Name: analysis of motility patterns of stentor during and after oral apparatus regeneration using cell tracking
Uploaded: 2021-04-26T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Analysis of Motility Patterns of Stentor During and After Oral Apparatus Regeneration Using Cell Tracking at JoVE.com

Diese Arbeit wurde zum Teil durch das Marine Biological Laboratory Whitman Early Career Fellowship (JYS) unterstützt. Wir danken Evan Burns, Mit Patel, Melanie Melo und Skylar Widman für ihre Hilfe bei einigen der vorläufigen Analysen und Codetests. Wir danken Mark Slabodnick für die Diskussion und Anregungen. WFM bestätigt die Unterstützung durch den NIH-Zuschuss R35 GM130327.

HINWEIS: Eine Population von etwa hundert S. coeruleus-Zellen wurde gemäß einem zuvor veröffentlichten JoVE-Protokoll8 kultiviert.
1. Probenvorbereitung
<ol><li>Schneiden Sie ein Stück 250 μm dickes Silikon-Abstandshalterblatt (Table of Materials) etwas kleiner in Höhe und Breite als ein Objektträger. Erstellen Sie mit einem 5/16 "Locher kreisförmige Vertiefungen. Achten Sie darauf, genügend Platz zwischen benachbarten Brunnen zu las...

<ol>
	<li>Lillie, F. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+the+smallest+parts+of+stentor+capable+of+regeneration;+a+contribution+on+the+limits+of+divisibility+of+living+matter.">On the smallest parts of stentor capable of regeneration; a contribution on the limits of divisibility of living matter.</a> Journal of Morphology. 12 (1), 239-249 (1896).</li><li>Morgan, T. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regeneration+of+proportionate+structures+in+Stentor.">Regeneration of proportionate structures in Stentor.</a> The Biological Bulletin. 2 (6), 311-328 (1901).</li><li>Tartar, V., Kerkut, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The Biology of Stentor. , (1961).</li><li>Tartar, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reactions+of+Stentor+coeruleus+to+certain+substances+added+to+the+medium.">Reactions of Stentor coeruleus to certain substances added to the medium.</a> Experimental Cell Research. 13 (2), 317-332 (1957).</li><li>Kelleher, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+kinetic+model+for+microtubule+polymerization+during+oral+regeneration+in+Stentor+coeruleus.">A kinetic model for microtubule polymerization during oral regeneration in Stentor coeruleus.</a> Biosystems. 9 (4), 269-279 (1977).</li><li>Slabodnick, M. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+kinase+regulator+Mob1+acts+as+a+patterning+protein+for+Stentor+morphogenesis.">The kinase regulator Mob1 acts as a patterning protein for Stentor morphogenesis.</a> PLOS Biology. 12 (5), 1001861 (2014).</li><li>Wan, K. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reorganization+of+complex+ciliary+flows+around+regenerating+Stentor+coeruleus.">Reorganization of complex ciliary flows around regenerating Stentor coeruleus.</a> Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 375 (1792), 20190167 (2020).</li><li>Lin, A., Makushok, T., Diaz, U., Marshall, W. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+the+study+of+regeneration+in+Stentor.">Methods for the study of regeneration in Stentor.</a> Journal of Visualized Experiments JoVE. (136), e57759 (2018).</li><li>Sood, P., McGillivary, R., Marshall, W. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+transcriptional+program+of+regeneration+in+the+giant+single+cell,+Stentor+coeruleus.">The transcriptional program of regeneration in the giant single cell, Stentor coeruleus.</a> bioRxiv. , 240788 (2017).</li><li>Onsbring, H., Jamy, M., Ettema, T. J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+sequencing+of+Stentor+cell+fragments+reveals+transcriptional+changes+during+cellular+regeneration.">RNA sequencing of Stentor cell fragments reveals transcriptional changes during cellular regeneration.</a> Current Biology. 28 (8), 1281-1288 (2018).</li></ol>

Derzeit gibt es viele Partikel- und Zellverfolgungsalgorithmen, von denen einige völlig kostenlos sind. Kosten und Benutzerfreundlichkeit sind oft Kompromisse, die Kompromisse erfordern. Darüber hinaus sind viele der bestehenden Zellverfolgungsprogramme so konzipiert, dass sie die langsame Kriechbewegung von Gewebekulturzellen verfolgen, anstatt die schnelle Schwimmbewegung von Stentor, die sich während des Schwimmens dreht und plötzliche Richtungsänderungen erfahren kann. Nach dem Testen vieler dieser Opti...

Stentor coeruleus (Stentor) ist ein bekannter Modellorganismus, der aufgrund seiner Größe, seiner Fähigkeit, mehreren mikrochirurgischen Techniken standzuhalten, und der einfachen Kultivierung in einem Labor zur Untersuchung der einzelligen Regenerationverwendet wurde 1,2,3. Frühe Regenerationsstudien konzentrierten sich auf das größte und morphologisch deutlichste Merkmal in Stentor - die OA -, die vollständig nach chemischem Schock 4,5,6 ausgeschieden wird. Der De-novo-Ersatz einer verlorenen OA beginnt mit der Entstehung eines neuen membranellaren Bandes - einer Reihe von Zilien, die sich allmählich in Richtung der Vorderseite der Zelle verschieben, bevor sie eine funktionelle OA über acht morphologische Stadienbilden 3. Diese Stadien wurden unabhängig von der Temperatur sequenziell beobachtet und bieten einen universellen Bezugspunkt für fast alle Studien5.
Die mechanistische Analyse der Stentor-Regeneration erfordert Werkzeuge zur Messung des Zeitpunkts der Regeneration, die robust und einfach genug sind, um als Teil eines chemischen oder molekularen Screens auf mehrere Proben angewendet zu werden. Die Standardmethode zur Durchführung eines zellbasierten Assays ist die Bildgebung, in diesem Fall die Abbildung der Bildung neuer OA während der Regeneration. Solche bildgebenden Assays sind jedoch am effektivsten, wenn die regenerierende Struktur verschiedene molekulare Komponenten enthält, die als Marker verwendet werden können, so dass sie in einem Fluoreszenzbild leicht nachgewiesen werden können. Im Falle des Stentor OA sind die bekannten Komponenten (Zilien, Basalkörper) auch auf dem Rest der Zelloberfläche vorhanden; Daher kann das Erkennen der Wiederherstellung der OA nicht einfach dadurch erreicht werden, dass nach dem Vorhandensein oder Fehlen einer Komponente gesucht wird.
Vielmehr wäre eine Form der Formerkennung erforderlich, um eine OA zu erkennen, und dies ist möglicherweise sehr herausfordernd, da Stentor-Zellen ihre Form oft über einen schnellen kontraktilen Prozess ändern. Dieses Papier stellt einen alternativen Assay für die Regeneration vor, der auf der beweglichen Aktivität des Körpers und der OA-Zilien beruht. Wenn sich die OA regeneriert, erfahren die neu gebildeten Zilien reproduzierbare Veränderungen in Position und Aktivität, was wiederum die Schwimmmotilität der Zelle beeinflusst. Durch die Analyse der Motilität ist es möglich, einen Assay für die "funktionelle Regeneration" durchzuführen, der die Regeneration quantifiziert, indem die Funktion der regenerierten Strukturen quantifiziert wird. Frühere Analysen der Stentor ciliary Funktion während der Regeneration verwendeten Partikelbild-Velocimetrie, kombiniert mit Tracer-Perlen, die dem externen Medium hinzugefügt wurden, um Veränderungen des Strömungsmusters in verschiedenen Stadien der Regenerationzu beobachten 7; Dieser Ansatz erfordert jedoch eine aufwändige Bildgebung einzelner Zellen und der damit verbundenen Strömungsfelder, nacheinander.
Durch die Verwendung der Bewegung der Zelle selbst als Proxy für den von Zilien erzeugten Fluss wäre es möglich, eine größere Anzahl von Zellen parallel zu analysieren, wobei niedrig aufgelöste Bildgebungssysteme verwendet werden, die mit Hochdurchsatz-Screening-Plattformen kompatibel sind. Dieser Assay kann im Prinzip verwendet werden, um die Entwicklung und funktionelle Regeneration in anderen schwimmenden Organismen im Größenbereich von Hunderten von Mikrometern bis Millimetern zu untersuchen. Abschnitt 1 des Protokolls beschreibt den Aufbau eines Multiwell-Probenobjektträgers, der eine Hochdurchsatz-Bildgebung einer Zellpopulation über einen ganzen Tag ermöglicht. Es werden Details zum Anpassen an die Verwendung mit anderen Zelltypen bereitgestellt. Abschnitt 2 des Protokolls umfasst die Erfassung von Videodaten für diesen Assay, die auf einem Dissektionsmikroskop mit einer digitalen Spiegelreflexkamera durchgeführt werden kann. Abschnitt 3 des Protokolls bietet eine Begehung der Zellverfolgung und der Berechnung der Zellgeschwindigkeit unter Verwendung des MATLAB-Codes (Ergänzende Informationen). In Abschnitt 4 des Protokolls wird erläutert, wie die numerischen Ergebnisse in Diagramme umgewandelt werden, wie in Abbildung 1C-F und Abbildung 2C gezeigt, um die Interpretation der Ergebnisse zu erleichtern.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>0.25 mm-thick silicone sheet</td>
			<td>Grace Bio-Labs</td>
			<td>CWS-S-0.25</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>24 x 50 mm, #1.5 coverglass</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>NC1034527</td>
			<td>As noted in Discussion, smaller coverglass can be used if fewer sample wells are placed on one slide.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CCD camera</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>We used Nikon D750</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Chlamydomonas 137c WT strain</td>
			<td>Chlamydomonas Resource Center</td>
			<td>CC-125</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MATLAB</td>
			<td>MATHWORKS</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MATLAB Image Processing Toolbox</td>
			<td>MATHWORKS</td>
			<td></td>
			<td>needed for TrackCells.m and CleanTraces.m</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MATLAB Statistics and Machine Learning Toolbox</td>
			<td>MATHWORKS</td>
			<td></td>
			<td>needed for TrackCells.m</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope with camera port</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>We used Zeiss AxioZoom v1.6 and Leica S9E</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pasteurized Spring Water</td>
			<td>Carolina</td>
			<td>132458</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TAP Growth Media</td>
			<td>ThermoFisher Scientific</td>
			<td>A1379801</td>
			<td>Can also be made for much cheaper following recipe from Chlamy Resource Center</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

analysis of motility patterns of stentor during and after oral apparatus regeneration using cell tracking

Stentor coeruleus ist ein bekannter Modellorganismus zur Erforschung der einzelligen Regeneration. Die transkriptomische Analyse einzelner Zellen ergab Hunderte von Genen - von denen viele nicht mit dem oralen Apparat (OA) assoziiert sind -, die während des gesamten Regenerationsprozesses in Phasen unterschiedlich reguliert werden. Es wurde die Hypothese aufgestellt, dass diese systemische Reorganisation und Mobilisierung zellulärer Ressourcen für das Wachstum einer neuen OA zu beobachtbaren Veränderungen in Bewegung und Verhalten führen wird, die im Laufe der Zeit den Phasen der differentiellen Genexpression entsprechen. Die morphologische Komplexität von S. coeruleus erforderte jedoch die Entwicklung eines Assays zur Erfassung der Statistiken und der Zeitskala. Ein benutzerdefiniertes Skript wurde verwendet, um Zellen in kurzen Videos zu verfolgen, und Statistiken wurden über eine große Population (N ~ 100) zusammengestellt. Mit dem Verlust der OA verliert S. coeruleus zunächst die Fähigkeit zur gerichteten Bewegung; Dann, beginnend bei ~ 4 h, zeigt es einen signifikanten Rückgang der Geschwindigkeit bis ~ 8 h. Dieser Assay bietet ein nützliches Werkzeug für das Screening von Motilitätsphänotypen und kann für die Untersuchung anderer Organismen angepasst werden.

Das Ziel dieses Assays ist es, die allmähliche Veränderung von Bewegungsmustern und die schrittweise Erhöhung der Bewegungsgeschwindigkeit von Zellen innerhalb einer großen (N ~ 100) regenerierenden Stentor-Population zu quantifizieren. Um die Interpretation der Ergebnisse zu erleichtern, generiert der in diesem Protokoll enthaltene benutzerdefinierte Code zwei Arten von Diagrammen: eine Überlagerung aller Zellbewegungsspuren in einem Satz von Videodaten (Abbildung 1C-F und Abbildung <stron...

Watch this Scientific Journal Video about Analysis of Motility Patterns of Stentor During and After Oral Apparatus Regeneration Using Cell Tracking at JoVE.com

Analysis of Motility Patterns of Stentor During and After Oral Apparatus Regeneration Using Cell Tracking

Wir stellen ein Protokoll zur Charakterisierung der Motilität und des Verhaltens einer Population von hundert Mikro- bis Millimeterzellen mittels Hellfeldmikroskopie und Zellverfolgung vor. Dieser Assay zeigt, dass Stentor coeruleus bei der Regeneration eines verlorenen oralen Apparates vier verhaltensunterschiedene Phasen durchläuft.

Analyse von Motilitätsmustern von Stentor während und nach der oralen Apparateregeneration mittels Zellverfolgung

Stentor coeruleus is a well-known model organism for the study of unicellular regeneration. Transcriptomic analysis of individual cells revealed hundreds ...

Stentor coeruleus wird seit langem als Modellorganismus eingesetzt, um die einzellige Regeneration zu verstehen. Während der Zeitplan für die visuelle morphologische Regeneration bekannt ist, bleibt der Zeitplan für die funktionelle Regeneration unbekannt. Dieser Assay verfolgt die Motilität der Zentrumspopulation, die einer synchronisierten Regeneration unterzogen wird, so dass die Wiederherstellung der Verlustfunktion quantifiziert werden kann.Es kann für die Verwendung mit anderen Zelltypen angepasst werden. Das Fehlen einer sicheren Abdichtung der Bildgebungskammer führt dazu, dass Brunnen ineinander eindringen oder sich Luftblasen in den Bohrlöchern bilden. Für Forscher, die mit der Verwendung von Silikonabstandshaltern nicht vertraut sind, empfehlen wir dringend, PSW oder ein anderes sauberes Medium in jede der Vertiefungen zu pipettieren, um vor dem Gebrauch auf Leckage zu testen.Der Aufbau der Probenkammern ist leichter dargestellt als verbal beschrieben. Ebenso wie der Prozess zum Extrahieren von Motilitätsmustern aus den erfassten Videodaten. Schneiden Sie zunächst ein Stück 250 Mikrometer dickes Silikon-Abstandshalterblatt etwas kleiner in Höhe und Breite als ein Objektträger.Verwenden Sie einen ganzen Stempel, um kreisförmige Brunnen zu erstellen, die genügend Platz zwischen benachbarten Bohrlöchern lassen, um eine gute Abdichtung zu gewährleisten. Initiieren Sie die Regeneration des oralen Apparates, indem Sie Stentor coeruleus-Zellen in 10% Saccharose oder 2% uria für zwei Minuten inkubieren. Dann dreimal mit frischem Medium waschen.Pipettieren Sie vorsichtig ca. 10 Stentor in jedes Bohrloch. Achten Sie darauf, das Probenvolumen so genau wie möglich an das Bohrlochvolumen anzupassen. Schließen Sie die Brunnen, indem Sie ein Stück Deckglas von einer Kante aus vorsichtig über die Vertiefungen senken.Verwenden Sie ein schmales und leicht flexibles Objekt, z. B. eine 10-Mikroliter-Pipettenspitze, um auf das Deckglas zu drücken, wo es die Silikonplatte berührt, um eine gute Abdichtung zu gewährleisten. Legen Sie die Probe auf den Mikroskoptisch und stellen Sie das Mikroskop auf die niedrigste verfügbare Vergrößerung ein, so dass eine gut in den Rahmen passt. Beginnen Sie den Zeitraffer und erfassen Sie zu jedem Zeitpunkt ein zehnsekündiges Video mit 30 Bildern pro Sekunde jedes Bohrlochs.Erfassen Sie zur Kalibrierung ein klares Bild eines Kalibrierungsobjektträgers oder eines klaren Lineals mit den gleichen Vergrößerungseinstellungen wie die Videos. Zählen Sie mit einem beliebigen Bildbetrachtungsprogramm die Anzahl der Pixel zwischen Markierungen einer bekannten physikalischen Entfernung. Laden Sie die beiden Skripte herunter, verfolgen Sie Zellen und bereinigen Sie Spuren an einen leicht zu merkenden Ort auf dem Computer und übertragen Sie die Datenvideos ebenfalls auf diesen Computer.Organisieren Sie die Datenvideos in Ordnern. Eine für jeden Zeitpunkt. Verwenden Sie das Skript Track-Zellen, um eine automatisierte Zellverfolgung in den Datenvideos durchzuführen, indem Sie Track-Zellen öffnen und das Skript Choose add to path" ausführen, wenn Sie von einem Popup-Fenster dazu aufgefordert werden, was normalerweise nur geschieht, wenn das Skript zum ersten Mal von einem bestimmten Ordner ausgeführt wird.Wenn Sie dazu aufgefordert werden, wählen Sie ein oder mehrere Datenvideos aus, um das Tracking zu initiieren. Navigieren Sie zu den Datenvideos und sobald Sie mit der Liste der Dateien zufrieden sind, klicken Sie auf Öffnen"Um anomale oder falsche Spuren manuell abzulehnen, öffnen Sie saubere Leiterbahnen im MATLAB-Editorfenster, indem Sie auf die Datei doppelklicken. Wählen Sie an der Eingabeaufforderung den Datenordner aus, der von den Gleiszellen ausgegeben wird.Navigieren Sie zu einem der erstellten Ordner und wählen Sie ihn aus. Wenn Sie dazu aufgefordert werden, geben Sie eins ein, um die Ablaufverfolgung beizubehalten, und Null, um die Ablaufverfolgung abzulehnen. Drücken Sie dann die EINGABETASTE, um zur nächsten Ablaufverfolgung überzugehen.Beginnen Sie mit dem Herunterladen des Skripts mit dem Titel Spaghetti Plots. Öffnen Sie das Skript, und führen Sie es aus. Wenn das Dateibrowserfenster mit der Eingabeaufforderung angezeigt wird, wählen Sie den zu öffnenden Ordner aus.Navigieren Sie zum Ordner eines der Zeitpunkte. Wenn Sie dazu aufgefordert werden, Kalibrierung, wie hoch ist die Anzahl der Pixel pro Millimeter? Geben Sie den Kalibrierungswert ein und drücken Sie die Eingabetaste.Passen Sie die Achsen des Plots nach Bedarf an, indem Sie Zeile 55 des Skripts ändern, die standardmäßig auf RR gleich vier gesetzt ist. für die Einbeziehung eines Radius von bis zu vier Millimetern. Speichern Sie die Handlung.Die Ergebnisse zeigen die kollektive Motilität der Stentorzellpopulation nach zwei, drei, sieben und acht Stunden nach dem Regenerationsprozess des oralen Apparates. Diese Diagramme zeigen sowohl die erwartete Zunahme der Anzahl der beweglichen Individuen als auch die Vervierfachung der Reichweite der beweglichsten Zellen innerhalb der Population. Die schnellsten schwimmenden Zellen sind, wenn sie in der Nähe des Randes gestartet werden, daran gehindert, vollständig in einer geraden Linie zu schwimmen, und ihr Bewegungsumfang erscheint kleiner.Die Traktzellen wurden in drei verschiedene Kategorien eingeteilt: nicht beweglich ohne sichtbaren Halt, nicht beweglich mit sichtbarem Halten und beweglich. Das Ergebnis zeigte ein gestapeltes Histogramm, das die relative Zellzahl über diese Kategorien als Funktion von uns in der Regeneration zusammenfasst. Zu späteren Zeiten wurde eine beträchtliche Anzahl von Zellen in Kolonien mit sichtbaren Halteklammern gefunden, was stark darauf hindeutet, dass sie die Umwelt erkundet und bevorzugt in der Nähe von anderen ihrer Art befestigt hatten.Es ist wichtig, die Probenbohrlochmaße auszuwählen, die für Stentor coeruleus, die etwa einen Millimeter groß sind, gut geeignet sind. Dazu gehören Silikon-Abstandshalter-Dicke 5/16 Zoll im Durchmesser und 10 Zellen pro Well. Diese Zahlen sollten angepasst werden, wenn dieses Protokoll für andere Zelltypen angepasst wird.Dieser Assay kann in Verbindung mit RNA-I durchgeführt werden, um die Regeneration verschiedener Stentor Phänotypen zu untersuchen und zu vergleichen.

Research

JoVE Journal

Biology

Analysis of Motility Patterns of Stentor During and After Oral Apparatus Regeneration Using Cell Tracking

Assessing Neural Stem Cell Motility Using an Agarose Gel-based Microfluidic Device

Die Beurteilung Neural Stem Cell Motilität Mit einem Agarosegel-basierte Mikrofluidikvorrichtung

While microfluidic technology is reaching a new level of maturity for macromolecular assays, cell-based assays are still at an infant stage1. This is ...

Forschung

Biologie

Visually Mediated Odor Tracking During Flight in Drosophila

Visuell vermittelte Odor-Tracking während des Fluges in Drosophila

Flying insects use visual cues to stabilize their heading in a wind stream. Many animals additionally track odors carried in the wind. As such, visual ...

Immunocytochemical Analysis of Human Pluripotent Stem Cells using a Self-Made Cytospin Apparatus

Immunzytochemische Analyse von menschlichen pluripotenten Stammzellen mit Hilfe eines Self-Made Cytospin Apparatus

Human pluripotent stem cells (hPSCs) that include human embryonic stem cells (hESCs) and human induced pluripotent stem cells (hiPSCs) are exciting cell ...

Quantitative Analysis of Random Migration of Cells Using Time-lapse Video Microscopy

Quantitative Analyse der ungerichtete Migration von Zellen unter Verwendung Zeitraffer-Video-Mikroskopie

Cell migration is a dynamic process, which is important for embryonic development, tissue repair, immune system function, and tumor invasion 1, 2. During ...

Optimized Staining and Proliferation Modeling Methods for Cell Division Monitoring using Cell Tracking Dyes

Optimiert Färbung und Proliferation Modeling-Methoden für die Zellteilung Überwachung mit Cell-Tracking Dyes

Fluorescent cell tracking dyes, in combination with flow and image cytometry, are powerful tools with which to study the interactions and fates of ...

Rapid Genetic Analysis of Epithelial-Mesenchymal Signaling During Hair Regeneration

Schnelle Genetische Analyse von epithelial-mesenchymale Signaling Während Haarregeneration

Hair follicle morphogenesis, a complex process requiring interaction between epithelia-derived keratinocytes and the underlying mesenchyme, is an ...

Cell Tracking Using Photoconvertible Proteins During Zebrafish Development

Handy-Tracking Mit Photoconvertible Proteine ​​während der Zebrafisch-Entwicklung

Embryogenesis is a dynamic process that is best studied by using techniques that allow the documentation of developmental changes in vivo. The use of ...

Visualizing Cytoplasmic Flow During Single-cell Wound Healing in Stentor coeruleus

Visualizing Cytoplasmic Flow During Single-cell Wound Healing in Stentor coeruleus

Although wound-healing is often addressed at the level of whole tissues, in many cases individual cells are able to heal wounds within themselves, ...

Temporal Tracking of Cell Cycle Progression Using Flow Cytometry without the Need for Synchronization

Zeitliche Verfolgung von Zellzyklus mittels Durchflusszytometrie, ohne die Notwendigkeit für die Synchronisation

This protocol describes a method to permit the tracking of cells through the cell cycle without requiring the cells to be synchronized. Achieving cell ...

FRET Imaging in Three-dimensional Hydrogels

FRET-Imaging im dreidimensionalen Hydrogelen

Imaging of F&#246;rster resonance energy transfer (FRET)&#160;is a powerful tool for examining cell biology in real-time. Studies utilizing FRET commonly ...