Name: characterization and functional prediction of bacteria in ovarian tissues
Uploaded: 2021-10-23T13:00:00
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इस काम को शीआन जियाओटोंग विश्वविद्यालय, चीन (XJTU1AF-2018-017, XJTU1AF-CRF-2019-002), शैनक्सी प्रांतीय विज्ञान और प्रौद्योगिकी विभाग (2018JM7073, 2018JM7073, 2017ZDJC-11), शानक्सी प्रांतीय विज्ञान और प्रौद्योगिकी विभाग की प्रमुख अनुसंधान और विकास परियोजना (2017ZDXM-SF-068, 2019QYPY-138), शानक्सी प्रांतीय सहयोगी प्रौद्योगिकी नवाचार परियोजना (2 017XT-026, 2018XT-002), और Xian सामाजिक विकास मार्गदर्शन योजना (2017117SF/YX011-3) की चिकित्सा अनुसंधान परियोजना । फंडर्स की अध्ययन डिजाइन, डेटा संग्रह और विश्लेषण, प्रकाशित करने या पांडुलिपि तैयार करने के निर्णय में कोई भूमिका नहीं थी।
हम नमूने एकत्र करने में उनके योगदान के लिए Xian Jiaotong विश्वविद्यालय के पहले संबद्ध अस्पताल के स्त्री रोग विभाग में सहयोगियों को धन्यवाद देते हैं ।

इस अध्ययन को शीआन जियाओटोंग विश्वविद्यालय के पहले संबद्ध अस्पताल की मेडिकल इंस्टीट्यूशनल एथिक्स कमेटी (नहीं) ने मंजूरी दी थी । XJTUIAF2018LSK-139) । सभी नामांकित रोगियों से सूचित सहमति प्राप्त की गई थी।
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<ol>
	<li>Manfredo Vieira, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translocation+of+a+gut+pathobiont+drives+autoimmunity+in+mice+and+humans.">Translocation of a gut pathobiont drives autoimmunity in mice and humans.</a> Science. 359 (6380), 1156-1161 (2018).</li><li>Geller, L. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Potential+role+of+intratumor+bacteria+in+mediating+tumor+resistance+to+the+chemotherapeutic+drug+gemcitabine.">Potential role of intratumor bacteria in mediating tumor resistance to the chemotherapeutic drug gemcitabine.</a> Science. 357 (6356), 1156-1160 (2017).</li><li>Manfredo, V. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translocation+of+a+gut+pathobiont+drives+autoimmunity+in+mice+and+humans.">Translocation of a gut pathobiont drives autoimmunity in mice and humans.</a> Science. 359 (6380), 1156-1161 (2018).</li><li>Brunelli, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Globular+structure+of+human+ovulatory+cervical+mucus.">Globular structure of human ovulatory cervical mucus.</a> FASEB J. 21 (14), 3872-3876 (2007).</li><li>Chen, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+microbiota+continuum+along+the+female+reproductive+tract+and+its+relation+to+uterine-related+diseases.">The microbiota continuum along the female reproductive tract and its relation to uterine-related diseases.</a> Nature Communications. 8 (1), 875 (2017).</li><li>Zervomanolakis, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Physiology+of+upward+transport+in+the+human+female+genital+tract.">Physiology of upward transport in the human female genital tract.</a> Annals of the New York Academy of Sciences. 1101, 1-20 (2007).</li><li>Verstraelen, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterisation+of+the+human+uterine+microbiome+in+non-pregnant+women+through+deep+sequencing+of+the+V1-2+region+of+the+16S+rRNA+gene.">Characterisation of the human uterine microbiome in non-pregnant women through deep sequencing of the V1-2 region of the 16S rRNA gene.</a> PeerJ. 4, 1602 (2016).</li><li>Fang, R. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Barcoded+sequencing+reveals+diverse+intrauterine+microbiomes+in+patients+suffering+with+endometrial+polyps.">Barcoded sequencing reveals diverse intrauterine microbiomes in patients suffering with endometrial polyps.</a> American Journal of Translational Research. 8 (3), 1581-1592 (2016).</li><li>Miles, S. M., Hardy, B. L., Merrell, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Investigation+of+the+microbiota+of+the+reproductive+tract+in+women+undergoing+a+total+hysterectomy+and+bilateral+salpingo-oopherectomy.">Investigation of the microbiota of the reproductive tract in women undergoing a total hysterectomy and bilateral salpingo-oopherectomy.</a> Fertil Steril. 107 (3), 813-820 (2017).</li><li>Banerjee, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ovarian+cancer+oncobiome.">The ovarian cancer oncobiome.</a> Oncotarget. 8 (22), 36225-36245 (2017).</li><li>Wang, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+differential+distribution+of+bacteria+between+cancerous+and+noncancerous+ovarian+tissues+in+situ.">The differential distribution of bacteria between cancerous and noncancerous ovarian tissues in situ.</a> Journal of Ovarian Research. 13 (1), 8 (2020).</li><li>Wang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+overgrowth+and+diversification+of+microbiota+in+gastric+cancer.">Bacterial overgrowth and diversification of microbiota in gastric cancer.</a> European Journal of Gastroenterology &amp; Hepatology. 28 (3), 261-266 (2016).</li><li>Hosgood, H. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+potential+role+of+lung+microbiota+in+lung+cancer+attributed+to+household+coal+burning+exposures.">The potential role of lung microbiota in lung cancer attributed to household coal burning exposures.</a> Environmental and Molecular Mutagenesis. 55 (8), 643-651 (2014).</li><li>Kwon, M., Seo, S. S., Kim, M. K., Lee, D. O., Lim, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Compositional+and+Functional+Differences+between+Microbiota+and+Cervical+Carcinogenesis+as+Identified+by+Shotgun+Metagenomic+Sequencing.">Compositional and Functional Differences between Microbiota and Cervical Carcinogenesis as Identified by Shotgun Metagenomic Sequencing.</a> Cancers. 11 (3), 309 (2019).</li><li>Urbaniak, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Microbiota+of+Breast+Tissue+and+Its+Association+with+Breast+Cancer.">The Microbiota of Breast Tissue and Its Association with Breast Cancer.</a> Applied and Environmental Microbiology. 82 (16), 5039-5048 (2016).</li><li>Feng, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metagenomic+and+metatranscriptomic+analysis+of+human+prostate+microbiota+from+patients+with+prostate+cancer.">Metagenomic and metatranscriptomic analysis of human prostate microbiota from patients with prostate cancer.</a> BMC Genomics. 20 (1), 146 (2019).</li><li>Walsh, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Postmenopause+as+a+key+factor+in+the+composition+of+the+Endometrial+Cancer+Microbiome+(ECbiome).">Postmenopause as a key factor in the composition of the Endometrial Cancer Microbiome (ECbiome).</a> Scientific Reports. 9 (1), 19213 (2019).</li><li>Walther-Antonio, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Potential+contribution+of+the+uterine+microbiome+in+the+development+of+endometrial+cancer.">Potential contribution of the uterine microbiome in the development of endometrial cancer.</a> Genome Medicine. 8 (1), 122 (2016).</li><li>Poore, G. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbiome+analyses+of+blood+and+tissues+suggest+cancer+diagnostic+approach.">Microbiome analyses of blood and tissues suggest cancer diagnostic approach.</a> Nature. 579 (7800), 567-574 (2020).</li><li>Bolger, A. M., Lohse, M., Usadel, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Trimmomatic:+a+flexible+trimmer+for+Illumina+sequence+data.">Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data.</a> Bioinformatics. 30 (15), 2114-2120 (2014).</li><li>Ward, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BugBase+predicts+organism-level+microbiome+phenotypes.">BugBase predicts organism-level microbiome phenotypes.</a> bioRxiv. , (2017).</li><li>Langille, M. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predictive+functional+profiling+of+microbial+communities+using+16S+rRNA+marker+gene+sequences.">Predictive functional profiling of microbial communities using 16S rRNA marker gene sequences.</a> Nature Biotechnology. 31 (9), 814-821 (2013).</li><li>Langille, M. G. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predictive+functional+profiling+of+microbial+communities+using+16S+rRNA+marker+gene+sequences.">Predictive functional profiling of microbial communities using 16S rRNA marker gene sequences.</a> Nature Biotechnology. 31 (9), 814 (2013).</li><li>Parks, D. H., Tyson, G. W., Hugenholtz, P., Beiko, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=STAMP:+statistical+analysis+of+taxonomic+and+functional+profiles.">STAMP: statistical analysis of taxonomic and functional profiles.</a> Bioinformatics. 30 (21), 3123 (2014).</li><li>Leranth, C., Hamori, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=34;Dark&amp;#34;+Purkinje+cells+of+the+cerebellar+cortex.">34;Dark&amp;#34; Purkinje cells of the cerebellar cortex.</a> Acta Biologica Hungarica. 21 (4), 405-419 (1970).</li></ol>

ओवेरियन कैंसर का महिलाओं की प्रजनन क्षमता25पर उल्लेखनीय प्रभाव पड़ता है । अधिकांश अंडाशय के कैंसर के रोगियों को देर से चरणों में निदान किया जाता है, और 5 साल की जीवित रहने की दर 30%18से कम ह...

हाल ही में, लेखों की बढ़ती संख्या प्रकाशित की गई है जो पेट के ठोस विसरा में बैक्टीरिया के अस्तित्व को साबित करते हैं, जैसे गुर्दे, तिल्ली, यकृत और अंडाशय1,2। गेलर एट अल अग्नाशय के ट्यूमर में बैक्टीरिया पाया, और इन बैक्टीरिया gemcitabine, एक कीमोथैरेपी दवा2के लिए प्रतिरोधी थे । एस मनफ्रेडो विएरा एट अल ने निष्कर्ष निकाला कि एंटोकोकस गैलिनार लिम्फ नोड्स, लिवर और प्लीहा के लिए पोर्टेबल था, और यह ऑटोइंयुमुइमेंट3चला सकता है।
चूंकि गर्भाशय ग्रीवा एक रक्षक के रूप में एक भूमिका निभाता है, ऊपरी महिला प्रजनन पथ में बैक्टीरिया, जिसमें गर्भाशय, फैलोपियन ट्यूब और अंडाशय होते हैं, पर न्यूनतम शोध किया गया है। हालांकि, हाल के वर्षों में कुछ नए सिद्धांत स्थापित किए गए हैं । मसिन 4,5में परिवर्तन के कारण मासिक धर्म चक्र के दौरान बैक्टीरिया की पहुंचगर्भाशयगुहा तक हो सकती है . इसके अतिरिक्त, Zervomanolakis एट अल की पुष्टि की है कि गर्भाशय, फैलोपियन ट्यूबों के साथ, अंडाशय के अंतःस्रावी प्रणाली द्वारा नियंत्रित एक परिष्टिक पंप है, और यह व्यवस्था बैक्टीरिया को एंडोमेट्रियम, फैलोपियन ट्यूब और अंडाशय6में प्रवेश करने में सक्षम बनाती है।
ऊपरी प्रजनन पथ अब बैक्टीरिया का पता लगाने के तरीकों के विकास के लिए धन्यवाद एक रहस्य नहीं है। वर्स्ट्रालेन एट अल ने 16S आरएनए जीन7के V1-2 अतिवर्य क्षेत्र में लक्षित करके गर्भाशय बैक्टीरिया की खोज करने के लिए एक बारकोडेड पेयड-एंड अनुक्रमण विधि का उपयोग किया। फेंग एट अल एंडोमेट्रियल जंतु के साथ रोगियों में बारकोडेड अनुक्रमण कार्यरत है और विविध अंतर्गर्भाशयी बैक्टीरिया8की उपस्थिति का पता चला । इसके अतिरिक्त, 16S आरएनए जीन, मीलों एट अल और चेन एट अल का उपयोग करके महिलाओं के जननांग प्रणाली में बैक्टीरिया पाया गया, जो क्रमशः5,9, 9साल्पिंगो-ओफोरेक्टॉमी और हिस्टेरेक्टॉमी से गुजरा था ।
ट्यूमर ऊतकों में बैक्टीरिया हाल के वर्षों में बढ़ती ध्यान प्राप्त किया है । बनर्जी एट अल की खोज की है कि माइक्रोबायोम हस्ताक्षर अंडाशय के कैंसर के रोगियों के बीच मतभेद और10 को नियंत्रितकरता है । एकनोक्सीनेट्रोनम सिबिरिकम ट्यूमर चरण से जुड़ा हुआ था, और मेथानोसेसिना वैक्यूलटा का उपयोग ओवेरियन कैंसर11का निदान करने के लिए किया जा सकता है। ओवेरियन कैंसर के अलावा, पेट, फेफड़े, प्रोस्टेट, स्तन, गर्भाशय ग्रीवा औरएंडोमेट्रियम जैसे अन्य कैंसर, बैक्टीरिया12, 13, 14,15,16,17, 18से जुड़े साबितहुएहैं। पोर एट अल. माइक्रोबियल आधारित ऑन्कोलॉजी निदान के एक नए वर्ग का प्रस्ताव, प्रारंभिक चरण के कैंसर स्क्रीनिंग19की उंमीद । इस प्रोटोकॉल में, हमने इन दोनों ऊतकों में बैक्टीरिया की संरचना और कार्य की तुलना करके कैंसर और सामान्य अंडाशय ऊतकों के बीच मतभेदों की जांच की।
अंडाशय में बैक्टीरिया की उपस्थिति की पुष्टि करने के लिए इम्यूनोहिस्टोकेमिस्ट्री स्टेनिंग और 16S आरएनए जीन अनुक्रमण किया गया था। कैंसर और गैर कैंसर अंडाशय ऊतकों में अंडाशय बैक्टीरिया के मतभेदों और भविष्यवाणी कार्यों का अध्ययन किया गया । परिणामों में अंडाशय के ऊतकों में बैक्टीरिया के अस्तित्व को दिखाया गया । एनोक्सीनाट्रोनम सिबिरिकम और मेथानोसआरसीिना वैक्यूलटा क्रमशः मंच और अंडाशय के कैंसर के निदान से संबंधित थे। ४६ काफी अलग KEGG रास्ते है कि दोनों समूहों में मौजूद थे तुलना की गई ।

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>2200 TapeStation Software</td>
			<td>Agilgent 
			United States</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AmpliSeq for Illumina Library Prep, Indexes, and Accessories</td>
			<td>Illumina</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Image-pro plus 7</td>
			<td>Media Cybernetics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leica ASP 300S</td>
			<td>Leica Biosystems Division of Leica Microsystems</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leica EG 1150</td>
			<td>Leica Biosystems Division of Leica Microsystems</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leica RM2235</td>
			<td>Leica Biosystems Division of Leica Microsystems</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LPS Core monoclonal antibody, clone WN1 222-5</td>
			<td>Hycult Biotech</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mag-Bind RxnPure Plus magnetic beads</td>
			<td>Omega Biotek</td>
			<td>M1386-00</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mag-Bind Universal Pathogen 96 Kit</td>
			<td>Omega Biotek</td>
			<td>M4029-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MiSeq</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>SY-410-1003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Silva database</td>
			<td>Max Planck Institute for Marine Microbiology and Jacobs University</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>the QuantiFluor dsDNA System</td>
			<td>Promega</td>
			<td>E2670</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trimmomatic</td>
			<td>Bj&#246;rn Usadel</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZytoChem Plus (HRP) Anti-Rabbit (DAB) Kit</td>
			<td>Zytomed Systems</td>
			<td>HRP008DAB-RB</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

characterization and functional prediction of bacteria in ovarian tissues

एक "बाँझ" महिला ऊपरी प्रजनन पथ के सिद्धांत बैक्टीरियल का पता लगाने में प्रगति के कारण बढ़ते विरोध का सामना कर रहा है । हालांकि, अंडाशय में बैक्टीरिया होते हैं या नहीं, इसकी अभी तक पुष्टि नहीं हुई है । इसके बाद, अंडाशय के ऊतकों में बैक्टीरिया का पता लगाने के लिए एक प्रयोग शुरू किया गया था । हमने कैंसर समूह में अंडाशय के कैंसर रोगियों और नियंत्रण समूह में गैर-कैंसर रोगियों को चुना। 16S rRNA जीन अनुक्रमण कैंसर और नियंत्रण समूहों से अंडाशय के ऊतकों में बैक्टीरिया अंतर करने के लिए इस्तेमाल किया गया था । इसके अलावा, हमने बगबेस और PICRUSt का उपयोग करके पहचाने गए बैक्टीरिया की कार्यात्मक संरचना की भविष्यवाणी की। इस विधि का उपयोग अन्य आंत और ऊतकों में भी किया जा सकता है क्योंकि हाल के वर्षों में कई अंग बैक्टीरिया को बंदरगाह के लिए साबित हुए हैं। आंत और ऊतकों में बैक्टीरिया की उपस्थिति वैज्ञानिकों कैंसर और सामान्य ऊतकों का मूल्यांकन करने में मदद कर सकती है और कैंसर के इलाज में सहायता हो सकती है।

रोगियों अध्ययन में कुल 16 योग्य मरीजों को शामिल किया गया था। नियंत्रण समूह सौम्य गर्भाशय ट्यूमर के निदान के साथ 10 महिलाओं को शामिल किया (उनमें से, 3 रोगियों गर्भाशय मायोमा के साथ का निदान किया गया, ?...

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Characterization and Functional Prediction of Bacteria in Ovarian Tissues

इम्यूनोहिस्टोकेमिस्ट्री स्टेनिंग और 16S रिबोसोमल आरएनए जीन (16S आरएनए जीन) अनुक्रमण को सीटू में कैंसर और गैरकैंसरस ओवेरियन ऊतकों में बैक्टीरिया को खोजने और अलग करने के लिए किया गया था। अबुक्षक राज्यों (PICRUSt) के पुनर्निर्माण द्वारा समुदायों के बगबेस और फिलोजेनेटिक जांच का उपयोग करके बैक्टीरिया के रचनात्मक और कार्यात्मक मतभेदों की भविष्यवाणी की गई थी।

ओवेरियन ऊतकों में बैक्टीरिया की लक्षण वर्णन और कार्यात्मक भविष्यवाणी

The theory of a "sterile" female upper reproductive tract has been encountering increasing opposition due to advancements in bacterial detection. However, ...

यह प्रोटोकॉल अंडाशय के ऊतकों में बैक्टीरिया की खोज करने और उनके कार्यों की भविष्यवाणी करने के लिए डिज़ाइन किया गया है। इम्यूनोहिस्टोकेमिस्ट्री स्टेनिंग और 16S आरएनए अनुक्रमण, सीटू में कैंसर और गैर-कैंसर अंडाशय ऊतकों में बैक्टीरिया को खोजने और अलग करने के लिए उपयोग किया जाता था। असमान और बैक्टीरिया के कार्यात्मक मतभेदों को बीओपी और समुदायों की सेलुलर-आनुवंशिक जांच का उपयोग करके अबासेव दिनों के पुनर्निर्माण द्वारा भविष्यवाणी की जाती है ।हमारे प्रोटोकॉल का उद्देश्य सीटू में अंडाशय के ऊतकों से बैक्टीरिया निकालना है। इसका इस्तेमाल किसी भी तरह के ट्यूमर में बैक्टीरिया की खोज के लिए भी किया जा सकता है। हमारे प्रोटोकॉल के मुख्य फायदे यह हैं कि यह आसान और सुविधाजनक है, कि इसे लगभग हर प्रयोगशाला में महसूस किया जा सकता है।यह भी परिणाम प्राप्त करने के लिए तेजी से है । प्रोटोकॉल में अभ्यास के दौरान, किसी भी बैक्टीरिया ऑफ-साइट ट्यूमर ऊतकों को बाहर करना महत्वपूर्ण है। इस प्रकार, इस प्रोटोकॉल में सभी प्रक्रियाओं को बाँझ होने की जरूरत है ।सर्जरी के दौरान, नए बाँझ चिमटी की एक जोड़ी के साथ लगभग एक सेंटीमीटर मोटी ऊतक नमूनों में अलग पुनः प्राप्त अंडाशय । पूरी प्रक्रिया के दौरान किसी और चीज को छूने से बचें। जुदाई के बाद, नमूने को बाँझ ट्यूब में निकाल दें और इसे संचरण के लिए तरल नाइट्रोजन में डाल दें।माइनस 80 डिग्री सेल्सियस में नमूनों को संरक्षित करें। फॉर्मलिन द्वारा ऊतकों को ठीक करें, और फिर उन्हें पैराफिन द्वारा एम्बेड करें। यहां इस प्रोटोकॉल को रोका जा सकता है।ऊतकों को लंबे समय तक संरक्षण के लिए कमरे के तापमान में रखा जा सकता है। आगे के कदम ों को संचालित करने के लिए नमूनों को पांच माइक्रोमीटर सीरियल सेक्शन में काटा। इसके बाद नमूनों को सुखा लें।नमूनों को डी-पैराफिन और रिहाइड्रेशन करें। एंटीजन को पुनः प्राप्त करने के लिए, EDTA बफर में 10 मिनट के माइक्रोवेव उपचार की आवश्यकता होती है। पीबीएस में नमूनों को डुबोएं जिसमें 0.3% हाइड्रोजन होता है।अंतर्जात पेरोक्सिडेस गतिविधि को रोकने के लिए 20 मिनट के लिए पेरोक्सीडाइज करें। 300 से अधिक 1 की एकाग्रता पर एलपीएस कोर में एंटीबॉडी ईएमए करें। और इसे एक रात के लिए चार डिग्री सेल्सियस पर बनाए रखें।बैक्टीरिया की खोज करने के लिए, एचआरपी के अस्तित्व का पता लगाने के लिए डीएपी सब्सट्रेट किट को नियोजित करें। एक निर्माता के निर्देशों पर आधारित, एचआरपी बहुलक, एंटी-रैबिट एंटीबॉडी का उपयोग करें। एंटीबॉडी को पूरी तरह से गठबंधन करने के लिए टेबल एकाग्रता का उपयोग करें।अनकॉम्बिन एंटीबॉडी को खत्म करने के लिए पीबीएस का उपयोग करें। निर्माता के निर्देशों के अनुसार अपने रासायनिक धुंधला करते हैं, तो पानी के नीचे नमूनों फ्लश। नमूनों को निर्जलीकरण करें।हस्ताक्षर करके सूट नमूने। और निर्माता के प्रोटोकॉल के आधार पर इमेजिंग प्रो प्लस तैयार पुस्तकालय का उपयोग करके एक नमूने के रूप में दर्ज करें। प्राइमर पैटर्न का अभ्यास करें, जिसमें जीन-विशिष्ट दृश्य और इलुमिना एडाप्टर ओवरहांग न्यूक्लियोटाइड दृश्य होते हैं।आरएनए जीन दृश्यों पर बैक्टीरियल 16s के V4 क्षेत्र के लिए जन्म दर बढ़ाना, एम्प्लिकॉन पीसीआर का उपयोग करके डीएनए नमूना इनपुट से टेम्पलेट को बढ़ाना। पीसीआर उत्पाद से प्रतिक्रिया मिश्रण को हटाने के लिए मैग-बिंद RxNPure प्लस चुंबकीय मोतियों का उपयोग करें। दूसरी बार अनुक्रमित पीसीआर प्रवर्धन करें।पुस्तकालय की जांच करने के लिए फुर्तीला 2200 टेपस्टेशन का उपयोग करें। पुस्तकालय की मात्रा निर्धारित करने के लिए क्वांटिफ्लूर डीएसडीएनए सिस्टम का उपयोग करें। एक 600 चक्र के साथ, v3 मानक प्रवाह सेल लगभग 100, 000 बनती समाप्त होता है उत्पादन।2 गुना 300 बेस 3। पुस्तकालयों को डेनोरलाइज्ड, पूल्ड और अनुक्रमित किया जाता है। हर नमूने की कच्ची दरों को ट्रिमोमैटिक द्वारा अनुक्रमण गुणवत्ता के आधार पर छानकर किया जाता है।प्राइमर और एडाप्टर सीक्वेंस दोनों को हटा दिया जाना चाहिए। अनुक्रम दोनों जोड़ी और 25 से कम गुणों के साथ पढ़ता है छोटा किया जाना चाहिए । सॉफ्टवेयर पैकेज QIIME द्वारा 16s rRNA का विश्लेषण करें।OTUs के लिए 97% पर एक समानता कटऑफ के साथ OTUs बनाने के लिए दृश्यों को इकट्ठा करें, प्रत्येक नमूने में सापेक्ष बहुतायत की गणना की जानी चाहिए। एक बायेसियन क्लासिफायर को नियोजित करें, जो सभी दृश्यों को सॉर्ट करने के लिए आरडीपी प्रशिक्षण सेट में है। ओटीयू के साथ, एक वर्गीकरण जिसमें दृश्यों का प्रमुख जुटना है, ओटीयू को सौंपा गया है।OTUs सिल्वा डेटाबेस के लिए गठबंधन कर रहे हैं, एक नमूना समूह की जानकारी पर आधारित है । अल्फा विविधता और यूनिफ्रैक आधारित प्रमुख विश्लेषण निर्देशांक करते हैं। बैक्टीरिया की विशेषताओं की संबंधित प्रस्तुति की भविष्यवाणी करने के लिए बगबेस का उपयोग करें।PICRUSt में एक मेटाजेनोम की कार्यात्मक संरचना की भविष्यवाणी करें। निगरानी डेटा और संदर्भ जीनोम युक्त डेटाबेस के उपयोग के साथ, स्टांप सॉफ्टवेयर की मदद से प्रत्येक समूह के बीच विभिन्न कार्यों का विश्लेषण करें। परिणाम की गणना करने के लिए एक सांख्यिकीय सॉफ्टवेयर का उपयोग करें।सांख्यिकीय महत्व का संकेत 0.05 से कम पी के रूप में स्थापित किया जाना चाहिए। छात्र के टी-टेस्ट द्वारा उम्र और समता शामिल करने वाले भ्रामक कारकों की गणना करें। ची-स्क्वायर परीक्षण द्वारा रजोनिवृत्ति की स्थिति, उच्च रक्तचाप और मधुमेह के इतिहास की गणना करें।मान-व्हिटनी यू परीक्षण द्वारा अंडाशय बैक्टीरिया टैक्सा की संख्या की गणना करें। इस अध्ययन में 16 मरीज भर्ती हुए थे। बगबेस का उपयोग अनुमानित मेटाजेनोम के विश्लेषण का अभ्यास करने के लिए किया गया था।एंटी बैक्टीरियल एलपीएस एंटीबॉडी का उपयोग करके अंडाशय की संभावित रोगजनक और इम्यूनोथेस्टोकेमिस्ट्री। यह आंकड़ा कैंसर और नियंत्रण समूहों में बैक्टीरियल समृद्धि और विविधता को दर्शाता है । 16S rRNA अनुक्रमण से पता चला ।आंकड़े प्रजातियों सूचकांक मनाया जाता है। Chao1 सूचकांक, ऐस सूचकांक, शांनोन सूचकांक, समानता सूचकांक, सिंपसन सूचकांक, क्रमशः । फिला की सापेक्ष बहुतायत और अंडाशय के नमूनों में 12 सबसे प्रचुर मात्रा में जीवाणु प्रजातियों को इस आंकड़े में दिखाया गया है ।चित्रा ए, बी, सी और डी का मतलब है नियंत्रण समूह और अंडाशय कैंसर समूह में रोगियों के अंडाशय में पैनल की सापेक्ष बहुतायत । नियंत्रण रोगियों और अंडाशय कैंसर समूह के अंडाशय में बारह सबसे प्रचुर मात्रा में बैक्टीरिया प्रजातियों के सापेक्ष बहुतायत । यह आम है, पीसीओए का उपयोग करके क्लस्टर और एनोक्सीनेट्रोनम सिबिरिकम और मेथानोसोरसिना वैक्यूल्टा की सापेक्ष बहुतायत।चित्रा ए आम लोगों को दिखाता है, जिन्हें पीसीओए का उपयोग करके क्लस्टर किया गया था। PC1 और PC2 एक्स और वाई-एक्सिस पर प्लॉट किए जाते हैं। रेड ब्लॉक ओवेरियन कैंसर ग्रुप में सैंपल के बराबर है।ब्लू सर्कल नियंत्रण समूह में एक नमूने के बराबर है। ओवेरियन कैंसर ग्रुप से लिए गए नमूनों को कंट्रोल ग्रुप में अन्य नमूनों से अलग किया जा सकता है। चित्रा बी आम दिखाता है जो पीसीओए का उपयोग करके संकुल थे।PC1 और PC2 एक्स और वाई एक्सिस पर प्लॉट किए जाते हैं। रेड ब्लॉक ओवेरियन कैंसर ग्रुप में एक सैंपल के बराबर है। ब्लू सॉलिड सर्कल गर्भाशय मायोमा वाले मरीज से एक नमूने के बराबर है।और नीले खोखले सर्कल गर्भाशय एडेनोमायोसिस वाले रोगी के नमूने के बराबर है। चित्रा सी एनोक्सीनाट्रोनम सिबिरिकम की सापेक्ष बहुतायत को दर्शाता है। चित्रा डी मेथिनासिना vacuolata है।यह आंकड़ा भविष्यवाणी की गई मेटाजेनोमिक्स का बगबेस विश्लेषण है। कैंसर समूह में अंडाशय के संभावित रोगजनक और ऑक्सीडेटिव तनाव सहनशीलता फेनोटाइप नियंत्रण समूह की तुलना में मजबूत थे । यह आंकड़ा PICRUSt विश्लेषण द्वारा कैंसर और नियंत्रण समूहों के बीच काफी अलग KEGG पथ अंतरिक्ष है ।जब हम अपने नमूने प्राप्त करते हैं, तो नई बाँझ चिमटी की एक जोड़ी की आवश्यकता होती है। नमूनों के लिए संभावित संदूषण पर ध्यान देना। कि बैक्टीरिया ऑफ साइट ट्यूमर ऊतकों संकल्प बहुत प्रभावित कर सकते हैं ।हर कदम पर नियंत्रण समूह सेट करना पसंद किया जाता है। ताकि संभावित संदूषण के प्रभाव को कम किया जा सके।

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Enrichment and Characterization of the Tumor Immune and Non-immune Microenvironments in Established Subcutaneous Murine Tumors

संवर्धन और ट्यूमर प्रतिरक्षा और गैर प्रतिरक्षा Microenvironments के लक्षण विस्थापन में स्थापित चमड़े के नीचे Murine ट्यूमर

The tumor immune microenvironment (TIME) has recently been recognized as a critical mediator of treatment response in solid tumors, especially for ...

Digital Analysis of Immunostaining of ZW10 Interacting Protein in Human Lung Tissues

मानव फेफड़ों के ऊतकों में $W10 बातचीत प्रोटीन के इम्यूनोस्टेनिंग का डिजिटल विश्लेषण

The purpose of this study is to introduce a methodology of the immunostaining of human lung tissues, followed by whole-slide digital scanning and image ...

Preparation of Mitochondria from Ovarian Cancer Tissues and Control Ovarian Tissues for Quantitative Proteomics Analysis

मात्रात्मक प्रोटेओमिक्स विश्लेषण के लिए ओवेरियन कैंसर ऊतकों और नियंत्रण ओवेरियन ऊतकों से माइटोकॉन्ड्रिया की तैयारी

Ovarian cancer is a common gynecologic cancer with high mortality but unclear molecular mechanism. Most ovarian cancers are diagnosed in the advanced ...

Integration of Bioinformatics Approaches and Experimental Validations to Understand the Role of Notch Signaling in Ovarian Cancer

ओवेरियन कैंसर में नॉच सिग्नलिंग की भूमिका को समझने के लिए बायोइन्फॉर्मेटिक्स अप्रोच और प्रायोगिक सत्यापनों का एकीकरण

Notch signaling is a highly conserved regulatory pathway involved in many cellular processes. Dysregulation of this signaling pathway often leads to ...

Circulating Tumor Cell Lines: an Innovative Tool for Fundamental and Translational Research

परिसंचारी ट्यूमर सेल लाइनें: मौलिक और अनुवाद अनुसंधान के लिए एक अभिनव उपकरण

Metastasis is a leading cause of cancer death. Despite improvements in treatment strategies, metastatic cancer has a poor prognosis. We thus face an ...

Generation and Culturing of High-Grade Serous Ovarian Cancer Patient-Derived Organoids

उच्च श्रेणी के सीरस डिम्बग्रंथि के कैंसर रोगी-व्युत्पन्न ऑर्गेनोइड्स का उत्पादन और संवर्धन

Organoids are 3D dynamic tumor models that can be grown successfully from patient-derived ovarian tumor tissue, ascites, or pleural fluid and aid in the ...

Quantifying Replication Stress in Ovarian Cancer Cells Using Single-Stranded DNA Immunofluorescence

एकल-फंसे डीएनए इम्यूनोफ्लोरेसेंस का उपयोग करके डिम्बग्रंथि के कैंसर कोशिकाओं में प्रतिकृति तनाव की मात्रा

Replication stress is a hallmark of several ovarian cancers. Replication stress can emerge from multiple sources, including double-strand breaks, ...

Visualizing DNA Damage Repair Proteins in Patient-Derived Ovarian Cancer Organoids via Immunofluorescence Assays

Visualizing DNA Damage Repair Proteins in Patient-Derived Ovarian Cancer Organoids via Immunofluorescence Assays

इम्यूनोफ्लोरेसेंस परख के माध्यम से रोगी-व्युत्पन्न डिम्बग्रंथि के कैंसर ऑर्गेनोइड्स में डीएनए क्षति मरम्मत प्रोटीन की कल्पना करना

Immunofluorescence is one of the most widely used techniques to visualize target antigens with high sensitivity and specificity, allowing for the accurate ...

Ovarian Cancer Patient-Derived Organoid Models for Pre-Clinical Drug Testing

Ovarian cancer is a fatal gynecologic cancer and the fifth leading cause of cancer death among women in the United States. Developing new drug treatments ...