Name: rna blot analysis for the detection and quantification of plant micrornas
Uploaded: 2020-07-11T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about RNA Blot Analysis for the Detection and Quantification of Plant MicroRNAs at JoVE.com

Os autores reconhecem o acesso ao laboratório de radiação fornecido pelo instituto anfitrião e pelo BRIT para radioisótopos. O laboratório PVS é apoiado pelo Centro Nacional de Ciências Biológicas do Instituto Tata de Pesquisa Fundamental e bolsas (BT/PR12394/AGIII/103/891/2014; BT/IN/Swiss/47/JGK/2018-19; BT/PR25767/GET/119/151/2017) do Departamento de Biotecnologia, Governo da Índia. MP reconhece DBT-Research Associateship, DBT, Governo da Índia.

1. Preparação de um gel de poliacrilamida de 15% de desnaturação
<ol><li>Pesar e adicionar 4,8 g de ureia, adicionar 3,75 mL de 40% de acrilamida: solução bisacrilamida (19:1) e 1 mL de 10x TBE pH 8.2 em um tubo estéril de 50 mL.</li>
	<li>Dissolva a ureia usando um banho de água a 60 °C em uma solução clara.</li>
	<li>Recarrege o volume para 10 mL usando água estéril recém-autoclavada e esfrie a mistura de gel à temperatura ambiente.</li>
	<li>Prepare a solução fresca de persulfito de amônio de 10% (...

<ol>
	<li>Baulcombe, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+silencing+in+plants.">RNA silencing in plants.</a> Nature. 431, 356-363 (2004).</li><li>Anushree, N., Shivaprasad, P. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+Plant+miRNA+Biogenesis.">Regulation of Plant miRNA Biogenesis.</a> Proceedings of the Indian National Science Academy. 95, (2017).</li><li>Narjala, A., Nair, A., Tirumalai, V., Hari Sundar, G. V., Shivaprasad, P. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+conserved+sequence+signature+is+essential+for+robust+plant+miRNA+biogenesis.">A conserved sequence signature is essential for robust plant miRNA biogenesis.</a> Nucleic Acids Research. , (2020).</li><li>Chen, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=22-Nucleotide+RNAs+trigger+secondary+siRNA+biogenesis+in+plants.">22-Nucleotide RNAs trigger secondary siRNA biogenesis in plants.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107, 15269-15274 (2010).</li><li>Shivaprasad, P. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+microRNA+superfamily+regulates+nucleotide+binding+site-leucine-rich+repeats+and+other+mRNAs.">A microRNA superfamily regulates nucleotide binding site-leucine-rich repeats and other mRNAs.</a> Plant Cell. 24, 859-874 (2012).</li><li>Shivaprasad, P. V., Dunn, R. M., Santos, B. A., Bassett, A., Baulcombe, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraordinary+transgressive+phenotypes+of+hybrid+tomato+are+influenced+by+epigenetics+and+small+silencing+RNAs.">Extraordinary transgressive phenotypes of hybrid tomato are influenced by epigenetics and small silencing RNAs.</a> The EMBO Journal. 31, 257-266 (2012).</li><li>Akbergenov, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+characterization+of+geminivirus-derived+small+RNAs+in+different+plant+species.">Molecular characterization of geminivirus-derived small RNAs in different plant species.</a> Nucleic Acids Research. 34, 462-471 (2006).</li><li>Tirumalai, V., Swetha, C., Nair, A., Pandit, A., Shivaprasad, P. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=miR828+and+miR858+regulate+VvMYB114+to+promote+anthocyanin+and+flavonol+accumulation+in+grapes.">miR828 and miR858 regulate VvMYB114 to promote anthocyanin and flavonol accumulation in grapes.</a> Journal of Experimental Botany. , (2019).</li><li>Li, C., Zamore, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+Small+RNAs+by+Northern+Hybridization.">Analysis of Small RNAs by Northern Hybridization.</a> Cold Spring Harbor Protocols. (8), (2018).</li><li>Swetha, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Major+domestication-related+phenotypes+in+indica+rice+are+due+to+loss+of+miRNA-mediated+laccase+silencing.">Major domestication-related phenotypes in indica rice are due to loss of miRNA-mediated laccase silencing.</a> The Plant Cell. , (2018).</li></ol>

Este método pode ser amplamente utilizado para detecção e quantificação de pequenos RNAs, incluindo miRNAs menos abundantes. O protocolo descreve principalmente os passos para desnaturar o RNA total em um buffer de carregamento, separação de tamanho por eletroforese de gel, transferência de RNA para uma membrana, cruzar o RNA para a membrana e hibridizar usando sondas oligo chamadas radiolabeled desejadas.
O passo crítico para qualquer experimento de manchas é o uso de RNA de boa qua...

A recente descoberta de pequenas RNAs regulatórias, microRNAs, tem liderado pesquisas para entendê-las e seu papel em plantas e animais1. Precursores longos de miRNAs são processados em miRNAs maduros de 21 a 24 nt por HYL1 e proteínas específicas semelhantes a dicer2,,3. Um miRNA de 22 nt pode iniciar o silenciamento em cascata gerando siRNAssecundárias 4. Estudos têm mostrado o papel das miRNAs e siRNAs secundárias no desenvolvimento, destino celular e respostas ao estresse5,6.
A hibridização do norte é um método experimental rotineiramente empregado para detectar moléculas específicas de RNA. Este método personaliza seu uso na detecção de aproximadamente 19 -24 nt de comprimento pequeno RNAs de um pool de RNAs totais7. Nesta demonstração, ilustramos o uso desta técnica para a detecção e quantificação de miRNAs. Este método utiliza rotulagem de sondas usando radioisótopos; assim, os níveis de miRNA na amostra podem ser detectados com maior sensibilidade. Ao contrário dos métodos baseados em PCR, este método garante quantificação de expressão, bem como determinação de tamanho dos miRNAs. Neste protocolo, mostramos passos cruciais que melhoram a detecção de miRNA. Modificamos etapas em blotting e hibridização para obtenção de detecção de sinal de alta resolução de miRNAs. Esta técnica também pode ser usada para a detecção de outros RNAs pequenos endógenos, como siRNAs, RNAs tasi-secundários e snoRNAs.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>40% Acrylamide-bisacrylamide solution</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>A9926</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium persulphate (APS)</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1610700</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Blotting paper</td>
			<td>whatmann blotting paper I</td>
			<td>1001-125</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bromophenol blue</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>B5525-5G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Capillary loading tips</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>2239915</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deionized formamide</td>
			<td>Ambion</td>
			<td>AM9342</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Heating block</td>
			<td>Eppendorff</td>
			<td>5350</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hybond N+nylon membrane</td>
			<td>GE</td>
			<td>RPN203B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hybridization bottle</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>Z374792-1EA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hybridization Oven</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>1211V79</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N,N,N&#8217;,N&#8217;-Tetramethylethylenediamine (TEMED)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T7024-25ml</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PhosphorImager</td>
			<td>GE- Typhoon scanner</td>
			<td>29187194</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PhosphorImager screen and cassette</td>
			<td>GE healthcare</td>
			<td>GE28-9564-75</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipettes</td>
			<td>Gilson, models: P20 and P10</td>
			<td>FA10002M, FA10003M</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plastic pipette</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>357550</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polyacrylamide gel apparatus</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1658003EDU</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sephadex G-25 column</td>
			<td>GE healthcare</td>
			<td>27532501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Speed Vac Concentrator</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>20-548-130</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Spinwin</td>
			<td>Tarsons</td>
			<td>1010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T4 Polynucleotide Kinase (PNK)</td>
			<td>NEB</td>
			<td>M0201S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Transblot apparatus</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1703946</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ULTRAHyb hybridization buffer</td>
			<td>Ambion</td>
			<td>AM8670</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Urea</td>
			<td>Fischer Scientific</td>
			<td>15985</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UV-crosslinker</td>
			<td>UVP</td>
			<td>CL-1000L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex</td>
			<td>Tarsons</td>
			<td>3020</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath</td>
			<td>NEOLAB</td>
			<td>D-8810</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xylene cyanol</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>X4126-10G</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

rna blot analysis for the detection and quantification of plant micrornas

MicroRNAs (miRNAs) são uma classe de não codificação expressa endógenamente expressa, ~21 nt pequenos RNAs envolvidos na regulação da expressão genética em plantas e animais. A maioria dos miRNAs atuam como interruptores negativos de expressão genética visando genes-chave. Nas plantas, as transcrições miRNAs primárias (pri-miRNAs) são geradas pela polimerase RNA II, e formam diferentes comprimentos de estruturas estáveis de laço-tronco chamadas pré-miRNAs. Uma endonuclease, semelhante a Dicer1, processa os pré-miRNAs em duplexes miRNA-miRNA*. Um dos fios do duplex miRNA-miRNA* é selecionado e carregado na proteína Argonaute 1 ou seus homólogos para mediar o decote dos mRNAs alvo. Embora os miRNAs sejam moléculas-chave de sinalização, sua detecção é frequentemente realizada por métodos baseados em PCR menos que ideais em vez de uma análise sensível da mancha do norte. Descrevemos um método norte simples, confiável e extremamente sensível que é ideal para a quantificação dos níveis de miRNA com sensibilidade muito alta, literalmente de qualquer tecido vegetal. Além disso, este método pode ser usado para confirmar o tamanho, estabilidade e a abundância de miRNAs e seus precursores.

Nesta demonstração, detectamos e quantificamos a expressão do miR397 em diferentes tecidos de arroz indica var whiteponni(Figura 1). miR397 é um miRNA de 22 nt e miRNA conservado. A expressão do miR397 pode ser detectada em todas as amostras testadas. De acordo com os dados de sequenciamento de próxima geração, a amostra 1 (tecido de mudas) tem miR397 a 5 leituras por milhão (rpm). Detectamos seu sinal confortavelmente, indicando que o método é muito sensível e ...

Watch this Scientific Journal Video about RNA Blot Analysis for the Detection and Quantification of Plant MicroRNAs at JoVE.com

RNA Blot Analysis for the Detection and Quantification of Plant MicroRNAs

Este método demonstra o uso da técnica de hibridização do norte para detectar miRNAs a partir do extrato total de RNA.

Análise de blot de RNA para detecção e quantificação de MicroRNAs vegetais

MicroRNAs (miRNAs) are a class of endogenously expressed non-coding, ~21 nt small RNAs involved in the regulation of gene expression in both plants and ...

Oi. Então este é um pequeno protocolo RNA norte. É uma derivada de protocolo originalmente otimizada pelo Dr. Rashid Akbergenov.Neste método, pode-se detectar pequenos RNA's de qualquer lugar entre 20-24 nucleotídeos de comprimento, muito precisamente e em alta resolução. O protocolo é basicamente uma forma modificada de análise tradicional do Norte, mas aqui, a porcentagem de acrilamida é bastante alta, é de 15%. Este norte pode ser usado para detectar RNA pequeno já conhecido, seja micro RNA ou outro conjunto de RNA pequeno, quando a sequência é conhecida ou pode ser usada para confirmação de abundância de RNA pequeno vindo de conjuntos de dados de sequenciamento de próxima geração.A vantagem deste método é que, não se pode apenas olhar para a abundância de micro RNA, mas também a abundância de precursores, por exemplo micro RNAs pode deixar de fora um precursor que é em torno de 30 a ser algumas centenas de nucleotídeos de comprimento, isso também pode ser detectado simultaneamente, juntamente com o micro RNA. O protocolo é muito simples, muito direto, mas é preciso ser muito cauteloso ao executar alguns passos críticos que estão listados no final deste protocolo. Para a preparação de 10 mL de mistura de gel, adicione 4,8 gramas de ureia, 3,75 mL de solução de acrilamida de 40% e 1 mL de 10X TBE recém-preparado, pH 8.2 e misture suavemente a solução.Dissolva completamente a ureia, aquecendo a mistura em um banho de água, até que a solução pareça clara. Coma o volume até 10 mL, usando água MilliQ estéril e esfrie a mistura de gel à temperatura ambiente. Lave o aparelho necessário com detergente, esfregue-os suavemente para remover TBE e Acrilamida residuais.Enxágüe-os ainda mais com água MilliQ e deixe-a secar. Monte a placa de vidro juntos, certifique-se de que ambos estão no mesmo nível. Coloque-os firmemente sobre a esponja.Adicione 8 micro litros de TEMED e 80 micro litros de APS 10% recém-preparados ao mix de gel. Misture delicadamente e despeje a mistura de gel nas placas montadas. Certifique-se de que o gel não vaze.Coloque o pente com cuidado. Deixe o gel polimerizar por aproximadamente 45 minutos. Após a polimerização do gel, remova as placas de vidro do conjunto.Lave as placas de vidro com água MilliQ. E coloque-os na fita de corrida. Coloque o funcionando dentro do tanque.Despeje recém-preparado 1X TBE, pH 8.2. Remova o pente cuidadosamente. Lave bem os poços do gel, encanar o tampão.Esta etapa remove precipitações de ureia do poço e facilita o RNA para correr uniformemente através do gel. Feche a tampa do aparelho e pré-execute o gel vazio a 80 volts por 30 minutos, para verificar se há algum vazamento de buffer. Para a preparação de 10 mL de corante de carga, pese 5 mg de azul bromofenol, 5 mg de cianol de xileno e adicione 10 mL de formamida deioinizada e misture-os bem.Aliquot o corante e armazene a 4 graus para uso posterior. Alíquota 10 microgramas de RNA total em tubos estéreis de 1,5 mL. Certifique-se de que a qualidade do RNA, ou seja.a proporção 260:230 é maior ou mais próxima de duas. Coloque o tubo dentro de uma velocidadeVac e seque as amostras. Suspenda as amostras de RNA secas em 8 micro litros de corante de carregamento.Aqueça as amostras a 98 graus por dois minutos. Esfrie-os por um minuto em temperatura ambiente. Vórtice as amostras de RNA resfriadas para garantir a suspensão adequada no corante de carregamento.Gire os tubos. Repita os passos de aquecimento, resfriamento e vórtice por três vezes para obter RNA fluindo livremente. Pare a pré-execução do gel.Lave bem os poços, antes de carregar a amostra, para remover os depósitos da ureia dentro dos poços. Aqueça as amostras de RNA re-suspensas a 98 graus por um minuto. Coloque as amostras quentes nos poços usando pontas capilares.Evite introduzir bolhas de ar. Carregamento completo de todas as amostras e montar a tampa. Execute o gel a 80 volts por três horas ou até que o azul bromofenol corra completamente.Use membrana de nylon carregada positivamente para a transferência. Corte-o nas dimensões da placa de vidro. Rotule a membrana no canto superior direito.Coloque suavemente a membrana na superfície da água MilliQ estéril certifique-se de colocar o lado da etiqueta para baixo, de frente para a superfície da água. Pegue uma bandeja limpa e prepare o sanduíche de gel para a transferência de eletro. Coloque o lado cinza da fita para baixo.Despeje 1X TBE ligeiramente acima do nível do. Pré-molhe a almofada de fibra em 1X TBE e esprema-a para remover bolhas de ar. Corte dois pedaços de papel manchado do tamanho de fibra.Pré-molhar um pedaço de papel manchado em 1X TBE e colocá-lo sobre a almofada de fibra. Remova as bolhas de ar rolando uma pipeta de plástico sobre o papel. Pré-molhar outro pedaço de papel manchado em 1X TBE e colocá-lo sobre o.Role para remover bolhas de ar. Agora a configuração do sanduíche está pronta para transferência de eletro. Após a conclusão da eletroforese, pare a corrida e remova a tampa do aparelho.Remova o de execução da configuração. Tire as placas de vidro do. Remova cuidadosamente o gel da montagem.Coloque-o sobre o papel de mancha de tal forma que a primeira amostra de RNA carregada seja para a sua direita. Mergulhe suavemente a membrana pré-encharcada em 1X TBE e coloque-a sobre o gel, de frente para o lado rotulado para baixo. Não deixe a membrana e o gel secarem.Role suavemente para remover a bolha de ar. Mergulhe um pedaço de papel manchado em 1X TBE e coloque-o sobre a membrana. Remova bolhas de ar.Coloque outro pedaço de papel manchado e remova as bolhas de ar. Complete o sanduíche colocando a almofada de fibra sobre o conjunto. Feche a fita com firmeza.Coloque o trans-blot no módulo. Encha o tanque com 1X TBE, pH 8.2, até a marca de manchas. Feche a tampa do aparelho e transfira a 10 volts durante a noite a 4 graus ou em uma sala fria.Mantenha o linker cruzado UV pronto e coloque-o em 1200, pouco antes da conclusão da transferência de eletro. Após a conclusão da transferência, remova o do módulo. Coloque a membrana úmida em uma folha A4, colocando o lado marcado para cima.Cruze o RNA à membrana por irradiação com 254 nanômetros de luz UV a 120 milissegundos. A mancha transversal pode ser armazenada em quatro graus ou usada para hibridização. Projete uma sonda que seja completamente complementar ao pequeno RNA que precisa ser detectado.Rotule a sonda em cinco extremidades prime usando enzima PNK e combine os componentes como mostrado. Incubar a mistura de reação a 37 graus por 30 minutos. Após 30 minutos de incubação use colunas G-25 para separar sondas não rotuladas da mistura de reação.Para uma rotulagem melhorada da sonda, prepare a coluna G-25 antes de usar. Coloque a mancha, lado RNA de frente para cima, dentro de uma garrafa de hibridização. Misture vigorosamente o tampão de hibridização antes de usar.Adicione 10 mL de tampão de hibridização dentro e coloque a garrafa de hibridização dentro do forno de hibridização, mantenha a 35 graus com rotação. Realizar a pré-hibridização por 20 a 30 minutos. Após a pré-hibridização, retire a garrafa do forno.Adicione a sonda rotulada no buffer de hibridização suavemente. Certifique-se de que as bolhas de ar não sejam criadas. Incubar a mancha dentro do forno a 35 graus com rotação por 12 horas.Após a hibridização, remova o tampão de hibridização da garrafa. Realize uma lavagem rápida das manchas, usando tampão de lavagem-I. Esta etapa é realizada para remover o excesso de solução de hibridização das manchas.Incubar ainda mais as manchas a 35 graus por 30 minutos usando tampão de lavagem-I. Realize outra lavagem usando buffer-II a 35 graus por 30 minutos. Após a lavagem da mancha, coloque-a dentro de uma tampa de hibridização, remova o excesso de tampão e sele-a.Coloque-o dentro de um e exponha-o a uma tela de imagem fosfo livre de radiação por 12 horas. Detecte o sinal de hibridização usando o imager biomolecular tufão e analise os resultados usando o software ImageJ. Para hibridização da mancha com outras sondas, execute etapas de descascamento como ilustrado.Com esta técnica pode-se estimar a abundância de micro RNA, bem como seu comprimento. A partir desta imagem, a expressão do micro RNA 397 pode ser detectada em todas as amostras. Nesta mancha, a abundância de amostra é de aproximadamente 5 leituras por milhão, conforme dados de sequenciamento de próxima geração, sugerindo que nossa técnica pode detectar micro RNAs menos abundantes também.Além disso, utilizando o software de quantificação ImageJ, pode-se quantificar a expressão do micro 397 entre as amostras. Aqui usamos U6 e micro RNA 168 como controles de carregamento. Falarei de alguns passos cruciais que devem ser considerados durante a realização do experimento.Certifique-se de usar RNA de boa qualidade para preparação da amostra. Enquanto o vácuo seca as amostras, evite secá-las demais. A re-suspensão do RNA no corante de carregamento é fundamental.Certifique-se de preparar uma amostra de fluxo livre. Deve-se tomar cuidado durante o carregamento do gel. Os poços do gel devem ser lavados e a amostra deve ser carregada em linha reta dentro dos poços.Durante a transferência de eletro, a disseminação da membrana na água, pouco antes de mergulhá-la em 1X TBE é essencial, melhora a transferência. A hibridização da mancha deve ser realizada a 35 graus. Mantenha a temperatura do forno de hibridização.Para o uso repetido das manchas, as membranas devem ser armazenadas em 4 graus. Eles devem ser mantidos úmidos em 2X SSE. Ao contrário de outros métodos baseados em PCR, este método garante a quantificação da expressão, bem como a determinação do tamanho das micro RNAs.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Isolation of High-density Lipoproteins for Non-coding Small RNA Quantification

O isolamento de lipoproteínas de alta densidade para não codificante pequeno ARN Quantificação

The diversity of small non-coding RNAs (sRNA) is rapidly expanding and their roles in biological processes, including gene regulation, are emerging. Most ...

Bioquímica

Experimental Design for Laser Microdissection RNA-Seq: Lessons from an Analysis of Maize Leaf Development

Projeto Experimental de Laser Microdissecção RNA-Seq: Lições de uma análise do desenvolvimento foliar do milho

Genes with important roles in development frequently have spatially and/or temporally restricted expression patterns. Often these gene transcripts are not ...

An Efficient Method for the Isolation of Highly Purified RNA from Seeds for Use in Quantitative Transcriptome Analysis

Um método eficiente para o isolamento de ARN altamente purificada a partir de sementes para Utilização em Análise Quantitativa do transcriptoma

Plant seeds accumulate large amounts of storage reserves comprising biodegradable organic matter. Humans rely on seed storage reserves for food and as ...

A Simple Fractionated Extraction Method for the Comprehensive Analysis of Metabolites, Lipids, and Proteins from a Single Sample

Um Método de Extração Fracionada Simples para a Análise Abrangente de Metabolitos, Lípidos e Proteínas de uma única amostra

Understanding of complex biological systems requires the measurement, analysis and integration of multiple compound classes of the living cell, usually ...

Horizontal Gel Electrophoresis for Enhanced Detection of Protein-RNA Complexes

Eletroforese em gel horizontal para detecção melhorada de complexos de ARN-proteína

Native polyacrylamide gel electrophoresis is a fundamental tool of molecular biology that has been used extensively for the biochemical analysis of ...

High Throughput, Absolute Determination of the Content of a Selected Protein at Tissue Levels Using Quantitative Dot Blot Analysis (QDB)

High Throughput, Absolute Determination of the Content of a Selected Protein at Tissue Levels Using Quantitative Dot Blot Analysis QDB

Alto Throughput, absoluta determinação do conteúdo de uma proteína selecionada em níveis de tecido usando quantitativa Dot Blot Analysis (QDB)

Lacking a convenient, quantitative, high throughput immunoblot method for absolute determination of the content of a specific protein at cellular and ...

Mouse Adipose Tissue Collection and Processing for RNA Analysis

Coleção de tecido adiposo de mouse e processamento para análise de RNA

Compared to other tissues, white adipose tissue has a considerably less RNA and protein content for downstream applications such as real-time PCR and ...

Toeprinting Analysis of Translation Initiation Complex Formation on Mammalian mRNAs

Análise de Toeprinting de formação do complexo iniciação tradução de mRNAs mamíferos

Translation initiation is the rate-limiting step of protein synthesis and represents a key point at which cells regulate their protein output. Regulation ...

2 in 1: One-step Affinity Purification for the Parallel Analysis of Protein-Protein and Protein-Metabolite Complexes

2 em 1: uma etapa de purificação da afinidade para a análise paralela de proteína-proteína e proteína-metabólito complexos

Cellular processes are regulated by interactions between biological molecules such as proteins, metabolites, and nucleic acids. While the investigation of ...

Using In Vitro Fluorescence Resonance Energy Transfer to Study the Dynamics Of Protein Complexes at a Millisecond Time Scale

Usando na transferência de energia de ressonância de fluorescência de Vitro para estudar a dinâmica dos complexos de proteínas em uma escala de tempo de milissegundo

Proteins are the primary operators of biological systems, and they usually interact with other macro- or small molecules to carry out their biological ...