Name: plant sample preparation for nucleoside/nucleotide content measurement with an hplc-ms/ms
Uploaded: 2021-02-24T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Plant Sample Preparation for Nucleoside/Nucleotide Content Measurement with An HPLC-MS/MS at JoVE.com

Dette arbejde blev støttet økonomisk af grundforskningsfondene for de centrale universiteter (KJQN202060), National Natural Science Foundation of China (31900907), Natural Science Foundation of Jiangsu-provinsen (BK20190528), International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology (CRP/CHN20-04_EC) til M.C., og grundforskningsfondene for de centrale universiteter (LGZD202004) til X.L.

1 Plantevækst og materialeindsamling
<ol><li>Sørg for, at Arabidopsis frø steriliseres i 70% ethanol i 10 min og sået på agarpladerne, som blev tilberedt med en halv styrke Murashige og Skoog næringsstoffer.</li>
	<li>Pladerne med Arabidopsisfrø inkuberes under mørke ved 4 °C i 48 timer, og de overføres derefter til et kontrolleret vækstkammer under 16 h lys på 55 μmol m-2 s-1 ved 22 °C og 8 h mørke ved 20 °C.</li>
	<li>Høst 100 mg 2-ugers frøplanter (frisk væg...

<ol>
	<li>Liu, B., Winkler, F., Herde, M., Witte, C. -. P., Gro&#223;hans, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+link+between+deoxyribonucleotide+metabolites+and+embryonic+cell-cycle+control.">A link between deoxyribonucleotide metabolites and embryonic cell-cycle control.</a> Current Biology. 29 (7), 1187-1192 (2019).</li><li>Zrenner, R., Stitt, M., Sonnewald, U., Boldt, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pyrimidine+and+purine+biosynthesis+and+degradation+in+plants.">Pyrimidine and purine biosynthesis and degradation in plants.</a> Annual Review of Plant Biology. 57, 805-836 (2006).</li><li>Witte, C. -. P., Herde, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nucleotide+metabolism+in+plants.">Nucleotide metabolism in plants.</a> Plant Physiology. 182 (1), 63-78 (2020).</li><li>Chen, M., Herde, M., Witte, C. -. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Of+the+nine+cytidine+deaminase-like+genes+in+Arabidopsis,+eight+are+pseudogenes+and+only+one+is+required+to+maintain+pyrimidine+homeostasis+in+vivo.">Of the nine cytidine deaminase-like genes in Arabidopsis, eight are pseudogenes and only one is required to maintain pyrimidine homeostasis in vivo.</a> Plant Physiology. 171 (2), 799-809 (2016).</li><li>Chen, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=m6A+RNA+degradation+products+are+catabolized+by+an+evolutionarily+conserved+N6-methyl-AMP+deaminase+in+plant+and+mammalian+cells.">m6A RNA degradation products are catabolized by an evolutionarily conserved N6-methyl-AMP deaminase in plant and mammalian cells.</a> The Plant Cell. 30 (7), 1511-1522 (2018).</li><li>Chen, M., Witte, C. -. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+kinase+and+a+glycosylase+catabolize+pseudouridine+in+the+peroxisome+to+prevent+toxic+pseudouridine+monophosphate+accumulation.">A kinase and a glycosylase catabolize pseudouridine in the peroxisome to prevent toxic pseudouridine monophosphate accumulation.</a> The Plant Cell. 32 (3), 722-739 (2020).</li><li>Dahncke, K., Witte, C. -. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant+purine+nucleoside+catabolism+employs+a+guanosine+deaminase+required+for+the+generation+of+xanthosine+in+Arabidopsis.">Plant purine nucleoside catabolism employs a guanosine deaminase required for the generation of xanthosine in Arabidopsis.</a> The Plant Cell. 25 (10), (2013).</li><li>Jung, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Uridine-ribohydrolase+is+a+key+regulator+in+the+uridine+degradation+pathway+of+Arabidopsis.">Uridine-ribohydrolase is a key regulator in the uridine degradation pathway of Arabidopsis.</a> The Plant Cell. 21 (3), 876-891 (2009).</li><li>Jung, B., Hoffmann, C., Moehlmann, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arabidopsis+nucleoside+hydrolases+involved+in+intracellular+and+extracellular+degradation+of+purines.">Arabidopsis nucleoside hydrolases involved in intracellular and extracellular degradation of purines.</a> Plant Journal. 65 (5), 703-711 (2011).</li><li>Riegler, H., Geserick, C., Zrenner, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arabidopsis+thaliana+nucleosidase+mutants+provide+new+insights+into+nucleoside+degradation.">Arabidopsis thaliana nucleosidase mutants provide new insights into nucleoside degradation.</a> New Phytologist. 191 (2), 349-359 (2011).</li><li>Zrenner, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+functional+analysis+of+the+pyrimidine+catabolic+pathway+in+Arabidopsis.">A functional analysis of the pyrimidine catabolic pathway in Arabidopsis.</a> New Phytologist. 183 (1), 117-132 (2009).</li><li>Hauck, O. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Uric+acid+accumulation+in+an+Arabidopsis+urate+oxidase+mutant+impairs+seedling+establishment+by+blocking+peroxisome+maintenance.">Uric acid accumulation in an Arabidopsis urate oxidase mutant impairs seedling establishment by blocking peroxisome maintenance.</a> The Plant Cell. 26 (7), 3090-3100 (2014).</li><li>Qu, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+analysis+of+nucleosides,+nucleobases,+and+amino+acids+in+different+parts+of+Angelicae+Sinensis+Radix+by+ultra+high+performance+liquid+chromatography+coupled+to+triple+quadrupole+tandem+mass+spectrometry.">Comparative analysis of nucleosides, nucleobases, and amino acids in different parts of Angelicae Sinensis Radix by ultra high performance liquid chromatography coupled to triple quadrupole tandem mass spectrometry.</a> Journal of Separation Science. 42 (6), 1122-1132 (2019).</li><li>Zong, S. -. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast+simultaneous+determination+of+13+nucleosides+and+nucleobases+in+Cordyceps+sinensis+by+UHPLC-ESI-MS/MS.">Fast simultaneous determination of 13 nucleosides and nucleobases in Cordyceps sinensis by UHPLC-ESI-MS/MS.</a> Molecules. 20 (12), 21816-21825 (2015).</li><li>Moravcov&#225;, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Separation+of+nucleobases,+nucleosides,+and+nucleotides+using+two+zwitterionic+silica-based+monolithic+capillary+columns+coupled+with+tandem+mass+spectrometry.">Separation of nucleobases, nucleosides, and nucleotides using two zwitterionic silica-based monolithic capillary columns coupled with tandem mass spectrometry.</a> Journal of Chromatography. A. 1373, 90-96 (2014).</li><li>Guo, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hydrophilic+interaction+ultra-high+performance+liquid+chromatography+coupled+with+triple+quadrupole+mass+spectrometry+for+determination+of+nucleotides,+nucleosides+and+nucleobases+in+Ziziphus+plants.">Hydrophilic interaction ultra-high performance liquid chromatography coupled with triple quadrupole mass spectrometry for determination of nucleotides, nucleosides and nucleobases in Ziziphus plants.</a> Journal of Chromatography. A. 1301, 147-155 (2013).</li><li>Seifar, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+quantification+of+free+nucleotides+in+complex+biological+samples+using+ion+pair+reversed+phase+liquid+chromatography+isotope+dilution+tandem+mass+spectrometry.">Simultaneous quantification of free nucleotides in complex biological samples using ion pair reversed phase liquid chromatography isotope dilution tandem mass spectrometry.</a> Analytical Biochemistry. 388 (2), 213-219 (2009).</li><li>Baccolini, C., Witte, C. -. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=AMP+and+GMP+catabolism+in+Arabidopsis+converge+on+xanthosine,+which+is+degraded+by+a+nucleoside+hydrolase+heterocomplex.">AMP and GMP catabolism in Arabidopsis converge on xanthosine, which is degraded by a nucleoside hydrolase heterocomplex.</a> The Plant Cell. 31 (3), 734-751 (2019).</li></ol>

Organismer indeholder forskellige nukleotider/nukleotider, herunder kanoniske og afvigende organismer. Imidlertid er oprindelsen og metaboliske endepunkter af dem, især modificerede nukleotider, stadig uklare. Desuden er den nuværende forståelse af funktionen og homøostase af nukleotider / nukleotider metabolisme stadig skal udforskes og udvides. For at undersøge dem skal der anvendes en præcis og guldstandardmetode til identifikation og kvantificering af disse metabolitter. Her beskrev vi en protokol ved hjælp af...

Nukleotider/nukleotider er centrale metaboliske komponenter i alle levende organismer, som er forløbere for nukleinsyrer og mange coenzymer, såsom nicotinamid-adenin dinukleotid (NAD), og vigtige i syntesen af makromolekyler såsom fosfolipider, glykolipider og polysaccharider. Strukturelt indeholder nukleoside en nukleobase, som kan være en adenin, guanine, uracil, cytosin eller thymine og en sukkergeiety, som kan være en ribose eller en deoxyribose1,2. Nukleotider har op til tre fosfatgrupper, der binder sig til 5-carbon-positionen af nukleososidernes sukkermoiety3. Metabolismen af nukleotider i planter er afgørende for frøspiring og bladvækst4,5,6. For bedre at forstå deres fysiologiske roller i planteudviklingen bør metoderne til absolut kvantificering af forskellige nukleotider/nukleotider in vivo fastlægges.
En af de mest anvendte metoder til måling af nukleotider/nukleotider anvender en højtydende væskekromatografi (HPLC) kombineret med en ultraviolet-synlig (UV-VIS) detektor4,7,8,9,10,11. I 2013 kvantificerede ved hjælp af HPLC, Dahncke og Witte flere typer af nukleosiderne i Arabidopsis thaliana7. De identificerede et forbedret guanosinindhold i en T-DNA-indsættelsesmutant, der var målretning i guanosindeaminasegenet sammenlignet med den vilde type plante. En anden pyrimidinkerne, cytidin, blev også kvantitativt påvist i planter, der anvender denne metode, hvilket resulterede i identifikation af et bona fide cytidin deaminase gen4. Baseret på UV-detektoren kan denne metode imidlertid ikke let skelne mellem de nukleotider, der har lignende spektrum og retentionstider, f.eks. Påvisningsgrænsen for HPLC-metoden er relativt høj, derfor anvendes den ofte til måling af højt indhold af nukleotider in vivo, såsom cytidin, uridin og guanosin.
Desuden kan gaskromatografi kombineret med massespektrometri (GC-MS) også anvendes til nukleosidemåling. Nyder godt af det, Hauck et. al. med succes påvist uridin og urinsyre, som er en downstream metabolit af nukleoside kataboliske vej, i frøene af A. thaliana12. GC bruges dog normalt til at adskille flygtige forbindelser, men ikke egnet til de termiske labile stoffer. Derfor er en flydende kromatografi koblet til massespektrometri (LC-MS/MS) sandsynligvis en mere egnet og nøjagtig analyseteknik til in vivo-identifikation, -adskillelse og -kvantificering af nukleotider/nukleotider13,14. Flere tidligere undersøgelser rapporterede , at der kan anvendes en HILIC-kolonne til nukleotider og nukleotiderseparation15,16 , og at der blev anvendt isotopisk mærkede interne standarder for den sammensatte kvantificering17. Begge komponenter er dog relativt dyre, især de kommercielle isotopmærkede standarder. Her rapporterer vi en økonomisk anvendelig LC-MS/MS-tilgang til nukleotider/nukleotider. Denne metode er allerede med succes blevet anvendt til kvantantitation af forskellige nukleotider / nukleotider, herunder ATP, N6-methyl-AMP, AMP, GMP, uridin, cytidin og pseudouridin1,5,6,18, i planter og Droilasoph. Desuden kan den metode, vi rapporterer her, også anvendes i andre organismer.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>acetonitrile</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>1000291000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>adenosine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A9251-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ammonium acetate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>73594-100G-F</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AMP</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>01930-5G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CMP</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C1006-500MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>cytidine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C122106-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GMP</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G8377-500MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>guanosine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G6752-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hypercarb column</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific GmbH</td>
			<td>35005-054630</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>IMP</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>57510-5G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>inosine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>I4125-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>methanol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>34860-1L-R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N1-methyladenosine</td>
			<td>Carbosynth</td>
			<td>NM03697</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>O6-methylguanosine</td>
			<td>Carbosynth</td>
			<td>NM02922</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Murashige and Skoog Medium</td>
			<td>Duchefa Biochemie</td>
			<td>M0255.005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polaris 5 C18A column</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>A2000050X046</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pseudouridine</td>
			<td>Carbosynth</td>
			<td>NP11297</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UMP</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>U6375-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>uridine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>U3750-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

plant sample preparation for nucleoside/nucleotide content measurement with an hplc-ms/ms

Nukleotider/nukleotider er byggesten af nukleinsyrer, dele af cosubstrater og coenzymer, cellesignaleringsmolekyler og energibærere, som er involveret i mange celleaktiviteter. Her beskriver vi en hurtig og pålidelig metode til absolut kvalificering af nukleoside/nukleotidindhold i planter. Kort sagt blev 100 mg homogeniseret plantemateriale udvundet med 1 ml ekstraktionsbuffer (methanol, acetonionstrid og vand i et forhold på 2:2:1). Senere blev prøven koncentreret fem gange i en frysetørrer og derefter injiceret i en HPLC-MS/MS. Nukleotider blev adskilt på en porøs grafitisk kulstof (PGC) kolonne og nukleotider blev adskilt på en C18 kolonne. Masseovergangene for hver nukleoside og nukleotid blev overvåget af massespektrometri. Indholdet af nukleotider og nukleotider blev kvantificeret i forhold til deres eksterne standarder (ESTD'er). Ved hjælp af denne metode kan forskere derfor nemt kvantificere nukleotider / nukleotider i forskellige planter.

Her viser vi identifikation og kvantificeringaf N 1-methyladenosin, en kendt modificeret nukleoside, i 2 uger gamle Arabidopsis vilde type (Col-0) frøplanter som et eksempel. Massespektrometriprofilen angiver, at de produktioner, der genereres fra N 1-methyladenosinstandarden, er 150 m/z og 133 m/z (figur 2A), og at samme profil også observeres i ekstraktion af Kol-0 (figur 2B). På grund af høj ...

Watch this Scientific Journal Video about Plant Sample Preparation for Nucleoside/Nucleotide Content Measurement with An HPLC-MS/MS at JoVE.com

Plant Sample Preparation for Nucleoside/Nucleotide Content Measurement with An HPLC-MS/MS

En præcis og reproducerbar metode til in vivo nukleotider/nukleotider kvantificering i planter er beskrevet her. Denne metode anvender en HPLC-MS/MS.

Forberedelse af planteprøve til måling af nukleoside/nukleotidindhold med en HPLC-MS/MS

Nucleosides/nucleotides are building blocks of nucleic acids, parts of cosubstrates and coenzymes, cell signaling molecules, and energy carriers, which ...

Nukleotider og nukleotider er centrale metaboliske komponenter i alle levende organismer. Metabolismen af dem er nødvendig for celleudvikling. Denne fremgangsmåde er et effektivt redskab til disse metabolitters kvantificering.Denne metode giver mulighed for hurtig og præcis kvantificering af nukleotider og nukleotider i planter. Komplette prøveforbehandlinger og LC-MS/MS-analyser tager omkring to dage for et sæt på 10 til 20 prøver. Denne metode kan anvendes på alle planter og endda andre organismer.Demonstration af proceduren vil blive Changhua Zhu, en lektor fra Chen Laboratory. For at dyrke planterne skal du sikre dig, at Arabidopsis frø steriliseres i 70% ethanol i 10 minutter og såes på agarplader med 1/2 styrke Murashige og Skoog næringsstoffer. Inkubat pladerne i mørke ved fire grader Celsius i 48 timer, og overfør dem derefter til et kontrolleret vækstkammer under 16 timers lys ved 22 grader Celsius og otte timers mørke ved 20 grader Celsius.Høst 100 milligram to ugers frøplanter og frys dem i flydende nitrogen til metabolitudvinding. Grind 100 milligram frosne plantevæv med syv til otte stålperler i en forkølet mixer mølle i fem minutter med en frekvens på 60 Hertz. Forbered ekstraktionsopløsningen, som indeholder methanol, acetonistril og vand i et forhold på to til to til en.De homogeniserede materialer opsnå igen med en milliliter af ekstraktionsopløsningen. Centrifuge den resulterende opløsning ved 12.000 XG i 15 minutter ved fire grader Celsius, overfør derefter 0,5 milliliter af suspensionen til et nyt 1,5 milliliter rør og frys det i flydende nitrogen. Den frosne prøve fordampes i en frysetørrer og genbruges i 0,5 milliliter 5% acetonistril og 95% vand.Centrifuge den resulterende opløsning ved 4.000 XG i 10 minutter ved fire grader Celsius. Lad supernatanten i et hætteglas til LC-MS/MS-måling. Forbered en 10 millimolar ammoniumacetat buffer ved at opløse 1,5 gram ammoniumacetat i to liter dobbelt deioniseret vand.PH-filen justeres til 9,5 med 10% ammonium og acetatsyre. Forbered to liter ultrapure 100% methanol til nukleosides måling, og forbered derefter to liter ultrapur acetonitrile til nukleotidermåling. Der injiceres 0,02 milliliter af den forbehandlede metabolitekstraktion af hver tidligere tilberedt prøve i et HPLC-system med binære pumper kombineret med et tredobbelt firdobbelt massespektrometer.For at generere standardkalibreringskurverne skal du samle seks prøveudtrækninger sammen og hvirvle blandingen og derefter aliquot det til seks ekstraktioner igen for at opnå hver baggrund. Der tilsættes seks forskellige koncentrationer af hver standard til disse seks ekstraktioner henholdsvis og injicere dem en efter en i HPLC-systemet. Registrer topområderne for hver standard i forskellige koncentrationer via masseovergangene.Denne protokol blev brugt til at identificere og kvantificere N1-methyladenosin, en kendt modificeret nukleoside, i to uger gamle Arabidopsis vilde frøplanter. Massespektrometriprofilen viste, at de produktioner, der genereres fra N1-methyladenosinstandarden, er på 150 og 133 MZ-forhold. Og den samme profil blev observeret i Colombia nul udvinding.På grund af den høje overflod af produktet ion på 150 MZ, massen overgangen fra 282,1 til 150 blev udvalgt til N1-methyladenosin identifikation. Retentionstiden for måltoppen var 7,05 minutter. Samme som retentionstiden for N1-methyladenosinstandard.Der blev tilsat en koncentrationsserie af N1-methyladenosinstandarder til seks prøveekstraktioner. Standardprøverne blev sprøjtet ind i LC-MS/MS, og de øgede topområder af N1-methyladenosin blev afbildet i forhold til standardernes nominelle koncentrationer. De seks lige store baggrundsudtræk er vigtige for at opnå en nøjagtig og repeterbar kalibreringskurve for kvantificeringen.Vores metode kan anvendes til at udforske metaboliske veje i planter. Ved at sammenligne metabolitprofilerne mellem mutanter af vildtype og tab af funktion kan den metaboliske flux tegnes.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Sample Preparation for Mass Spectrometry-based Identification of RNA-binding Regions

Prøveforberedelse til massespektrometri-baseret identifikation af RNA-bindende regioner

Noncoding RNAs play important roles in several nuclear processes, including regulating gene expression, chromatin structure, and DNA repair. In most ...

Determination of the Glycogen Content in Cyanobacteria

Bestemmelse af glycogenindholdet i cyanobakterier

Cyanobacteria accumulate glycogen as a major intracellular carbon and energy storage&#160;during photosynthesis. Recent developments in research have ...

Spectrophotometric Determination of Phycobiliprotein Content in Cyanobacterium Synechocystis

Spectrophotometric Determination of Phycobiliprotein Content in Cyanobacterium Synechocystis

Spektrofotometrisk bestemmelse af Phycobiliprotein indhold i Cyanobacterium Synechocystis

This is a simple protocol for the quantitative determination of phycobiliprotein content in the model cyanobacterium Synechocystis. Phycobiliproteins are ...

An All-in-one Sample Holder for Macromolecular X-ray Crystallography with Minimal Background Scattering

En all-in-One-prøve holder til makromolekylær røntgenkrystallografi med minimal baggrunds spredning

Macromolecular X-ray crystallography (MX) is the most prominent method to obtain high-resolution three-dimensional knowledge of biological macromolecules. ...

A Plasma Sample Preparation for Mass Spectrometry using an Automated Workstation

En forberedelse til plasmaprøve til massespektrometri ved hjælp af en automatiseret arbejdsstation

Sample preparation for mass spectrometry analysis in proteomics requires enzymatic cleavage of proteins into a peptide mixture. This process involves ...

Sample Preparation for Probe Electrospray Ionization Mass Spectrometry

Prøve forberedelse til Sonde Elektrospray Ionization Mass Spektrometri

Mass spectrometry (MS) is a powerful tool in analytical chemistry because it provides very accurate information about molecules, such as mass-to-charge ...

TMT Sample Preparation for Proteomics Facility Submission and Subsequent Data Analysis

TMT Prøve forberedelse til Proteomics Facility Indsendelse og efterfølgende dataanalyse

Proteomic technologies are powerful methodologies that can aid our understanding of mechanisms of action in biological systems by providing a global view ...

Estimation of Plant Biomass Lignin Content using Thioglycolic Acid (TGA)

Estimation of Plant Biomass Lignin Content using Thioglycolic Acid TGA

Skøn over indholdet af plantebiomasse lignin ved hjælp af thioglykolsyre (TGA)

Lignin is a natural polymer that is the second most abundant polymer on Earth after cellulose. Lignin is mainly deposited in plant secondary cell walls ...

A Sample Preparation Pipeline for Microcrystals at the VMXm Beamline

En prøveforberedelsespipeline til mikrokrystaller på VMXm Beamline

The mounting of microcrystals (&#60;10 &#181;m) for single crystal cryo-crystallography presents a non-trivial challenge. Improvements in data quality ...

Large-Scale Multi-Omics Genome-Wide Association Studies (Mo-GWAS): Guidelines for Sample Preparation and Normalization

Large-Scale Multi-Omics Genome-Wide Association Studies Mo-GWAS: Guidelines for Sample Preparation and Normalization

Large-scale Multi-omics Genome-wide Association Studies (Mo-GWAS): Retningslinjer for prøveforberedelse og normalisering

Both gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS) and liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) are widely used metabolomics approaches to detect ...