Name: quantitative metabolomics of saccharomyces cerevisiae using liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry
Uploaded: 2021-01-05T15:00:00
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Wir danken aktuellen und ehemaligen Mitgliedern des Titorenko-Labors für Gespräche. Wir danken dem Centre for Biological Applications of Mass Spectrometry, dem Centre for Structural and Functional Genomics und dem Centre for Microscopy and Cellular Imaging (alle an der Concordia University) für herausragende Leistungen. Diese Studie wurde durch Zuschüsse des Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC) von Kanada (RGPIN 2014-04482 und CRDPJ 515900 - 17) unterstützt. K.M. wurde durch das Concordia University Armand C. Archambault Fellowship und den Concordia University Dean of Arts and Sciences Award of Excellence unterstützt.

1. Herstellung und Sterilisation eines Mediums für den Hefeanbau
<ol><li>Machen Sie 180 ml eines vollständigen Hefeextrakts mit Bactopepton (YP) Medium. Das komplette YP-Medium enthält 1% (w/v) Hefeextrakt und 2% (w/v) Bactopepton.</li>
	<li>180 ml des YP-Mediums gleichmäßig in vier 250-ml-Erlenmeyerkolben verteilen. Jeder dieser Kolben enthält 45 ml des YP-Mediums.</li>
	<li>Sterilisieren Sie die Kolben mit YP-Medium durch Autoklavieren bei 15 psi/121 °C für 45 min.</li>
</ol>2. Wildtyp-H...

Um das hier beschriebene Protokoll erfolgreich zu verwenden, befolgen Sie die unten beschriebenen vorbeugenden Maßnahmen. Chloroform und Methanol extrahieren verschiedene Substanzen aus Laborkunststoffen. Behandeln Sie sie daher mit Vorsicht. Vermeiden Sie die Verwendung von Kunststoffen in Schritten, die Kontakt mit einem dieser beiden organischen Lösungsmittel beinhalten. Verwenden Sie für diese Schritte Borosilikatglaspipetten. Diese Pipetten vor Gebrauch mit Chloroform und Methanol aufsteigen lassen. Verwenden Sie...

Wasserlösliche Metaboliten sind niedermolekulare Zwischenprodukte und Stoffwechselprodukte, die zu essentiellen zellulären Prozessen beitragen. Diese evolutionär konservierten Prozesse umfassen die Umwandlung von Nährstoffen in nutzbare Energie, die Synthese von Makromolekülen, Zellwachstum und -signalisierung, Zellzykluskontrolle, Regulierung der Genexpression, Stressreaktion, postkonlationale Regulierung des Stoffwechsels, Aufrechterhaltung der mitochondrialen Funktionalität, vesikulärer Zelltransport, Autophagie, Zellalterung und regulierter Zelltod1,2,3.
Viele dieser wesentlichen Rollen wasserlöslicher Metaboliten wurden durch Studien in der Knospenhefe S. cerevisiae1, 3,4,7,9,14,15 , 16,17,18,19,20,21,22entdeckt. Dieser einzellige Eukaryot ist ein nützlicher Modellorganismus zur Sezierung von Mechanismen, durch die wasserlösliche Metaboliten aufgrund seiner Zugänglichkeit zu fortgeschrittenen biochemischen, genetischen und molekularbiologischen Analysen zu zellulären Prozessen beitragen23,24,25,26. Obwohl die LC-MS/MS-Methoden der nicht-zielgerichteten Metabolomik zur Untersuchung der Rolle wasserlöslicher Metaboliten in knospenden Hefen3,18,22,27verwendetwurden,erfordert diese Art der Analyse die Verbesserung ihrer Vielseitigkeit, Robustheit, Empfindlichkeit und Fähigkeit, zwischen verschiedenen strukturellen Isomeren und stereoisomeren Formen dieser Metaboliten zu unterscheiden.
Die letzten Jahre sind geprägt von signifikanten Fortschritten bei der Anwendung der LC-MS/MS-Methoden der nicht-zielgerichteten Metabolomik auf die Profilierung wasserlöslicher Metaboliten in vivo. Viele Herausforderungen bei der Verwendung dieser Methodik bleiben jedoch2,28,29,30,31,32,33,34,35,36. Zu diesen Herausforderungen gehören die folgenden. Erstens liegen die intrazellulären Konzentrationen vieler wasserlöslicher Metaboliten unter einer Empfindlichkeitsschwelle für die derzeit verwendeten Methoden. Zweitens ist die Effizienz des Abschreckens der Stoffwechselaktivität zu gering und das Ausmaß der abschreckenden Zellleckage von intrazellulären Metaboliten ist für aktuelle Methoden zu hoch; Daher unterschätzen die derzeit verwendeten Methoden die intrazellulären Konzentrationen wasserlöslicher Metaboliten. Drittens können die bestehenden Methoden die strukturellen Isomere (d. h. Moleküle mit der gleichen chemischen Formel, aber unterschiedlicher atomarer Konnektivität) oder Stereoisomere (d. h. Moleküle mit der gleichen chemischen Formel und atomaren Konnektivität, aber mit der unterschiedlichen atomaren Anordnung im Raum) spezifischer Metaboliten nicht unterscheiden; Dies verhindert die korrekte Annotation bestimmter Metaboliten durch die derzeit verwendeten Methoden. Viertens sind die vorhandenen massenspektralen Online-Datenbanken von Elternionen (MS1) und Sekundärionen (MS2) unvollständig; dies wirkt sich auf die korrekte Identifizierung und Quantifizierung spezifischer Metaboliten unter Verwendung der lc-MS/MS-Rohdaten aus, die mit Hilfe der aktuellen Methoden erzeugt wurden. Fünftens können die bestehenden Methoden keine einzige Art der Metabolitenextraktion verwenden, um alle oder die meisten Klassen von wasserlöslichen Metaboliten wiederherzustellen. Sechstens können die bestehenden Methoden nicht einen einzigen Typ der LC-Säule verwenden, um alle oder die meisten Klassen wasserlöslicher Metaboliten voneinander zu trennen.
Hier optimierten wir die Bedingungen für das Abschrecken der Stoffwechselaktivität in S. cerevisiae-Zellen, die Aufrechterhaltung der meisten wasserlöslichen Metaboliten in diesen Zellen vor der Extraktion und die Extraktion der meisten Klassen wasserlöslicher Metaboliten aus Hefezellen. Wir haben eine vielseitige, robuste und empfindliche Methode zur LC-MS/MS-basierten Identifizierung und Quantifizierung von mehr als 370 wasserlöslichen Metaboliten aus S. cerevisiae-Zellen entwickelt. Diese Methode der nicht zielgerichteten Metabolomik ermöglicht es, die intrazellulären Konzentrationen verschiedener Energieträgermoleküle, Nukleotide, Aminosäuren, Monosaccharide, Zwischenprodukte der Glykolyse und Tricarbonsäurezyklus-Zwischenprodukte zu beurteilen. Die entwickelte LC-MS/MS-Methode ermöglicht die Identifizierung und Quantifizierung verschiedener Strukturisomere und stereoisomerer Formen wasserlöslicher Metaboliten mit vielfältigen strukturellen, physikalischen und chemischen Eigenschaften.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td colspan="4">Chemicals</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A9554</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium acetate</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A11450</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium bicarbonate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>9830</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bactopeptone</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP1420-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloroform</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>C297-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glucose</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>D16-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-histidine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>H8125</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-leucine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>L8912</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-lysine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>L5501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A4564</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A4564</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Propidium iodide</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>R37108</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Uracil</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>U0750</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast extract</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP1422-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Hardware equipment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>500 ml centrifuge bottles</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>355664</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agilent 1100 series LC system</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>G1312A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beckman Coulter Centrifuge</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>6254249</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beckman Coulter Centrifuge Rotor</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>JA-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centra CL2 clinical centrifuge</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>004260F</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Digital thermometer</td>
			<td>Omega</td>
			<td>HH509</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Foam Tube Holder Kit with Retainer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>02-215-388</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SeQuant ZIC-pHILIC zwitterionic-phase column (5&#181;m polymer 150 x 2.1 mm)</td>
			<td>Sigma Milipore</td>
			<td>150460</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermo Orbitrap Velos MS</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>ETD-10600</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultrasonic sonicator</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15337416</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>2215365</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZORBAX Bonus-RP, 80&#197;, 2.1 x 150 mm, 5 &#181;m</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>883725-901</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Laboratory materials</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-mL Glass sample vials with Teflon lined caps</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>60180A-SV9-1P</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass beads (acid-washed, 425-600 &#956;m)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G8772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hemacytometer</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>267110</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15-mL High-speed glass centrifuge tubes with Teflon lined caps</td>
			<td>PYREX</td>
			<td>05-550</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Compound Discoverer 3.1</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>V3.1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Yeast strain</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast strain BY4742</td>
			<td>Dharmacon</td>
			<td>YSC1049</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

quantitative metabolomics of saccharomyces cerevisiae using liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry

Metabolomik ist eine Methodik zur Identifizierung und Quantifizierung vieler niedermolekularer Zwischenprodukte und Stoffwechselprodukte innerhalb einer Zelle, eines Gewebes, eines Organs, einer biologischen Flüssigkeit oder eines Organismus. Die Metabolomik konzentriert sich traditionell auf wasserlösliche Metaboliten. Das wasserlösliche Metabolom ist das Endprodukt eines komplexen zellulären Netzwerks, das verschiedene genomische, epigenomische, transkriptomische, proteomische und Umweltfaktoren integriert. Daher bewertet die metabolomische Analyse direkt das Ergebnis der Wirkung für all diese Faktoren in einer Vielzahl von biologischen Prozessen innerhalb verschiedener Organismen. Einer dieser Organismen ist die knospende Hefe Saccharomyces cerevisiae, ein einzelliger Eukaryot mit dem vollständig sequenzierten Genom. Da S. cerevisiae für umfassende molekulare Analysen geeignet ist, wird es als Modell für die Sezierung von Mechanismen verwendet, die vielen biologischen Prozessen innerhalb der eukaryotischen Zelle zugrunde liegen. Eine vielseitige Analysemethode zur robusten, empfindlichen und genauen quantitativen Bewertung des wasserlöslichen Metaboloms würde die wesentliche Methodik zur Sezierung dieser Mechanismen liefern. Hier stellen wir ein Protokoll für die optimierten Bedingungen der Stoffwechselaktivitätsabschreckung und wasserlöslichen Metabolitenextraktion aus S. cerevisiae-Zellen vor. Das Protokoll beschreibt auch den Einsatz der Flüssigkeitschromatographie gekoppelt mit Tandem-Massenspektrometrie (LC-MS/MS) zur quantitativen Analyse der extrahierten wasserlöslichen Metaboliten. Die hier beschriebene LC-MS/MS-Methode der nicht-zielgerichteten Metabolomik ist vielseitig und robust. Es ermöglicht die Identifizierung und Quantifizierung von mehr als 370 wasserlöslichen Metaboliten mit verschiedenen strukturellen, physikalischen und chemischen Eigenschaften, einschließlich verschiedener Strukturisomere und stereoisomerer Formen dieser Metaboliten. Zu diesen Metaboliten gehören verschiedene Energieträgermoleküle, Nukleotide, Aminosäuren, Monosaccharide, Zwischenprodukte der Glykolyse und Zwischenprodukte des Tricarbonzyklus. Die LC-MS/MS-Methode der nicht-zielgerichteten Metabolomik ist sensibel und ermöglicht die Identifizierung und Quantifizierung einiger wasserlöslicher Metaboliten in Konzentrationen von nur 0,05 pmol/μL. Die Methode wurde erfolgreich zur Beurteilung wasserlöslicher Metabolome von Wildtyp- und mutierten Hefezellen eingesetzt, die unter verschiedenen Bedingungen kultiviert wurden.

Um eine quantitative Bewertung von wasserlöslichen Metaboliten innerhalb einer Hefezelle zu verbessern, haben wir die Bedingungen der Zellabschreckung für den Metabolitennachweis optimiert. Das Zellabschrecken zu diesem Zweck beinhaltet einen schnellen Abknirschen aller enzymatischen Reaktionen innerhalb einer Zelle31,33,37,38. Ein solcher Stopp der zelluläre...

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Quantitative Metabolomics of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Wir präsentieren ein Protokoll zur Identifizierung und Quantifizierung von Hauptklassen wasserlöslicher Metaboliten in der Hefe Saccharomyces cerevisiae. Die beschriebene Methode ist vielseitig, robust und sensibel. Es ermöglicht die Trennung von Strukturisomeren und stereoisomeren Formen wasserlöslicher Metaboliten voneinander.

Quantitative Metabolomik von Saccharomyces Cerevisiae mittels Flüssigkeitschromatographie gekoppelt mit Tandem-Massenspektrometrie

Metabolomics is a methodology used for the identification and quantification of many low-molecular-weight intermediates and products of metabolism within ...

Dieses Protokoll hat viele Vorteile gegenüber der derzeit verwendeten Hefemetabolomik, da es eine hohe Spezifität, eine hohe Sensitivität und viele verschiedene Klassen von Metaboliten profilieren kann, einschließlich isomerer, isobarer, hydrophiler und hydrophober Moleküle. Die in diesem Protokoll verwendete Abschreckmethode stoppt alle enzymatischen Reaktionen und reduziert gleichzeitig das Austreten von Metaboliten aus den Zellen erheblich. Die in diesem Protokoll integrierte MS1-Bibliothek stammt aus den verschiedenen MS2-Läufen.Nach der Nachtkultur bei 30 Grad Celsius und 200 Umdrehungen pro Minute bestimmen Sie die Anzahl der Hefezellen pro Milliliter Kultur und fügen Sie fünf Milliliter sterilisierte 20% ige Glukoselösung zu jedem der beiden Erlenmeyerkolben hinzu, die 45 Milliliter autoklaviertes YP-Medium pro Kolben enthalten. Verwenden Sie eine sterile Transferpipette, um fünfmal 10 zu den siebten Hefezellen in jeden Kolben zu geben und die Hefezellen für mindestens 24 zusätzliche Stunden bei 30 Grad Celsius bei 200 Umdrehungen pro Minute zu züchten. Für die Metabolitenextraktion sammeln Sie nach der Kultur die Hefezellen durch Zentrifugation und entfernen Sie schnell den Überstand.Legen Sie das Röhrchen auf Trockeneis und geben Sie zwei Milliliter minus 20 Grad Celsius Chloroform, einen Milliliter minus 20 Grad Celsius Methanol, einen Milliliter eiskaltes Nano-Reinwasser und 200 Mikroliter 425 bis 600 Mikrometer säuregewaschene Glasperlen in die Zellen. Wenn die Perlen hinzugefügt wurden, legen Sie das mit Aluminiumfolie bedeckte Röhrchen in ein Schaumrohrhalter-Kit mit einem Retainer und wirbeln Sie die Probe für 30 Minuten bei mittlerer Geschwindigkeit bei vier Grad Celsius, um die Metabolitenextraktion zu erleichtern. Als nächstes inkubieren Sie das Röhrchen für 15 Minuten auf Eis, bevor Sie die Probe zentrifugieren, um die Trennung der oberen wässrigen Phase von den mittleren Trümmern und Protein- und unteren organischen Phasen zu ermöglichen.Verwenden Sie eine Mikropipette, um etwa 400 Mikroliter der oberen wässrigen Phase in ein gewaschenes und markiertes 1,5-Milliliter-Röhrchen mit 800 Mikrolitern von minus 20 Grad Celsius Acetonitril zu übertragen. Zentrifugieren Sie dann die Probe und übertragen Sie 800 Mikroliter des oberen Teils des Überstands in eine markierte Massenspektrometrie-Durchstechflasche zur Null-Grad-Lagerung bis zur Flüssigkeitschromatographie-Tandem-Massenspektrometrie-Analyse. Um die extrahierten Metaboliten zu trennen, ultraschallen Sie die Probenfläschchen für 15 Minuten, gefolgt von drei 10-Sekunden-Wirbeln bei Raumtemperatur.Nach dem Wirbeln die Durchstechflasche in die Bohrplatte des Flüssigkeitschromatographen legen und die Säule auf 45 Grad Celsius mit einer Durchflussrate von 0,25 Millilitern pro Minute und die Bohrplatte auf null Grad Celsius einstellen. Verwenden Sie dann die Tabelle, um die Flüssigkeitschromatographie-Gradienten für die Analyse einzustellen. Verwenden Sie nach der Trennung 10 Mikroliter Probenvolumina der Injektion sowohl im positiven als auch im negativen Elektrospray-Ionisationsmodus in einem Massenspektrometer, das mit beheizter Elektrospray-Ionisation ausgestattet ist, um die wasserlöslichen Metaboliten zu identifizieren und zu quantifizieren.Öffnen Sie am Ende der Analyse die Rohdaten in einem geeigneten Softwareprogramm für die Verbindungsanalyse und verwenden Sie die Bibliothek für die massenspektrale Fragmentierung, um die Massenspektren abzugleichen, um die in der Analyse identifizierten Metaboliten zu kommentieren. Die genauen Massen der MS1- und Isotopenmuster können ebenfalls identifiziert werden, um eine Annotation der Metaboliten mithilfe von Online-Datenbanken zu ermöglichen. Verwenden Sie dann die Bibliothek der Datenbanken und Spektren, um nach den MS2-Spektren der Rohdaten zu suchen.Am nächsten Tag, nach dem Abschrecken der Hefezellen, waschen Sie die Zellen gründlich mit 15 Milliliter ABC-Puffer und sammeln Sie die Zellen durch Zentrifugation. Resuspendieren Sie das Pellet in einem Milliliter frischem ABC-Puffer und geben Sie 500 Mikroliter der Propidiumiodidlösung zu den Zellen. Wirbeln Sie die Probe dreimal für 10 Sekunden pro Wirbel durch und inkubieren Sie die Zellen für 10 Minuten auf Licht geschütztem Eis.Am Ende der Inkubation sammeln Sie die Zellen durch Zentrifugation und waschen die Zellen dreimal mit einem Milliliter frischem ABC-Puffer pro Waschgang. Nach der letzten Wäsche das Pellet in 300 Mikrolitern frischem ABC-Puffer wieder aufschnen und 10 Mikroliter der resultierenden Zellsuspension zu einem Objektträger geben. Verwenden Sie ein Fluoreszenzmikroskop, um differentielle Interferenzkontrast- und Fluoreszenzmikroskopiebilder der Zellen mit den Filtern auf eine Anregungswellenlänge von 593 Nanometer und eine Emissionswellenlänge von 636 Nanometer einzustellen.Verwenden Sie dann ein geeignetes Bildanalyseprogramm, um die Gesamtzahl der Zellen in den Hellfeld- und Fluoreszenzbildern zu zählen und die Fluoreszenzintensität der Färbung für einzelne Zellen zu bestimmen. Das modifizierte Zellabschreckverfahren verursacht deutlich geringere Schäden an Plasmamembran und Zellwand als das nicht gepufferte 80%ige Methanol bei minus 40 Grad Celsius Abschreckmethode. Tatsächlich weisen fast alle Zellen, die mit der modifizierten Methode abgeschreckt werden, eine rote Fluoreszenzemission auf, die für Hefezellen charakteristisch ist, bei denen die Plasmamembran und die Zellwand nicht beschädigt sind.Im Gegensatz dazu zeigten fast alle Zellen, die mit dem nicht gepufferten 80% Methanol bei 40 Grad Celsius-Methode abgeschreckt wurden, eine grüne Fluoreszenzemission, die für Hefezellen charakteristisch ist, bei denen die Plasmamembran und die Zellwand signifikant geschädigt sind. Die modifizierte Zellabschreckmethode bewirkt auch eine deutlich geringere Leckage von wasserlöslichen Metaboliten aus Hefezellen als die nicht gepufferte 80%ige Methanolmethode bei minus 40 Grad Celsius Abschreckmethode. Die Retentionszeitverschiebungswerte der wasserlöslichen Metabolitenstandards sind signifikant niedriger und die Peakformen sind für die zwitterionische Phasensäule wesentlich schärfer als für die Umkehrphasensäule.Ein weiterer Vorteil der Flüssigkeitschromatographie-Tandem-Massenspektrometrie-Methode ist die Fähigkeit, die zwitterionische Phasensäule zu verwenden, um verschiedene wasserlösliche Metaboliten mit verschiedenen strukturellen, physikalischen und chemischen Eigenschaften effizient zu trennen. Stellen Sie sicher, dass Sie das Propidiiumiodid im Dunkeln stehen und stellen Sie sicher, dass Sie die obere Phase sammeln, ohne die mittlere Phase zu stören. Wenn ein MSP aufgrund des Fehlens der MS2-Spektralbibliothek nicht mit Anmerkungen versehen werden kann, verwenden Sie eine NMR, um diese Struktur zu veranschaulichen.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Quantitative Metabolomics of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

Auflösen von Affinity Purified Protein-Komplexen von Blue native PAGE und Protein Correlation Profilieren

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

Forschung

Biochemie

A Tandem Liquid Chromatography&#8211;Mass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus

A Tandem Liquid ChromatographyÃƒÆ’Ã‚Â¢ÃƒÂ¢Ã¢â‚¬Å¡Ã‚Â¬ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã…â€œMass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus

Ein Tandem-Flüssigchromatographie-Massenspektrometrie-basierter Ansatz zur Analyse von Metabolit<em&gt; Staphylococcus aureus</em

In an effort to thwart bacterial pathogens, hosts often limit the availability of nutrients at the site of infection. This limitation can alter the ...

Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis

Lipid Droplet Isolierung für die quantitative Massenspektrometrie-Analyse

Lipid droplets are vital to the replication of a variety of different pathogens, most prominently the Hepatitis C Virus (HCV), as the putative site of ...

Deep Proteome Profiling by Isobaric Labeling, Extensive Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, and Software-assisted Quantification

Tiefen Proteom Profilierung durch isobare Kennzeichnung, umfangreiche Flüssigchromatographie-Massenspektrometrie und softwaregestützte Quantifizierung

Many exceptional advances have been made in mass spectrometry (MS)-based proteomics, with particular technical progress in liquid chromatography (LC) ...

Identification of Inositol Phosphate or Phosphoinositide Interacting Proteins by Affinity Chromatography Coupled to Western Blot or Mass Spectrometry

Identifizierung von Inositolphosphat oder Phosphoinositid-Wechselwirkungsproteinen durch Affinitätschromatographie gekoppelt an Western Blot oder Massenspektrometrie

Inositol phosphates and phosphoinositides regulate several cellular processes in eukaryotes, including gene expression, vesicle trafficking, signal ...

Absolute Quantification of Cell-Free Protein Synthesis Metabolism by Reversed-Phase Liquid Chromatography-Mass Spectrometry

Absolute Quantifizierung des zellfreien Proteinsynthesestoffwechsels durch Reversed-Phase Liquid Chromatography-Mass Spectrometry

Cell-free protein synthesis (CFPS) is an emerging technology in systems and synthetic biology for the in vitro production of proteins. However, if CFPS is ...

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Analyse des Zelllipidoms von Saccharomyces Cerevisiae mit Flüssigchromatographie gekoppelt mit Tandem-Massenspektrometrie

Lipids are structurally diverse amphipathic molecules that are insoluble in water. Lipids are essential contributors to the organization and function of ...

Untargeted Liquid Chromatography-Mass Spectrometry-Based Metabolomics Analysis of Wheat Grain

Ungezielte Flüssigchromatographie-Massenspektrometrie-basierte Metabolomik-Analyse von Weizengetreide

Understanding the interactions between genes, the environment and management in agricultural practice could allow more accurate prediction and management ...

Semi-Quantitative Analysis of Peptidoglycan by Liquid Chromatography Mass Spectrometry and Bioinformatics

Semi-quantitative Analyse von Peptidoglycan mittels Flüssigkeitschromatographie, Massenspektrometrie und Bioinformatik

Peptidoglycan is an important component of bacterial cell walls and a common cellular target for antimicrobials. Although aspects of peptidoglycan ...

Labelling and Visualization of Mitochondrial Genome Expression Products in Baker's Yeast Saccharomyces cerevisiae

Labelling and Visualization of Mitochondrial Genome Expression Products in Baker's Yeast Saccharomyces cerevisiae

Kennzeichnung und Visualisierung von mitochondrialen Genomexpressionsprodukten in Baker es Yeast Saccharomyces cerevisiae

Mitochondria are essential organelles of eukaryotic cells capable of aerobic respiration. They contain circular genome and gene expression apparatus. A ...