Name: fixed target serial data collection at diamond light source
Uploaded: 2021-02-26T14:30:00
Duration: 6 min 19 s
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इस काम को यूरोपीय आयोग के क्षितिज 2020 कार्यक्रम द्वारा वित्त पोषित iNEXT-डिस्कवरी (ग्रांट 871037) द्वारा समर्थित किया गया था।

धारावाहिक सिंक्रोट्रॉन डेटा संग्रह एमएक्स बीमलाइंस में अपेक्षाकृत नई तकनीक है, जो वर्तमान में XFELs और पारंपरिक सिंक्रोट्रॉन-आधारित एमएक्स पर किए जा रहे अल्ट्रा-फास्ट डेटा संग्रह के बीच के अंतर को पाटती है। इस पांडुलिपि का उद्देश्य बीमलाइन I24 पर फिक्स्ड टारगेट सीरियल डेटा को सफलतापूर्वक एकत्र करने का अवलोकन करना, कम खुराक के लिए डायमंड लाइट सोर्स, खुराक श्रृंखला और समय-हल किए गए प्रयोगों का अवलोकन करना है। मानक क्रिस्टलोग्राफी के साथ, नमूना तैयारी संरचना समाधान में एक प्रमुख बोतल गर्दन है। SSX अलग नहीं है, और पर्याप्त मात्रा में एक समरूप क्रिस्टल घोल की तैयारी अभी तक अध्ययन और एक बड़े प्रोटीन क्रिस्टल के विकास की तरह शोधन के कई दशकों से लाभ नहीं हुआ है । हालांकि, इन स्लरीज की तैयारी इस पेपर के दायरे से बाहर है और इसेकहींऔर संक्षेप में प्रस्तुत किया गया है । यहां वर्णित दृष्टिकोण में महत्वपूर्ण कदम में चिप लोडिंग (चरण 1) को सूचित करने के लिए जीयूआई इंटरफेस (चरण 3) और स्वचालित डेटा प्रोसेसिंग पाइपलाइन (चरण 6) का उपयोग करने में आसान उपयोग करने के लिए उपलब्ध नमूने का सावधानीपूर्वक उपयोग शामिल है और एक प्रयोग कैसे आगे बढ़ना चाहिए।
फास्ट फीडबैक पाइपलाइन एक शक्तिशाली उपकरण है जो उपयोगकर्ताओं को सफल डेटा संग्रह के लिए बाद में चिप लोडिंग प्रोटोकॉल को सूचित करने के लिए डेटा संग्रह के दौरान प्रारंभिक हिट दरों का आकलन करने की अनुमति देता है। जब कम हिट दर (<5%) का सामना करना पड़ा, तो उपयोगकर्ता अपूर्ण डेटा एकत्र करने और/या अतिरिक्त संग्रह के साथ बीमटाइम बर्बाद करने का जोखिम उठाते हैं । इस मामले में, नमूना पूल किया जा सकता है, कोमल अपकेंद्रित्र द्वारा केंद्रित है, और/या बड़ी मात्रा में कदम १.५ में लोड किया जा सकता है । एक उच्च हिट दर आम तौर पर अनुकूल होती है, हालांकि, कम रिटर्न का एक बिंदु होता है जहां ओवरलोडिंग एक ही कुएं में कई क्रिस्टल की ओर ले जाती है। DIALS बहु जाली विवर्तन डेटा50से निपटने में सक्षम है, लेकिन अनुक्रमण और एकीकरण की तुलना में एक बड़ी चिंता का कारण क्रिस्टल समूह लेजर प्रकाश या सटीक समय हल प्रयोगों के लिए तेजी से मिश्रण द्वारा क्रिस्टल की भी सक्रियण पर हो सकता है। इसलिए समय हल प्रयोगों के लिए ओवरलोडिंग फिक्स्ड टारगेट से बचने के लिए विशेष सावधानी बरती जानी चाहिए ।
अनुक्रमण और एकीकरण प्रसंस्करण कदम बीम दिशा का प्रतिनिधित्व करने वाले केंद्रीय क्रॉस के साथ एक साजिश पैदा करता है, प्रत्येक बिंदु व्यक्तिगत जाली के एचकेएल 001 प्रतिबिंब की दिशा का प्रतिनिधित्व करता है, और बीम धुरी से 90 डिग्री दूर के रोटेशन का प्रतिनिधित्व करने वाला सर्कल का बाहरी अंगूठी। यह दिखाएगा कि आपके क्रिस्टल में पसंदीदा अभिविन्यास है, जो डेटा पूर्णता को प्रभावित कर सकता है और अधिक डेटा एकत्र करने या लोडिंग प्रोटोकॉल में भिन्नता की आवश्यकता को इंगित कर सकता है। चित्रा 7cके बाएं हाथ के पैनल में, HEWL क्रिस्टल के साथ एक चिप ओवरलोडिंग का प्रभाव दिखाया गया है। जैसे ही एपर्चर अधिक क्रिस्टल से भरते हैं, वे यादृच्छिक अभिविन्यास में आधार पर ढलने के बजाय एपर्चर की कोण वाली दीवारों से चिपके रहते हैं। दो ऑर्थोगोनल एलिप्सेस चिप की आंतरिक दीवारों पर पड़े क्रिस्टल का परिणाम हैं जो बीम दिशा में ~ 35 डिग्री पर हैं। यह लोड किए गए क्रिस्टल की मात्रा को कम करता है, हिट दर को कम करता है, और नाटकीय रूप से इन पसंदीदा विमानों में पड़े क्रिस्टल के अंश को कम कर देता है।
यह ध्यान दिया जाना चाहिए कि अन्य धारावाहिक दृष्टिकोण I24 पर उपलब्ध हैं, जैसे एलसीपी एक्सट्रूडर और माइक्रोफ्लूडिक चिप्स। ये समान जीयूआई का उपयोग करते हैं और उपरोक्त में से बहुत कुछ एक ही प्रसंस्करण पाइपलाइन लागू रहेगी, भले ही एक अलग तकनीक का उपयोग किया जाता है। यहां वर्णित निश्चित लक्ष्य दृष्टिकोण से परे एसएसएक्स और एसएफएक्स दोनों के लिए कई धारावाहिक दृष्टिकोण मौजूद हैं, प्रत्येक के प्रयोग के आधार पर दूसरे पर कुछ फायदे हैं और प्रयोग के लिए उपयोग की जाने वाली बीमलाइन है। चूंकि धारावाहिक दृष्टिकोण तेजी से विकसित हो रहे हैं, इसलिए हाल के अपडेट के लिए बीमलाइन वेबपेज (https://www.diamond.ac.uk/Instruments/Mx/I24.html) की जांच करने और बीमटाइम की योजना बनाते समय यथासंभव शुरुआती चरण में बीमलाइन कर्मचारियों से बात करने की सलाह दी जाती है। मानक और धारावाहिक प्रयोगों के लिए I24 तक पहुंच उपयोग के बिंदु पर मुफ्त है। ब्रिटेन और यूरोपीय संघ के उपयोगकर्ताओं के लिए यात्रा और आवास लागत आंशिक रूप से iNEXT डिस्कवरी के माध्यम से कवर कर रहे हैं ।

सीरियल सिंक्रोट्रॉन क्रिस्टलोग्राफी (एसएसएक्स) डेटा संग्रह की एक उभरती हुई विधि है जो एक्स-रे मुक्त इलेक्ट्रॉन लेजर (एक्सफेल)1,2,3से प्रेरित थी। एक XFEL में, एक एकल विवर्तन पैटर्न आमतौर पर बहुत छोटे प्रोटीन क्रिस्टल से दर्ज किया जाता है, इससे पहले कि क्रिस्टल बेहद उज्ज्वल एक्स-रे पल्स द्वारा नष्ट हो जाता है। इसका मतलब है, आम तौर पर, कि एक नया क्रिस्टल एक्स-रे बीम में पेश किया जाना चाहिए एक और विवर्तन पैटर्न4प्राप्त करने के लिए । क्रिस्टल को लगातार भरने की आवश्यकता है, जिसने कई धारावाहिक नमूना वितरण तकनीकों के विकास को प्रेरित किया है5.
सिंक्रोट्रॉन में, क्लासिक (गैर-धारावाहिक) रोटेशन क्रिस्टलोग्राफी विधियों को व्यापक रूप से लागू किया जाता है, जो एक बड़े क्रिस्टल का शोषण करता है जिसे संरचना समाधान 6 के लिए एक पूर्ण डेटासेट एकत्र करने के लिए गोनियोमीटर का उपयोग करके एक्स-रे बीम में घुमायाजाताहै। क्रिस्टल के जीवनकाल को बढ़ाने के लिए ताकि एक पूर्ण डेटासेट7,8एकत्र किया जा सके, और शिपिंग और स्वचालित नमूना हस्तांतरण की सुविधा के लिए, डेटा संग्रह के लिए क्रिस्टल ~ 100 K तक क्रायोकोल किए जाते हैं। तीव्र माइक्रोफोकस बीमलाइंस में, बहु-क्रिस्टल रणनीतियों को अक्सर नियोजित किया जाता है क्योंकि विकिरण क्षति एकक्रिस्टल9,10,11से पूर्ण डेटासेट के संग्रह को प्रतिबंधित कर सकती है। विकिरण क्षति द्वारा लगाए गए सीमाओं के बावजूद, उपयोग किए गए क्रिस्टल की संख्या अपेक्षाकृत मामूली बनी हुई है और उपयोग किया जाने वाला दृष्टिकोण अनिवार्य रूप से एकल क्रिस्टल प्रयोग के समान है।
दूसरी ओर, SSX, एक पूर्ण डेटासेट उत्पन्न करने के लिए हजारों बेतरतीब ढंग से केंद्रित क्रिस्टल से एकल अभी भी विवर्तन पैटर्न प्राप्त करने के लिए सीरियल नमूना वितरण का उपयोग करता है। यह ध्यान दिया जाता है कि क्रिस्टल रोटेशन को शामिल करने वाली धारावाहिक तकनीकें विकास12,13 के तहतहैं,हालांकि हम अभी भी शून्य रोटेशन, दृष्टिकोण पर ध्यान केंद्रित करते हैं। विभिन्न फायदों और नुकसान के साथ नमूना वितरण प्रणालियों की एक विस्तृत विविधता है14,एक प्रवाह केंद्रित/चिपचिपा जेट15, 16, 17,माइक्रोफ्लुइडिक चिप 18,19,या एक नक़्क़ाशी वाला सिलिकॉन चिप20, 21 जैसे एक निश्चित लक्ष्य पर क्रिस्टल में क्रिस्टल की एक धारा देने से लेकर . आमतौर पर, क्रिस्टल कमरे के तापमान पर आयोजित किए जाते हैं, जिससे अधिक अनुरूप विविधता देखी जा सकती है और अधिक शारीरिक रूप से प्रासंगिक वातावरण प्रदान कियाजाताहै। SSX बहुत कम खुराक डेटासेट23के संग्रह को सक्षम बनाता है, क्योंकि डेटासेट की कुल खुराक एक क्रिस्टल के एक छोटे एक्स-रे एक्सपोजर के बराबर है। एक अन्य प्रमुख लाभ SSX प्रदान करता है समय-हल तरीकों के माध्यम से प्रोटीन गतिशीलता का अध्ययन, लेजर लाइट24, 25,26,27के संपर्क में आने से शुरू हुई प्रतिक्रियाओं के साथ या क्रिस्टल और लिगांड/सब्सट्रेट28, 29के मिश्रण से। छोटे क्रिस्टल का उपयोग करने का मतलब है लेजर प्रकाश क्रिस्टल की संपूर्णता में प्रवेश कर सकता है, समान रूप से विभिन्न समय बिंदुओं पर लिए गए विवर्तन डेटा के लिए अच्छी तरह से परिभाषित प्रतिक्रिया मध्यवर्ती प्रदान करने के लिए मल्टीफोटो अवशोषण के बिना प्रतिक्रिया शुरू कर सकता है27। बड़े क्रिस्टल और रोटेशन-आधारित डेटा संग्रह विधियों का उपयोग डेटा स्वीप के भीतर सीमित लेजर प्रवेश गहराई, गैर-वर्दी या मल्टीफोटोन सक्रियण, विकिरण क्षति और यांत्रिक ओवरहेड समय से ग्रस्त है, जिसके परिणामस्वरूप प्रतिक्रिया मध्यवर्ती का मिश्रण होता है जो तेज प्रतिक्रिया गति पर व्याख्या करने के लिए मुश्किल या असंभव साबित हो सकता है। छोटे क्रिस्टल प्रयोगों को मिलाने में समान लाभ प्रदान करते हैं, क्योंकि लिगांड पूरे क्रिस्टल में तेजी से और अधिक समान रूप से फैलाना कर सकते हैं, फिर से परिभाषित प्रतिक्रिया मध्यवर्ती को अलग-अलग समय पर दर्ज करने की अनुमति देते हैं30,31,32।
डायमंड के माइक्रोफोकस बीमलाइन I24 में पारंपरिक रोटेशन और एसएसएक्स दोनों प्रयोग किए जा सकते हैं। यहां आई24 पर निश्चित लक्ष्यों का उपयोग करके SSX नमूना तैयारी और डेटा संग्रह के लिए एक व्यापक प्रोटोकॉल और डायमंड में सीरियल डेटा के डेटा विश्लेषण के लिए प्रोटोकॉल प्रस्तुत किए जाते हैं। जबकि पांडुलिपि और साथ वाले वीडियो उपयोगकर्ताओं को I24 पर एक सफल SSX प्रयोग करने की अनुमति चाहिए, यह ध्यान दिया जाना चाहिए कि यह एक तेजी से विकासशील क्षेत्र है और दृष्टिकोण लगातार विकसित हो रहे हैं। यह भी ध्यान दिया जाना चाहिए कि धारावाहिक विधियां अन्य सिंक्रोट्रॉन स्रोतों पर उपलब्ध हैं, जिनमें पेट्रा III (पी 14-ट्रेक्सी), मैक्स चतुर्थ (बायोमैक्स)33,एसएलएस (पीएक्सआई और पीएक्सआई)34और एनएसएल (एफएमएक्स)35तक सीमित नहीं है। जबकि धारावाहिक डेटा संग्रह और प्रसंस्करण की बारीकियों स्रोतों के बीच अलग होगा, मूल सिद्धांतों ही रहेगा । नीचे दिए गए प्रोटोकॉल को एक प्रारंभिक बिंदु और आधार शिविर के लिए एक मार्ग का प्रतिनिधित्व करने के बजाय क्या हासिल किया जा सकता है के शिखर संमेलन देखा जाना चाहिए ।
यह प्रोटोकॉल मानता है कि उपयोगकर्ताओं के पास प्रोटीन या छोटा अणु क्रिस्टल सिस्टम है, जिसमें से 0.5-2.0 एमएल के क्रम पर माइक्रोक्रिस्टल घोल का उत्पादन किया गया है। क्रिस्टल स्लरी प्राप्त करने के लिए प्रोटोकॉल पहले 36वर्णित किए गए हैं . कई अलग-अलग प्रकार के निश्चित लक्ष्य उपलब्ध हैं, जो आमतौर पर I24 पर उपयोग किया जाता है, ठीक परिभाषित सिलिकॉन चिप का उपयोग करता है। अन्य चिप लेआउट से अंतर करने के लिए, नीचे और बीमलाइन इंटरफेस में इसे 'ऑक्सफोर्ड चिप' के रूप में जाना जाता है। जैसा कि पहले बताया गया है कि ऑक्सफोर्ड चिप लेआउट में 8×8 'सिटी ब्लॉक' शामिल हैं, जिनमें से प्रत्येक में कुल 25,600 एपर्चर 20,21के लिए20×20एपर्चर हैं।

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Chip Holders</td>
			<td>Custom Built</td>
			<td>N/A</td>
			<td>In-house custom built metallic chip holders consisting of 2 magnetic base plates, 2 metal rings, and a kinematic mount.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chipless Chip Spacers</td>
			<td>SWISCII</td>
			<td>N/A</td>
			<td>LCP adhesive sheets available as part of the LCP modular range</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Geobrick LV-IMS-II</td>
			<td>Delta Tau</td>
			<td>N/A</td>
			<td>A&#160;multi-axis controller/amplifier with a custom Diamond Light Source hardware configuration</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kinematic Mounts</td>
			<td>ThorLabs</td>
			<td>KB25/M</td>
			<td>Square bases with 3 magnets arranged in a triangle affixed to chip holders.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KNF Laboport Vacuum Pump</td>
			<td>Merck</td>
			<td>Z262285-1EA</td>
			<td>Solid PTFE vauum pump, 10 l/min pumping speed.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mylar Sheets 6 &#181;m</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15360562</td>
			<td>300 ft roll of 6 &#181;m thick mylar XRF film by SPEX SamplePrep</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mylar Sheets 3 &#181;m</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>04-675-4</td>
			<td>300 ft roll of 3 &#181;m thick mylar XRF film by SPEX SamplePrep</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pelco easiGlow Glow Discharge System</td>
			<td>Ted Pella, INC.</td>
			<td>91000</td>
			<td>A compact stand alone glow discharge system used to produce hydrophillic surfaces</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Silicon Chips</td>
			<td>University of Southampton</td>
			<td>N/A</td>
			<td>Custom etched silicon chips with 25,6000 apertures available in a variety of sizes.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Translation Stages</td>
			<td>Smaract</td>
			<td>N/A</td>
			<td>XYZ sample stages are a collaborative design by Diamond Light Source and SmarAct, custom-built by SmarAct using three linear translation 50mm travel stages, precise crossed roller guideways, and an integrated sensor with up to 1 nm resolution</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>1byOne Humidifier (701UK-0003 )</td>
			<td>1byOne</td>
			<td>B01DENO0EQ</td>
			<td>Commercially available 1.3 Litre ultrasonic humidifier</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

fixed target serial data collection at diamond light source

सीरियल डेटा संग्रह सिंक्रोट्रॉन उपयोगकर्ताओं के लिए एक अपेक्षाकृत नई तकनीक है। I24 पर निश्चित लक्ष्य डेटा संग्रह के लिए एक उपयोगकर्ता मैनुअल, डायमंड लाइट स्रोत को चिकनी डेटा संग्रह के लिए विस्तृत कदम-दर-कदम निर्देश, आंकड़े और वीडियो के साथ प्रस्तुत किया जाता है।

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Fixed Target Serial Data Collection at Diamond Light Source

हम डायमंड बीमलाइन I24 में धारावाहिक सिंक्रोट्रॉन क्रिस्टलोग्राफी के लिए निश्चित लक्ष्य नमूना तैयारी, डेटा संग्रह और डेटा प्रसंस्करण के लिए एक व्यापक गाइड प्रस्तुत करते हैं।

डायमंड लाइट सोर्स पर फिक्स्ड टारगेट सीरियल डेटा कलेक्शन

Serial data collection is a relatively new technique for synchrotron users. A user manual for fixed target data collection at I24, Diamond Light Source is ...

धारावाहिक सिंक्रोट्रॉन क्रिस्टलोग्राफी, या एसएसएक्स, एमएक्स का अपेक्षाकृत नया और तेजी से विकासशील क्षेत्र है, यह बहुत अच्छी तरह से कम खुराक और कमरे के तापमान प्रयोगों के लिए अनुकूल है, लेकिन शायद सबसे महत्वपूर्ण बात, यह वास्तव में गतिशीलता का पालन करने के लिए अच्छी तरह से अनुकूल है। यह कार्रवाई में प्रोटीन की स्टॉप-मोशन फिल्मों को बनाने की अनुमति देता है। I24 पर, SSX के कई मोड उपलब्ध हैं।यह प्रोटोकॉल निश्चित-लक्ष्य एसएसएक्स पर केंद्रित है, जो सीमित मात्रा में नमूने का उपयोग करके धारावाहिक प्रयोगों की एक विस्तृत श्रृंखला की अनुमति देता है। सिलिकॉन चिप्स लोड हो रहा है और उन्हें साफ करते समय क्षतिग्रस्त हो सकता है, अगर आप उनके साथ अपरिचित हैं। इसके अलावा, चिप अलाइनमेंट प्रोटोकॉल कई क्रिस्टलोग्राफर के लिए पूरी तरह से नया है, और डेटा प्रसंस्करण आपके मानक रोटेशन डेटा के लिए थोड़ा अलग है।एक चिप धारक तैयार करने के लिए, पॉलिएस्टर पन्नी की दो चादरें लगभग 6-बाय-6 सेंटीमीटर वर्गों में काट लें, और चादरें दो बेस प्लेटों के ऊपर रखें। धातु सीलिंग के छल्ले का उपयोग करना, जगह में चादरें ठीक है, तो ध्यान से किसी भी क्रीज को दूर करने के लिए अतिरिक्त पन्नी पर खींच । इसके बाद, विश्लेषण किए जाने वाले क्रिस्टल के आकार के सापेक्ष उचित आकार के एपर्चर के साथ एक सिलिकॉन चिप का चयन करें।ग्लो 0.39 मिलीबार पर 25 सेकंड के लिए चिप का निर्वहन, एक 15 मिलीपियर वर्तमान के साथ। चिप लोडिंग चरण पर सिलिकॉन चिप रखने के लिए चिमटी का उपयोग करें, उठाया सलाखों के साथ नीचे का सामना करना पड़ रहा है । फिर, एक पिपेट का उपयोग करके, चिप के सभी शहर ब्लॉकों को कवर करने के लिए घोल को फैलाने, चिप के फ्लैट साइड में माइक्रोक्रिस्टल स्लरी के 200 माइक्रोलीटर लागू करें।यदि चिप क्षतिग्रस्त हो जाती है, तो पॉलिएस्टर फॉयल के एक छोटे टुकड़े के साथ किसी भी छेद को कवर करें, यह सुनिश्चित करने के लिए कि एक भी वैक्यूम लागू किया जा सकता है। फिर चिप के माध्यम से अतिरिक्त तरल के सभी एस्पिरेट करने के लिए एक कोमल वैक्यूम लागू करें। चिप लोडिंग चरण से चिप निकालें, और अतिरिक्त तरल को हटाने के लिए फिल्टर पेपर के साथ चिप के नीचे ध्यान से दाग।गाइड मार्क्स, फ्लैट साइड डाउन के बीच चिप होल्डर के बड़े हाफ पर लोडेड चिप रखें। चिप धारक के छोटे आधे को सील करने के लिए चिप पर रखें। चिप धारक के दो हिस्सों जगह में तस्वीर चाहिए ।फिर, हेक्स बोल्ट का उपयोग करके, चिप को सुरक्षित रूप से ठीक करें। चिप को संरेखित करने के लिए, माउंट के पास पहुंचते समय चिप धारक को 30 डिग्री कोण पर रखें। फिर बीम लाइन पर XYZ चरण पर लोडेड चिप रखने के लिए काइनेमेटिक माउंट का उपयोग करें।जब मैग्नेट संपर्क करते हैं, तो चिप धारक को प्रवाह के समानांतर घुमाने की अनुमति दें, और जगह में क्लिक करें। एक बार चिप लगाने के बाद, चिप के शीर्ष बाएं प्रत्ययी का पता लगाने के लिए बीमलाइन ऑन-एक्सिस व्यूइंग सिस्टम और चिप-अलाइनमेंट ग्राफिकल यूजर इंटरफेस का उपयोग करें। एक्स, वाई और जेड में फिड्यूशियल 0 पर केंद्र के लिए, एक समन्वय मैट्रिक्स उत्पन्न करने के लिए एक्स.ए-ऑर्डर 0 के साथ फिड्यूशियल 1 और 2 को संरेखित करने के लिए जेड, ऊपर और नीचे संरेखित करने के लिए फोकस में और बाहर जाएं, और एक्स.तो क्लिक करें सेट फिड्यूशियल 0 "एक ही तरीके से एक्स-रे बीम के साथ फिड्यूशियल 1 और 2 को संरेखित करने के लिए।फिर प्रत्येक शहर ब्लॉक के पहले कुएं में XYZ चरण को स्थानांतरित करने के लिए ब्लॉक चेक पर क्लिक करें। यदि एक्स-रे क्रॉसहेयर एपर्चर के साथ लाइनों, चिप गठबंधन किया है । डायल से स्पॉट फाइंडिंग परिणामों के इस ग्राफिकल प्रतिनिधित्व में एक अद्यतन हिट दर प्लॉट देखा जा सकता है।यदि कोई हिट क्लिक किया जाता है, तो संबंधित विवर्तन छवि डायल्स इमेज व्यूअर में प्रदर्शित की जाएगी। इस तालिका में, वर्तमान अनुक्रमण और एकीकरण दरें जो वास्तविक समय में अपडेट होती हैं क्योंकि यात्रा के दौरान डेटा एकत्र किया जाता है, की कल्पना की जा सकती है। यूनिट सेल मापदंडों का दृश्य बहुरूपता प्रकट कर सकता है।लोडिंग या निर्जलीकरण प्रभावों के कारण उत्पन्न होने वाली विविधताओं को प्रकट करने के लिए उपयोगी मापदंडों के दो-आयामी भूखंडों का भी उत्पादन किया जा सकता है। स्टीरियोग्राफिक अनुमान पसंदीदा झुकाव की उपस्थिति या अनुपस्थिति को प्रकट कर सकते हैं जिन्हें लोडिंग प्रोटोकॉल में वापस खिलाया जा सकता है। उदाहरण के लिए, इस प्रक्षेपण में, lysozyme क्रिस्टल के साथ एक चिप ओवरलोडिंग के प्रभाव को देखा जा सकता है।चिप लोड करते समय, धीरे-धीरे पिपेट करें और चिप के ऊपर पिपेट को आराम देने के लिए अपनी उंगली का उपयोग करें। यह आपको चिप को छूने और गलती से सिलिकॉन में छेद छुरा घोंपने से रोकता है। डेटा प्रोसेस करते समय, स्वचालित पाइपलाइनों का उपयोग उपलब्ध कराएं।इससे आपको एक अच्छा विचार मिलेगा कि आपका प्रयोग कैसे प्रगति कर रहा है, और यदि आपको कुछ भिन्न करने की आवश्यकता है। इस विधि को किसी भी प्रोटीन प्रणाली पर लागू किया जा सकता है जिसे महत्वपूर्ण मात्रा में सघन किया जा सकता है। और प्रतिक्रिया प्रकाश एक्स-रे या तेजी से मिश्रण से शुरू किया जा सकता है।संरचनाओं की एक श्रृंखला पर गतिशील अध्ययन कैसे प्रोटीन कार्य में अंतर्दृष्टि प्रदान कर सकते हैं ।

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Biochemical and Structural Characterization of the Carbohydrate Transport Substrate-binding-protein SP0092

जैव रासायनिक और कार्बोहाइड्रेट परिवहन सब्सट्रेट-बाध्यकारी-प्रोटीन SP0092 के संरचनात्मक लक्षण वर्णन

Development of new antimicrobials and vaccines for Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) are necessary to halt the rapid rise in multiple resistant ...

Fully Autonomous Characterization and Data Collection from Crystals of Biological Macromolecules

पूरी तरह से स्वायत्त लक्षण वर्णन और जैविक Macromolecules के क्रिस्टल से डेटा संग्रह

High-brilliance X-ray beams coupled with automation have&#160;led to the use of synchrotron-based macromolecular X-ray crystallography (MX) beamlines for ...

Using the Open-Source MALDI TOF-MS IDBac Pipeline for Analysis of Microbial Protein and Specialized Metabolite Data

माइक्रोबायल प्रोटीन और विशेष मेटाबोलाइट डेटा के विश्लेषण के लिए ओपन-स्रोत MALDI TOF-MS IDBac पाइपलाइन का उपयोग करना

In order to visualize the relationship between bacterial phylogeny and specialized metabolite production of bacterial colonies growing on nutrient agar, ...

Analysis of SEC-SAXS data via EFA deconvolution and Scatter

ईएफए डीकॉन्वोल्यूशन और स्कैटर के माध्यम से एसईसी-एसएक्सएस डेटा का विश्लेषण

BioSAXS is a popular technique used in molecular and structural biology to determine the solution structure, particle size and shape, surface-to-volume ...

Optimizing the Growth of Endothiapepsin Crystals for Serial Crystallography Experiments

सीरियल क्रिस्टलोग्राफी प्रयोगों के लिए एंडोथियापेप्सिन क्रिस्टल के विकास का अनुकूलन

Here, a protocol is presented to facilitate the creation of large volumes (&#62; 100 &#181;L) of micro-crystalline slurries suitable for serial ...

Crystallization and Structural Determination of an Enzyme:Substrate Complex by Serial Crystallography in a Versatile Microfluidic Chip

एक एंजाइम का क्रिस्टलीकरण और संरचनात्मक निर्धारण: एक बहुमुखी माइक्रोफ्लुइडिक चिप में सीरियल क्रिस्टलोग्राफी द्वारा सब्सट्रेट कॉम्प्लेक्स

The preparation of well diffracting crystals and their handling before their X-ray analysis are two critical steps of biocrystallographic studies. We ...

A Sample Preparation Pipeline for Microcrystals at the VMXm Beamline

वीएमएक्सएम बीमलाइन में माइक्रोक्रिस्टल के लिए एक नमूना तैयारी पाइपलाइन

The mounting of microcrystals (&#60;10 &#181;m) for single crystal cryo-crystallography presents a non-trivial challenge. Improvements in data quality ...

Preparing Lamellae from Vitreous Biological Samples Using a Dual-Beam Scanning Electron Microscope for Cryo-Electron Tomography

क्रायो-इलेक्ट्रॉन टोमोग्राफी के लिए दोहरी-बीम स्कैनिंग इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप का उपयोग करके विट्रियस जैविक नमूनों से लैमेला तैयार करना

Presented here is a protocol for preparing cryo-lamellae from plunge-frozen grids of Plasmodium falciparum-infected&#160;human erythrocytes, which could ...

Sample Preparation and Transfer Protocol for In-Vacuum Long-Wavelength Crystallography on Beamline I23 at Diamond Light Source

डायमंड लाइट स्रोत पर बीमलाइन I23 पर इन-वैक्यूम लंबी तरंग दैर्ध्य क्रिस्टलोग्राफी के लिए नमूना तैयारी और स्थानांतरण प्रोटोकॉल

Long-wavelength macromolecular crystallography (MX) exploits the anomalous scattering properties of elements, such as sulfur, phosphorus, potassium, ...

Single Particle Cryo-Electron Microscopy: From Sample to Structure

एकल कण क्रायो-इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी: नमूना से संरचना तक

Cryo-electron microscopy (cryoEM) is a powerful technique for structure determination of macromolecular complexes, via single particle analysis (SPA). The ...