en lige linje inde i brøndene.Under elektrooverførslen, spredning af membranen i vand, lige før dyppe det i 1X TBE er afgørende, det forbedrer overførslen. Hybridiseringen af skamplet skal udføres ved 35 grader. Hold temperaturen på hybridiseringsovnen.Ved gentagen brug af blots skal membraner opbevares i 4 grader. De skal holdes fugtige i 2X SSE. I modsætning til andre PCR-baserede metoder sikrer denne metode kvantificering af udtrykket samt bestemmelse af størrelsen af mikro-RNA'erne.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Isolation of High-density Lipoproteins for Non-coding Small RNA Quantification

Isolering af High-density lipoprotein for ikke-kodning Lille RNA Kvantificering

The diversity of small non-coding RNAs (sRNA) is rapidly expanding and their roles in biological processes, including gene regulation, are emerging. Most ...

Experimental Design for Laser Microdissection RNA-Seq: Lessons from an Analysis of Maize Leaf Development

Eksperimentel Design for Laser mikrodissektions RNA-Seq: Erfaringer fra en analyse af Maize Leaf Development

Genes with important roles in development frequently have spatially and/or temporally restricted expression patterns. Often these gene transcripts are not ...

An Efficient Method for the Isolation of Highly Purified RNA from Seeds for Use in Quantitative Transcriptome Analysis

En effektiv metode til isolering af stærkt Renset RNA fra Frø til brug i Kvantitative Transkriptomet Analysis

Plant seeds accumulate large amounts of storage reserves comprising biodegradable organic matter. Humans rely on seed storage reserves for food and as ...

A Simple Fractionated Extraction Method for the Comprehensive Analysis of Metabolites, Lipids, and Proteins from a Single Sample

En enkel fraktioneret ekstraktionsmetode til den omfattende analyse af metabolitter, lipider og proteiner fra en enkelt prøve

Understanding of complex biological systems requires the measurement, analysis and integration of multiple compound classes of the living cell, usually ...

Horizontal Gel Electrophoresis for Enhanced Detection of Protein-RNA Complexes

Horisontal gelelektroforese til forbedret påvisning af protein-RNA-komplekser

Native polyacrylamide gel electrophoresis is a fundamental tool of molecular biology that has been used extensively for the biochemical analysis of ...

High Throughput, Absolute Determination of the Content of a Selected Protein at Tissue Levels Using Quantitative Dot Blot Analysis (QDB)

High Throughput, Absolute Determination of the Content of a Selected Protein at Tissue Levels Using Quantitative Dot Blot Analysis QDB

Høj overførselshastighed, absolut bestemmelse af indholdet af en markeret Protein i væv niveauer ved hjælp af kvantitative Dot duppes analyse (QDB)

Lacking a convenient, quantitative, high throughput immunoblot method for absolute determination of the content of a specific protein at cellular and ...

Mouse Adipose Tissue Collection and Processing for RNA Analysis

Musen fedtvæv indsamling og forarbejdning til RNA analyser

Compared to other tissues, white adipose tissue has a considerably less RNA and protein content for downstream applications such as real-time PCR and ...

Toeprinting Analysis of Translation Initiation Complex Formation on Mammalian mRNAs

Toeprinting analyse af oversættelse indledningen kompleks dannelse på pattedyr mRNAs

Translation initiation is the rate-limiting step of protein synthesis and represents a key point at which cells regulate their protein output. Regulation ...

2 in 1: One-step Affinity Purification for the Parallel Analysis of Protein-Protein and Protein-Metabolite Complexes

2 i 1: et-trins affinitet rensning for den parallelle analyse af Protein-Protein og Protein-metabolit komplekser

Cellular processes are regulated by interactions between biological molecules such as proteins, metabolites, and nucleic acids. While the investigation of ...

Using In Vitro Fluorescence Resonance Energy Transfer to Study the Dynamics Of Protein Complexes at a Millisecond Time Scale

Bruger i Vitro fluorescens resonans energioverførsel at studere dynamikken i proteinkomplekser på en millisekund tidsskala

Proteins are the primary operators of biological systems, and they usually interact with other macro- or small molecules to carry out their biological ...