Name: three and four-dimensional visualization and analysis approaches to study vertebrate axial elongation and segmentation
Uploaded: 2021-02-28T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Three and Four-Dimensional Visualization and Analysis Approaches to Study Vertebrate Axial Elongation and Segmentation at JoVE.com

Мы хотели бы поблагодарить Оливье Пуркие и Александра Аулехлу за штамм репортера LuVeLu, лабораторию SunJin за тестовый образец RapiClear, Уго Перейру за помощь с использованием BigStitcher, Нуну Гранжейру за помощь в настройке аппарата визуализации в реальном времени, объект для животных IGC и бывших и нынешних членов лаборатории Mallo за полезные комментарии и поддержку в ходе этой работы.
Мы благодарим за техническую поддержку Центра расширенной визуализации МКГР, который поддерживается португальским финансированием ref# PPBI-POCI-01-0145-FEDER-022122 и ref# PTDC/BII-BTI/32375/2017, совместно финансируемым Региональной оперативной программой Лиссабона (Lisboa 2020) в соответствии с Соглашением о партнерстве с Португалией 2020 года, через Европейский фонд регионального развития (FEDER) и Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT, Португалия). Работа, описанная в этой рукописи, была поддержана грантами LISBOA-01-0145-FEDER-030254 (FCT, Португалия) и SCML-MC-60-2014 (Санта-Каса-да-Мизерикордия, Португалия) M.M., исследовательской инфраструктурой Congento, проектом LISBOA-01-0145-FEDER-022170 и стипендией PhD PD/BD/128426/2017 для A.D.

Эксперименты с участием животных проводились в соответствии с португальским (Portaria 1005/92) и европейским (Директива 2010/63/EU) законодательствами, касающимися жилья, животноводства и социального обеспечения. Проект был рассмотрен и одобрен Комитетом по этике "Instituto Gulbenkian de Ciência" и Португальск...

Осевое удлинение и сегментация являются двумя наиболее сложными и динамичными процессами, происходящими во время эмбрионального развития позвоночных. Использование 3D- и 4D-визуализации с одноклеточным отслеживанием применялось в течение некоторого времени для изучения этих процессо...

Формирование оси тела позвоночных является очень сложным и динамичным процессом, происходящим во время эмбрионального развития. В конце гаструляции [у мыши, около эмбрионального дня (E) 8,0], группа клеток-предшественников эпибластов, известных как нейромезодермальные предшественники (NMP), становится ключевым фактором осевого расширения в последовательности голова-хвост, генерируя нервную трубку и параксиальные мезодермальные ткани во время формирования шеи, туловища и хвоста 1,2,3,4 . Интересно, что положение, которое эти НМП занимают в каудальном эпибласте, по-видимому, играет ключевую роль в принятии решения о дифференциации в мезодерму или нейроэктодерму5. Хотя в настоящее время у нас нет точного молекулярного отпечатка для NMP, эти клетки, как правило, считаются коэкспрессирующими T (Brachyury) и Sox2 5,6. Точные механизмы, регулирующие судьбоносные решения NMP (т. Е. Принимают ли они нейронные или мезодермальные пути), только начинают точно определяться. Экспрессия Tbx6 в области примитивной полосы является ранним маркером решения судьбы NMP, так как этот ген участвует в индукции и спецификации мезодермы 6,7. Интересно, что ранние клетки мезодермы, по-видимому, экспрессируют высокие уровни Epha18 и передачи сигналов Wnt / β-катенина, а также Msgn1 также играют важную роль в дифференцировке параксиальной мезодермы и образовании сомита 9,10. Полный пространственно-временной анализ НМП на уровне одной клетки, безусловно, будет способствовать полному пониманию молекулярных механизмов, контролирующих спецификацию мезодермы.
Образование сомитов (предшественников позвонков) является ключевой особенностью позвоночных. Во время осевого удлинения параксиальная мезодерма сегментируется в ряд двусторонних повторяющихся единиц, известных как сомиты. Количество сомитов и время, необходимое для формирования новых сегментов, варьируется у видов11,12. Сомитогенез включает периодические сигнальные колебания (известные как «часы сегментации»), которые могут наблюдаться циклической экспрессией нескольких генов сигнальных путей Notch, Wnt и Fgf в пресомитической мезодерме (например, Lfng)11,12. Современная модель сомитогенеза также постулирует существование «волнового фронта созревания», серии сложных сигнальных градиентов, включающих передачу сигналов Fgf, Wnt и ретиноевой кислоты, которые определяют положение задней границы каждого нового сомита. Поэтому скоординированное взаимодействие между «часами сегментации» и «волновым фронтом созревания» имеет основополагающее значение для генерации этих модулей-предшественников позвонков, поскольку возмущения в этих ключевых морфогенетических процессах могут привести к эмбриональной летальности или к образованию врожденных пороков развития (например, сколиоза)13,14,15.
Несмотря на значительные последние достижения в области методов визуализации, методов анализа биоизображений и программного обеспечения, большинство исследований осевого удлинения и сомитогенеза по-прежнему опираются на одиночные/изолированные двумерные данные изображения (например, срезы), что не позволяет провести полную многомерную визуализацию тканей и затрудняет четкую дифференциацию между патологическими пороками развития (т.е. из-за мутаций) и нормальными морфологическими вариациями, происходящими во время эмбрионального развития16 . Визуализация в 3D уже обнаружила новые морфогенетические движения, ранее не идентифицированные стандартными 2D-методами 17,18,19,20, подчеркивая силу визуализации in toto для понимания механизмов сомитогенеза позвоночных и осевого расширения.
3D- и 4D-микроскопия эмбрионов мышей, особенно живая визуализация, технически сложна и требует критических шагов во время подготовки образцов, сбора изображений и предварительной обработки данных, чтобы обеспечить точный и значимый пространственно-временной анализ. Здесь мы описываем подробный протокол для живой визуализации и иммунофлуоресцентного окрашивания эмбрионов мышей, который может быть использован для изучения как NMP, так и мезодермальных клеток во время осевого расширения и сегментации. Кроме того, мы также описываем протокол оптической проекционной томографии (ОПТ) старых эмбрионов и плодов, который позволяет 3D в тото визуализации и количественной оценке патологических аномалий, которые могут возникнуть в результате проблем во время сомитогенеза (например, сращения костей и сколиоза)13,21,22. Наконец, мы иллюстрируем силу реконструкций 3D-визуализации в изучении и обучении сегментации позвоночных и осевого удлинения.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Agarose low gelling temperature</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>A9414</td>
			<td>Used to mounting embryos (e.g. for OPT)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amira software</td>
			<td>Thermofisher</td>
			<td>-</td>
			<td>Commerial software tool</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-Brachyury (Goat polyclonal)</td>
			<td>R and D Systems</td>
			<td>AF2085 RRID:AB_2200235</td>
			<td>For immunofluorescence</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-Sox2 (Rabbit monoclonal)</td>
			<td>Abcam</td>
			<td>ab92494 RRID:AB_10585428</td>
			<td>For immunofluorescence</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-Tbx6 (Goat polyclonal)</td>
			<td>R and D Systems</td>
			<td>AF4744 RRID:AB_2200834</td>
			<td>For immunofluorescence</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-Laminin111 (Rabbit polyclonal)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>L9393 RRID:AB_477163</td>
			<td>For immunofluorescence</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-goat 488 (Donkey polyclonal)</td>
			<td>Molecular Probes</td>
			<td>A11055 RRID:AB_2534102</td>
			<td>For immunofluorescence</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anti-rabbit 568 (Donkey polyclonal)</td>
			<td>ThermoFisher &#160; Scientific</td>
			<td>A10042 RRID:AB_2534017</td>
			<td>For immunofluorescence</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Benzyl Alcohol (99+%)</td>
			<td>(any)</td>
			<td>-</td>
			<td>Used to clear embryos (component of BABB)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Benzyl Benzoate (99+%)</td>
			<td>(any)</td>
			<td>-</td>
			<td>Used to clear embryos (component of BABB)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine serum albumin</td>
			<td>Biowest</td>
			<td>P6154</td>
			<td>For immunofluorescence</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Coverglass 20x20 mm #0</td>
			<td>(any)</td>
			<td>-</td>
			<td>100um thick</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Coverglass 20x20 mm #1</td>
			<td>(any)</td>
			<td>-</td>
			<td>170um thick</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Coverglass 20x60 mm #1.5</td>
			<td>(any)</td>
			<td>-</td>
			<td>To use as &#8220;slides&#8221;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DAPI (4&#8217;,6-Diamidino-2- Phenylindole Dihydrochloride)</td>
			<td>Life Technologies</td>
			<td>D3571</td>
			<td>For immunofluorescence</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Drishti software</td>
			<td>(open source)</td>
			<td>-</td>
			<td>Free software tool</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>ED2SS</td>
			<td>For demineralization</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fiji/ImageJ software</td>
			<td>(open source)</td>
			<td>-</td>
			<td>Free software tool</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycine</td>
			<td>NZYtech</td>
			<td>MB01401</td>
			<td>For immunofluorescence</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Huygens software</td>
			<td>Scientific Volume Imaging</td>
			<td>-</td>
			<td>Commerial software tool</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HyClone defined fetal bovine serum</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>#HYCLSH30070.03</td>
			<td>For live imaging</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrogen peroxide solution 30 %</td>
			<td>Milipore</td>
			<td>1085971000</td>
			<td>For clearing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Imaris software</td>
			<td>Bitplane / Oxford instruments</td>
			<td>-</td>
			<td>Commerial software tool</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>iSpacers</td>
			<td>SunJin Lab</td>
			<td>(varies)</td>
			<td>Use as spacers for preparations</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>L-glutamine</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>#25030&#8211;024</td>
			<td>For live imaging medium</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Low glucose DMEM</td>
			<td>Gibco</td>
			<td>11054020</td>
			<td>For live imaging medium</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>M2 medium</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>M7167</td>
			<td>To dissect embryos</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol</td>
			<td>VWR</td>
			<td>VWRC20847.307</td>
			<td>For dehydration and rehydration steps</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methyl salicylate</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>M6752</td>
			<td>Used to clear embryos</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Paraformaldehyde</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>P6148</td>
			<td>Used in solution to fix embryos</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Penicillin-streptomycin</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>#P0781</td>
			<td>For live imaging medium</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PBS (Phosphate-buffered saline solution)</td>
			<td>Biowest</td>
			<td>L0615-500</td>
			<td>-</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RapiClear</td>
			<td>SunJin Laboratory</td>
			<td>RapiClear 1.52</td>
			<td>Used to clear embryos</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Secure-Sea hybridization chambers</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>C5474</td>
			<td>Use as spacers for preparations</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>simLab software</td>
			<td>SimLab soft</td>
			<td>-</td>
			<td>Commerial software tool</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Slide, depression concave glass - 75x25 mm</td>
			<td>(any)</td>
			<td>-</td>
			<td>To mount thick embryos.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T8787</td>
			<td>For immunofluorescence</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

three and four-dimensional visualization and analysis approaches to study vertebrate axial elongation and segmentation

Сомитогенез является отличительной чертой эмбрионального развития позвоночных. В течение многих лет исследователи изучали этот процесс в различных организмах, используя широкий спектр методов, охватывающих подходы ex vivo и in vitro. Тем не менее, большинство исследований по-прежнему полагаются на анализ данных двумерной (2D) визуализации, что ограничивает надлежащую оценку процесса развития, такого как осевое расширение и сомитогенез, включающий высокодинамические взаимодействия в сложном 3D-пространстве. Здесь мы описываем методы, которые позволяют мышам получать изображения в реальном времени, обрабатывать наборы данных, визуализировать и анализировать в 3D и 4D для изучения клеток (например, нейромезодермальных предшественников), участвующих в этих процессах развития. Мы также предоставляем пошаговый протокол для оптической проекционной томографии и полноразмерной иммунофлуоресцентной микроскопии у эмбрионов мышей (от подготовки образцов до получения изображений) и показываем конвейер, который мы разработали для обработки и визуализации данных 3D-изображений. Мы расширяем использование некоторых из этих методов и выделяем специфические особенности различного доступного программного обеспечения (например, Fiji/ImageJ, Drishti, Amira и Imaris), которые могут быть использованы для улучшения нашего текущего понимания осевого расширения и формирования сомита (например, 3D-реконструкции). В целом, описанные здесь методы подчеркивают важность визуализации и анализа 3D-данных в биологии развития и могут помочь другим исследователям лучше рассматривать данные 3D и 4D изображений в контексте осевого расширения и сегментации позвоночных. Наконец, в работе также используются новые инструменты для облегчения обучения эмбриональному развитию позвоночных.

Репрезентативные результаты, показанные в этой статье как для живой, так и для иммунофлуоресцентной визуализации, были получены с использованием двухфотонной системы с водным объективом 20 × 1,0 NA, лазером возбуждения, настроенным на 960 нм, и фотоприемниками GaAsP (как описано в Dias et al. (2020)<sup ...

Watch this Scientific Journal Video about Three and Four-Dimensional Visualization and Analysis Approaches to Study Vertebrate Axial Elongation and Segmentation at JoVE.com

Three and Four-Dimensional Visualization and Analysis Approaches to Study Vertebrate Axial Elongation and Segmentation

Здесь описаны вычислительные инструменты и методы, позволяющие визуализировать и анализировать трех- и четырехмерные данные изображения эмбрионов мышей в контексте осевого удлинения и сегментации, полученные методом оптической проекционной томографии, а также путем живой визуализации и полноразмерного иммунофлуоресцентного окрашивания с использованием многофотонной микроскопии.

Трех- и четырехмерные подходы визуализации и анализа для изучения осевого удлинения и сегментации позвоночных

Somitogenesis is a hallmark of vertebrate embryonic development. For years, researchers have been studying this process in a variety of organisms using a ...

Стадии органогенеза у эмбрионов мышей остаются малоизученными отчасти из-за сложной визуализации сложных структур эмбриона. Этот протокол описывает методы, которые позволяют 3D и 4D визуализацию и анализ эмбрионов мыши во время осевого расширения и сегментации. Основным преимуществом данной методики является то, что она позволяет исследователям изучать и показывать сложные структуры эмбриона мыши в виде 3D динамических объектов.Этот протокол содержит методы, которые могут быть использованы при изучении врожденных пороков развития, затрагивающих позвонок и спинной мозг млекопитающих, таких как сколиоз. Эти методы также могут быть использованы с модельными системами in vitro, что позволяет изучать эмбриональное развитие человека. Чтобы подготовить эмбрионы мышей между эмбриональным днем 8,25 и эмбриональным днем 10,5 для живой визуализации, рассекните эмбрионы в предварительно подогретой среде M2 при 37 градусах Цельсия.Аккуратно удалите желточный мешок с помощью чистых щипцов и вымойте эмбрион один раз свежей средой M2, чтобы удалить кровь и мусор, образующиеся во время рассечения. Во время процедуры визуализации в реальном времени инкубируют эмбрионы в среде DMEM с низким содержанием глюкозы, дополненной 10% определяемым HyClone FBS, двумя миллимолярами L-глутамина и 1% пенициллиновым стрептомицином в камере с подогревом 37 градусов Цельсия и 65% кислородом с 5% углекислого газа. Чтобы подготовить эмбрионы мышей аналогичной стадии к иммунофлуоресцентной микроскопии, вместо использования нагретого М2 рассекают эмбрионы в холодном PBS и фиксируют в 4% параформальдегиде.После выполнения всего протокола окрашивания иммунофлуоресценции mount, как описано в тексте рукописи, очистка тканей может быть достигнута с помощью RapiClear. Сначала поместите эмбрионы в центр вогнутого стеклянного предметного стекла с депрессией 75 на 25 миллиметров, удалите весь PBST в микроскопе и добавьте 200 микролитров очищающего раствора, затем накройте подготовку слайда коробкой. Через 10 минут, защищенных от света, когда эмбрионы начнут становиться прозрачными, замените очищающий раствор и подождите еще 20 минут.Сверху на зародыш взмах, начиная с одной стороны и осторожно двигаясь в сторону другой. Теперь образец готов к визуализации. Для очистки с использованием метилсалицилата или BABB убедитесь, что эмбрионы полностью обезвожены в 100% метаноле, а затем начните серию BABB и метанола с 20% последовательным увеличением концентрации и 20-минутной инкубацией для каждой стадии.Когда раствор BABB достигнет 100%, внесите два дополнительных изменения для свежего раствора. Подготовьте стеклянный слайд размером 20 на 60 миллиметров 1,5 для крепления эмбрионов, чтобы избежать сжатия образца. Добавьте распорки из тонких металлических шайб.Перенесите очищенные эмбрионы на предметные стекла микроскопа с помощью зубочистки, тонкого хлопкового наконечника или пипетки Пастера. Затем добавьте каплю монтажной среды, накройте другим аналогичным покровным стеклом и запечатайте расплавленным парафином, чтобы лучше стабилизировать препарат, чтобы избежать пузырьков. Поместите крышку на одну сторону, а затем постепенно и осторожно сдвиньте ее в сторону, добавив больше среды, если это необходимо.Теперь образец готов к получению изображения в микроскоп. Используйте Fiji/ImageJ для репозиции эмбриона в стандартизированное положение передне-задней и дорсально-вентральной оси после визуализации. Уменьшите размер набора данных на изображении Фиджи, затем масштабируйте и вставьте значения шкалы X, Y и Z, необходимые для уменьшения набора данных до менее 200 мегабайт.Убедитесь, что отмечен флажок Создать новое окно. Затем перейдите в плагины и откройте 3D Viewer. В окне 3D Viewer нажмите на эмбрион, чтобы выбрать его, в результате чего появится красное 3D-поле.При использовании этого режима управляйте поворотом набора данных с помощью мыши. После обеспечения идеального положения эмбриона выберите редактирование, преобразование изображения и экспорт преобразованного изображения в окне 3D Viewer. Осмотрите различные ортогональные плоскости, затем перейдите к изображению, затем сложите и выберите ортогональные виды.Когда эмбрион правильно позиционируется, выберите меню окна 3D Viewer, затем отредактируйте, преобразуйте и сохраните матрицу преобразования в текстовый файл с расширением мата. Откройте текстовый файл с помощью Fiji/ImageJ, удалите первые две строки и повторно сохраните. При этом создается файл матрицы преобразования, совместимый с подключаемым модулем TransformJ.Переключитесь на полный набор данных разрешения и выполните операцию плагинов TransformJ и TransformJ affine. В новом окне найдите ранее сохраненный файл матрицы, выберите кубическую интерполяцию B-сплайн и ресамплинг изотропно, затем нажмите кнопку «ОК». После правильного перемещения эмбриона обрежьте большую часть созданного пустого пространства. Чтобы выполнить полное Z-проекционное изображение, нажмите на стеки, Z Project и выберите максимальную интенсивность.Затем нарисуйте минимальную рентабельность инвестиций, содержащую весь эмбрион в X и Y.Переключитесь на окна исходного набора данных, щелкнув редактировать, выделять, восстанавливать выделение и обрезать, выбирая изображение. Обрежьте фрагменты в начале и конце, которые не пересекаются с эмбриональными тканями, выбрав изображение и открыв стеки, нажмите на инструменты, выберите средство для удаления фрагментов и укажите первый и последний фрагмент для удаления, обязательно изменив приращение на один. При желании выполните дальнейший анализ и 3D-реконструкции, используя инструкцию в текстовой рукописи.Чтобы выполнить 3D-анализ более развитых эмбрионов, рассекайте эмбриональные плоды 18,5-го дня в холодном PBS, удалите все лишние эмбриональные мембраны, затем несколько раз промойте плоды в свежем PBS для удаления крови и мусора, образующихся во время процедуры рассечения. Фиксируйте плоды в 4% PFA, сделанные в PBS при четырех градусах Цельсия в течение пяти-семи дней. После промывания эмбриона несколько раз в PBS обезвоживают плод путем инкубации в 10%10 последовательных увеличений растворов метанола до достижения 100% метанола.Выполняйте каждую инкубацию в течение 25 минут на шейкере при комнатной температуре. Затем инкубируют плоды отдельно на шейкере сначала в течение одного дня в 5% перекиси водорода в метаноле, а затем в 10% перекиси водорода в метаноле в течение трех дней, пока эмбрионы не потеряют всю естественную пигментацию. Постепенно регидратируйте эмбрионы в обратном метанольном ряду в деминерализованной воде с каждой инкубацией в течение 20 минут на шейкере комнатной температуры, затем промывайте эмбрионы три раза в течение 30 минут за одну промывку в деминерализованной воде.Чтобы встроить плод в 1%-агарозные блоки, заполните 50-миллилитровую пластиковую трубку или шприц расплавленной агарозой, затем поместите плод в агарозу в вертикальное положение и поддерживайте это положение щипцами во время затвердевания агарозы. Поместите форму с блоком при четырех градусах Цельсия на 30 минут, чтобы агароза полностью желеобразилась, затем удалите блок агарозы с плодом из формы и поместите его в емкость с деморализованной водой. Осуществляют обезвоживание плода постепенно с 10%-ным увеличением концентрации метанола, разбавленного в деминерализованной воде или PBS, сохраняя образец в концентрации метанола в течение не менее 45 минут при комнатной температуре на шейкере до тех пор, пока не будет достигнуто 100% метанола.Очищают плоды, перемещая их через последовательный раствор BABB и метанол в течение 2,5 часов в каждой концентрации с 25%-ным увеличением концентрации BABB до достижения 100% BABB. Заменяйте раствор BABB на свежий каждый день, пока плод не станет полностью прозрачным. Этот процесс может занять от трех до пяти дней.Используйте клей для прикрепления очищенного блока агарозы к моторной оси сканера OPT, затем отрегулируйте оптику для получения изображения всего плода и приступайте к получению полного набора данных проекции. Метод 4D-визуализации в реальном времени позволяет динамически анализировать экспрессию репортера LuVeLu и эмбриональные эмбрионы Snai1-условного нокаута 8.5. Наряду с нормальным сигналом LuVeLu на пресомитической мезодерме, Snai1-условные нокаутирующие эмбрионы демонстрируют экспрессию LuVeLu в эктопической выпуклости, которая возникает из примитивной полосы.Иммунофлуоресцентные анализы с цельным креплением позволяют обнаружить потенциальные НМП и ключевые регуляторы дифференцировки мезодермы. Белые и желтые стрелки подчеркивают различия в эмбрионах мутантного и дикого типа. 3D-рендеризация целых иммуноокрашений позволяет лучше понять ткань или структуру в исследовании.При этом было исследовано расположение потенциальных НМП в хвостовой почке. 3D-реконструкции тканей также важны для понимания и характеристики морфологических дефектов у эмбрионов мышей. Интерактивная визуализация 3D-реконструкции также может быть построена в удобных для пользователя форматах.Например, в PDF-файле. Эти 3D-каудальные структуры эмбриона могут быть использованы для иллюстрации силы 3D-моделей для более широкой аудитории и для помощи в исследовании в обучении осевому удлинению и сегментации позвоночных. Наконец, 3D-визуализация более развитых эмбрионов мышей возможна с использованием метода OTP-микроскопии.Здесь показаны анимированные рендеры, выделяющие ключевые срезы эмбрионального дня 18,5 плодов. Самое главное, что нужно помнить, это то, что результат должен оставаться верным представлением того, что наблюдается у эмбриона. Исследователи могут использовать эти методы, чтобы выйти за рамки представления только статических изображений, но также включить видео, трехмерные реконструкции и даже интерактивные 3D-модели своих данных.

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

Differentiation of a Human Neural Stem Cell Line on Three Dimensional Cultures, Analysis of MicroRNA and Putative Target Genes

Дифференциация человеческих нервных стволовых клеток линии на трехмерной культур, анализ микроРНК и предполагаемые гены-мишени

Neural stem cells (NSCs) are capable of self-renewal and differentiation into neurons, astrocytes and oligodendrocytes under specific local ...

Ex Vivo Culture of Pharyngeal Arches to Study Heart and Muscle Progenitors and Their Niche

Ex Vivo Culture of Pharyngeal Arches to Study Heart and Muscle Progenitors and Their Niche

Экс Vivo культуры глотки Арки для изучения Сердце и мышцы предшественников и свою нишу

The pharyngeal mesoderm of developing embryos contributes to broad regions of head and heart musculature. We have developed a novel method to study head ...

Visualization of Chondrocyte Intercalation and Directional Proliferation via Zebrabow Clonal Cell Analysis in the Embryonic Meckel&#8217;s Cartilage

Visualization of Chondrocyte Intercalation and Directional Proliferation via Zebrabow Clonal Cell Analysis in the Embryonic MeckelÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã¢â€žÂ¢s Cartilage

Визуализация хондроцитов интеркаляции и направленного распространения через Zebrabow клонального анализа клеточной хряща в эмбриональном Меккеля

Development of the vertebrate craniofacial structures requires precise coordination of cell migration, proliferation, adhesion and differentiation. ...

Kinetic Measurement and Real Time Visualization of Somatic Reprogramming

Кинетическая измерения и в реальном времени Визуализация соматического Перепрограммирование

Somatic reprogramming has enabled the conversion of adult cells to induced pluripotent stem cells (iPSC) from diverse genetic backgrounds and disease ...

Analysis of Retinoic Acid-induced Neural Differentiation of Mouse Embryonic Stem Cells in Two and Three-dimensional Embryoid Bodies

Анализ ретиноевой кислоты-индуцированной Neural дифференциации эмбриональных стволовых клеток мыши в двух и трех-мерных эмбриональных телец

Mouse embryonic stem cells (ESCs) isolated from the inner mass of the blastocyst (typically at day E3.5), can be used as in vitro model system for ...

Visualization and Quantitative Analysis of Embryonic Angiogenesis in Xenopus tropicalis

Visualization and Quantitative Analysis of Embryonic Angiogenesis in Xenopus tropicalis

Визуализация и количественный анализ эмбрионального ангиогенеза у<em&gt; Xenopus tropicalis</em

Blood vessels supply oxygen and nutrients throughout the body, and the formation of the vascular network is under tight developmental control. The ...

Using In Vivo and Tissue and Cell Explant Approaches to Study the Morphogenesis and Pathogenesis of the Embryonic and Perinatal Aorta

Using In Vivo and Tissue and Cell Explant Approaches to Study the Morphogenesis and Pathogenesis of the Embryonic and Perinatal Aorta

Использование в естественных условиях и тканей и клеток экспланта подходы к изучению морфогенеза и патогенез эмбриональных и перинатальной аорты

The aorta is the largest artery in the body. The aortic wall is composed of an inner layer of endothelial cells, a middle layer of alternating elastic ...

Correlative Super-resolution and Electron Microscopy to Resolve Protein Localization in Zebrafish Retina

Корреляционные суперразрешением и электронной микроскопии решить локализация белка в Zebrafish сетчатки

We present a method to investigate the subcellular protein localization in the larval zebrafish retina by combining super-resolution light microscopy and ...

Three-dimensional Rendering and Analysis of Immunolabeled, Clarified Human Placental Villous Vascular Networks

Трехмерные визуализации и анализа полученных, пояснил человеческого плацентарного ворсинчатых сосудистой сети

Nutrient and gas exchange between mother and fetus occurs at the interface of the maternal intervillous blood and the vast villous capillary network that ...

Computational Analysis of the Caenorhabditis elegans Germline to Study the Distribution of Nuclei, Proteins, and the Cytoskeleton

Computational Analysis of the Caenorhabditis elegans Germline to Study the Distribution of Nuclei, Proteins, and the Cytoskeleton

Вычислительный анализ микрофлорой Caenorhabditis elegans для изучения распределения ядер, белки и Цитоскелет

The Caenorhabditis elegans (C. elegans) germline is used to study several biologically important processes including stem cell development, apoptosis, and ...