Name: platform incubator with movable xy stage: a new platform for implementing in-cell fast photochemical oxidation of proteins
Uploaded: 2021-05-17T13:30:00
Duration: 5 min 50 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Platform Incubator with Movable XY Stage: A New Platform for Implementing In-Cell Fast Photochemical Oxidation of Proteins at JoVE.com

Эта работа была поддержана грантом NIH R01 GM128983-01.

<ol>
	<li>Johnson, D. T., Di Stefano, L. H., Jones, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast+photochemical+oxidation+of+proteins+(FPOP):+A+powerful+mass+spectrometry+based+structural+proteomics+tool.">Fast photochemical oxidation of proteins (FPOP): A powerful mass spectrometry based structural proteomics tool.</a> Journal of Biological Chemistry. 294 (32), 11969-11979 (2019).</li><li>Liu, X. R., Zhang, M. M., Gross, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+Spectrometry-Based+Protein+Footprinting+for+Higher-Order+Structure+Analysis:+Fundamentals+and+Applications.">Mass Spectrometry-Based Protein Footprinting for Higher-Order Structure Analysis: Fundamentals and Applications.</a> Chemical Reviews. 120 (10), 4355-4454 (2019).</li><li>Li, J., Chen, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+use+of+fast+photochemical+oxidation+of+proteins+coupled+with+mass+spectrometry+in+protein+therapeutics+discovery+and+development.">The use of fast photochemical oxidation of proteins coupled with mass spectrometry in protein therapeutics discovery and development.</a> Drug Discovery Today. 24 (3), 829-883 (2019).</li><li>Zhao, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Covalent+Labeling+with+an+&#945;,&#946;-Unsaturated+Carbonyl+Scaffold+for+Studying+Protein+Structure+and+Interactions+by+Mass+Spectrometry.">Covalent Labeling with an &#945;,&#946;-Unsaturated Carbonyl Scaffold for Studying Protein Structure and Interactions by Mass Spectrometry.</a> Analytical Chemistry. 92 (9), 6637-6644 (2020).</li><li>Hambly, D. M., Gross, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+Flash+Photolysis+of+Hydrogen+Peroxide+to+Oxidize+Protein+Solvent-Accessible+Residues+on+the+Microsecond+Timescale.">Laser Flash Photolysis of Hydrogen Peroxide to Oxidize Protein Solvent-Accessible Residues on the Microsecond Timescale.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 16 (12), 2057-2063 (2005).</li><li>Li, K. S., Shi, L., Gross, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+Spectrometry-Based+Fast+Photochemical+Oxidation+of+Proteins+(FPOP)+for+Higher+Order+Structure+Characterization.">Mass Spectrometry-Based Fast Photochemical Oxidation of Proteins (FPOP) for Higher Order Structure Characterization.</a> Accounts of Chemical Research. 51 (3), 736-744 (2018).</li><li>Chea, E. E., Jones, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modifications+generated+by+fast+photochemical+oxidation+of+proteins+reflect+the+native+conformations+of+proteins.">Modifications generated by fast photochemical oxidation of proteins reflect the native conformations of proteins.</a> Protein Science. 27 (6), 1047-1056 (2018).</li><li>Hambly, D., Gross, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+flash+photochemical+oxidation+to+locate+heme+binding+and+conformational+changes+in+myoglobin.">Laser flash photochemical oxidation to locate heme binding and conformational changes in myoglobin.</a> International Journal of Mass Spectrometry. 259 (1), 124-129 (2007).</li><li>Yan, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast+photochemical+oxidation+of+proteins+(FPOP)+maps+the+epitope+of+EGFR+binding+to+adnectin.">Fast photochemical oxidation of proteins (FPOP) maps the epitope of EGFR binding to adnectin.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 25 (12), 2084-2092 (2014).</li><li>Zhang, Y., Wecksler, A. T., Molina, P., Deperalta, G., Gross, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mapping+the+Binding+Interface+of+VEGF+and+a+Monoclonal+Antibody+Fab-1+Fragment+with+Fast+Photochemical+Oxidation+of+Proteins+(FPOP)+and+Mass+Spectrometry.">Mapping the Binding Interface of VEGF and a Monoclonal Antibody Fab-1 Fragment with Fast Photochemical Oxidation of Proteins (FPOP) and Mass Spectrometry.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 28 (5), 850-858 (2017).</li><li>Espino, J. A., Mali, V. S., Jones, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+Cell+Footprinting+Coupled+with+Mass+Spectrometry+for+the+Structural+Analysis+of+Proteins+in+Live+Cells.">In Cell Footprinting Coupled with Mass Spectrometry for the Structural Analysis of Proteins in Live Cells.</a> Analytical Chemistry. 87 (15), 7971-7978 (2015).</li><li>Rinas, A., Mali, V. S., Espino, J. A., Jones, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+Microflow+System+for+In-Cell+Footprinting+Coupled+with+Mass+Spectrometry.">Development of a Microflow System for In-Cell Footprinting Coupled with Mass Spectrometry.</a> Analytical Chemistry. 88 (20), 10052-10058 (2016).</li><li>Johnson, D. T., Punshon-Smith, B., Espino, J. A., Gershenson, A., Jones, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Implementing+In-Cell+Fast+Photochemical+Oxidation+of+Proteins+in+a+Platform+Incubator+with+a+Movable+XY+Stage.">Implementing In-Cell Fast Photochemical Oxidation of Proteins in a Platform Incubator with a Movable XY Stage.</a> Analytical Chemistry. 92 (2), 1691-1696 (2019).</li><li>Bangel-Ruland, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cystic+fibrosis+transmembrane+conductance+regulator-mRNA+delivery:+a+novel+alternative+for+cystic+fibrosis+gene+therapy.">Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator-mRNA delivery: a novel alternative for cystic fibrosis gene therapy.</a> The Journal of Gene Medicine. 15 (11-12), 414-426 (2013).</li><li>Gau, B. C., Chen, H., Zhang, Y., Gross, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sulfate+Radical+Anion+as+a+New+Reagent+for+Fast+Photochemical+Oxidation+of+Proteins.">Sulfate Radical Anion as a New Reagent for Fast Photochemical Oxidation of Proteins.</a> Analytical Chemistry. 82 (18), 7821-7827 (2010).</li><li>Xu, G. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hydroxyl+Radical-Mediated+Modification+of+Proteins+as+Probes+for+StructuralProteomics.">Hydroxyl Radical-Mediated Modification of Proteins as Probes for StructuralProteomics.</a> Chemical Reviews. American Chemical Society. 107 (8), 3514-3543 (2007).</li><li>Espino, J. A., Jones, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Illuminating+Biological+Interactions+with+In+Vivo+Protein+Footprinting.">Illuminating Biological Interactions with In Vivo Protein Footprinting.</a> Analytical Chemistry. 9 (10), 6577-6584 (2019).</li><li>Gau, B. C., Sharp, J. S., Rempel, D. L., Gross, M. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fast+Photochemical+Oxidation+of+Protein+Footprints+Faster+than+Protein+Unfolding.">Fast Photochemical Oxidation of Protein Footprints Faster than Protein Unfolding.</a> Analytical Chemistry. 81 (16), 6563-6571 (2009).</li><li>Kaur, U., Johnson, D. T., Jones, L. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Validation+of+the+Applicability+of+In-Cell+Fast+Photochemical+Oxidation+of+Proteins+across+Multiple+Eukaryotic+Cell+Lines.">Validation of the Applicability of In-Cell Fast Photochemical Oxidation of Proteins across Multiple Eukaryotic Cell Lines.</a> Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 31 (7), 1372-1379 (2020).</li></ol>

Авторы заявляют об отсутствие конкурирующих финансовых интересов. Представленное в настоящем настоящем году исследование связано с приведенной ниже патентной заявкой: Номер неведней патентной заявки в США: 17/042,565 Название: "Устройство и метод определения сворачивания белков" UMB Список: LJ-2018-104 UMass Ref: UMA 18-059.

Белки выполняют большую часть работы в живых клетках. Учитывая это значение, подробные данные о функции белка и более высокой структуре порядка (HOS) в клеточной среде необходимы для углубления понимания тонкостей в больших комплексах и энзиматических реакций в клетках, в отличие от очищенных систем. Для этого был принят метод гидроксиловой радикальной белковой печати ног (HRFP), озаглавленный «Быстрое фотохимическое окисление белков» (IC-FPOP). Большинство исследований FPOP были проведены в пробирке в относительно чистых белковых системах, что заметно контрастирует с переполненной молекулярной средой, которая влияет на связывающие взаимодействия и конформацию белка. В результате существует пропасть между выводами экспериментов in vitro 18 и результатами, полученными в реальной клеточной среде. Для преодоления разрыва между идеализированными условиями эксперимента in vitro FPOP и сложным характером ячейки была разработана новая автоматизированная платформа из шести хорошо, основанная на cell-FPOP. Эта новая технология FPOP способна идентифицировать и охарактеризовать эти молекулярные виды и отслеживать их динамические молекулярные взаимодействия как в здоровых, так и в больных состояниях. Эта новая платформа называется Платформа инкубатор с Movable XY этапе (PIXY).
FPOP успешно используется для характеристики структурной информации в протеоме. Однако каждый биологический метод имеет определенные ограничения, которые требуют дальнейшего совершенствования. Специфические реагенты необходимы во время лазерного фотолиза и для эффективного затухления неотредактированных гидроксиловырных радикалов. Разделение переваренных пептидов может потребовать большого количества времени, чтобы максимизировать структурную информацию. Это богатство информации может также потребовать обширной количественной оценки во время анализа данных после MS1. Платформа инкубатора, в том числе периферийного оборудования, необходимого для клеточной культуры и IC-FPOP на лазерной платформе, поставляется с большой стоимостью, которая не может быть осуществима для некоторых лабораторий. По мере дальнейшего прогресса надежные программные средства и инструменты анализа должны продвигать этот метод дальше; некоторые из которых представлены в данном исследовании. Текущие исследования в этой платформе инкубатора были проведены на HEK293T клеток и в C. elegans. Метод IC-FPOP был показан, чтобы быть совместимым с широким спектром клеточных линий, включая китайский хомяк яичников (CHO), Веро, MCF-7, и MCF10-Aклетки 19. Поскольку общий метод IC-FPOP можно перевести на эту статическую платформу, эти клеточные линии должны быть подменяемыми для изучения с использованием PIXY.
IC-FPOP использует H2O2 для окислительного изменения растворителя доступных боковых цепей аминокислот, чтобы затем дальнейшее различить белковых взаимодействий, структуры и метаболических эффектов в жизнеспособных клетках, что имеет важное значение в обеспечении биологического контекста. Перед экспериментом IC-FPOP необходимо подтвердить, что клетки жизнеспособны после добавления H2O2. Исследования жизнеспособности клеток показали, что клетки были жизнеспособными в присутствии концентраций H2O2 до 200 мМ 13. Важно также убедиться, что H2O2 вливается в окончательную концентрацию 200 мМ непосредственно на ячейках после удаления мультимедиа. Неспособность полностью удалить средства массовой информации культуры клеток вызовет различные концентрации H2O2. По сравнению со стандартными условиями, увеличение инкубационного времени до 10 секунд наряду сувеличением концентрацииH 2 O2 привело к увеличению количества белков, модифицированных IC-FPOP в инкубаторе платформы. Крайне важно премьер перистальтических насосов перед использованием для обеспечения насосы работают должным образом и жидкость рассеивается. Невыполнение этого решения может привести к пузырькам воздуха в трубках, недостаточному объему H2O2 для погружения клеток и/или недостаточному объему раствора для затухления.
Другой проблемой, которая может возникнуть, являются нежелательные задержки в системе. Примером этого является процесс проверки полученных команд для насосных систем, который добавляет значительные задержки порядка 1000 или более миллисекунд с использованием интеграционного программного обеспечения. Эта проблема может быть исправлена путем минимизации связи с насосами во время эксперимента и использования заранее установленных команд как можно больше.
В будущем целью PIXY является создание полностью автоматизированной и интегрированной системы. В дополнение к перистальным насосам, запуск лазерного импульса будет автоматизирован. Новая система позиционирования будет также использоваться для быстрого движения инкубатора платформы для повышения скорости и точности. Все компоненты системы будут по-прежнему запрограммированы с использованием интеграционного программного обеспечения для дальнейшего увеличения пропускной способности.

Методы следа протеина могут показать глубокую информацию на организации протеинов. Эти основные структурные биологии MS-методы являются компонентом масс-спектрометрии инструментарий. Эти методы зонд белка высшей структуры порядка (HOS) и синергии черезковалентную маркировку 1,2,3,4. Быстрое фотохимическое окисление белков (FPOP) использует гидроксиловые радикалы для окислительного изменения растворителя доступныхбоковых цепей аминокислот 5,6 (Таблица 1). Метод использует эксимерный лазер на 248 нм для фотолиза перекиси водорода (H2O2) для генерации гидроксиловых радикалов. Теоретически, 19 из 20 аминокислот могут быть окислительно изменены с Gly является единственным исключением. Однако из-за различных показателей реактивности аминокислот с гидроксильными радикалами, модификация только подмножества из них наблюдалась экспериментально. Тем не менее, метод имеет потенциал для анализа по длине последовательности белка5. FPOP изменяет белки на микросекундной шкале времени, что делает его полезным в изучении слабых взаимодействий с быстрыми темпами. Доступность растворителя изменяется при связывании лиганда или изменении конформации белка, таким образом, сила метода заключается в сравнении модели маркировки белка в нескольких состояниях (т.е. без лиганда по сравнению с лиганд-связанным). В результате, FPOP был успешным в выявлении белково-белкового и белково-лигандового взаимодействия сайтов и регионов конформацииизменения 7,8,9,10. Метод FPOP был расширен от изучения очищенных белковых систем до анализа в клетках. В-клеток FPOP (IC-FPOP) может окислительно модифицировать более тысячи белков в клетках, чтобы обеспечить структурную информацию черезпротеом 11,12. Обычная платформа IC-FPOP использует систему потока для потока ячеек одного файла мимо лазерного луча. Развитие этой системы позволило отдельным клеткам иметь равное воздействие лазерного облучения. Это привело к 13-кратному росту числа окислительно помеченных белков12. Однако ограничением системы потока является длина одного выборочного эксперимента, состоящего из 10-минутного интервала облучения, в течение которого происходит модификация, и дополнительного 10-минутного цикла стирки. Временные ограничения IC-FPOP делают его непригодным для изучения недолговечных белковых складных промежуточных или изменений, которые существуют между сетями взаимодействия в биохимических сигнальных каскадах. Это временное ограничение вдохновило на разработку новой платформы IC-FPOP, оснащенной более высокой пропускной способностью.
Для точного измерения структуры белка более высокого порядка в родной клеточной среде, новый дизайн позволяет клеточной культуры, которая будет осуществляться непосредственно на лазерной платформе, что позволяет IC-FPOP быть высокой пропускной способностью. Эта установка также позволяет свести к минимуму возмущения клеточной среды, в отличие от IC-FPOP, используя поток, где адепт клетки должны быть удалены из субстрата. Новая платформа позволяет IC-FPOP происходить в стерильной инкубационной системе с использованием CO2 и температурно-контролируемой верхней камеры при использовании настроенной зеркальной оптики для наведения лазерного луча, системы позиционирования для движения XY и перистралтических насосов для химического обмена. Новая платформа для проведения IC-FPOP озаглавлена «Инкубатор платформы» с Movable XY Stage (PIXY)(рисунок 1). В PIXY IC-FPOP осуществляется на клетках человека, выращенных в шести хорошо пластин в камере инкубатора платформы. Для этой конфигурации лазерный луч отражается вниз на пластину, используя зеркала, совместимые с лучом, как этап позиционирования, который держит инкубатор перемещается, в XY-самолете, так что лазерный луч стратегически выровнен только облучать один хорошо за один раз. Валидация исследования показывают, что IC-FPOP может быть выполнена быстрее в PIXY, чем в системе потока и приводит к увеличению аминокислотных модификаций на белок. Разработка этой новой платформы IC-FPOP будет изложена на знаниях, которые могут быть получены из клеточных экспериментов13.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Ismatec Reglo ICC Peristaltic Pumps</td>
			<td>Cole-Palmer</td>
			<td>122270050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#160;Kinematic Mirror Mount for &#216;2&#34; Optics</td>
			<td>Thor Labs</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10X trypsin&#8722;EDTA</td>
			<td>Corning</td>
			<td>AB00490-00005</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50.0mm 248nm 45&#176;, Excimer Laser Line Mirror</td>
			<td>Edmond Optics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetone, HPLC Grade</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile with 0.1% Formic Acid (v/v), LC/MS Grade</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ACQUITY UPLC M-Class Symmetry C18 Trap Column, 100&#197;, 5 &#181;m, 180 &#181;m x 20 mm, 2G, V/M, 1/pkg</td>
			<td>Waters</td>
			<td>23275</td>
			<td>other high resolution instruments (e.g. Q exactive Orbitrap or Orbitrap Fusion) can be used</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ACQUITY UPLC M-Class System</td>
			<td>Waters</td>
			<td>A53225</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Afinia H480 3D Printer</td>
			<td>(Innovation Space University of Maryland Baltimore Campus Library)</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>air pump</td>
			<td>OKOlabs</td>
			<td>D12345</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aluminum Foil</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>Stock #63-120</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Aqua 5 &#181;m C18 125 &#197; packing material</td>
			<td>Phenomenex</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>carbon dioxide unit</td>
			<td>OKOlabs</td>
			<td>MadMotor&#174;-UHV</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>connectors (Y PP 1/16&#8221; and 1/16x1/8&#8221;)</td>
			<td>Cole-Palmer</td>
			<td>116891000</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Delicate Task Wipers</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>022625501</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dithiothreiotol (DTT)</td>
			<td>AmericanBio</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>DMSO, Anhydrous</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>LS118-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dulbecco&#8217;s phosphate-buffered saline (DPBS)</td>
			<td>Corning</td>
			<td>SK-78001-82</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EX350 excimer laser</td>
			<td>GAM Laser</td>
			<td>PI89900</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fetal bovine serum (FBS)</td>
			<td>Corning</td>
			<td>SK-12023-78</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formic Acid, LC/MS Grade</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A929-4</td>
			<td>4 L quantity is not necessary</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HEK293T cells</td>
			<td>Paul Shapiro Lab (University of Maryland Baltimore)</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>humidifier</td>
			<td>OKOlabs</td>
			<td>Nano-LPMW stage</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HV3-2 VALVE</td>
			<td>Hamilton</td>
			<td>BP152-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrogen Peroxide</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>LS120-500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Iodoacetamide (IAA)</td>
			<td>ACROS Organics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LABVIEW Professional 2018</td>
			<td>National Instruments</td>
			<td>86728</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MadMotor Positioning system and controllers</td>
			<td>Mad City Labs</td>
			<td>W6-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Methanol, LC/MS Grade</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>01-213-100</td>
			<td>any brand is sufficient</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>H301-T Unit-BL-PLUS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N,N&#8242;-Dimethylthiourea (DMTU)</td>
			<td>ACROS Organics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nanopositioinging stage</td>
			<td>Mad City Labs</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N-tert-Butyl-&#945;-phenylnitrone (PBN)</td>
			<td>ACROS Organics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>OKO Touch Monitoring System</td>
			<td>OKOlabs</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Orbitrap Fusion Lumos Tribrid Mass Spectrometer</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>7Z02936</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PE50-C pyroelectric energy meter</td>
			<td>Ophir Optronics</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Penicillin-streptomycin</td>
			<td>Corning</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pierce Quantitative Colorimetric Peptide Assay</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pierce Rapid Gold BCA Protein Assay Kit</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pierce Trypsin Protease, MS Grade</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>75002436</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pierce Universal Nuclease for Cell Lysis</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>06-666A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pressure gauge</td>
			<td>OKOlabs</td>
			<td>OKO-AIR-PUMP-BL</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PTFE filter</td>
			<td>OKOlabs</td>
			<td>CO2-UNIT-BL</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Six 33 mm PLA filament rings</td>
			<td>(Innovation Space University of Maryland Baltimore Campus Library)</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>sterile incubator</td>
			<td>OKOlabs</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>temperature unit</td>
			<td>OKOlabs</td>
			<td>OKO-TOUCH</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermo Scientific Pierce RIPA Buffer</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A117-50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TiNKERcad</td>
			<td>(Innovation Space University of Maryland Baltimore Campus Library)</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris Base</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>H325-100</td>
			<td>any 30% hydrogen peroxide is sufficient</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>tubing (Tygon 3.18 and 1.59 ID)</td>
			<td>Cole-Palmer</td>
			<td>177350250</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water with 0.1% Formic Acid (v/v), LC/MS Grade</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A454SK-4</td>
			<td>4 L quantity is not necessary</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water, LC/MS Grade</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>88702</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>90058</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>KM200</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>186007496</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

platform incubator with movable xy stage: a new platform for implementing in-cell fast photochemical oxidation of proteins

Быстрая фотохимическая окисление белков (FPOP) в сочетании с масс-спектрометрией (MS) стала бесценным инструментом в структурной протеомии для допроса белковых взаимодействий, структуры и конформациальной динамики белка как функции доступности растворителя. В последние годы сфера применения FPOP, метода гидроксилового радикального белка (HRPF), была расширена до маркировки белка в живых клеточных культурах, обеспечивая средства для изучения белковых взаимодействий в запутанной клеточной среде. Модификации внутриклеточного белка могут дать представление о лиганде, индуцированных структурных изменениях или конформациальных изменениях, сопровождающих образование белкового комплекса, все в клеточном контексте. Белковый след был достигнут с использованием обычной системы на основе потока и 248 нм лазера KrF excimer для получения гидроксиловых радикалов с помощью фотолиза перекиси водорода, требуя 20 минут анализа для одного образца клетки. Для облегчения экспериментов FPOP, решенных во времени, было впервые использовать новую платформу IC-FPOP на основе 6-колодец. В нынешней системе один лазерный импульс облучает всю колодец, что усеивает экспериментальные сроки FPOP, что приводит к 20 секундам времени анализа, что в 60 раз уменьшается. Это значительно сократило время анализа позволяет исследовать клеточные механизмы, такие как биохимические сигнальные каскады, сворачивание белков и дифференциальные эксперименты (т.е. без наркотиков против наркотиков) в зависимости от времени. Этот новый прибор, озаглавленный Платформа инкубатор с Movable XY этап (PIXY), позволяет пользователю выполнять клеточной культуры и IC-FPOP непосредственно на оптической скамейке с помощью платформы инкубатора с температурой, CO2 и контроля влажности. Платформа также включает в себя этап позиционирования, перистальтические насосы и зеркальную оптику для наведения лазерного луча. Условия IC-FPOP, такие как конфигурация оптики, скорость потока, переходные трансфекции и концентрация H2O2 в PIXY, были оптимизированы и рецензировано. Автоматизация всех компонентов системы позволит снизить манипуляции человека и увеличить пропускную способность.

Чтобы подтвердить, что условия инкубатора платформы достаточны для клеточной культуры на лазерной платформе, GCaMP2 был временно трансфицирован в HEK293T, и эффективность трансфекции для обеих пластин была оценена с помощью флуоресценции изображения(рисунок 4A). GCaMP2 является кальцием зондирования флуоресцентного белка, используемого в качестве генетически закодированного внутриклеточного индикатора кальция. Это слияние зеленого флуоресцентного белка (GFP) и связывающего кальция белка, калькодулина. Анализ люциферазы был проведен на клетках HEK 293, трансфицированных плазмидной prl-TK для количественной оценки эффективности трансфекции(рисунок 4B). Эти результаты показывают, что инкубатор платформы превысил производительность стандартного инкубатора, с 1,13-кратным увеличением эффективности трансфекции, обеспечивая количественный ориентир для оптимальной среды культуры клеток.
Модификации FPOP в клетках HEK293T, помеченных в системе потока, были сравнены с теми, которые помечены в инкубаторе платформы, и показали, что инкубатор платформы превосходит систему потока как по количеству модифицированныхбелков (рисунок 5), таки по общей охвату FPOP в этих белках. Количество модифицированных белков FPOP, приобретенных в инкубаторе платформы, составило примерно 1051, что в 2,2 раза больше, чем в ходе типичного эксперимента. Изменения были объединены между двумя биологическими репликациями для каждого эксперимента. Кроме того, PIXY обеспечивает более высокую пропускную способность.
Чтобы продемонстрировать преимущество более высокого охвата модификацией белка, модификации IC-FPOP были локализованы на пептидном уровне, и степень модификации была количественно определена, чтобы различать различия в результатах между системами актина, 375 аминокислотного белка. В системе потока были обнаружены два модифицированных пептида, обеспечивающих ограниченную структурную информацию(рисунок 6A). Тем не менее, пять модифицированных пептидов, охватывающих актин последовательность были обнаружены в платформе инкубатора. Тандемные масс-спектры указывают на то, что остатки Pro322 были изменены и обнаружены в каждомэксперименте (рисунок 6B). Пять пептидов, модифицированных в образцах инкубатора платформы, содержали двенадцать модифицированных остатков, в то время как только четыре остатка были изменены ссистемой потока (рисунок 6C). Увеличение охвата окислением обеспечивает более структурную информацию по всему белку.
Espino и др. продемонстрировали способность FPOP быть выполнены in vivo (IV-FPOP) в C. elegans, червь модель для человеческих заболеванийгосударств 17. В то время как IV-FPOP также выполняется через систему потока, система PIXY была протестирована на совместимость с червями. Приблизительно 10 000 червей были инкубированы в каждой из них в инкубаторе платформы при 20 градусах по Цельсию. Анализ LC-MS/MS показал, что 792 белка были модифицированы IV-FPOP в инкубаторе платформы по сравнению с 545 белками, модифицированными ссистемой потока (рисунок 7). Эти результаты показывают, что в дополнение к культуре 2D клеток, эта новая методология также совместима с изучением других биологических систем, таких как C. elegans.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62153/62153fig01.jpg"> Рисунок 1. Схема системы PIXY. Компоненты системы: (A) этап-топ инкубатор, (B) система позиционирования , (C) перистальтические насосы, и (D) перфузионные линии. Средства массовой информации культуры ячейки удаляются из каждой системы с помощьюнасосов доH 2 O2 и утолить решения вливаются в расчетных точках времени. Лазерный путь для облучения продемонстрированы в белом цвете. Перепечатано с разрешения Джонсона, Д. Т., Паншон-Смит, Б., Эспино, Дж.А., Гершенсон, А., Джонс, Л.M., Внедрение внутриклеточного быстрого фотохимического окисления белков в инкубаторе платформы с подвижной XY этапе. Аналитическая химия, 92(2), 1691-1696 2019. Авторское право 2020 Американское химическое общество. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62153/62153fig01large.jpg" target="_blank">Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть большую версию этой цифры.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62153/62153fig02.jpg"> Рисунок 2. Полностью собранная система PIXY. (A) Коснитесь системы мониторинга, (B) единицы двуокиси углерода, (C) температурный блок, (D) воздушныйнасос,( E ) увлажнитель, (F) оптические зеркала, (G) платформы инкубатор, (H) позиционирование этапе, (I) 248nm KrF excimer лазера, и (J) перисталтических насосов. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62153/62153fig02large.jpg" target="_blank">Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть большую версию этой цифры.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62153/62153fig03.jpg"> Рисунок 3. Автоматизация перистальтических насосов. (A)Пример сценария команды в LABVIEW. Параметры командования включают объем, скорость потока, паузы, направление потока. Скорость, расстояние и местоположение в настоящее время автоматизированы. (B)Читатель сценария в LABVIEW. Здесь загружаются командные скрипты, затем бегут последовательности и START нажимаются, чтобы инициировать насосы. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62153/62153fig03large.jpg" target="_blank">Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть большую версию этой цифры.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62153/62153fig04.jpg"> Рисунок 4. Эффективность трансфекции клеток HEK. (A)Средняя флуоресцентная интенсивность трансфекции GCaMP2 сравнение между стандартным инкубатором (control) и этап-топ инкубатор (PIXY). Точки и квадраты представляют каждую точку в хорошо, где была взята мера. (B)Эффективность трансфекции количественно и проверены с другой плазмид вектор, PRL-TK. P-значение< 0.005. Перепечатано с разрешения Джонсона, Д. Т., Паншон-Смит, Б., Эспино, Дж.А., Гершенсон, А., Джонс, Л.M., Внедрение внутриклеточного быстрого фотохимического окисления белков в инкубаторе платформы с подвижной XY этапе. Аналитическая химия, 92(2), 1691-1696 2019. Авторское право 2020 Американское химическое общество. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62153/62153fig04large.jpg" target="_blank">Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть большую версию этой цифры.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62153/62153fig05.jpg"> Рисунок 5. Сравнение белков, модифицированных в системе одноклеточного потока и PIXY. Диаграмма Венна белков, модифицированных с использованием в системе потока (фиолетовый) и в PIXY (зеленый). Перепечатано с разрешения Джонсона, Д. Т., Паншон-Смит, Б., Эспино, Дж.А., Гершенсон, А., Джонс, Л.M., Внедрение внутриклеточного быстрого фотохимического окисления белков в инкубаторе платформы с подвижной XY этапе. Аналитическая химия, 92(2), 1691-1696 2019. Авторское право 2020 Американское химическое общество. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62153/62153fig05large.jpg" target="_blank">Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть большую версию этой цифры.</a>
<img alt="Figure 6" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62153/62153fig06.jpg"> Рисунок 6. Локализация модификаций IC-FPOP. Сравнение модификаций IC-FPOP между системами. (A) Бар график окислительно модифицированных пептидов в актине из системы потока (фиолетовый) против платформы инкубатора (зеленый). (B) Тандем MS спектры актина (пептид 316-326) с модифицированной пролин в обеих системах и неизмененных актин пептид (C) FPOP модифицированных остатков актина (PDB: 6'XJ, цепь 11 модифицированных остатков в платформе инкубатора (зеленый), 3 модифицированных остатков в системе потока (фиолетовый), 1 перекрывающихся модифицированных остатков (желтый). Перепечатано с разрешения Джонсона, Д. Т., Паншон-Смит, Б., Эспино, Дж.А., Гершенсон, А., Джонс, Л.M., Внедрение внутриклеточного быстрого фотохимического окисления белков в инкубаторе платформы с подвижной XY этапе. Аналитическая химия, 92(2), 1691-1696 2019. Авторское право 2020 Американское химическое общество. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62153/62153fig06large.jpg" target="_blank">Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть большую версию этой цифры.</a>
<img alt="Figure 7" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62153/62153fig07.jpg"> Рисунок 7. Сравнение модифицированных белков FPOP в C. elegans по течению против PIXY. По сравнению с системой потока количество окислительно модифицированных белков с использованием PIXY увеличивается в 1,5 раза. Перепечатано с разрешения Джонсона, Д. Т., Паншон-Смит, Б., Эспино, Дж.А., Гершенсон, А., Джонс, Л.M., Внедрение внутриклеточного быстрого фотохимического окисления белков в инкубаторе платформы с подвижной XY этапе. Аналитическая химия, 92(2), 1691-1696 2019. Авторское право 2020 Американское химическое общество. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62153/62153fig07large.jpg" target="_blank">Пожалуйста, нажмите здесь, чтобы просмотреть большую версию этой цифры.</a>
Таблица 1. Распределение модификаций рабочего процесса и массовые сдвиги (Da). Пожалуйста, <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62153/Table%201.docx" target="_blank">нажмите здесь, чтобы загрузить эту таблицу.</a>

Watch this Scientific Journal Video about Platform Incubator with Movable XY Stage: A New Platform for Implementing In-Cell Fast Photochemical Oxidation of Proteins at JoVE.com

Platform Incubator with Movable XY Stage: A New Platform for Implementing In-Cell Fast Photochemical Oxidation of Proteins

Новая статическая платформа используется для характеристики белковой структуры и взаимодействия сайтов в родной клеточной среде с использованием метода следа белка называется в клетке быстрого фотохимического окисления белков (IC-FPOP).

Платформа инкубатора с Movable XY этап: Новая платформа для реализации в ячейке быстрой фотохимической окисления белков

Fast Photochemical Oxidation of proteins (FPOP) coupled with mass spectrometry (MS) has become an invaluable tool in structural proteomics to interrogate ...

Этот метод предоставляет решения для сегодняшних сложных биологических вопросов. В ходе эксперимента по FPOP в клетках мы можем изучать взаимодействия белково-лиганда, сайты взаимодействия белково-белков и области конформации. Преимуществом этой технологии является использование автоматизированной платформы IC-FPOP на основе шести хорошо, которая позволяет выращивать клетки и проводить исследования FPOP в клетках прямо на лазере.Этот метод может быть использован в фармацевтической и биотехнологической промышленности, а также крупных академических и клинических научно-исследовательских институтов, особенно биологических исследователей в университетах, изучающих динамику белка. Для начала отвинтить инкубатор платформы от стадии позиционирования и отключить температуру, газ и увлажнители линий. Спрей инкубатор с 70%этанола и поместить его в капюшон культуры клеток.Удалите шести-хорошо пластины из платформы инкубатора, обеспечить оригинальную крышку пластины, и подтвердить слияние клеток с помощью микроскопа, а затем поместить шесть хорошо пластины с слиянием клеток обратно в платформу инкубатора внутри ячейки культуры капот. Вставьте три предварительно вырезать Tygon труб в каждом хорошо через встроенные порты, промывка труб к стенам хорошо и обеспечить их пользовательских 3D печатных колец. Подготовь сценарий интеграционного программного обеспечения для вывода насоса.Используйте один перистальтический насос, чтобы полностью удалить клеточные средства массовой информации из всех шести скважин. Премьер растворителей в каждом канале из трех других перистальтических насосов, а затем наполнить перекиси водорода и буфера утоления в своих соответствующих переменных труб, пока реагенты не достигнут инкубатора портов. Подтвердите, что лазерный луч был правильно под углом и достигает инкубатора раскованным.Проверьте лазерную энергию с помощью внешнего датчика. Подготовь сценарий интеграционного программного обеспечения для инфузии насоса после подтверждения выравнивания пучка. Настоять 200 миллимолярный перекись водорода на 35 миллилитров в минуту в первую колодец.Нажмите кнопку запуска на лазерном программном обеспечении на пяти секундной отметке, чтобы вызвать импульс на 11-секундной отметке на таймере. Настоять 125 миллимолярный раствор утоления при 35 миллилитров в минуту в первую колодец сразу после лазерного импульса. Вручную переместив этап позиционирования, чтобы выровнять следующую скважину с лазерным лучом и повторить процесс для всех скважин.В капюшоне культуры клетки, используйте скребок клетки для того чтобы перенести клетки от каждого наилучшим образом в индивидуальные 15 миллилитров конических пробок. Центрифуг клетки на 1200 раз G в течение пяти минут. Отбросьте супернатант и повторно посовелите клетки в 100 микролитров буфера лиза RIPA.Передача клеток в отдельные 1,2 миллилитровые полипропилевые трубки. Flash заморозить все образцы в жидком азоте и поместить их в морозильную камеру минус 80 градусов до использования. Чтобы локализовать модификации FPOP, проанализируйте лизат переваренной клетки с помощью жидкого хроматографического тандемного анализа масс-спектрометрии, а затем вычислите степень модификации.Чтобы подтвердить, что условия инкубатора платформы достаточны для клеточной культуры на лазерной платформе, GCaMP2 был временно трансфицирован в HEK293T, и эффективность трансфекции для обеих пластин была оценена с помощью флуоресценции. Анализ люциферазы был выполнен для количественной оценки эффективности трансфекции. Модификации FPOP в ячейках HEK293T, помеченных в системе потока, сравнивались с изменениями, обозначенными в инкубаторе платформы.Инкубатор платформы превзошел систему потока как по количеству модифицированных белков, так и по общей охвату FPOP в этих белках. В системе потока были обнаружены два модифицированных пептида, обеспечивающих ограниченную структурную информацию. Тем не менее, пять модифицированных пептидов, охватывающих актин последовательность были обнаружены в платформе инкубатора.Тандем MS спектр актина с модифицированной пролин в обеих системах и неизмененных актин пептид показаны здесь. Модифицированные остатки FPOP в образцах инкубатора платформы содержали 12 модифицированных остатков, три модифицированных остатка в системе потока и один перекрывающийся модифицированный остаток. Анализ LC-MS MS показал, что 792 белка были модифицированы in vivo FPOP в инкубаторе платформы по сравнению с 545 белками, модифицированными с системой потока.Крайне важно держать клетки в стерильных условиях. Всегда принесите инкубатор платформы в стерильный капюшон культуры клетки для того чтобы вставить все необходимые плиты six-well, трубки, и кольца. Это обеспечивает целостность эксперимента.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Fabricating a UV-Vis and Raman Spectroscopy Immunoassay Platform

Фабрикации UV-VIS и спектроскопии комбинационного рассеяния света иммуноанализа платформы

Immunoassays are used to detect proteins based on the presence of associated antibodies. Because of their extensive use in research and clinical settings, ...

Protein Film Infrared Electrochemistry Demonstrated for Study of H2 Oxidation by a [NiFe] Hydrogenase

Protein Film Infrared Electrochemistry Demonstrated for Study of H2 Oxidation by a [NiFe] Hydrogenase

Белка инфракрасный электрохимии фильм продемонстрировано [NiFe] Hydrogenase для изучения окисления2 H

Understanding the chemistry of redox proteins demands methods that provide precise control over redox centers within the protein. The technique of protein ...

Multiplexed Isothermal Amplification Based Diagnostic Platform to Detect Zika, Chikungunya, and Dengue 1

Мультиплексированных изотермической амплификация на основе диагностики платформы для обнаружения Зика, чикунгуньи и денге 1

Zika, dengue, and chikungunya viruses are transmitted by mosquitoes, causing diseases with similar patient symptoms. However, they have different ...

A Rat Methyl-Seq Platform to Identify Epigenetic Changes Associated with Stress Exposure

Крыса метил Seq платформа для выявления эпигеномные изменения, связанные с воздействием стресса

As genomes of a wider variety of animals become available, there is an increasing need for tools that can capture dynamic epigenetic changes in these ...

Use of Recombinant Fusion Proteins in a Fluorescent Protease Assay Platform and Their In-gel Renaturation

Использование рекомбинантных Fusion белков в платформу Assay флуоресцентные протеазы и их выемка в гель

Proteases are intensively studied enzymes due to their essential roles in several biological pathways of living organisms and in pathogenesis; therefore, ...

Measuring Interactions between Fluorescent Probes and Lignin in Plant Sections by sFLIM Based on Native Autofluorescence

Измерение взаимодействия между флуоресцентными зондами и лигнином в секциях растений sFLIM на основе автофлюоресценции коренных народов

In lignocellulosic biomass (LB), the activity of enzymes is limited by the appearance of non-specific interactions with lignin during the hydrolysis ...

Characterizing Cellular Proteins with In-cell Fast Photochemical Oxidation of Proteins

Характеристика клеточных белков с в-клеточной быстрой фотохимической окисления белков

Fast photochemical oxidation of proteins (FPOP) is a hydroxyl radical protein footprinting method used to characterize protein structure and interactions. ...

A Hydrogen-Deuterium Exchange Mass Spectrometry (HDX-MS) Platform for Investigating Peptide Biosynthetic Enzymes

A Hydrogen-Deuterium Exchange Mass Spectrometry HDX-MS Platform for Investigating Peptide Biosynthetic Enzymes

Платформа масс-спектрометрии обмена водорода и дейтерия (HDX-MS) для изучения пептидных биосинтетических ферментов

Hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry (HDX-MS) is a powerful method for the biophysical characterization of enzyme conformational changes and ...

Spectrophotometric Screening for Potential Inhibitors of Cytosolic Glutathione S-Transferases

Спектрофотометрический скрининг на потенциальные ингибиторы цитозоловых глутатиона S-transferases

Glutathione S-transferases (GSTs) are metabolic enzymes responsible for the elimination of endogenous or exogenous electrophilic compounds by glutathione ...

Transverse Sectioning of Mature Rice (Oryza sativa L.) Kernels for Scanning Electron Microscopy Imaging Using Pipette Tips as Immobilization Support

Transverse Sectioning of Mature Rice Oryza sativa L. Kernels for Scanning Electron Microscopy Imaging Using Pipette Tips as Immobilization Support

Поперечное секционирование зрелого риса (Oryza sativa L.) Ядра для сканирующей электронной микроскопии с использованием наконечников пипеток в качестве поддержки иммобилизации