Name: characterization and functional prediction of bacteria in ovarian tissues
Uploaded: 2021-10-23T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Characterization and Functional Prediction of Bacteria in Ovarian Tissues at JoVE.com

تم دعم هذا العمل من خلال جائزة البحوث السريرية لأول مستشفى تابع لجامعة شيان جياوتونغ، الصين (XJTU1AF-2018-017، XJTU1AF-CRF-2019-002)، مشروع البحوث الأساسية الرئيسية للعلوم الطبيعية في إدارة العلوم والتكنولوجيا الإقليمية شنشي (2018JM7073، 2017ZDJC-11)، المشروع الرئيسي للبحث والتطوير التابع لإدارة العلوم والتكنولوجيا في مقاطعة شنشي (2017ZDXM-SF-068، 2019QYPY-138)، مشروع الابتكار التكنولوجي التعاوني لمقاطعة شنشي (2 017XT-026, 2018XT-002), ومشروع البحوث الطبية لخطة شيان لتوجيه التنمية الاجتماعية (2017117SF/YX011-3). لم يكن للممولين أي دور في تصميم الدراسة أو جمع البيانات وتحليلها أو قرار نشر المخطوطة أو إعدادها.
نشكر الزملاء في قسم أمراض النساء في المستشفى التابع الأول لجامعة شيان جياوتونغ على مساهماتهم في جمع العينات.

وقد وافقت على هذه الدراسة لجنة الأخلاقيات المؤسسية الطبية التابعة لأول مستشفى منتسب لجامعة شيان جياوتونغ (رقم XJTUIAF2018LSK-139). وتم الحصول على موافقة مستنيرة من جميع المرضى المسجلين.
1. معايير دخول مجموعة السرطان ومجموعة المكافحة
<ol><li>بالنسبة لمجموعة السرطان ، تسجيل ال...

<ol>
	<li>Manfredo Vieira, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translocation+of+a+gut+pathobiont+drives+autoimmunity+in+mice+and+humans.">Translocation of a gut pathobiont drives autoimmunity in mice and humans.</a> Science. 359 (6380), 1156-1161 (2018).</li><li>Geller, L. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Potential+role+of+intratumor+bacteria+in+mediating+tumor+resistance+to+the+chemotherapeutic+drug+gemcitabine.">Potential role of intratumor bacteria in mediating tumor resistance to the chemotherapeutic drug gemcitabine.</a> Science. 357 (6356), 1156-1160 (2017).</li><li>Manfredo, V. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translocation+of+a+gut+pathobiont+drives+autoimmunity+in+mice+and+humans.">Translocation of a gut pathobiont drives autoimmunity in mice and humans.</a> Science. 359 (6380), 1156-1161 (2018).</li><li>Brunelli, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Globular+structure+of+human+ovulatory+cervical+mucus.">Globular structure of human ovulatory cervical mucus.</a> FASEB J. 21 (14), 3872-3876 (2007).</li><li>Chen, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+microbiota+continuum+along+the+female+reproductive+tract+and+its+relation+to+uterine-related+diseases.">The microbiota continuum along the female reproductive tract and its relation to uterine-related diseases.</a> Nature Communications. 8 (1), 875 (2017).</li><li>Zervomanolakis, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Physiology+of+upward+transport+in+the+human+female+genital+tract.">Physiology of upward transport in the human female genital tract.</a> Annals of the New York Academy of Sciences. 1101, 1-20 (2007).</li><li>Verstraelen, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterisation+of+the+human+uterine+microbiome+in+non-pregnant+women+through+deep+sequencing+of+the+V1-2+region+of+the+16S+rRNA+gene.">Characterisation of the human uterine microbiome in non-pregnant women through deep sequencing of the V1-2 region of the 16S rRNA gene.</a> PeerJ. 4, 1602 (2016).</li><li>Fang, R. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Barcoded+sequencing+reveals+diverse+intrauterine+microbiomes+in+patients+suffering+with+endometrial+polyps.">Barcoded sequencing reveals diverse intrauterine microbiomes in patients suffering with endometrial polyps.</a> American Journal of Translational Research. 8 (3), 1581-1592 (2016).</li><li>Miles, S. M., Hardy, B. L., Merrell, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Investigation+of+the+microbiota+of+the+reproductive+tract+in+women+undergoing+a+total+hysterectomy+and+bilateral+salpingo-oopherectomy.">Investigation of the microbiota of the reproductive tract in women undergoing a total hysterectomy and bilateral salpingo-oopherectomy.</a> Fertil Steril. 107 (3), 813-820 (2017).</li><li>Banerjee, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ovarian+cancer+oncobiome.">The ovarian cancer oncobiome.</a> Oncotarget. 8 (22), 36225-36245 (2017).</li><li>Wang, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+differential+distribution+of+bacteria+between+cancerous+and+noncancerous+ovarian+tissues+in+situ.">The differential distribution of bacteria between cancerous and noncancerous ovarian tissues in situ.</a> Journal of Ovarian Research. 13 (1), 8 (2020).</li><li>Wang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+overgrowth+and+diversification+of+microbiota+in+gastric+cancer.">Bacterial overgrowth and diversification of microbiota in gastric cancer.</a> European Journal of Gastroenterology &amp; Hepatology. 28 (3), 261-266 (2016).</li><li>Hosgood, H. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+potential+role+of+lung+microbiota+in+lung+cancer+attributed+to+household+coal+burning+exposures.">The potential role of lung microbiota in lung cancer attributed to household coal burning exposures.</a> Environmental and Molecular Mutagenesis. 55 (8), 643-651 (2014).</li><li>Kwon, M., Seo, S. S., Kim, M. K., Lee, D. O., Lim, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Compositional+and+Functional+Differences+between+Microbiota+and+Cervical+Carcinogenesis+as+Identified+by+Shotgun+Metagenomic+Sequencing.">Compositional and Functional Differences between Microbiota and Cervical Carcinogenesis as Identified by Shotgun Metagenomic Sequencing.</a> Cancers. 11 (3), 309 (2019).</li><li>Urbaniak, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Microbiota+of+Breast+Tissue+and+Its+Association+with+Breast+Cancer.">The Microbiota of Breast Tissue and Its Association with Breast Cancer.</a> Applied and Environmental Microbiology. 82 (16), 5039-5048 (2016).</li><li>Feng, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metagenomic+and+metatranscriptomic+analysis+of+human+prostate+microbiota+from+patients+with+prostate+cancer.">Metagenomic and metatranscriptomic analysis of human prostate microbiota from patients with prostate cancer.</a> BMC Genomics. 20 (1), 146 (2019).</li><li>Walsh, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Postmenopause+as+a+key+factor+in+the+composition+of+the+Endometrial+Cancer+Microbiome+(ECbiome).">Postmenopause as a key factor in the composition of the Endometrial Cancer Microbiome (ECbiome).</a> Scientific Reports. 9 (1), 19213 (2019).</li><li>Walther-Antonio, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Potential+contribution+of+the+uterine+microbiome+in+the+development+of+endometrial+cancer.">Potential contribution of the uterine microbiome in the development of endometrial cancer.</a> Genome Medicine. 8 (1), 122 (2016).</li><li>Poore, G. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbiome+analyses+of+blood+and+tissues+suggest+cancer+diagnostic+approach.">Microbiome analyses of blood and tissues suggest cancer diagnostic approach.</a> Nature. 579 (7800), 567-574 (2020).</li><li>Bolger, A. M., Lohse, M., Usadel, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Trimmomatic:+a+flexible+trimmer+for+Illumina+sequence+data.">Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data.</a> Bioinformatics. 30 (15), 2114-2120 (2014).</li><li>Ward, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BugBase+predicts+organism-level+microbiome+phenotypes.">BugBase predicts organism-level microbiome phenotypes.</a> bioRxiv. , (2017).</li><li>Langille, M. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predictive+functional+profiling+of+microbial+communities+using+16S+rRNA+marker+gene+sequences.">Predictive functional profiling of microbial communities using 16S rRNA marker gene sequences.</a> Nature Biotechnology. 31 (9), 814-821 (2013).</li><li>Langille, M. G. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predictive+functional+profiling+of+microbial+communities+using+16S+rRNA+marker+gene+sequences.">Predictive functional profiling of microbial communities using 16S rRNA marker gene sequences.</a> Nature Biotechnology. 31 (9), 814 (2013).</li><li>Parks, D. H., Tyson, G. W., Hugenholtz, P., Beiko, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=STAMP:+statistical+analysis+of+taxonomic+and+functional+profiles.">STAMP: statistical analysis of taxonomic and functional profiles.</a> Bioinformatics. 30 (21), 3123 (2014).</li><li>Leranth, C., Hamori, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=34;Dark&amp;#34;+Purkinje+cells+of+the+cerebellar+cortex.">34;Dark&amp;#34; Purkinje cells of the cerebellar cortex.</a> Acta Biologica Hungarica. 21 (4), 405-419 (1970).</li></ol>

سرطان المبيض له تأثير ملحوظ على خصوبة المرأة25. يتم تشخيص معظم مرضى سرطان المبيض في المراحل المتأخرة، ومعدل البقاء على قيد الحياة لمدة 5 سنوات هو أقل من 30٪18. وقد نشر تأكيد للبكتيريا في الأحشاء الصلبة في البطن، بما في ذلك الكبد والبنكرياس والطحال. يحدث وجود البكتيري...

في الآونة الأخيرة ، تم نشر عدد متزايد من المقالات التي تثبت وجود البكتيريا في الأحشاء الصلبة في البطن ، مثل الكلى والطحال والكبد والمبيض1،2. جيلر وآخرون وجدت البكتيريا في أورام البنكرياس, وكانت هذه البكتيريا مقاومة لgemcitabine, دواء العلاج الكيميائي2. S. مانفريدو فييرا وآخرون خلصت إلى أن المكورات المعوية gallinarum المحمولة إلى الغدد الليمفاوية, الكبد والطحال, ويمكن أن تدفع المناعة الذاتية3.
وبما أن عنق الرحم يلعب دورا كمدافع، فقد تم إجراء أبحاث طفيفة على البكتيريا الموجودة في الجهاز التناسلي العلوي للأنثى، والتي تحتوي على الرحم وقناتي فالوب والمبيضين. ومع ذلك، تم وضع بعض النظريات الجديدة في السنوات الأخيرة. البكتيريا قد يكون الوصول إلى تجويف الرحم خلال الدورة الشهرية بسبب التغيرات في mucins4,5. بالإضافة إلى ذلك، أكد زيرفومنولاكيس وآخرون أن الرحم، جنبا إلى جنب مع قناتي فالوب، هو مضخة تمعج يسيطر عليها نظام الغدد الصماء في المبيضين، وهذا الترتيب يمكن البكتيريا من دخول بطانة الرحم وقناتي فالوب والمبيضين6.
لم يعد الجهاز التناسلي العلوي لغزا بعد الآن بفضل تطوير طرق الكشف البكتيرية. Verstraelen وآخرون استخدم الباركود المقترن نهاية طريقة التسلسل لاكتشاف البكتيريا الرحمية من خلال استهداف في منطقة V1-2 hypervariable من الجين RNA 16S7. فانغ وآخرون تستخدم تسلسل الباركود في المرضى الذين يعانون من الاورام الحميدة بطانة الرحم وكشفت عن وجود البكتيريا داخل الرحم المتنوعة8. بالإضافة إلى ذلك، باستخدام الجين RNA 16S، مايلز وآخرون وتشن وآخرون وجدت البكتيريا في الجهاز التناسلي للنساء الذين خضعوا لاستئصال السالبنغو-oophorectomy واستئصال الرحم، على التوالي5،9.
اكتسبت البكتيريا في أنسجة الورم اهتماما متزايدا في السنوات الأخيرة. اكتشف بانيرجي وآخرون أن توقيع الميكروبيوم يختلف بين مرضى سرطان المبيض ويتحكمفي 10. وارتبطتنوكسيناترونوم سيبيريكوم مع مرحلة الورم, ويمكن استخدام ميثانوسارسينا vacuolata لتشخيص سرطان المبيض11. بالإضافة إلى سرطان المبيض، أثبتت أنواع السرطان الأخرى، مثل المعدة والرئة والبروستاتا والثدي وعنق الرحم والبطانة، أنها مرتبطة بالبكتيريا12و13و14و15و16و17و18. اقترح Poore وآخرون فئة جديدة من تشخيص الأورام القائم على الميكروبات ، وتوقع في مرحلة مبكرة من فحص السرطان19. في هذا البروتوكول، قمنا بالتحقيق في الاختلافات بين أنسجة المبيض السرطانية والعادية من خلال مقارنة تكوين ووظيفة البكتيريا في هذين النسيجين.
تم إجراء تلطيخ الكيمياء المناعية وتسلسل الجينات 16S rRNA لتأكيد وجود البكتيريا في المبيضين. تمت دراسة الاختلافات والوظائف المتوقعة لبكتيريا المبيض في أنسجة المبيض السرطانية وغير السرطانية. وأظهرت النتائج وجود البكتيريا في أنسجة المبيض. كانت مرتبطة Anoxynatronum سيبيريكوم وVacuolata ميتانوساركينا إلى المرحلة وتشخيص سرطان المبيض، على التوالي. تمت مقارنة ستة وأربعين مسارا مختلفا بشكل كبير ل KEGG كانت موجودة في كلتا المجموعتين.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>2200 TapeStation Software</td>
			<td>Agilgent 
			United States</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AmpliSeq for Illumina Library Prep, Indexes, and Accessories</td>
			<td>Illumina</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Image-pro plus 7</td>
			<td>Media Cybernetics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leica ASP 300S</td>
			<td>Leica Biosystems Division of Leica Microsystems</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leica EG 1150</td>
			<td>Leica Biosystems Division of Leica Microsystems</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leica RM2235</td>
			<td>Leica Biosystems Division of Leica Microsystems</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LPS Core monoclonal antibody, clone WN1 222-5</td>
			<td>Hycult Biotech</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mag-Bind RxnPure Plus magnetic beads</td>
			<td>Omega Biotek</td>
			<td>M1386-00</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mag-Bind Universal Pathogen 96 Kit</td>
			<td>Omega Biotek</td>
			<td>M4029-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MiSeq</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>SY-410-1003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Silva database</td>
			<td>Max Planck Institute for Marine Microbiology and Jacobs University</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>the QuantiFluor dsDNA System</td>
			<td>Promega</td>
			<td>E2670</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trimmomatic</td>
			<td>Bj&#246;rn Usadel</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZytoChem Plus (HRP) Anti-Rabbit (DAB) Kit</td>
			<td>Zytomed Systems</td>
			<td>HRP008DAB-RB</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

characterization and functional prediction of bacteria in ovarian tissues

نظرية "عقيمة" الجهاز التناسلي العلوي الإناث تواجه معارضة متزايدة بسبب التقدم في الكشف عن البكتيريا. ومع ذلك، لم يتم بعد تأكيد ما إذا كان المبيضان يحتويان على البكتيريا. هنا، تم إدخال تجربة للكشف عن البكتيريا في أنسجة المبيض. اخترنا مرضى سرطان المبيض في مجموعة السرطان والمرضى غير السرطانيين في مجموعة التحكم. 16S تم استخدام تسلسل الجينات rRNA للتمييز بين البكتيريا في أنسجة المبيض من السرطان ومجموعات التحكم. وعلاوة على ذلك، توقعنا التكوين الوظيفي للبكتيريا التي تم تحديدها باستخدام BugBase وPICRUSt. ويمكن أيضا أن تستخدم هذه الطريقة في الأحشاء والأنسجة الأخرى منذ العديد من الأجهزة قد ثبت لإيواء البكتيريا في السنوات الأخيرة. قد يساعد وجود البكتيريا في الأحشاء والأنسجة العلماء على تقييم الأنسجة السرطانية والعادية وقد يساعد في علاج السرطان.

المرضي وشملت الدراسة ما مجموعه 16 مريضا مؤهلا. وشملت مجموعة المراقبة 10 نساء مع تشخيص ورم الرحم الحميد (من بينها، تم تشخيص 3 مرضى مع الورم النخاعي الرحمي، وتم تشخيص 7 مرضى مع غد الرحم). وفي الوقت نفسه، احتوت مجموعة السرطان على 6 نساء مصابات بتشخيص لسرطان المبيض المصلي (من بينهن مريضا?...

Watch this Scientific Journal Video about Characterization and Functional Prediction of Bacteria in Ovarian Tissues at JoVE.com

Characterization and Functional Prediction of Bacteria in Ovarian Tissues

تم إجراء تلطيخ الكيمياء المناعية وتسلسل جين الحمض النووي الريبي الريبوسومي 16S (جين 16S rRNA) من أجل اكتشاف البكتيريا والتمييز بينها في أنسجة المبيض السرطانية وغير السرطانية في الموقع. تم التنبؤ بالاختلافات التركيبية والوظيفية للبكتيريا باستخدام BugBase والتحقيق النباتي للمجتمعات عن طريق إعادة بناء الدول غير الملمة (PICRUSt).

التوصيف والتنبؤ الوظيفي للبكتيريا في أنسجة المبيض

The theory of a "sterile" female upper reproductive tract has been encountering increasing opposition due to advancements in bacterial detection. However, ...

تم تصميم هذا البروتوكول لاكتشاف البكتيريا في أنسجة المبيض والتنبؤ بوظائفها. تم استخدام تلطيخ الكيمياء المناعية وتسلسل 16S rRNA ، من أجل اكتشاف وميز البكتيريا في أنسجة المبيض السرطانية وغير السرطانية في الموقع. ومن المتوقع التعويض والاختلافات الوظيفية للبكتيريا باستخدام BoPs والتحقيق الخلوي الوراثي للمجتمعات عن طريق إعادة بناء أيام غير منبه.يهدف بروتوكولنا إلى استخراج البكتيريا من أنسجة المبيض في الموقع. ويمكن أيضا أن تستخدم لاكتشاف البكتيريا في الأورام من أي نوع. المزايا الرئيسية لبروتوكولنا هي أنه سهل ومريح ، وأنه يمكن تحقيقه في كل مختبر تقريبا.كما أنه من السريع الحصول على النتائج. أثناء الممارسة في البروتوكول، من المهم استبعاد أي أنسجة ورم خارج الموقع. وبالتالي، يجب أن تكون جميع الإجراءات في هذا البروتوكول عقيمة.أثناء الجراحة، يتم استئصال المبيضين المنفصلين إلى عينات أنسجة سميكة يبلغ سمكها سنتيمترا واحدا تقريبا مع زوج من الملاقط العقيمة الجديدة. تجنب لمس أي شيء آخر أثناء الإجراء بأكمله. بعد الانفصال، قم بإزالة العينة في أنبوب معقم ووضعها في النيتروجين السائل لانتقالها.الحفاظ على العينات في ناقص 80 درجة مئوية. إصلاح الأنسجة عن طريق الفورمولين، ومن ثم تضمينها عن طريق البارافين. يمكن إيقاف هذا البروتوكول مؤقتا هنا.يمكن الاحتفاظ بالأنسجة في درجة حرارة الغرفة للحفاظ عليها لفترة أطول. من أجل تشغيل مزيد من الخطوات، وقطع العينات في خمسة أقسام المسلسل ميكرومتر. ثم، وتجفيف العينات.هل إزالة البارافين والإماهة للعينات. لاسترداد مستضد، هناك حاجة إلى علاج الميكروويف لمدة 10 دقائق في المخزن المؤقت EDTA. تراجع العينات في برنامج تلفزيوني الذي يحتوي على 0.3٪ الهيدروجين.ت peroxidize لمدة 20 دقيقة لوقف نشاط البيروكسيديز الذاتية. أداء EMA الأجسام المضادة في LPS الأساسية، بتركيز 1 أكثر من 300. والحفاظ عليه لليلة واحدة في أربع درجات مئوية.من أجل اكتشاف البكتيريا، استخدم مجموعة ركائز DAP للكشف عن وجود HRP. بناء على تعليمات الشركة المصنعة، استخدم HRP polymer، الأجسام المضادة للأرانب. استخدام جدول المكثف للسماح للأجسام المضادة الجمع الكامل.استخدام برنامج تلفزيوني للقضاء على الأجسام المضادة غير المؤتلفة. قم بتلطيخ المادة الكيميائية الخاصة بك وفقا لتعليمات الشركة المصنعة ، ثم قم بمسح العينات تحت الماء. قم بالجفاف للعينات.عينات البدلة عن طريق التوقيع. وأدخل كعينة باستخدام التصوير برو زائد إعداد مكتبة على أساس بروتوكول الشركة المصنعة. ممارسة نمط التمهيدي، الذي يتكون من تسلسل الجينات محددة ومحول Illumina فوق تسلسل النيوكليوتيدات.لتضخيم معدلات المواليد لمنطقة V4 من 16s البكتيرية على تسلسل الجينات rRNA، تضخيم القالب من مدخلات عينة الحمض النووي باستخدام AMPLICON PCR. استخدام ماج بيند RxNPure Plus الخرز المغناطيسي لإزالة مزيج التفاعل من المنتج PCR. إجراء تضخيم PCR المفهرسة للمرة الثانية.استخدم Agilent 2200 TapeStation للتحقق من المكتبة. استخدم QuantiFluor dsDNA النظام لتحديد حجم المكتبة. مع دورة 600، V3 خلية تدفق القياسية تنتج ما يقرب من 100، 000 ينتهي المقترنة.2 × 300 قاعدة 3 يتم إزالة اللورق من المكتبات وتجميعها وتسلسلها. يتم تصنيف المعدلات الخام لكل عينة على أساس جودة التسلسل من قبل Trimmomatic.يجب إزالة تسلسل التمهيدي والمحول. تسلسل يقرأ مع كل من الزوج والصفات أقل من 25 ينبغي تقصير. تحليل rRNA 16s من قبل حزمة البرمجيات QIIME.جمع تسلسلات لتشكيل OTUs مع قطع التشابه في 97٪ ل OTUs، يجب حساب وفرة النسبية في كل عينة. توظيف مصنف بايزي، وهو في مجموعة التدريب RDP لفرز جميع التسلسلات. مع OTU معين، يتم تعيين تصنيف التي لديها التماسك الرئيسي للتسلسلات إلى OTUs.يتم محاذاة OTUs إلى قاعدة بيانات سيلفا، مستندة إلى معلومات مجموعة عينة. أداء تنوع ألفا وتحليل الإحداثيات الأساسية المستندة إلى UniFrac. للتنبؤ بالعرض التقديمي المتعلق بخصائص البكتيريا استخدم BugBase.توقع التركيب الوظيفي للميتاجينوم في PICRUSt. مع استخدام بيانات الرصد وقاعدة بيانات تحتوي على الجينوم المرجعي ، وتحليل وظائف مختلفة بين كل مجموعة بمساعدة برنامج STAMP. استخدم برنامج إحصائي واحد لحساب النتيجة.وينبغي تحديد الإشارة إلى الأهمية الإحصائية على أنها p أقل من 0.05. حساب العوامل المحيرة، والتي تشمل العمر والتكافؤ، حسب اختبار الطالب t. حساب حالة انقطاع الطمث، وتاريخ ارتفاع ضغط الدم ومرض السكري عن طريق اختبار تشي مربع.حساب عدد من البكتيريا المبيض taxa بواسطة اختبار مان ويتني U. تم تسجيل 16 مريضا في هذه الدراسة. تم استخدام BugBase لممارسة تحليل الميتاجينومات المتوقعة.الكيمياء الإمراضية والمناعية المحتملة للمبايض باستخدام الأجسام المضادة المضادة للبكتيريا LPS. يظهر هذا الرقم الثراء البكتيري والتنوع في مجموعات السرطان والسيطرة. كشفت عن طريق تسلسل 16S rRNA.ويلاحظ أن الأرقام تشير إلى مؤشر الأنواع. مؤشر Chao1 ، مؤشر ACE ، مؤشر شانون ، مؤشر Evenness ، مؤشر سيمبسون ، على التوالي. تظهر الوفرة النسبية للفيلا والأنواع البكتيرية ال 12 الأكثر وفرة في عينات المبيض في هذا الرقم.الشكل A، B، C و D.يعني وفرة النسبية للفريق في المبيضين من المرضى في مجموعة التحكم ومجموعة سرطان المبيض. وفرة النسبية من اثني عشر أنواع البكتيريا الأكثر وفرة في المبيضين من مرضى السيطرة ومجموعة سرطان المبيض. هذا هو الشائعات، تتجمع باستخدام PCoA والوفرة النسبية من Anoxynatronum سيبيريكوم وميثانوساركينا vacuolata.ويبين الشكل ألف الأرقام الشائعة التي تم تجميعها باستخدام PCoA. يتم رسم PC1 و PC2 على x و المحور ص. الكتلة الحمراء تساوي العينة في مجموعة سرطان المبيض.الدائرة الزرقاء تساوي عينة في مجموعة التحكم. يمكن فصل العينات من مجموعة سرطان المبيض عن عينات أخرى في مجموعة التحكم. ويبين الشكل باء الأرقام الشائعة التي تم تجميعها باستخدام PCoA.يتم رسم PC1 و PC2 على محور س و ص. الكتلة الحمراء تساوي عينة في مجموعة سرطان المبيض. الدائرة الصلبة الزرقاء تساوي عينة من المريض المصاب بالورم النخاعي الرحمي.والدائرة الزرقاء المجوفة تساوي عينة من مريض مصاب بداء الغدة الرحمية. ويبين الشكل جيم الوفرة النسبية لأنوكسيناترونوم سيبيريكوم. الشكل دال هو ميثانوساركينا فكولاتا.هذا الرقم هو تحليل BugBase لعلم الجينوم الفوقي المتوقع. كان النمط الظاهري المحتمل للتحمل للإجهاد والأكسدة للمبايض في مجموعة السرطان أقوى من مجموعة التحكم. هذا الرقم يختلف اختلافا كبيرا KEGG مسار الفضاء بين السرطان ومجموعات التحكم من قبل PICRUSt التحليل.عندما نحصل على عيناتنا، هناك حاجة إلى زوج من الملاقط العقيمة الجديدة. انتبه إلى التلوث المحتمل للعينات. أن البكتيريا خارج الموقع أنسجة الورم قد تؤثر على حل إلى حد كبير.يتم تفضيل تعيين مجموعة التحكم إلى كل خطوة. من أجل الحد من تأثير التلوث المحتمل.

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Enrichment and Characterization of the Tumor Immune and Non-immune Microenvironments in Established Subcutaneous Murine Tumors

تخصيب اليورانيوم وتوصيف ميكرونفيرونمينتس المناعي والمناعة غير ورم في المنشأة الأورام مورين تحت الجلد

The tumor immune microenvironment (TIME) has recently been recognized as a critical mediator of treatment response in solid tumors, especially for ...

Digital Analysis of Immunostaining of ZW10 Interacting Protein in Human Lung Tissues

التحليل الرقمي للتلطيخ المناعي للبروتين المتفاعل ZW10 في أنسجة الرئة البشرية

The purpose of this study is to introduce a methodology of the immunostaining of human lung tissues, followed by whole-slide digital scanning and image ...

Preparation of Mitochondria from Ovarian Cancer Tissues and Control Ovarian Tissues for Quantitative Proteomics Analysis

اعداد الميتوكوندريا من انسجه سرطان المبيض والتحكم في انسجه المبيض للتحليل الكمي للبروبروتيميكس

Ovarian cancer is a common gynecologic cancer with high mortality but unclear molecular mechanism. Most ovarian cancers are diagnosed in the advanced ...

Integration of Bioinformatics Approaches and Experimental Validations to Understand the Role of Notch Signaling in Ovarian Cancer

دمج نهج المعلوماتية الحيوية والتحقق التجريبي لفهم دور الإشارات الدرجة في سرطان المبيض

Notch signaling is a highly conserved regulatory pathway involved in many cellular processes. Dysregulation of this signaling pathway often leads to ...

Circulating Tumor Cell Lines: an Innovative Tool for Fundamental and Translational Research

تعميم خطوط الخلايا السرطانية: أداة مبتكرة للبحوث الأساسية والترجمة

Metastasis is a leading cause of cancer death. Despite improvements in treatment strategies, metastatic cancer has a poor prognosis. We thus face an ...

Generation and Culturing of High-Grade Serous Ovarian Cancer Patient-Derived Organoids

توليد وزراعة المواد العضوية عالية الجودة المشتقة من سرطان المبيض المصلي

Organoids are 3D dynamic tumor models that can be grown successfully from patient-derived ovarian tumor tissue, ascites, or pleural fluid and aid in the ...

Quantifying Replication Stress in Ovarian Cancer Cells Using Single-Stranded DNA Immunofluorescence

قياس إجهاد النسخ المتماثل في خلايا سرطان المبيض باستخدام التألق المناعي للحمض النووي أحادي الشريط

Replication stress is a hallmark of several ovarian cancers. Replication stress can emerge from multiple sources, including double-strand breaks, ...

Visualizing DNA Damage Repair Proteins in Patient-Derived Ovarian Cancer Organoids via Immunofluorescence Assays

Visualizing DNA Damage Repair Proteins in Patient-Derived Ovarian Cancer Organoids via Immunofluorescence Assays

تصور بروتينات إصلاح تلف الحمض النووي في عضويات سرطان المبيض المشتقة من المريض عن طريق فحوصات التألق المناعي

Immunofluorescence is one of the most widely used techniques to visualize target antigens with high sensitivity and specificity, allowing for the accurate ...

Ovarian Cancer Patient-Derived Organoid Models for Pre-Clinical Drug Testing

Ovarian cancer is a fatal gynecologic cancer and the fifth leading cause of cancer death among women in the United States. Developing new drug treatments ...