Name: high-throughput transcriptome analysis for investigating host-pathogen interactions
Uploaded: 2022-03-05T12:30:00
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एचएन को FAPESP (अनुदान संख्या: #2017/50137-3, 2012/19278-6, 2018/14933-2, 2018/21934-5, और 2013/08216-2) और CNPq (313662/2017-7) द्वारा वित्त पोषित किया जाता है।
हम विशेष रूप से अध्येताओं के लिए निम्नलिखित अनुदानों के लिए आभारी हैं: ANAG (FAPESP प्रक्रिया 2019/13880-5), VEM (FAPESP प्रक्रिया 2019/16418-0), IMSC (FAPESP प्रक्रिया 2020/05284-0), APV (FAPESP प्रक्रिया 2019/27146-1) और, RLTO (CNPq प्रक्रिया 134204/2019-0)।

इस प्रोटोकॉल में उपयोग किए जाने वाले नमूनों को साओ पाउलो विश्वविद्यालय में बायोमेडिकल साइंसेज संस्थान के माइक्रोबायोलॉजी विभाग और सर्गिप के संघीय विश्वविद्यालय (प्रोटोकॉल: 54937216.5.0000.5467 और 54835916.2.0000.5546, क्रम?...

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	<li>Weaver, S. C., Charlier, C., Vasilakis, N., Lecuit, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Zika,+Chikungunya,+and+Other+Emerging+Vector-Borne+Viral+Diseases.">Zika, Chikungunya, and Other Emerging Vector-Borne Viral Diseases.</a> Annual Review of Medicine. 69, 395-408 (2018).</li><li>Burt, F. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chikungunya+virus:+an+update+on+the+biology+and+pathogenesis+of+this+emerging+pathogen.">Chikungunya virus: an update on the biology and pathogenesis of this emerging pathogen.</a> The Lancet. Infectious Diseases. 17 (4), 107-117 (2017).</li><li>Hua, C., Combe, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chikungunya+virus-associated+disease.">Chikungunya virus-associated disease.</a> Current Rheumatology Reports. 19 (11), 69 (2017).</li><li>Suhrbier, A., Jaffar-Bandjee, M. -. C., Gasque, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arthritogenic+alphaviruses-an+overview.">Arthritogenic alphaviruses-an overview.</a> Nature Reviews Rheumatology. 8 (7), 420-429 (2012).</li><li>Nakaya, H. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+profiling+of+chikungunya+virus+arthritis+in+a+mouse+model+reveals+significant+overlap+with+rheumatoid+arthritis.">Gene profiling of chikungunya virus arthritis in a mouse model reveals significant overlap with rheumatoid arthritis.</a> Arthritis and Rheumatism. 64 (11), 3553-3563 (2012).</li><li>Michlmayr, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+innate+immune+profiling+of+chikungunya+virus+infection+in+pediatric+cases.">Comprehensive innate immune profiling of chikungunya virus infection in pediatric cases.</a> Molecular Systems Biology. 14 (8), 7862 (2018).</li><li>Soares-Schanoski, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systems+analysis+of+subjects+acutely+infected+with+the+Chikungunya+virus.">Systems analysis of subjects acutely infected with the Chikungunya virus.</a> PLOS Pathogens. 15 (6), 1007880 (2019).</li><li>Alexandersen, S., Chamings, A., Bhatta, T. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SARS-CoV-2+genomic+and+subgenomic+RNAs+in+diagnostic+samples+are+not+an+indicator+of+active+replication.">SARS-CoV-2 genomic and subgenomic RNAs in diagnostic samples are not an indicator of active replication.</a> Nature Communications. 11 (1), 6059 (2020).</li><li>Wang, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+SARS-CoV-2+subgenome+landscape+and+its+novel+regulatory+features.">The SARS-CoV-2 subgenome landscape and its novel regulatory features.</a> Molecular Cell. 81 (10), 2135-2147 (2021).</li><li>Wilson, J. A. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA-Seq+analysis+of+chikungunya+virus+infection+and+identification+of+granzyme+A+as+a+major+promoter+of+arthritic+inflammation.">RNA-Seq analysis of chikungunya virus infection and identification of granzyme A as a major promoter of arthritic inflammation.</a> PLOS Pathogens. 13 (2), 1006155 (2017).</li><li>Gon&#231;alves, A. N. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Assessing+the+impact+of+sample+heterogeneity+on+transcriptome+analysis+of+human+diseases+using+MDP+webtool.">Assessing the impact of sample heterogeneity on transcriptome analysis of human diseases using MDP webtool.</a> Frontiers in Genetics. 10, 971 (2019).</li><li>Russo, P. S. T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CEMiTool:+a+Bioconductor+package+for+performing+comprehensive+modular+co-expression+analyses.">CEMiTool: a Bioconductor package for performing comprehensive modular co-expression analyses.</a> BMC Bioinformatics. 19 (1), 56 (2018).</li><li>Costa-Silva, J., Domingues, D., Lopes, F. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA-Seq+differential+expression+analysis:+An+extended+review+and+a+software+tool.">RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool.</a> PloS One. 12 (12), 0190152 (2017).</li><li>Seyednasrollah, F., Laiho, A., Elo, L. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+software+packages+for+detecting+differential+expression+in+RNA-seq+studies.">Comparison of software packages for detecting differential expression in RNA-seq studies.</a> Briefings in Bioinformatics. 16 (1), 59-70 (2015).</li><li>Zhang, B., Horvath, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+general+framework+for+weighted+gene+co-expression+network+analysis.">A general framework for weighted gene co-expression network analysis.</a> Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology. 4, (2005).</li><li>Cheng, C. W., Beech, D. J., Wheatcroft, S. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advantages+of+CEMiTool+for+gene+co-expression+analysis+of+RNA-seq+data.">Advantages of CEMiTool for gene co-expression analysis of RNA-seq data.</a> Computers in Biology and Medicine. 125, 103975 (2020).</li><li>Cardozo, L. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=webCEMiTool:+Co-expression+modular+analysis+made+easy.">webCEMiTool: Co-expression modular analysis made easy.</a> Frontiers in Genetics. 10, 146 (2019).</li><li>de Lima, D. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Long+noncoding+RNAs+are+involved+in+multiple+immunological+pathways+in+response+to+vaccination.">Long noncoding RNAs are involved in multiple immunological pathways in response to vaccination.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 116 (34), 17121-17126 (2019).</li><li>Prada-Medina, C. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Systems+immunology+of+diabetes-tuberculosis+comorbidity+reveals+signatures+of+disease+complications.">Systems immunology of diabetes-tuberculosis comorbidity reveals signatures of disease complications.</a> Scientific Reports. 7 (1), 1999 (2017).</li><li>Chen, E. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enrichr:+interactive+and+collaborative+HTML5+gene+list+enrichment+analysis+tool.">Enrichr: interactive and collaborative HTML5 gene list enrichment analysis tool.</a> BMC Bioinformatics. 14, 128 (2013).</li><li>Kuleshov, M. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enrichr:+a+comprehensive+gene+set+enrichment+analysis+web+server+2016+update.">Enrichr: a comprehensive gene set enrichment analysis web server 2016 update.</a> Nucleic Acids Research. 44, 90-97 (2016).</li><li>Raudvere, U., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=g:Profiler:+a+web+server+for+functional+enrichment+analysis+and+conversions+of+gene+lists+(2019+update).">g:Profiler: a web server for functional enrichment analysis and conversions of gene lists (2019 update).</a> Nucleic Acids Research. 47, 191-198 (2019).</li><li>Young, M. D., Wakefield, M. J., Smyth, G. K., Oshlack, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+ontology+analysis+for+RNA-seq:+accounting+for+selection+bias.">Gene ontology analysis for RNA-seq: accounting for selection bias.</a> Genome Biology. 11 (2), 14 (2010).</li></ol>

अनुक्रमण पुस्तकालयों की तैयारी जैविक प्रश्नों का सर्वोत्तम संभव तरीके से उत्तर देने की दिशा में एक महत्वपूर्ण कदम है। अध्ययन की रुचि के टेपों का प्रकार मार्गदर्शन करेगा कि किस प्रकार के अनुक्रमण पुस...

Arboviruses, जैसे डेंगू, पीला बुखार, चिकनगुनिया, और जीका, व्यापक रूप से कई स्थानिक प्रकोपों के साथ जुड़े हुए हैं और पिछले दशकों में मनुष्यों को संक्रमित करने के लिए जिम्मेदार मुख्य रोगजनकों में से एक के रूप में उभरे हैं1,2। चिकनगुनिया वायरस (CHIKV) से संक्रमित व्यक्तियों को अक्सर बुखार, सिरदर्द, दाने, पॉलीआर्थ्राल्जिया और गठिया 3,4,5 होता है। वायरस सेल की जीन अभिव्यक्ति को नष्ट कर सकते हैं और विभिन्न मेजबान सिग्नलिंग मार्गों को प्रभावित कर सकते हैं। हाल ही में, रक्त ट्रांसक्रिप्टोम अध्ययनों ने आरएनए-सेक का उपयोग किया ताकि आरएनए-सेक का उपयोग किया जा सके जो कि तीव्र CHIKV संक्रमण से जुड़े विभेदक रूप से व्यक्त जीन (डीईजी) की पहचान करने के लिए है, जो कि convalescence6 या स्वस्थ नियंत्रण 7 की तुलना में है। CHIKV-संक्रमित बच्चों में अप-विनियमित जीन थे जो जन्मजात प्रतिरक्षा में शामिल होते हैं, जैसे कि वायरल आरएनए, जेएके / एसटीएटी सिग्नलिंग के लिए सेलुलर सेंसर से संबंधित, और टोल-जैसे रिसेप्टर सिग्नलिंग पाथवे 6। CHIKV से गंभीर रूप से संक्रमित वयस्कों ने भी जन्मजात प्रतिरक्षा से संबंधित जीनों का प्रेरण दिखाया, जैसे कि मोनोसाइट्स और डेंड्राइटिक सेल सक्रियण से संबंधित, और एंटीवायरल प्रतिक्रियाओं 7 से संबंधित। डाउन-विनियमित जीन के साथ समृद्ध सिग्नलिंग मार्गों में अनुकूली प्रतिरक्षा से संबंधित लोग शामिल थे, जैसे कि टी सेल सक्रियण और टी और बी कोशिकाओं में भेदभाव और संवर्धन।
मेजबान और रोगज़नक़ जीन के ट्रांसक्रिप्टोम डेटा का विश्लेषण करने के लिए कई तरीकों का उपयोग किया जा सकता है। अक्सर, आरएनए-सेक लाइब्रेरी की तैयारी परिपक्व पॉली-ए टेपों के संवर्धन के साथ शुरू होती है। यह चरण अधिकांश राइबोसोमल आरएनए (आरआरएनए) को हटा देता है और कुछ मामलों में वायरल / बैक्टीरियल आरएनए को हटा देता है। हालांकि, जब जैविक प्रश्न में रोगज़नक़ प्रतिलेख का पता लगाना शामिल होता है और आरएनए को पिछले चयन से स्वतंत्र अनुक्रमित किया जाता है, तो अनुक्रमण द्वारा कई अन्य अलग-अलग टेपों का पता लगाया जा सकता है। उदाहरण के लिए, subgenomic mRNA को बीमारियों की गंभीरता को सत्यापित करने के लिए एक महत्वपूर्ण कारक दिखाया गया है8। इसके अलावा, कुछ वायरस जैसे कि CHIKV और SARS-CoV-2 के लिए, यहां तक कि पॉली-ए समृद्ध पुस्तकालय वायरल रीड्स उत्पन्न करते हैं जिनका उपयोग डाउनस्ट्रीम विश्लेषण9,10 में किया जा सकता है। जब मेजबान ट्रांसक्रिप्टोम के विश्लेषण पर ध्यान केंद्रित किया जाता है, तो शोधकर्ता नमूनों में जैविक गड़बड़ी की जांच कर सकते हैं, विभेदक रूप से व्यक्त जीन और समृद्ध मार्गों की पहचान कर सकते हैं, और सह-अभिव्यक्ति मॉड्यूल 7,11,12 उत्पन्न कर सकते हैं। यह प्रोटोकॉल विभिन्न जैव सूचनात्मक दृष्टिकोणों (चित्रा 1 ए) का उपयोग करके चिकवी-संक्रमित रोगियों और स्वस्थ व्यक्तियों के ट्रांसक्रिप्टोम विश्लेषण पर प्रकाश डालता है। पहले प्रकाशित एक अध्ययन 7 से डेटा जिसमें 20 स्वस्थ और 39 CHIKV तीव्र रूप से संक्रमित व्यक्तियों को शामिल किया गया था, का उपयोग प्रतिनिधि परिणाम उत्पन्न करने के लिए किया गया था।

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	<tbody>
		<tr>
			<td>CEMiTool</td>
			<td>Computational Systems Biology Laboratory</td>
			<td>1.12.2</td>
			<td>Discovery and the analysis of co-expression gene modules in a fully automatic manner, while providing a user-friendly HTML report with high-quality graphs.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EdgeR</td>
			<td>Bioconductor (Maintainer: Yunshun Chen [yuchen at wehi.edu.au])</td>
			<td>3.30.3</td>
			<td>Differential expression analysis of RNA-seq expression profiles with biological replication</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EnhancedVolcano</td>
			<td>Bioconductor (Maintainer: Kevin Blighe [kevin at clinicalbioinformatics.co.uk])</td>
			<td>1.6.0</td>
			<td>Publication-ready volcano plots with enhanced colouring and labeling</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FastQC</td>
			<td>Babraham Bioinformatics</td>
			<td>0.11.9</td>
			<td>Aims to provide a simple way to do some quality control checks on raw sequence data coming from high throughput sequencing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>FeatureCounts</td>
			<td>Bioinformatics Division, The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research</td>
			<td>2.0.0</td>
			<td>Assign mapped sequencing reads to specified genomic features</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MDP</td>
			<td>Computational Systems Biology Laboratory</td>
			<td>1.8.0</td>
			<td>Molecular Degree of Perturbation calculates scores for transcriptome data samples based on their perturbation from controls</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>R</td>
			<td>R Core Group</td>
			<td>4.0.3</td>
			<td>Programming language and free software environment for statistical computing and graphics</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>STAR</td>
			<td>Bioinformatics Division, The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research</td>
			<td>2.7.6a</td>
			<td>Aligner designed to specifically address many of the challenges of RNA-seq data mapping using a strategy to account for spliced alignments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bowtie2</td>
			<td>Johns Hopkins University</td>
			<td>2.4.2</td>
			<td>Ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trimmomatic</td>
			<td>THE USADEL LAB</td>
			<td>0.39</td>
			<td>Trimming adapter sequence tasks for Illumina paired-end and single-ended data</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Get Docker</td>
			<td>Docker</td>
			<td>20.10.2</td>
			<td>Create a bioinformatic environment reproducible and predictable (https://docs.docker.com/get-docker/)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>WSL2-Kernel</td>
			<td>Windows</td>
			<td>NA</td>
			<td>https://docs.microsoft.com/en-us/windows/wsl/wsl2-kernel</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Get Docker Linux</td>
			<td>Docker</td>
			<td>NA</td>
			<td>https://docs.docker.com/engine/install/ubuntu/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Docker Linux Repository</td>
			<td>Docker</td>
			<td>NA</td>
			<td>https://docs.docker.com/engine/install/ubuntu/#install-using-the-repository</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MDP Website</td>
			<td>Computational Systems Biology Laboratory</td>
			<td>NA</td>
			<td>https://mdp.sysbio.tools</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Enrichr Website</td>
			<td>MaayanLab</td>
			<td>NA</td>
			<td>https://maayanlab.cloud/Enrichr/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>webCEMiTool</td>
			<td>Computational Systems Biology Laboratory</td>
			<td>NA</td>
			<td>https://cemitool.sysbio.tools/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>gProfiler</td>
			<td>Bioinformatics, Algorithmics and Data Mining Group</td>
			<td>NA</td>
			<td>https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>goseq</td>
			<td>Bioconductor (Maintainer: Matthew Young [my4 at sanger.ac.uk])</td>
			<td>NA</td>
			<td>http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/goseq.html</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SRA NCBI study</td>
			<td>NCBI</td>
			<td>NA</td>
			<td>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA507472/</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

high-throughput transcriptome analysis for investigating host-pathogen interactions

रोगजनकों संक्रामक रोगों की एक विस्तृत विविधता का कारण बन सकता है। संक्रमण के जवाब में मेजबान द्वारा प्रेरित जैविक प्रक्रियाएं बीमारी की गंभीरता को निर्धारित करती हैं। इस तरह की प्रक्रियाओं का अध्ययन करने के लिए, शोधकर्ता उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण तकनीकों (आरएनए-सेक) का उपयोग कर सकते हैं जो संक्रमण, नैदानिक परिणामों या बीमारी की गंभीरता के विभिन्न चरणों में मेजबान ट्रांसक्रिप्टोम के गतिशील परिवर्तनों को मापते हैं। यह जांच बीमारियों की बेहतर समझ पैदा कर सकती है, साथ ही संभावित दवा लक्ष्यों और उपचारों को उजागर कर सकती है। यहां प्रस्तुत प्रोटोकॉल आरएनए-अनुक्रमण डेटा का विश्लेषण करने के लिए एक पूर्ण पाइपलाइन का वर्णन करता है जो कच्चे पठन से कार्यात्मक विश्लेषण तक है। पाइपलाइन को पांच चरणों में विभाजित किया गया है: (1) डेटा का गुणवत्ता नियंत्रण; (2) जीन का मानचित्रण और एनोटेशन; (3) विभेदक रूप से व्यक्त जीन और सह-व्यक्त जीन की पहचान करने के लिए सांख्यिकीय विश्लेषण; (4) नमूनों की गड़बड़ी की आणविक डिग्री का निर्धारण; और (5) कार्यात्मक विश्लेषण। चरण 1 तकनीकी कलाकृतियों को हटा देता है जो डाउनस्ट्रीम विश्लेषण की गुणवत्ता को प्रभावित कर सकते हैं। चरण 2 में, जीन को मानक लाइब्रेरी प्रोटोकॉल के अनुसार मैप और एनोटेट किया जाता है। चरण 3 में सांख्यिकीय विश्लेषण उन जीनों की पहचान करता है जो गैर-संक्रमित लोगों की तुलना में संक्रमित नमूनों में अलग-अलग रूप से व्यक्त या सह-व्यक्त किए जाते हैं। नमूना परिवर्तनशीलता और संभावित जैविक outliers की उपस्थिति चरण 4 में गड़बड़ी दृष्टिकोण की आणविक डिग्री का उपयोग करके सत्यापित कर रहे हैं। अंत में, चरण 5 में कार्यात्मक विश्लेषण रोग फेनोटाइप से जुड़े मार्गों का पता चलता है। प्रस्तुत पाइपलाइन का उद्देश्य मेजबान-रोगज़नक़ इंटरैक्शन अध्ययनों से आरएनए-सेक डेटा विश्लेषण के माध्यम से शोधकर्ताओं का समर्थन करना है और विट्रो या विवो प्रयोगों में भविष्य को ड्राइव करना है, जो संक्रमण के आणविक तंत्र को समझने के लिए आवश्यक हैं।

ट्रांसक्रिप्टोम विश्लेषण के लिए कंप्यूटिंग वातावरण बनाया गया था और डॉकर प्लेटफ़ॉर्म पर कॉन्फ़िगर किया गया था। यह दृष्टिकोण शुरुआती लिनक्स उपयोगकर्ताओं को एक प्राथमिकता प्रबंधन ज्ञान के बिना लिनक?...

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High-Throughput Transcriptome Analysis for Investigating Host-Pathogen Interactions

यहां प्रस्तुत प्रोटोकॉल आरएनए-अनुक्रमण ट्रांसक्रिप्टोम डेटा का विश्लेषण करने के लिए एक पूर्ण पाइपलाइन का वर्णन करता है कच्चे पठन से कार्यात्मक विश्लेषण तक, जिसमें गुणवत्ता नियंत्रण और उन्नत सांख्यिकीय विश्लेषणात्मक दृष्टिकोणों के लिए प्रीप्रोसेसिंग चरण शामिल हैं।

होस्ट-रोगज़नक़ इंटरैक्शन की जांच के लिए उच्च-थ्रूपुट ट्रांसक्रिप्टोम विश्लेषण

Pathogens can cause a wide variety of infectious diseases. The biological processes induced by the host in response to infection determine the severity of ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Use of an Optical Trap for Study of Host-Pathogen Interactions for Dynamic Live Cell Imaging

गतिशील लाइव सेल इमेजिंग के लिए मेजबान पैथोजन सहभागिता के अध्ययन के लिए एक ऑप्टिकल जाल का प्रयोग करें

Dynamic live cell imaging allows direct visualization of real-time interactions between cells of the immune system1, 2; however, the lack of spatial and ...

Use of the EpiAirway Model for Characterizing Long-term Host-pathogen Interactions

लंबे समय तक मेजबान रोगज़नक़ सहभागिता निस्र्पक के लिए EpiAirway मॉडल का उपयोग

Nontypeable Haemophilus influenzae  (NTHi) are human-adapted Gram-negative bacteria that can cause recurrent and chronic infections of the respiratory ...

High-throughput Detection Method for Influenza Virus

इन्फ्लुएंजा वायरस के लिए उच्च throughput जांच विधि

Influenza virus is a respiratory pathogen that causes a high degree of morbidity and mortality every year in multiple parts of the world. Therefore, ...

Quantitative High-throughput Single-cell Cytotoxicity Assay For T Cells

मात्रात्मक उच्च throughput टी कोशिकाओं के लिए एकल कक्ष cytotoxicity परख

Cancer immunotherapy can harness the specificity of  immune response to target and eliminate tumors. Adoptive cell therapy (ACT)  based on the adoptive ...

A Comparative Approach to Characterize the Landscape of Host-Pathogen Protein-Protein Interactions

मेजबान पैथोजन प्रोटीन से प्रोटीन सहभागिता के लैंडस्केप विशेषताएँ एक तुलनात्मक दृष्टिकोण

Significant efforts were gathered to generate  large-scale comprehensive protein-protein interaction network maps. This is  instrumental to understand the ...

High-throughput Screening for Broad-spectrum Chemical Inhibitors of RNA Viruses

आरएनए वायरस के व्यापक स्पेक्ट्रम रासायनिक inhibitors के लिए उच्च throughput प्रदर्शन

RNA viruses are responsible for major human diseases such as flu, bronchitis, dengue, Hepatitis C or measles. They also represent an emerging threat ...

High-throughput Gene Tagging in Trypanosoma brucei

High-throughput Gene Tagging in Trypanosoma brucei

उच्च throughput जीन टैगिंग में<em&gt; Trypanosoma ब्रुसे</em

Improvements in mass spectrometry, sequencing and bioinformatics have generated large datasets of potentially interesting genes. Tagging these proteins ...

A New Method for Qualitative Multi-scale Analysis of Bacterial Biofilms on Filamentous Fungal Colonies Using Confocal and Electron Microscopy

एक filamentous फफूंद कालोनियों पर बैक्टीरियल biofilms के गुणात्मक बहु पैमाने विश्लेषण के लिए नई विधि का उपयोग Confocal और इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी

Bacterial biofilms frequently form on fungal surfaces and can be involved in numerous bacterial-fungal interaction processes, such as metabolic ...

Evaluation of Host-Pathogen Responses and Vaccine Efficacy in Mice

चूहों में मेजबान-रोगज़नक़ प्रतिक्रियाओं और वैक्सीन प्रभावकारिता का मूल्यांकन

Vaccines are a 20th century medical marvel. They have dramatically reduced the morbidity and mortality caused by infectious diseases and contributed to a ...