Name: platform incubator with movable xy stage: a new platform for implementing in-cell fast photochemical oxidation of proteins
Uploaded: 2021-05-17T13:30:00
Duration: 5 min 50 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Platform Incubator with Movable XY Stage: A New Platform for Implementing In-Cell Fast Photochemical Oxidation of Proteins at JoVE.com

इस काम को एनआईएच आर01 जीएम128983-01 से मिलने वाले अनुदान से समर्थन मिला ।

<ol>
	<li>Johnson, D. T., Di Stefano, L. H., Jones, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast+photochemical+oxidation+of+proteins+(FPOP):+A+powerful+mass+spectrometry+based+structural+proteomics+tool.">Fast photochemical oxidation of proteins (FPOP): A powerful mass spectrometry based structural proteomics tool.</a> Journal of Biological Chemistry. 294 (32), 11969-11979 (2019).</li><li>Liu, X. R., Zhang, M. M., Gross, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+Spectrometry-Based+Protein+Footprinting+for+Higher-Order+Structure+Analysis:+Fundamentals+and+Applications.">Mass Spectrometry-Based Protein Footprinting for Higher-Order Structure Analysis: Fundamentals and Applications.</a> Chemical Reviews. 120 (10), 4355-4454 (2019).</li><li>Li, J., Chen, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+fast+photochemical+oxidation+of+proteins+coupled+with+mass+spectrometry+in+protein+therapeutics+discovery+and+development.">The use of fast photochemical oxidation of proteins coupled with mass spectrometry in protein therapeutics discovery and development.</a> Drug Discovery Today. 24 (3), 829-883 (2019).</li><li>Zhao, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Covalent+Labeling+with+an+&#945;,&#946;-Unsaturated+Carbonyl+Scaffold+for+Studying+Protein+Structure+and+Interactions+by+Mass+Spectrometry.">Covalent Labeling with an &#945;,&#946;-Unsaturated Carbonyl Scaffold for Studying Protein Structure and Interactions by Mass Spectrometry.</a> Analytical Chemistry. 92 (9), 6637-6644 (2020).</li><li>Hambly, D. M., Gross, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+Flash+Photolysis+of+Hydrogen+Peroxide+to+Oxidize+Protein+Solvent-Accessible+Residues+on+the+Microsecond+Timescale.">Laser Flash Photolysis of Hydrogen Peroxide to Oxidize Protein Solvent-Accessible Residues on the Microsecond Timescale.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 16 (12), 2057-2063 (2005).</li><li>Li, K. S., Shi, L., Gross, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+Spectrometry-Based+Fast+Photochemical+Oxidation+of+Proteins+(FPOP)+for+Higher+Order+Structure+Characterization.">Mass Spectrometry-Based Fast Photochemical Oxidation of Proteins (FPOP) for Higher Order Structure Characterization.</a> Accounts of Chemical Research. 51 (3), 736-744 (2018).</li><li>Chea, E. E., Jones, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modifications+generated+by+fast+photochemical+oxidation+of+proteins+reflect+the+native+conformations+of+proteins.">Modifications generated by fast photochemical oxidation of proteins reflect the native conformations of proteins.</a> Protein Science. 27 (6), 1047-1056 (2018).</li><li>Hambly, D., Gross, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+flash+photochemical+oxidation+to+locate+heme+binding+and+conformational+changes+in+myoglobin.">Laser flash photochemical oxidation to locate heme binding and conformational changes in myoglobin.</a> International Journal of Mass Spectrometry. 259 (1), 124-129 (2007).</li><li>Yan, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast+photochemical+oxidation+of+proteins+(FPOP)+maps+the+epitope+of+EGFR+binding+to+adnectin.">Fast photochemical oxidation of proteins (FPOP) maps the epitope of EGFR binding to adnectin.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 25 (12), 2084-2092 (2014).</li><li>Zhang, Y., Wecksler, A. T., Molina, P., Deperalta, G., Gross, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mapping+the+Binding+Interface+of+VEGF+and+a+Monoclonal+Antibody+Fab-1+Fragment+with+Fast+Photochemical+Oxidation+of+Proteins+(FPOP)+and+Mass+Spectrometry.">Mapping the Binding Interface of VEGF and a Monoclonal Antibody Fab-1 Fragment with Fast Photochemical Oxidation of Proteins (FPOP) and Mass Spectrometry.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 28 (5), 850-858 (2017).</li><li>Espino, J. A., Mali, V. S., Jones, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+Cell+Footprinting+Coupled+with+Mass+Spectrometry+for+the+Structural+Analysis+of+Proteins+in+Live+Cells.">In Cell Footprinting Coupled with Mass Spectrometry for the Structural Analysis of Proteins in Live Cells.</a> Analytical Chemistry. 87 (15), 7971-7978 (2015).</li><li>Rinas, A., Mali, V. S., Espino, J. A., Jones, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+Microflow+System+for+In-Cell+Footprinting+Coupled+with+Mass+Spectrometry.">Development of a Microflow System for In-Cell Footprinting Coupled with Mass Spectrometry.</a> Analytical Chemistry. 88 (20), 10052-10058 (2016).</li><li>Johnson, D. T., Punshon-Smith, B., Espino, J. A., Gershenson, A., Jones, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Implementing+In-Cell+Fast+Photochemical+Oxidation+of+Proteins+in+a+Platform+Incubator+with+a+Movable+XY+Stage.">Implementing In-Cell Fast Photochemical Oxidation of Proteins in a Platform Incubator with a Movable XY Stage.</a> Analytical Chemistry. 92 (2), 1691-1696 (2019).</li><li>Bangel-Ruland, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cystic+fibrosis+transmembrane+conductance+regulator-mRNA+delivery:+a+novel+alternative+for+cystic+fibrosis+gene+therapy.">Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator-mRNA delivery: a novel alternative for cystic fibrosis gene therapy.</a> The Journal of Gene Medicine. 15 (11-12), 414-426 (2013).</li><li>Gau, B. C., Chen, H., Zhang, Y., Gross, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sulfate+Radical+Anion+as+a+New+Reagent+for+Fast+Photochemical+Oxidation+of+Proteins.">Sulfate Radical Anion as a New Reagent for Fast Photochemical Oxidation of Proteins.</a> Analytical Chemistry. 82 (18), 7821-7827 (2010).</li><li>Xu, G. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hydroxyl+Radical-Mediated+Modification+of+Proteins+as+Probes+for+StructuralProteomics.">Hydroxyl Radical-Mediated Modification of Proteins as Probes for StructuralProteomics.</a> Chemical Reviews. American Chemical Society. 107 (8), 3514-3543 (2007).</li><li>Espino, J. A., Jones, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Illuminating+Biological+Interactions+with+In+Vivo+Protein+Footprinting.">Illuminating Biological Interactions with In Vivo Protein Footprinting.</a> Analytical Chemistry. 9 (10), 6577-6584 (2019).</li><li>Gau, B. C., Sharp, J. S., Rempel, D. L., Gross, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast+Photochemical+Oxidation+of+Protein+Footprints+Faster+than+Protein+Unfolding.">Fast Photochemical Oxidation of Protein Footprints Faster than Protein Unfolding.</a> Analytical Chemistry. 81 (16), 6563-6571 (2009).</li><li>Kaur, U., Johnson, D. T., Jones, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Validation+of+the+Applicability+of+In-Cell+Fast+Photochemical+Oxidation+of+Proteins+across+Multiple+Eukaryotic+Cell+Lines.">Validation of the Applicability of In-Cell Fast Photochemical Oxidation of Proteins across Multiple Eukaryotic Cell Lines.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 31 (7), 1372-1379 (2020).</li></ol>

लेखक कोई प्रतिस्पर्धी वित्तीय हित की घोषणा करते हैं । यहां प्रस्तुत शोध नीचे संदर्भित पेटेंट आवेदन के साथ जुड़ा हुआ है: अमेरिका गैर अनंतिम पेटेंट आवेदन संख्या: 17/042,565 शीर्षक: "प्रोटीन फोल्डिंग निर्धारित करने के लिए डिवाइस और विधि" UMB डॉकेट संख्या: LJ-2018-104 UMass रेफरी: उमा 18-059 ।

प्रोटीन जीवित कोशिकाओं में बहुत काम करते हैं। इस महत्व को देखते हुए, शुद्ध प्रणालियों के विपरीत कोशिकाओं में बड़े परिसरों और एंजाइमेटिक प्रतिक्रियाओं में जटिलताओं की समझ को गहरा करने के लिए सेलुलर वातावरण में प्रोटीन फ़ंक्शन और उच्च क्रम संरचना (एचओएस) पर विस्तृत डेटा की आवश्यकता है। ऐसा करने के लिए, इन-सेल फास्ट फोटोकेमिकल ऑक्सीडेशन ऑफ प्रोटीन (आईसी-एफओपी) नामक एक हाइड्रोक्सिल रेडिकल प्रोटीन फुट प्रिंटिंग (एचआरएफपी) विधि अपनाई गई थी। अधिकांश एफओपी अध्ययन अपेक्षाकृत शुद्ध प्रोटीन प्रणालियों में विट्रो में किए गए हैं, जो भीड़ वाले आणविक वातावरण के साथ स्पष्ट रूप से विरोधाभासों को प्रभावित करता है जो बाध्यकारी बातचीत और प्रोटीन अनुरूप गतिशीलता को प्रभावित करता है। नतीजतन, इन विट्रो प्रयोगों18 और उन लोगों के निष्कर्षों के बीच एक खाई है जो वास्तविक सेलुलर वातावरण में प्राप्त किए जाएंगे। इन विट्रो एफपीओपी प्रयोग की आदर्शीकृत स्थितियों और सेल की जटिल प्रकृति के बीच के अंतर को पाटने के लिए सेल-एफपीओपी प्लेटफॉर्म में एक नया स्वचालित छह-वेल प्लेट-आधारित विकसित किया गया है। यह उपन्यास एफपीओपी तकनीक इन आणविक प्रजातियों की पहचान करने और उनकी विशेषता बनाने और स्वस्थ और रोगग्रस्त दोनों राज्यों में उनके गतिशील आणविक बातचीत का पता लगाने में सक्षम है। इस नए प्लेटफॉर्म को चल XY स्टेज (PIXY) के साथ प्लेटफॉर्म इनक्यूबेटर कहा जाता है।
एफओपी का उपयोग प्रोटेम के भीतर संरचनात्मक जानकारी को चित्रित करने के लिए सफलतापूर्वक किया गया है। हालांकि, हर जैविक तकनीक की कुछ सीमाएं होती हैं जिन्हें और सुधार की आवश्यकता होती है। लेजर फोटोलिसिस के दौरान और बिना किसी रिएक्टेड हाइड्रोक्सिल रेडिकल्स को कुशलतापूर्वक बुझाने के लिए विशिष्ट अभिकर्मकों की आवश्यकता होती है। पचा पेप्टाइड्स के पृथक्करण संरचनात्मक जानकारी को अधिकतम करने के लिए बड़ी मात्रा में समय की आवश्यकता हो सकती है। जानकारी के इस धन के बाद एमएस डेटा विश्लेषण1के दौरान व्यापक मात्रा की आवश्यकता हो सकती है । लेजर प्लेटफॉर्म पर सेल कल्चर और आईसी-एफपीओपी के लिए जरूरी पेरिफेरल मशीनरी सहित प्लेटफॉर्म इनक्यूबेटर एक बड़ी लागत के साथ आता है जो कुछ लैब्स के लिए संभव नहीं हो सकता है । चूंकि प्रगति जारी है, इसलिए मजबूत सॉफ्टवेयर और विश्लेषण उपकरण तकनीक को आगे बढ़ाना चाहिए; जिनमें से कुछ इस अध्ययन में प्रदर्शित किया गया है । इस प्लेटफ़ॉर्म इनक्यूबेटर में वर्तमान अध्ययन एचईके 293टी कोशिकाओं और सी एलिगेंसमें किए गए हैं। आईसी-एफओपी विधि को चीनी हम्सटर अंडाशय (चो), वेरो, एमसीएफ-7 और एमसीएफ10-ए कोशिकाओं19सहित विभिन्न प्रकार की सेल लाइनों के साथ संगत दिखाया गया है। चूंकि सामान्य आईसी-एफओपीओ विधि इस स्थिर मंच के लिए अनुवादयोग्य है, इसलिए इन सेल लाइनों को PIXY का उपयोग करके अध्ययन के लिए भी उत्तरदायी होना चाहिए।
आईसी-एफओपी एच2ओ2 का उपयोग अमीनो एसिड की सॉल्वेंट सुलभ साइड चेन को ऑक्सीडेटिव रूप से संशोधित करने के लिए करता है, फिर व्यवहार्य कोशिकाओं के भीतर प्रोटीन इंटरैक्शन, संरचना और मेटाबोलिक प्रभाव को आगे बढ़ाने के लिए जो जैविक संदर्भ प्रदान करने में महत्वपूर्ण है। यह एक आईसी-FPOP प्रयोग से पहले आवश्यक है पुष्टि करने के लिए कि कोशिकाओं को एच2O2 इसके अलावा के बाद व्यवहार्य हैं । कोशिका व्यवहार्यता अध्ययनों से पता चला है कि200m M 13तक एच 2 ओ2 सांद्रता की उपस्थिति में कोशिकाएं व्यवहार्य थीं। यह भी सुनिश्चित करें कि एच 2 O2मीडिया को हटा दियाजाता है के बाद कोशिकाओं पर सीधे २०० mm की अंतिम एकाग्रता पर संचार है बनाने के लिए महत्वपूर्ण है । सेल कल्चर मीडिया को पूरी तरह से हटाने में विफलता के कारण एच2ओ2की सांद्रता अलग - अलग हो जाएगी । मानक स्थितियों की तुलना में, एच 2ओ 2 एकाग्रता बढ़ाने केसाथ-साथइनक्यूबेशन समय को 10 सेकंड तक बढ़ाने के कारण प्लेटफ़ॉर्म इनक्यूबेटर में आईसी-एफपीओपी द्वारा संशोधित प्रोटीन की संख्या अधिक हो गई। यह सुनिश्चित करने के लिए पंप ठीक से काम कर रहे है और तरल फैलाया जा रहा है सुनिश्चित करने के लिए उपयोग से पहले प्रधानमंत्री peristaltic पंपों के लिए जरूरी है । ऐसा न करने पर टयूबिंग में हवा के बुलबुले, कोशिकाओं को विसर्जित करने के लिए एच2ओ2 की अपर्याप्त मात्रा, और/या शमन समाधान की अपर्याप्त मात्रा हो सकती है ।
एक और मुद्दा जो पैदा हो सकता है वह है प्रणाली में अवांछित देरी । इसका एक उदाहरण पंप सिस्टम के लिए प्राप्त आदेशों को सत्यापित करने की प्रक्रिया है जो एकीकरण सॉफ्टवेयर का उपयोग करके 1000 या अधिक मिलीसेकंड के आदेश पर महत्वपूर्ण देरी जोड़ता है। इस समस्या को प्रयोग के दौरान पंपों के साथ संचार को कम करके और जितना संभव हो उतना समय से पहले प्री-सेट कमांड का उपयोग करके तय किया जा सकता है।
भविष्य में, PIXY के लिए लक्ष्य एक पूरी तरह से स्वचालित और एकीकृत प्रणाली का उत्पादन कर रहा है । पेरिस्टाल्टिक पंपों के अलावा, लेजर पल्स का ट्रिगर स्वचालित होगा। गति और सटीकता बढ़ाने के लिए प्लेटफार्म इनक्यूबेटर के तेजी से आवागमन के लिए एक नई पोजिशनिंग प्रणाली का भी उपयोग किया जाएगा। सिस्टम के सभी घटकों को आगे बढ़ाने के लिए एकीकरण सॉफ्टवेयर का उपयोग करके प्रोग्राम किया जाना जारी रहेगा।

प्रोटीन पदचिह्न तकनीक प्रोटीन के संगठन के बारे में गहन जानकारी प्रकट कर सकती है। ये आवश्यक संरचनात्मक जीव विज्ञान एमएस आधारित तकनीक बड़े पैमाने पर स्पेक्ट्रोमेट्री टूलबॉक्स का एक घटक हैं। ये तरीके प्रोटीन हायर ऑर्डर स्ट्रक्चर (एचओएस) और तालमेल को सहसंयोजक लेबलिंग 1,2,3,4के माध्यम से जांच करते हैं । प्रोटीन के फास्ट फोटोकेमिकल ऑक्सीकरण (FPOP) अमीनो एसिड5,6 (तालिका 1)के विलायक सुलभ साइड चेन को ऑक्सीडेटिव रूप से संशोधित करने के लिए हाइड्रोक्सिल रेडिकल्स को रोजगार देता है। यह विधि हाइड्रोक्सिल रेडिकल्स उत्पन्न करने के लिए हाइड्रोजन पेरोक्साइड (एच 2 ओ2)के फोटोलिसिस के लिए248एनएम पर एक एक्सिमर लेजर का उपयोग करती है। सैद्धांतिक रूप से, 20 अमीनो एसिड में से 19 को ग्लाइ अपवाद होने के साथ ऑक्सीडेटिव रूप से संशोधित किया जा सकता है। हालांकि, हाइड्रोक्सिल रेडिकल्स के साथ अमीनो एसिड की अलग-अलग प्रतिक्रियाशीलता दरों के कारण, इनमें से केवल एक सबसेट का संशोधन प्रयोगात्मक रूप से देखा गया है। फिर भी, विधि में प्रोटीन अनुक्रम5की लंबाई में विश्लेषण की क्षमता है। FPOP माइक्रोसेकंड टाइमस्केल पर प्रोटीन को संशोधित करता है, जिससे यह तेजी से दरों के साथ कमजोर बातचीत का अध्ययन करने में उपयोगी हो जाता है। लिगांड-बाइंडिंग या प्रोटीन संरचना में परिवर्तन पर सॉल्वेंट पहुंच में परिवर्तन होता है, इस प्रकार, विधि की शक्ति कई राज्यों में प्रोटीन के लेबलिंग पैटर्न की तुलना में निहित है (यानी, लिगांड-बाउंड की तुलना में लिगांड-मुक्त)। नतीजतन, एफओपी प्रोटीन-प्रोटीन और प्रोटीन-लिगांड इंटरैक्शन साइटों और अनुरूप परिवर्तन7, 8,9,10के क्षेत्रों की पहचान करने में सफल रहा है। एफओपी विधि को शुद्ध प्रोटीन प्रणालियों के अध्ययन से इन-सेल विश्लेषण तक बढ़ाया गया है। इन-सेल एफओपी (आईसी-एफपीओपी) प्रोटेम11, 12में संरचनात्मक जानकारी प्रदान करने के लिए कोशिकाओं में एक हजार से अधिक प्रोटीन को ऑक्सीडेटिव रूप से संशोधित कर सकता है। पारंपरिक आईसी-एफपीओपी मंच लेजर बीम के पिछले एकल फ़ाइल को प्रवाहित करने के लिए एक प्रवाह प्रणाली का उपयोग करता है। इस प्रणाली के विकास ने व्यक्तिगत कोशिकाओं को लेजर विकिरण के समान जोखिम की अनुमति दी। इसके कारण ऑक्सीडेटिव लेबल वाले प्रोटीन 12 की संख्या में13गुना वृद्धि हुई । हालांकि, प्रवाह प्रणाली की एक सीमा एक नमूना प्रयोग की लंबाई है जिसमें 10 मिनट का विकिरण अंतराल होता है जिसके दौरान संशोधन होता है और एक अतिरिक्त 10 मिनट का वॉश चक्र होता है। आईसी-एफओपी की समय की कमी इसे जैव रासायनिक सिग्नलिंग कैस्केड में इंटरैक्शन नेटवर्क के बीच मौजूद अल्पकालिक प्रोटीन तह मध्यवर्ती या परिवर्तनों का अध्ययन करने के लिए अनुपयुक्त बनाती है। इस लौकिक सीमा ने उच्च थ्रूपुट से लैस एक नए आईसी-एफपीओपी प्लेटफॉर्म के डिजाइन को प्रेरित किया।
देशी सेल वातावरण में प्रोटीन उच्च आदेश संरचना को सही ढंग से मापने के लिए, नया डिजाइन सेल संस्कृति को सीधे लेजर प्लेटफॉर्म पर पूरा करने की अनुमति देता है, जो आईसी-एफपीओपी को उच्च थ्रूपुट होने में सक्षम बनाता है। यह सेटअप सेलुलर पर्यावरण के लिए कम से कम क्षोभ की अनुमति देता है, प्रवाह का उपयोग करके आईसी-एफपीओपी के विपरीत जहां अनुयायी कोशिकाओं को सब्सट्रेट से हटाया जाना चाहिए। नया मंच आईसी-एफओपी को एक बाँझ इनक्यूबेशन प्रणाली में होने की अनुमति देता है, जबकि लेजर बीम मार्गदर्शन, XY गति के लिए एक स्थिति प्रणाली, और रासायनिक विनिमय के लिए पेरिस्टाल्टिक पंपों के लिए कॉन्फ़िगर दर्पण प्रकाशिकी का उपयोग करतेहुए एक बाँझ इनक्यूबेशन प्रणाली में होते हैं। आईसी-एफपीओपी के संचालन के लिए नया मंच चल XY स्टेज (PIXY)(चित्रा 1)के साथ प्लेटफ़ॉर्म इनक्यूबेटर का हकदार है। PIXY में, आईसी-एफओपी मंच इनक्यूबेटर कक्ष के भीतर छह अच्छी प्लेटों में उगाई जाने वाली मानव कोशिकाओं पर किया जाता है। इस विन्यास के लिए, लेजर बीम एक स्थिति मंच है कि इनक्यूबेटर रखती है के रूप में बीम संगत दर्पण का उपयोग कर थाली पर नीचे परिलक्षित होता है, XY-विमान में ले जाया जाता है, तो लेजर बीम रणनीतिक केवल एक समय में एक अच्छी तरह से विकिरणित करने के लिए गठबंधन किया है । सत्यापन अध्ययनों से पता चलता है कि प्रवाह प्रणाली की तुलना में PIXY में आईसी-एफपीओपी तेजी से किया जा सकता है और प्रति प्रोटीन अमीनो एसिड संशोधनों में वृद्धि की ओर जाता है। इस नए आईसी-एफओपीओ मंच का विकास उस ज्ञान पर व्याख्या करेगा जिसे सेलुलर प्रयोगों13से प्राप्त किया जा सकता है।

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Ismatec Reglo ICC Peristaltic Pumps</td>
			<td>Cole-Palmer</td>
			<td>122270050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#160;Kinematic Mirror Mount for &#216;2&#34; Optics</td>
			<td>Thor Labs</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10X trypsin&#8722;EDTA</td>
			<td>Corning</td>
			<td>AB00490-00005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50.0mm 248nm 45&#176;, Excimer Laser Line Mirror</td>
			<td>Edmond Optics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetone, HPLC Grade</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile with 0.1% Formic Acid (v/v), LC/MS Grade</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ACQUITY UPLC M-Class Symmetry C18 Trap Column, 100&#197;, 5 &#181;m, 180 &#181;m x 20 mm, 2G, V/M, 1/pkg</td>
			<td>Waters</td>
			<td>23275</td>
			<td>other high resolution instruments (e.g. Q exactive Orbitrap or Orbitrap Fusion) can be used</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ACQUITY UPLC M-Class System</td>
			<td>Waters</td>
			<td>A53225</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Afinia H480 3D Printer</td>
			<td>(Innovation Space University of Maryland Baltimore Campus Library)</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>air pump</td>
			<td>OKOlabs</td>
			<td>D12345</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aluminum Foil</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>Stock #63-120</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aqua 5 &#181;m C18 125 &#197; packing material</td>
			<td>Phenomenex</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>carbon dioxide unit</td>
			<td>OKOlabs</td>
			<td>MadMotor&#174;-UHV</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>connectors (Y PP 1/16&#8221; and 1/16x1/8&#8221;)</td>
			<td>Cole-Palmer</td>
			<td>116891000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Delicate Task Wipers</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>022625501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dithiothreiotol (DTT)</td>
			<td>AmericanBio</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DMSO, Anhydrous</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>LS118-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dulbecco&#8217;s phosphate-buffered saline (DPBS)</td>
			<td>Corning</td>
			<td>SK-78001-82</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EX350 excimer laser</td>
			<td>GAM Laser</td>
			<td>PI89900</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fetal bovine serum (FBS)</td>
			<td>Corning</td>
			<td>SK-12023-78</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic Acid, LC/MS Grade</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A929-4</td>
			<td>4 L quantity is not necessary</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HEK293T cells</td>
			<td>Paul Shapiro Lab (University of Maryland Baltimore)</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>humidifier</td>
			<td>OKOlabs</td>
			<td>Nano-LPMW stage</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HV3-2 VALVE</td>
			<td>Hamilton</td>
			<td>BP152-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrogen Peroxide</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>LS120-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Iodoacetamide (IAA)</td>
			<td>ACROS Organics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LABVIEW Professional 2018</td>
			<td>National Instruments</td>
			<td>86728</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MadMotor Positioning system and controllers</td>
			<td>Mad City Labs</td>
			<td>W6-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol, LC/MS Grade</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>01-213-100</td>
			<td>any brand is sufficient</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>H301-T Unit-BL-PLUS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N,N&#8242;-Dimethylthiourea (DMTU)</td>
			<td>ACROS Organics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanopositioinging stage</td>
			<td>Mad City Labs</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N-tert-Butyl-&#945;-phenylnitrone (PBN)</td>
			<td>ACROS Organics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>OKO Touch Monitoring System</td>
			<td>OKOlabs</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Orbitrap Fusion Lumos Tribrid Mass Spectrometer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>7Z02936</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PE50-C pyroelectric energy meter</td>
			<td>Ophir Optronics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Penicillin-streptomycin</td>
			<td>Corning</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pierce Quantitative Colorimetric Peptide Assay</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pierce Rapid Gold BCA Protein Assay Kit</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pierce Trypsin Protease, MS Grade</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>75002436</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pierce Universal Nuclease for Cell Lysis</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>06-666A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pressure gauge</td>
			<td>OKOlabs</td>
			<td>OKO-AIR-PUMP-BL</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PTFE filter</td>
			<td>OKOlabs</td>
			<td>CO2-UNIT-BL</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Six 33 mm PLA filament rings</td>
			<td>(Innovation Space University of Maryland Baltimore Campus Library)</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>sterile incubator</td>
			<td>OKOlabs</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>temperature unit</td>
			<td>OKOlabs</td>
			<td>OKO-TOUCH</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermo Scientific Pierce RIPA Buffer</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A117-50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TiNKERcad</td>
			<td>(Innovation Space University of Maryland Baltimore Campus Library)</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris Base</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>H325-100</td>
			<td>any 30% hydrogen peroxide is sufficient</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>tubing (Tygon 3.18 and 1.59 ID)</td>
			<td>Cole-Palmer</td>
			<td>177350250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water with 0.1% Formic Acid (v/v), LC/MS Grade</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A454SK-4</td>
			<td>4 L quantity is not necessary</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water, LC/MS Grade</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>88702</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>90058</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>KM200</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>186007496</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

platform incubator with movable xy stage: a new platform for implementing in-cell fast photochemical oxidation of proteins

प्रोटीन का फास्ट फोटोकेमिकल ऑक्सीकरण (एफओपी) मास स्पेक्ट्रोमेट्री (एमएस) के साथ मिलकर सॉल्वेंट पहुंच के एक समारोह के रूप में प्रोटीन इंटरैक्शन, संरचना और प्रोटीन अनुरूप गतिशीलता से पूछताछ करने के लिए संरचनात्मक प्रोटेओमिक्स में एक अमूल्य उपकरण बन गया है। हाल के वर्षों में, FPOP, एक हाइड्रोक्सिल कट्टरपंथी प्रोटीन फुट प्रिंटिंग (HRPF) तकनीक के दायरे, लाइव सेल संस्कृतियों में प्रोटीन लेबलिंग के लिए विस्तारित किया गया है, जटिल सेलुलर वातावरण में प्रोटीन बातचीत का अध्ययन करने का साधन प्रदान करते हैं । इन-सेल प्रोटीन संशोधनों से लिगांड प्रेरित संरचनात्मक परिवर्तनों या प्रोटीन जटिल गठन के साथ अनुरूप परिवर्तनों में अंतर्दृष्टि प्रदान की जा सकती है, सभी सेलुलर संदर्भ में। प्रोटीन पदचिह्निंग को एक प्रथागत प्रवाह-आधारित प्रणाली और हाइड्रोजन पेरोक्साइड के फोटोलिसिस के माध्यम से हाइड्रोक्सिल रेडिकल्स को उपज देने के लिए 248 एनएम केआरएफ एक्सीमर लेजर को नियोजित किया गया है, जिसमें एक सेल नमूने के लिए 20 मिनट के विश्लेषण की आवश्यकता होती है। समय-हल FPOP प्रयोगों की सुविधा के लिए, एक नए 6-वेल प्लेट-आधारित आईसी-एफपीओपी प्लेटफॉर्म के उपयोग का बीड़ा उठाया गया था। वर्तमान प्रणाली में, एक एकल लेजर पल्स एक पूरे कुएं से विकिरणित होती है, जो एफओपी प्रायोगिक समय सीमा को काटती है जिसके परिणामस्वरूप विश्लेषण समय के 20 सेकंड होते हैं, 60 गुना कमी आती है। यह बहुत कम विश्लेषण समय एक समय पर निर्भर तरीके से जैव रासायनिक सिग्नलिंग झरना, प्रोटीन तह, और अंतर प्रयोगों (यानी, दवा मुक्त बनाम दवा बाध्य) के रूप में सेलुलर तंत्र अनुसंधान करने के लिए संभव बनाता है । यह नया इंस्ट्रूमेंटेशन, जिसका हकदार प्लेटफ़ॉर्म इनक्यूबेटर विद चल XY Stage (PIXY) है, उपयोगकर्ता को तापमान, सीओ 2 और आर्द्रता नियंत्रण के साथ एक मंच इनक्यूबेटर का उपयोग करके ऑप्टिकल बेंच पर सीधे सेल कल्चर औरआईसी-एफओपी प्रदर्शन करने की अनुमति देता है। मंच भी लेजर बीम मार्गदर्शन के लिए एक स्थिति मंच, peristaltic पंप, और दर्पण प्रकाशिकी भी शामिल है । आईसी-एफओपी स्थितियों जैसे प्रकाशिकी विन्यास, प्रवाह दर, क्षणिक ट्रांसफेक्शन, और PIXY में एच2ओ2 एकाग्रता को अनुकूलित और सहकर्मी-समीक्षा की गई है। प्रणाली के सभी घटकों के स्वचालन से मानव हेरफेर में कमी आएगी और थ्रूपुट में वृद्धि होगी।

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Platform Incubator with Movable XY Stage: A New Platform for Implementing In-Cell Fast Photochemical Oxidation of Proteins

प्रोटीन के इन-सेल फास्ट फोटोकेमिकल ऑक्सीकरण (आईसी-एफओपी) नामक प्रोटीन फुटप्रिंटिंग तकनीक का उपयोग करते हुए देशी सेल वातावरण में प्रोटीन संरचना और इंटरैक्शन साइटों की विशेषता के लिए एक नया स्थिर मंच का उपयोग किया जाता है।

चल XY स्टेज के साथ प्लेटफ़ॉर्म इनक्यूबेटर: प्रोटीन के इन-सेल फास्ट फोटोकेमिकल ऑक्सीकरण को लागू करने के लिए एक नया मंच

Fast Photochemical Oxidation of proteins (FPOP) coupled with mass spectrometry (MS) has become an invaluable tool in structural proteomics to interrogate ...

यह विधि आज की मांग जैविक सवालों के लिए समाधान प्रदान करता है । इन-सेल एफओपी प्रयोग से, हम प्रोटीन-लिगांड इंटरैक्शन, प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन साइट्स और अनुरूप परिवर्तन के क्षेत्रों का अध्ययन कर सकते हैं। इस तकनीक का लाभ एक स्वचालित छह-अच्छी प्लेट-आधारित आईसी-एफओपी प्लेटफॉर्म का उपयोग है जो कोशिकाओं को विकसित करना और लेजर पर इन-सेल एफपीओपी अध्ययन करना संभव बनाता है।इस विधि का उपयोग फार्मास्यूटिकल और बायोटेक उद्योगों के साथ-साथ प्रमुख अकादमिक और नैदानिक अनुसंधान संस्थानों में किया जा सकता है, विशेष रूप से प्रोटीन गतिशीलता का अध्ययन करने वाले विश्वविद्यालयों में जैविक जांचकर्ताओं द्वारा। शुरू करने के लिए, स्थिति चरण से मंच इनक्यूबेटर को अनस्क्रू करें और तापमान, गैस और ह्यूमिडिफायर लाइनों को डिस्कनेक्ट करें। इनक्यूबेटर को 70% इथेनॉल के साथ स्प्रे करें और इसे सेल कल्चर हुड में रखें।मंच इनक्यूबेटर से छह अच्छी तरह से प्लेट निकालें, थाली के मूल ढक्कन सुरक्षित है, और एक माइक्रोस्कोप का उपयोग कर सेल संकुचन की पुष्टि, तो कक्ष संस्कृति हुड के अंदर मंच इनक्यूबेटर में वापस संकुचित कोशिकाओं के साथ छह अच्छी तरह से थाली जगह है । ट्यूबों को अच्छी तरह से दीवारों पर फ्लश करके एम्बेडेड बंदरगाहों के माध्यम से प्रत्येक कुएं में तीन प्री-कट टायगॉन ट्यूब डालें और उन्हें कस्टम 3 डी मुद्रित छल्ले के साथ सुरक्षित करें। पंप वापसी के लिए एक एकीकरण सॉफ्टवेयर स्क्रिप्ट तैयार करें।सभी छह कुओं से सेल मीडिया को पूरी तरह से हटाने के लिए एक पेरिस्टाल्टिक पंप का उपयोग करें। अन्य तीन पेरिस्टाल्टिक पंपों के प्रत्येक चैनल में प्राइम सॉल्वैंट्स, फिर अपने संबंधित बारी ट्यूबों में हाइड्रोजन पेरोक्साइड और शमन बफर को तब तक संचार करते हैं जब तक कि अभिकर्मक इनक्यूबेटर बंदरगाहों तक नहीं पहुंच जाते। पुष्टि करें कि लेजर बीम को सही ढंग से कोण किया गया है और इनक्यूबेटर बेहिचक तक पहुंचता है।बाहरी सेंसर का उपयोग करके लेजर ऊर्जा की जांच करें। बीम अलाइनमेंट की पुष्टि के बाद पंप जलसेक के लिए एकीकरण सॉफ्टवेयर स्क्रिप्ट तैयार करें। पहले कुएं में 35 मिलीलीटर प्रति मिनट पर 200 मिलीमोलर हाइड्रोजन पेरोक्साइड का संचार करें।टाइमर पर 11 सेकंड के निशान पर पल्स को ट्रिगर करने के लिए पांच सेकंड के निशान पर लेजर सॉफ्टवेयर पर स्टार्ट बटन दबाएं। लेजर पल्स के तुरंत बाद पहले कुएं में 35 मिलीलीटर प्रति मिनट पर 125 मिलीमोलर शमन समाधान डालें। लेजर बीम के साथ अगले कुएं को संरेखित करने और सभी कुओं के लिए प्रक्रिया को दोहराने के लिए स्थिति चरण को मैन्युअल रूप से स्थानांतरित करें।एक सेल कल्चर हुड में, कोशिकाओं को प्रत्येक कुएं से अलग-अलग 15 मिलीलीटर शंकु नलियों में स्थानांतरित करने के लिए सेल स्क्रैपर का उपयोग करें। पांच मिनट के लिए 1, 200 बार जी पर सेंट्रलाइज कोशिकाएं। सुपरनेट को त्यागें और कोशिकाओं को रिपा लाइसिस बफर के 100 माइक्रोलीटर में फिर से खर्च करें।कोशिकाओं को व्यक्तिगत 1.2 मिलीलीटर पॉलीप्रोपाइलीन ट्यूब में स्थानांतरित करें। फ्लैश तरल नाइट्रोजन में सभी नमूनों को फ्रीज करें और उपयोग तक उन्हें शून्य से 80 डिग्री फ्रीजर में रखें। एफपीओपी संशोधनों को स्थानीयकृत करने के लिए, तरल क्रोमेटोग्राफी टैंडेम मास स्पेक्ट्रोमेट्री विश्लेषण का उपयोग करके पचाने वाली कोशिका lysate का विश्लेषण करें, फिर संशोधन की सीमा की गणना करें।इस बात की पुष्टि करने के लिए कि लेजर प्लेटफॉर्म पर सेल कल्चर के लिए प्लेटफॉर्म इनक्यूबेटर की स्थिति पर्याप्त है, GCaMP2 को क्षणिक रूप से HEK293T में संक्रमित किया गया था और दोनों प्लेटों के लिए ट्रांसफेक्शन दक्षता फ्लोरेसेंस इमेजिंग के माध्यम से मूल्यांकन किया गया था। ट्रांसफेक्शन दक्षता की मात्रा निर्धारित करने के लिए एक लूसिफ़ेरेस परख का प्रदर्शन किया गया था। प्रवाह प्रणाली में लेबल HEK293T कोशिकाओं में FPOP संशोधनों मंच इनक्यूबेटर में लेबल उन लोगों की तुलना में थे ।मंच इनक्यूबेटर दोनों प्रोटीन की संख्या में प्रवाह प्रणाली से बेहतर प्रदर्शन किया संशोधित और उन प्रोटीन में कुल FPOP कवरेज । प्रवाह प्रणाली में, दो संशोधित पेप्टाइड्स का पता लगाया गया, जो सीमित संरचनात्मक जानकारी प्रदान करते हैं। हालांकि, प्लेटफॉर्म इनक्यूबेटर में ऐक्टिन सीक्वेंस में फैले पांच संशोधित पेप्टाइड्स का पता चला ।दोनों प्रणालियों में संशोधित प्रोलाइन के साथ ऐक्टिन के टैंडेम एमएस स्पेक्ट्रा और असंशोधित ऐक्टिन पेप्टाइड यहां दिखाए गए हैं । मंच इनक्यूबेटर नमूनों में एफपीओपी संशोधित अवशेषों में 12 संशोधित अवशेष, प्रवाह प्रणाली में तीन संशोधित अवशेष और एक अतिव्यापी संशोधित अवशेष शामिल थे । एलसी-एमएस एमएस विश्लेषण से पता चला है कि ७९२ प्रोटीन द्वारा वीवो FPOP में मंच इनक्यूबेटर में ५४५ प्रोटीन प्रवाह प्रणाली के साथ संशोधित की तुलना में संशोधित किया गया ।कोशिकाओं को बाँझ परिस्थितियों में रखना अनिवार्य है। हमेशा सभी आवश्यक छह अच्छी तरह से प्लेटें, ट्यूबिंग, और छल्ले डालने के लिए बाँझ सेल संस्कृति हुड में मंच इनक्यूबेटर लाओ । यह प्रयोग की अखंडता सुनिश्चित करता है।

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Fabricating a UV-Vis and Raman Spectroscopy Immunoassay Platform

एक यूवी विज़ और रमन स्पेक्ट्रोस्कोपी Immunoassay प्लेटफार्म fabricating

Immunoassays are used to detect proteins based on the presence of associated antibodies. Because of their extensive use in research and clinical settings, ...

Protein Film Infrared Electrochemistry Demonstrated for Study of H2 Oxidation by a [NiFe] Hydrogenase

Protein Film Infrared Electrochemistry Demonstrated for Study of H2 Oxidation by a [NiFe] Hydrogenase

प्रोटीन फिल्म अवरक्त Electrochemistry एक [नाईफ] Hydrogenase द्वारा एच2 ऑक्सीकरण के अध्ययन के लिए प्रदर्शन किया

Understanding the chemistry of redox proteins demands methods that provide precise control over redox centers within the protein. The technique of protein ...

Multiplexed Isothermal Amplification Based Diagnostic Platform to Detect Zika, Chikungunya, and Dengue 1

मल्टीप्लेक्स इज़ोटेर्माल प्रवर्धन आधारित नैदानिक मंच Zika, Chikungunya, और डेंगू का पता लगाने के लिए 1

Zika, dengue, and chikungunya viruses are transmitted by mosquitoes, causing diseases with similar patient symptoms. However, they have different ...

A Rat Methyl-Seq Platform to Identify Epigenetic Changes Associated with Stress Exposure

एक चूहा मिथाइल-Seq मंच तनाव जोखिम से जुड़े Epigenetic परिवर्तन की पहचान करने के लिए

As genomes of a wider variety of animals become available, there is an increasing need for tools that can capture dynamic epigenetic changes in these ...

Use of Recombinant Fusion Proteins in a Fluorescent Protease Assay Platform and Their In-gel Renaturation

एक फ्लोरोसेंट चिढ़ा परख मंच में रिकॉमबिनेंट फ्यूजन प्रोटीन का उपयोग करें और उनके जेल Renaturation

Proteases are intensively studied enzymes due to their essential roles in several biological pathways of living organisms and in pathogenesis; therefore, ...

Measuring Interactions between Fluorescent Probes and Lignin in Plant Sections by sFLIM Based on Native Autofluorescence

देशी ऑटोफ्लोरेसेंस के आधार पर एसएफआईएम द्वारा संयंत्र अनुभागों में फ्लोरोसेंट जांच और लिग्निन के बीच बातचीत को मापना

In lignocellulosic biomass (LB), the activity of enzymes is limited by the appearance of non-specific interactions with lignin during the hydrolysis ...

Characterizing Cellular Proteins with In-cell Fast Photochemical Oxidation of Proteins

प्रोटीन के इन-सेल फास्ट फोटोकेमिकल ऑक्सीकरण के साथ सेलुलर प्रोटीन की विशेषता

Fast photochemical oxidation of proteins (FPOP) is a hydroxyl radical protein footprinting method used to characterize protein structure and interactions. ...

A Hydrogen-Deuterium Exchange Mass Spectrometry (HDX-MS) Platform for Investigating Peptide Biosynthetic Enzymes

A Hydrogen-Deuterium Exchange Mass Spectrometry HDX-MS Platform for Investigating Peptide Biosynthetic Enzymes

पेप्टाइड बायोसिंथेटिक एंजाइमों की जांच के लिए एक हाइड्रोजन-ड्यूटेरियम एक्सचेंज मास स्पेक्ट्रोमेट्री (एचडीएक्स-एमएस) मंच

Hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry (HDX-MS) is a powerful method for the biophysical characterization of enzyme conformational changes and ...

Spectrophotometric Screening for Potential Inhibitors of Cytosolic Glutathione S-Transferases

साइटोसोलिक ग्लूटाथिएक एस-ट्रांसफरास के संभावित अवरोधकों के लिए स्पेक्ट्रोफोटोमेट्रिक स्क्रीनिंग

Glutathione S-transferases (GSTs) are metabolic enzymes responsible for the elimination of endogenous or exogenous electrophilic compounds by glutathione ...

Transverse Sectioning of Mature Rice (Oryza sativa L.) Kernels for Scanning Electron Microscopy Imaging Using Pipette Tips as Immobilization Support

Transverse Sectioning of Mature Rice Oryza sativa L. Kernels for Scanning Electron Microscopy Imaging Using Pipette Tips as Immobilization Support

परिपक्व चावल के अनुप्रस्थ विभाजन(Oryza sativa एल.) स्कैनिंग इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी इमेजिंग के लिए कर्नेल्स स्थिरीकरण समर्थन के रूप में पिपेट युक्तियाँ का उपयोग कर