Name: quantitative metabolomics of saccharomyces cerevisiae using liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry
Uploaded: 2021-01-05T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Quantitative Metabolomics of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry at JoVE.com

Titorenko laboratuvarının mevcut ve eski üyelerine tartışmalar için minnettarız. Olağanüstü hizmetler için Kütle Spektrometresi Biyolojik Uygulamalar Merkezi, Yapısal ve Fonksiyonel Genomik Merkezi ve Mikroskopi ve Hücresel Görüntüleme Merkezi'ni (hepsi Concordia Üniversitesi'nde) kabul ediyoruz. Bu çalışma Kanada Doğa Bilimleri ve Mühendisliği Araştırma Konseyi (NSERC) (RGPIN 2014-04482 ve CRDPJ 515900 - 17) tarafından desteklenmiştir. K.M. Concordia Üniversitesi Armand C. Archambault Bursu ve Concordia Üniversitesi Sanat ve Bilim Dekanı Mükemmellik Ödülü tarafından desteklendi.

1. Maya yetiştirmek için bir ortam yapmak ve sterilize etmek
<ol><li>Bactopeptone (YP) ortamı ile tam bir maya özünden 180 mL yapın. Tam YP ortamı% 1 (w / v) maya özü ve% 2 (w / v) bactopeptone içerir.</li>
	<li>YP ortamının 180 mL'lik kısmını dört 250 mL Erlenmeyer şişesine eşit olarak dağıtın. Bu şişelerin her biri YP ortamının 45 mL'sini içerir.</li>
	<li>15 psi/121 °C'de 45 dk otomatik kapatarak şişeleri YP ortamı ile sterilize edin.</li>
</ol>2. Yabani tip maya ...

Burada açıklanan protokolü başarıyla kullanmak için aşağıda açıklanan önleyici tedbirleri izleyin. Kloroform ve metanol, laboratuvar plastik eşyalarından çeşitli maddeler çıkarır. Bu nedenle, bunları dikkatli bir şekilde ele alın. Bu iki organik çözücüden herhangi biriyle temas içeren adımlarda plastik kullanımından kaçının. Bu adımlar için borosilikat cam pipetler kullanın. Bu pipetleri kullanmadan önce kloroform ve metanol ile yükseltin. Sadece organik çözücülere dayanıklı po...

Suda çözünen metabolitler, temel hücresel süreçlere katkıda bulunan düşük moleküler ağırlıklı ara ürünler ve metabolizma ürünleridir. Bu evrimsel olarak korunan süreçler arasında besin maddelerinin kullanılabilir enerjiye dönüştürülmesi, makromolekül sentezi, hücresel büyüme ve sinyalizasyon, hücre döngüsü kontrolü, gen ekspresyonunun düzenlenmesi, stres yanıtı, metabolizmanın çeviri sonrası düzenlenmesi, mitokondriyal işlevselliğin sürdürülmesi, veziküler hücresel kaçakçılık, otofaji, hücresel yaşlanma ve düzenlenmiş hücre ölümü1,2,3sayıldı.
Suda çözünen metabolitlerin bu temel rollerinin çoğu, tomurcuklanan maya S. cerevisiae1 , 3 , 4 , 7,9,14,15,16,17,18,19,20,21,22'deki çalışmalarla keşfedilmiştir. Bu tek hücreli ökaryot, suda çözünen metabolitlerin gelişmiş biyokimyasal, genetik ve moleküler biyolojik analizlere uygunluğu nedeniyle hücresel süreçlere katkıda bulunduğu mekanizmaların parçalandırılması için yararlı bir model organizmadır23,24,25,26. Hedefsiz metabolomik LC-MS/MS yöntemleri tomurcuklanan maya 3,18, 22,27'desuda çözünen metabolitlerin rollerini incelemek için kullanılmış olsa da, bu tür analizler çok yönlülüğünün, sağlamlığının, hassasiyetinin ve bu metabolitlerin farklı yapısal izomerleri ve stereoisomerik formlarını ayırt etme yeteneğinin iyileştirilmesini gerektirir.
Son yıllarda, hedefsiz metabolomik LC-MS/MS yöntemlerinin suda çözünen metabolitlerin in vivo profillemesine uygulanmasında önemli gelişmeler vardır. Bununla birlikte, bu metodolojiyi kullanmada birçok zorluk2,28,29,30,31,32,33,34,35,36olarak kalır. Bu zorluklar aşağıdakileri içerir. İlk olarak, suda çözünür birçok metabolitin hücre içi konsantrasyonları, şu anda kullanılan yöntemler için bir duyarlılık eşiğinin altındadır. İkincisi, metabolik aktivite söndürmenin verimliliği çok düşüktür ve hücre içi metabolitlerin söndürme ile ilişkili hücre sızıntısının boyutu mevcut yöntemler için çok yüksektir; bu nedenle, şu anda kullanılan yöntemler, suda çözünür metabolitlerin hücre içi konsantrasyonlarını az tahmin eder. Üçüncüsü, mevcut yöntemler belirli metabolitlerin yapısal izomerlerini (yani, aynı kimyasal formüle ancak farklı atomik bağlantıya sahip molekülleri) veya stereoisomer'ları (yani, aynı kimyasal formüle ve atomik bağlantıya sahip moleküller, ancak uzaydaki farklı atomik düzenleme ile) ayırt edemez; bu, şu anda kullanılan yöntemlerle belirli metabolitlerin doğru ek açıklamalarını önler. Dördüncüsü, üst iyonların (MS1) ve ikincil iyonların (MS2) mevcut kütle spektral çevrimiçi veritabanları eksiktir; bu, mevcut yöntemlerin yardımıyla üretilen ham LC-MS/MS verilerini kullanarak belirli metabolitlerin doğru tanımlanmasını ve nicelliğini etkiler. Beşinci olarak, mevcut yöntemler suda çözünen metabolitlerin tüm veya çoğu sınıfını kurtarmak için tek bir metabolit ekstraksiyonu kullanamaz. Altıncı olarak, mevcut yöntemler, suda çözünür metabolitlerin tüm veya çoğu sınıfından ayırmak için tek bir LC sütunu türünü kullanamaz.
Burada, S. cerevisiae hücrelerindeki metabolik aktivitenin söndürülmesi, ekstraksiyondan önce bu hücreler içindeki suda çözünen metabolitlerin çoğunun korunması ve maya hücrelerinden suda çözünen metabolitlerin çoğu sınıfının çıkarılması için koşulları optimize ettik. S. cerevisiae hücrelerinden çıkarılan 370'ten fazla suda çözünür metabolitin LC-MS/MS tabanlı tanımlanması ve nicelleştirilmesi için çok yönlü, sağlam ve hassas bir yöntem geliştirdik. Hedefsiz metabolomik bu yöntem, çeşitli enerji taşıyıcı moleküllerinin, nükleotitlerin, amino asitlerin, monoakkaritlerin, glikoliz aralarının ve trikarboksilik döngü aralarının hücre içi konsantrasyonlarını değerlendirmeyi sağlar. Geliştirilen LC-MS/MS yöntemi, farklı yapısal, fiziksel ve kimyasal özelliklere sahip suda çözünen metabolitlerin farklı yapısal izomerlerinin ve stereoisomerik formlarının tanımlanmasına ve nicelleştirilmesine izin sağlar.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td colspan="4">Chemicals</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A9554</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium acetate</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A11450</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium bicarbonate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>9830</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bactopeptone</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP1420-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chloroform</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>C297-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glucose</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>D16-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-histidine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>H8125</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-leucine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>L8912</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-lysine</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>L5501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A4564</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A4564</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Propidium iodide</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>R37108</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Uracil</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>U0750</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast extract</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>BP1422-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Hardware equipment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>500 ml centrifuge bottles</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>355664</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agilent 1100 series LC system</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>G1312A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beckman Coulter Centrifuge</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>6254249</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beckman Coulter Centrifuge Rotor</td>
			<td>Beckman</td>
			<td>JA-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centra CL2 clinical centrifuge</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>004260F</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Digital thermometer</td>
			<td>Omega</td>
			<td>HH509</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Foam Tube Holder Kit with Retainer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>02-215-388</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SeQuant ZIC-pHILIC zwitterionic-phase column (5&#181;m polymer 150 x 2.1 mm)</td>
			<td>Sigma Milipore</td>
			<td>150460</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermo Orbitrap Velos MS</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>ETD-10600</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultrasonic sonicator</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15337416</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>2215365</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ZORBAX Bonus-RP, 80&#197;, 2.1 x 150 mm, 5 &#181;m</td>
			<td>Agilent Technologies</td>
			<td>883725-901</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Laboratory materials</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2-mL Glass sample vials with Teflon lined caps</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>60180A-SV9-1P</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass beads (acid-washed, 425-600 &#956;m)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G8772</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hemacytometer</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>267110</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15-mL High-speed glass centrifuge tubes with Teflon lined caps</td>
			<td>PYREX</td>
			<td>05-550</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Compound Discoverer 3.1</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>V3.1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td colspan="4">Yeast strain</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast strain BY4742</td>
			<td>Dharmacon</td>
			<td>YSC1049</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

quantitative metabolomics of saccharomyces cerevisiae using liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry

Metabolomik, bir hücre, doku, organ, biyolojik sıvı veya organizma içindeki birçok düşük moleküler ağırlıklı ara ve metabolizma ürününün tanımlanması ve ölçülmesi için kullanılan bir metodolojidir. Metabolomics geleneksel olarak suda çözünen metabolitlere odaklanır. Suda çözünen metabolom, çeşitli genomik, epigenomik, transkriptomik, proteomik ve çevresel faktörleri entegre eden karmaşık bir hücresel ağın son ürünüdür. Bu nedenle, metabolomik analiz, çeşitli organizmalar içindeki çok sayıda biyolojik işlemde tüm bu faktörler için eylemin sonucunu doğrudan değerlendirir. Bu organizmalardan biri tomurcuklanan maya Saccharomyces cerevisiae, tamamen sıralanmış genoma sahip tek hücreli bir ökaryot. S. cerevisiae kapsamlı moleküler analizlere elverişli olduğundan, ökaryotik hücre içindeki birçok biyolojik işlemin altında kalan mekanizmaların parçalanması için bir model olarak kullanılır. Suda çözünen metabolomların sağlam, hassas ve doğru nicel değerlendirmesi için çok yönlü bir analitik yöntem, bu mekanizmaların parçalandırılması için gerekli metodolojiyi sağlayacaktır. Burada, S. cerevisiae hücrelerinden suda çözünen metabolit ekstraksiyonu ve söndürülen metabolik aktivitenin optimize edilmiş koşulları için bir protokol sunuyoruz. Protokol ayrıca, çıkarılan suda çözünen metabolitlerin nicel analizi için tandem kütle spektrometresi (LC-MS/MS) ile birleştirilmiş sıvı kromatografisinin kullanımını açıklar. Burada açıklanan hedefsiz metabolomik LC-MS/MS yöntemi çok yönlü ve sağlamdır. Bu metabolitlerin farklı yapısal izomerleri ve stereoisomerik formları da dahil olmak üzere çeşitli yapısal, fiziksel ve kimyasal özelliklere sahip 370'ten fazla suda çözünür metabolitlerin tanımlanmasını ve nicelleştirilmesini sağlar. Bu metabolitler çeşitli enerji taşıyıcı molekülleri, nükleotitler, amino asitler, monoakkaritler, glikoliz araları ve trikarboksilik döngü aralarını içerir. Hedefsiz metabolomik LC-MS/MS yöntemi hassastır ve 0,05 pmol/μL'ye kadar düşük konsantrasyonlarda suda çözünen bazı metabolitlerin tanımlanmasına ve nicelleşmesine izin verir. Yöntem, farklı koşullar altında kültürlenmiş vahşi tip ve mutant maya hücrelerinin suda çözünen metabolomlarını değerlendirmek için başarıyla kullanılmıştır.

Bir maya hücresi içindeki suda çözünen metabolitlerin nicel değerlendirmesini iyileştirmek için, metabolit tespiti için hücre söndürme koşullarını optimize ettik. Bu amaçla hücre söndürme, bir hücre 31,33 ,37,38içindeki tüm enzymatic reaksiyonların hızlı bir şekilde tutuklanmasını içerir. Hücresel metabolik aktivitenin böyle bir ş...

Watch this Scientific Journal Video about Quantitative Metabolomics of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry at JoVE.com

Quantitative Metabolomics of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Saccharomyces cerevisiaemayasında suda çözünen metabolitlerin ana sınıflarının tanımlanması ve nicelliği için bir protokol sunuyoruz. Açıklanan yöntem çok yönlü, sağlam ve hassastır. Suda çözünür metabolitlerin yapısal izomerlerinin ve stereoisomerik formlarının birbirinden ayrılmasına izin verir.

Sıvı KromatografiSi Kullanan Saccharomyces Cerevisiae'nin Nicel Metabolomikleri Tandem Kütle Spektrometresi ile Birleştiğinde

Metabolomics is a methodology used for the identification and quantification of many low-molecular-weight intermediates and products of metabolism within ...

Bu protokol, şu anda kullanılan maya metabolomiklerine göre birçok avantaja sahiptir, çünkü yüksek özgüllüğe, yüksek hassasiyete sahiptir ve ayrıca izorik, izobarik, hidrofilik ve hidrofobik moleküller de dahil olmak üzere birçok farklı metabolit sınıfının profilini oluşturabilir. Bu protokolde kullanılan söndürme yöntemi tüm enzymatic reaksiyonları durdururken, metabolitlerin hücrelerden sızıntısını önemli ölçüde azaltır. Bu iletişim kuralında oluşturulan MS1 kitaplığı çeşitli MS2 çalıştırmalarındandır.Dakikada 30 santigrat derece ve 200 devirde geceleme kültüründen sonra, kültürün mililitresi başına maya hücrelerinin sayısını belirleyin ve şişe başına 45 mililitre otoklavlı YP ortamı içeren iki Erlenmeyer şişesinin her birine beş mililitre sterilize edilmiş% 20 stok glikoz çözeltisi ekleyin. Her şişeye yedinci maya hücrelerine beş kez 10 eklemek ve maya hücrelerini dakikada 200 devirde 30 santigrat derecede en az 24 ek saat büyütmek için steril bir transfer pipet kullanın. Metabolit ekstraksiyonu için, kültürden sonra, maya hücrelerini santrifüjleme ile toplayın ve süpernatantı hızla çıkarın.Tüpü kuru buza yerleştirin ve hücrelere eksi 20 santigrat derece kloroform, eksi 20 santigrat santigrat derece metanol mililitre, bir mililitre buz soğuk nano saf su ve 425 ila 600 mikron asit yıkanmış cam boncuktan oluşan 200 mikrolitre ekleyin. Boncuklar eklendiğinde, alüminyum folyo ile kaplı tüpü bir tutucu ile köpük tüp tutucu kitine yerleştirin ve metabolit ekstraksiyonu kolaylaştırmak için numuneyi dört santigrat derecede orta hızda 30 dakika boyunca girdaplayın. Daha sonra, üst sulu fazın orta döküntü ve proteinden ayrılmasına ve daha düşük organik fazlara izin vermek için numuneyi santrifüjlemeden önce tüpü buz üzerinde 15 dakika kuluçkaya bırakın.Üst sulu fazın yaklaşık 400 mikrolitresini, eksi 20 santigrat derecelik 800 mikrolitre içeren yıkanmış ve etiketli 1,5 mililitrelik bir tüpe aktarmak için bir mikropipette kullanın. Daha sonra numuneyi santrifüjlayın ve sıvı kromatografi tandem kütle spektrometresi analizine kadar sıfır derece depolama için süpernatantın üst kısmının 800 mikrolitresini etiketli bir kütle spektrometresi şişesine aktarın. Çıkarılan metabolitleri ayırmak için, numune şişesini 15 dakika ultrasonicate, ardından oda sıcaklığında üç adet 10 saniyelik girdap.Girdaptan sonra, şişeyi sıvı kromatografın kuyu plakasına yerleştirin ve sütunu dakikada 0,25 mililitre akış hızıyla 45 santigrat dereceye ve kuyu plakasını sıfır santigrat dereceye ayarlayın. Ardından, analiz için sıvı kromatografi gradyanlarını ayarlamak için tabloyu kullanın. Ayırmadan sonra, suda çözünen metabolitleri tanımlamak ve ölçmek için ısıtılmış elektrospray iyonizasyon ile donatılmış bir kütle spektrometresinde hem elektrospray iyonizasyon pozitif hem de negatif modlarda enjeksiyonun 10 mikrolitre numune hacmini kullanın.Analizin sonunda, ham verileri uygun bir bileşik analiz yazılım programında açın ve analizde tanımlanan metabolitlere açıklama eklemek için kütle spektrasını eşleştirmek için kütle spektral parçalanma kitaplığını kullanın. MS1 ve izotop desenlerinin tam kütleleri, çevrimiçi veritabanlarını kullanarak metabolitlerin ek açıklamasına izin vermek için de tanımlanabilir. Ardından, ham verilerin MS2 spektrumunu aramak için veritabanları ve spektrumlar kitaplığını kullanın.Ertesi gün, maya hücrelerini söndürdkten sonra, hücreleri 15 mililitre ABC tamponu ile iyice yıkayın ve hücreleri santrifüjleme ile toplayın. Peleti bir mililitre taze ABC tamponunda yeniden kullanın ve hücrelere propidium iyot çözeltisinin 500 mikrolitresini ekleyin. Örneği girdap başına 10 saniye boyunca üç kez girdaplayın ve hücreleri ışıktan korunan buzda 10 dakika kuluçkaya bırakın.Kuluçkanın sonunda, hücreleri santrifüjleme ile toplayın ve hücreleri yıkama başına bir mililitre taze ABC tamponu ile üç kez yıkayın. Son yıkamadan sonra, peletin 300 mikrolitre taze ABC tamponunda yeniden ıslatın ve elde edilen hücre süspansiyonunun 10 mikrolitresini bir mikroskop slaydına ekleyin. 593 nanometrelik bir ekscitasyon dalga boyunu ve 636 nanometre emisyon dalga boyunu ayarlamış filtrelerle hücrelerin diferansiyel girişim kontrastını ve floresan mikroskopi görüntülerini yakalamak için floresan mikroskobu kullanın.Daha sonra parlak alan ve floresan görüntülerdeki hücrelerin toplam hücre sayısını saymak ve tek tek hücreler için boyamanın floresan yoğunluğunu belirlemek için uygun bir görüntü analiz programı kullanın. Modifiye hücre söndürme yöntemi, plazma zarı ve hücre duvarında eksi 40 santigrat derece söndürme yönteminde tamponlanmamış %80 metanolden önemli ölçüde daha düşük hasara neden olur. Gerçekten de, değiştirilmiş yöntem kullanılarak söndürmeye tabi tutulan hücrelerin neredeyse tamamı, plazma zarının ve hücre duvarının zarar görmediği maya hücrelerinin özelliği olan kırmızı floresan emisyonu sergiler.Buna karşılık, 40 santigrat derecede tamponlanmamış% 80 metanol kullanılarak söndürmeye maruz kalan hücrelerin neredeyse tamamı, plazma zarının ve hücre duvarının önemli ölçüde hasar gördüğü maya hücrelerinin özelliği olan yeşil floresan emisyonu gösterdi. Modifiye hücre söndürme yöntemi ayrıca maya hücrelerinden suda çözünür metabolitlerin sızmasına eksi 40 santigrat derece söndürme yönteminde tamponlanmamış% 80 metanolden önemli ölçüde daha düşük neden olur. Suda çözünür metabolit standartlarının tutma süresi kayma değerleri önemli ölçüde daha düşüktür ve tepe şekilleri zwitterionic faz sütunu için ters faz sütununa kıyasla önemli ölçüde daha keskindir.Sıvı kromatografi tandem kütle spektrometresi yönteminin bir diğer avantajı, farklı suda çözünür metabolitleri çeşitli yapısal, fiziksel ve kimyasal özelliklere sahip verimli bir şekilde ayırmak için zwitterionic faz sütununu kullanma yeteneğidir. Propidium iyodür'ün karanlıkta durduğunuzdan emin olun ve orta fazı bozmazken üst fazı topladığından emin olun. MS2 spektral kitaplığının olmaması nedeniyle herhangi bir MSP'ye açıklama eklenemezse, bu yapıyı göstermek için bir NMR kullanın.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Quantitative Metabolomics of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

Mavi Yerli PAGE ve Protein İlişkisi Profil Yöntemi ile Affinity Saf protein Kompleksler çözümleniyor

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

A Tandem Liquid Chromatography&#8211;Mass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus

A Tandem Liquid ChromatographyÃƒÆ’Ã‚Â¢ÃƒÂ¢Ã¢â‚¬Å¡Ã‚Â¬ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã…â€œMass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus

metabolit analizi için bir Tandem Sıvı Kromatografi-Kütle Spektrometresi tabanlı yaklaşım<em&gt; Stafilokok aureus</em

In an effort to thwart bacterial pathogens, hosts often limit the availability of nutrients at the site of infection. This limitation can alter the ...

Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis

Kantitatif Kütle Spektrometresi Analiz lipid Damlacık izolasyonu

Lipid droplets are vital to the replication of a variety of different pathogens, most prominently the Hepatitis C Virus (HCV), as the putative site of ...

Deep Proteome Profiling by Isobaric Labeling, Extensive Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, and Software-assisted Quantification

Derin Proteom izobarik etiketleme, kapsamlı sıvı Kromatografi, kütle spektrometresi ve yazılım destekli miktar tarafından profil oluşturma

Many exceptional advances have been made in mass spectrometry (MS)-based proteomics, with particular technical progress in liquid chromatography (LC) ...

Identification of Inositol Phosphate or Phosphoinositide Interacting Proteins by Affinity Chromatography Coupled to Western Blot or Mass Spectrometry

Inositol fosfat veya Phosphoinositide etkileşim proteinleri yakınlık Kromatografi Batı Blot veya kütle spektrometresi ile bağlantılı olarak tanımlanması

Inositol phosphates and phosphoinositides regulate several cellular processes in eukaryotes, including gene expression, vesicle trafficking, signal ...

Absolute Quantification of Cell-Free Protein Synthesis Metabolism by Reversed-Phase Liquid Chromatography-Mass Spectrometry

Ters Faz Sıvı Kromatografi-Kütle Spektrometresi Ile Hücresiz Protein Sentezmetabolizmasının Mutlak Niceliği

Cell-free protein synthesis (CFPS) is an emerging technology in systems and synthetic biology for the in vitro production of proteins. However, if CFPS is ...

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Tandem Kütle Spektrometresi Ile Birleşen Sıvı Kromatografi kullanarak Saccharomyces Cerevisiae'nin Hücresel Lipidomukan Analizi

Lipids are structurally diverse amphipathic molecules that are insoluble in water. Lipids are essential contributors to the organization and function of ...

Untargeted Liquid Chromatography-Mass Spectrometry-Based Metabolomics Analysis of Wheat Grain

Hedefsiz Sıvı Kromatografisi-Kütle Spektrometresi Tabanlı Metabolomik Buğday Tanesi Analizi

Understanding the interactions between genes, the environment and management in agricultural practice could allow more accurate prediction and management ...

Semi-Quantitative Analysis of Peptidoglycan by Liquid Chromatography Mass Spectrometry and Bioinformatics

Peptidoglikanın Sıvı Kromatografisi, Kütle Spektrometrisi ve Biyoinformatik ile Yarı Kantitatif Analizi

Peptidoglycan is an important component of bacterial cell walls and a common cellular target for antimicrobials. Although aspects of peptidoglycan ...

Labelling and Visualization of Mitochondrial Genome Expression Products in Baker's Yeast Saccharomyces cerevisiae

Labelling and Visualization of Mitochondrial Genome Expression Products in Baker's Yeast Saccharomyces cerevisiae

Fırıncı Maya saccharomyces cerevisiae Mitokondriyal Genom İfade Ürünlerinin Etiketlenmesi ve Görselleştirilmesi

Mitochondria are essential organelles of eukaryotic cells capable of aerobic respiration. They contain circular genome and gene expression apparatus. A ...