Name: rapid assembly of multi-gene constructs using modular golden gate cloning
Uploaded: 2021-02-05T13:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Rapid Assembly of Multi-Gene Constructs using Modular Golden Gate Cloning at JoVE.com

Bu çalışma New York Eyalet Üniversitesi Araştırma Vakfı (Ödül #: 71272) ve Buffalo Üniversitesi IMPACT Ödülü (Ödül #: 000077) tarafından finanse edildi.

NOT: Bu araç setinde sunulan hiyerarşik klonlama protokolü üç ana adıma ayrılabilir: 1. Parça plazmidlerini klonlama; 2. Klonlama transkripsiyon üniteleri (TUs); 3. Çok genli plazmidlerin klonlama (Şekil 1). Bu protokol astar tasarımından başlar ve klonlanmış çok genli plazmid uygulamaları ile sona erer.
1. Parça plazmid klonlama için astar tasarımı (pYTK001):
<ol><li>5' ucunda TTT yan nükleotitleri içeren ileri ve ters astarları, giriş...

Lee ve arkadaşları tarafından geliştirilen MoClo tabanlı klonlama kiti, maya genomuna çoğaltma veya entegrasyon için bir ila beş transkripsiyon ünitesinin çok genli bir plazmid içine hızlı bir şekilde montajı için mükemmel bir kaynak sağlar. Bu kitin kullanımı, mayadaki birden fazla geni ifade etmek için sıklıkla var olan zaman alıcı klonlama darboğazını ortadan kaldırır.
T4 DNA ligaz ile Golden Gate klonlamanın sindirim/ligasyon döngüleri için beş farklı k...

Sentetik biyoloji, farmasötik, tarım ve kimya endüstrileri için yararlı yeni işlevlere sahip biyolojik sistemler tasarlamayı amaçlamaktadır. Çok sayıda DNA parçasını yüksek verimli bir şekilde birleştirmek sentetik biyolojide temel bir teknolojidir. Böyle karmaşık bir süreç, temel mühendislik bilimlerinden ödünç alınan bir kavram olan azalan karmaşıklık ile birden fazla seviyeye ayrılabilir1,2. Sentetik biyolojide, DNA parçaları genellikle işlevselliğe göre hiyerarşik olarak bir araya gelir: (i) Parça düzeyi: "parçalar", organizatör, kodlama dizisi, sonlandırıcı, çoğaltmanın kaynağı gibi belirli bir işleve sahip DNA parçalarını ifade eder; (ii) Transkripsiyon üniteleri (TU) seviyesi: TU, bir organizatör, bir kodlama dizisi ve tek bir geni aktarabilen bir sonlandırıcıdan oluşur; (iii) Çok genli seviye: çok genli plazmid, sıklıkla tüm metabolik yoldan oluşan birden fazla TUs içerir. BioBrick topluluğunun öncülük ettiği bu hiyerarşik derleme, sentetik biyoloji3'tebüyük DNA setlerinin montajı için temel kavramdır.
Son on yılda4,5,6,7, Golden Gate klonlama tekniği hiyerarşik DNA derlemesini önemli ölçüde kolaylaştırmıştır2. Gibson klonlama8, ligasyondan bağımsız klonlama (SLIC)9, urasil eksizyon tabanlı klonlama (KULLANICI)10, ligase cycling reaksiyon (LCR)11ve in vivo rekombinasyon (DNA Assembler)12,13gibi diğer birçok çok parçalı klonlama yöntemi de şimdiye kadar geliştirilmiştir. Ancak Golden Gate klonlama ideal bir DNA montaj yöntemidir, çünkü genlere özgü dizilerden bağımsızdır ve tek pota reaksiyonunda skarsız, yönlü ve modüler montaja izin verir. Golden Gate klonlama, tanıma alanı2dışında kademeli çıkıntılar oluşturmak için palindromi olmayan bir diziyi tanıyan tip IIS kısıtlama enzimlerinden yararlanır. Bir ligase daha sonra çok parçalı bir montaj elde etmek için tavlanmış DNA parçalarını birleştirir. Bu klonlama stratejisini modüler klonlama (MoClo) sistemine uygulamak, doğru monte edilmiş yapı4'ü içeren% 90'dan fazla dönüştürücü ile 10'a kadar DNA parçasının bir araya alınmasını sağlamıştır.
MoClo sistemi, sentetik biyolojinin tasarım-inşa-test döngüsünü hızlandıran muazzam avantajlar sunar. İlk olarak, değiştirilebilir parçalar, büyük bir parametre alanını hızlı bir şekilde test etmek için kombinatoryal klonlamayı etkinleştirir. Örneğin, metabolik bir yolu optimize etmek genellikle yol akısını dengelemek için her gen için birçok promotör arasında bisiklet sürmeyi gerektirir. MoClo sistemi bu tür zorlu klonlama görevlerini kolayca halledebilir. İkincisi, plazmid kısmını sıralamak gerekir, ancak tipik olarak TU veya çok genli plazmidleri sıralamaz. Çoğu durumda, koloni PCR veya kısıtlama sindirimi ile tarama TU ve çok genli plazmid düzeyinde doğrulama için yeterlidir. Bunun nedeni, parça plazmidi klonlamanın, sık sık mutasyonları tanıtan PCR gerektiren tek adım olmasıdır. Üçüncü olarak, MoClo sistemi çok genli karmaşık metabolik yollar oluşturmak için idealdir. Son olarak, evrensel çıkıntılar nedeniyle, parça plazmidleri yeniden kullanılabilir ve tüm biyomühendislik topluluğu ile paylaşılabilir. Şu anda, MoClo kitleri bitkiler için mevcuttur14,15,5,16,17, mantar6,18,19,20,21,22, bakteri7,23,24,25,26,27vehayvanlar28,29. Çok krallıklı bir MoClo platformu da yakın zamanda tanıtıldı30.
Saccharomyces cerevisiaeiçin Lee ve ark.6, maya sentetik biyoloji topluluğu için mükemmel bir kaynak olan çok yönlü bir MoClo araç seti geliştirdi. Bu kit uygun bir 96 kuyu formatında gelir ve iyi karakterize edilmiş organizatörler, floresan proteinler, terminatörler, peptit etiketleri, seçim belirteçleri, replikasyon kaynağı ve genom düzenleme araçlarından oluşan çeşitli bir koleksiyona sahip sekiz tür değiştirilebilir DNA parçası tanımlar. Bu araç seti, beş adede kadar transkripsiyon ünitesinin çok genli bir plazmid içine birleştirilmiş olmasını sağlar. Bu özellikler, kısmi veya tüm yolların hedeflenen kimyasalları üretmek için aşırı ifade edildiği maya metabolik mühendisliği için değerlidir. Bu kiti kullanarak, araştırmacılar geraniol, linalool31, penisilin32, mukonik asit33, indigo34ve mayada betalain35 üretimini optimize etmişlerdir.
Burada, epizomal veya genomik ekspresyon için çok genli yollar oluşturmak için MoClo araç setinin kullanımına rehberlik etmek için ayrıntılı, adım adım bir protokol sunuyoruz. Bu kitin kapsamlı kullanımıyla, DNA konsantrasyonlarının doğru ölçümünün, Golden Gate reaksiyonundaki her parçanın eşitlikçi dağılımını sağlamanın anahtarı olduğunu bulduk. Ayrıca T7 DNA ligaz üzerinde T4 DNA ligazını öneririz, çünkü ilki daha fazla sayıda çıkıntla daha iyi çalışır36. Son olarak, BsmBI ve BsaI'nin tüm iç tanıma siteleri montajdan önce kaldırılmalı veya evcillendirilmelidir. Alternatif olarak, birden fazla dahili siteyi kaldırmak ve eşzamanlı kodon optimizasyonu elde etmek için parçaları sentezlemeyi düşünebilirsiniz. S. cerevisiae'de β karoten ve likopen üretimi için beş genlik bir yol ifade ederek bu araç setin nasıl kullanılacağını gösteriyoruz. Ayrıca, bu kitin genom düzenleme araçlarını kullanarak ADE2 locus'un nasıl nakavt olduğunu gösteriyoruz. Bu renk tabanlı deneyler kolay görselleştirme için seçildi. Ayrıca Golden Gate klonlama kullanarak füzyon proteinlerinin nasıl üretilip amino asit mutasyonlarının nasıl oluşturulacağı da göstermektedir.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>0.5 mm Glass beads</td>
			<td>RPI research products</td>
			<td>9831</td>
			<td>For lysing yeast cells</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacto Agar</td>
			<td>BD &#38; Company</td>
			<td>214010</td>
			<td>Component of the yeast complete synthetic medium (CSM)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bacto Peptone</td>
			<td>BD&#38; Company</td>
			<td>211677</td>
			<td>Component of the yeast extract peptone dextrose medium (YPD)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BsaI-HFv2</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>R3733S</td>
			<td>a highly efficient version of BsaI restriction enzyme</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Carbenicillin</td>
			<td>Fisher Bioreagents</td>
			<td>4800-94-6</td>
			<td>Antibiotic for screening at the transcription unit level</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloramphenicol</td>
			<td>Fisher Bioreagents</td>
			<td>56-75-7</td>
			<td>Antibiotic for screening at the entry vector level</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CSM-His</td>
			<td>Sunrise Sciences</td>
			<td>1006-010</td>
			<td>Amino acid supplement of the yeast complete synthetic medium (CSM)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dextrose</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>D16-500</td>
			<td>Carbon source of the yeast complete synthetic medium (CSM)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Difco Yeast Nitrogen Base w/o Amino Acids</td>
			<td>BD &#38; Company</td>
			<td>291940</td>
			<td>Nitrogen source of the yeast complete synthetic medium (CSM)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dNTP mix</td>
			<td>Promega</td>
			<td>U1515</td>
			<td>dNTPs for PCR</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Esp3I</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>R0734S</td>
			<td>a highly efficient isoschizomer of BsmBI</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Frozen-EZ Yeast Trasformation II Kit</td>
			<td>Zymo Research</td>
			<td>T2001</td>
			<td>For yeast transformation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hexanes</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>H302-1</td>
			<td>For carotenoid extraction from yeast cells</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kanamycin</td>
			<td>Fisher Bioreagents</td>
			<td>25389-94-0</td>
			<td>Antibiotic for screening at the multigene plasmid level</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB Agar, Miller</td>
			<td>Fisher Bioreagents</td>
			<td>BP1425-2</td>
			<td>Lysogenic agar medium for E. coli culturing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB Broth, Miller</td>
			<td>Fisher Bioreagents</td>
			<td>BP1426-2</td>
			<td>Lysogenic liquid medium for E. coli culturing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lycopene</td>
			<td>Cayman chemicals</td>
			<td>NC1142173</td>
			<td>For lycopene quantification</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MoClo YTK</td>
			<td>Addgene</td>
			<td>1000000061</td>
			<td>Depositing Lab: John Deuber</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Monarch Plasmid Miniprep Kit</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>T1010L</td>
			<td>For plasmid purification from E.coli</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanodrop Spectrophotometer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>ND2000c</td>
			<td>For measuring accurate DNA concentrations</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NotI-HF</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>R3189S</td>
			<td>Restriction enzyme for integrative multigene plasmid linearization</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nourseothricin Sulphate</td>
			<td>Goldbio</td>
			<td>N-500-100</td>
			<td>Antibiotic Selection marker for the pCAS plasmid used in this study</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phusion HF reaction Buffer (5X)</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>B0518S</td>
			<td>Buffer for PCR using Phusion polymerase</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phusion High Fidelity DNA Polymerase</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0530S</td>
			<td>High fidelity polymerase for all the PCR reactions</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pLM494</td>
			<td>Addgene</td>
			<td>100539</td>
			<td>Plasmid used to amplify crtI, crtYB and crtE used in this study</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Quartz Cuvette</td>
			<td>Thermo Electron</td>
			<td>10050801</td>
			<td>For quantifing carotenoids</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T4 ligase</td>
			<td>New England Biolabs</td>
			<td>M0202S</td>
			<td>Ligase for Golden Gate cloning</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermocycler</td>
			<td>BIO-RAD</td>
			<td>1851148</td>
			<td>For performing all the PCR and cloning reactions</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tissue Homogenizer</td>
			<td>Bullet Blender</td>
			<td>Model: BBX24</td>
			<td>For homogenization of yeast cells</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UV-Vis Spectrophotometer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>Genesys 150</td>
			<td>For quantifing carotenoids</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast Extract</td>
			<td>Fisher Bioreagents</td>
			<td>BP1422-500</td>
			<td>Component of the yeast extract peptone dextrose medium (YPD)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#946;-carotene</td>
			<td>Alfa Aesar</td>
			<td>AAH6010603</td>
			<td>For &#946;-carotene quantification</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

rapid assembly of multi-gene constructs using modular golden gate cloning

Golden Gate klonlama yöntemi, kullanıcı tanımlı herhangi bir düzenlemede birden fazla genin hızlı bir şekilde bire birliğini sağlar. Tanıma alanlarının dışında kesilen ve kısa bir çıkıntı oluşturan tip IIS kısıtlama enzimlerini kullanır. Bu modüler klonlama (MoClo) sistemi, organizatörler, kodlama dizileri (CDS) ve sonlandırıcılar gibi farklı DNA parçalarının ilk olarak bir giriş vektörüne klonlandırıldığı hiyerarşik bir iş akışı kullanır. Birden çok giriş vektörü daha sonra transkripsiyon birimlerine monte edilir. Birkaç transkripsiyon ünitesi daha sonra çok genli bir plazmid içine bağlanır. Golden Gate klonlama stratejisi, tek pota reaksiyonunda skarsız, yönlü ve modüler montaja izin verdiği için muazzam bir avantaja sahip. Hiyerarşik iş akışı genellikle giriş vektörlerinin ötesinde sıralamaya gerek kalmadan çok çeşitli çok genli yapıların facile klonlasını sağlar. Floresan protein bırakmalarının kullanımı kolay görsel tarama sağlar. Bu çalışma, maya modüler klonlama (MoClo) kitini kullanarak çok genli plazmidlerin montajı için ayrıntılı, adım adım bir protokol sağlar. Çok genli plazmid montajının optimal ve yetersiz sonuçlarını gösteriyoruz ve koloniler için tarama için bir kılavuz sağlıyoruz. Bu klonlama stratejisi maya metabolik mühendisliği ve çok genli plazmid klonlamanın gerekli olduğu diğer durumlar için oldukça geçerlidir.

Burada β karoten (sarı) ve likopen (kırmızı) üretimi için dört çoğaltıcı çok genli plazmid sonuçları. ADE2 lokusunu bozmak için kolonileri kırmızı olan bir bütünleştirici çok genli plazmid inşa edildi.
CDS'leri giriş vektörüne klonlama (pYTK001) ERG20 maya genomundan ve üç karotenoid gen crtE, crtYB, crtI plazmid pLM494<sup class="xref"...

Watch this Scientific Journal Video about Rapid Assembly of Multi-Gene Constructs using Modular Golden Gate Cloning at JoVE.com

Rapid Assembly of Multi-Gene Constructs using Modular Golden Gate Cloning

Bu protokolün amacı, Golden Gate klonlamaya dayalı modüler klonlama sistemini kullanarak çok genli yapıların montajı için ayrıntılı, adım adım bir kılavuz sağlamaktır. Ayrıca, deneyimlerimize göre en iyi montajı sağlamak için kritik adımlar hakkında önerilerde bulunmaktadır.

Modüler Altın Kapı Klonlama Kullanılarak Çok Genli Yapıların Hızlı Montajı

The Golden Gate cloning method enables the rapid assembly of multiple genes in any user-defined arrangement. It utilizes type IIS restriction enzymes that ...

Bu, Maya MoClo kitini kullanarak çok genli plazmidlerin montajı için ayrıntılı bir protokoldür. Bu yöntem, çeşitli çok genli sınıf arkadaşlarının kolayca klonlanını sağlar. İlgili parçalardan oluşan büyük bir kütüphane oluşturmak için idealdir.Golden Gate reaksiyon karışımını kurarak başlayın. Her PCR ürününün 20 femtomoles ve giriş vektörü, 10X T4 Ligase tampon bir mikrolitre, Esp3I 0.5 mikrolitre ve T4 ligase 0.5 mikrolitre ekleyin. Toplam hacmi 10 mikrolitreye çıkarmak için çift damıtılmış su ekleyin.Sonra klonlama reaksiyonlarını çalıştırın. Tüm reaksiyon karışımını ısı şoku ile DH5 alfa suşuna veya eşdeğer Escherichia coli kimyasal olarak yetkin hücrelere dönüştürün. Hücreleri mililitre kloramfenikol başına 35 mikrogram olan bir lb plakasına yayın.Sonra plakayı bir gecede 37 santigrat derecede kuluçkaya yatırın. 16 ila 18 saat sonra, plakayı inkübatörden alın ve süper klasör yeşil floresan proteinin veya sfGFP'nin daha yoğun bir yeşil renk için gelişmesine izin vermek için yaklaşık beş saat boyunca dört santigrat derecede bırakın. Plakayı taramak için ultra mor veya mavi ışık transilluminator üzerine yerleştirin.Kolonileri içeren sfGFP, UV ışığı altında floresan yapacaktır. Yeşil koloniler negatiftir, çünkü kesilmemiş kısım plazmid içerirler. Beyaz koloniler muhtemelen olumlu.% 30 ila 100 beyaz koloniler varsa klonlama başarılı olur. Sol konnektör, sfGFP bırakma, sağ konektör, maya seçim işaretçisi, replikasyon maya kaynağı ve mRFP1, E.coli kökenli ve ampisiline dirençli gen ile parça plazmidi ile bir ara vektör monte edin. Metin el yazmasında açıklandığı gibi klonlama reaksiyonlarını gerçekleştirin.Tüm reaksiyon karışımını DH5 alfa suşuna dönüştürün, ardından hücreleri mililitre karbenisilin veya ampisilin başına 50 mikrogram olan bir lb plakasına yayın. Bir gecede 37 santigrat derecede kuluçkaya yaslanın. 16 ila 18 saat sonra plakayı inkübatörden çıkar.Plaka hem soluk kırmızı hem de soluk yeşil koloniler içerecektir. mRFP1 ve sfGFP'nin olgunlaşması için yaklaşık beş saat boyunca dört santigrat derecede tutun. Potansiyel olarak doğru ara vektörü içeren yeşil kolonileri tanımlamak için bir UV veya mavi ışık transilluminator kullanın.Yeşil kolonileri lb karbenisilin plakasında çizin ve bir gecede 37 santigrat derecede kuluçkaya yatırın. Ertesi gün, onları tekrar kloramfenikol plakasına koyun ve bir gecede 37 santigrat derecede kuluçkaya yatırın. Kloramfenikol plakalarında yetişen koloniler yanlış monte plazmidler içerir.Ara vektör başarıyla monte edildikten sonra, transkripsiyon ünitelerini birleştirmeye devam edin. Bu dört parçalı montaj, ara vektör, bir promotör, bir CDS ve determinator içerir. Plazmidleri arındırın, konsantrasyonlarını kaydedin ve her plazmidi mikroliter başına 20 femtomole DNA ile seyreltin.Klonlama reaksiyonu gerçekleştirdikten sonra, tüm klonlama reaksiyon karışımını DH5 alfa veya eşdeğer E.coli yetkin hücrelerine dönüştürün ve LBN karbenisilin üzerine plakalayın. Sonra plakayı bir gecede 37 santigrat derecede kuluçkaya yatırın. 16 ila 18 saat sonra, plakayı inkübatörden alın ve sfGFP'nin olgunlaşması için yaklaşık beş saat boyunca dört santigrat derecede tutun.Potansiyel olarak doğru transkripsiyon ünitelerini içeren floresan olmayan beyaz kolonileri tanımlamak için bir UV veya mavi ışık transilluminator kullanın. Metin el yazmasında açıklandığı gibi çok genli plazmidler için bir ara vektör birleştirin. Daha sonra tüm klonlama reaksiyon karışımını DH5 alfa hücrelerine dönüştürün ve mililitre kanamycin başına 50 mikrogram ile lb üzerine plakalayın.Plakayı bir gecede 37 santigrat derecede kuluçkaya yatır. Kırmızı ve yeşil renk bazlı tarama gerçekleştirin, ardından yeşil kolonileri daha önce gösterildiği gibi yanlış montajları taramak için lb kanamycin plaka üzerinde çizgilendirin ve büyütün. Daha sonra, metin el yazmasında açıklandığı gibi bir klonlama reaksiyoni kurarak çok genli plazmidi birleştirin.Tüm klonlama reaksiyon karışımını DH5 alfa hücrelerine dönüştürün ve lb kanamycin üzerine plakalayın. Plakayı bir gecede 37 santigrat derecede kuluçkaya yatır. Ardından daha önce açıklandığı gibi yeşil beyaz taramayı gerçekleştirin.Bu protokol, ADE2 lokusunu bozmak için bir bütünleştirici çok genli plazmid oluşturmak için kullanıldı. Dört çoğaltıcı ve bir bütünleştirici çok genli plazmid bir araya getirildi. Ara vektör klonlama için potansiyel olarak doğru kolonilerin oranı% 1.83 idi Ara plazmid klonlandıktan sonra, aradan çok genli plazmidlerin montajının başarı oranı% 93.77 idi Pozitif beyaz kolonilerin ihmal edilebilir sayıları çok genli plazmidlerin yetersiz bir montajını göstermektedir.Mayaya dönüştükten sonra beta karoten ve likopen üreten koloniler üçüncü günde büyüdü. Her tabaktan dört koloni taze tabaklara serilerek iki gün daha yetiştirildi. Karotenoidler UV-Vis spektrofotometrisi ile çıkarıldı ve ölçüldü.BTS1/ERG20, sadece ERG20 ile zorlanmaya kıyasla 35 kat daha yüksek beta karoten üretimine yol açar. Aynı şekilde, likopen üretimi sadece ERG20'ye kıyasla BTS1/ERG20 ile gerinimde yaklaşık 16,5 kat daha yüksektir. Çok genli bütünleştirici plazmid, ADE2 lokusunun bozulması için, bir gRNA ve yardımcı DNA olmadan veya gRNA ve yardımcı DNA olarak çok genli bütünleştirici plazmid ile kullanıldı.Üç ila dört gün sonra, Nourseothricin ile YPD plakasında kırmızı koloniler gözlendi ve bu da ADE2'nin başarıyla bozulduğunu gösterdi. Bu yöntemi denerken, hatırlanması gereken en önemli şey, bu reaksiyon karışımını kurarken DNA konsantrasyonlarını doğru bir şekilde ve pipeti dikkatlice ölçmektir. Bu teknik, Maya Metabolik Mühendisliği alanındaki araştırmacıların maksimum ürün verimi için çok sayıda geni ve promotörleri incelemelerini sağlar.

Research

JoVE Journal

Bioengineering

ECM Protein Nanofibers and Nanostructures Engineered Using Surface-initiated Assembly

ECM Protein Nanofiberler ve Nanoyapılar İşlenmiş Kullanılarak Yüzey başlatılan Meclisi

The extracellular matrix (ECM) in tissues is synthesized and assembled by cells to form a 3D fibrillar, protein network with tightly regulated fiber ...

Viability of Bioprinted Cellular Constructs Using a Three Dispenser Cartesian Printer

Üç Verici Kartezyen Yazıcı Kullanımı Bioprinted Hücresel Yapıların Canlılık

Tissue engineering has centralized its focus on the construction of replacements for non-functional or damaged tissue. The utilization of ...

Construction of Modular Hydrogel Sheets for Micropatterned Macro-scaled 3D Cellular Architecture

Micropatterned Makro ölçekli 3D Hücresel Mimarlık Modüler Hidrojel Levhaların İnşaatı

Hydrogels can be patterned at the micro-scale using microfluidic or micropatterning technologies to provide an in vivo-like three-dimensional (3D) tissue ...

Bioprinting Cellularized Constructs Using a Tissue-specific Hydrogel Bioink

Bioprinting cellularized dokuya özel Hidrojel Bioink kullanılarak dahil edilmesi

Bioprinting has emerged as a versatile biofabrication approach for creating tissue engineered organ constructs. These constructs have potential use as ...

Layered Alginate Constructs: A Platform for Co-culture of Heterogeneous Cell Populations

Katmanlı Aljinat Yapıları: Heterojen hücre popülasyonlarının Co-kültür için bir platform

Many load bearing tissues possess structurally and functionally distinct regions, typically accompanied by different cell phenotypes with differential ...

Micropatterning and Assembly of 3D Microvessels

Micropatterning ve 3D mikrodamarlar Meclisi

In vitro platforms to study endothelial cells and vascular biology are largely limited to 2D endothelial cell culture, flow chambers with polymer or glass ...

Automated Robotic Liquid Handling Assembly of Modular DNA Devices

Robot sıvı işleme derleme modüler DNA cihazların otomatik

Recent advances in modular DNA assembly techniques have enabled synthetic biologists to test significantly more of the available &#34;design space&#34; ...

Treatment of Ligament Constructs with Exercise-conditioned Serum: A Translational Tissue Engineering Model

Egzersiz Koşullandırılmış Serum İle Ligament Yapılarının Tedavisi: Bir Translasyonel Doku Mühendisliği Modeli

In vitro experiments are essential to understand biological mechanisms; however, the gap between monolayer tissue culture and human physiology is large, ...

Production of Genetically Engineered Golden Syrian Hamsters by Pronuclear Injection of the CRISPR/Cas9 Complex

Üretim CRISPR/Cas9 kompleks Pronuclear enjeksiyonla genetiği altın Suriye hamster

The pronuclear (PN) injection technique was first established in mice to introduce foreign genetic materials into the pronuclei of one-cell stage embryos. ...

Rapid, Scalable Assembly and Loading of Bioactive Proteins and Immunostimulants into Diverse Synthetic Nanocarriers Via Flash Nanoprecipitation

Ölçeklenebilir, Hızlı montaj ve biyoaktif proteinler ve Immunostimulants yükleme yolu ile birden parlamak Nanoprecipitation çeşitli sentetik Nanocarriers içine

Nanomaterials present a wide range of options to customize the controlled delivery of single and combined molecular payloads for therapeutic and imaging ...