Name: visualization of sars-cov-2 using immuno rna-fluorescence in situ hybridization
Uploaded: 2020-12-23T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Visualization of SARS-CoV-2 using Immuno RNA-Fluorescence In Situ Hybridization at JoVE.com

Dette arbejde blev støttet af Ministeriet for Videnskab og Videregående Uddannelse for forskning i SARS-CoV-2 og af tilskud fra National Science Center (tilskud UMO2017/27/B/NZ6/02488 til K.P. og UMO-2018/30/E/NZ1/00874 til A.K.-P.).

1. Bufferforberedelse
<ol><li>For 500 mL 2x PHEM-buffer mejetærskere 18,14 g piperazin-N,N′-bis(2-ethanesulfonsyre) (PIPES), 6,5 g 4-(2-hydroxyethyl)-1 1-piperazin ethanesulfonsyre (HEPES), 3,8 g ethylenglycoltethyleddikesyre (EGTA) og 0,99 g magnesiumsulfat (MgSO4). Gør volumen op til ~ 400 mL med destilleret vand (dH2O), rør, og justere pH til 7,0 ved hjælp af 10 M kaliumhydroxid (KOH) eller natriumhydroxid (NaOH). Lav det endelige volumen op til 500 mL, og derefter opdeles i 50 m...

<ol>
	<li>Choi, H. M. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Third-generation+in+situ+hybridization+chain+reaction:+multiplexed,+quantitative,+sensitive,+versatile,+robust.">Third-generation in situ hybridization chain reaction: multiplexed, quantitative, sensitive, versatile, robust.</a> Development. 145, (2018).</li><li>Milewska, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Replication+of+severe+acute+respiratory+syndrome+coronavirus+2+in+human+respiratory+epithelium.">Replication of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 in human respiratory epithelium.</a> Journal of Virology. 94, (2020).</li><li>Banach, B. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Human+airway+epithelial+cell+culture+to+identify+new+respiratory+viruses:+coronavirus+NL63+as+a+model.">Human airway epithelial cell culture to identify new respiratory viruses: coronavirus NL63 as a model.</a> Journal of Virological Methods. 156 (1-2), 19-26 (2009).</li><li>Milewska, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Entry+of+human+coronavirus+NL63+into+the+cell.">Entry of human coronavirus NL63 into the cell.</a> Journal of Virology. 92, (2018).</li><li>El Baba, R., Herbein, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Management+of+epigenomic+networks+entailed+in+coronavirus+infections+and+COVID-19.">Management of epigenomic networks entailed in coronavirus infections and COVID-19.</a> Clinical Epigenetics. 12, 118 (2020).</li><li>Pinto, B. G. G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ACE2+expression+is+increased+in+the+lungs+of+patients+with+comorbidities+associated+with+severe+COVID-19.">ACE2 expression is increased in the lungs of patients with comorbidities associated with severe COVID-19.</a> Journal of Infectious Diseases. 222 (4), 556-563 (2020).</li><li>Verdecchia, P., Cavallini, C., Spanevello, A., Angeli, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+pivotal+link+between+ACE2+deficiency+and+SARS-CoV-2+infection.">The pivotal link between ACE2 deficiency and SARS-CoV-2 infection.</a> European Journal of Internal Medicine. 76, 14-20 (2020).</li><li>Gordon, D. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+SARS-CoV-2+protein+interaction+map+reveals+targets+for+drug+repurposing.">A SARS-CoV-2 protein interaction map reveals targets for drug repurposing.</a> Nature. 583, 459-468 (2020).</li><li>Ferron, F., Decroly, E., Selisko, B., Canard, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+viral+RNA+capping+machinery+as+a+target+for+antiviral+drugs.">The viral RNA capping machinery as a target for antiviral drugs.</a> Antiviral Research. 96 (1), 21-31 (2012).</li><li>Mehta, S., Jeffrey, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Beyond+receptors+and+signaling:+epigenetic+factors+in+the+regulation+of+innate+immunity.">Beyond receptors and signaling: epigenetic factors in the regulation of innate immunity.</a> Immunology and Cell Biology. 93 (3), 233-244 (2015).</li><li>Poppe, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+NF-kappaB-dependent+and+-independent+transcriptome+and+chromatin+landscapes+of+human+coronavirus+229E-infected+cells.">The NF-kappaB-dependent and -independent transcriptome and chromatin landscapes of human coronavirus 229E-infected cells.</a> PLoS Pathogens. 13, 1006286 (2017).</li><li>Schafer, A., Baric, R. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Epigenetic+landscape+during+coronavirus+infection.">Epigenetic landscape during coronavirus infection.</a> Pathogens. 6 (1), 8 (2017).</li><li>Carletti, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Viral+priming+of+cell+intrinsic+innate+antiviral+signaling+by+the+unfolded+protein+response.">Viral priming of cell intrinsic innate antiviral signaling by the unfolded protein response.</a> Nature Communications. 10, 3889 (2019).</li><li>Heil, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Species-specific+recognition+of+single-stranded+RNA+via+toll-like+receptor+7+and+8.">Species-specific recognition of single-stranded RNA via toll-like receptor 7 and 8.</a> Science. 303 (5663), 1526-1529 (2004).</li><li>Sze, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host+restriction+factor+SAMHD1+limits+human+T+cell+leukemia+virus+type+1+infection+of+monocytes+via+STING-mediated+apoptosis.">Host restriction factor SAMHD1 limits human T cell leukemia virus type 1 infection of monocytes via STING-mediated apoptosis.</a> Cell Host and Microbe. 14 (4), 422-434 (2013).</li><li>Kikkert, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Innate+immune+evasion+by+human+respiratory+RNA+viruses.">Innate immune evasion by human respiratory RNA viruses.</a> Journal of Innate Immunity. 12, 4-20 (2020).</li><li>Kennedy, E. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Posttranscriptional+m(6)A+editing+of+HIV-1+mRNAs+enhances+viral+gene+expression.">Posttranscriptional m(6)A editing of HIV-1 mRNAs enhances viral gene expression.</a> Cell Host and Microbe. 22 (6), 830 (2017).</li><li>Fulcher, M. L., Gabriel, S., Burns, K. A., Yankaskas, J. R., Randell, S. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Well-differentiated+human+airway+epithelial+cell+cultures.">Well-differentiated human airway epithelial cell cultures.</a> Human Cell Culture Protocols in Methods in Molecular Medicine. 107, 183-206 (2005).</li><li>Milewska, A., Owczarek, K., Szczepanski, A., Pyrc, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualizing+coronavirus+entry+into+cells.">Visualizing coronavirus entry into cells.</a> Methods in Molecular Biology. 2203, 241-261 (2020).</li></ol>

Immuno-RNA-FISH er en pålidelig metode til dobbelt farvning af RNA og cellulære proteiner. Her er der beskrevet en modificeret immuno-RNA-FISH-protokol, der gør det muligt at detektere SARS-CoV-2 RNA og cellulære proteiner i cellelinjer og HAE-kulturer. Denne protokol kan tilpasses til brug i forskellige cellemodeller, herunder cellemonomerer eller specifikke væv. Metoden bygger på begrebet en HCR indledt af passende sonde lokalisering. Dernæst resulterer brugen af split-initiator sonder til at begynde forstærkni...

SARS-CoV-2 er en ny human betacoronavirus, der opstod i slutningen af 2019, hvilket forårsagede en hidtil uset pandemi et par måneder senere. Fordi virussen er ny i videnskaben, forbliver meget af dens biologi og dens indvirkning på værtsceller ukendt. Derfor er kortlægning af viruscelle- og vævstropismen under infektion vigtig, hvis dens grundlæggende biologiske egenskaber og dens virkninger på værten skal forstås. Flere teknikker bruges til at undersøge virus-host samspil, herunder biokemiske, biologiske og fysiske assays. In situ hybridisering er en almindelig metode, der anvender mærket komplementær DNA, RNA eller modificerede nukleinsyresonder, som lokaliseres til specifikke DNA- eller RNA-sekvenser i en celle eller et væv.
Der er udviklet en ny RNA-fluorescerende in situ-hybridiseringsmetode (RNA-FISH), som indeholder ændringer for at øge følsomheden ved at forstærke signal-til-støj-forholdet via en HCR1. HCR gør det muligt at studere RNA-lokalisering på et enkeltcelleniveau. På grund af dens høje specificitet, følsomhed og opløsning er denne metode nyttig ikke kun til grundlæggende videnskabelige undersøgelser, men også til anvendelsesprojekter, f.eks. For nylig blev gennemførligheden af denne metode påvist til påvisning af SARS-CoV-2 RNA lokaliseret til ciliated celler inden for fuldt differentierede 3D human luftveje epitel (HAE) kulturer2. HAE kulturer udgør en af de mest avancerede værktøjer, der anvendes til at studere virusinfektion i forbindelse med den "naturlige infektion" mikromiljø3,4.
Flere rapporter om humane coronavirus (HCoV), herunder SARS-CoV-2, fremhæver betydningen af epigenetiske modifikationer med hensyn til HCoV-infektion og patofysiologi [gennemgået i 5],f.eks. Interessant nok identificerede massespektrometrisk screening flere epigenetiske faktorer, der interagerer med SARS-CoV-2 proteome8. Mere specifikt binder nonstructural protein 5 (NSP5) sig til den epigenetiske regulator, histone deacetylase 2 og den katalytisk inaktive NSP5 (C145A) interagerer med tRNA methyltransferase 1 (24). Derudover er NSP16 methyltransferase aktivitet blokeret af methyltransferase hæmmer, sinefungin9. Den nøjagtige rolle, som disse epigenetiske faktorer spiller i COVID-19, er dog fortsat uklar. Replikering af HCoV finder sted i cytoplasmaet i den inficerede celle og udløser inflammatoriske reaktioner, der er reguleret af epigenetiske modifikationer10.
For eksempel, HCoV-229E finjustere nukleare faktor-kappa B signalering og dybt omprogrammerer værten cellulære chromatin landskab ved at øge acetylering af H3K36 og H4K5 i visse regioner11. Den mellemøstlige respiratorisk syndrom-relaterede coronavirus infektion øger niveauet af H3K27me3 og nedbryder H3K4me3 på initiativtageren regioner af delmængder af specifikke interferon-følsomme gener12. Derudover udløser viral RNA celle immunrespons, som det demonstreres for flavivirus13, retrovirus14,15og coronavirus16. De epigenetiske markører på viral RNA kan spille en rolle i anerkendelse af cellulære sensorer, som vist for m7A-methylering af human immundefektvirus-1 RNA17. Men der er stadig spørgsmål: Hvad er virkningen af SARS-CoV-2 RNA på immunresponset, og er epigenetiske mærker involveret?
Her er der beskrevet en optimeret RNA-FISH-metode kombineret med immunfluorescensanalyse af cellelinjer og 3D-væv (fuldt differentieret HAE). Selv om cytologiske metoder, såsom FISH og immunfluorescens, anvendes bredt, har denne nye generation af in situ-hybridiseringsmetode baseret på HCR aldrig været anvendt til virusdetektion (undtagen i en nylig publikation)2. Generelt kræver immunostaining og FISH følgende trin: gennemtrængning for at muliggøre indtrængen af sonder eller antistoffer; fiksering, hvori cellulært materiale er fastgjort og konserveret påvisning, hvori der anvendes antistoffer eller nukleinsyresonder og endelig montering af prøverne til visualisering.
Selv om de eksisterende protokoller deler disse generelle træk, varierer de markant med hensyn til de involverede parametre. Her er en optimeret, enkel, immuno-RNA-FISH-protokol blevet beskrevet for at detektere SARS-CoV-2 RNA i HAE kulturer og Vero celler. Teknikken omfatter følgende trin: 1) fiksering af celler med paraformaldehyd; 2) permebilisering med vaske- og rengøringsmidler eller methanol (MeOH) 3) rehydrering gennem en gradueret serie af MeOH-opløsninger (kun HAE-kulturer) 4) påvisning 5) forstærkning ved hjælp af HCR-teknologi til påvisning af SARS-CoV-2 RNA 6) immunosang og (7) billeddannelse under et konfokalt mikroskop.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr >
			<td >Equipment</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Confocal Microscope LSM 880</td>
			<td >ZEISS </td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Grant Bio, Mini Rocker- Shaker</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td>12965501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Incubator Galaxy170R</td>
			<td >New Brunswick</td>
			<td>CO170R-230-1000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Thermomixer Comfort</td>
			<td >Eppendorf</td>
			<td>5355 000 011</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td>Materials</td>
			<td></td>
			<td ></td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >15 mm x 15 mm NO. 1 coverslips</td>
			<td >LabSolute</td>
			<td >7695022</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >1.5 mL tubes</td>
			<td >FL-MEDICAL</td>
			<td >5.350.023.053</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >12-well plate</td>
			<td >TTP</td>
			<td >92412</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Conical centrifuge tube</td>
			<td >Sarstedt</td>
			<td >5.332.547.254</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >parafilm</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >P7793-1EA</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >serological pipets</td>
			<td >VWR Collection</td>
			<td >612-5523P, 612-5827P</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >slide glass</td>
			<td >PTH CHEMLAND</td>
			<td >04-296.202.03</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Transwell ThinCerts</td>
			<td >Grainer bio-one</td>
			<td >665641</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Reagents</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Alexa fluorophore 488-conjugated secondary antibodies </td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >&#946;5-tubulin </td>
			<td>Santa Cruz Biotechnology</td>
			<td > sc-134234</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >DAPI</td>
			<td >Thermo Scientific</td>
			<td >D1306</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Disodium phosphate</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >S51136-500G</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >EGTA</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >EGT101.25</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >HCR Amplification Buffer</td>
			<td >Molecular Instruments, Inc.</td>
			<td >BAM01522</td>
			<td >Buffer can be also prepared doi:10.1242/dev.165753: Supplementary information</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >HCR amplifier B1-h1 Alexa Fluor 647</td>
			<td >Molecular Instruments, Inc.</td>
			<td >S013922</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >HCR amplifier B1-h2 Alexa Fluor 647</td>
			<td >Molecular Instruments, Inc.</td>
			<td >S012522</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >HCR Probe Hybridization Buffer</td>
			<td >Molecular Instruments, Inc.</td>
			<td >BPH03821</td>
			<td >Buffer can be also prepared doi:10.1242/dev.165753: Supplementary information</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >HCR probe set for SARS-CoV-2 Ncapsid</td>
			<td >Molecular Instruments, Inc.</td>
			<td >PRE134</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >HCR Probe Wash Buffer</td>
			<td >Molecular Instruments, Inc.</td>
			<td >BPW01522</td>
			<td >Buffer can be also prepared doi:10.1242/dev.165753: Supplementary information</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >HEPES</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >HEP001.100</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Magnesium sulfate heptahydrate</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >63138-250G</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Methanol</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >32213-1L-M</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Monopotassium phosphate</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >P5655-100G</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Paraformaldehyde</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >P6148-1KG</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >PIPES</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >PIP666.100</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Potassium Chloride</td>
			<td >Sigma</td>
			<td >P5405-250G</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Prolong Diamond Antifade Mounting Medium</td>
			<td >Invitrogen</td>
			<td >P36970</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Sodium Chloride</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >SOD001.5</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Trisodium Citrate 2-hydrate</td>
			<td >POCH</td>
			<td > 6132-04-3</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Tween-20</td>
			<td >BioShop</td>
			<td >TWN580.500</td>
			<td ></td>
		</tr>
		<tr >
			<td ></td>
			<td >Software</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Fluorescence Spectraviewer</td>
			<td ></td>
			<td></td>
			<td>Modeling spectral parameters</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >ImageJ Fiji</td>
			<td ></td>
			<td ></td>
			<td >Acquiring and processing z-stack images</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

visualization of sars-cov-2 using immuno rna-fluorescence in situ hybridization

Dette manuskript giver en protokol for in situ hybridisering kædereaktion (HCR) kombineret med immunfluorescens at visualisere svær akut luftvejssyndrom coronavirus 2 (SARS-CoV-2) RNA i celle linje og tre-dimensionelle (3D) kulturer af menneskelige luftveje epitel. Metoden tillader meget specifik og følsom visualisering af viral RNA ved at stole på HCR indledt af sonde lokalisering. Split-initiator sonder hjælpe med at forstærke signalet ved fluorescerende mærkede forstærkere, hvilket resulterer i ubetydelig baggrund fluorescens i konfokal mikroskopi. Mærkning af forstærkere med forskellige lysstofrør letter samtidig anerkendelse af forskellige mål. Dette gør det igen muligt at kortlægge infektionen i væv for bedre at forstå viral patogenese og replikation på enkeltcelleniveau. Kobling af denne metode med immunfluorescens kan gøre det lettere at forstå værtsvirusinteraktioner, herunder vekslen mellem værtseprægenom og immunresponsveje. På grund af følsom og specifik HCR-teknologi kan denne protokol også bruges som et diagnostisk værktøj. Det er også vigtigt at huske, at teknikken let kan ændres for at muliggøre påvisning af RNA, herunder ikke-kodende RNA'er og RNA-vira, der kan opstå i fremtiden.

Den immuno-RNA-FISH-protokol, der er beskrevet i dette manuskript, blev udført ved hjælp af to cellulære systemer: en Vero-cellelinje og en 3D HAE-kultur. De vigtigste trin for begge mobilmodeller er vist i tabel 2. RNA-FISH-protokollen til visualisering af SARS-CoV-2 i HAE-kulturer omfatter trin, der er typiske for vævsprøver, dvs. gennemtrængning med 100% MeOH og rehydrering gennem en gradueret serie af MeOH-PBS og 0,1% Tween-opløsninger. Immunfluorescens blev ud...

Watch this Scientific Journal Video about Visualization of SARS-CoV-2 using Immuno RNA-Fluorescence In Situ Hybridization at JoVE.com

Visualization of SARS-CoV-2 using Immuno RNA-Fluorescence In Situ Hybridization

Her beskriver vi en simpel metode, der kombinerer RNA-fluorescens in situ-hybridisering (RNA-FISH) med immunfluorescens for at visualisere svær akut respiratorisk syndrom coronavirus 2 (SARS-CoV-2) RNA. Denne protokol kan øge forståelsen af de molekylære egenskaber ved SARS-CoV-2 RNA-værtsinteraktioner på et enkeltcellet niveau.

Visualisering af SARS-CoV-2 ved hjælp af Immuno RNA-fluorescens In Situ Hybridisering

This manuscript provides a protocol for in situ hybridization chain reaction (HCR) coupled with immunofluorescence to visualize severe acute respiratory ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Fluorescent in situ Hybridization on Mitotic Chromosomes of Mosquitoes

Fluorescent in situ Hybridization on Mitotic Chromosomes of Mosquitoes

Fluorescent<em&gt; In situ</em&gt; Hybridisering på mitotiske kromosomer af myg

Fluorescent in situ hybridization (FISH) is a technique routinely used by many laboratories to determine the chromosomal position of DNA and RNA probes. ...

Visualization of Candida albicans in the Murine Gastrointestinal Tract Using Fluorescent In Situ Hybridization

Visualization of Candida albicans in the Murine Gastrointestinal Tract Using Fluorescent In Situ Hybridization

Visualisering af Candida albicans i murine mave-tarmkanalen ved hjælp fluorescerende in situ hybridisering

Candida albicans is a fungal component of the gut microbiota in humans and many other mammals. Although C. albicans does not cause symptoms in most ...

Detection of SARS-CoV-2 Neutralizing Antibodies using High-Throughput Fluorescent Imaging of Pseudovirus Infection

Påvisning af SARS-CoV-2 neutraliserende antistoffer ved hjælp af fluorescerende billeddannelse af pseudovirusinfektion

As the COVID-19 pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) continues to evolve, it has become evident that the ...

A Rapid, Multiplex Dual Reporter IgG and IgM SARS-CoV-2 Neutralization Assay for a Multiplexed Bead-Based Flow Analysis System

En hurtig, Multiplex Dual Reporter IgG og IgM SARS-CoV-2 neutralisering Assay for en multiplexed perle-baseret Flow Analysis System

The COVID-19 pandemic has underscored the need for rapid high-throughput methods for sensitive and specific serological detection of infection with novel ...

Detection of SARS-CoV-2 Receptor-Binding Domain Antibody using a HiBiT-Based Bioreporter

Påvisning af SARS-CoV-2 receptorbindende domæneantistof ved hjælp af en HiBiT-baseret bioreporter

The emergence of the COVID-19 pandemic has increased the need for better serological detection methods to determine the epidemiologic impact of severe ...

Visualization of Gut Microbiota-host Interactions via Fluorescence In Situ Hybridization, Lectin Staining, and Imaging

Visualization of Gut Microbiota-host Interactions via Fluorescence In Situ Hybridization, Lectin Staining, and Imaging

Visualisering af Gut Microbiota-vært Interaktioner via fluorescens In Situ Hybridisering, Lectin farvning, og Imaging

Measuring the localization of microbes within their in vivo context is an essential step in revealing the functional relationships between the microbiota ...

Live Imaging and Quantification of Viral Infection in K18 hACE2 Transgenic Mice Using Reporter-Expressing Recombinant SARS-CoV-2

Live imaging og kvantificering af virusinfektion i K18 hACE2 transgene mus ved hjælp af reporter-udtrykkende rekombinant SARS-CoV-2

The coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic has been caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). To date, SARS-CoV-2 has ...

Efficient SARS-CoV-2 Quantitative Reverse Transcriptase PCR Saliva Diagnostic Strategy utilizing Open-Source Pipetting Robots

Effektiv SARS-CoV-2 kvantitativ omvendt transkriptase PCR spytdiagnostisk strategi ved hjælp af open source pipetteringsrobotter

The emergence of the recent SARS-CoV-2 global health crisis introduced key challenges for epidemiological research and clinical testing. Characterized by ...

RNA Fluorescence in situ Hybridization (FISH) to Visualize Microbial Colonization and Infection in Caenorhabditis elegans Intestines

RNA Fluorescence in situ Hybridization FISH to Visualize Microbial Colonization and Infection in Caenorhabditis elegans Intestines

RNA-fluorescens in situ-hybridisering (FISH) for at visualisere mikrobiel kolonisering og infektion i Caenorhabditis elegans tarme

The intestines of wild Caenorhabditis nematodes are inhabited by a variety of microorganisms, including gut microbiome bacteria and pathogens, such as ...

Quantifying Vaccine-Induced Neutralizing Antibodies in SARS-CoV-2 Variants

Application of Ha-CoV-2 Pseudovirus for Rapid Quantification of SARS-CoV-2 Variants and Neutralizing Antibodies

Author Spotlight: A Pseudotype Virus System for Assessing Omicron Subvariants and Neutralizing Antibodies in SARS-CoV-2 Research

The coronavirus disease 2019 pandemic (COVID-19) has highlighted the need for rapid assays to accurately measure the infectivity of emerging SARS-CoV-2 ...