Name: quantitative metabolomics of saccharomyces cerevisiae using liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry
Uploaded: 2021-01-05T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Quantitative Metabolomics of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry at JoVE.com

ونحن ممتنون للأعضاء الحاليين والسابقين في مختبر تيتورينكو على المناقشات. ونعترف بمركز التطبيقات البيولوجية لقياس الطيف الكتلي، ومركز الجينوم الهيكلي والوظيفي، ومركز الفحص المجهري والتصوير الخلوي (وكلها في جامعة كونكورديا) للخدمات المتميزة. وقد دعمت هذه الدراسة بمنح من مجلس بحوث العلوم الطبيعية والهندسة الكندي (RGPIN 2014-04482 وCRDPJ 515900 - 17). حصل ك.M على دعم زمالة أرشامبولت بجامعة كونكورديا وجائزة عميد الآداب والعلوم في جامعة كونكورديا للتميز.

1. صنع وتعقيم وسيلة لزراعة الخميرة
<ol><li>جعل 180 مل من استخراج الخميرة كاملة مع bactopeptone (YP) المتوسطة. المتوسطة كاملة YP يحتوي على 1٪ (ث / الخامس) استخراج الخميرة و 2٪ (ث / الخامس) bactopeptone.</li>
	<li>توزيع 180 مل من المتوسط YP بالتساوي في أربع قوارير Erlenmeyer 250 مل. كل من هذه القوارير يحتوي على 45 مل من المتوسط YP.</li>
...

لاستخدام البروتوكول الموضح هنا بنجاح، اتبع التدابير الوقائية الموضحة أدناه. الكلوروفورم والميثانول استخراج مواد مختلفة من البلاستيك المختبري. لذلك، التعامل معها بحذر. تجنب استخدام البلاستيك في الخطوات التي تنطوي على الاتصال مع أي من هذه المذيبات العضوية اثنين. استخدام ماصة الزجاج borosilic...

الأيضات القابلة للذوبان في الماء هي وسيطة منخفضة الوزن الجزيئي ومنتجات التمثيل الغذائي التي تساهم في العمليات الخلوية الأساسية. وتشمل هذه العمليات المحفوظة تطوريا تحويل المواد الغذائية إلى طاقة قابلة للاستخدام، وتركيب الجزيئات الكبيرة، والنمو الخلوي والإشارات، والسيطرة على دورة الخلية، وتنظيم التعبير الجيني، والاستجابة للإجهاد، وتنظيم ما بعد الترجمة من التمثيل الغذائي، والحفاظ على وظائف الميتوكوندريا، والاتجار الخلوي المركبات، autophagy، الشيخوخة الخلوية، وتنظيم موت الخلية1،2،3.
وقد تم اكتشاف العديد من هذه الأدوار الأساسية من الأيض للذوبان في الماء من قبل الدراسات في الخميرة الناشئة S. cerevisiae1,3,4,7,9,14,15,16,17,18,19,20,21,22. هذا eukaryote أحادي الخلية هو كائن نموذجي مفيد لتشريح الآليات التي من خلالها الأيض القابل للذوبان في الماء تساهم في العمليات الخلوية بسبب قابليتها للالمتقدمة البيوكيميائية والوراثية والجزيئية التحليلات البيولوجية23،24،25،26. على الرغم من أن أساليب LC-MS/MS من الأيض غير المستهدفة قد استخدمت لدراسة أدوار الأيض القابل للذوبان في الماء في الخميرة الناشئة3،18،22،27، يتطلب هذا النوع من التحليل تحسين براعة ، متانة ، حساسية ، والقدرة على التمييز بين مختلف الايزومرات الهيكلية والأشكال المجسمة لهذه الأيضات.
وتتميز السنوات الأخيرة من التقدم الكبير في تطبيق أساليب LC-MS/MS من الأيض غير المستهدفة إلى التنميط من الأيض للذوبان في الماء في الجسم الحي. ومع ذلك، لا تزال العديد من التحديات في استخدام هذه المنهجية2،28،29،30،31،32،33،34،35،36. وتشمل هذه التحديات ما يلي: أولا، تركيزات داخل الخلايا من العديد من الأيضات القابلة للذوبان في الماء هي أقل من عتبة الحساسية للطرق المستخدمة حاليا. ثانيا، كفاءة إرواء النشاط الأيضي منخفضة جدا، ومدى تسرب الخلايا المرتبطة بإرواء الأيض داخل الخلايا مرتفع جدا بالنسبة للطرق الحالية؛ وبالتالي، فإن الأساليب المستخدمة حاليا أقل تقدير تركيزات داخل الخلايا من الأيض للذوبان في الماء. ثالثا، لا يمكن للأساليب القائمة أن تميز بين الأيزومرات الهيكلية (أي الجزيئات ذات الصيغة الكيميائية نفسها ولكن الاتصال الذري المختلف) أو الجسيمات المجسمة (أي الجزيئات ذات الصيغة الكيميائية نفسها والاتصال الذري، ولكن مع الترتيب الذري المختلف في الفضاء) لمييضات محددة؛ وهذا يمنع التعليق التوضيحي الصحيح لبعض الأيضات بالطرق المستخدمة حاليا. رابعا، إن قواعد البيانات الطيفية الكتلية الموجودة على الإنترنت للتوابع الأصلية (MS1) والأيونات الثانوية (MS2) غير مكتملة؛ وهذا يؤثر على تحديد الصحيح والكمية من الأيض محددة باستخدام البيانات الخام LC-MS / MS المنتجة بمساعدة الأساليب الحالية. خامسا، لا يمكن استخدام الطرق القائمة نوع واحد من استخراج المستقلب لاسترداد جميع أو معظم فئات الأيض للذوبان في الماء. سادسا، لا يمكن استخدام الطرق الموجودة نوع واحد من العمود LC لفصل عن بعضها البعض جميع أو معظم فئات الأيض للذوبان في الماء.
هنا، ونحن الأمثل الظروف لإرواء النشاط الأيضي داخل خلايا S. cerevisiae، والحفاظ على معظم الأيض للذوبان في الماء داخل هذه الخلايا قبل الاستخراج، واستخراج معظم فئات الأيض للذوبان في الماء من خلايا الخميرة. طورنا طريقة متعددة الاستخدامات وقوية وحساسة لتحديد وتحديد كمية أكثر من 370 استقلاب قابل للذوبان في الماء مستخرج من خلايا S. cerevisiae. هذه الطريقة من الأيض غير المستهدفة تمكن من تقييم تركيزات داخل الخلايا من جزيئات الناقل الطاقة المختلفة, النيوكليوتيدات, الأحماض الأمينية, السكريات الأحادية, وسيطة من انحلال الجليكوليسيس, ووسيطة دورة tricarboxylic. تسمح طريقة LC-MS/MS المطورة بتحديد وتحديد كمي لمختلف الأيزومرات الهيكلية والأشكال المجسمة من الأيضات القابلة للذوبان في الماء ذات الخصائص الهيكلية والفيزيائية والكيميائية المتنوعة.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td colspan="4">Chemicals</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A9554</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium acetate</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A11450</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium bicarbonate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>9830</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bactopeptone</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP1420-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloroform</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>C297-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glucose</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>D16-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-histidine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>H8125</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-leucine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>L8912</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-lysine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>L5501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A4564</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A4564</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Propidium iodide</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>R37108</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Uracil</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>U0750</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast extract</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP1422-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Hardware equipment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>500 ml centrifuge bottles</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>355664</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agilent 1100 series LC system</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>G1312A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beckman Coulter Centrifuge</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>6254249</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beckman Coulter Centrifuge Rotor</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>JA-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centra CL2 clinical centrifuge</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>004260F</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Digital thermometer</td>
			<td>Omega</td>
			<td>HH509</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Foam Tube Holder Kit with Retainer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>02-215-388</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SeQuant ZIC-pHILIC zwitterionic-phase column (5&#181;m polymer 150 x 2.1 mm)</td>
			<td>Sigma Milipore</td>
			<td>150460</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermo Orbitrap Velos MS</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>ETD-10600</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultrasonic sonicator</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15337416</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>2215365</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZORBAX Bonus-RP, 80&#197;, 2.1 x 150 mm, 5 &#181;m</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>883725-901</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Laboratory materials</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-mL Glass sample vials with Teflon lined caps</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>60180A-SV9-1P</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass beads (acid-washed, 425-600 &#956;m)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G8772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hemacytometer</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>267110</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15-mL High-speed glass centrifuge tubes with Teflon lined caps</td>
			<td>PYREX</td>
			<td>05-550</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Compound Discoverer 3.1</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>V3.1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Yeast strain</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast strain BY4742</td>
			<td>Dharmacon</td>
			<td>YSC1049</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

quantitative metabolomics of saccharomyces cerevisiae using liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry

الأيض هو منهجية تستخدم لتحديد وتحديد كمي من العديد من وسيطات الوزن الجزيئي المنخفض ومنتجات التمثيل الغذائي داخل الخلية أو الأنسجة أو الأعضاء أو السوائل البيولوجية أو الكائن الحي. يركز الميتابوميك تقليديا على الأيض القابل للذوبان في الماء. المستقلب القابل للذوبان في الماء هو المنتج النهائي لشبكة خلوية معقدة تدمج مختلف العوامل الجينومية، الجينومية، النسخية، البروتيومية، والبيئية. وبالتالي، فإن التحليل الأيضي يقيم مباشرة نتيجة العمل لجميع هذه العوامل في عدد كبير من العمليات البيولوجية داخل الكائنات الحية المختلفة. واحدة من هذه الكائنات الحية هي الخميرة الناشئة Saccharomyces cerevisiae، وهو eukaryote أحادي الخلية مع الجينوم تسلسل كامل. لأن S. cerevisiae قابلة للتحليلات الجزيئية الشاملة ، يتم استخدامه كنموذج لتشريح الآليات الكامنة وراء العديد من العمليات البيولوجية داخل الخلية eukaryotic. ومن شأن اتباع طريقة تحليلية متعددة الاستخدامات للتقييم الكمي القوي والحساس والدقيق للميبولوم القابل للذوبان في الماء أن يوفر المنهجية الأساسية لتشريح هذه الآليات. هنا نقدم بروتوكولا للظروف الأمثل من النشاط الأيضي في إرواء واستخراج المستقلب للذوبان في الماء من خلايا S. cerevisiae. ويصف البروتوكول أيضا استخدام الكروماتوغرافيا السائلة إلى جانب قياس الطيف الكتلي جنبا إلى جنب (LC-MS/MS) للتحليل الكمي للميثابات المستخلصة القابلة للذوبان في الماء. طريقة LC-MS/MS من الأيض غير المستهدفة الموصوفة هنا متعددة الاستخدامات وقوية. وهو يتيح تحديد وتحديد كمي لأكثر من 370 المستقلبات القابلة للذوبان في الماء مع خصائص هيكلية ومادية وكيميائية متنوعة، بما في ذلك إيزومرات هيكلية مختلفة وأشكال ستيريويسوميريك من هذه الأيضات. وتشمل هذه الأيض جزيئات مختلفة الناقل الطاقة, النيوكليوتيدات, الأحماض الأمينية, السكريات الأحادية, وسيطة من انحلال الجليكوليسيس, ووسيطة دورة tricarboxylic. طريقة LC-MS/MS من الأيض غير المستهدفة حساسة وتسمح بتحديد وكمية بعض الأيضات القابلة للذوبان في الماء بتركيزات منخفضة يصل إلى 0.05 pmol/μL. وقد استخدمت هذه الطريقة بنجاح لتقييم الأيض للذوبان في الماء من خلايا الخميرة البرية من نوع ومتحولة المستزرعة في ظل ظروف مختلفة.

لتحسين التقييم الكمي للنواتج الأيضية القابلة للذوبان في الماء داخل خلية الخميرة، قمنا بتحسين ظروف إخماد الخلايا للكشف عن المستقلب. خلية إرواء لهذا الغرض ينطوي على اعتقال سريع لجميع ردود الفعل الأنزيمية داخلالخلية 31،33،37</s...

Watch this Scientific Journal Video about Quantitative Metabolomics of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry at JoVE.com

Quantitative Metabolomics of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

نقدم بروتوكول لتحديد وكمية الفئات الرئيسية من الأيض للذوبان في الماء في الخميرة Saccharomyces cerevisiae. الطريقة الموصوفة متعددة الاستخدامات وقوية وحساسة. فإنه يسمح فصل ايزومرات الهيكلية وأشكال ستيريويسوميريك من الأيض للذوبان في الماء من بعضها البعض.

الأيض الكمي من Saccharomyces Cerevisiae باستخدام الكروماتوغرافيا السائلة إلى جانب قياس الطيف الكتلي الترادفي

Metabolomics is a methodology used for the identification and quantification of many low-molecular-weight intermediates and products of metabolism within ...

هذا البروتوكول له العديد من المزايا على الأيض الخميرة المستخدمة حاليا لأنه يحتوي على خصوصية عالية، وحساسية عالية، وأيضا يمكن أن لمحة عن العديد من فئات مختلفة من الأيض، بما في ذلك ايزوميريك، إيزوباك، hydrophilic، والجزيئات الكارهة للماء. طريقة إخماد المستخدمة في هذا البروتوكول توقف جميع ردود الفعل الأنزيمية في حين يقلل بشكل كبير من تسرب الأيض من الخلايا. مكتبة MS1 المضمنة في هذا البروتوكول من تشغيل MS2 مختلفة.بعد ثقافة بين عشية وضحاها في 30 درجة مئوية و 200 ثورة في الدقيقة الواحدة، وتحديد عدد خلايا الخميرة لكل ملليلتر من الثقافة وإضافة خمسة ملليلتر من محلول الأسهم المعقمة 20٪ من الجلوكوز إلى كل من اثنين من قوارير Erlenmeyer التي تحتوي على 45 ملليلتر من المتوسط YP المعقمة لكل قارورة. استخدام ماصة نقل معقمة لإضافة خمس مرات 10 إلى خلايا الخميرة السابعة إلى كل قارورة وتنمو خلايا الخميرة لمدة 24 ساعة إضافية على الأقل في 30 درجة مئوية في 200 ثورة في الدقيقة الواحدة. لاستخراج المستقلب، بعد الثقافة، وجمع خلايا الخميرة عن طريق الطرد المركزي وإزالة بسرعة supernatant.ضع الأنبوب على الجليد الجاف وأضف ملليلترين من ناقص 20 درجة مئوية من الكلوروفورم، ومليلتر واحد من ناقص 20 درجة مئوية من الميثانول، ومليلتر واحد من الماء النقي نانو الباردة الجليد، و 200 ميكرولتر من 425 إلى 600 حبة زجاجية مغسولة حمض ميكرون إلى الخلايا. عندما تمت إضافة الخرز، ضع الأنبوب المغطى بورق الألومنيوم في مجموعة حامل أنبوب رغوي مع تجنيب ودوامة العينة لمدة 30 دقيقة بسرعة متوسطة عند أربع درجات مئوية لتسهيل استخراج المستقلب. بعد ذلك، احتضان الأنبوب لمدة 15 دقيقة على الجليد قبل الطرد المركزي العينة للسماح بفصل المرحلة المائية العليا من الحطام الأوسط والبروتين والمراحل العضوية السفلية.استخدام micropipette لنقل ما يقرب من 400 ميكرولتر من المرحلة المائية العليا إلى أنبوب غسلها ووصفت 1.5 ملليلتر تحتوي على 800 ميكرولتر من ناقص 20 درجة مئوية acetonitrile. ثم طرد العينة ونقل 800 ميكرولتر من الجزء العلوي من supernatant إلى قارورة الطيف الكتل المسمى لتخزين درجة الصفر حتى تحليل الطيف الكتلي الترادفي الكروماتوغرافيا السائلة. لفصل الأيض المستخرج، ultrasonicate قارورة العينة لمدة 15 دقيقة، تليها ثلاث دوامات 10 ثانية في درجة حرارة الغرفة.بعد الدوامة، ضع القارورة في صفيحة البئر الخاصة بالكروماتوجرافي السائل وحدد العمود إلى 45 درجة مئوية بمعدل تدفق 0.25 ملليلتر في الدقيقة ولوحة البئر إلى درجة صفر مئوية. ثم استخدم الجدول لتعيين تدرجات اللونيات السائلة للتحليل. بعد الانفصال، استخدم 10 ميكرولتر حجم عينة من الحقن في كل من الأوضاع المؤينة للرذاذ الكهربائي الإيجابية والسلبية في مطياف الكتلة مجهزة تأين الرذاذ الكهربائي ساخنة لتحديد وتحديد الأيض للذوبان في الماء.في نهاية التحليل، افتح البيانات الأولية في برنامج تحليل مركب مناسب واستخدم مكتبة تجزئة الطيفية الشاملة لمطابقة أطياف الكتلة لشرح الأيضات المحددة في التحليل. ويمكن أيضا تحديد الكتل الدقيقة لأنماط MS1 والنظائر للسماح بالتعليقات التوضيحية للم المستقلبات باستخدام قواعد البيانات عبر الإنترنت. ثم استخدم مكتبة قواعد البيانات والأطياف للبحث عن أطياف MS2 للبيانات الخام.في اليوم التالي، بعد إخماد خلايا الخميرة، يغسل الخلايا بدقة مع 15 ملليلتر من العازلة ABC وجمع الخلايا عن طريق الطرد المركزي. Resuspend بيليه في ملليلتر واحد من العازلة ABC الطازجة وإضافة 500 ميكرولتر من محلول يوديد بروبيديوم إلى الخلايا. دوامة العينة ثلاث مرات لمدة 10 ثوان لكل دوامة واحتضان الخلايا لمدة 10 دقائق على الجليد المحمية من الضوء.في نهاية الحضانة، وجمع الخلايا عن طريق الطرد المركزي وغسل الخلايا ثلاث مرات مع ملليلتر واحد من العازلة ABC الطازجة لكل غسل. بعد الغسيل الأخير ، أعيد إنفاق بيليه في 300 ميكرولتر من العازلة ABC الطازجة وإضافة 10 ميكرولترات من تعليق الخلية الناتج إلى شريحة المجهر. استخدم مجهر مضان لالتقاط تباين التداخل التفاضلي وصور المجهر الفلوري للخلايا مع المرشحات التي تم تعيينها إلى طول موجي مثير قدره 593 نانومتر وطول موجي للانبعاثات قدره 636 نانومتر.ثم استخدم برنامج تحليل الصور المناسب لحساب إجمالي عدد خلايا الخلايا في صور brightfield و fluorescence ، وتحديد كثافة الفلورسينس من تلطيخ للخلايا الفردية. تسبب طريقة إخماد الخلايا المعدلة ضررا أقل بكثير لغشاء البلازما وجدار الخلية من الميثانول غير المخزن بنسبة 80٪ عند طريقة إخماد 40 درجة مئوية ناقص. في الواقع ، تقريبا جميع الخلايا التي تعرضت لإرواء باستخدام الطريقة المعدلة تظهر انبعاثات مضان حمراء ، وهي سمة من سمات خلايا الخميرة التي لا يتلف فيها غشاء البلازما وجدار الخلية.وعلى النقيض من ذلك، فإن جميع الخلايا تقريبا التي تعرضت للإرواء باستخدام الميثانول غير المخزن بنسبة 80٪ عند طريقة 40 درجة مئوية أظهرت انبعاثا مضان أخضر ، وهو سمة من سمات خلايا الخميرة التي يتضرر فيها غشاء البلازما وجدار الخلية بشكل كبير. طريقة إخماد الخلايا المعدلة يسبب أيضا تسرب أقل بكثير من الأيض للذوبان في الماء من خلايا الخميرة من غير المخزنة مؤقتا 80٪ الميثانول في ناقص 40 درجة مئوية طريقة إخماد. قيم التحول وقت الاحتفاظ من معايير المستقلب القابلة للذوبان في الماء هي أقل بكثير والأشكال الذروة هي أكثر حدة إلى حد كبير لعمود المرحلة zwitterionic بالمقارنة مع عمود المرحلة العكسية.ميزة أخرى لطريقة قياس الطيف الكتلي الترادفي الكروماتوغرافي السائل هي القدرة على استخدام عمود المرحلة zwitterionic لفصل الأيضات المختلفة القابلة للذوبان في الماء بكفاءة مع خصائص هيكلية ومادية وكيميائية متنوعة. تأكد من القيام يوديد البروبيديوم يقف في الظلام وتأكد أيضا من جمع المرحلة العليا في حين لا يزعج المرحلة الوسطى. إذا كان لا يمكن أن يكون أي MSP المشروح بسبب عدم وجود مكتبة الطيفية MS2، ثم استخدام NMR لتوضيح هذه البنية.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Quantitative Metabolomics of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

حل تقارب تنقية البروتين المجمعات التي كتبها Blue الأصلية PAGE والبروتين الارتباط التنميط

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

A Tandem Liquid Chromatography&#8211;Mass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus

A Tandem Liquid ChromatographyÃƒÆ’Ã‚Â¢ÃƒÂ¢Ã¢â‚¬Å¡Ã‚Â¬ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã…â€œMass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus

النهج القائم على الطيف، جنبا إلى جنب السائل اللوني الكتلة لتحليل المستقلب من<em&gt; المكورات العنقودية الذهبية</em

In an effort to thwart bacterial pathogens, hosts often limit the availability of nutrients at the site of infection. This limitation can alter the ...

Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis

الدهون عزل القطرة عن التحليل الكمي الطيف الكتلي

Lipid droplets are vital to the replication of a variety of different pathogens, most prominently the Hepatitis C Virus (HCV), as the putative site of ...

Deep Proteome Profiling by Isobaric Labeling, Extensive Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, and Software-assisted Quantification

التنميط البروتين العميق بوسم إيسوباريك وواسعة النطاق اللوني السائل والطيف الكتلي وساعدت برامج القياس الكمي

Many exceptional advances have been made in mass spectrometry (MS)-based proteomics, with particular technical progress in liquid chromatography (LC) ...

Identification of Inositol Phosphate or Phosphoinositide Interacting Proteins by Affinity Chromatography Coupled to Western Blot or Mass Spectrometry

تحديد فوسفات الإينوزيتول أو فوسفوينوسيتيد التفاعل البروتينات عن طريق الكروماتوغرافيا التقارب إلى جانب اللطخة الغربية أو قياس الطيف الكتلي

Inositol phosphates and phosphoinositides regulate several cellular processes in eukaryotes, including gene expression, vesicle trafficking, signal ...

Absolute Quantification of Cell-Free Protein Synthesis Metabolism by Reversed-Phase Liquid Chromatography-Mass Spectrometry

التحديد الكمي المطلق لاستقلاب تخليق البروتين الخالي من الخلايا بواسطة الفصل اللوني السائل للمرحلة المعكوسة

Cell-free protein synthesis (CFPS) is an emerging technology in systems and synthetic biology for the in vitro production of proteins. However, if CFPS is ...

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

التحليل الكمي للدهون الخلوية من Saccharomyces Cerevisiae باستخدام الكروماتوغرافيا السائلة إلى جانب قياس الطيف الكتلي جنبا إلى جنب

Lipids are structurally diverse amphipathic molecules that are insoluble in water. Lipids are essential contributors to the organization and function of ...

Untargeted Liquid Chromatography-Mass Spectrometry-Based Metabolomics Analysis of Wheat Grain

تحليل الموجات الاختزالية السائلة غير المستهدفة - قياس الطيف الشامل - Metabolomics من حبوب القمح

Understanding the interactions between genes, the environment and management in agricultural practice could allow more accurate prediction and management ...

Semi-Quantitative Analysis of Peptidoglycan by Liquid Chromatography Mass Spectrometry and Bioinformatics

التحليل شبه الكمي للببتيدوغليكان بواسطة الكروماتوغرافيا السائلة قياس الطيف الكتلي والمعلوماتية الحيوية

Peptidoglycan is an important component of bacterial cell walls and a common cellular target for antimicrobials. Although aspects of peptidoglycan ...

Labelling and Visualization of Mitochondrial Genome Expression Products in Baker's Yeast Saccharomyces cerevisiae

Labelling and Visualization of Mitochondrial Genome Expression Products in Baker's Yeast Saccharomyces cerevisiae

وضع العلامات والتصور لمنتجات التعبير الجينوم الميتوكوندريا في خميرة بيكر Saccharomyces cerevisiae

Mitochondria are essential organelles of eukaryotic cells capable of aerobic respiration. They contain circular genome and gene expression apparatus. A ...