Name: quantitative metabolomics of saccharomyces cerevisiae using liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry
Uploaded: 2021-01-05T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Quantitative Metabolomics of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry at JoVE.com

We zijn huidige en voormalige leden van het Titorenko-laboratorium dankbaar voor de discussies. We erkennen het Centrum voor Biologische Toepassingen van Massaspectrometrie, het Centrum voor Structurele en Functionele Genomica en het Centrum voor Microscopie en Cellulaire Beeldvorming (allemaal aan de Concordia University) voor uitstekende diensten. Deze studie werd ondersteund door subsidies van de Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC) van Canada (RGPIN 2014-04482 en CRDPJ 515900 - 17). K.M. werd ondersteund door de Concordia University Armand C. Archambault Fellowship en de Concordia University Dean of Arts and Sciences Award of Excellence.

1. Het maken en steriliseren van een medium voor het kweken van gist
<ol><li>Maak 180 ml van een compleet gistextract met bactopepton (YP) medium. Het volledige YP medium bevat 1% (w/v) gistextract en 2% (w/v) bactopepton.</li>
	<li>Verdeel 180 ml van het YP-medium gelijkmatig over vier Erlenmeyers van 250 ml. Elk van deze kolven bevat 45 ml van het YP-medium.</li>
	<li>Steriliseer de kolven met YP-medium door autoclaveren bij 15 psi/121 °C gedurende 45 minuten.</li>
</ol>2. Wild-type giststam</p...

Om het hier beschreven protocol met succes te gebruiken, volgt u de hieronder beschreven preventieve maatregelen. Chloroform en methanol extraheren verschillende stoffen uit laboratoriumplastic. Ga er daarom voorzichtig mee om. Vermijd het gebruik van kunststoffen in stappen waarbij contact wordt gemaakt met een van deze twee organische oplosmiddelen. Gebruik borosilicaat glazen pipetten voor deze stappen. Verrijs deze pipetten voor gebruik met chloroform en methanol. Gebruik alleen micropipette tips en buizen gemaakt va...

In water oplosbare metabolieten zijn tussenproducten met een laag molecuulgewicht en producten van het metabolisme die bijdragen aan essentiële cellulaire processen. Deze evolutionair geconserveerde processen omvatten de omzetting van voedingsstoffen in bruikbare energie, synthese van macromoleculen, cellulaire groei en signalering, celcycluscontrole, regulatie van genexpressie, stressrespons, posttranslataal regulatie van het metabolisme, onderhoud van mitochondriale functionaliteit, vesiculaire cellulaire handel, autofagie, cellulaire veroudering en gereguleerde celdood1,2,3.
Veel van deze essentiële rollen van in water oplosbare metabolieten zijn ontdekt door studies in de ontluikende gist S. cerevisiae1,3,4,7,9,14,15,16,17,18,19,20,21,22. Deze eencellige eukaryoot is een nuttig modelorganisme voor het ontleden van mechanismen waardoor in water oplosbare metabolieten bijdragen aan cellulaire processen vanwege zijn vatbaarheid voor geavanceerde biochemische, genetische en moleculair biologische analyses23,24,25,26. Hoewel de LC-MS /MS-methoden van niet-gerichte metabolomica zijn gebruikt voor het bestuderen van de rol van in water oplosbare metabolieten in ontluikende gist3,18,22,27, vereist dit type analyse de verbetering van zijn veelzijdigheid, robuustheid, gevoeligheid en vermogen om onderscheid te maken tussen verschillende structurele isomeren en stereo-somerische vormen van deze metabolieten.
De afgelopen jaren worden gekenmerkt door aanzienlijke vooruitgang bij het toepassen van de LC-MS/MS-methoden van niet-gerichte metabolomica op de profilering van in water oplosbare metabolieten in vivo. Veel uitdagingen bij het gebruik van deze methodologie blijven echter2,28,29,30,31,32,33,34,35,36. Deze uitdagingen omvatten de volgende. Ten eerste liggen de intracellulaire concentraties van veel in water oplosbare metabolieten onder een gevoeligheidsdrempel voor de momenteel gebruikte methoden. Ten tweede is de efficiëntie van het blussen van metabole activiteit te laag en is de mate van blussen-geassocieerde cellekkage van intracellulaire metabolieten te hoog voor de huidige methoden; vandaar dat de momenteel gebruikte methoden de intracellulaire concentraties van in water oplosbare metabolieten onderschatten. Ten derde kunnen de bestaande methoden geen onderscheid maken tussen de structurele isomeren (d.w.z. moleculen met dezelfde chemische formule maar verschillende atomaire connectiviteit) of stereo-isomeren (d.w.z. moleculen met dezelfde chemische formule en atomaire connectiviteit, maar met de verschillende atomaire opstelling in de ruimte) van specifieke metabolieten; dit voorkomt de juiste annotatie van bepaalde metabolieten door de momenteel gebruikte methoden. Ten vierde zijn de bestaande massaspectrale online databases van ouderionen (MS1) en secundaire ionen (MS2) onvolledig; dit beïnvloedt de juiste identificatie en kwantificering van specifieke metabolieten met behulp van de ruwe LC-MS/MS-gegevens die met behulp van de huidige methoden zijn geproduceerd. Ten vijfde kunnen de bestaande methoden geen enkel type metabolietextractie gebruiken om alle of de meeste klassen van in water oplosbare metabolieten te herstellen. Ten zesde kunnen de bestaande methoden geen enkel type van de LC-kolom gebruiken om alle of de meeste klassen van in water oplosbare metabolieten van elkaar te scheiden.
Hier hebben we de omstandigheden geoptimaliseerd voor het blussen van metabole activiteit in S. cerevisiae-cellen, het handhaven van de meeste in water oplosbare metabolieten in deze cellen vóór extractie en het extraheren van de meeste klassen van in water oplosbare metabolieten uit gistcellen. We ontwikkelden een veelzijdige, robuuste en gevoelige methode voor de op LC-MS/MS gebaseerde identificatie en kwantificering van meer dan 370 in water oplosbare metabolieten geëxtraheerd uit S. cerevisiae-cellen. Deze methode van niet-gerichte metabolomica maakt het mogelijk om de intracellulaire concentraties van verschillende energiedragermoleculen, nucleotiden, aminozuren, monosacchariden, glycolysetussenproducten en tricarbonylcyclustussenproducten te beoordelen. De ontwikkelde LC-MS/MS-methode maakt de identificatie en kwantificering mogelijk van verschillende structurele isomeren en stereo-somerische vormen van in water oplosbare metabolieten met diverse structurele, fysische en chemische eigenschappen.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td colspan="4">Chemicals</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A9554</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium acetate</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A11450</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium bicarbonate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>9830</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bactopeptone</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP1420-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloroform</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>C297-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glucose</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>D16-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-histidine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>H8125</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-leucine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>L8912</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-lysine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>L5501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A4564</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A4564</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Propidium iodide</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>R37108</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Uracil</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>U0750</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast extract</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP1422-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Hardware equipment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>500 ml centrifuge bottles</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>355664</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agilent 1100 series LC system</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>G1312A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beckman Coulter Centrifuge</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>6254249</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beckman Coulter Centrifuge Rotor</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>JA-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centra CL2 clinical centrifuge</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>004260F</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Digital thermometer</td>
			<td>Omega</td>
			<td>HH509</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Foam Tube Holder Kit with Retainer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>02-215-388</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SeQuant ZIC-pHILIC zwitterionic-phase column (5&#181;m polymer 150 x 2.1 mm)</td>
			<td>Sigma Milipore</td>
			<td>150460</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermo Orbitrap Velos MS</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>ETD-10600</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultrasonic sonicator</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15337416</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>2215365</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZORBAX Bonus-RP, 80&#197;, 2.1 x 150 mm, 5 &#181;m</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>883725-901</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Laboratory materials</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-mL Glass sample vials with Teflon lined caps</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>60180A-SV9-1P</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass beads (acid-washed, 425-600 &#956;m)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G8772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hemacytometer</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>267110</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15-mL High-speed glass centrifuge tubes with Teflon lined caps</td>
			<td>PYREX</td>
			<td>05-550</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Compound Discoverer 3.1</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>V3.1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Yeast strain</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast strain BY4742</td>
			<td>Dharmacon</td>
			<td>YSC1049</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

quantitative metabolomics of saccharomyces cerevisiae using liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry

Metabolomics is een methodologie die wordt gebruikt voor de identificatie en kwantificering van vele tussenproducten met een laag molecuulgewicht en producten van het metabolisme in een cel, weefsel, orgaan, biologische vloeistof of organisme. Metabolomics richt zich traditioneel op in water oplosbare metabolieten. Het in water oplosbare metaboloom is het eindproduct van een complex cellulair netwerk dat verschillende genomische, epigenomische, transcriptomische, proteomische en omgevingsfactoren integreert. Vandaar dat de metabolomische analyse direct de uitkomst van de actie voor al deze factoren beoordeelt in een overvloed aan biologische processen binnen verschillende organismen. Een van deze organismen is de ontluikende gist Saccharomyces cerevisiae, een eencellige eukaryoot met het volledig gesequencede genoom. Omdat S. cerevisiae vatbaar is voor uitgebreide moleculaire analyses, wordt het gebruikt als een model voor het ontleden van mechanismen die ten grondslag liggen aan veel biologische processen in de eukaryote cel. Een veelzijdige analysemethode voor de robuuste, gevoelige en nauwkeurige kwantitatieve beoordeling van het in water oplosbare metaboloom zou de essentiële methodologie bieden voor het ontleden van deze mechanismen. Hier presenteren we een protocol voor de geoptimaliseerde omstandigheden van metabole activiteit doven in en in water oplosbare metabolietextractie uit S. cerevisiae-cellen. Het protocol beschrijft ook het gebruik van vloeistofchromatografie in combinatie met tandemmassaspectrometrie (LC-MS/MS) voor de kwantitatieve analyse van de geëxtraheerde in water oplosbare metabolieten. De hier beschreven LC-MS/MS-methode van niet-gerichte metabolomica is veelzijdig en robuust. Het maakt de identificatie en kwantificering mogelijk van meer dan 370 in water oplosbare metabolieten met diverse structurele, fysische en chemische eigenschappen, waaronder verschillende structurele isomeren en stereo-somerische vormen van deze metabolieten. Deze metabolieten omvatten verschillende energiedragermoleculen, nucleotiden, aminozuren, monosacchariden, tussenproducten van glycolyse en tricarbonische cyclustussenproducten. De LC-MS/MS-methode van niet-gerichte metabolomica is gevoelig en maakt de identificatie en kwantificering van sommige in water oplosbare metabolieten mogelijk bij concentraties zo laag als 0,05 pmol/μL. De methode is met succes gebruikt voor het beoordelen van in water oplosbare metabolomen van wild-type en mutante gistcellen gekweekt onder verschillende omstandigheden.

Om een kwantitatieve beoordeling van in water oplosbare metabolieten in een gistcel te verbeteren, hebben we de omstandigheden van celuitroeiing geoptimaliseerd voor metabolietdetectie. Cel doven voor dit doel omvat een snelle arrestatie van alle enzymatische reacties binnen een cel31,33,37,38. Een dergelijke stopzetting van cellulaire metabole activiteit is een...

Watch this Scientific Journal Video about Quantitative Metabolomics of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry at JoVE.com

Quantitative Metabolomics of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

We presenteren een protocol voor de identificatie en kwantificering van belangrijke klassen van in water oplosbare metabolieten in de gist Saccharomyces cerevisiae. De beschreven methode is veelzijdig, robuust en gevoelig. Het maakt de scheiding van structurele isomeren en stereo-somerische vormen van in water oplosbare metabolieten van elkaar mogelijk.

Kwantitatieve metabolomica van Saccharomyces Cerevisiae met behulp van vloeistofchromatografie in combinatie met tandemmassaspectrometrie

Metabolomics is a methodology used for the identification and quantification of many low-molecular-weight intermediates and products of metabolism within ...

Dit protocol heeft veel voordelen ten opzichte van de momenteel gebruikte gist metabolomics omdat het een hoge specificiteit, hoge gevoeligheid heeft en ook veel verschillende klassen van metabolieten kan profileren, waaronder isomeer, isobare, hydrofiele en hydrofobe moleculen. De blusmethode die in dit protocol wordt gebruikt, stopt alle enzymatische reacties en vermindert de lekkage van metabolieten uit de cellen aanzienlijk. De MS1-bibliotheek die in dit protocol is ingebouwd, is afkomstig van de verschillende MS2-uitvoeringen.Bepaal na een nachtkweek bij 30 graden Celsius en 200 omwentelingen per minuut het aantal gistcellen per milliliter cultuur en voeg vijf milliliter gesteriliseerde 20% bouillonoplossing glucose toe aan elk van de twee Erlenmeyers met 45 milliliter geautoclaveerd YP-medium per kolf. Gebruik een steriele transferpipet om vijf keer 10 aan de zevende gistcellen aan elke kolf toe te voegen en laat de gistcellen gedurende ten minste 24 extra uren groeien bij 30 graden Celsius bij 200 omwentelingen per minuut. Voor metabolietextractie, na kweek, verzamelt u de gistcellen door centrifugering en verwijdert u snel het supernatant.Plaats de buis op droogijs en voeg twee milliliter minus 20 graden Celsius chloroform, een milliliter minus 20 graden Celsius methanol, een milliliter ijskoud nanozuiver water en 200 microliter van 425 tot 600 micron zuur gewassen glasparels toe aan de cellen. Wanneer de kralen zijn toegevoegd, plaatst u de buis bedekt met aluminiumfolie in een schuimbuishouderset met een houder en vortex het monster gedurende 30 minuten op gemiddelde snelheid bij vier graden Celsius om de extractie van metabolieten te vergemakkelijken. Incubeer vervolgens de buis gedurende 15 minuten op ijs voordat u het monster centrifugeert om scheiding van de bovenste waterige fase van het middelste puin en eiwit en lagere organische fasen mogelijk te maken.Gebruik een micropipette om ongeveer 400 microliter van de bovenste waterige fase over te brengen naar een gewassen en gelabelde buis van 1,5 milliliter met 800 microliter van minus 20 graden Celsius acetonitril. Centrifugeer vervolgens het monster en breng 800 microliter van het bovenste deel van het supernatant over naar een gelabelde massaspectrometrieflacon voor nulgradenopslag tot vloeistofchromatografie tandem massaspectrometrie analyse. Om de geëxtraheerde metabolieten te scheiden, ultrasoon de monsterflacon gedurende 15 minuten, gevolgd door drie vortexen van 10 seconden bij kamertemperatuur.Plaats na het vortexen de injectieflacon in de putplaat van de vloeistofchromatograaf en stel de kolom in op 45 graden Celsius met een stroomsnelheid van 0,25 milliliter per minuut en de putplaat op nul graden Celsius. Gebruik vervolgens de tabel om de vloeistofchromatografiegradiënten voor de analyse in te stellen. Gebruik na scheiding 10 microliter monstervolumes van de injectie in zowel de elektrospray ionisatie positieve als negatieve modi in een massaspectrometer uitgerust met verwarmde elektrospray ionisatie om de in water oplosbare metabolieten te identificeren en te kwantificeren.Open aan het einde van de analyse de ruwe gegevens in een geschikt softwareprogramma voor samengestelde analyse en gebruik de massaspectrale fragmentatiebibliotheek om de massaspectra te matchen om de metabolieten die in de analyse zijn geïdentificeerd te annoteren. De exacte massa's van de MS1- en isotooppatronen kunnen ook worden geïdentificeerd om annotatie van de metabolieten mogelijk te maken met behulp van online databases. Gebruik vervolgens de bibliotheek van databases en spectra om te zoeken naar de MS2-spectra van de ruwe gegevens.De volgende dag, na het doven van de gistcellen, wast u de cellen grondig met 15 milliliter ABC-buffer en verzamelt u de cellen door centrifugering. Resuspend de pellet in een milliliter verse ABC-buffer en voeg 500 microliter van de propidiumjodide-oplossing toe aan de cellen. Vortex het monster drie keer gedurende 10 seconden per vortex en incubeer de cellen gedurende 10 minuten op ijs beschermd tegen licht.Verzamel aan het einde van de incubatie de cellen door centrifugatie en was de cellen drie keer met één milliliter verse ABC-buffer per wasbeurt. Na de laatste wasbeurt, resuspend de pellet in 300 microliter verse ABC-buffer en voeg 10 microliter van de resulterende celsuspensie toe aan een microscoopglaasje. Gebruik een fluorescentiemicroscoop om differentiële interferentiecontrast- en fluorescentiemicroscopiebeelden van de cellen vast te leggen met de filters ingesteld op een excitatiegolflengte van 593 nanometer en een emissiegolflengte van 636 nanometer.Gebruik vervolgens een geschikt beeldanalyseprogramma om het totale celaantal cellen in de brightfield- en fluorescentiebeelden te tellen en om de fluorescentie-intensiteit van kleuring voor individuele cellen te bepalen. De gemodificeerde celblusmethode veroorzaakt aanzienlijk minder schade aan het plasmamembraan en de celwand dan de niet-gebufferde 80% methanol bij min 40 graden Celsius blusmethode. Inderdaad, bijna alle cellen die worden geblust met behulp van de gemodificeerde methode vertonen rode fluorescentie-emissie, wat kenmerkend is voor gistcellen waarin het plasmamembraan en de celwand niet zijn beschadigd.Daarentegen vertoonden bijna alle cellen die werden geblust met behulp van de niet-gebufferde 80% methanol bij 40 graden Celsius-methode groene fluorescentie-emissie, wat kenmerkend is voor gistcellen waarin het plasmamembraan en de celwand aanzienlijk zijn beschadigd. De gemodificeerde celblusmethode veroorzaakt ook een significant lagere lekkage van in water oplosbare metabolieten uit gistcellen dan de niet-gebufferde 80% methanol bij min 40 graden Celsius blusmethode. De retentietijdverschuivingswaarden van in water oplosbare metabolietnormen zijn aanzienlijk lager en de piekvormen zijn aanzienlijk scherper voor de zwitterionische fasekolom in vergelijking met de omgekeerde fasekolom.Een ander voordeel van de vloeistofchromatografie tandem massaspectrometrie methode is de mogelijkheid om de zwitterionische fase kolom te gebruiken om efficiënt verschillende in water oplosbare metabolieten met diverse structurele, fysische en chemische eigenschappen te scheiden. Zorg ervoor dat je het propidiumjodide in het donker doet en zorg er ook voor dat je de bovenste fase verzamelt terwijl je de middelste fase niet verstoort. Als een MSP niet kan worden geannoteerd vanwege het ontbreken van de MS2-spectrale bibliotheek, gebruik dan een NMR om deze structuur te illustreren.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Quantitative Metabolomics of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

Het oplossen van Affiniteit gezuiverde eiwit complexen door Blue inheemse PAGE en Protein Correlatie Profiling

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

A Tandem Liquid Chromatography&#8211;Mass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus

A Tandem Liquid ChromatographyÃƒÆ’Ã‚Â¢ÃƒÂ¢Ã¢â‚¬Å¡Ã‚Â¬ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã…â€œMass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus

Een vloeistofchromatografie tandem-massaspectrometrie gebaseerde benadering voor metabolietanalyse van<em&gt; Staphylococcus aureus</em

In an effort to thwart bacterial pathogens, hosts often limit the availability of nutrients at the site of infection. This limitation can alter the ...

Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis

Lipide Druppeltje Isolatie kwantitatieve massaspectrometrie Analyse

Lipid droplets are vital to the replication of a variety of different pathogens, most prominently the Hepatitis C Virus (HCV), as the putative site of ...

Deep Proteome Profiling by Isobaric Labeling, Extensive Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, and Software-assisted Quantification

Diepe Proteoom profilering door isobaar Labeling, uitgebreide vloeistofchromatografie, massaspectrometrie en Software-bijgewoonde kwantificering

Many exceptional advances have been made in mass spectrometry (MS)-based proteomics, with particular technical progress in liquid chromatography (LC) ...

Identification of Inositol Phosphate or Phosphoinositide Interacting Proteins by Affinity Chromatography Coupled to Western Blot or Mass Spectrometry

Identificatie van inositol fosfaat of Fosfoinositide interactie eiwitten door Affiniteits chromatografie gekoppeld aan Western Blot of massaspectrometrie

Inositol phosphates and phosphoinositides regulate several cellular processes in eukaryotes, including gene expression, vesicle trafficking, signal ...

Absolute Quantification of Cell-Free Protein Synthesis Metabolism by Reversed-Phase Liquid Chromatography-Mass Spectrometry

Absolute kwantificering van de Celvrije eiwitsynthese metabolisme door omgekeerde fase vloeistofchromatografie-massaspectrometrie

Cell-free protein synthesis (CFPS) is an emerging technology in systems and synthetic biology for the in vitro production of proteins. However, if CFPS is ...

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Kwantitatieve analyse van de cellulaire lipidoom van Saccharomyces Cerevisiae met behulp van vloeibare chromatografie in combinatie met tandem massaspectrometrie

Lipids are structurally diverse amphipathic molecules that are insoluble in water. Lipids are essential contributors to the organization and function of ...

Untargeted Liquid Chromatography-Mass Spectrometry-Based Metabolomics Analysis of Wheat Grain

Ongerichte vloeibare chromatografie-massaspectrometrie-gebaseerde metabolomics analyse van tarwekorrel

Understanding the interactions between genes, the environment and management in agricultural practice could allow more accurate prediction and management ...

Semi-Quantitative Analysis of Peptidoglycan by Liquid Chromatography Mass Spectrometry and Bioinformatics

Semi-kwantitatieve analyse van peptidoglycaan door vloeistofchromatografie, massaspectrometrie en bio-informatica

Peptidoglycan is an important component of bacterial cell walls and a common cellular target for antimicrobials. Although aspects of peptidoglycan ...

Labelling and Visualization of Mitochondrial Genome Expression Products in Baker's Yeast Saccharomyces cerevisiae

Labelling and Visualization of Mitochondrial Genome Expression Products in Baker's Yeast Saccharomyces cerevisiae

Etikettering en visualisatie van Mitochondriale genoomexpressieproducten in Baker&apos;s Yeast Saccharomyces cerevisiae

Mitochondria are essential organelles of eukaryotic cells capable of aerobic respiration. They contain circular genome and gene expression apparatus. A ...