Name: analysis of sec-saxs data via efa deconvolution and scatter
Uploaded: 2021-01-28T13:30:00
Duration: 10 min 59 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Analysis of SEC-SAXS data via EFA deconvolution and Scatter at JoVE.com

ونحن نعترف بالدعم المالي للمشروع من المنحة الفرنسية REPLIPOX ANR-13-BSV8-0014 والمنح البحثية من دائرة سانتيه دي أرميز وDélégation Générale pour l'Armement. ونحن ممتنون لESRF لوقت شعاع SAXS. استخدم هذا العمل منصات مركز غرونوبل للتعليم ERIC (ISBG; UMS 3518 CNRS-CEA-UGA-EMBL) ضمن شراكة غرونوبل لعلم الأحياء الهيكلي (PSB)، بدعم من FRISBI (ANR-10-INBS-05-02) وGRAL، بتمويل من جامعة Grenoble Alpes كلية الدراسات العليا (إيكولز Universitaires de Recherche) CBH-EUR-GS (ANR-17-EURE-0003). يقر IBS بالاندماج في معهد أبحاث غرونوبل متعدد التخصصات (IRIG, CEA). نشكر ويم ب. بورمايستر وFrédéric Iseni على الدعم المالي والعلمي ونشكر أيضًا الدكتور جيسي هوبكنز من BioCAT في APS على مساعدته وتطوير BioXTAS RAW.

<ol>
	<li>Pelikan, M., Hura, G., Hammel, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure+and+flexibility+within+proteins+as+identified+through+small+angle+X-ray+scattering.">Structure and flexibility within proteins as identified through small angle X-ray scattering.</a> General Physiology and Biophysics. 28 (2), 174-189 (2009).</li><li>Brosey, C. A., Tainer, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolving+SAXS+versatility:+solution+X-ray+scattering+for+macromolecular+architecture,+functional+landscapes,+and+integrative+structural+biology.">Evolving SAXS versatility: solution X-ray scattering for macromolecular architecture, functional landscapes, and integrative structural biology.</a> Current Opinion in Structural Biology. 58, 197-213 (2019).</li><li>Gr&#228;wert, M., Svergun, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+beginner's+guide+to+solution+small-angle+X-ray+scattering+(SAXS).">A beginner's guide to solution small-angle X-ray scattering (SAXS).</a> The Biochemist. 42 (1), 36-42 (2020).</li><li>Putnam, C. D., Hammel, M., Hura, G. L., Tainer, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=X-ray+solution+scattering+(SAXS)+combined+with+crystallography+and+computation:+defining+accurate+macromolecular+structures,+conformations+and+assemblies+in+solution.">X-ray solution scattering (SAXS) combined with crystallography and computation: defining accurate macromolecular structures, conformations and assemblies in solution.</a> Quarterly reviews of biophysics. 40 (03), 191-285 (2007).</li><li>Meisburger, S. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Domain+Movements+upon+Activation+of+Phenylalanine+Hydroxylase+Characterized+by+Crystallography+and+Chromatography-Coupled+Small-Angle+X-ray+Scattering.">Domain Movements upon Activation of Phenylalanine Hydroxylase Characterized by Crystallography and Chromatography-Coupled Small-Angle X-ray Scattering.</a> Journal of the American Chemical Society. 138 (20), 6506-6516 (2016).</li><li>Brennich, M. E., Round, A. R., Hutin, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Online+Size-exclusion+and+Ion-exchange+Chromatography+on+a+SAXS+Beamline.">Online Size-exclusion and Ion-exchange Chromatography on a SAXS Beamline.</a> Journal of Visualized Experiments. (119), e54861 (2017).</li><li>Watanabe, Y., Inoko, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Size-exclusion+chromatography+combined+with+small-angle+X-ray+scattering+optics.">Size-exclusion chromatography combined with small-angle X-ray scattering optics.</a> Journal of Chromatography A. 1216 (44), 7461-7465 (2009).</li><li>Graewert, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automated+Pipeline+for+Purification,+Biophysical+and+X-Ray+Analysis+of+Biomacromolecular+Solutions.">Automated Pipeline for Purification, Biophysical and X-Ray Analysis of Biomacromolecular Solutions.</a> Scientific reports. 5, (2015).</li><li>David, G., P&#233;rez, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combined+sampler+robot+and+high-performance+liquid+chromatography:+a+fully+automated+system+for+biological+small-angle+X-ray+scattering+experiments+at+the+Synchrotron+SOLEIL+SWING+beamline.">Combined sampler robot and high-performance liquid chromatography: a fully automated system for biological small-angle X-ray scattering experiments at the Synchrotron SOLEIL SWING beamline.</a> Journal of applied crystallography. 42 (5), 892-900 (2009).</li><li>Ryan, T. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+optimized+SEC-SAXS+system+enabling+high+X-ray+dose+for+rapid+SAXS+assessment+with+correlated+UV+measurements+for+biomolecular+structure+analysis.">An optimized SEC-SAXS system enabling high X-ray dose for rapid SAXS assessment with correlated UV measurements for biomolecular structure analysis.</a> Journal of Applied Crystallography. 51 (1), 97-111 (2018).</li><li>Gampp, H., Maeder, M., Meyer, C. J., Zuberb&#252;hler, A. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Calculation+of+equilibrium+constants+from+multiwavelength+spectroscopic+data-III:+Model-free+analysis+of+spectrophotometric+and+ESR+titrations.">Calculation of equilibrium constants from multiwavelength spectroscopic data-III: Model-free analysis of spectrophotometric and ESR titrations.</a> Talanta. 32 (12), 1133-1139 (1985).</li><li>Maeder, M., Neuhold, Y. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Practical Data Analysis in Chemistry. , (2007).</li><li>Tarbouriech, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+vaccinia+virus+DNA+polymerase+structure+provides+insights+into+the+mode+of+processivity+factor+binding.">The vaccinia virus DNA polymerase structure provides insights into the mode of processivity factor binding.</a> Nature Communications. 8 (1), (2017).</li><li>Brennich, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Online+data+analysis+at+the+ESRF+bioSAXS+beamline,+BM29.">Online data analysis at the ESRF bioSAXS beamline, BM29.</a> Journal of Applied Crystallography. 49 (1), (2016).</li><li>Brookes, E., Rocco, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recent+advances+in+the+UltraScan+SOlution+MOdeller+(US-SOMO)+hydrodynamic+and+small-angle+scattering+data+analysis+and+simulation+suite.">Recent advances in the UltraScan SOlution MOdeller (US-SOMO) hydrodynamic and small-angle scattering data analysis and simulation suite.</a> European Biophysics Journal. 47 (7), 855-864 (2018).</li><li>Malaby, A. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+analysis+of+size-exclusion+chromatography-small-angle+X-ray+scattering+and+reconstruction+of+protein+scattering.">Methods for analysis of size-exclusion chromatography-small-angle X-ray scattering and reconstruction of protein scattering.</a> Journal of Applied Crystallography. 48 (4), 1102-1113 (2015).</li><li>Hopkins, J. B., Gillilan, R. E., Skou, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BioXTAS+RAW:+improvements+to+a+free+open-source+program+for+small-angle+X-ray+scattering+data+reduction+and+analysis.">BioXTAS RAW: improvements to a free open-source program for small-angle X-ray scattering data reduction and analysis.</a> Journal of Applied Crystallography. 50 (5), 1545-1553 (2017).</li><li>Maeder, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolving+factor+analysis+for+the+resolution+of+overlapping+chromatographic+peaks.">Evolving factor analysis for the resolution of overlapping chromatographic peaks.</a> Analytical Chemistry. 59 (3), 527-530 (1987).</li><li>Durand, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=NADPH+oxidase+activator+p67phox+behaves+in+solution+as+a+multidomain+protein+with+semi-flexible+linkers.">NADPH oxidase activator p67phox behaves in solution as a multidomain protein with semi-flexible linkers.</a> Journal of Structural Biology. 169 (1), 45-53 (2010).</li><li>De Maria Antolinos, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ISPyB+for+BioSAXS,+the+gateway+to+user+autonomy+in+solution+scattering+experiments.">ISPyB for BioSAXS, the gateway to user autonomy in solution scattering experiments.</a> Acta Crystallographica Section D. 71 (1), 76-85 (2015).</li><li>Brennich, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Online+data+analysis+at+the+ESRF+bioSAXS+beamline,+BM29.">Online data analysis at the ESRF bioSAXS beamline, BM29.</a> Journal of Applied Crystallography. 49 (1), 203-212 (2016).</li><li>Kirby, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Improved+radiation+dose+efficiency+in+solution+SAXS+using+a+sheath+flow+sample+environment.">Improved radiation dose efficiency in solution SAXS using a sheath flow sample environment.</a> Acta Crystallographica Section D Structural Biology. 72 (12), 1254-1266 (2016).</li><li>Rambo, R. P., Tainer, J. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterizing+flexible+and+intrinsically+unstructured+biological+macromolecules+by+SAS+using+the+Porod-Debye+law.">Characterizing flexible and intrinsically unstructured biological macromolecules by SAS using the Porod-Debye law.</a> Biopolymers. 95 (8), 559-571 (2011).</li><li>Franke, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ATSAS+2.8:+a+comprehensive+data+analysis+suite+for+small-angle+scattering+from+macromolecular+solutions.">ATSAS 2.8: a comprehensive data analysis suite for small-angle scattering from macromolecular solutions.</a> Journal of Applied Crystallography. 50 (4), 1212-1225 (2017).</li></ol>

ليس لدى أصحاب البلاغ ما يكشفون عنه.

من المرغوب فيه أن يكون عينة أحادية قبل بدء تجربة SAXS، ولكن في الواقع، العديد من مجموعات البيانات لا تلبي هذا ويجب تحسينه من خلال الجمع بين القياس مع الكروماتوغرافيا مضمنة -لجنة الأوراق المالية والبورصة في معظم الحالات. ومع ذلك، حتى النقص في الوقت بين تنقية وحيازة البيانات أحادية العينة غير مضمونة. وينطبق ذلك بشكل أكثر شيوعًا على التجارب التي تكون فيها المكونات قريبة جدًا من حيث الحجم أو في خصائصها الفيزيائية بحيث لا يمكن فصلها أو تكون عرضة للديناميكية السريعة. هنا ، قدمنا بروتوكول يجمع بين قيمة واحدة التحلل مع تحليل عامل متطور لإزالة تأثير E9 E9 DNAboundناقص من unbound خلق أحادية التشتت التشكيل الجانبي التي كنا قادرين على تحليل مع حزمة SAXS مبعثر الرابع.
SVD مع EFA من بيانات لجنة الأوراق المالية والبورصة SAXS هي طرق قوية جدا وضعت لإلغاء البيانات SAXS وتحسين التحليل، ولكن لديهم قيود. وهي تتطلب أن يتم الاحتفاظ بالضوضاء أو الانجراف في خط الأساس العازل لـ SEC-SAXS إلى أدنى حد. قد يتضمن هذا توازن عمود إضافي (أفضل لاستخدام أكثر من 3 وحدات تخزين عمود، اعتماداً على المخزن المؤقت) قبل تحميل العينة. ومع ذلك، فإن الخطوة الأكثر أهمية هي اختيار عدد القيم المفردة ونطاق البيانات المستخدمة، لأن هذا سيؤثر بشكل كبير على دقة فك الفولت. ولهذا السبب لا ينبغي أن تؤخذ النتائج من تلقاء نفسها ولكن مزيد من التحليل باستخدام تقنيات مثل الطرد التحليلي فائق التركيز (AUC) أو تشتت ضوء الليزر متعدد الزاوية (MALLS) للتفسير البيولوجي.
مبعثر الرابع هو جديد ، حزمة البرمجيات ، مجانا للأبحاث والاستخدام الصناعي مع واجهة مستخدم بديهية التي تسمح حتى غير الخبراء لتحليل بياناتهم. يحتوي Scatter IV على العديد من الميزات الجديدة التي تساعد على تحسين تحليل بيانات SEC-SAXS ، مثل الخريطة الحرارية المرتبطة بمؤامرة الإشارة ، مما يتيح دقة أكبر مع اختيار اختيار الإطار. في تحليل البيانات الأولية، يقدم تحليل "جينييه الذروة" و"مؤامرة التحقق من الصحة عبر" المرتبطة بتحليل P (r) إمكانية متكاملة لاستكشاف الأخطاء وإصلاحها في البرنامج.
وتجدر الإشارة إلى أنه يمكن استخدام العديد من البرامج الأخرى لتحليل البيانات الأولية؛ هذه تحتوي على نفس الميزات الأساسية ويتم تحديثها بانتظام مثل BioXTAS RAW17 ATSAS حزمة24 و US-SOMO15 على سبيل المثال لا الحصر.
ولكن بغض النظر عن أي حزمة SAXS تستخدم للتحليل ، فإن القيود الرئيسية شائعة: إعداد العينة ، قبل الجمع والتحليل. في E9exo المثال ناقص هو مبين، فمن الواضح أن نرى التحسن في نسبة الإشارة إلى الضوضاء ومع انخفاض في Rgالحد الأقصى د المرتبطة عينة monodisperse. وهذا سيساعد كثيرا على زيادة معالجة البيانات مثل تركيب أو نمجة مع الهياكل المعروفة عالية الدقة.

الجزيئات الحيوية البيولوجية صغيرة جداً بحيث لا يمكن رؤيتها حتى مع أفضل المجاهر الخفيفة. الأساليب الحالية لتحديد هياكلها تنطوي عموما على بلورة البروتين أو القياسات على أعداد كبيرة من الجزيئات متطابقة في نفس الوقت. بينما البلورية توفر معلومات عن المستوى الذري، فإنه يمثل بيئة العينة الاصطناعية، نظراً لأن معظم الجزيئات الكبيرة لا تقدم في شكل بلوري في الخلية. خلال العامين الماضيين المجهر الإلكترونات cryo تسليم مماثلة هياكل عالية الدقة من الجزيئات الكبيرة / مجمعات الجزيئات الكبيرة، ولكن على الرغم من أن العينات هي أقرب إلى الحالة الفسيولوجية، فهي لا تزال مجمدة، وبالتالي غير متحركة وثابتة. بيولوجيا صغيرة زاوية الأشعة السينية تشتت (BioSAXS) يوفر قياسا هيكليا من الجزيئات ، في الظروف التي هي ذات الصلة البيولوجيا. ويمكن تصور هذه الحالة كشكل منخفض الدقة 3-D يحدد على مقياس نانومتر ويلتقط كامل الفضاء التشكلي من الجزيئات في الحل. تجارب BioSAXS تقيم بكفاءة الدولة القلة ، والمجال والترتيبات المعقدة ، فضلا عن المرونة بين المجالات1،2،3. الطريقة دقيقة، ومعظمها غير مدمرة وعادة ما يتطلب سوى الحد الأدنى من إعداد العينة والوقت. ومع ذلك، للحصول على أفضل تفسير للبيانات، يجب أن تكون العينات أحادية. وهذا أمر صعب؛ وغالبا ما تكون الجزيئات البيولوجية عرضة للتلوث، وضعف تنقية وتجميع، على سبيل المثال من تجميد ذوبان4. ويساعد تطور الكروماتوغرافيا المضمن متبوعاً بقياس SAXS الفوري على التخفيف من هذه الآثار. يفصل اللوني بين الحجم و الاستثناءات العينات حسب الحجم وبالتالي يستبعد معظم الملوثات والتجميعات5و6و7و8و9و10. ومع ذلك، في بعض الحالات، حتى لجنة الأوراق المالية والبورصة-SAXS لا تكفي لإنتاج عينة أحادية، لأن الخليط قد يتكون من مكونات قريبة جداً من حيث الحجم أو خواصها الفيزيائية أو دينامياتها السريعة تؤدي إلى قمم متداخلة في أثر الأشعة فوق البنفسجية لـ SEC. في هذه الحالات، قد يؤدي خطوة deconvolution المستندة إلى البرامج من بيانات SAXS التي تم الحصول عليها إلى منحنى SAXS مثالي مكونفردي 5و11و12. على سبيل المثال، في قسم البروتوكول 2، نعرض تحليل SEC-SAXS القياسي لمولمرات الحمض النووي vaccinia E9 exonuclease ناقص متحولة (E9 exoناقص)في معقدة مع الحمض النووي. يمثل Vaccinia الكائن الحي النموذجي لـ Poxviridae ، وهي عائلة تحتوي على العديد من مسببات الأمراض ، على سبيل المثال فيروس الجدري البشري. وقد تبين أن البوليميراز يرتبط بإحكام إلى الحمض النووي في النهج الكيميائية الحيوية، مع هيكل مجمع حلها مؤخرا من قبل التصوير البلوري بالأشعة السينية13.
وسيوفر معظم مرافق السنكروترون خط أنابيب معالجة البيانات الآلي الذي سيقوم بتطبيع البيانات والتكامل لإنتاج مجموعة من الإطارات غير المubted. لكن النهج الموصوف في هذه المخطوطة يمكن استخدامه أيضاً مع مصدر مختبر شريطة أن يتم تنفيذ لجنة الأوراق المالية والبورصة SAXS. علاوة على ذلك، قد تتوفر أتمتة إضافية التي سوف ترفض الإطارات التالفة الإشعاع وتنفيذ الطرحالعازلة 14. وسوف نعرض كيفية إجراء تحليل أولي للبيانات التي تم تجهيزها مسبقاً والاستفادة القصوى من البيانات المتاحة في القسم 2.
في القسم 3، نعرض كيفية إلغاء بيانات SEC-SAXS وتحليل المنحنيات بكفاءة. في حين أن هناك العديد من أساليب فك الاحتقان مثل فك الاستئصال ذروة غاوسي، نفذت في الولايات المتحدة-سومو15 وغوييه الأمثل طريقة الاحتمال الأقصى، التي نفذت في برنامج DELA16، وهذه تتطلب عموما نموذجا لشكل الذروة12. حجم محدود من القمم الفردية التي نحقق فيها يسمح باستخدام تحليل عامل متطور (EFA)، كشكل محسن من قيمة المفرد التحلل (SVD) لdeonvolute قمم المتداخلة، دون الاعتماد على شكل الذروة أو تشتت الملف5،11. ويمكن الاطلاع على تطبيق SAXS محددة في BioXTAS الخام17. وقد استخدم التعليم للجميع لأول مرة على بيانات الكروماتوغرافيا عندما سمحت بيانات صفيف ثنائي ثنائي 2D بتكوين المصفوفات من الامتصاص مقابل وقت الاحتفاظ ببيانات الطول الموجي18. حيث تتفوق التعليم للجميع هو أنه يركز على الطابع المتطور للقيم المفردة ، وكيف تتغير مع ظهور مكونات جديدة ، مع التحذير من أن هناك ترتيبًا متأصلًا في الاستحواذ10. لحسن الحظ ، لجنة الأوراق المالية والبورصة - SAXS البيانات توفر جميع البيانات اللازمة المطلوبة في نظم 2D البيانات الصفائف ، الإقراض نفسه بشكل جيد لتقنية التعليم للجميع.
في القسم 4، سوف نبرهن على أساسيات تحليل SAXS المستقل من منحنى SAXS الخاص بالنموذج من منحنى SAXS المطروح من المخزن المؤقت. يحدد التحليل المستقل للنموذج نصف قطر الجيوحد (Rg) وحجم الارتباط (Vc) وحجم Porod (Vp) وPorod-Debye Exponent (PE). التحليل يوفر تقييما شبه كمي للجسيمات في حالة الديناميكا الحرارية من حيث الإحكام أو المرونة عبر مؤامرة كراتكي الأبعاد2,4,19.
وأخيراً، تُقاس بيانات SAXS بوحدات فضائية متبادلة، وسنبين كيفية تحويل بيانات SAXS إلى مساحة حقيقية لاستعادة وظيفة التوزيع بين الزوجين والمسافة P(r). توزيع P(r) هو مجموعة من جميع المسافات الموجودة داخل الجسيمات ويشمل أقصى البعد للجسيمات، دماكس. وبما أن هذا القياس هو قياس دينامي حراري، فإن توزيع P(r) يمثل المساحة الفيزيائية التي يشغلها الفضاء التكتّني للجسيمات. يمكن أن يوفر التحليل السليم لمجموعة بيانات SAXS رؤى الحالة الحل التي تكمل المعلومات عالية الدقة من البلورات و cryo-EM.

<table>
	<tbody>
		<tr>
			<td>Beamline control software BsXCuBE</td>
			<td>ESRF</td>
			<td>Pernot et al. (2013), J. Synchrotron Rad. 20, 660-664</td>
			<td>local development</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BioXTAS Raw 1.2.3.</td>
			<td>MacCHESS</td>
			<td>http://bioxtas-raw.readthedocs.io/en/latest/index.html</td>
			<td>First developed in 2008 by Soren Skou as part of the biological x-ray total analysis system (BioXTAS) project. Since then it has been extensively developed, with recent work being done by Jesse B. Hopkins</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HPLC program LabSolutions</td>
			<td>Shimadzu</td>
			<td>n.a.</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ISPyB</td>
			<td>ESRF</td>
			<td>De Maria Antolinos et al. (2015). Acta Cryst. D71, 76-85.</td>
			<td>local development</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaCl</td>
			<td>VWR Chemicals (BDH Prolabo)</td>
			<td>27808.297</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Scatter</td>
			<td>Diamond Light Source Ltd</td>
			<td>http://www.bioisis.net/tutorial/9</td>
			<td>Supported by SIBYLS beamline (ALS berkeley, Ca) and Bruker Cororation (Karlsruhe, Germany)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Superdex 200 Increase 5/150 GL column</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>28990945</td>
			<td>SEC-SAXS column used</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris base</td>
			<td>Euromedex</td>
			<td>26-128-3094-B</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

analysis of sec-saxs data via efa deconvolution and scatter

BioSAXS هي تقنية شائعة تستخدم في البيولوجيا الجزيئية والهيكلية لتحديد بنية الحل وحجم الجسيمات وشكلها ونسبة السطح إلى الحجم والتغيرات التكينية للجزيئات الكبيرة والمجمعات الجزيئية. يجب أن تكون مجموعة بيانات SAXS عالية الجودة للهندسة الهيكلية من عينات أحادية اللون ومتجانسة ، وغالبًا ما يتم الوصول إلى هذا فقط عن طريق مزيج من الكروماتوغرافيا المضمن وقياس SAXS الفوري. والأكثر شيوعاً، يستخدم اللوني اقصائي الحجم لفصل العينات واستبعاد الملوثات والتجميعات من الجسيمات ذات الأهمية، مما يسمح بإجراء قياسات SAXS من ذروة الكروماتوغرافية محسومة بشكل جيد من نوع بروتين واحد. ومع ذلك ، في بعض الحالات ، حتى التنقية المضمنة ليست ضمانة لعينات أحادية الdisdisperse ، إما لأن مكونات متعددة قريبة جدًا من بعضها البعض في الحجم أو تغييرات في الشكل تحدث من خلال وقت التجلي المُلِمِم المُبَرَك. وفي هذه الحالات، قد يكون من الممكن إلغاء بيانات SAXS من الخليط للحصول على منحنيات SAXS المثالية للمكونات الفردية. هنا، نُظهر كيف يتم تحقيق ذلك، ويتم إجراء التحليل العملي لبيانات لجنة الأوراق المالية والبورصة في SAXS على عينات مثالية وصعبة. على وجه التحديد، نعرض تحليل SEC-SAXS لمولمر الحمض النووي (E9) المتجنح E9 مُسَلِق مُسَوَّر ناقص متحول.

وميزة استخدام فك الفولتولي على اختيار الإطار الكلاسيكي13 هي إزالة تأثير الأنواع على بعضها البعض، مما ينتج إشارة تشتت أحادية. وكثيراً ما يتبع ذلك أيضاً مع إشارة أفضل إلى نسبة الضوضاء. عندما E9exo ناقص هو منضم إلى الحمض النووي وتشغيل باستخدام لجنة الأوراق المالية والبورصة - SAXS ، ويلاحظ اثنين من القمم (الشكل 1). الأولى ، ذروة كبيرة (إطارات تقريبا 420\u2012475) هو E9 exoناقص- مجمع الحمض النووي الثاني (إطارات تقريبا 475\u2012540) ، حالة غير منضم (انظر البيانات التكميلية : الشكل 2). في حين أن النهج الكلاسيكي لاختيار الإطارات يوفر Rg مستقر للمجمع في الذروة الأولى (انظر البيانات التكميلية: الشكل 3)، يتم دمج الذروة الثانية بوضوح ويظهر الـ Rg عبر المؤامرة أن الذروة الثانية من الاهتمام ليس لديها Rg مستقرة ، بسبب التلوث عبر الذروة. يمكن استخدام 5 إطارات فقط التي أظهرت Rg شبه مستقرة، عندما طرح أنها أعطت Rg = 36.3 ه(الشكل 2، الأخضر). عندما تم فك القمم باستخدام EFA منحنى المقابلة للذروة الثانية(الشكل 2، الأزرق) كان متراكبا مع الأصلي وأظهرت انخفاضا واضحا في إشارة إلى الضوضاء، وRg أقل، تم تسجيل 34.1 Å. المؤامرة Kratky (الشكل 3) يظهر المجمع مع ذروة deconvoluted (الأزرق) هو أكثر كروية. وهذا ما أكده منحنى P(r)(الشكل 4)الذي يعطيد كحد أقصى 108.5 Å للمنحنى deconvoluted (الأزرق) في حين أن غير deconvoluted هو أكثر ممدود مع دماكس 120 ه (الأخضر)، وهذا هو الأكثر احتمالا بسبب عدم التجانس الناجمة عن E9 غير منضمناقصexo .
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/61578/61578fig01.jpg"> الشكل 1: مؤامرة إشارة E9 exoناقص وحدها ومع الحمض النووي في معقدة. تعرض اللوحة العلوية رسمًا للنسبة المتكاملة إلى الخلفية لكل إطار من تشغيل SEC-SAXS (أزرق فاتح). تظهر النقاط الحمراء Rg في كل إطار على القمة. لوحة أسفل يظهر الخريطة الحرارية المقابلة التي تبين بقايا كل إطار الملونة وفقا لتحليل Durbin واتسون لصناعة السيارات الارتباط، والمناطق ذات التشابه العالي هي ملونة السماوي في حين إطارات متباينة تتبع قتامة البلوز إلى الوردية وأخيرا إلى الأحمر اعتمادا على شدة الاختلاف. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/61578/61578fig01large.jpg" target="_blank">الرجاء النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/61578/61578fig02.jpg"> الشكل 2: مؤامرة من كثافة مقابل ناقلات التشتت. تراكب من بيانات SAXS طرحها تشكل E9 exoناقص . في إطارات 5 الأخضر (الإطار 517\u2012522) متوسط وطرحها من منطقة شبه مستقرة Rg وفي الأزرق منحنى التشتت ممثل مشتقة من إلغاء التصنيع في EFA من قمة لجنة الأوراق المالية والبورصة SAXS. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/61578/61578fig02large.jpg" target="_blank">الرجاء النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/61578/61578fig03.jpg"> الشكل 3: منحنى كراتكي بلا أبعاد. تراكب منحنى الكراكتي deconvoluted (الأزرق) وغير deconvoluted (الأخضر) تظهر E9 exoناقص هو كروي. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/61578/61578fig03large.jpg" target="_blank">الرجاء النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/61578/61578fig04.jpg"> الشكل 4: منحنى P (r). تراكب منحنيات deconvoluted (الأزرق) وغير deconvoluted (الأخضر) لE9 exoناقص. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/61578/61578fig04large.jpg" target="_blank">الرجاء النقر هنا لعرض نسخة أكبر من هذا الرقم.</a>
البيانات التكميلية. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/61578/Supplementary%20data.docx" target="_blank">الرجاء الضغط هنا لتحميل هذا الملف</a>

Watch this Scientific Journal Video about Analysis of SEC-SAXS data via EFA deconvolution and Scatter at JoVE.com

Analysis of SEC-SAXS data via EFA deconvolution and Scatter

قياسات SEC-BioSAXS للجزيئات الحيوية البيولوجية هي نهج قياسي لتحديد هيكل الحل للجزيئات الكبيرة ومجمعاتها. هنا، نقوم بتحليل بيانات SEC-BioSAXS من نوعين من آثار SEC التي تمت مواجهتها عادةً - الكروماتوجرامات ذات القمم التي تم حلها بالكامل وتم حلها جزئيًا. نحن نبرهن على التحليل وفك الفولت باستخدام مبعثر وBioXTAS RAW.

تحليل بيانات لجنة الأوراق المالية والبورصة -SAXS عن طريق إزالة الفولفورة والإيفاد في EFA

BioSAXS is a popular technique used in molecular and structural biology to determine the solution structure, particle size and shape, surface-to-volume ...

بيولوجية صغيرة الزاوية الأشعة السينية التشتت يوفر قياسات هيكلية من مجمعات الجزيئات والجزيئات. ومن الناحية المثالية، ينبغي أن تكون العينة التي يتعين قياسها أحادية. على الرغم من أن في بعض الحالات، لا يكفي استبعاد حجم CHROMATography SAXS لإنتاج أحادية، يمكن إجراء deconvolution المستندة إلى البرامج من بيانات SAXS لإنتاج منحنى SAXS مثالي.بعد هذا البروتوكول، يمكن استخدام برنامج فك الفولتيون وبرنامج مبعثر سهل الاستخدام لتحليل فيروس Vaccinia DNA polymerase إكسومينوس المسوخ. لتنفيذ طرح خلفية لبيانات الكروماتوغرافيا استبعاد حجم، افتح برنامج 4 مبعثر المستندة إلى Java وفتح علامة التبويب SEC. سحب وإسقاط ملفات البيانات المخفضة في إسقاط البيانات أدناه النافذة وانقر فوق زر دليل الإخراج وفتح لتعيين الدليل الإخراج الذي سيتم حفظ البيانات.أدخل اسم العينة في المربع حفظ كمربع ثم انقر فوق التتبع. انقر على زر تحرير التفاصيل لتحرير التفاصيل التجريبية وملء الحقول المناسبة. لتحديد إطارات المخزن المؤقت يدوياً، انقر فوق تعيين المخازن المؤقتة.انقر بزر الماوس الأيمن واسحب لإعادة تحديد المخزن المؤقت كشقة على منحنى التتبع قبل وحدة التخزين الفراغية لعمود اللوني استبعاد حجم من 100 إطارات تقريباً وانقر فوق تعيين المخزن المؤقت والتحديث لإعادة حساب ملف SEC. انقر بزر الماوس الأيمن واسحب لتحديد منطقة ذات أهمية على الرسم إشارة وانقر على اليسار وانقر على سحب الشعر المتقاطع في مؤامرة خريطة الحرارة لتحديد التكبير و المجموعة الفرعية من الإطارات التي سيتم استخدامها لدمج. مع النقر على اليسار آخر، وتسليط الضوء على الإطارات في الخريطة الحرارية المقابلة للمنطقة من أسفل اليمين من الشعر.من الناحية المثالية، يجب أن يسلط الإطار الضوء على منطقة ذات لون سماوي في الغالب ونصف قطر مستقر من اللولب. عندما تكون راضية عن الإطارات المحددة، انقر فوق دمج لدمج الإطارات المطروحة وانقر فوق علامة التبويب التحليل لعرض البيانات. لdevolution من البيانات، تحميل مجموعة البيانات في برنامج فك التشفير.في لوحة التحكم ضمن الملفات، استخدم رمز المجلد لتحديد موقع البيانات و تمييز كافة ملفات DAT. سيتم رسم مؤامرة من كثافة متكاملة مقابل عدد الإطار في مؤامرة سلسلة. ضمن علامة تبويب السلسلة، انقر فوق لتظليل المنحنى وفتح نافذة التحليل LC المنبثقة.لتحديد منطقة عازلة مناسبة، انقر فوق إضافة منطقة لتحديد منطقة قبل ذروة الكروماغرام واحد بعد الجبهة المذيبات وانقر فوق تعيين العازلة. سوف تشير الإطارات المنبثقة إلى أن الإطارات لم يتم تحديدها للخلفية. لبدء EFA، انقر بزر الماوس الأيمن على الملف المميز وحدد EFA من القائمة.في النافذة المنبثقة، يجب ملاحظة تحليل القيمة المفردة لمجموعة البيانات. في مربع عناصر التحكم، تحقق من قيم مربع الإطارات المستخدمة للتأكد من أن منطقة الذروة بأكملها إلى deconvolute مغطاة في مخطط الكثافة. سوف تظهر مؤامرة القيم المفردة كثافة القيم المفردة فوق خط الأساس.إذا كانت المتجهات اليسرى والأيسر من غير متطابقتين، قم بتغيير رقم متجه المفرد الكبير إلى اثنين وتحريك الإطارات حتى تتشابه المتجهات المفردة اليسرى واليسرى. سيتم حساب EFA، وتوليد المؤامرات في الاتجاهات الأمامية والخلفية لكل متجه، والإشارة إلى متى تبدأ المكونات وتخرج من ملف تعريف الحل لبيانات SAXS SAXS استبعاد الحجم المحدد. سيحاول RAW تحديد النطاقات.إذا لزم الأمر، استخدم الأسهم لتغيير النطاقات بحيث تكون كل دائرة هي بداية نقطة انقلاب، ترتفع من خط الأساس أو تسقط له وانقر على التالي. لتقليل أو إزالة المسامير، حدد الإطار الذي يتوافق تقريبًا مع الارتفاع باستخدام أسهم التحكم في النطاق لضبط عناصر تحكم نطاق المكون. عند تحقيق مربع تشي الحد الأدنى، انقر فوق مرة أخرى لإجراء التحقق من صحة.إذا كانت المؤامرات EFA الأصلي لا تزال تبدو صالحة، انقر فوق التالي وحفظ بيانات التعليم للجميع لحفظ المؤامرات. ثم انقر فوق تم لإغلاق نافذة EFA. ثم في إطار RAW، افتح ملفات التعريف في لوحة المؤامرة لعرض المنحنيات.في علامة التبويب التشكيلات الجانبية من لوحة التحكم، انقر بزر الماوس الأيمن لحفظ المنحنيات كملفات DAT. لتحديد SAXS، افتح علامة التبويب تحليل التشتت وحدد G لتحديد أداة التحليل Guinier اليدوية. في المؤامرة، إضافة أو إزالة نقاط بحيث لا يكون للمخلفات ابتسامة أو ميزة عبوس.يجب ألا تتجاوز البيانات المحددة في ملاءمة Guinier الحد الأقصى لقائمة الانتظار مضروبة في نصف قطر حد ال gyration من 1.3. انقر فوق تطبيع Kratky. توفر المؤامرة الناتجة تقييمًا لحالة الجزيئات الكبيرة ، البيرمولية ، الأسطوانية ، المضطربة ، تطبيعها للكتلة ، والتركيز.انقر فوق حجم الارتباط. سوف تظهر الكثافة الإجمالية المتناثرة ومنطقة متكاملة من الكثافة الإجمالية المتناثرة كدالة لمؤامرات Q كمرجع سريع للتحقق من جودة منحنى التشتت. لبدء تحليل المرونة، انقر فوق المرونة.كل لوحة في نافذة منبثقة تظهر مؤامرة استغلال علاقة قانون السلطة التي توجد بين المدمجة و biopolymers مرنة ممدود. استخدم شريط التمرير الموجود في أسفل المربع لتغيير طريقة عرض البيانات حتى يتم الوصول إلى هضبة في أحد الأراضي. بعد إجراء تحليل المرونة مباشرة، انقر فوق وحدة التخزين.سيتم إنشاء منبثقة من ثلاثة رسوم بيانية. مسار Porod-Debye حيث ترك شريط التمرير من مؤامرة المرونة ويظهر بيانات المنطقة الهضبة. لحساب حجم الجسيمات، قم بتحريك نقاط البداية والنهاية حتى يصبح الخط الأزرق على قطعة الأرض يناسب المنطقة الهضبة.للحصول على نتيجة غير متحيزة، يجب أن تظهر البقايا في قانون القوة الأسي Porod-Debye تناسب أي نمط. تحت علامة التبويب P من R، يمكن ملاحظة توزيع المساحة الحقيقية ومنحنى التشتت للعينة. من الناحية المثالية، يجب أن يكون منحنى التوزيع سلسًا بدون موجات ويجب أن يلمس المحور x برفق.انقر بزر الماوس الأيمن فوق اسم العينة وانقر فوق العثور على DMAX لفتح نافذة جديدة. حدود الحد الأقصى للبعد هي مسبقا مع الحد الأقصى المقترح مدى Q، ونقاط البيانات القصوى لاستخدامها في الحساب، والحد الأقصى الحد الأقصى للأبعاد السفلى والعليا، ودرج ألفا السفلى والعلوي. انقر فوق ابدأ.سيتم إنشاء توزيع مركب مع البعد الأقصى المقترح ومستوى ألفا. إذا كانت هذه البيانات مقبولة، أغلق النافذة للرجوع إلى علامة التبويب P من R حيث سيتم اقتصاص قطعة المساحة المتبادلة الآن لتتناسب مع الحد الأقصى المقترح لنطاق Q. حدد النموذج أكثر وانقر فوق الخلفية لتعيين مستوى ألفا والحد الأقصى للبعد إلى القيم المقترحة من مربع المنبثقة.انقر فوق تحسين. سيتم فتح مخطط التحقق من صحة الـ Cross- validation، يوضح ما إذا كان يجب رفض أي نقاط كما هو موضح باللون الأحمر. إذا كان هناك فقط عدد قليل من النقاط المرفوضة والتوزيع تبدو جيدة، ثم نموذج جيد.ستقوم بطباعة تقرير في علامة التبويب التحليل. انقر بزر الماوس الأيمن لتمييز النموذج وانقر بزر الماوس الأيمن فوق اسم النموذج. حدد إنشاء تقرير من مجموعة البيانات الفردية.سيتم فتح مربع نص للسماح بالتعليقات وسيتم إنتاج وثيقة PDF تظهر جميع الأرقام والقيم التي تم إنشاؤها. في هذا التحليل التمثيلي ، E9 DNA polymerase exonuclease ناقص متحولة كان منضما إلى الحمض النووي وتشغيل باستخدام حجم استبعاد الكروماتوغرافيا الصغيرة زاوية الأشعة السينية التشتت. ولوحظت قمتان.أول قمة كبيرة تمثل البوليميراز الحمض النووي E9 exonuclease ناقص مركب الحمض النووي متحولة. والثاني يشير إلى الحالة غير منضمة. في حين أن النهج الكلاسيكي لاختيار الإطارات يوفر نصف قطر مستقر من gyration المجمع في الذروة الأولى، يتم دمج الذروة الثانية بوضوح ونصف قطر ال gyration عبر المؤامرة يبين أن ذروة الاهتمام الثانية ليس لديها دائرة نصف قطرها مستقرة من الزى بسبب التلوث عبر الذروة.في هذا التحليل، يمكن استخدام خمسة إطارات فقط التي أظهرت نصف قطر شبه مستقر من الزى. عندما طرح، أعطوا نصف قطرها من gyration من 36.3 angstroms. وعندما تم إلغاء حجم القمم باستخدام التعليم للجميع، كان المنحنى المقابل للقمة الثانية متراكباً مع الأصل، مما يظهر انخفاضاً واضحاً في الإشارة إلى الضوضاء ونصف قطرها السفلي من 34.1 angstroms.مؤامرة Kratky من البيانات يكشف عن أن مجمع مع ذروة معقدة هو أكثر كروية كما أكد منحنى العلاقات العامة الذي يعطي البعد الأقصى من 108.5 angstroms للمنحنى deconuted. البيانات غير deconvoluted لهذا التحليل هو أكثر ممدود مع أقصى بعد 120 angstroms، على الأرجح بسبب عدم تجانس الناشئة عن البوليميراز E9 غير منضم ناقص متحولة exonuclease. والخطوات الأكثر أهمية هي في اختيار القيم المفردة ونطاق البيانات المستخدمة حيث أن هذه تؤثر بشكل كبير على دقة deconvolution.ولا ينبغي أن تؤخذ النتائج بمفردها، بل ينبغي تقييمها باستخدام تقنيات إضافية مثل الطرد المركزي التحليلي أو تشتت ضوء الليزر المتعدد الزوايا للسماح بتفسيرها البيولوجي. في خط العمود مقرونة SAXS في تركيبة مع deconvolution واجهة سهلة الاستخدام مثل برنامج مبعثر يوفر هو حزمة قوية لتوفير بيانات هيكلية ذات مغزى حتى من أنظمة صعبة في جوهرها.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Production, Crystallization and Structure Determination of C. difficile PPEP-1 via Microseeding and Zinc-SAD

Production, Crystallization and Structure Determination of C. difficile PPEP-1 via Microseeding and Zinc-SAD

إنتاج وبلورة وتحديد هيكل<em&gt; C. صعب</em&gt; PPEP-1 عن طريق Microseeding والزنك والصحراء

New therapies are needed to treat Clostridium difficile infections that are a major threat to human health. The C. difficile metalloprotease PPEP-1 is a ...

Anaerobic Protein Purification and Kinetic Analysis via Oxygen Electrode for Studying DesB Dioxygenase Activity and Inhibition

تنقية البروتين اللاهوائية وتحليل الحركية عبر مسرى الأوكسجين لدراسة النشاط ديوكسيجيناسي دسب وتثبيط

Oxygen-sensitive proteins, including those enzymes which utilize oxygen as a substrate, can have reduced stability when purified using traditional aerobic ...

Fully Autonomous Characterization and Data Collection from Crystals of Biological Macromolecules

توصيف مستقلة تماما وجمع البيانات من بلورات جزيئات البيولوجية

High-brilliance X-ray beams coupled with automation have&#160;led to the use of synchrotron-based macromolecular X-ray crystallography (MX) beamlines for ...

Using the Open-Source MALDI TOF-MS IDBac Pipeline for Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data

استخدام خط أنابيب MALDI TOF-MS IDBac المفتوح المصدر لتحليل البروتين الميكروبي وبيانات المستقلب المتخصصة

In order to visualize the relationship between bacterial phylogeny and specialized metabolite production of bacterial colonies growing on nutrient agar, ...

Study on the Metabolism of Six Systemic Insecticides in a Newly Established Cell Suspension Culture Derived from Tea (Camellia Sinensis L.) Leaves

Study on the Metabolism of Six Systemic Insecticides in a Newly Established Cell Suspension Culture Derived from Tea Camellia Sinensis L. Leaves

دراسة عن الأيض من المبيدات الحشرية النظامية الستة في ثقافة تعليق الخلية المنشأة حديثا المستمدة من الشاي(كاميليا سينينسيس L.) يترك

A platform for studying insecticide metabolism using in vitro tissues of tea plant was developed. Leaves from sterile tea plantlets were induced to form ...

Perturbing Endothelial Biomechanics via Connexin 43 Structural Disruption

الميكانيكا الحيوية المبطنة عن طريق الاضطرابات الهيكلية 43

Endothelial cells have been established to generate intercellular stresses and tractions, but the role gap junctions play in endothelial intercellular ...

TMT Sample Preparation for Proteomics Facility Submission and Subsequent Data Analysis

إعداد عينة TMT لتقديم مرافق Proteomics وتحليل البيانات اللاحقة

Proteomic technologies are powerful methodologies that can aid our understanding of mechanisms of action in biological systems by providing a global view ...

Fixed Target Serial Data Collection at Diamond Light Source

مجموعة بيانات تسلسلية هدف ثابت في مصدر ضوء الماس

Serial data collection is a relatively new technique for synchrotron users. A user manual for fixed target data collection at I24, Diamond Light Source is ...

Proteomic Profile of EPS-Urine through FASP Digestion and Data-Independent Analysis

بروتيوميك لمحة عن EPS البول من خلال FASP الهضم وتحليل البيانات المستقلة

Filter-aided sample protocol (FASP) is widely used for proteomics sample preparation because it allows to concentrate diluted samples and it is compatible ...