Name: characterization and functional prediction of bacteria in ovarian tissues
Uploaded: 2021-10-23T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Characterization and Functional Prediction of Bacteria in Ovarian Tissues at JoVE.com

Эта работа была поддержана премией за клинические исследования Первой аффилированной больницы Сианьского университета Цзяотун, Китай (XJTU1AF-2018-017, XJTU1AF-CRF-2019-002), Крупным проектом фундаментальных исследований естественных наук Департамента науки и техники провинции Шэньси (2018JM7073, 2017ZDJC-11), Ключевым проектом исследований и разработок Департамента науки и техники провинции Шэньси (2017ZDXM-SF-068, 2019QYPY-138), Проектом совместных технологических инноваций провинции Шэньси (2017ZDXM-SF-068, 2019QYPY-138), Проектом совместных технологических инноваций провинции Шэньси (2 017XT-026, 2018XT-002) и Проект медицинских исследований Плана руководства по социальному развитию Сианя (2017117SF/YX011-3). Спонсоры не имели никакого значения в разработке исследования, сборе и анализе данных, принятии решения о публикации или подготовке рукописи.
Мы благодарим коллег из отделения гинекологии Первой аффилированной больницы Сианьского университета Цзяотун за их вклад в сбор образцов.

Это исследование было одобрено Комитетом по медицинской институциональной этике Первой аффилированной больницы Сианьского университета Цзяотун (No. XJTUIAF2018LSK-139). Информированное согласие было получено от всех зарегистрированных пациентов.
1. Критерии вхождения в онко...

<ol>
	<li>Manfredo Vieira, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translocation+of+a+gut+pathobiont+drives+autoimmunity+in+mice+and+humans.">Translocation of a gut pathobiont drives autoimmunity in mice and humans.</a> Science. 359 (6380), 1156-1161 (2018).</li><li>Geller, L. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Potential+role+of+intratumor+bacteria+in+mediating+tumor+resistance+to+the+chemotherapeutic+drug+gemcitabine.">Potential role of intratumor bacteria in mediating tumor resistance to the chemotherapeutic drug gemcitabine.</a> Science. 357 (6356), 1156-1160 (2017).</li><li>Manfredo, V. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Translocation+of+a+gut+pathobiont+drives+autoimmunity+in+mice+and+humans.">Translocation of a gut pathobiont drives autoimmunity in mice and humans.</a> Science. 359 (6380), 1156-1161 (2018).</li><li>Brunelli, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Globular+structure+of+human+ovulatory+cervical+mucus.">Globular structure of human ovulatory cervical mucus.</a> FASEB J. 21 (14), 3872-3876 (2007).</li><li>Chen, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+microbiota+continuum+along+the+female+reproductive+tract+and+its+relation+to+uterine-related+diseases.">The microbiota continuum along the female reproductive tract and its relation to uterine-related diseases.</a> Nature Communications. 8 (1), 875 (2017).</li><li>Zervomanolakis, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Physiology+of+upward+transport+in+the+human+female+genital+tract.">Physiology of upward transport in the human female genital tract.</a> Annals of the New York Academy of Sciences. 1101, 1-20 (2007).</li><li>Verstraelen, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterisation+of+the+human+uterine+microbiome+in+non-pregnant+women+through+deep+sequencing+of+the+V1-2+region+of+the+16S+rRNA+gene.">Characterisation of the human uterine microbiome in non-pregnant women through deep sequencing of the V1-2 region of the 16S rRNA gene.</a> PeerJ. 4, 1602 (2016).</li><li>Fang, R. L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Barcoded+sequencing+reveals+diverse+intrauterine+microbiomes+in+patients+suffering+with+endometrial+polyps.">Barcoded sequencing reveals diverse intrauterine microbiomes in patients suffering with endometrial polyps.</a> American Journal of Translational Research. 8 (3), 1581-1592 (2016).</li><li>Miles, S. M., Hardy, B. L., Merrell, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Investigation+of+the+microbiota+of+the+reproductive+tract+in+women+undergoing+a+total+hysterectomy+and+bilateral+salpingo-oopherectomy.">Investigation of the microbiota of the reproductive tract in women undergoing a total hysterectomy and bilateral salpingo-oopherectomy.</a> Fertil Steril. 107 (3), 813-820 (2017).</li><li>Banerjee, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ovarian+cancer+oncobiome.">The ovarian cancer oncobiome.</a> Oncotarget. 8 (22), 36225-36245 (2017).</li><li>Wang, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+differential+distribution+of+bacteria+between+cancerous+and+noncancerous+ovarian+tissues+in+situ.">The differential distribution of bacteria between cancerous and noncancerous ovarian tissues in situ.</a> Journal of Ovarian Research. 13 (1), 8 (2020).</li><li>Wang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+overgrowth+and+diversification+of+microbiota+in+gastric+cancer.">Bacterial overgrowth and diversification of microbiota in gastric cancer.</a> European Journal of Gastroenterology &amp; Hepatology. 28 (3), 261-266 (2016).</li><li>Hosgood, H. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+potential+role+of+lung+microbiota+in+lung+cancer+attributed+to+household+coal+burning+exposures.">The potential role of lung microbiota in lung cancer attributed to household coal burning exposures.</a> Environmental and Molecular Mutagenesis. 55 (8), 643-651 (2014).</li><li>Kwon, M., Seo, S. S., Kim, M. K., Lee, D. O., Lim, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Compositional+and+Functional+Differences+between+Microbiota+and+Cervical+Carcinogenesis+as+Identified+by+Shotgun+Metagenomic+Sequencing.">Compositional and Functional Differences between Microbiota and Cervical Carcinogenesis as Identified by Shotgun Metagenomic Sequencing.</a> Cancers. 11 (3), 309 (2019).</li><li>Urbaniak, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Microbiota+of+Breast+Tissue+and+Its+Association+with+Breast+Cancer.">The Microbiota of Breast Tissue and Its Association with Breast Cancer.</a> Applied and Environmental Microbiology. 82 (16), 5039-5048 (2016).</li><li>Feng, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metagenomic+and+metatranscriptomic+analysis+of+human+prostate+microbiota+from+patients+with+prostate+cancer.">Metagenomic and metatranscriptomic analysis of human prostate microbiota from patients with prostate cancer.</a> BMC Genomics. 20 (1), 146 (2019).</li><li>Walsh, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Postmenopause+as+a+key+factor+in+the+composition+of+the+Endometrial+Cancer+Microbiome+(ECbiome).">Postmenopause as a key factor in the composition of the Endometrial Cancer Microbiome (ECbiome).</a> Scientific Reports. 9 (1), 19213 (2019).</li><li>Walther-Antonio, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Potential+contribution+of+the+uterine+microbiome+in+the+development+of+endometrial+cancer.">Potential contribution of the uterine microbiome in the development of endometrial cancer.</a> Genome Medicine. 8 (1), 122 (2016).</li><li>Poore, G. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbiome+analyses+of+blood+and+tissues+suggest+cancer+diagnostic+approach.">Microbiome analyses of blood and tissues suggest cancer diagnostic approach.</a> Nature. 579 (7800), 567-574 (2020).</li><li>Bolger, A. M., Lohse, M., Usadel, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Trimmomatic:+a+flexible+trimmer+for+Illumina+sequence+data.">Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data.</a> Bioinformatics. 30 (15), 2114-2120 (2014).</li><li>Ward, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=BugBase+predicts+organism-level+microbiome+phenotypes.">BugBase predicts organism-level microbiome phenotypes.</a> bioRxiv. , (2017).</li><li>Langille, M. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predictive+functional+profiling+of+microbial+communities+using+16S+rRNA+marker+gene+sequences.">Predictive functional profiling of microbial communities using 16S rRNA marker gene sequences.</a> Nature Biotechnology. 31 (9), 814-821 (2013).</li><li>Langille, M. G. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Predictive+functional+profiling+of+microbial+communities+using+16S+rRNA+marker+gene+sequences.">Predictive functional profiling of microbial communities using 16S rRNA marker gene sequences.</a> Nature Biotechnology. 31 (9), 814 (2013).</li><li>Parks, D. H., Tyson, G. W., Hugenholtz, P., Beiko, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=STAMP:+statistical+analysis+of+taxonomic+and+functional+profiles.">STAMP: statistical analysis of taxonomic and functional profiles.</a> Bioinformatics. 30 (21), 3123 (2014).</li><li>Leranth, C., Hamori, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=34;Dark&amp;#34;+Purkinje+cells+of+the+cerebellar+cortex.">34;Dark&amp;#34; Purkinje cells of the cerebellar cortex.</a> Acta Biologica Hungarica. 21 (4), 405-419 (1970).</li></ol>

Рак яичников оказывает заметное влияние на фертильность женщин25. Большинство пациенток с раком яичников диагностируются на поздних стадиях, а 5-летняя выживаемость составляет менее 30%18. Опубликовано подтверждение бактерий в брюшных твердых внутренностей, вк?...

В последнее время публикуется все большее количество статей, доказывающих существование бактерий в брюшных твердых внутренних путях, таких как почки, селезенка, печень,яичник 1,2. Geller et al. обнаружили бактерии в опухолях поджелудочной железы, и эти бактерии были устойчивы к гемцитабину, химиотерапевтическому препарату2. S. Manfredo Vieira et al. пришли к выводу, что Enterococcus gallinarum переносится в лимфатические узлы, печень и селезенку, и он может управлять аутоиммунитетом3.
Поскольку шейка матки играет роль защитника, бактерии в верхнем женском репродуктивном тракте, который содержит матку, фаллопиевы трубы и яичники, были минимально исследованы. Тем не менее, в последние годы были созданы некоторые новые теории. Бактерии могут иметь доступ к полости матки во время менструального цикла из-за изменений в муцинах4,5. Кроме того, Zervomanolakis et al. подтвердили, что матка вместе с фаллопиевыми трубами представляет собой перистальтический насос, контролируемый эндокринной системой яичников, и это расположение позволяет бактериям проникать в эндометрий, фаллопиевы трубы и яичники6.
Верхний репродуктивный тракт больше не является загадкой благодаря развитию методов обнаружения бактерий. Verstraelen et al. использовали метод штрих-кодированного парного секвенирования для обнаружения матчных бактерий путем нацеливания на гипервариабельную область V1-2 гена 16S РНК7. Fang et al. использовали штрих-кодирование секвенирования у пациенток с полипами эндометрия и выявили наличие разнообразных внутриматочных бактерий8. Кроме того, используя ген РНК 16S, Miles et al. и Chen et al. обнаружили бактерии в половой системе женщин, перенесших сальпингоофорэктомию и гистерэктомию соответственно5,9.
Бактерии в опухолевых тканях получили все большее внимание в последние годы. Banerjee et al. обнаружили, что сигнатура микробиома различается между пациентами с раком яичников и контрольной10. Noxynatronum sibiricum был связан со стадией опухоли, а Methanosarcina vacuolata может быть использована для диагностики рака яичников11. В дополнение краку яичников, было доказано, что другие виды рака, такие как рак желудка, легких, предстательной железы, молочной железы, шейки матки и эндометрия, связаны с бактериями12,13,14, 15,16,17,18. Poore et al. предложили новый класс онкологической диагностики на основе микробов, предвидя скрининг рака на ранней стадии19. В этом протоколе мы исследовали различия между раковыми и нормальными тканями яичников, сравнивая состав и функцию бактерий в этих двух тканях.
Иммуногистохимическое окрашивание и секвенирование гена 16S рРНК были выполнены для подтверждения присутствия бактерий в яичниках. Изучены различия и прогнозируемые функции бактерий яичников в раковых и нераковых тканях яичников. Результаты показали существование бактерий в тканях яичников. Anoxynatronum sibiricum и Methanosarcina vacuolata были связаны со стадией и диагнозом рака яичников соответственно. Сравнивалось сорок шесть значительно отличавшихся путей KEGG, которые присутствовали в обеих группах.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>2200 TapeStation Software</td>
			<td>Agilgent 
			United States</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AmpliSeq for Illumina Library Prep, Indexes, and Accessories</td>
			<td>Illumina</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Image-pro plus 7</td>
			<td>Media Cybernetics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leica ASP 300S</td>
			<td>Leica Biosystems Division of Leica Microsystems</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leica EG 1150</td>
			<td>Leica Biosystems Division of Leica Microsystems</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leica RM2235</td>
			<td>Leica Biosystems Division of Leica Microsystems</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LPS Core monoclonal antibody, clone WN1 222-5</td>
			<td>Hycult Biotech</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mag-Bind RxnPure Plus magnetic beads</td>
			<td>Omega Biotek</td>
			<td>M1386-00</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mag-Bind Universal Pathogen 96 Kit</td>
			<td>Omega Biotek</td>
			<td>M4029-01</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MiSeq</td>
			<td>Illumina</td>
			<td>SY-410-1003</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Silva database</td>
			<td>Max Planck Institute for Marine Microbiology and Jacobs University</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>the QuantiFluor dsDNA System</td>
			<td>Promega</td>
			<td>E2670</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trimmomatic</td>
			<td>Bj&#246;rn Usadel</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZytoChem Plus (HRP) Anti-Rabbit (DAB) Kit</td>
			<td>Zytomed Systems</td>
			<td>HRP008DAB-RB</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

characterization and functional prediction of bacteria in ovarian tissues

Теория «стерильного» женского верхнего репродуктивного тракта сталкивается с растущей оппозицией из-за достижений в обнаружении бактерий. Однако, содержат ли яичники бактерии, пока не подтверждено. Здесь был проведен эксперимент по обнаружению бактерий в тканях яичников. Мы выбрали пациентов с раком яичников в группе рака и нераковых пациентов в контрольной группе. Секвенирование гена 16S рРНК использовалось для дифференциации бактерий в тканях яичников от онкологической и контрольной групп. Кроме того, мы предсказали функциональный состав идентифицированных бактерий с помощью BugBase и PICRUSt. Этот метод также может быть использован в других внутренних органах и тканях, поскольку в последние годы было доказано, что многие органы содержат бактерии. Присутствие бактерий во внутренних путях и тканях может помочь ученым оценить раковые и нормальные ткани и может помочь в лечении рака.

Пациентов В общей сложности в исследование было включено 16 квалифицированных пациентов. В контрольную группу вошли 10 женщин с диагнозом доброкачественная опухоль матки (среди них у 3 пациенток была диагностирована миома матки, а у 7 пациенток был диагностирован аденомиоз ма?...

Watch this Scientific Journal Video about Characterization and Functional Prediction of Bacteria in Ovarian Tissues at JoVE.com

Characterization and Functional Prediction of Bacteria in Ovarian Tissues

Иммуногистохимическое окрашивание и секвенирование гена рибосомальной РНК 16S (ген 16S рРНК) были выполнены с целью обнаружения и различения бактерий в раковых и нераковых тканях яичников in situ. Композиционные и функциональные различия бактерий были предсказаны с помощью BugBase и филогенетического исследования сообществ путем реконструкции ненаблюдаемых состояний (PICRUSt).

Характеристика и функциональное прогнозирование бактерий в тканях яичников

The theory of a "sterile" female upper reproductive tract has been encountering increasing opposition due to advancements in bacterial detection. However, ...

Этот протокол предназначен для обнаружения бактерий в тканях яичников и прогнозирования их функций. Иммуногистохимическое окрашивание и секвенирование 16S рРНК были использованы для обнаружения и различения бактерий в раковых и нераковых тканях яичников in situ. Компенсационные и функциональные различия бактерий прогнозируются с помощью BoP и клеточно-генетического исследования сообществ путем реконструкции ненаблюдаемых дней.Наш протокол направлен на извлечение бактерий из тканей яичников in situ. Он также может быть использован для обнаружения бактерий в опухолях любого рода. Основными преимуществами нашего протокола является то, что он прост и удобен, что его можно реализовать практически в каждой лаборатории.Это также быстро, чтобы получить результаты. Во время практики в протоколе важно исключить любые бактерии вне участка опухолевых тканей. Таким образом, все процедуры в этом протоколе должны быть стерильными.Во время операции разделите резецированные яичники на образцы тканей толщиной примерно в один сантиметр с помощью пары новых стерильных пинцетов. Избегайте прикосновений к чему-либо еще в течение всей процедуры. После разделения извлеките образец в стерильную трубку и поместите его в жидкий азот для передачи.Сохраняйте образцы при минус 80 градусах Цельсия. Зафиксируйте ткани формалином, а затем встраивайте их парафином. Этот протокол может быть приостановлен здесь.Ткани можно хранить при комнатной температуре для более длительного сохранения. Для выполнения дальнейших этапов разрежьте образцы на пять микрометровых последовательных секций. Затем высушите образцы.Делают депарафин и регидратацию к образцам. Для извлечения антигена необходима 10-минутная микроволновая обработка в буфере ЭДТА. Окуните образцы в PBS, который содержит 0,3% водорода.Перекисляют в течение 20 минут, чтобы остановить активность эндогенной пероксидазы. Выполняют антитело EMA в ядре ЛПС, в концентрации 1 на 300. И выдерживайте его в течение одной ночи при четырех градусах Цельсия.Чтобы обнаружить бактерии, используйте набор субстрата DAP для обнаружения существования HRP. Основываясь на инструкции производителя, используйте HRP-полимер, анти-кроликово антитело. Используйте настольный концентратор, чтобы антитела полностью объединились.Используйте PBS для устранения некомбинированных антител. Сделайте химическое окрашивание в соответствии с инструкциями производителя, а затем промойте образцы под водой. Сделайте обезвоживание к образцам.Образцы костюмов путем подписания. И введите в качестве примера с помощью библиотеки Imaging Pro Plus Prepare на основе протокола производителя. Практикуйте паттерн праймера, который состоит из ген-специфических последовательностей и нуклеотидных последовательностей адаптера Illumina.Чтобы амплифицировать рождаемость для области V4 бактериальных 16 на последовательностях генов рРНК, амплифицируйте шаблон из ввода образца ДНК с помощью ампликонной ПЦР. Используйте магнитные шарики Mag-Bind RxNPure Plus для удаления реакционной смеси из продукта ПЦР. Выполните индексированную амплификацию ПЦР во второй раз.Используйте Agilent 2200 TapeStation для проверки библиотеки. Используйте систему QuantiFluor dsDNA для количественной оценки библиотеки. При цикле 600 стандартная проточная ячейка v3 производит приблизительно 100 000 парных концов.2 раза по 300 базовых 3. Библиотеки денормализируются, объединяются в пул и секвенируются. Исходные нормы каждого образца фильтруются на основе качества секвенирования с помощью Trimmomatic.Последовательности праймера и адаптера должны быть удалены. Последовательность чтения как с парой, так и с качествами ниже 25 должна быть сокращена. Анализ рРНК 16s с помощью программного пакета QIIME.Соберите последовательности для формирования ОТУ с отсечкой подобия на уровне 97% Для ОТУ относительная численность должна быть рассчитана в каждой выборке. Используйте байесовский классификатор, который находится в обучающих наборах RDP для сортировки всех последовательностей. С данным OTU классификация, которая имеет основную согласованность последовательностей, присваивается ОТУ.ОТУ выравниваются с базой данных Silva на основе информации о выборочной группе. Выполните альфа-разнообразие и анализ главных координат на основе UniFrac. Для прогнозирования соотнесения характеристик бактерий используют BugBase.Прогнозирование функционального состава метагенома на PICRUSt. С использованием данных мониторинга и базы данных, содержащей эталонные геномы, проанализируйте различные функции среди каждой группы с помощью программного обеспечения STAMP. Используйте одно статистическое программное обеспечение для расчета результата.Показатель статистической значимости должен быть установлен как p менее 0,05. Рассчитайте смешанные коэффициенты, которые включают возраст и паритет, с помощью t-теста Student. Рассчитайте менопаузальный статус, историю гипертонии и диабета с помощью теста Хи-квадрат.Рассчитайте количество таксонов яичных бактерий с помощью теста Манна-Уитни U. В это исследование было включено 16 пациентов. BugBase использовался для практического анализа прогнозируемых метагеномов.Потенциально патогенетическая и иммуногистохимия яичников с использованием антибактериального антитела ЛПС. Этот рисунок показывает бактериальное богатство и разнообразие в онкологических и контрольных группах. Выявлено путем секвенирования 16S рРНК.На рисунках наблюдается видовой индекс. Индекс Chao1, индекс ACE, индекс Шеннона, индекс ровности, индекс Симпсона соответственно. Относительное изобилие типов и 12 наиболее распространенных видов бактерий в образцах яичников показано на этом рисунке.Рисунок A, B, C и D. Означает относительное обилие панели в яичниках пациенток контрольной группы и группы рака яичников. Относительное обилие двенадцати наиболее распространенных видов бактерий в яичниках контрольных пациенток и группе рака яичников. Это самые распространенные вещества, сгруппированные с использованием PCoA и относительного изобилия Anoxynatronum sibiricum и Methanosarcina vacuolata.На рисунке A показаны наиболее распространенные, которые были сгруппированы с использованием PCoA. PC1 и PC2 построены по осям x и Y. Красный блок равен образцу в группе рака яичников.Синий круг равен образцу в контрольной группе. Образцы из группы рака яичников могут быть отделены от других образцов в контрольной группе. На рисунке B показаны наиболее распространенные вещества, которые были сгруппированы с использованием PCoA.PC1 и PC2 построены по осям x и y. Красный блок равен образцу в группе рака яичников. Синий сплошной круг равен образцу от пациентки с миомой матки.А синий полый круг равен образцу пациентки с аденомиозом матки. На рисунке С показано относительное изобилие Anoxynatronum sibiricum. Рисунок D - Methanosarcina vacuolata.Этот показатель является анализом BugBase прогнозируемой метагеномики. Потенциально патогенетический и окислительный стрессоустойчивый фенотип яичников в группе рака был сильнее, чем у контрольной группы. Эта цифра существенно отличается от пространства путей KEGG между онкологической и контрольной группами по анализу PICRUSt.Когда мы получаем наши образцы, требуется пара новых стерильных пинцетов. Обратите внимание на потенциальное загрязнение образцов. Именно бактерии вне участка опухолевых тканей могут сильно влиять на разрешение.Предпочтительнее установить контрольную группу на каждый шаг. Для того, чтобы уменьшить эффект потенциального загрязнения.

Research

JoVE Journal

Cancer Research

Enrichment and Characterization of the Tumor Immune and Non-immune Microenvironments in Established Subcutaneous Murine Tumors

Обогащение и характеристика опухоли иммунной и неиммунизированных микросреды в установленных подкожной мышиных опухоли

The tumor immune microenvironment (TIME) has recently been recognized as a critical mediator of treatment response in solid tumors, especially for ...

Digital Analysis of Immunostaining of ZW10 Interacting Protein in Human Lung Tissues

Цифровой анализ иммуностоинга взаимодействующих белков в тканях легких человека

The purpose of this study is to introduce a methodology of the immunostaining of human lung tissues, followed by whole-slide digital scanning and image ...

Preparation of Mitochondria from Ovarian Cancer Tissues and Control Ovarian Tissues for Quantitative Proteomics Analysis

Подготовка митохондрий из тканей рака яичников и контроль тканей яичников для количественного анализа протеомики

Ovarian cancer is a common gynecologic cancer with high mortality but unclear molecular mechanism. Most ovarian cancers are diagnosed in the advanced ...

Integration of Bioinformatics Approaches and Experimental Validations to Understand the Role of Notch Signaling in Ovarian Cancer

Интеграция подходов к биоинформатике и экспериментальных валидсов для понимания роли сигнализации в раке яичников

Notch signaling is a highly conserved regulatory pathway involved in many cellular processes. Dysregulation of this signaling pathway often leads to ...

Circulating Tumor Cell Lines: an Innovative Tool for Fundamental and Translational Research

Циркулирующие линии опухолевых клеток: инновационный инструмент для фундаментальных и трансляционных исследований

Metastasis is a leading cause of cancer death. Despite improvements in treatment strategies, metastatic cancer has a poor prognosis. We thus face an ...

Generation and Culturing of High-Grade Serous Ovarian Cancer Patient-Derived Organoids

Генерация и культивирование высокодифференцированных серозных органоидов, полученных от пациентов с раком яичников

Organoids are 3D dynamic tumor models that can be grown successfully from patient-derived ovarian tumor tissue, ascites, or pleural fluid and aid in the ...

Quantifying Replication Stress in Ovarian Cancer Cells Using Single-Stranded DNA Immunofluorescence

Количественная оценка репликационного стресса в клетках рака яичников с использованием одноцепочечной иммунофлуоресценции ДНК

Replication stress is a hallmark of several ovarian cancers. Replication stress can emerge from multiple sources, including double-strand breaks, ...

Visualizing DNA Damage Repair Proteins in Patient-Derived Ovarian Cancer Organoids via Immunofluorescence Assays

Visualizing DNA Damage Repair Proteins in Patient-Derived Ovarian Cancer Organoids via Immunofluorescence Assays

Визуализация белков репарации повреждений ДНК в органоидах рака яичников пациента с помощью иммунофлюоресцентных анализов

Immunofluorescence is one of the most widely used techniques to visualize target antigens with high sensitivity and specificity, allowing for the accurate ...

Ovarian Cancer Patient-Derived Organoid Models for Pre-Clinical Drug Testing

Ovarian cancer is a fatal gynecologic cancer and the fifth leading cause of cancer death among women in the United States. Developing new drug treatments ...