Name: harvesting and disaggregation: an overlooked step in biofilm methods research
Uploaded: 2022-04-22T12:30:00
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Danielle Orr Goveia、Blaine Fritz、Jennifer Summers、Fei San Leeが本論文に貢献したことに感謝したい。

1. ボルテックスと超音波処理
<ol><li>成熟した緑膿菌ATCC 15442バイオフィルムをASTM規格E25622に従って成長させる。</li>
	<li>48時間の成長期間の終わりに、ASTM規格E28718に従ってバイオフィルムおよびサンプルクーポンを処理する準備をしてください
</li>
	<li>オートクレーブ処理されたスプラッシュガードを、火炎滅菌された鉗子を使用して?...

<ol>
	<li>Donlan, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biofilms:+microbial+life+on+surfaces.">Biofilms: microbial life on surfaces.</a> Emerging Infectious Diseases. 8 (9), 881-890 (2002).</li><li>ASTM International. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ASTM+Standard+E2562,+2017,+Standard+Test+Method+for+Quantification+of+Pseudomonas+aeruginosa+Biofilm+Grown+with+High+Shear+and+Continuous+Flow+using+CDC+Biofilm+Reactor.">ASTM Standard E2562, 2017, Standard Test Method for Quantification of Pseudomonas aeruginosa Biofilm Grown with High Shear and Continuous Flow using CDC Biofilm Reactor.</a> ASTM International. , (2017).</li><li>Azeredo, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Critical+review+on+biofilm+methods.">Critical review on biofilm methods.</a> Critical Reviews In Microbiology. 43 (3), 313-351 (2017).</li><li>Gomes, I. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Standardized+reactors+for+the+study+of+medical+biofilms:+a+review+of+the+principles+and+latest+modifications.">Standardized reactors for the study of medical biofilms: a review of the principles and latest modifications.</a> Critical Reviews in Biotechnology. 38 (5), 657-670 (2018).</li><li>Goeres, D. M., et al., Simoes, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Design+and+fabrication+of+biofilm+reactors.">Design and fabrication of biofilm reactors.</a> Recent Trends in Biofilm Sciences and Technology. , 71-88 (2020).</li><li>Goeres, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+method+for+growing+a+biofilm+under+low+shear+at+the+air-liquid+interface+using+the+drip+flow+biofilm+reactor.">A method for growing a biofilm under low shear at the air-liquid interface using the drip flow biofilm reactor.</a> Nature Protocols. 4 (5), 783-788 (2009).</li><li>ASTM International. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ASTM+Standard+E2871,+Standard+Test+Method+for+Determining+Disinfectant+Efficacy+Against+Biofilm+Grown+in+the+CDC+Biofilm+Reactor+Using+the+Single+Tube+Method.">ASTM Standard E2871, Standard Test Method for Determining Disinfectant Efficacy Against Biofilm Grown in the CDC Biofilm Reactor Using the Single Tube Method.</a> ASTM International. , (2019).</li><li>Goeres, D. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Validation+of+a+Biofilm+Efficacy+Test:+The+Single+Tube+Method.">Validation of a Biofilm Efficacy Test: The Single Tube Method.</a> Journal of Microbiological Methods. , (2019).</li><li>The development and validation of a standard in vitro method to evaluate the efficacy of surface modified urinary catheters. Theses and Dissertations at Montana State University Available from: <a target="_blank" href="https://scholarworks.montana.edu/xmlui/handle/1/15149">https://scholarworks.montana.edu/xmlui/handle/1/15149</a> (2019)</li><li>Hamilton, M. A., Buckingham-Meyer, K., Goeres, D. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Checking+the+Validity+of+the+harvesting+and+Disaggregating+Steps+in+Laboratory+Tests+of+Surface+Disinfectants.">Checking the Validity of the harvesting and Disaggregating Steps in Laboratory Tests of Surface Disinfectants.</a> Journal of AOAC International. 92 (6), 1755-1762 (2009).</li><li>Conlon, B. P., Rowe, S. E., Lewis, K., Donelli, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Persister+Cells+in+Biofilm+Associated+Infections.">Persister Cells in Biofilm Associated Infections.</a> Biofilm-based Healthcare-associated Infections. , (2015).</li><li>ASTM International. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ASTM+Standard+E2647,+Standard+Test+Method+for+Quantification+of+Pseudomonas+aeruginosa+Biofilm+Grown+Using+Drip+Flow+Biofilm+Reactor+with+Low+Shear+and+Continuous+Flow.">ASTM Standard E2647, Standard Test Method for Quantification of Pseudomonas aeruginosa Biofilm Grown Using Drip Flow Biofilm Reactor with Low Shear and Continuous Flow.</a> ASTM International. , (2020).</li><li>Rosenberg, M., Azevedo, N., Ivask, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Propidium+iodide+staining+underestimates+viability+of+adherent+bacterial+cells.">Propidium iodide staining underestimates viability of adherent bacterial cells.</a> Scientific Reports. , (2019).</li><li>Stiefel, P., Schmidt-Emrich, S., Manuira-Weber, K., Ren, Q. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Critical+aspects+of+using+bacterial+cell+viability+assays+with+the+fluorophores+SYTO9+and+propidium+iodide.">Critical aspects of using bacterial cell viability assays with the fluorophores SYTO9 and propidium iodide.</a> BMC Microbiology. , (2015).</li><li>Kobayashi, N., Bauer, T. W., Tuohy, M. J., Fujishiro, T., Procop, G. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Brief+Ultrasonication+Improves+Detection+of+Biofilm-formative+Bacteria+Around+a+Metal+Implant.">Brief Ultrasonication Improves Detection of Biofilm-formative Bacteria Around a Metal Implant.</a> Clinical Orthopaedics and Related Research. 457, 210-213 (2007).</li><li>Lourenco, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Minimum+information+about+a+biofilm+experiment+(MIABiE),+standards+for+reporting+experiments+and+data+on+sessile+microbial+communities+living+at+interfaces.">Minimum information about a biofilm experiment (MIABiE), standards for reporting experiments and data on sessile microbial communities living at interfaces.</a> Pathogens and Disease. , 1-7 (2014).</li><li>Nascentes, C. C., Korn, M., Sousa, C. S., Arruda, M. A. Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+Ultrasonic+Baths+for+Analytical+Applications:+A+New+Approach+for+Optimisation+Conditions.">Use of Ultrasonic Baths for Analytical Applications: A New Approach for Optimisation Conditions.</a> Journal of Brazilian Chemical Society. 12 (1), 57-63 (2001).</li><li>Elma GmbH &amp; Co. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=KG+TI-H+Ultrasonic+Cleaning+Units:+Operating+Instructions.">KG TI-H Ultrasonic Cleaning Units: Operating Instructions.</a> Elma GmbH &amp; Co. , (2009).</li><li>Stamper, D. M., Holm, E. R., Brizzolara, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exposure+times+and+energy+densities+for+ultrasonic+disinfection+of+Escherichia+coli,+Pseudomonas+aeruginosa,+Enterococcus+avium+and+sewage.">Exposure times and energy densities for ultrasonic disinfection of Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Enterococcus avium and sewage.</a> Journal of Environmental Engineering and Science. 7 (2), 139-146 (2008).</li><li>Suslick, K. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sonochemistry.">Sonochemistry.</a> Science. 247 (4949), (1990).</li></ol>

収穫および分解方法に関する最小情報 科学界全体で再現可能なバイオフィルムデータを作成するには、バイオフィルム法の成長、治療、サンプリング、分析の各ステップについて、著者ができるだけ多くの詳細を含めることが不可欠です。バイオフィルム法の標準化は、研究者が特定の方法および関連する修正を参照することを可能にするので、この努力を助けてきた。しか?...

バイオフィルムの定義は過去数十年にわたって進化しており、さまざまな生物学的および/または非生物学的表面との微生物の関連、マトリックス内の異なる成長および遺伝子発現2を示す非細胞成分1の包含を包含する。バイオフィルムは、乾燥などの環境ストレスからの保護を提供し、微生物の生存をもたらす化学消毒剤の作用をあまり効果的でないものにする可能性があります。バイオフィルム内の生存者は、公衆衛生上の懸念事項である病原性微生物の発生源を提供する可能性があります3。
バイオフィルム法は、成長、処理、サンプリング(収穫および分解)、および分析の4つのステップで構成されています。成長は、第1のステップにおいて、使用者が生物の生育条件、温度、媒体等を決定するところ、バイオフィルム文献4、5、6、7において最も考慮され、報告されている。処理ステップは、抗菌剤(例えば、消毒剤)を評価して、成熟バイオフィルム3、8、9に対するそれらの有効性を決定するか、または抗菌剤が表面に組み込まれ得るバイオフィルム増殖を防止または低減する製品の能力を決定する10。第3のステップは、サンプリング、それが成長していた表面からバイオフィルムを採取し、除去された凝集塊を分解するステップ3、8、11を含む。第4のステップは、分析、生細胞数、顕微鏡観察、蛍光測定、分子転帰、および/またはマトリックス成分評価8、9を含み得る。データの評価は、実験の結果に関する情報を提供します。4つのうち、サンプリングは、選択されたバイオフィルム収穫および/または分解技術が100%効果的であり、しばしば検証なしで行われると想定しているため、最も見過ごされがちなステップです11。
細菌のプランクトン懸濁液は、しばしば均質であると考えられ、分析の前に単純なボルテックスを必要とする。しかし、バイオフィルムは、微生物(原核生物および/または真核生物)、エキソ多糖類、タンパク質、脂質、細胞外DNA、および宿主細胞で構成される複雑なコミュニティです12。表面からバイオフィルムを適切に採取し、それを均質な単一細胞懸濁液に分解するためには、従来のプランクトン微生物学的培養方法を超えるステップが必要である。広範な文献レビュー(この刊行物には含まれていない情報)は、除去および脱凝集技術の選択が、バイオフィルム中に存在する種、バイオフィルムが付着している表面(非多孔質または多孔質)、成長表面への接近性(容易に除去可能なクーポンまたはバイオフィルムが成長している装置の物理的破壊)を含む多くの要因に依存することを実証した。 表面形状(面積および形状)、成長表面上のバイオフィルムの密度、および利用可能な実験装置。
バイオフィルムが表面から回収されると、得られる細胞懸濁液は異種である。この不均一な懸濁液を正確に列挙しようとする場合、個々の細胞に分解されなければならない。生存プレート数は、コロニー形成単位が1つの細菌に由来すると仮定する。バイオフィルムの凝集体が増殖培地上に置かれると、個々の細胞を区別することは不可能であり、不正確な推定につながる可能性がある。例えば、消毒剤有効性試験中に、処置が対照と比較して表面からバイオフィルムを非常に効果的に除去する場合、対数の減少は対照と比較して人為的に大きく見える可能性がある。一方、バイオフィルムを表面に固定する化学消毒剤は、対照と比較して、対数減少が低いように見えます11。このタイプのシナリオは、実験データの偏った解釈につながる可能性があります。
出版の準備として、文献のレビューは、バイオフィルムを収穫および分解するための一般的なアプローチが、掻き取り、スワビング、超音波処理、ボルテックスまたはこれらの組み合わせを含むと判断した。掻き取りは、滅菌スティック、ヘラまたは他のツールを用いて表面からバイオフィルムを物理的に除去することと定義される。スワビングとは、綿の先端のスティックまたは他の固定吸収材料を用いて表面からバイオフィルムを除去することを指す。超音波処理は、水を介して分布する超音波を介して表面からのバイオフィルムの破壊を指す。ボルテックスとは、チューブ内のサンプルの液体渦を達成するためのミキサーの使用を指します。均質化は、回転ブレードを使用して、回収されたバイオフィルム凝集塊を単一の細胞懸濁液に剪断する。本稿では、硬質/非多孔質と多孔質の2つの異なる表面タイプに対する3つの収穫および分解方法を提示する。
研究者が出版物の方法セクションに含めるべき推奨される最低限の情報のリストが提供されています。この情報を含めることで、他の研究者が自分の研究を再現できることを願っています。完璧な収穫および分解方法がないため、技術を確認する方法に関する推奨事項も提供されます。
この記事では、一般的な成長表面からバイオフィルムを収穫および分解する3つの一般的な方法が示されています。この情報により、研究者はバイオフィルム試験法の全体的な精度とバイアスをよりよく理解することができます。記載されている方法は次のとおりです:(1)CDCバイオフィルムリアクター内の高流体せん断下でポリカーボネートクーポン(硬質非多孔質表面)上に成長させた 緑膿菌 バイオフィルムを採取し、バイオフィルムの採取および解凝集を達成するためにボルテックスおよび超音波処理の5つのステップの組み合わせに続いて解凝集する(2)A P. 低流体せん断下でドリップフローリアクター内のホウケイ酸ガラスクーポン(硬質非多孔質表面)上に成長したバイオフィルムを回収し、掻き取りおよび均質化を用いて解凝集させる(3)シリコーンチューブ(多孔質表面)で成長させた 大腸菌 バイオフィルムを採取し、掻き取りを用いて解凝集させ、続いて超音波処理およびボルテックス処理を行う。

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>50 mL conical vials</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>339652</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>100 mL glass beakers</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>FB102100</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5 mL serological pipettes</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-678-12D</td>
			<td>For adding treatment to vials containing coupons.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50 mL serological pipettes</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-678-14C</td>
			<td>For adding neutralizer to vials at the end of treatment contact time.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Applicator sticks</td>
			<td>Puritan</td>
			<td>807</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hemostats</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>16-100-115</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Metal spatula</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>14-373</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PTFE policemen</td>
			<td>Saint-Gobain</td>
			<td>06369-04</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>S 10 N - 10 G - ST Dispersing tool</td>
			<td>IKA</td>
			<td>4446700</td>
			<td>For homogenization of biofilm samples.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Scissors</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>08-951-20</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Silicone Foley catheter, size 16 French</td>
			<td>Medline Industries</td>
			<td>DYND11502</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Silicone tubing, size 16</td>
			<td>Cole-Parmer</td>
			<td>EW96400-16</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Splash Guards</td>
			<td>BioSurface Technologies, Inc.</td>
			<td>CBR 2232</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>T 10 basic ULTRA-TURRAX Disperser</td>
			<td>IKA</td>
			<td>3737001</td>
			<td>For homogenization of biofilm samples.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tubing connectors</td>
			<td>Cole-Parmer</td>
			<td>EW02023-86</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ultrasonic Cleaner</td>
			<td>Elma</td>
			<td>TI-H15</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex-Genie 2</td>
			<td>Scientific Industries</td>
			<td>SI-0236</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex-Genie 2 Vertical 50 mL Tube Holder</td>
			<td>Scientific Industries</td>
			<td>SI-V506</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

harvesting and disaggregation: an overlooked step in biofilm methods research

バイオフィルム法は、関連するモデルでバイオフィルムを成長させる、成熟したバイオフィルムを処理する、表面からバイオフィルムを採取し、凝集塊を分解する、およびサンプルを分析するという4つの異なるステップからなる。4つのステップのうち、収穫と分解は最も研究されていませんが、テストバイアスの可能性を考慮すると、それにもかかわらず重要です。この記事では、3つの異なる表面で成長したバイオフィルムに一般的に使用される収穫および分解技術を示します。広範な文献レビューから収集された3つのバイオフィルム収穫および分解技術には、ボルテックスおよび超音波処理、スクレイピングおよび均質化、ならびにスクレイピング、ボルテックスおよび超音波処理が含まれる。硬質非多孔質(ポリカーボネートおよびホウケイ酸ガラス)と多孔質(シリコーン)の2つの表面タイプが考慮される。さらに、従う収穫技術を報告する際に含めるべき最小限の情報と、バイアスをチェックするための付随する方法に関する推奨事項を提供します。

収穫方法の検証・確認 私たちの研究室で行われたいくつかの研究は、シングルチューブ法(ASTM E2871)8を使用して、バイオフィルムリアクター(ASTM E2562)2で成長したバイオフィルムを効果的に収穫するボルテックスと超音波処理の能力を調べました。
緑膿菌ATCC 15442バイオフィルムを、ホウケイ酸ガラスクーポン上でAS...

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Harvesting and Disaggregation: An Overlooked Step in Biofilm Methods Research

この論文では、2つの表面タイプにおける3つの一般的なバイオフィルム収穫および分解技術、収穫方法の堅牢性試験、および再現性を高めるために収穫および分解技術を選択および最適化する際に考慮すべき最小限の情報を示す方法を詳述する。

収穫と分解:バイオフィルム法研究における見過ごされたステップ

Biofilm methods consist of four distinct steps: growing the biofilm in a relevant model, treating the mature biofilm, harvesting the biofilm from the ...

これらの手順の全体的な目標は、再現性を高めるために、最適な方法でバイオフィルムを収穫および分解することです。このビデオでは、3つのテクニックが実証され、それぞれが異なる表面タイプからの収穫と分解に焦点を当てています。このビデオは、CDCバイオフィルム反応器からのポリカーボネートクーポンなどの硬い非多孔質表面からバイオフィルムをボルテックスおよび超音波処理するための適切な技術を実証します。第二に、ドリップフローリアクターで一般的に見られる硬質非多孔質ホウケイ酸ガラス表面のバイオフィルムの掻き取りおよび均質化である。そして3つは、カテーテルモデルに一般的に見られる多孔質シリコーンチューブ表面からのバイオフィルムの掻き取り、ボルテックス、および超音波処理である。こんにちは、私の名前はケリーバッキンガムマイヤーここで標準化されたバイオフィルムメソッドラボです。私たちの研究室では、バイオフィルム法を成長、治療、サンプリング、分析の4つの要素に分けています。査読済みの文献では、バイオフィルムがどのようにサンプリングまたは採取され、表面から分解されるかの詳細は、典型的にはまばらである。これがこのビデオの理由です。私たちの研究室では標準化されたバイオフィルム法を開発および試験しているため、最も一般的な3つのバイオフィルム採取および分解方法が同定された広範な文献レビューを実施しました。これらの方法は、ポリカーボネートクーポンからのバイオフィルムのボルテックスおよび超音波処理、ホウケイ酸ガラスクーポンからのバイオフィルムの掻き取りおよび均質化、ならびにシリコーンチューブからのバイオフィルムの掻き取り、ボルテックスおよび超音波処理である。紙に書かれた方法は強力ですが、同僚のLindsey Millerと私が提示した技術的な詳細を含むビデオが役立つことを願っています。開始するには、ASTM標準E2562に従って成熟緑膿菌15442バイオフィルムを成長させ、CDCバイオフィルムリアクターを用いて高剪断および連続流で成長させた緑膿菌バイオフィルムの定量のための標準試験方法。48時間の成長期間の終わりに、ASTM標準E2871に従ってクーポンを処置し、サンプルクーポンを準備し、CDCバイオフィルムリアクターで成長したバイオフィルムに対する消毒剤の有効性を決定するための標準試験方法をシングルチューブ法を用いて行う。次に、オートクレーブ処理されたスプラッシュガードを、火炎滅菌された鉗子を使用して滅菌された50ミリリットルの円錐形チューブに無菌的に挿入します。治療を受けるすべてのチューブについて繰り返します。コントロールクーポン用のチューブにはスプラッシュガードは必要ありません。CDCバイオフィルム反応器からロッドを無菌的に取り出し、30ミリリットルの滅菌希釈水ですすいでください。これにより、バイオフィルムから緩く付着した細胞が除去されます。ロッドをベンチトップと平行に、スプラッシュガード付きのサンプルチューブの上に保持します。火炎滅菌されたアレンレンチを使用して、止めネジを緩め、バイオフィルムコーティングされたクーポンをチューブに落とします。希望数のクーポンについて繰り返します。スプラッシュガードを取り外し、スプラッシュガードを別の容器に入れて滅菌します。5ミリリットルの血清学的ピペットを用いて、液体がチューブの壁の内側を流れ落ちるようにチューブに4ミリリットルの処理または制御をゆっくりとピペットする。クーポンの下の気泡が変位するようにチューブの底を静かに旋回させます。各追加の間に 30 ~ 60 秒かかります。指定された接触時間の終わりに、処置または対照が適用されたのと同じ順序で36ミリリットルの中和剤をチューブにピペットで入れた。各チューブを最高設定で30プラスマイナス5秒間渦巻き、完全な渦が達成されることを確認します。浴中の水位がチューブ内の水位に等しくなるように、脱気超音波装置に懸濁されたチューブラックにチューブを置きます。45キロヘルツ、100%パワー、および30プラスマイナス5秒間の通常の機能でサンプルを超音波処理します。渦と超音波処理サイクルを繰り返し、5サイクルの合計のために、最終的な渦で終了します。最後に、サンプルを連続希釈し、希釈液をR2A寒天培地にプレートし、プレートを摂氏36度で24時間インキュベートする。めっき方法に合わせてコロニーをカウントし、データを記録します。この次のバイオフィルム採取および分解技術は、ドリップフローリアクターの標準である硬質非多孔質クーポンに有用である。低剪断および連続流を有するドリップフローバイオフィルム反応器を用いて成長させた緑膿菌バイオフィルムの定量のための標準試験方法をASTM標準E2647に従って成熟緑膿菌15442バイオフィルムを増殖させる。サンプリングボード、ビーカー内の95%エタノール、アルコールバーナー、止血剤、クーポン除去ツール、滅菌希釈水を含むビーカー、クーポンをすすぐための希釈チューブを含むようにサンプリングステーションを設定します。ポンプの電源を切り、チャンネルカバーを取り外し、滅菌クーポン取り外しツールと止血剤を使用してクーポンを取り出し、バイオフィルムを乱さないように注意してください。50ミリリットルの遠沈管に含まれる45ミリリットルの滅菌希釈水に液体の動きで静かに浸漬してクーポンをすすぎます。すぐにモーションを逆にしてクーポンを削除します。クーポンを45ミリリットルの滅菌希釈水を入れたビーカーに入れます。バイオフィルムで覆われたクーポン表面を下方向に滅菌ヘラまたはスクレーパーを用いて約15秒間こすります。ヘラまたはスクレーパーをビーカーでかき混ぜてすすいでください。掻き取りとすすぎのプロセスを3〜4回繰り返して、クーポン表面を完全に覆うようにします。クーポンを滅菌ビーカーの上に60度の角度で保持し、クーポンの表面に1ミリリットルの滅菌希釈水をピペッティングして、クーポンをすすぎます。合計5回のすすぎを繰り返します。ビーカーの最終容量は現在50ミリリットルです。バイオセーフティキャビネットで作業し、掻き取ったバイオフィルムサンプルを均質化します。滅菌ホモジナイザープローブをホモジナイザーに取り付けます。プローブチップを液体に入れ、ホモジナイザーをオンにして、最大20,500RPMまでランプします。サンプルを30秒間均質化します。RPMを下げ、ホモジナイザーの電源を切ります。上記のように9ミリリットルの滅菌希釈ブランクを20、500RPMで30秒間ホモジナイズすることによって、バイオフィルムサンプル間のプローブを消毒する。70%エタノールの9ミリリットルのチューブを30秒間ホモジナイズし、プローブを取り外してエタノールチューブに1分間放置します。2つの追加の希釈ブランクを均質化する。また、滅菌使い捨てホモジナイザープローブを各試料に用いてもよい。均質化したサンプルを段階的に希釈し、適切なめっき方法を使用して希釈液をR2A上にプレートし、プレートを摂氏36度で24時間インキュベートする。コロニーをカウントし、データを記録します。この最終的なバイオフィルム採取および脱凝集技術は、カテーテルモデルで使用されるシリコーンチューブのような多孔質チューブでバイオフィルム成長に有用である。この手順を開始するには、シリコーンカテーテルチューブで成熟した大腸菌53498バイオフィルムを成長させます。すすぎ管、滅菌遠心管、空の滅菌ペトリ皿、火炎滅菌されたステンレス鋼止血剤、はさみ、タイマー、定規などのサンプリング材料を準備します。ポンプを一時停止した状態で、70%エタノールを使用してチューブの外側を清掃します。コネクタに取り付けられた領域を避けて端から 2 cm を測定し、チューブにマークを付けて切断位置を決定します。火炎滅菌されたはさみで、2センチメートルのマークでチューブを切断します。チューブセグメントをすすぎ、プランクトン細胞を除去します。火炎滅菌鉗子を使用して、チューブセグメントを20ミリリットルの滅菌希釈水に静かに浸漬し、直ちに除去する。セグメントを10ミリリットルの中和剤に入れます。火炎滅菌された鉗子では、チューブセグメントを保持し、チューブの内側のすべての領域がこすり落とされるまで、滅菌された木製のアプリケータースティックでこすります。時折、スティックを10ミリリットルの中和剤ですすぎ、セグメントをサンプルチューブに戻します。削り取られたチューブセグメントは、10 から 0 またはゼロの希釈になります。各チューブを最高設定で30プラスマイナス5秒間渦巻きます。浴中の水位がチューブ内の液体レベルに等しくなるように、超音波処理器浴中に懸濁されたチューブラックにチューブを置く。45キロヘルツ、100%パワー、および30プラスマイナス5秒間の通常の機能で超音波処理します。この渦と超音波処理サイクルを繰り返し、最終的な渦で終わります。サンプルを緩衝水で段階的に希釈する。適切なプレーティング方法を用いてトリプシン大豆寒天上にプレートし、次いでチューブを摂氏36プラスまたはマイナス2°Cで24時間インキュベートする。使用しためっき方法に合わせてコロニーを適宜カウントし、データを記録して算術平均を計算します。ダニエル・オアとブレイン・フリッツが撮影したこれら4つの画像はすべて、この収穫と分解の手順の重要性を説明するのに役立ちます。これらの4つのクーポンはすべてクリスタルバイオレットで染色され、渦および超音波処理プロセスの前後にクーポン上に存在する緑膿菌バイオフィルムの量を視覚化するのを助けた。クーポンAはバイオフィルムで完全に覆われていますが、クーポンB、C、Dはすべて表面にバイオフィルムがかなり少ないです。クーポンB、C、およびDはすべて、前述のボルテックスおよび超音波処理プロセスに供された。Lindsey Millerが共焦点顕微鏡で撮影したこれら2つの画像は、12.5倍の倍率で、バックライトのライブ/デッドステインで処理された緑膿菌バイオフィルムを描いています。左側の画像は45キロヘルツと10%パワーで超音波処理され、右側の画像は45キロヘルツと100%パワーで超音波処理されました。明らかに、左側のクーポンは、右側のクーポンと比較して、表面にはるかに多くのバイオフィルムが残っています。この最終図は、異なる超音波処理パラメータの操作がクーポン表面から除去された緑膿菌バイオフィルムの量にどのように影響するかを示しています。これらのクーポンはすべて、45キロヘルツ、100%パワーで超音波処理され、通常の設定で30プラスマイナス5秒間超音波処理されました。これらの画像は、リンジー・ミラーによって12.5倍の倍率で撮影されました。行1のクーポンは希釈水中で超音波処理され、列2のクーポンはDE中和ブロスで超音波処理されました。希釈水と比較して界面活性剤を含むDEブロスで超音波処理されたクーポンに残っているバイオフィルムが少ないようです。クーポンA、B、E、およびFはすべて10ミリリットルの体積で超音波処理され、クーポンC、D、GおよびHは40ミリリットルの溶液中で超音波処理された。より小さなボリュームで超音波処理されたクーポンには明らかに少ないバイオフィルムがあります。クーポンA、C、E、およびGは、一度に3本のチューブで浴中で超音波処理され、クーポンB、D、F、およびHは、一度に12本のチューブを有する浴中で超音波処理された。より少ないチューブで超音波処理されたサンプルは、優れたバイオフィルム収穫を示したようである。最終的に、チューブ内の体積を最小限に抑え、一度に超音波処理されたチューブの数を減らし、DE中和ブロスを使用することはすべて、バイオフィルムハーベスティングの強化に寄与するようです。バイオフィルムを収穫して分解する完璧な方法はありませんが、いくつかのアプローチは異なる表面および/または用途に適しています。このビデオで紹介されているテクニックは、文献レビューによると最も一般的な3つの方法です。これら3つの手法は、研究者の出発点となります。選択した収穫方法と分解方法を検証するために時間をかけることが重要です。すべての機器が微妙に異なるため、方法が標準化されていても、使用する機器のプロセスを確認することは賢明です。研究は、不適切な選択が偏ったテスト結果につながる可能性があることを示しています。このビデオを見た後、この情報は、研究者がどの方法を使用するかについてより多くの情報に基づいた決定を下し、3つの表面タイプの再現性の向上と補完的な収穫および分解技術に関するガイダンスを提供するのに役立つことを願っています。

Research

JoVE Journal

Biology

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Diagnosis of the ongoing SARS-CoV-2 pandemic is a priority for all countries across the globe. Currently, reverse transcription quantitative PCR (RT-qPCR) ...

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