Name: quantitative metabolomics of saccharomyces cerevisiae using liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry
Uploaded: 2021-01-05T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Quantitative Metabolomics of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry at JoVE.com

אנו מודים לחברי מעבדת טיטורנקו בהווה ובעבר על הדיונים. אנו מכירים את המרכז ליישומים ביולוגיים של ספקטרומטריית מסה, את המרכז לגנומיקה מבנית ותפקודית, ואת המרכז למיקרוסקופיה והדמיה תאית (כולם באוניברסיטת קונקורדיה) עבור שירותים מצטיינים. מחקר זה נתמך על ידי מענקים מהמועצה למדעי הטבע ומחקר ההנדסה (NSERC) של קנדה (RGPIN 2014-04482 ו- CRDPJ 515900 - 17). K.M. נתמך על ידי אוניברסיטת קונקורדיה ארמנד C. ארצ'מבולט מלגת אוניברסיטת קונקורדיה דיקן האמנויות והמדעים של מצוינות.

1. ביצוע וחיטוי מדיום לגידול שמרים
<ol><li>הפוך 180 מ"ל של תמצית שמרים מלאה עם bactopeptone (YP) בינוני. מדיום YP המלא מכיל 1% (w/v) תמצית שמרים ו 2% (w/v) bactopeptone.</li>
	<li>יש לפזר 180 מ"ל של מדיום YP באופן שווה לארבעה בקבוקוני ארלנמאייר 250 מ"ל. כל אחד מהבקבוקונים האלה מכיל 45 מ"ל של מדיום YP.</li>
	<li>לחטא את הבקבוקונים עם YP בי?...

כדי להשתמש בהצלחה בפרוטוקול המתואר כאן, בצע את אמצעי המניעה המתוארים להלן. כלורופורם ומתנול לחלץ חומרים שונים מכלי פלסטיק במעבדה. לכן, לטפל בהם בזהירות. הימנע משימוש בפלסטיק בשלבים הכרוכים במגע עם כל אחד משני הממיסים האורגניים האלה. השתמש פיפטות זכוכית borosilicate עבור שלבים אלה. העלו את הפיפט?...

מטבוליטים מסיסים במים הם מתווכים במשקל מולקולרי נמוך ומוצרים של חילוף החומרים התורמים לתהליכים תאיים חיוניים. תהליכים אלה השמורים אבולוציונית כוללים המרה של חומרים מזינים לאנרגיה שמישה, סינתזה של macromolecules, צמיחה תאית איתות, בקרת מחזור התא, רגולציה של ביטוי גנים, תגובת מתח, ויסות לאחר תרגום של חילוף החומרים, שמירה על פונקציונליות מיטוכונדריאלית, סחר תאי אופניים, autophagy, הזדקנות תאית, ומוות תאים מוסדר1,2,3.
רבים מהתפקידים החיוניים האלה של מטבוליטים מסיסים במים התגלו על ידי מחקרים בשמרים ניצנים S. cerevisiae1,3,4,7,9,14,15,16,17,18,19,20,21,22. אאוקריוטה חד-תאית זו היא אורגניזם מודל שימושי לניתוח מנגנונים שבאמצעותם מטבוליטים מסיסים במים תורמים לתהליכים תאיים בשל נוחותו לנתחים ביולוגיים ביוכימיים, גנטיים ומולקולריים מתקדמים23,24,25,26. למרות שיטות LC-MS/ MS של מטבולומיקה לא ממוקדת שימשו לחקר התפקידים של מטבוליטים מסיסים במים בשמרים ניצנים3,18,22,27, סוג זה של ניתוח דורש שיפור הרבגוניות שלה, חוסן, רגישות, ואת היכולת להבחין בין איזומרים מבניים שונים וצורות סטריאויזומריות של מטבוליטים אלה.
השנים האחרונות מאופיינות בהתקדמות משמעותית ביישום שיטות LC-MS/MS של מטבולומיה לא ממוקדת ליצירת פרופיל של מטבוליטים מסיסים במים ב- vivo. עם זאת, אתגרים רבים בשימוש במתודולוגיה זו נשארים2,28,29,30,31,32,33,34,35,36. אתגרים אלה כוללים את הדברים הבאים. ראשית, הריכוזים התאיים של מטבוליטים מסיסים במים רבים נמצאים מתחת לסף הרגישות לשיטות הנמצאות בשימוש כיום. שנית, היעילות של מרווה פעילות מטבולית נמוכה מדי, והיקף דליפת התאים הקשורים להרוותה של מטבוליטים תאיים גבוה מדי עבור השיטות הנוכחיות; לפיכך, השיטות הנמצאות בשימוש כיום בהערכת הריכוזים התאיים של מטבוליטים מסיסים במים. שלישית, השיטות הקיימות אינן יכולות להבדיל בין האיסומרים המבניים (כלומר, מולקולות עם אותה נוסחה כימית אך קישוריות אטומית שונה) או סטריאוטיומרים (כלומר, מולקולות עם אותה נוסחה כימית וקישוריות אטומית, אך עם הסידור האטומי השונה בחלל) של מטבוליטים ספציפיים; פעולה זו מונעת ביאור נכון של מטבוליטים מסוימים על ידי השיטות הנמצאות בשימוש כיום. רביעית, מסדי הנתונים המקוונים הספקטרליים ההמוניים הקיימים של יונים הורים (MS1) ויונים משניים (MS2) אינם שלמים; זה משפיע על הזיהוי הנכון וכמות של מטבוליטים ספציפיים באמצעות נתוני LC-MS/ MS גולמיים המיוצרים בעזרת השיטות הנוכחיות. חמישית, השיטות הקיימות אינן יכולות להשתמש בסוג יחיד של מיצוי מטבוליט כדי לשחזר את כל או רוב המעמדות של מטבוליטים מסיסים במים. שישית, השיטות הקיימות אינן יכולות להשתמש בסוג יחיד של עמודת LC כדי להיפרד זו מזו כולה או רוב הקטגוריות של מטבוליטים מסיסים במים.
כאן, אנו ממוטבים תנאים להרוות פעילות מטבולית בתוך תאי S. cerevisiae, שמירה על רוב מטבוליטים מסיסים במים בתוך תאים אלה לפני החילוץ, וחילוצת רוב המעמדות של מטבוליטים מסיסים במים מתאי שמרים. פיתחנו שיטה רב-תכליתית, חזקה ורגישה לזיהוי וכימות מבוססי LC-MS/MS של יותר מ-370 מטבוליטים מסיסים במים שחולצו מתאי S. cerevisiae. שיטה זו של מטבולומיה לא ממוקדת מאפשרת להעריך את הריכוזים התאיים של מולקולות נושאות אנרגיה שונות, נוקלאוטידים, חומצות אמינו, מונוסכרידים, מתווכים של גליקוליזה, ומתווכים מחזור tricarboxylic. שיטת LC-MS/MS המפותחת מאפשרת זיהוי וכימות של איסומרים מבניים שונים וצורות סטריאואימוזוריות של מטבוליטים מסיסים במים בעלי תכונות מבניות, פיזיות וכימיות מגוונות.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td colspan="4">Chemicals</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A9554</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium acetate</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A11450</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium bicarbonate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>9830</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bactopeptone</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP1420-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloroform</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>C297-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glucose</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>D16-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-histidine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>H8125</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-leucine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>L8912</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-lysine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>L5501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A4564</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A4564</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Propidium iodide</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>R37108</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Uracil</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>U0750</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast extract</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP1422-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Hardware equipment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>500 ml centrifuge bottles</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>355664</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agilent 1100 series LC system</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>G1312A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beckman Coulter Centrifuge</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>6254249</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beckman Coulter Centrifuge Rotor</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>JA-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centra CL2 clinical centrifuge</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>004260F</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Digital thermometer</td>
			<td>Omega</td>
			<td>HH509</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Foam Tube Holder Kit with Retainer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>02-215-388</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SeQuant ZIC-pHILIC zwitterionic-phase column (5&#181;m polymer 150 x 2.1 mm)</td>
			<td>Sigma Milipore</td>
			<td>150460</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermo Orbitrap Velos MS</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>ETD-10600</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultrasonic sonicator</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15337416</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>2215365</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZORBAX Bonus-RP, 80&#197;, 2.1 x 150 mm, 5 &#181;m</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>883725-901</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Laboratory materials</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-mL Glass sample vials with Teflon lined caps</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>60180A-SV9-1P</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass beads (acid-washed, 425-600 &#956;m)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G8772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hemacytometer</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>267110</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15-mL High-speed glass centrifuge tubes with Teflon lined caps</td>
			<td>PYREX</td>
			<td>05-550</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Compound Discoverer 3.1</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>V3.1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Yeast strain</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast strain BY4742</td>
			<td>Dharmacon</td>
			<td>YSC1049</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

quantitative metabolomics of saccharomyces cerevisiae using liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry

מטבולומיקה היא מתודולוגיה המשמשת לזיהוי וכימות של מתווכים ותוצרים רבים במשקל מולקולרי נמוך ומוצרים של חילוף חומרים בתוך תא, רקמה, איבר, נוזל ביולוגי או אורגניזם. מטבולומיה מתמקדת באופן מסורתי במטבוליטים מסיסים במים. המטבולום המסיס במים הוא התוצר הסופי של רשת סלולרית מורכבת המשלבת גורמים גנומיים, אפיגנומיים, שעתוקיים, פרוטאומיים וסביבתיים שונים. לפיכך, הניתוח המטבולומי מעריך ישירות את התוצאה של הפעולה עבור כל הגורמים האלה בשפע של תהליכים ביולוגיים בתוך אורגניזמים שונים. אחד האורגניזמים האלה הוא שמרים ניצנים Saccharomyces cerevisiae, אאוקריוטה חד-תאית עם הגנום הרצף המלא. מכיוון ש- S. cerevisiae מקובל על ניתוחים מולקולריים מקיפים, הוא משמש כמודל לניתוח מנגנונים שבבית תהליכים ביולוגיים רבים בתוך התא האוקריוטי. שיטה אנליטית רב-תכליתית להערכה כמותית חזקה, רגישה ומדויקת של מטבולום מסיס במים תספק את המתודולוגיה החיונית לניתוח מנגנונים אלה. כאן אנו מציגים פרוטוקול עבור התנאים הממוטבים של פעילות מטבולית מרווה פנימה ומיצוי מטבוליט מסיס במים מתאי S. cerevisiae. הפרוטוקול מתאר גם את השימוש בכרומטוגרפיה נוזלית בשילוב עם ספקטרומטריית מסה דו-מושבית (LC-MS/MS) לניתוח כמותי של מטבוליטים מסיסים במים שחולצו. שיטת LC-MS/MS של מטבולומיה לא ממוקדת המתוארת כאן היא רב-תכליתית וחזקה. היא מאפשרת זיהוי וכימות של יותר מ-370 מטבוליטים מסיסים במים בעלי תכונות מבניות, פיזיות וכימיות מגוונות, כולל איסומרים מבניים שונים וצורות סטריאואימוזוריות של מטבוליטים אלה. מטבוליטים אלה כוללים מולקולות נושאות אנרגיה שונות, נוקלאוטידים, חומצות אמינו, מונוסכרידים, מתווכים של גליקוליזה, ומתווכים מחזור tricarboxylic. שיטת LC-MS/MS של מטבולומיה לא ממוקדת רגישה ומאפשרת זיהוי וכמות של כמה מטבוליטים מסיסים במים בריכוזים נמוכים ככל 0.05 pmol / μL. השיטה שימשה בהצלחה להערכת מטבולומים מסיסים במים של תאי שמרים מסוג בר ומוטנטים בתרבית בתנאים שונים.

כדי לשפר את ההערכה הכמותית של מטבוליטים מסיסים במים בתוך תא שמרים, מיטבנו את התנאים של מרווה תאים לגילוי מטבוליטים. מרווה תאים למטרה זו כרוך במעצר מהיר של כל התגובות אנזימטיות בתוך תא31,33,37,38. מעצר כזה ש?...

Watch this Scientific Journal Video about Quantitative Metabolomics of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry at JoVE.com

Quantitative Metabolomics of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

אנו מציגים פרוטוקול לזיהוי וכמות של סוגים עיקריים של מטבוליטים מסיסים במים ב cerevisiae Saccharomyces שמרים. השיטה המתוארת היא רב-תכליתית, חזקה ורגישה. היא מאפשרת הפרדה בין איסומרים מבניים וצורות סטריאואיזומריות של מטבוליטים מסיסים במים זה מזה.

מטבולומיה כמותית של Saccharomyces Cerevisiae באמצעות כרומטוגרפיה נוזלית בשילוב עם ספקטרומטריית מסה דו-מושבית

Metabolomics is a methodology used for the identification and quantification of many low-molecular-weight intermediates and products of metabolism within ...

פרוטוקול זה יש יתרונות רבים על פני מטבולומיה שמרים בשימוש הנוכחי כי יש לו ספציפיות גבוהה, רגישות גבוהה, וגם זה יכול פרופיל סוגים רבים ושונים של מטבוליטים, כולל isomeric, איזוברי, הידרופילי, הידרופובית, מולקולות הידרופוביות. שיטת ההרוויון המשמשת בפרוטוקול זה עוצרת את כל התגובות אנזימטיות תוך הפחתת משמעותית של דליפת מטבוליטים מהתאים. ספריית MS1 המובנית בפרוטוקול זה היא מריצות MS2 השונות.לאחר תרבות לילה ב 30 מעלות צלזיוס ו 200 מהפכות לדקה, לקבוע את מספר תאי שמרים למיליליטר של תרבות ולהוסיף חמישה מיליליטר של פתרון מלאי מעוקר 20% של גלוקוז לכל אחד משני צלוחיות Erlenmeyer המכיל 45 מיליליטר של מדיום YP autoclaved לכל בקבוקון. השתמש פיפטה העברה סטרילית להוסיף חמש פעמים 10 לתאי שמרים השביעי לכל בקבוק ולגדל את תאי השמרים לפחות 24 שעות נוספות ב 30 מעלות צלזיוס ב 200 סיבובים לדקה. עבור מיצוי מטבוליט, לאחר תרבית, לאסוף את תאי שמרים על ידי צנטריפוגה במהירות להסיר את supernatant.מניחים את הצינור על קרח יבש ומוסיפים שני מיליליטר של מינוס 20 מעלות צלזיוס כלורופורם, מיליליטר אחד של מינוס 20 מעלות צלזיוס מתנול, מיליליטר אחד של מים טהורים ננו קר כקרח, ו 200 microliters של 425 עד 600 חרוזי זכוכית שטף חומצה מיקרון לתאים. כאשר החרוזים נוספו, מניחים את הצינור מכוסה בנייר אלומיניום בערכת מחזיק צינור קצף עם שכר טרחה ומערבולת המדגם במשך 30 דקות במהירות בינונית בארבע מעלות צלזיוס כדי להקל על מיצוי מטבוליט. לאחר מכן, לדגור על הצינור במשך 15 דקות על קרח לפני centrifuging המדגם כדי לאפשר הפרדה של השלב מימי העליון מן הפסולת האמצעית וחלבון ושלבים אורגניים נמוכים יותר.השתמש micropipette להעביר כ 400 microliters של השלב מימי העליון לצינור שטוף ומסומן 1.5 מיליליטר המכיל 800 microliters של מינוס 20 מעלות צלזיוס acetonitrile. לאחר מכן צנטריפוגה הדגימה ולהעביר 800 microliters של החלק העליון של supernatant למוסג ספקטרומטריית מסה מסה מחסן עבור אחסון אפס מעלות עד כרומטוגרפיה נוזלית יחד ניתוח ספקטרומטריית מסה. כדי להפריד את מטבוליטים שחולצו, ultrasonicate את באטלס מדגם במשך 15 דקות, ואחריו שלושה מערבולות 10 שניות בטמפרטורת החדר.לאחר מערבולת, מניחים את הנקינה לתוך צלחת הבאר של הכרומטוגרף הנוזלי ומגדירים את העמודה ל -45 מעלות צלזיוס עם קצב זרימה של 0.25 מיליליטר לדקה ואת צלחת הבאר לאפס מעלות צלזיוס. לאחר מכן השתמש בטבלה כדי להגדיר את מעברי הצבע הכרומטוגרפיה הנוזלית עבור הניתוח. לאחר ההפרדה, השתמש 10 נפחי מדגם microliter של ההזרקה הן במצב חיובי יינון אלקטרוספראי חיובי ושלילי בספקטרומטר מסה מצויד יינון אלקטרוספרי מחומם כדי לזהות ולכומת את מטבוליטים מסיסים במים.בסוף הניתוח, פתח את הנתונים הגולמיים בתוכנת ניתוח מורכבת מתאימה והשתמש בספריית הפיצול הספקטרלית ההמונית כדי להתאים את ספקטרום המסה לביאור המטבוליטים שזוהו בניתוח. ניתן לזהות את המסות המדויקות של דפוסי MS1 והאיזוטופים כדי לאפשר ביאור של המטבוליטים באמצעות מסדי נתונים מקוונים. לאחר מכן השתמש בספריית מסדי הנתונים והספקטרום כדי לחפש את ספקטרום MS2 של הנתונים הגולמיים.למחרת, לאחר מרווה את תאי השמרים, לשטוף ביסודיות את התאים עם 15 מיליליטר של חיץ ABC ולאסוף את התאים על ידי צנטריפוגה. resuspend הכדור במיליליטר אחד של חוצץ ABC טרי ולהוסיף 500 microliters של פתרון יוד propidium לתאים. מערבולת המדגם שלוש פעמים במשך 10 שניות לכל מערבולת ודגרת התאים במשך 10 דקות על קרח מוגן מפני אור.בסוף הדגירה, לאסוף את התאים על ידי צנטריפוגה לשטוף את התאים שלוש פעמים עם מיליליטר אחד של חיץ ABC טרי לכל לשטוף. לאחר הכביסה האחרונה, יש להזרים את הכדור ל-300 מיקרוליטרים של חיץ ABC טרי ולהוסיף 10 מיקרוליטרים של השעיית התא שנוצרה לשקופית מיקרוסקופ. השתמש במיקרוסקופ פלואורסצנטי כדי ללכוד ניגודיות הפרעה דיפרנציאלית ותמונות מיקרוסקופיות פלואורסצנטיות של התאים עם המסננים מוגדרים אורך גל עירור של 593 ננומטר ואורך גל פליטה של 636 ננומטר.לאחר מכן השתמש בתוכנית ניתוח תמונה מתאימה כדי לספור את מספר התא הכולל של תאים בתמונות brightfield ופלואורסצנטיות, ולקבוע את עוצמת הפלואורסצנטיות של כתמים עבור תאים בודדים. שיטת מרווה התאים שהשתנתה גורמת לנזק נמוך משמעותית לקרום הפלזמה ולקיר התא מאשר שיטת ההרוואת 80% הלא-חוצצה במינוס 40 מעלות צלזיוס. ואכן, כמעט כל התאים הכפופים להרוות באמצעות השיטה שונה להפגין פליטת פלואורסצנטיות אדומה, אשר אופייני לתאי שמרים שבהם קרום הפלזמה וקיר התא אינם פגומים.לעומת זאת, כמעט כל התאים הכפופים להרוות באמצעות מתנול 80% ללא אגירה ב 40 מעלות צלזיוס שיטה הציג פליטת פלואורסצנטיות ירוקה, אשר אופייני לתאי שמרים שבהם קרום הפלזמה וקיר התא נפגעים באופן משמעותי. שיטת מרווה התאים שהשתנתה גורמת גם לדליפת מטבוליטים מסיסים במים מתאי שמרים מאשר שיטת ההרוואת 80% הלא-חוצצה במינוס 40 מעלות צלזיוס. ערכי הסטת זמן השמירה של תקני מטבוליט מסיסים במים נמוכים משמעותית וצורות השיא חדות משמעותית עבור עמודת הפאזה הזויטרונית בהשוואה לעמודת הפאזה ההפוכה.יתרון נוסף של שיטת ספקטרומטריית המסה הדו-מצעית הכרומטוגרפית הנוזלית הוא היכולת להשתמש בעמודת הפאזה הזויטרונית כדי להפריד ביעילות מטבוליטים שונים מסיסים במים עם תכונות מבניות, פיזיות וכימיות מגוונות. הקפד לעשות את יוד propidium עומד בחושך וגם הקפד לאסוף את השלב העליון תוך לא להפריע לשלב האמצעי. אם אין אפשרות לייאר כל MSP עקב היעדר הספריה הספקטרלית MS2, השתמש ב- NMR כדי להמחיש מבנה זה.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Quantitative Metabolomics of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

פתרון מתחמי פרוטאין טהור זיקה לפי דף Native הכחול פרופיל מתאם חלבון

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

A Tandem Liquid Chromatography&#8211;Mass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus

A Tandem Liquid ChromatographyÃƒÆ’Ã‚Â¢ÃƒÂ¢Ã¢â‚¬Å¡Ã‚Â¬ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã…â€œMass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus

גישת טנדם נוזלת כרומטוגרפיה-ספקטרומטריית מסה מבוססת עבור ניתוח המטבוליט<em&gt; Staphylococcus aureus</em

In an effort to thwart bacterial pathogens, hosts often limit the availability of nutrients at the site of infection. This limitation can alter the ...

Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis

בידוד אגל ליפידים על ניתוח כמותי ספקטרומטריית מסה

Lipid droplets are vital to the replication of a variety of different pathogens, most prominently the Hepatitis C Virus (HCV), as the putative site of ...

Deep Proteome Profiling by Isobaric Labeling, Extensive Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, and Software-assisted Quantification

פרוטאום עמוק פרופיל על ידי תיוג Isobaric, מקיף כרומטוגרפיה נוזלית, ספקטרומטר מסה תוכנה בסיוע כמת

Many exceptional advances have been made in mass spectrometry (MS)-based proteomics, with particular technical progress in liquid chromatography (LC) ...

Identification of Inositol Phosphate or Phosphoinositide Interacting Proteins by Affinity Chromatography Coupled to Western Blot or Mass Spectrometry

זיהוי של אינוזיטול פוספט או זרחן אינטראקציה חלבונים על-ידי כרומטוגרפיה של אהדה מצמידים לאבן חשופה מערבית או ספקטרומטר המסה

Inositol phosphates and phosphoinositides regulate several cellular processes in eukaryotes, including gene expression, vesicle trafficking, signal ...

Absolute Quantification of Cell-Free Protein Synthesis Metabolism by Reversed-Phase Liquid Chromatography-Mass Spectrometry

קוונפיקציה מוחלטת של מטבוליזם החלבון ללא שימוש בפרוטאין על-ידי היפוך-שלב נוזלי כרומטוגרפיה המסה-ספקטרומטריה

Cell-free protein synthesis (CFPS) is an emerging technology in systems and synthetic biology for the in vitro production of proteins. However, if CFPS is ...

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

ניתוח כמותי של הליפידום הסלולר באמצעות כרומטוגרפיה נוזלית משולב עם טנדם מסה ספקטרומטריה

Lipids are structurally diverse amphipathic molecules that are insoluble in water. Lipids are essential contributors to the organization and function of ...

Untargeted Liquid Chromatography-Mass Spectrometry-Based Metabolomics Analysis of Wheat Grain

בדיקות מבוססות-כרומטוגרפיה של נוזלים מבוססי-המסה של טבולומיקס חיטה

Understanding the interactions between genes, the environment and management in agricultural practice could allow more accurate prediction and management ...

Semi-Quantitative Analysis of Peptidoglycan by Liquid Chromatography Mass Spectrometry and Bioinformatics

ניתוח כמותי למחצה של פפטידוגליקן על ידי כרומטוגרפיה נוזלית, ספקטרומטריית מסה וביואינפורמטיקה

Peptidoglycan is an important component of bacterial cell walls and a common cellular target for antimicrobials. Although aspects of peptidoglycan ...

Labelling and Visualization of Mitochondrial Genome Expression Products in Baker's Yeast Saccharomyces cerevisiae

Labelling and Visualization of Mitochondrial Genome Expression Products in Baker's Yeast Saccharomyces cerevisiae

תיוג והדמיה של מוצרי ביטוי גנום מיטוכונדריאלי ב Cerevisiae שמרים של בייקר

Mitochondria are essential organelles of eukaryotic cells capable of aerobic respiration. They contain circular genome and gene expression apparatus. A ...