Name: detection of cell-free dna in blood plasma samples of cancer patients
Uploaded: 2020-09-09T13:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Detection of Cell-Free DNA in Blood Plasma Samples of Cancer Patients at JoVE.com

लेखक कैंसर जीनोमिक्स की प्रयोगशाला के सदस्यों को उनके उत्सुक अवलोकन आदानों और इस परियोजना के विभिन्न चरणों में कई चर्चाओं में उनकी भागीदारी के लिए धन्यवाद देना चाहते हैं। फंडिंग सपोर्ट में इज़राइल कैंसर एसोसिएशन (एमएफ-एम 2017-2019 के लिए आईसीए ग्रांट) और इज़राइल इनोवेशन अथॉरिटी (एमएफ-एम के लिए) काइन ग्रांट शामिल है।

रक्त संग्रह से पहले, अनुसंधान में भाग लेने वाले विषयों से सूचित सहमति की आवश्यकता है और प्राप्त किया जाना चाहिए । इस पांडुलिपि में वर्णित शोध राइन मेडिकल सेंटर, इज़राइल एथिक्स कमेटी (एथिक्स कोड: 0039-17-आरए?...

एक ट्यूब, शिपमेंट और भंडारण में एक मरीज के रक्त का संग्रह तरल बायोप्सी में महत्वपूर्ण प्रारंभिक कदम हैं । अनुचित हैंडलिंग प्लाज्मा की गुणवत्ता को ख़राब कर सकती है और इसलिए, तरल बायोप्सी47के पर?...

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>2100 Bioanalyzer Instrument</td>
			<td>Agilent Technologies, Inc.</td>
			<td>G2939BA</td>
			<td>The 2100 Bioanalyzer system is an established automated electrophoresis tool for the sample quality control of biomolecules.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Adjustable Clip for Priming Station</td>
			<td>Agilent Technologies, Inc.</td>
			<td>5042-1398</td>
			<td>Used in combination with syringe to apply defined pressure for chip priming.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agilent High Sensitivity DNA Kit</td>
			<td>Agilent Technologies, Inc.</td>
			<td>5067-4626</td>
			<td>The High Sensitivity DNA assays are often used for sample quality control for next-generation sequencing libraries</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>cf-DNA/cf-RNA Preservative Tubes</td>
			<td>Norgen Biotek Corp.</td>
			<td>63950</td>
			<td>Norgen&#39;s cf-DNA/cf-RNA Preservative Tubes are closed, evacuated plastic tubes for the collection and the preservation of cf-DNA, circulating tumor DNA, cf-RNA and circulating tumor cells in human whole blood samples during storage and shipping</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chip Priming Station</td>
			<td>Agilent Technologies, Inc.</td>
			<td>5065-4401</td>
			<td>Used to load gel matrix into a chip with a syringe provided with each assay kit&#8212; used for RNA, DNA, and protein assays. Includes priming station, stop watch, and 1 syringe clip</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Electrode Cleaner Kit</td>
			<td>Agilent Technologies, Inc.</td>
			<td>5065-9951</td>
			<td>Prevents cross-contamination. Removes bacterial or protein contaminants from electrodes.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filters for Gel Matrix</td>
			<td>Agilent Technologies, Inc.</td>
			<td>185-5990</td>
			<td>Used for proper mixing of DNA dye concentrate and DNA gel matrix</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>IKA Basic Chip Vortex</td>
			<td>IKA-Werke GmbH &#38; Co. KG</td>
			<td>MS-3-S36</td>
			<td>Used for proper mixing of DNA ladder and DNA sample on Bioanalyzer assay chips</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NucleoSpin Tissue kit</td>
			<td>MACHEREY-NAGEL</td>
			<td>740952.5</td>
			<td>With the NucleoSpin Tissue kit, genomic DNA can be prepared from tissue, cells 
			(e.g., bacteria), and many other sources.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QIAamp circulating nucleic acid kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>55114</td>
			<td>The QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit enables efficient purification of these circulating nucleic acids from human plasma or serum and other cell-free body fluids.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QIAvac 24 Plus vacuum manifold</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>19413</td>
			<td>The QIAvac 24 Plus vacuum manifold is designed for vacuum processing of QIAGEN columns in parallel.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QIAvac Connecting System</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>19419</td>
			<td>In combination with the QIAvac Connecting System, the QIAvac 24 Plus vacuum manifold can be used as a flow-through system. The sample flow-through, containing possibly infectious material, is collected in a separate waste bottle.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit 2.0 fluorometer</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>Q32866</td>
			<td>The Qubit 2.0 Fluorometer is an easy-to-use, analytical instrument designed to work with the Qubit assays for DNA, RNA, and protein quantitation.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit assay tubes</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>Q32856</td>
			<td>Qubit assay tubes are 500 &#181;L thin-walled polypropylene tubes for use with the Qubit Fluorometer.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qubit dsDNA HS Assay Kit</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>Q32851</td>
			<td>The Qubit dsDNA HS (High Sensitivity) Assay Kit is designed specifically for use with the Qubit Fluorometer. The assay is highly selective for double-stranded DNA (dsDNA) over RNA and is designed to be accurate for initial sample concentrations from 10 pg/&#181;L to 100 ng/&#181;L.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vacuum Pump</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>84010</td>
			<td>used for vacuum processing of QIAGEN columns</td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Miscellaneous</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 ml centrifuge tubes</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Crushed ice</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol (96&#8211;100%)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Heating block or similar at 56 &#176;C (capable of holding 2 ml collection tubes)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Isopropanol (100%)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phosphate-buffered saline (PBS)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pipettes (adjustable)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile pipette tips (pipette tips with aerosol barriers are recommended to help prevent cross-contamination)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water bath or heating block capable of holding 50 mL centrifuge tubes at 60 &#176;C</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

detection of cell-free dna in blood plasma samples of cancer patients

कैंसर रोगियों के ट्यूमर में म्यूटेशन की पहचान रोग प्रबंधन में एक बहुत ही महत्वपूर्ण कदम है। ये उत्परिवर्तन ट्यूमर निदान के साथ-साथ उपचार चयन और कैंसर रोगियों में इसकी प्रतिक्रिया के लिए बायोमार्कर के रूप में काम करते हैं। ट्यूमर म्यूटेशन का पता लगाने के लिए वर्तमान सोने के मानक विधि ट्यूमर बायोप्सी के माध्यम से ट्यूमर डीएनए का एक आनुवंशिक परीक्षण शामिल है । हालांकि, इस आक्रामक विधि को ट्यूमर उत्परिवर्तनीय प्रदर्शनों की सूची के अनुवर्ती परीक्षण के रूप में बार-बार किया जाना मुश्किल है। तरल बायोप्सी एक आसान उपयोग और गैर-इनवेसिव बायोप्सी दृष्टिकोण के रूप में ट्यूमर म्यूटेशन का पता लगाने के लिए एक नई और उभरती हुई तकनीक है।
कैंसर की कोशिकाएं तेजी से गुणा करती हैं। समानांतर में, कई कैंसर कोशिकाओं को एपोप्टोसिस से गुजरना पड़ता है। इन कोशिकाओं से मलबे एक मरीज के संचार प्रणाली में जारी कर रहे हैं, एक साथ पतले खंडित डीएनए टुकड़े के साथ, सेल मुक्त डीएनए (cfDNA) टुकड़े कहा जाता है, जो ट्यूमर डीएनए उत्परिवर्तन ले । इसलिए, तरल बायोप्सी तकनीक का उपयोग करके सीएफडीएनए आधारित बायोमार्कर की पहचान करने के लिए, कैंसर रोगियों से रक्त के नमूने एकत्र किए जाते हैं, जिसके बाद प्लाज्मा और बफी कोट का पृथक्करण होता है। इसके बाद, प्लाज्मा को सीएफडीएनए के अलगाव के लिए संसाधित किया जाता है, और संबंधित बफी कोट को रोगी के जीनोमिक डीएनए के अलगाव के लिए संसाधित किया जाता है। दोनों न्यूक्लिक एसिड के नमूनों को उनकी मात्रा और गुणवत्ता के लिए जांच की जाती है; और अगली पीढ़ी के अनुक्रमण (NGS) तकनीकों का उपयोग कर म्यूटेशन के लिए विश्लेषण किया ।
इस पांडुलिपि में, हम तरल बायोप्सी के लिए एक विस्तृत प्रोटोकॉल प्रस्तुत करते हैं, जिसमें रक्त संग्रह, प्लाज्मा, और बफी कोट सेपरेशन, सीएफडीएनए और जर्मलाइन डीएनए निष्कर्षण, सीएफडीएनए या जर्मलाइन डीएनए का मात्राकरण, और सीएफडीएनए खंड संवर्धन विश्लेषण शामिल हैं।

प्लाज्मा जुदाई 8.5-9 एमएल रक्त सीएफडीएनए या सीएफआरएनए परिरक्षक ट्यूबों में एकत्र मात्रा में ~ 4 एमएल प्लाज्मा के आसपास पैदावार। EDTA ट्यूबों में एकत्र रक्त से अलग प्लाज्मा की मात्रा तापमान के आधार प?...

Watch this Scientific Journal Video about Detection of Cell-Free DNA in Blood Plasma Samples of Cancer Patients at JoVE.com

Detection of Cell-Free DNA in Blood Plasma Samples of Cancer Patients

इस पेपर में हम गैर-इनवेसिव लिक्विड बायोप्सी तकनीक के लिए एक विस्तृत प्रोटोकॉल प्रस्तुत करते हैं, जिसमें रक्त संग्रह, प्लाज्मा और बफी कोट सेपरेशन, सीएफडीएनए और जर्मलाइन डीएनए निष्कर्षण, सीएफडीएनए या जर्मलाइन डीएनए का मात्राकरण, और सीएफडीएनए खंड संवर्धन विश्लेषण शामिल हैं।

कैंसर रोगियों के रक्त प्लाज्मा नमूनों में सेल मुक्त डीएनए का पता लगाना

Identifying mutations in tumors of cancer patients is a very important step in disease management. These mutations serve as biomarkers for tumor diagnosis ...

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Cell-Free DNA Integrity Analysis in Urine Samples

सेल मुक्त डीएनए विश्लेषण वफ़ादारी मूत्र के नमूने में

Although the presence of circulating cell-free DNA in plasma or serum has been widely shown to be a suitable source of biomarkers for many types of ...

Serum and Plasma Copy Number Detection Using Real-time PCR

सीरम और प्लाज्मा कॉपी नंबर का पता लगाने रीयल टाइम पीसीआर का उपयोग

Serum and plasma cell free DNA (cfDNA) has been shown as an informative, non-invasive source of biomarkers for cancer diagnosis, prognosis, monitoring, ...

Using 22C3 Anti-PD-L1 Antibody Concentrate on Biopsy and Cytology Samples from Non-small Cell Lung Cancer Patients

22C3 विरोधी पीडी-L1 एंटीबॉडी का उपयोग गैर छोटे सेल फेफड़ों के कैंसर के रोगियों से बायोप्सी और Cytology नमूनों पर ध्यान केंद्रित

Pembrolizumab monotherapy has been approved for the first- and second-line treatment of patients with PD-L1-expressing advanced non-small cell lung cancer ...

Methods for Evaluating the Role of c-Fos and Dusp1 in Oncogene Dependence

Oncogene निर्भरता में सी-फोस और Dusp1 की भूमिका के मूल्यांकन के लिए तरीके

The demonstration of tyrosine kinase inhibitors (TKIs) in treating chronic myeloid leukemia (CML) has heralded a new era in cancer therapeutics. However, ...

Detection of a Circulating MicroRNA Custom Panel in Patients with Metastatic Colorectal Cancer

मेटास्टेटिक कोलोरेक्टल कैंसर के साथ रोगियों में एक परिसंचारी microrna कस्टम पैनल का पता लगाने

There is increasing interest in liquid biopsy for cancer diagnosis, prognosis and therapeutic monitoring, creating the need for reliable and useful ...

Evaluation of Colorectal Cancer Risk and Prevalence by Stool DNA Integrity Detection

स्टूल डीएनए इंटीग्रिटी डिटेक्शन द्वारा कोलोरेक्टल कैंसर जोखिम और व्यापकता का मूल्यांकन

Nowadays, stool DNA can be isolated and analyzed by several methods. The long fragments of DNA in stool can be detected by a qPCR assay, which provides a ...

Flow Cytometric Analysis of Mitochondrial Reactive Oxygen Species in Murine Hematopoietic Stem and Progenitor Cells and MLL-AF9 Driven Leukemia

यूरीन हेमाटोपोएटिक स्टेम और संतति कोशिकाओं और एमएल-AF9 प्रेरित ल्यूकेमिया में Mitochondrial प्रतिक्रियाशील ऑक्सीजन प्रजातियों के प्रवाह Cytometric विश्लेषण

We present a flow cytometric approach for analyzing mitochondrial ROS in various live bone marrow (BM)-derived stem and progenitor cell populations from ...

Detection and Monitoring of Tumor Associated Circulating DNA in Patient Biofluids

रोगी Biofluids में ट्यूमर एसोसिएटेड परिसंचरण डीएनए की जांच और निगरानी

Complications associated with upfront and repeat surgical tissue sampling present the need for minimally invasive platforms capable of molecular ...

Simple and Fast Rolling Circle Amplification-Based Detection of Topoisomerase 1 Activity in Crude Biological Samples

कच्चे जैविक नमूनों में टोपोइसोमेरेस 1 गतिविधि का सरल और तेज रोलिंग सर्कल प्रवर्धन-आधारित पता लगाना

Isothermal amplification-based techniques such as the rolling circle amplification have been successfully employed for the detection of nucleic acids, ...

Diagnosis of Vitreoretinal Lymphoma Using Cell-Free DNA

Cell-Free DNA Extraction of Vitreous and Aqueous Humor Specimens for Diagnosis and Monitoring of Vitreoretinal Lymphoma

Advancing VRL Diagnosis Using Cell-Free DNA Extraction from Vitreous Humor (Video) | JoVE

निदान और vitreoretinal लिंफोमा की निगरानी के लिए कांच का और जलीय हास्य नमूनों के सेल मुक्त डीएनए निष्कर्षण

Vitreoretinal lymphoma (VRL) represents an aggressive lymphoma, often categorized as primary central nervous system diffuse large B-cell lymphoma. To ...