Name: automated dissection protocol for tumor enrichment in low tumor content tissues
Uploaded: 2021-03-29T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Automated Dissection Protocol for Tumor Enrichment in Low Tumor Content Tissues at JoVE.com

Les auteurs tiennent à remercier Carmina Espiritu et Robin E. Taylor pour leur soutien dans le développement de dissections automatisées ainsi que le personnel du Genentech Pathology Core Laboratory qui a soutenu ce travail.

Avant l’initiation, obtenir les échantillons de tissus appropriés conformément aux protocoles du Comité d’examen institutionnel (CISR). Toutes les méthodes décrites ici ont été approuvées par le Comité institutionnel de soins et d’utilisation des animaux (IACUC) de Genentech, Inc.
1. Préparation des tissus et des lames
<ol><li>Sélectionnez FFPE ou blocs de tissus frais congelés et utilisez la méthode de traitement correspondante ci-dessous.</li>
	<li>Coupez des sections d...

<ol>
	<li>Cho, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue+recommendations+for+precision+cancer+therapy+using+next+generation+sequencing:+a+comprehensive+single+cancer+center's+experiences.">Tissue recommendations for precision cancer therapy using next generation sequencing: a comprehensive single cancer center's experiences.</a> Oncotarget. 8 (26), 42478-42486 (2017).</li><li>Smits, A. J. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+estimation+of+tumor+cell+percentage+for+molecular+testing+by+pathologists+is+not+accurate.">The estimation of tumor cell percentage for molecular testing by pathologists is not accurate.</a> Modern Pathology: An Official Journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc. 27 (2), 168-174 (2014).</li><li>Poole-Wilson, P. A., Langer, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+pH+on+ionic+exchange+and+function+in+rat+and+rabbit+myocardium.">Effect of pH on ionic exchange and function in rat and rabbit myocardium.</a> The American Journal of Physiology. 229 (3), 570-581 (1975).</li><li>Viray, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+prospective,+multi-institutional+diagnostic+trial+to+determine+pathologist+accuracy+in+estimation+of+percentage+of+malignant+cells.">A prospective, multi-institutional diagnostic trial to determine pathologist accuracy in estimation of percentage of malignant cells.</a> Archives of Pathology &amp; Laboratory Medicine. 137 (11), 1545-1549 (2013).</li><li>El-Serag, H. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+Expression+in+Barrett's+Esophagus:+Laser+capture+versus+whole+tissue.">Gene Expression in Barrett's Esophagus: Laser capture versus whole tissue.</a> Scandinavian Journal of Gastroenterology. 44 (7), 787-795 (2009).</li><li>Harrell, J. C., Dye, W. W., Harvell, D. M. E., Sartorius, C. A., Horwitz, K. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Contaminating+cells+alter+gene+signatures+in+whole+organ+versus+laser+capture+microdissected+tumors:+a+comparison+of+experimental+breast+cancers+and+their+lymph+node+metastases.">Contaminating cells alter gene signatures in whole organ versus laser capture microdissected tumors: a comparison of experimental breast cancers and their lymph node metastases.</a> Clinical &amp; Experimental Metastasis. 25 (1), 81-88 (2008).</li><li>Kim, H. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinctions+in+gastric+cancer+gene+expression+signatures+derived+from+laser+capture+microdissection+versus+histologic+macrodissection.">Distinctions in gastric cancer gene expression signatures derived from laser capture microdissection versus histologic macrodissection.</a> BMC Medical Genomics. 4, 48 (2011).</li><li>Klee, E. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impact+of+sample+acquisition+and+linear+amplification+on+gene+expression+profiling+of+lung+adenocarcinoma:+laser+capture+micro-dissection+cell-sampling+versus+bulk+tissue-sampling.">Impact of sample acquisition and linear amplification on gene expression profiling of lung adenocarcinoma: laser capture micro-dissection cell-sampling versus bulk tissue-sampling.</a> BMC Medical Genomics. 2, 13 (2009).</li><li>Civita, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection+and+RNA-seq+analysis:+High+sensitivity+approaches+to+explain+histopathological+heterogeneity+in+human+glioblastoma+FFPE+archived+tissues.">Laser capture microdissection and RNA-seq analysis: High sensitivity approaches to explain histopathological heterogeneity in human glioblastoma FFPE archived tissues.</a> Frontiers in Oncology. 9, 482 (2019).</li><li>Emmert-Buck, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection.">Laser capture microdissection.</a> Science. 274 (5289), 998-1001 (1996).</li><li>Bonner, R. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection:+molecular+analysis+of+tissue.">Laser capture microdissection: molecular analysis of tissue.</a> Science. 278 (5342), 1481-1483 (1997).</li><li>Hunt, J. L., Finkelstein, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microdissection+techniques+for+molecular+testing+in+surgical+pathology.">Microdissection techniques for molecular testing in surgical pathology.</a> Archives of Pathology &amp; Laboratory Medicine. 128 (12), 1372-1378 (2004).</li><li>Espina, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser-capture+microdissection.">Laser-capture microdissection.</a> Nature Protocols. 1, 586-603 (2006).</li><li>Grafen, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimized+expression-based+microdissection+of+formalin-fixed+lung+cancer+tissue.">Optimized expression-based microdissection of formalin-fixed lung cancer tissue.</a> Laboratory Investigation; A Journal of Technical Methods and Pathology. 97 (7), 863-872 (2017).</li><li>Javey, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=innovative+tumor+tissue+dissection+tool+for+molecular+oncology+diagnostics.">innovative tumor tissue dissection tool for molecular oncology diagnostics.</a> The Journal of Molecular Diagnnostics: JMD. (21), 1525-1578 (2021).</li><li>Adey, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+mill+based+instrument+and+software+system+for+dissecting+slide-mounted+tissue+that+provides+digital+guidance+and+documentation.">A mill based instrument and software system for dissecting slide-mounted tissue that provides digital guidance and documentation.</a> BMC Clinical Pathology. 13 (1), 29 (2013).</li></ol>

Présenté ici est un protocole pour l’application de l’annotation numérique et de la dissection automatisée pour disséquer les régions tumorales à partir de FFPE à faible teneur tumorale ou de tissus frais congelés pour l’enrichissement et l’utilisation de la tumeur dans WES. La combinaison de l’annotation numérique et de la création de masques avec la dissection automatisée réduit considérablement le temps pratique et l’expertise requis communs aux méthodes classiques d’enrichissement des tum...

Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est de plus en plus utilisé à la fois pour les soins aux patients et dans la recherche sur le cancer afin d’aider à orienter les traitements et à faciliter les découvertes scientifiques. Les tissus sont souvent limités et de petits échantillons à teneur tumorale variable sont couramment utilisés. L’adéquation et l’intégrité des tumeurs restent donc un obstacle à l’obtention de données significatives. Les échantillons avec des pourcentages tumoraux plus faibles peuvent avoir de la difficulté à distinguer les vraies variantes des artefacts de séquençage et sont souvent inéligibles pour NGS1. Il a été démontré que l’enrichissement tumoral des cas à faible teneur tumorale, ceux inférieurs à 20%, aide à produire suffisamment de matériel pour générer des données de séquençage reproductibles et garantir que les variantes à basse fréquence ne sont pas manquées 2,3. Cependant, les limites varieront en fonction des plates-formes utilisées et de l’utilisation prévue des données générées.
Traditionnellement, l’enrichissement des régions tumorales pour l’extraction est effectué par macrodissection manuelle ou microdissection par capture laser (LCM) de lames de formol incorporées dans de la paraffine fixe (FFPE). La macrodissection manuelle, ou le grattage de zones tissulaires spécifiées à partir de lames, permet d’enlever les régions tumorales pour les utiliser dans des essais en aval à un coût relativement faible, mais avec une faible précision et une faible précision 2,4. Une précision technique minimale peut être très efficace avec des cas de contenu tumoral plus élevé où de grandes étendues de tumeur sont présentes et / ou une perte tissulaire minimale n’a pas d’impact significatif sur les résultats, mais les cas à faible teneur tumorale ou les cas avec une tumeur plus dispersée nécessitent une précision accrue. Le LCM a donc été inventé dans les années 1990 et est devenu un moyen précieux d’éliminer avec précision les petites régions microscopiques de tissu définies des lames de formol incorporées dans la paraffine fixe (FFPE) 5,6,7,8. La LCM peut être utilisée pour collecter des populations unicellulaires lorsqu’il existe une hétérogénéité complexe de l’échantillon9 permettant la collecte de populations cellulaires auparavant difficiles à séparer. Cependant, LCM nécessite des machines coûteuses qui nécessitent une expertise technique approfondie et un temps pratique 10,11,12,13,14.
L’instrument utilisé pour la dissection tissulaire automatisée a une précision comprise entre celle du LCM (~10 μm) et des macrodissections (~1 mm)15. En outre, il présente à la fois des exigences de coût et d’expertise technique entre celle de la macrodissection et de la LCM et est conçu pour effectuer un enrichissement rapide des tissus à partir de lames FFPE séquentielles afin d’atténuer les inconvénients des méthodes précédentes15. La dissection automatisée de cette manière utilise des annotations numériques ou des superpositions d’images de référence de diapositives sur scène sur des lames de tissu non colorées sectionnées en série pour disséquer et enrichir les régions d’intérêt. L’instrument utilise des pointes de fraisage à lame filante en plastique, des tubes de collecte de 1,5 mL et peut être utilisé avec un certain nombre de fluides différents pour la dissection afin de collecter les régions d’intérêt pour les essais en aval, y compris l’extraction et le séquençage nucléiques. La pointe de fraisage en plastique en filature utilise des réservoirs de baril de seringue intérieurs et extérieurs et un piston pour collecter le tampon, puis fraise et collecte le tissu16. Le diamètre variable de la pointe de fraisage (250 μm, 525 μm, 725 μm) peut permettre la dissection de zones tissulaires séparées à des fins de comparaison, de régions multifocales pouvant être regroupées ou de petites zones individuelles à partir de lames FFPE simples ou multiples. Les épaisseurs de section utilisées pour la récolte peuvent être ajustées en fonction des besoins individuels de l’expérience et les utilisateurs peuvent s’assurer que les régions d’intérêt n’ont pas été épuisées en effectuant un H & E supplémentaire sur une section en série immédiatement après la dernière section utilisée pour la récolte.
La dissection automatisée a été identifiée comme un moyen d’enrichir le contenu tumoral dans les cas à faible teneur tumorale et nous avons testé et étendu la fonctionnalité prévue d’un instrument de dissection tissulaire automatisé, qui est actuellement commercialisé pour une utilisation sur des échantillons cliniques FFPE jusqu’à 10 μm d’épaisseur. Les travaux montrent que la dissection automatisée peut être appliquée à la fois aux FFPE et aux coupes de tissus humains ou animaux fraîchement congelés jusqu’à 20 μm d’épaisseur à des fins de recherche. Le protocole démontre également une approche pour annoter numériquement et automatiser la dissection pour l’enrichissement de la tumeur dans les tissus à faible teneur tumorale et / ou les cas avec une tumeur imbriquée et dispersée où une macrodissection significative est difficile ou impossible et montre à la fois la qualité et le rendement de l’acide nucléique suffisant pour le NGS. La dissection automatisée peut donc fournir une précision de niveau intermédiaire et un débit accru pour l’enrichissement des tumeurs et pourrait également être appliquée pour enrichir d’autres régions d’intérêt ou combinée avec d’autres plates-formes pour répondre à des questions de recherche ou cliniques.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Agilent SureSelectXT</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G9611A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect Fill Station</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106533001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect Instrument, Base</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106568001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect Instrument, Head</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106550001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect Milling Tips Small</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106509001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect PC</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106495001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BioAnalyzer</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G2939BA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf 5427R</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22620700</td>
			<td>Micro-centrifuge</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubation Buffer</td>
			<td>Promega</td>
			<td>D920D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leica Autostainer XL</td>
			<td>Leica</td>
			<td>ST5010</td>
			<td>Automated stainer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Molecular Grade Mineral Oil</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>M5904-500ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Proteinase K</td>
			<td>Promega</td>
			<td>V302B</td>
			<td>Digestion buffer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qiagen AllPrep DNA/RNA Mini Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>80284</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RLT Plus buffer</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>80204</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Superfrost Plus positively charged microscope slides</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>6776214</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

automated dissection protocol for tumor enrichment in low tumor content tissues

L’enrichissement tumoral dans les tissus à faible teneur tumorale, ceux dont la teneur en tumeurs est inférieure à 20% selon la méthode, est nécessaire pour générer des données de qualité reproductibles avec de nombreux tests en aval tels que le séquençage de nouvelle génération. La dissection tissulaire automatisée est une nouvelle méthodologie qui automatise et améliore l’enrichissement des tumeurs dans ces tissus communs à faible teneur tumorale en diminuant l’imprécision dépendante de l’utilisateur de la macro-dissection traditionnelle et les limites de temps, de coût et d’expertise de la microdissection de capture laser en utilisant une superposition d’annotation d’image numérique sur des diapositives non colorées. Ici, les annotations numériques d’hématoxyline et d’éosine (H & E) sont utilisées pour cibler de petites zones tumorales à l’aide d’une lame de250 μm 2 de diamètre dans des sections de paraffine fixes non colorées (FFPE) ou de sections fraîches congelées jusqu’à 20 μm d’épaisseur pour un enrichissement tumoral automatisé avant l’extraction des acides nucléiques et le séquençage de l’exome entier (WES). La dissection automatisée peut récolter des régions annotées dans des tissus à faible teneur tumorale à partir d’une ou de plusieurs sections pour l’extraction d’acides nucléiques. Il permet également de capturer des mesures de collecte étendues avant et après la récolte tout en améliorant la précision, la reproductibilité et en augmentant le débit avec l’utilisation de moins de diapositives. Le protocole décrit permet l’annotation numérique avec dissection automatisée sur des FFPE animaux et/ou humains ou des tissus frais congelés à faible teneur en tumeurs et pourrait également être utilisé pour tout enrichissement de région d’intérêt afin de renforcer l’adéquation pour les applications de séquençage en aval dans les flux de travail cliniques ou de recherche.

Des coupes hépatiques de souris FFPE et FF contenant un cancer colorectal métastatique dans des xénogreffes ont été sélectionnées. Les sections ont été colorées H & E (Figure 1A, E, I) et numérisées sur un imageur de diapositives entières à un grossissement de 20x. Un pathologiste a annoté numériquement les régions tumorales d’intérêt et un masque a été généré à l’aide d’un logiciel commercial et formaté comme une image de référence png num?...

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Automated Dissection Protocol for Tumor Enrichment in Low Tumor Content Tissues

L’annotation numérique avec dissection tissulaire automatisée fournit une approche innovante pour enrichir la tumeur dans les cas à faible teneur tumorale et est adaptable aux types de paraffine et de tissus congelés. Le flux de travail décrit améliore la précision, la reproductibilité et le débit et pourrait être appliqué à la fois à la recherche et aux milieux cliniques.

Protocole de dissection automatisé pour l’enrichissement des tumeurs dans les tissus à faible teneur tumorale

Tumor enrichment in low tumor content tissues, those below 20% tumor content depending on the method, is required to generate quality data reproducibly ...

L’isolement ou l’enrichissement de petites régions dispersées d’intérêt à partir de FFPE, ou de matières fraîches congelées, peut être réalisé avec une dissection automatisée plus rapidement et plus efficacement qu’avec des méthodes traditionnelles. L’extraction de matériel génomique à partir de FFPE, ou de tissus frais congelés, est une exigence pour de nombreux laboratoires de recherche clinique et translationnelle. La dissection automatisée comble un écart important entre la macro dissection et la micro dissection par capture laser.Pour commencer, annotez les images de diapositives numérisées pour les régions tumorales d’intérêt, à l’aide d’une plate-forme de visualisation fournie par le fournisseur ou d’une visionneuse open source. Placez la lame de tissu d’échantillon non colorée sur la scène en position de la première à la quatrième diapositive lorsque vous utilisez une référence de diapositive numérique. Créez une tâche de fraisage à l’aide du logiciel automatisé de dissection de tissus en ouvrant la liste Des tâches, puis sélectionnez Créer une nouvelle tâche, puis entrez l’ID et le nom de la casse pour entrer le nom de la tâche.Accédez à Epaisseur, puis sélectionnez l’épaisseur de section à l’aide de l’onglet flèche haut ou bas. Ensuite, allez dans Préparation des tissus et sélectionnez Paraffinisé ou Déparaffinisé. Sélectionnez Image de référence"À partir du fichier, puis Importer l’image.Ensuite, sélectionnez le fichier à importer dans la liste déroulante en tant que référence numérique. Scannez la scène en sélectionnant le bouton Scan stage dans le coin inférieur droit pour capturer chaque diapositive de tissu d’échantillon en première et quatrième position. Pour la référence sur scène, faites glisser la zone pour créer une zone rectangulaire sur le tissu, puis sélectionnez la bulle circulaire sous la zone rectangulaire pour capturer l’image de référence de la scène.Copiez ce champ rectangulaire sur les diapositives de tissu d’échantillon restantes dans les deuxième à quatrième positions de diapositive en sélectionnant l’option de copie dans le coin supérieur droit de l’image de référence. Ensuite, alignez et redimensionnez si nécessaire. Pour l’image de référence numérique, superposez l’image sur la zone rectangulaire sélectionnée.Ensuite, redimensionnez et alignez la référence numérique grossièrement, bien sûr, zoomez, pour correspondre au mieux à la taille et à la position sur le tissu de l’échantillon. Copiez ce champ rectangulaire sur les diapositives de tissu d’échantillon restantes dans les deuxième à quatrième positions de diapositive en sélectionnant l’option de copie dans le coin supérieur droit de l’image de référence. Ensuite, alignez et redimensionnez si nécessaire.Sélectionnez le bouton Scan stage"dans le coin inférieur droit pour passer à l’étape de réglage fin. Sélectionnez la position de la première étape et l’icône de l’outil Transformation dans la barre d’outils de droite pour effectuer des ajustements d’alignement et de zoom précis de la référence afin de correspondre au mieux à la superposition de diapositives d’échantillon. Utilisez la référence à la barre coulissante de l’échantillon en bas de l’écran, en basculant entre les images de référence et d’exemple.Et la fonction de zoom avant et de zoom arrière pour ajuster et obtenir l’alignement de chaque position de diapositive. Une fois la superposition d’échantillon optimale obtenue, dessinez les désignations de tracé de fraisage sur la partie colorée de l’image de référence masquée en sélectionnant l’icône de l’outil de sélecteur de couleurs dans la barre d’outils de droite. Dessinez les tracés de fraisage sur les diapositives d’exemple en sélectionnant le bouton Obtenir des annotations dans le coin inférieur droit de l’écran.Capturez et collectez la région annotée d’intérêt avec quatre pointes de fraisage ou moins lorsque le chemin de fraisage est calculé. L’utilisation de la pointe de fraisage dans le coin supérieur gauche est calculée en fonction de la zone couverte et de la taille de la pointe sélectionnée. La taille de la pointe peut être modifiée sous la flèche de la pointe de fraisage et l’utilisation de la pointe sera recalculée.Lorsque le tracé de fraisage est sélectionné dans la première position de diapositive, il est copié sur les positions de diapositive restantes. Sélectionnez le bouton « Étape de configuration » dans le coin inférieur droit de l’écran pour charger rapidement les embouts de fraisage des tubes de collecte dans leur désignation appropriée sur la scène. Remplissez le réservoir avec trois millilitres de tampon de dissection approprié pour le type de tissu et pour l’extraction d’acides nucléiques en aval.Ensuite, sélectionnez le bouton Dissect"dans le coin inférieur droit de l’écran. Après la dissection automatisée, retirez les tubes de prélèvement et les lames d’échantillon disséquées de la scène. Placez les tubes de collecte dans le porte-tubes et les glissières dans le porte-lames.Le formol coloré H & E, la paraffine fixe incorporée et les sections de foie de souris fraîchement congelées contenant un cancer colorectal métastatique dans des xénogreffes ont été scannés sur un imageur de diapositives entières à un grossissement de 20x et utilisés comme diapositives de référence. Les lames de référence colorées H & E ont été annotées et masquées numériquement pour les régions tumorales pour la dissection et l’extraction des acides nucléiques. Les lames d’échantillon post-disséquées ont été colorées H & E pour confirmer les zones de dissection dans des lames de 10 micromètres et 20 micromètres.Les mesures capturées ont démontré le succès de la dissection automatisée et de l’extraction des acides nucléiques. Lorsque vous essayez ce protocole, gardez à l’esprit qu’il est important d’obtenir une superposition relativement précise d’annotations sur les diapositives non colorées pour isoler les zones d’intérêt.

Research

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Cancer Research

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Recherche

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