Name: automated dissection protocol for tumor enrichment in low tumor content tissues
Uploaded: 2021-03-29T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Automated Dissection Protocol for Tumor Enrichment in Low Tumor Content Tissues at JoVE.com

Forfatterne vil gerne takke Carmina Espiritu og Robin E. Taylor for deres støtte til automatiseret dissektionsudvikling samt Genentech Pathology Core Laboratory-personalet, der støttede dette arbejde.

Før initiering skal du indhente passende vævsprøver i henhold til Institutional Review Board (IRB) protokoller. Alle metoder, der er beskrevet her, er blevet godkendt af Institutional Animal Care and Use Committee (IACUC) i Genentech, Inc.
1. Forberedelse af væv og dias
<ol><li>Vælg FFPE eller friske frosne vævsblokke, og brug den tilsvarende behandlingsmetode nedenfor.</li>
	<li>Skær vævsbloksektioner på positivt ladede glasglas i den ønskede tykkelse. Seriel sektion FFPE væv i b...

<ol>
	<li>Cho, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue+recommendations+for+precision+cancer+therapy+using+next+generation+sequencing:+a+comprehensive+single+cancer+center's+experiences.">Tissue recommendations for precision cancer therapy using next generation sequencing: a comprehensive single cancer center's experiences.</a> Oncotarget. 8 (26), 42478-42486 (2017).</li><li>Smits, A. J. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+estimation+of+tumor+cell+percentage+for+molecular+testing+by+pathologists+is+not+accurate.">The estimation of tumor cell percentage for molecular testing by pathologists is not accurate.</a> Modern Pathology: An Official Journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc. 27 (2), 168-174 (2014).</li><li>Poole-Wilson, P. A., Langer, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+pH+on+ionic+exchange+and+function+in+rat+and+rabbit+myocardium.">Effect of pH on ionic exchange and function in rat and rabbit myocardium.</a> The American Journal of Physiology. 229 (3), 570-581 (1975).</li><li>Viray, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+prospective,+multi-institutional+diagnostic+trial+to+determine+pathologist+accuracy+in+estimation+of+percentage+of+malignant+cells.">A prospective, multi-institutional diagnostic trial to determine pathologist accuracy in estimation of percentage of malignant cells.</a> Archives of Pathology &amp; Laboratory Medicine. 137 (11), 1545-1549 (2013).</li><li>El-Serag, H. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+Expression+in+Barrett's+Esophagus:+Laser+capture+versus+whole+tissue.">Gene Expression in Barrett's Esophagus: Laser capture versus whole tissue.</a> Scandinavian Journal of Gastroenterology. 44 (7), 787-795 (2009).</li><li>Harrell, J. C., Dye, W. W., Harvell, D. M. E., Sartorius, C. A., Horwitz, K. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Contaminating+cells+alter+gene+signatures+in+whole+organ+versus+laser+capture+microdissected+tumors:+a+comparison+of+experimental+breast+cancers+and+their+lymph+node+metastases.">Contaminating cells alter gene signatures in whole organ versus laser capture microdissected tumors: a comparison of experimental breast cancers and their lymph node metastases.</a> Clinical &amp; Experimental Metastasis. 25 (1), 81-88 (2008).</li><li>Kim, H. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinctions+in+gastric+cancer+gene+expression+signatures+derived+from+laser+capture+microdissection+versus+histologic+macrodissection.">Distinctions in gastric cancer gene expression signatures derived from laser capture microdissection versus histologic macrodissection.</a> BMC Medical Genomics. 4, 48 (2011).</li><li>Klee, E. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impact+of+sample+acquisition+and+linear+amplification+on+gene+expression+profiling+of+lung+adenocarcinoma:+laser+capture+micro-dissection+cell-sampling+versus+bulk+tissue-sampling.">Impact of sample acquisition and linear amplification on gene expression profiling of lung adenocarcinoma: laser capture micro-dissection cell-sampling versus bulk tissue-sampling.</a> BMC Medical Genomics. 2, 13 (2009).</li><li>Civita, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection+and+RNA-seq+analysis:+High+sensitivity+approaches+to+explain+histopathological+heterogeneity+in+human+glioblastoma+FFPE+archived+tissues.">Laser capture microdissection and RNA-seq analysis: High sensitivity approaches to explain histopathological heterogeneity in human glioblastoma FFPE archived tissues.</a> Frontiers in Oncology. 9, 482 (2019).</li><li>Emmert-Buck, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection.">Laser capture microdissection.</a> Science. 274 (5289), 998-1001 (1996).</li><li>Bonner, R. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection:+molecular+analysis+of+tissue.">Laser capture microdissection: molecular analysis of tissue.</a> Science. 278 (5342), 1481-1483 (1997).</li><li>Hunt, J. L., Finkelstein, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microdissection+techniques+for+molecular+testing+in+surgical+pathology.">Microdissection techniques for molecular testing in surgical pathology.</a> Archives of Pathology &amp; Laboratory Medicine. 128 (12), 1372-1378 (2004).</li><li>Espina, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser-capture+microdissection.">Laser-capture microdissection.</a> Nature Protocols. 1, 586-603 (2006).</li><li>Grafen, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimized+expression-based+microdissection+of+formalin-fixed+lung+cancer+tissue.">Optimized expression-based microdissection of formalin-fixed lung cancer tissue.</a> Laboratory Investigation; A Journal of Technical Methods and Pathology. 97 (7), 863-872 (2017).</li><li>Javey, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=innovative+tumor+tissue+dissection+tool+for+molecular+oncology+diagnostics.">innovative tumor tissue dissection tool for molecular oncology diagnostics.</a> The Journal of Molecular Diagnnostics: JMD. (21), 1525-1578 (2021).</li><li>Adey, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+mill+based+instrument+and+software+system+for+dissecting+slide-mounted+tissue+that+provides+digital+guidance+and+documentation.">A mill based instrument and software system for dissecting slide-mounted tissue that provides digital guidance and documentation.</a> BMC Clinical Pathology. 13 (1), 29 (2013).</li></ol>

Præsenteret her er en protokol til anvendelse af digital annotation og automatiseret dissektion til at dissekere tumorregioner fra ffpe med lavt tumorindhold eller friske frosne væv til tumorberigelse og anvendelse i WES. Ved at kombinere digital annotation og maskeoprettelse med automatiseret dissektion reduceres den krævede praktiske tid og ekspertise, der er fælles for klassiske metoder til tumorberigelse inklusive manuel makrodissektion og LCM, betydeligt. Protokollen demonstrerer en potentielt vigtig mellemklass...

Næste generations sekventering (NGS) bruges i stigende grad til både patientpleje og kræftforskning for at hjælpe med at guide behandlinger og lette videnskabelig opdagelse. Væv er ofte begrænset, og små prøver med variabelt tumorindhold anvendes rutinemæssigt. Tumortilstrækkelighed og integritet forbliver derfor en barriere for at opnå meningsfulde data. Prøver med lavere tumorprocenter kan forårsage vanskeligheder med at skelne sande varianter fra sekventeringsartefakter og er ofte ikke berettiget til NGS1. Tumorberigelse af tilfælde med lavt tumorindhold, dem under 20%, har vist sig at hjælpe med at give tilstrækkeligt materiale til at generere reproducerbare sekventeringsdata og sikre, at lavfrekvente varianter ikke savnes 2,3. Grænserne vil dog variere afhængigt af de anvendte platforme og planlagt brug af de genererede data.
Traditionelt udføres berigelse af tumorregioner til ekstraktion ved manuel makrodissektion eller laserfangst mikrodissektion (LCM) af formalinfast paraffin indlejret (FFPE) dias. Manuel makrodissering eller skrabning af specificerede vævsområder fra dias gør det muligt at fjerne tumorområder til brug i downstream-assays med relativt lave omkostninger, men med lav nøjagtighed og lav præcision 2,4. Minimal teknisk nøjagtighed kan være meget effektiv med tilfælde med højere tumorindhold, hvor store tumorskår er til stede og / eller minimalt vævstab ikke påvirker resultaterne væsentligt, men tilfælde med lavt tumorindhold eller tilfælde med mere dispergeret tumor kræver øget præcision. LCM blev derfor opfundet i 1990'erne og blev en værdifuld måde at præcist fjerne små, definerede, mikroskopiske vævsområder fra formalinfast paraffin indlejret (FFPE) dias 5,6,7,8. LCM kan bruges til at indsamle enkeltcellepopulationer, når der findes kompleks heterogenitet af prøven9, hvilket giver mulighed for indsamling af tidligere vanskelige at adskille cellepopulationer. LCM kræver dog dyre maskiner, der kræver omfattende teknisk ekspertise og praktisk tid 10,11,12,13,14.
Instrumentet, der anvendes til automatiseret vævsdissektion, har præcision mellem LCM (~ 10 μm) og makrodissektion (~ 1 mm)15. Derudover udviser den både omkostnings- og tekniske ekspertisekrav mellem makrodissering og LCM og er designet til at udføre hurtig vævsberigelse fra sekventielle FFPE-dias for at afhjælpe ulemperne ved tidligere metoder15. Automatiseret dissektion på denne måde bruger digitale annoteringer eller billedoverlejringer på scenen på serielt sektionerede ufarvede vævsdias til dissekering og berigelse af interesseområder. Instrumentet bruger plastspindefræsespidser, 1,5 ml opsamlingsrør og kan bruges med en række forskellige væsker til dissektion for at indsamle områder af interesse for downstream-assays inklusive nukleinsyreekstraktion og sekventering. Den roterende plastfræsespids bruger indre og ydre sprøjtetøndereservoirer og et stempel til opsamling af buffer, derefter møller og opsamler væv16. Den variable fræsespidsstørrelsesdiameter (250 μm, 525 μm, 725 μm) kan muliggøre dissektion af separate vævsområder til sammenligning, multifokale regioner, der kan samles eller individuelle små områder fra enkelte eller flere FFPE-dias. Sektionstykkelser, der anvendes til høst, kan justeres ud fra individuelle forsøgsbehov, og brugerne kan sikre, at områder af interesse ikke er blevet udtømt ved at udføre en ekstra H&E på en seriel sektion umiddelbart efter den sidste sektion, der blev brugt til høst.
Automatiseret dissektion blev identificeret som en måde at berige tumorindhold i tilfælde med lavt tumorindhold, og vi testede og udvidede den tilsigtede funktionalitet af et automatiseret vævsdissektionsinstrument, som i øjeblikket markedsføres til brug på FFPE kliniske prøver op til 10 μm i tykkelse. Arbejdet viser, at automatiseret dissektion kan anvendes på både FFPE og friske frosne humane eller animalske vævssektioner op til 20 μm i tykkelse til forskningsformål. Protokollen demonstrerer også en tilgang til digitalt at kommentere og automatisere dissektion til tumorberigelse i væv med lavt tumorindhold og / eller tilfælde med indlejret, dispergeret tumor, hvor meningsfuld makrodissektion er udfordrende eller ikke mulig og viser både kvalitet og udbytte af nukleinsyre, der er tilstrækkelig til NGS. Automatiseret dissektion kan derfor give præcision på mellemniveau og øget gennemstrømning til tumorberigelse og kan også anvendes til at berige andre regioner af interesse eller kombineres med andre platforme til at besvare forskning eller kliniske spørgsmål.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Agilent SureSelectXT</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G9611A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect Fill Station</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106533001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect Instrument, Base</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106568001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect Instrument, Head</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106550001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect Milling Tips Small</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106509001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect PC</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106495001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BioAnalyzer</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G2939BA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf 5427R</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22620700</td>
			<td>Micro-centrifuge</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubation Buffer</td>
			<td>Promega</td>
			<td>D920D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leica Autostainer XL</td>
			<td>Leica</td>
			<td>ST5010</td>
			<td>Automated stainer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Molecular Grade Mineral Oil</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>M5904-500ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Proteinase K</td>
			<td>Promega</td>
			<td>V302B</td>
			<td>Digestion buffer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qiagen AllPrep DNA/RNA Mini Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>80284</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RLT Plus buffer</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>80204</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Superfrost Plus positively charged microscope slides</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>6776214</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

automated dissection protocol for tumor enrichment in low tumor content tissues

Tumorberigelse i væv med lavt tumorindhold, dem under 20% tumorindhold afhængigt af metoden, er påkrævet for at generere kvalitetsdata reproducerbart med mange downstream-assays såsom næste generations sekventering. Automatiseret vævsdissektion er en ny metode, der automatiserer og forbedrer tumorberigelse i disse almindelige væv med lavt tumorindhold ved at reducere den brugerafhængige upræcision af traditionel makrodissektion og tids-, omkostnings- og ekspertisebegrænsninger ved laserfangstmikrodissektion ved hjælp af digital billedannoteringsoverlejring på ikke-opnåede dias. Her bruges digitale hæmatoxylin- og eosinannoteringer (H&E) til at målrette mod små tumorområder ved hjælp af et blad, der er 250 μm2 i diameter i ufarvet formalinfast paraffinindlejret (FFPE) eller friske frosne sektioner op til 20 μm i tykkelse til automatiseret tumorberigelse inden nukleinsyreekstraktion og hel exom-sekventering (WES). Automatiseret dissektion kan høste kommenterede regioner i væv med lavt tumorindhold fra enkelte eller flere sektioner til nukleinsyreekstraktion. Det giver også mulighed for registrering af omfattende indsamlingsmålinger før og efter høst, samtidig med at nøjagtigheden, reproducerbarheden og gennemstrømningen øges med udnyttelse af færre dias. Den beskrevne protokol muliggør digital annotation med automatiseret dissektion på animalsk og / eller human FFPE eller frisk frosset væv med lavt tumorindhold og kan også bruges til enhver region af interesseberigelse for at øge tilstrækkeligheden til downstream-sekventeringsapplikationer i kliniske eller forskningsmæssige arbejdsgange.

FFPE- og FF-museleverafsnit indeholdende metastatisk kolorektal cancer i xenotransplantater blev valgt. Sektioner blev H&E farvet (figur 1A, E, I) og scannet på et helt diasbillede ved 20x forstørrelse. En patolog kommenterede digitalt tumorområder af interesse, og en maske blev genereret ved hjælp af kommerciel software og formateret som et digitalt png-referencebillede (figur 1B, F, J). Serielle 10 μm og 20 μm tykke ufar...

Watch this Scientific Journal Video about Automated Dissection Protocol for Tumor Enrichment in Low Tumor Content Tissues at JoVE.com

Automated Dissection Protocol for Tumor Enrichment in Low Tumor Content Tissues

Digital annotation med automatiseret vævsdissektion giver en innovativ tilgang til berigelse af tumor i tilfælde med lavt tumorindhold og kan tilpasses både paraffin og frosne vævstyper. Den beskrevne arbejdsgang forbedrer nøjagtighed, reproducerbarhed og gennemløb og kan anvendes til både forskning og kliniske indstillinger.

Automatiseret dissektionsprotokol til tumorberigelse i væv med lavt tumorindhold

Tumor enrichment in low tumor content tissues, those below 20% tumor content depending on the method, is required to generate quality data reproducibly ...

Isolering eller berigelse af små spredte områder af interesse fra FFPE eller frisk frosset materiale kan opnås med automatiseret dissektion hurtigere og mere effektivt end med traditionelle metoder. Ekstraktion af genomisk materiale fra FFPE eller frisk frosset væv er et krav for mange kliniske og translationelle forskningslaboratorier. Automatiseret dissektion udfylder et betydeligt mellemrum mellem makrodissektion og laserfangst mikrodissektion.Til at begynde med skal du kommentere de scannede diasbilleder for tumorområderne af interesse ved hjælp af en leverandørleveret visningsplatform eller en open source-fremviser. Placer det ufarvede prøvevævsglas på scenen i den første til fjerde diasposition, når du bruger en digital diasreference. Opret et fræsejob ved hjælp af den automatiserede vævsdissektionssoftware ved at åbne Jobliste, vælg derefter Opret nyt job, og indtast sags-id og navn for at angive navnet på jobbet.Gå til Tykkelse, og vælg sektionstykkelse ved hjælp af pil op eller pil ned. Gå derefter til Vævsforberedelse, og vælg Paraffiniseret eller Deparaffiniseret. Vælg Referencebillede"Fra fil og Importer billede.Vælg derefter den fil, der skal importeres, fra rullemenuen som den digitale reference. Scan trinnet ved at vælge knappen Scan trin"i nederste højre hjørne for at fange hvert prøvevævsglide i første til fjerde position. For referencen på scenen skal du trække boksen for at oprette et rektangulært område over vævet og vælge den cirkulære boble under det rektangulære område for at fange scenereferencebilledet.Kopiér dette rektangelfelt til de resterende vævseksembellits i den anden til fjerde slideposition ved at vælge kopiindstillingen i øverste højre hjørne af referencebilledet. Juster derefter og tilpas størrelsen efter behov. For det digitale referencebillede skal du overlejre billedet på det valgte rektangulære område.Derefter skal du ændre størrelsen og justere den digitale reference groft, selvfølgelig zoom, så den passer bedst til størrelsen og placeringen over prøvevævet. Kopiér dette rektangelfelt til de resterende vævseksembellits i den anden til fjerde slideposition ved at vælge kopiindstillingen i øverste højre hjørne af referencebilledet. Juster derefter og tilpas størrelsen efter behov.Vælg knappen Scan trin "i nederste højre hjørne for at gå ind i finjusteringstrinnet. Vælg placeringen af første trin og ikonet Transformer værktøj på værktøjslinjen til højre for at foretage finjustering og zoomjusteringer af referencen, så den passer bedst til eksempeldiasoverlejringen. Brug referencen til eksempelskydebjælken nederst på skærmen, og skift mellem reference- og eksempelbillederne.Og zoom ind og zoom ud funktion til at justere og opnå justering af hver dias position. Når den optimale eksempeloverlejring er opnået, skal du tegne fræsekurvebetegnelserne på den farvede del af det maskerede referencebillede ved at vælge farvevælgerværktøjsikonet i værktøjslinjen til højre. Tegn fræsekurverne på eksempeldiasene ved at vælge knappen Hent anmærkninger i nederste højre hjørne af skærmen.Fang og saml det kommenterede område af interesse med fire eller færre fræsespidser, når fræsestien beregnes. Fræsespidsforbruget i øverste venstre hjørne beregnes ud fra det dækkede areal og den valgte spidsstørrelse. Tipstørrelsen kan ændres under fræsespidspilen, og spidsforbruget genberegnes.Når fræsebanen er valgt i den første slideposition, kopieres den til de resterende slidepositioner. Vælg knappen Opsætningsfase i nederste højre hjørne af skærmen for hurtig indlæsning af fræsespidserne fra opsamlingsrørene i deres korrekte betegnelse på scenen. Fyld reservoiret med tre milliliter passende dissektionsbuffer til vævstypen og til downstream nukleinsyreekstraktion.Vælg derefter disseker"knappen i nederste højre hjørne af skærmen. Efter den automatiserede dissektion fjernes opsamlingsrørene og de dissekerede prøveglas fra scenen. Anbring opsamlingsrørene i rørstativet og gliderne i glidestativet.H&E-farvede formalin, fast paraffinindlejrede og friske frosne museleverafsnit indeholdende metastatisk kolorektal cancer i xenotransplantater blev scannet på et helt diasbillede ved 20x forstørrelse og brugt som referenceglas. H&E-farvede referencebilleder blev kommenteret og digitalt maskeret til tumorregioner til dissektion og nukleinsyreekstraktion. De post-dissekerede prøvebilleder blev H&E-farvede for at bekræfte dissektionsområderne i 10 mikrometer og 20 mikrometer dias.Fangede målinger demonstrerede succesen med den automatiserede dissektion og nukleinsyreekstraktion. Når du forsøger denne protokol, skal du huske på, at det er vigtigt at opnå en relativt nøjagtig overlejring af annotation på de ufarvede dias for at isolere interesseområder.

Research

JoVE Journal

Cancer Research

The Drosophila Imaginal Disc Tumor Model: Visualization and Quantification of Gene Expression and Tumor Invasiveness Using Genetic Mosaics

The Drosophila Imaginal Disc Tumor Model: Visualization and Quantification of Gene Expression and Tumor Invasiveness Using Genetic Mosaics

Det<em&gt; Drosophila</em&gt; Imaginære Disc Tumor Model: Visualisering og Kvantificering af genekspression og tumorindtrængen Brug Genetic Mosaics

Drosophila melanogaster has emerged as a powerful experimental system for functional and mechanistic studies of tumor development and progression in the ...

A Murine Orthotopic Bladder Tumor Model and Tumor Detection System

En Muse ortotopisk Blære Tumor Model og Tumor Detection System

This protocol describes the generation of bladder tumors in female C57BL/6J mice using the murine bladder cancer cell line MB49, which has been modified ...

Target Cell Pre-enrichment and Whole Genome Amplification for Single Cell Downstream Characterization

Target Cell pre berigelse og hele genom forstærkning for enkelt celle Downstream karakterisering

Rare target cells can be isolated from a high background of non-target cells using antibodies specific for surface proteins of target cells. A recently ...

The Establishment of a Lung Colonization Assay for Circulating Tumor Cell Visualization in Lung Tissues

Etablering af en lunge kolonisering Assay for Cirkulerende Tumor Cell visualisering i lungevæv

Metastasis is the major cause of cancer death. The role of circulating tumor cells (CTCs) in promoting cancer metastasis, in which lung colonization by ...

An Integrated Platform for Genome-wide Mapping of Chromatin States Using High-throughput ChIP-sequencing in Tumor Tissues

En integreret Platform for Genome-wide kortlægning af kromatin stater ved hjælp af høj overførselshastighed ChIP-sekventering i Tumor væv

Histone modifications constitute a major component of the epigenome and play important regulatory roles in determining the transcriptional status of ...

Radionuclide-fluorescence Reporter Gene Imaging to Track Tumor Progression in Rodent Tumor Models

Radionukleid-fluorescens Reporter gen Imaging for at spore Tumor Progression i gnavere Tumor modeller

Metastasis is responsible for most cancer deaths. Despite extensive research, the mechanistic understanding of the complex processes governing metastasis ...

A Method to Define the Effects of Environmental Enrichment on Colon Microbiome Biodiversity in a Mouse Colon Tumor Model

En metode til at definere virkningerne af miljøberigelse på tyktarmen Microbiome biodiversitet i en mus tyktarmen tumoren Model

Several recent studies have illustrated the beneficial effects of living in an enriched environment on improving human disease. In mice, environmental ...

Enrichment and Characterization of the Tumor Immune and Non-immune Microenvironments in Established Subcutaneous Murine Tumors

Berigelse og karakterisering af Tumor immun- og ikke-immune Microenvironments i etablerede subkutane Murine tumorer

The tumor immune microenvironment (TIME) has recently been recognized as a critical mediator of treatment response in solid tumors, especially for ...

Digital Polymerase Chain Reaction Assay for the Genetic Variation in a Sporadic Familial Adenomatous Polyposis Patient Using the Chip-in-a-tube Format

Digital Polymerase Chain Reaction Assay for den genetiske Variation i en sporadisk familiær adenomatøs polypose Patient med formatet Chip i rør

The quantitative analysis of human genetic variation is crucial for understanding the molecular characteristics of serious medical conditions, such as ...

Paramyxoviruses for Tumor-targeted Immunomodulation: Design and Evaluation Ex Vivo

Paramyxovirus for Tumor-målrettet Immunomodulation: Design og evaluering Ex Vivo

Successful cancer immunotherapy has the potential to achieve long-term tumor control. Despite recent clinical successes, there remains an urgent need for ...