Name: plant sample preparation for nucleoside/nucleotide content measurement with an hplc-ms/ms
Uploaded: 2021-02-24T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Plant Sample Preparation for Nucleoside/Nucleotide Content Measurement with An HPLC-MS/MS at JoVE.com

Detta arbete stöddes ekonomiskt av Fundamental Research Funds for the Central Universities (KJQN202060), National Natural Science Foundation of China (31900907), Natural Science Foundation of Jiangsu Province (BK20190528), International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology (CRP/CHN20-04_EC) till M.C., och grundforskningsfonderna för de centrala universiteten (LGZD202004) till X.L.

1 Växttillväxt och materialsamling
<ol><li>Se till att Arabidopsisfrön steriliseras i 70% etanol i 10 min och sås på agarplattorna, som framställdes med en halv styrka Murashige och Skoog näringsämnen.</li>
	<li>Inkubera plattorna som innehåller Arabidopsisfrön under mörker vid 4 °C i 48 timmar och överför dem sedan till en kontrollerad tillväxtkammare under 16 h ljus på 55 μmol m-2 s-1 vid 22 °C och 8 h mörk vid 20 °C.</li>
	<li>Skörda 100 mg 2-veckorsplanto...

<ol>
	<li>Liu, B., Winkler, F., Herde, M., Witte, C. -. P., Gro&#223;hans, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+link+between+deoxyribonucleotide+metabolites+and+embryonic+cell-cycle+control.">A link between deoxyribonucleotide metabolites and embryonic cell-cycle control.</a> Current Biology. 29 (7), 1187-1192 (2019).</li><li>Zrenner, R., Stitt, M., Sonnewald, U., Boldt, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pyrimidine+and+purine+biosynthesis+and+degradation+in+plants.">Pyrimidine and purine biosynthesis and degradation in plants.</a> Annual Review of Plant Biology. 57, 805-836 (2006).</li><li>Witte, C. -. P., Herde, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nucleotide+metabolism+in+plants.">Nucleotide metabolism in plants.</a> Plant Physiology. 182 (1), 63-78 (2020).</li><li>Chen, M., Herde, M., Witte, C. -. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Of+the+nine+cytidine+deaminase-like+genes+in+Arabidopsis,+eight+are+pseudogenes+and+only+one+is+required+to+maintain+pyrimidine+homeostasis+in+vivo.">Of the nine cytidine deaminase-like genes in Arabidopsis, eight are pseudogenes and only one is required to maintain pyrimidine homeostasis in vivo.</a> Plant Physiology. 171 (2), 799-809 (2016).</li><li>Chen, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=m6A+RNA+degradation+products+are+catabolized+by+an+evolutionarily+conserved+N6-methyl-AMP+deaminase+in+plant+and+mammalian+cells.">m6A RNA degradation products are catabolized by an evolutionarily conserved N6-methyl-AMP deaminase in plant and mammalian cells.</a> The Plant Cell. 30 (7), 1511-1522 (2018).</li><li>Chen, M., Witte, C. -. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+kinase+and+a+glycosylase+catabolize+pseudouridine+in+the+peroxisome+to+prevent+toxic+pseudouridine+monophosphate+accumulation.">A kinase and a glycosylase catabolize pseudouridine in the peroxisome to prevent toxic pseudouridine monophosphate accumulation.</a> The Plant Cell. 32 (3), 722-739 (2020).</li><li>Dahncke, K., Witte, C. -. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant+purine+nucleoside+catabolism+employs+a+guanosine+deaminase+required+for+the+generation+of+xanthosine+in+Arabidopsis.">Plant purine nucleoside catabolism employs a guanosine deaminase required for the generation of xanthosine in Arabidopsis.</a> The Plant Cell. 25 (10), (2013).</li><li>Jung, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Uridine-ribohydrolase+is+a+key+regulator+in+the+uridine+degradation+pathway+of+Arabidopsis.">Uridine-ribohydrolase is a key regulator in the uridine degradation pathway of Arabidopsis.</a> The Plant Cell. 21 (3), 876-891 (2009).</li><li>Jung, B., Hoffmann, C., Moehlmann, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arabidopsis+nucleoside+hydrolases+involved+in+intracellular+and+extracellular+degradation+of+purines.">Arabidopsis nucleoside hydrolases involved in intracellular and extracellular degradation of purines.</a> Plant Journal. 65 (5), 703-711 (2011).</li><li>Riegler, H., Geserick, C., Zrenner, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arabidopsis+thaliana+nucleosidase+mutants+provide+new+insights+into+nucleoside+degradation.">Arabidopsis thaliana nucleosidase mutants provide new insights into nucleoside degradation.</a> New Phytologist. 191 (2), 349-359 (2011).</li><li>Zrenner, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+functional+analysis+of+the+pyrimidine+catabolic+pathway+in+Arabidopsis.">A functional analysis of the pyrimidine catabolic pathway in Arabidopsis.</a> New Phytologist. 183 (1), 117-132 (2009).</li><li>Hauck, O. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Uric+acid+accumulation+in+an+Arabidopsis+urate+oxidase+mutant+impairs+seedling+establishment+by+blocking+peroxisome+maintenance.">Uric acid accumulation in an Arabidopsis urate oxidase mutant impairs seedling establishment by blocking peroxisome maintenance.</a> The Plant Cell. 26 (7), 3090-3100 (2014).</li><li>Qu, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+analysis+of+nucleosides,+nucleobases,+and+amino+acids+in+different+parts+of+Angelicae+Sinensis+Radix+by+ultra+high+performance+liquid+chromatography+coupled+to+triple+quadrupole+tandem+mass+spectrometry.">Comparative analysis of nucleosides, nucleobases, and amino acids in different parts of Angelicae Sinensis Radix by ultra high performance liquid chromatography coupled to triple quadrupole tandem mass spectrometry.</a> Journal of Separation Science. 42 (6), 1122-1132 (2019).</li><li>Zong, S. -. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast+simultaneous+determination+of+13+nucleosides+and+nucleobases+in+Cordyceps+sinensis+by+UHPLC-ESI-MS/MS.">Fast simultaneous determination of 13 nucleosides and nucleobases in Cordyceps sinensis by UHPLC-ESI-MS/MS.</a> Molecules. 20 (12), 21816-21825 (2015).</li><li>Moravcov&#225;, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Separation+of+nucleobases,+nucleosides,+and+nucleotides+using+two+zwitterionic+silica-based+monolithic+capillary+columns+coupled+with+tandem+mass+spectrometry.">Separation of nucleobases, nucleosides, and nucleotides using two zwitterionic silica-based monolithic capillary columns coupled with tandem mass spectrometry.</a> Journal of Chromatography. A. 1373, 90-96 (2014).</li><li>Guo, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hydrophilic+interaction+ultra-high+performance+liquid+chromatography+coupled+with+triple+quadrupole+mass+spectrometry+for+determination+of+nucleotides,+nucleosides+and+nucleobases+in+Ziziphus+plants.">Hydrophilic interaction ultra-high performance liquid chromatography coupled with triple quadrupole mass spectrometry for determination of nucleotides, nucleosides and nucleobases in Ziziphus plants.</a> Journal of Chromatography. A. 1301, 147-155 (2013).</li><li>Seifar, R. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Simultaneous+quantification+of+free+nucleotides+in+complex+biological+samples+using+ion+pair+reversed+phase+liquid+chromatography+isotope+dilution+tandem+mass+spectrometry.">Simultaneous quantification of free nucleotides in complex biological samples using ion pair reversed phase liquid chromatography isotope dilution tandem mass spectrometry.</a> Analytical Biochemistry. 388 (2), 213-219 (2009).</li><li>Baccolini, C., Witte, C. -. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=AMP+and+GMP+catabolism+in+Arabidopsis+converge+on+xanthosine,+which+is+degraded+by+a+nucleoside+hydrolase+heterocomplex.">AMP and GMP catabolism in Arabidopsis converge on xanthosine, which is degraded by a nucleoside hydrolase heterocomplex.</a> The Plant Cell. 31 (3), 734-751 (2019).</li></ol>

Organismer innehåller olika nukleosider/nukleotider, inklusive kanoniska och avvikande sådana. Ursprunget och metabola endpoints av dem, särskilt modifierade nukleosider, är dock fortfarande dunkla. Dessutom återstår den nuvarande förståelsen av funktionen och homeostas av nukleosider / nukleotider metabolism att utforskas och utökas. För att undersöka dem måste en exakt och guldstandardmetod för dessa metaboliter identifiering och kvantifiering användas. Här beskrev vi ett protokoll med masspektrumet för...

Nukleoider/nukleotider är centrala metaboliska komponenter i alla levande organismer, som är prekursorer för nukleinsyror och många coenzymer, såsom nikotinamidadenin dinukleotid (NAD), och viktiga vid syntesen av makromolekyler som fosfolipider, glykolpider och polysackarider. Strukturellt innehåller nukleosid en nukleobas, som kan vara en adenin, guanin, uracil, cytosin eller tymin, och en sockermoiety, som kan vara en ribos eller en deoxyribose1,2. Nukleotider har upp till tre fosfatgrupper som är bindande för 5-kolpositionen i kärnsockermoiety i nukleosiderna3. Metabolismen av nukleotider i växter är viktig för fröspirering och bladtillväxt4,5,6. För att bättre förstå deras fysiologiska roller i växtutveckling bör metoderna för absolut kvantifiering av olika nukleosider/nukleotider in vivo fastställas.
En av de vanligaste metoderna för att mäta nukleosider / nukleotider använder en högpresterande flytande kromatografi (HPLC) i kombination med en ultraviolett synlig (UV-VIS)detektor 4,7,8,9,10,11. År 2013 kvantifierade användning av HPLC, Dahncke och Witte flera typer av nukleosider i Arabidopsis thaliana7. De identifierade en förbättrad guanosinhalt i en T-DNA insättnings mutant inriktning i guanosin deaminase genen jämfört med vilda-typ växten. En annan pyrimidin nukleosid, cytidin, upptäcktes också kvantitativt i växter som använder denna metod, vilket resulterade i identifiering av en äkta cytidin deaminase gen4. Baserat på UV-detektorn kan denna metod dock inte lätt skilja de nukleoser som har liknande spektrum och retentionstider, t.ex. guanosin eller xantosin. Detektionsgränsen för HPLC-metoden är relativt hög, därför används den ofta för mätning av högt innehåll av nukleosider in vivo, såsom cytidin, uridin och guanosin.
Dessutom kan gaskromatografi i kombination med masspektrometri (GC-MS) också användas vid nukleosidmätning. Drar nytta av det, Hauck et. framgångsrikt detekterat uridin och urinsyra, som är en nedströms metabolit av nukleosidkatabolisk väg, i fröna till A. thaliana12. GC används dock normalt för att separera flyktiga föreningar men inte lämplig för termiskt labila ämnen. Därför är en flytande kromatografi i kombination med masspektrometri (LC-MS/MS) förmodligen en lämpligare och mer exakt analysteknik för in vivo-identifiering, separation och kvantifiering av nukleosider/nukleotider13,14. Flera tidigare studier rapporterade att en HILIC-kolumn kan användas för nukleosider och nukleotider separation15,16 och isotopiskt märkta interna standarder användes för den sammansatta kvantifieringen17. Båda komponenterna är dock relativt dyra, särskilt de kommersiella isotopmärkta standarderna. Här rapporterar vi en ekonomiskt tillämplig LC-MS/MS-metod för nukleosider/nukleotider. Denna metod har redan framgångsrikt använts för kvantifiering av olika nukleosider / nukleotider, inklusive ATP, N6-metyl-AMP, AMP, GMP, uridin, cytidin och pseudouridin1,5,6,18, i växter och Drosophila. Dessutom kan den metod vi rapporterar här också användas i andra organismer.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>acetonitrile</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>1000291000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>adenosine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A9251-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ammonium acetate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>73594-100G-F</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AMP</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>01930-5G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CMP</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C1006-500MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>cytidine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C122106-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GMP</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G8377-500MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>guanosine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G6752-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hypercarb column</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific GmbH</td>
			<td>35005-054630</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>IMP</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>57510-5G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>inosine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>I4125-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>methanol</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>34860-1L-R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N1-methyladenosine</td>
			<td>Carbosynth</td>
			<td>NM03697</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>O6-methylguanosine</td>
			<td>Carbosynth</td>
			<td>NM02922</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Murashige and Skoog Medium</td>
			<td>Duchefa Biochemie</td>
			<td>M0255.005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polaris 5 C18A column</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>A2000050X046</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pseudouridine</td>
			<td>Carbosynth</td>
			<td>NP11297</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UMP</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>U6375-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>uridine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>U3750-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

plant sample preparation for nucleoside/nucleotide content measurement with an hplc-ms/ms

Nukleosider/nukleotider är byggstenar av nukleinsyror, delar av cosubstrates och koenzymer, cellsignaleringsmolekyler och energibärare, som är involverade i många cellaktiviteter. Här beskriver vi en snabb och pålitlig metod för absolut kvalificering av nukleosid/nukleotidinnehåll i växter. Kortfattat extraherades 100 mg homogeniserat växtmaterial med 1 ml extraktionsbuffert (metanol, acetonitril och vatten vid ett förhållande av 2:2:1). Senare koncentrerades provet fem gånger i en frystork och injicerades sedan i en HPLC-MS/MS. Nukleotider separerades på en porös grafitisk kolkolonn (PGC) och nukleosider separerades på en C18-kolumn. Massövergångar av varje nukleosid och nukleotid övervakades av masspektrometri. Innehållet i nukleosider och nukleotider kvantifierades mot deras externa standarder (ESTDs). Med denna metod kan forskare därför enkelt kvantifiera nukleosider/nukleotider i olika växter.

Här visar vi identifiering och kvantifieringav N 1-metyladnosin, en känd modifierad nukleosid, i 2 veckor gamla Arabidopsis vilda typ (Col-0) plantor som exempel. Masspektrometriprofilen anger att de produktjonersom genereras från standarden N 1-metyladenosin är 150 m/z och 133 m/z (figur 2A), och samma profil observeras också vid Col-0-extraktion (figur 2B). På grund av högt överflöd av pr...

Watch this Scientific Journal Video about Plant Sample Preparation for Nucleoside/Nucleotide Content Measurement with An HPLC-MS/MS at JoVE.com

Plant Sample Preparation for Nucleoside/Nucleotide Content Measurement with An HPLC-MS/MS

En exakt och reproducerbar metod för in vivo-nukleosider/nukleotider kvantifiering i växter beskrivs här. Den här metoden använder hplc-ms/ms.

Växtprovberedning för mätning av nukleosidan/nukleotidinnehåll med hplc-ms/ms

Nucleosides/nucleotides are building blocks of nucleic acids, parts of cosubstrates and coenzymes, cell signaling molecules, and energy carriers, which ...

Nukleosider och nukleotider är centrala metaboliska komponenter i alla levande organismer. Metabolismen av dem krävs för cellutveckling. Detta tillvägagångssätt ger ett kraftfullt verktyg för dessa metaboliters kvantifiering.Denna metod möjliggör snabb och exakt kvantifiering av nukleosider och nukleotider i växter. Kompletta provförbehandlingar och LC-MS/MS-analyser tar cirka två dagar för en uppsättning av 10 till 20 prover. Denna metod kan tillämpas på alla växter och även andra organismer.Changhua Zhu, docent från Chenlaboratoriet, demonstrerar proceduren. För att odla växterna, se till att Arabidopsis frön steriliseras i 70% etanol i 10 minuter och såds på agarplattor med 1/2 styrka Murashige och Skoog näringsämnen. Inkubera plattorna i mörkret vid fyra grader Celsius i 48 timmar och överför dem sedan till en kontrollerad tillväxtkammare under 16 timmars ljus vid 22 grader Celsius och åtta timmar av mörker vid 20 grader Celsius.Skörda 100 milligram två veckors plantor och frys dem i flytande kväve för metabolitextraktion. Slipa 100 milligram frysta växtvävnader med sju till åtta stålpärlor i ett förkylt blandarbruk i fem minuter med en frekvens av 60 Hertz. Förbered extraktionslösningen, som innehåller metanol, acetonitril och vatten med förhållandet 2 till 2 till 1.Återanvänd de homogeniserade materialen med en milliliter av extraktionslösningen. Centrifugera den resulterande lösningen vid 12 000 XG i 15 minuter vid fyra grader Celsius, överför sedan 0,5 milliliter suspension till ett nytt 1,5 milliliter rör och frys det i flytande kväve. Avdunsta det frysta provet i en frystork och återanvänd det i 0,5 milliliter 5%acetonitrilt och 95%vatten.Centrifugera den resulterande lösningen vid 4 000 XG i 10 minuter vid fyra grader Celsius. Ladda supernatanten i en injektionsflaska för LC-MS/MS-mätning. Förbered en 10 millimolar ammoniumacetatbuffert genom att lösa upp 1,5 gram ammoniumacetat i två liter dubbeljoniserat vatten.Justera pH till 9,5 med 10% ammonium och acetatsyra. Förbered två liter ultrapure 100% metanol för nukleosidermätning och förbered sedan två liter ultrapure acetonitrile för nukleotider mätning. Injicera 0,02 milliliter av den förbehandlade metabolitextraktionen av varje tidigare förberett prov i ett HPLC-system med binära pumpar i kombination med en trippel fyrdubbel masspektrometer.För att generera standardkalibreringskurvorna, poola sex provextraktioner tillsammans och vibrerar blandningen och alikvotera den sedan till sex extraktioner igen för att få varje bakgrund. Tillsätt sex olika koncentrationer av varje standard till dessa sex extraktioner respektive och injicera dem en efter en i HPLC-systemet. Registrera toppområdena för varje standard vid olika koncentrationer via massövergångar.Detta protokoll användes för att identifiera och kvantifiera N1-metylladenosin, en känd modifierad nukleosid, i två veckor gamla Arabidopsis vilda plantor. Masspektrometriprofilen indikerade att de produktjoner som genereras från N1-metyladenosinstandarden har förhållandet 150 och 133 MZ. Och samma profil observerades i Colombia noll extraktion.På grund av det höga överflöd av produktjonen av 150 MZ valdes massövergången 282,1 till 150 för N1-metyladenosinidentifieringen. Måltoppens retentionstid var 7,05 minuter. Samma som retentionstiden för N1-metyladenosinstandard.En koncentrationsserie av N1-metyladenosin standarder lades till i sex prov extraktioner. Standardproverna injicerades i LC-MS/MS och de ökade toppområdena för N1-metyladenosin plottades mot de nominella koncentrationerna av standarderna. De sex lika bakgrundsextraktionerna är viktiga för att göra en exakt och repeterbar kalibreringskurva för kvantifieringen.Vår metod kan tillämpas för att utforska metaboliska vägar i växter. Genom att jämföra metabolitprofilerna mellan vilda och funktionsförlustmutanter kunde det metaboliska flödet dras.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Sample Preparation for Mass Spectrometry-based Identification of RNA-binding Regions

Provberedning för Mass Spectrometry-baserade identifiering av RNA-bindande regioner

Noncoding RNAs play important roles in several nuclear processes, including regulating gene expression, chromatin structure, and DNA repair. In most ...

Determination of the Glycogen Content in Cyanobacteria

Bestämning av glykogeninnehållet i cyanobakterier

Cyanobacteria accumulate glycogen as a major intracellular carbon and energy storage&#160;during photosynthesis. Recent developments in research have ...

Spectrophotometric Determination of Phycobiliprotein Content in Cyanobacterium Synechocystis

Spectrophotometric Determination of Phycobiliprotein Content in Cyanobacterium Synechocystis

Spektrofotometrisk bestämning av Phycobiliprotein innehåll i Cyanobakterien Synechocystis

This is a simple protocol for the quantitative determination of phycobiliprotein content in the model cyanobacterium Synechocystis. Phycobiliproteins are ...

An All-in-one Sample Holder for Macromolecular X-ray Crystallography with Minimal Background Scattering

En allt-i-ett-provhållare för makro molekyl ära röntgenkristallografi med minimal bakgrunds spridning

Macromolecular X-ray crystallography (MX) is the most prominent method to obtain high-resolution three-dimensional knowledge of biological macromolecules. ...

A Plasma Sample Preparation for Mass Spectrometry using an Automated Workstation

Ett plasmaprovförberedelse för masspektrometri med hjälp av en automatiserad arbetsstation

Sample preparation for mass spectrometry analysis in proteomics requires enzymatic cleavage of proteins into a peptide mixture. This process involves ...

Sample Preparation for Probe Electrospray Ionization Mass Spectrometry

Provberedning för probe electrospray jonisering Masspektrometri

Mass spectrometry (MS) is a powerful tool in analytical chemistry because it provides very accurate information about molecules, such as mass-to-charge ...

TMT Sample Preparation for Proteomics Facility Submission and Subsequent Data Analysis

TMT Provberedning för Proteomics Facility Submission och efterföljande dataanalys

Proteomic technologies are powerful methodologies that can aid our understanding of mechanisms of action in biological systems by providing a global view ...

Estimation of Plant Biomass Lignin Content using Thioglycolic Acid (TGA)

Estimation of Plant Biomass Lignin Content using Thioglycolic Acid TGA

Uppskattning av växtbiomassa Ligninhalt med tioglykolsyra (TGA)

Lignin is a natural polymer that is the second most abundant polymer on Earth after cellulose. Lignin is mainly deposited in plant secondary cell walls ...

A Sample Preparation Pipeline for Microcrystals at the VMXm Beamline

En provförberedande pipeline för mikrokritaler vid VMXm Beamline

The mounting of microcrystals (&#60;10 &#181;m) for single crystal cryo-crystallography presents a non-trivial challenge. Improvements in data quality ...

Large-Scale Multi-Omics Genome-Wide Association Studies (Mo-GWAS): Guidelines for Sample Preparation and Normalization

Large-Scale Multi-Omics Genome-Wide Association Studies Mo-GWAS: Guidelines for Sample Preparation and Normalization

Storskaliga Multi-omics Genome-wide Association Studies (Mo-GWAS): Riktlinjer för provberedning och normalisering

Both gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS) and liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) are widely used metabolomics approaches to detect ...