Name: rna blot analysis for the detection and quantification of plant micrornas
Uploaded: 2020-07-11T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about RNA Blot Analysis for the Detection and Quantification of Plant MicroRNAs at JoVE.com

Författarna erkänner tillgång till strålning lab som värdinstitutet och BRIT för radioisotope. PVS-laboratoriet stöds av National Center for Biological Sciences, Tata Institute for Fundamental Research and grants (BT/PR12394/AGIII/103/891/2014; BT/IN/Swiss/47/JGK/2018-19; BT/PR25767/GET/119/151/2017) från Department of Biotechnology, Indiens regering. MP erkänner DBT-Research Associateship, DBT, Indiens regering.

1. Beredning av en 15% denaturering polyakristrylamid gel
<ol><li>Väg och tillsätt 4,8 g urea, tillsätt 3,75 ml 40 % akrylamid: bisakrylamidlösning (19:1) lösning och 1 ml 10x TBE pH 8.2 i ett sterilt 50 ml-rör.</li>
	<li>Lös upp urea med hjälp av ett vattenbad som är inställt på 60 °C i en klar lösning.</li>
	<li>Fyll på volymen till 10 ml med nybenäven sterilt vatten och kyl gelblandningen till rumstemperatur.</li>
	<li>Förbered färsk 10% (w / v) ammonium persulfate lösning.</li>
</ol><p class="jove...

<ol>
	<li>Baulcombe, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+silencing+in+plants.">RNA silencing in plants.</a> Nature. 431, 356-363 (2004).</li><li>Anushree, N., Shivaprasad, P. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regulation+of+Plant+miRNA+Biogenesis.">Regulation of Plant miRNA Biogenesis.</a> Proceedings of the Indian National Science Academy. 95, (2017).</li><li>Narjala, A., Nair, A., Tirumalai, V., Hari Sundar, G. V., Shivaprasad, P. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+conserved+sequence+signature+is+essential+for+robust+plant+miRNA+biogenesis.">A conserved sequence signature is essential for robust plant miRNA biogenesis.</a> Nucleic Acids Research. , (2020).</li><li>Chen, H. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=22-Nucleotide+RNAs+trigger+secondary+siRNA+biogenesis+in+plants.">22-Nucleotide RNAs trigger secondary siRNA biogenesis in plants.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107, 15269-15274 (2010).</li><li>Shivaprasad, P. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+microRNA+superfamily+regulates+nucleotide+binding+site-leucine-rich+repeats+and+other+mRNAs.">A microRNA superfamily regulates nucleotide binding site-leucine-rich repeats and other mRNAs.</a> Plant Cell. 24, 859-874 (2012).</li><li>Shivaprasad, P. V., Dunn, R. M., Santos, B. A., Bassett, A., Baulcombe, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraordinary+transgressive+phenotypes+of+hybrid+tomato+are+influenced+by+epigenetics+and+small+silencing+RNAs.">Extraordinary transgressive phenotypes of hybrid tomato are influenced by epigenetics and small silencing RNAs.</a> The EMBO Journal. 31, 257-266 (2012).</li><li>Akbergenov, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+characterization+of+geminivirus-derived+small+RNAs+in+different+plant+species.">Molecular characterization of geminivirus-derived small RNAs in different plant species.</a> Nucleic Acids Research. 34, 462-471 (2006).</li><li>Tirumalai, V., Swetha, C., Nair, A., Pandit, A., Shivaprasad, P. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=miR828+and+miR858+regulate+VvMYB114+to+promote+anthocyanin+and+flavonol+accumulation+in+grapes.">miR828 and miR858 regulate VvMYB114 to promote anthocyanin and flavonol accumulation in grapes.</a> Journal of Experimental Botany. , (2019).</li><li>Li, C., Zamore, P. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+Small+RNAs+by+Northern+Hybridization.">Analysis of Small RNAs by Northern Hybridization.</a> Cold Spring Harbor Protocols. (8), (2018).</li><li>Swetha, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Major+domestication-related+phenotypes+in+indica+rice+are+due+to+loss+of+miRNA-mediated+laccase+silencing.">Major domestication-related phenotypes in indica rice are due to loss of miRNA-mediated laccase silencing.</a> The Plant Cell. , (2018).</li></ol>

Denna metod kan användas i stor utsträckning för detektion och kvantifiering av små RNA inklusive mindre rikliga miRNAs. Protokollet beskriver främst stegen för denaturering av den totala RNA i en lastbuffert, storleksseparation av gelelektrofores, överföring av RNA till ett membran, tvärlänk arren på membranet och hybridisera med hjälp av önskad radiolabeled oligo sonder.
Det kritiska steget för alla blotting experiment är användningen av god kvalitet RNA för provberedning. I...

Den senaste upptäckten av små reglerande RNA, microRNAs, har lett forskning för att förstå dem och deras roll i växter och djur1. Långa prekursorer av miRNAs bearbetas till 21 till 24 nt mogna miRNAs av HYL1 och specifika dicer-liknande proteiner2,3. En 22 nt miRNA kan initiera kaskad ljuddämpning genom att generera sekundära siRNAs4. Studier har visat den roll som miRNAs och sekundära siRNAs i utveckling, cell öde och stress svar5,6.
Nordlig hybridisering är en experimentell metod som rutinmässigt används för att upptäcka specifika RNA-molekyler. Denna metod anpassar dess användning vid detektion av cirka 19 -24 nt långa små RNA från en pool av totala RNAs7. I denna demonstration illustrerar vi användningen av denna teknik för detektion och kvantifiering av miRNAs. Denna metod använder märkning av sonder som använder radioisotetter. miRNA-nivåerna i provet kan därför detekteras med ökad känslighet. Till skillnad från PCR-baserade metoder säkerställer denna metod kvantifiering av uttryck samt storleksbestämning av miRNAs. I det här protokollet visar vi viktiga steg som förbättrar miRNA-identifiering. Vi har ändrat steg i blotting och hybridisering för att få högupplöst signaldetektering av miRNAs. Denna teknik kan också användas för detektion andra endogena små RNA såsom siRNAs, tasi-sekundära RNAs och snoRNAs.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>40% Acrylamide-bisacrylamide solution</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>A9926</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium persulphate (APS)</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1610700</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Blotting paper</td>
			<td>whatmann blotting paper I</td>
			<td>1001-125</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bromophenol blue</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>B5525-5G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Capillary loading tips</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>2239915</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deionized formamide</td>
			<td>Ambion</td>
			<td>AM9342</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Heating block</td>
			<td>Eppendorff</td>
			<td>5350</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hybond N+nylon membrane</td>
			<td>GE</td>
			<td>RPN203B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hybridization bottle</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>Z374792-1EA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hybridization Oven</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>1211V79</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N,N,N&#8217;,N&#8217;-Tetramethylethylenediamine (TEMED)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T7024-25ml</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PhosphorImager</td>
			<td>GE- Typhoon scanner</td>
			<td>29187194</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PhosphorImager screen and cassette</td>
			<td>GE healthcare</td>
			<td>GE28-9564-75</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipettes</td>
			<td>Gilson, models: P20 and P10</td>
			<td>FA10002M, FA10003M</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plastic pipette</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>357550</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polyacrylamide gel apparatus</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1658003EDU</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sephadex G-25 column</td>
			<td>GE healthcare</td>
			<td>27532501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Speed Vac Concentrator</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>20-548-130</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Spinwin</td>
			<td>Tarsons</td>
			<td>1010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T4 Polynucleotide Kinase (PNK)</td>
			<td>NEB</td>
			<td>M0201S</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Transblot apparatus</td>
			<td>BioRad</td>
			<td>1703946</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ULTRAHyb hybridization buffer</td>
			<td>Ambion</td>
			<td>AM8670</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Urea</td>
			<td>Fischer Scientific</td>
			<td>15985</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UV-crosslinker</td>
			<td>UVP</td>
			<td>CL-1000L</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex</td>
			<td>Tarsons</td>
			<td>3020</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath</td>
			<td>NEOLAB</td>
			<td>D-8810</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Xylene cyanol</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>X4126-10G</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

rna blot analysis for the detection and quantification of plant micrornas

MicroRNAs (miRNAs) är en klass av endogent uttryckt icke-kodning, ~ 21 nt små RNAs som deltar i regleringen av genuttryck i både växter och djur. De flesta miRNAs fungerar som negativa växlar av genuttryck inriktning viktiga gener. I växter, primära miRNAs (pri-miRNAs) avskrifter genereras av RNA polymeras II, och de bildar varierande längder av stabila stem-loop strukturer som kallas pre-miRNAs. En endonuclease, Dicer-like1, bearbetar pre-miRNAs i miRNA-miRNA * duplex. En av strängarna från miRNA-miRNA* duplex väljs ut och lastas på Argonaute 1 protein eller dess homologs för att medla klyvning av mål mRNAs. Även om miRNAs är viktiga signalmolekyler, är deras detektion ofta utförs av mindre än optimala PCR-baserade metoder i stället för en känslig norra blot analys. Vi beskriver en enkel, tillförlitlig och extremt känslig nordlig metod som är idealisk för kvantifiering av miRNA-nivåer med mycket hög känslighet, bokstavligen från någon växtvävnad. Dessutom kan denna metod användas för att bekräfta storlek, stabilitet och överflöd av miRNAs och deras prekursorer.

I denna demonstration har vi upptäckt och kvantifierat uttrycket av miR397 i olika vävnader av indica ris var whiteponni (figur 1). miR397 är en 22 nt miRNA och bevarade miRNA. Uttrycket av miR397 kan detekteras i alla testade prover. Enligt nästa generations sekvenseringsdata har prov 1 (plantvävnad) miR397 vid 5 läsningar per miljon (rpm). Vi upptäckte dess signal bekvämt, vilket tyder på att metoden är mycket känslig och kan användas för att upptäcka även ...

Watch this Scientific Journal Video about RNA Blot Analysis for the Detection and Quantification of Plant MicroRNAs at JoVE.com

RNA Blot Analysis for the Detection and Quantification of Plant MicroRNAs

Denna metod visar användning av norra hybridisering teknik för att upptäcka miRNAs från totala RNA extrakt.

RNA Blot Analys för detektion och kvantifiering av Plant MicroRNAs

MicroRNAs (miRNAs) are a class of endogenously expressed non-coding, ~21 nt small RNAs involved in the regulation of gene expression in both plants and ...

Hej du. Så detta är ett litet RNA norra protokoll. Det är ett derivat av protokoll ursprungligen optimerad av Dr.Rashid Akbergenov.I denna metod kan man upptäcka små RNA: s av någonstans mellan 20-24 nukleotid i längd, mycket exakt och vid mycket hög upplösning. Protokollet är i grunden en modifierad form av traditionell nordlig analys, men här är andelen akrylamid ganska hög, det är 15 procent. Detta nordligt kan användas för att upptäcka redan kända små RNA, antingen mikro-RNA eller annan uppsättning små RNA, när sekvensen är känd eller den kan användas för bekräftelse av överflöd av små RNA som kommer från nästa generations sekvenseringsdataset.Fördel med denna metod är att, man kan inte bara titta på mikro RNA överflöd, men också överflödet av prekursorer, till exempel mikro RNAs kan lämna ut en föregångare som är runt 30 till kan vara ett par hundra nukleotid lång, detta kan också upptäckas samtidigt, tillsammans med mikro RNA. Protokollet är mycket enkel, mycket rakt fram, men man måste vara mycket försiktig när du utför några kritiska steg som anges i slutet av detta protokoll. För beredning av 10 mL gel mix, tillsätt 4,8 gram urea, 3,75 mL 40%Akrylamidlösning, och 1 mL nyberedd 10X TBE, pH 8.2 och blanda lösningen försiktigt.Lös urea helt, genom att värma blandningen i ett vattenbad, tills lösningen ser klar ut. Gör upp volymen till 10 mL, använd sterilt MilliQ-vatten och kyl gelmixen till rumstemperatur. Tvätta den apparat som krävs med rengöringsmedel, skrubba dem försiktigt för att avlägsna kvarvarande TBE och Akrylamid.Skölj dem ytterligare med MilliQ-vatten och låt det torka. Montera glasplattan tillsammans, se till att båda är på samma nivå. Placera dem ordentligt på svampen.Tillsätt 8 mikro liter TEMED och 80 mikro liter 10%nyberedd APS till gel mix. Blanda försiktigt och häll gelen mix till de monterade plattorna. Se till att gelen inte läcker.Placera kammen försiktigt. Låt gelen polymerisera i cirka 45 minuter. Efter polymerisering av gelen, ta bort glasplattorna från monteringen.Tvätta glasplattorna med MilliQ vatten. Och placera dem i löparkassetten. Placera löpkassetten inuti tanken.Häll nyberedd 1X TBE, pH 8.2. Ta bort kammen försiktigt. Tvätta gelens brunnar noggrant genom att pipettera bufferten.Detta steg tar bort fällningar av urea från brunnen och underlättar RNA att köra jämnt över gelen. Stäng locket på apparaten och förkör den tomma gelen vid 80 volt i 30 minuter, för att kontrollera eventuellt buffertläckage. För beredning av 10 mL lastning färgämne, väger 5 mg bromofenol blå, 5 mg xylen cyanol och tillsätt 10 mL av deioinised formamid och blanda dem väl.Aliquot färgen och förvara på 4 grad för vidare användning. Alikvot 10 mikrogram av totalt RNA till sterila 1,5 mL-rör. Kontrollera att kvaliteten på RNA, dvs.260:230-förhållandet är större än eller närmare två. Placera röret inuti en hastighetVac och vakuumtorka proverna. Återuppstäng de torkade RNA-proverna i 8 mikro liter lastning färgämne.Värm proverna i 98 grader i två minuter. Kyl dem i en minut i rumstemperatur. Vortexa de kylda RNA-proverna för att säkerställa korrekt återupphängning i lastningsfärgen.Snurra rören. Upprepa stegen för uppvärmning, kylning och virvel för tre gånger för att få fritt flödande RNA. Stoppa förkörningen av gelén.Tvätta brunnarna noggrant, innan du laddar provet, för att avlägsna avlagringar av urea inuti brunnarna. Värm de återupphängda RNA-proverna i 98 grader i en minut. Fyll på proverna varmt i brunnarna med hjälp av kapillärspetsar.Undvik att införa luftbubblor. Komplett lastning av alla prover och montera locket. Kör gelen på 80 volt i tre timmar eller tills bromophenolblåt går helt.Använd positivt laddat nylonmembran för överföringen. Skär den till glasplattans mått. Märk membranet längst upp i högra hörnet.Placera försiktigt membranet på ytan av sterila MilliQ vatten se till att placera etiketten sidan nedåt, vänd mot vattenytan. Ta en ren bricka och förbereda gel smörgås för electro överföring. Placera kassettens grå sida nedåt.Häll 1X TBE något över nivån på kassetten. Förväpna fiberdynan i 1X TBE och pressa den för att avlägsna luftbubblor. Skär två bitar av blotting papper till storleken av fiber pad.Förväp en bit läskpapper i 1X TBE och placera den över fiberdynan. Ta bort luftbubblor genom att rulla en plastpipett över papperet. Förväp en annan bit av blotting papper i 1X TBE och lägga den över kassetten.Rulla över för att ta bort luftbubblor. Nu är smörgåsuppställningen klar för elektroöverföring. Efter avslutad elektrofores, stoppa körningen och ta bort locket från apparaten.Ta bort den löpande kassetten från installationen. Ta ut glasplattorna från löparkassetten. Ta försiktigt bort gelen från monteringen.Lägg det över blottingpapper så att det första laddade RNA-provet är mot höger. Doppa försiktigt det förindränkta membranet i 1X TBE och placera den över gelen, vänd mot den märkta sidan nedåt. Låt inte membranet och gelen torka.Rulla över försiktigt för att ta bort luftbubbla. Doppa en bit blottingpapper i 1X TBE och lägg det över membranet. Ta bort luftbubblor.Placera en annan bit av blotting papper och ta bort luftbubblorna. Komplettera smörgåsen genom att lägga fiberdynan över monteringen. Stäng kassetten ordentligt.Placera trans-blot-kassetten i modulen. Fyll tanken med 1X TBE, pH 8.2, upp till blottingmärket. Stäng locket på apparaten och överför vid 10 volt över natten vid 4 grader eller i ett kylrum.Håll UV-cross linker redo och ställ in den på 1200, strax före slutförandet av electro överföring. Efter avslutad överföring, ta bort kassetten från modulen. Placera det fuktiga membranet på ett A4-ark, placera den markerade sidan uppåt.Tvärlänka RNA till membranet genom bestrålning med 254 nanometer UV-ljus vid 120 millimeter joule. Den tvärlänkade bloten får lagras i fyra grader eller användas för hybridisering. Designa en sond som är helt gratis till den lilla RNA som måste upptäckas.Avsluta etiketten sonden på det fem främsta änden med hjälp av PNK enzym och kombinera komponenter som visas. Inkubera reaktionsblandningen i 37 grader i 30 minuter. Efter 30 minuter av inkubation använd G-25 kolumner för att separera omärkta sonder från reaktionsblandningen.För förbättrad märkning av sonden, förbered G-25-kolonnen före användning. Placera blot, RNA sida vänd topp, inuti en hybridisering flaska. Blanda hybridiseringsbufferten kraftigt före användning.Tillsätt 10 mL hybridiseringsbuffert inuti och placera hybridiseringsflaskan inuti hybridiseringsugnen, bibehåll vid 35 grader med rotation. Utför förhybridisering i 20 till 30 minuter. Efter pre-hybridisering ta bort flaskan från ugnen.Lägg till den märkta avsökningen i hybridiseringsbufferten försiktigt. Se till att luftbubblor inte skapas. Inkubera bloten inne i ugnen i 35 grader med rotation i 12 timmar.Efter hybridisering tar du bort hybridiseringsbufferten från flaskan. Utför en snabb tvätt av blottorna, med hjälp av tvättbuffert-I. Det här steget utförs för att avlägsna överflödig hybridiseringslösning från blottorna.Ytterligare inkubera blottor på 35 grader i 30 minuter med hjälp av tvätt buffert-I. Utför en annan tvätt med hjälp av buffert-II vid 35 grader i 30 minuter. Efter tvättning av blot, placera den inuti en hybridisering täcka, ta bort överskott buffert och försegla den.Placera den inuti en kassett och utsätta den för en strålning fri fosfo-imager skärm i 12 timmar. Upptäcka hybridisering signal med hjälp av tyfon biomolekylära imager och analysera resultaten med hjälp av ImageJ programvara. För hybridisering av blot med andra sonder, utför strippning steg som illustreras.Med denna teknik kan man uppskatta överflödet av mikro-RNA, liksom det är längd. Från denna bild kan uttryck av mikro RNA 397 detekteras i alla proverna. I denna skamfläck, är överflödet av prov en cirka 5 läsningar per miljon, enligt nästa generations sekvenseringsdata, vilket tyder på att vår teknik kan upptäcka mindre rikliga mikro RNAs också.Dessutom, genom att använda ImageJ kvantifiering programvara, kan man kvantifiera uttrycket av mikro 397 bland proverna. Här har vi använt U6 och mikro RNA 168 som lastningsreglage. Jag kommer att tala om några avgörande steg som måste beaktas när du utför experimentet.Se till att använda RNA av god kvalitet för provberedning. Medan vakuum torkning av proverna, undvika över torkning dem. Re-suspension av RNA i lastning färgämnet är kritisk.Se till att förbereda ett fritt flödande prov. Försiktighet måste tas medan du laddar gelen. Gelens brunnar måste tvättas och provet måste laddas i en rak linje innanför brunnarna.Under elektroöverföringen är spridning av membranet i vatten, precis innan doppa den i 1X TBE är viktigt, det förbättrar överföringen. Hybridiseringen av blot måste utföras vid 35 grader. Bibehåll temperaturen i hybridiseringsugnen.För upprepad användning av blottorna måste membran förvaras i 4 grad. De ska hållas fuktiga i 2X SSE. Till skillnad från andra PCR-baserade metoder säkerställer denna metod kvantifiering av uttrycket, liksom bestämning av storleken på mikro RNA.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Isolation of High-density Lipoproteins for Non-coding Small RNA Quantification

Isolering av hög-density lipoprotein för icke-kodande Small RNA Kvantifiering

The diversity of small non-coding RNAs (sRNA) is rapidly expanding and their roles in biological processes, including gene regulation, are emerging. Most ...

Experimental Design for Laser Microdissection RNA-Seq: Lessons from an Analysis of Maize Leaf Development

Experimentell design för Laser Microdissection RNA-Seq: Lektionerna från en analys av majs Leaf utveckling

Genes with important roles in development frequently have spatially and/or temporally restricted expression patterns. Often these gene transcripts are not ...

An Efficient Method for the Isolation of Highly Purified RNA from Seeds for Use in Quantitative Transcriptome Analysis

En effektiv metod för isolering av högrenat RNA från frön för användning i kvantitativ transkriptom analys

Plant seeds accumulate large amounts of storage reserves comprising biodegradable organic matter. Humans rely on seed storage reserves for food and as ...

A Simple Fractionated Extraction Method for the Comprehensive Analysis of Metabolites, Lipids, and Proteins from a Single Sample

En enkel fraktionerad extraktionsmetod för den omfattande analysen av metaboliter, lipider och proteiner från en enda prov

Understanding of complex biological systems requires the measurement, analysis and integration of multiple compound classes of the living cell, usually ...

Horizontal Gel Electrophoresis for Enhanced Detection of Protein-RNA Complexes

Horisontell gelelektrofores för förbättrad detektion av protein-RNA-komplex

Native polyacrylamide gel electrophoresis is a fundamental tool of molecular biology that has been used extensively for the biochemical analysis of ...

High Throughput, Absolute Determination of the Content of a Selected Protein at Tissue Levels Using Quantitative Dot Blot Analysis (QDB)

High Throughput, Absolute Determination of the Content of a Selected Protein at Tissue Levels Using Quantitative Dot Blot Analysis QDB

Hög genomströmning, absolut bestämning av halten av ett Protein som är valda på vävnad nivåer med hjälp av kvantitativa Dot Blot analys (QDB)

Lacking a convenient, quantitative, high throughput immunoblot method for absolute determination of the content of a specific protein at cellular and ...

Mouse Adipose Tissue Collection and Processing for RNA Analysis

Mus fettvävnad insamling och bearbetning för RNA analys

Compared to other tissues, white adipose tissue has a considerably less RNA and protein content for downstream applications such as real-time PCR and ...

Toeprinting Analysis of Translation Initiation Complex Formation on Mammalian mRNAs

Toeprinting analys av översättning inledande komplexa bildande på däggdjur mRNA

Translation initiation is the rate-limiting step of protein synthesis and represents a key point at which cells regulate their protein output. Regulation ...

2 in 1: One-step Affinity Purification for the Parallel Analysis of Protein-Protein and Protein-Metabolite Complexes

2 i 1: enstegs affinitet rening för parallell analys av Protein-Protein och Protein-metaboliten komplex

Cellular processes are regulated by interactions between biological molecules such as proteins, metabolites, and nucleic acids. While the investigation of ...

Using In Vitro Fluorescence Resonance Energy Transfer to Study the Dynamics Of Protein Complexes at a Millisecond Time Scale

Använda i Vitro fluorescens resonans energiöverföring att studera dynamiken i proteinkomplex på en millisekund tidsskala

Proteins are the primary operators of biological systems, and they usually interact with other macro- or small molecules to carry out their biological ...