Name: automated dissection protocol for tumor enrichment in low tumor content tissues
Uploaded: 2021-03-29T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Automated Dissection Protocol for Tumor Enrichment in Low Tumor Content Tissues at JoVE.com

Forfatterne vil takke Carmina Espiritu og Robin E. Taylor for deres støtte til automatisert disseksjonsutvikling samt Genentech Pathology Core Laboratory-ansatte som støttet dette arbeidet.

Før oppstart, få passende vevsprøver i henhold til Institutional Review Board (IRB) protokoller. Alle metoder beskrevet her er godkjent av Institutional Animal Care and Use Committee (IACUC) i Genentech, Inc.
1. Vev og glideforberedelse
<ol><li>Velg FFPE eller ferske frosne vevsblokker og bruk den tilsvarende behandlingsmetoden nedenfor.</li>
	<li>Klipp vev blokk seksjoner på positivt ladet glass lysbilder på ønsket tykkelse. Del FFPE-vevet i bånd med den første referansedelen kuttet...

<ol>
	<li>Cho, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue+recommendations+for+precision+cancer+therapy+using+next+generation+sequencing:+a+comprehensive+single+cancer+center's+experiences.">Tissue recommendations for precision cancer therapy using next generation sequencing: a comprehensive single cancer center's experiences.</a> Oncotarget. 8 (26), 42478-42486 (2017).</li><li>Smits, A. J. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+estimation+of+tumor+cell+percentage+for+molecular+testing+by+pathologists+is+not+accurate.">The estimation of tumor cell percentage for molecular testing by pathologists is not accurate.</a> Modern Pathology: An Official Journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc. 27 (2), 168-174 (2014).</li><li>Poole-Wilson, P. A., Langer, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+pH+on+ionic+exchange+and+function+in+rat+and+rabbit+myocardium.">Effect of pH on ionic exchange and function in rat and rabbit myocardium.</a> The American Journal of Physiology. 229 (3), 570-581 (1975).</li><li>Viray, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+prospective,+multi-institutional+diagnostic+trial+to+determine+pathologist+accuracy+in+estimation+of+percentage+of+malignant+cells.">A prospective, multi-institutional diagnostic trial to determine pathologist accuracy in estimation of percentage of malignant cells.</a> Archives of Pathology &amp; Laboratory Medicine. 137 (11), 1545-1549 (2013).</li><li>El-Serag, H. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+Expression+in+Barrett's+Esophagus:+Laser+capture+versus+whole+tissue.">Gene Expression in Barrett's Esophagus: Laser capture versus whole tissue.</a> Scandinavian Journal of Gastroenterology. 44 (7), 787-795 (2009).</li><li>Harrell, J. C., Dye, W. W., Harvell, D. M. E., Sartorius, C. A., Horwitz, K. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Contaminating+cells+alter+gene+signatures+in+whole+organ+versus+laser+capture+microdissected+tumors:+a+comparison+of+experimental+breast+cancers+and+their+lymph+node+metastases.">Contaminating cells alter gene signatures in whole organ versus laser capture microdissected tumors: a comparison of experimental breast cancers and their lymph node metastases.</a> Clinical &amp; Experimental Metastasis. 25 (1), 81-88 (2008).</li><li>Kim, H. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinctions+in+gastric+cancer+gene+expression+signatures+derived+from+laser+capture+microdissection+versus+histologic+macrodissection.">Distinctions in gastric cancer gene expression signatures derived from laser capture microdissection versus histologic macrodissection.</a> BMC Medical Genomics. 4, 48 (2011).</li><li>Klee, E. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impact+of+sample+acquisition+and+linear+amplification+on+gene+expression+profiling+of+lung+adenocarcinoma:+laser+capture+micro-dissection+cell-sampling+versus+bulk+tissue-sampling.">Impact of sample acquisition and linear amplification on gene expression profiling of lung adenocarcinoma: laser capture micro-dissection cell-sampling versus bulk tissue-sampling.</a> BMC Medical Genomics. 2, 13 (2009).</li><li>Civita, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection+and+RNA-seq+analysis:+High+sensitivity+approaches+to+explain+histopathological+heterogeneity+in+human+glioblastoma+FFPE+archived+tissues.">Laser capture microdissection and RNA-seq analysis: High sensitivity approaches to explain histopathological heterogeneity in human glioblastoma FFPE archived tissues.</a> Frontiers in Oncology. 9, 482 (2019).</li><li>Emmert-Buck, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection.">Laser capture microdissection.</a> Science. 274 (5289), 998-1001 (1996).</li><li>Bonner, R. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection:+molecular+analysis+of+tissue.">Laser capture microdissection: molecular analysis of tissue.</a> Science. 278 (5342), 1481-1483 (1997).</li><li>Hunt, J. L., Finkelstein, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microdissection+techniques+for+molecular+testing+in+surgical+pathology.">Microdissection techniques for molecular testing in surgical pathology.</a> Archives of Pathology &amp; Laboratory Medicine. 128 (12), 1372-1378 (2004).</li><li>Espina, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser-capture+microdissection.">Laser-capture microdissection.</a> Nature Protocols. 1, 586-603 (2006).</li><li>Grafen, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimized+expression-based+microdissection+of+formalin-fixed+lung+cancer+tissue.">Optimized expression-based microdissection of formalin-fixed lung cancer tissue.</a> Laboratory Investigation; A Journal of Technical Methods and Pathology. 97 (7), 863-872 (2017).</li><li>Javey, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=innovative+tumor+tissue+dissection+tool+for+molecular+oncology+diagnostics.">innovative tumor tissue dissection tool for molecular oncology diagnostics.</a> The Journal of Molecular Diagnnostics: JMD. (21), 1525-1578 (2021).</li><li>Adey, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+mill+based+instrument+and+software+system+for+dissecting+slide-mounted+tissue+that+provides+digital+guidance+and+documentation.">A mill based instrument and software system for dissecting slide-mounted tissue that provides digital guidance and documentation.</a> BMC Clinical Pathology. 13 (1), 29 (2013).</li></ol>

Presentert her er en protokoll for anvendelse av digital merknad og automatisert disseksjon for å dissekere tumorregioner fra lavt tumorinnhold FFPE eller ferskt frossent vev for tumorberikelse og bruk i WES. Ved å kombinere digital merknad og maskeoppretting med automatisert disseksjon reduserer den nødvendige praktiske tiden og ekspertisen som er felles for klassiske metoder for tumorberikelse, inkludert manuell makrodisseksjon og LCM, betydelig. Protokollen demonstrerer et potensielt viktig mellomtone tumorberikels...

Neste generasjons sekvensering (NGS) brukes i økende grad til både pasientbehandling og i kreftforskning for å veilede behandlinger og legge til rette for vitenskapelig oppdagelse. Vev er ofte begrenset og små prøver med variabelt tumorinnhold brukes rutinemessig. Tumor tilstrekkelighet og integritet er derfor fortsatt en barriere for å skaffe meningsfulle data. Prøver med lavere tumorprosenter kan forårsake vanskeligheter med å skille sanne varianter fra sekvenseringsartefakter og er ofte ikke kvalifisert for NGS1. Tumorberikelse av tilfeller med lavt tumorinnhold, de under 20%, har vist seg å bidra til å gi tilstrekkelig materiale for å generere reproduserbare sekvenseringsdata og sikre at lavfrekvente varianter ikke går glipp av 2,3. Grensene vil imidlertid variere avhengig av plattformene som brukes og planlagt bruk av dataene som genereres.
Tradisjonelt utføres berikelse av tumorregioner for ekstraksjon ved manuell makrodisseksjon eller laserfangstmikrodisseksjon (LCM) av formalinfaste parafin innebygde (FFPE) lysbilder. Manuell makrodisseksjon, eller skraping av spesifiserte vevsområder fra lysbilder, gjør at tumorregioner kan fjernes for bruk i nedstrømsanalyser med relativt lave kostnader, men med lav nøyaktighet og lav presisjon 2,4. Minimal teknisk nøyaktighet kan være svært effektiv med høyere tumorinnhold tilfeller der store svor av svulst er til stede og / eller minimalt vevstap påvirker ikke resultatene betydelig, men lav tumorinnhold tilfeller eller tilfeller med mer dispergert svulst krever økt presisjon. LCM ble derfor oppfunnet på 1990-tallet og ble en verdifull måte å nøyaktig fjerne små, definerte, mikroskopiske vevsregioner fra formalinfast parafin innebygd (FFPE) lysbilder 5,6,7,8. LCM kan brukes til å samle enkeltcellepopulasjoner når komplekse heterogenitet i utvalget eksisterer9, noe som gir mulighet for innsamling av tidligere vanskelige å skille cellepopulasjoner. LCM krever imidlertid kostbare maskiner som krever omfattende teknisk ekspertise og praktisk tid 10,11,12,13,14.
Instrumentet som brukes til automatisert vevs disseksjon har presisjon mellom LCM (~ 10 μm) og makrodesisseksjoner (~ 1 mm) 15. I tillegg viser den både kostnads- og tekniske kompetansekrav mellom makrodeseksjon og LCM og er designet for å utføre rask vevsberikelse fra sekvensielle FFPE-lysbilder for å lindre ulempene ved tidligere metoder15. Automatisert disseksjon på denne måten benytter digitale merknader eller lysbildereferansebildeoverlegg på seriell seksjonerte, ubeskårne vevslysbilder for dissekering og berikelse av interesseområder. Instrumentet bruker plastspinningsbladfresespisser, 1,5 ml oppsamlingsrør og kan brukes med en rekke forskjellige væsker for disseksjon for å samle interesseområder for nedstrømsanalyser inkludert nukleisk ekstraksjon og sekvensering. Den roterende plastfresespissen benytter indre og ytre sprøytefatreservoarer og et stempel for å samle buffer, deretter møller og samler vev16. Den variable fresespissens størrelsesdiameter (250 μm, 525 μm, 725 μm) kan tillate disseksjon av separate vevsområder for sammenligning, multifokale regioner som kan samles eller individuelle små områder fra enkle eller flere FFPE-lysbilder. Seksjonstykkelser som brukes til høsting kan justeres basert på individuelle eksperimentbehov, og brukere kan sikre at interesseområder ikke har blitt utarmet ved å utføre en ekstra H&E på en seriell seksjon umiddelbart etter den siste delen som brukes til høsting.
Automatisert disseksjon ble identifisert som en måte å berike tumorinnhold i tilfeller med lavt tumorinnhold, og vi testet og utvidet den tiltenkte funksjonaliteten til et automatisert vevs disseksjonsinstrument, som for tiden markedsføres for bruk på FFPE kliniske prøver opp til 10 μm i tykkelse. Arbeidet viser at automatisert disseksjon kan brukes på både FFPE og ferske frosne menneske- eller dyrevevsseksjoner opp til 20 μm i tykkelse for forskningsformål. Protokollen viser også en tilnærming til digitalt kommentering og automatiser disseksjon for tumorberikelse i vev med lavt tumorinnhold og/eller tilfeller med nestet, spredt svulst der meningsfull makrodisseksjon er utfordrende eller ikke mulig og viser både kvalitet og utbytte av nukleinsyre som er tilstrekkelig for NGS. Automatisert disseksjon kan derfor gi presisjon på mellomnivå og økt gjennomstrømning for tumorberikelse og kan også brukes til å berike andre interesseregioner eller kombinert med andre plattformer for å svare på forskning eller kliniske spørsmål.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Agilent SureSelectXT</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G9611A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect Fill Station</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106533001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect Instrument, Base</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106568001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect Instrument, Head</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106550001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect Milling Tips Small</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106509001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect PC</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106495001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BioAnalyzer</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G2939BA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf 5427R</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22620700</td>
			<td>Micro-centrifuge</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubation Buffer</td>
			<td>Promega</td>
			<td>D920D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leica Autostainer XL</td>
			<td>Leica</td>
			<td>ST5010</td>
			<td>Automated stainer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Molecular Grade Mineral Oil</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>M5904-500ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Proteinase K</td>
			<td>Promega</td>
			<td>V302B</td>
			<td>Digestion buffer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qiagen AllPrep DNA/RNA Mini Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>80284</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RLT Plus buffer</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>80204</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Superfrost Plus positively charged microscope slides</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>6776214</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

automated dissection protocol for tumor enrichment in low tumor content tissues

Tumorberikelse i vev med lavt tumorinnhold, de under 20% tumorinnhold avhengig av metoden, er nødvendig for å generere kvalitetsdata reprodusert med mange nedstrømsanalyser som neste generasjons sekvensering. Automatisert vevspredning er en ny metodikk som automatiserer og forbedrer tumorberikelse i disse vanlige vevene med lavt tumorinnhold ved å redusere den brukeravhengige upresistensen av tradisjonell makro-disseksjon og tids-, kostnads- og kompetansebegrensninger for laserfangstmikrodisseksjon ved å bruke digital bildemerknadsoverlegg på unstained lysbilder. Her brukes digitale hematoksylin- og eosinmerknader (H&E) til å målrette mot små tumorområder ved hjelp av et blad som er 250 μm2 i diameter i unstained formalin fast paraffin innebygd (FFPE) eller friske frosne seksjoner opp til 20 μm i tykkelse for automatisert tumorberikelse før nukleinsyreutvinning og hele eksomsekvensering (WES). Automatisert disseksjon kan høste kommenterte regioner i vev med lavt tumorinnhold fra enkelt- eller flere seksjoner for nukleinsyreutvinning. Det gjør det også mulig å fange opp omfattende målinger før og etter høsting, samtidig som nøyaktighet, reproduserbarhet og økende gjennomstrømning forbedres med utnyttelse av færre lysbilder. Den beskrevne protokollen muliggjør digital merknad med automatisert disseksjon på dyr og/eller humant FFPE eller ferskt frossent vev med lavt tumorinnhold og kan også brukes til enhver interesseregion for å øke tilstrekkeligheten for nedstrøms sekvenseringsapplikasjoner i kliniske eller forskningsarbeidsflyter.

FFPE og FF mus lever seksjoner som inneholder metastatisk kolorektal kreft i xenografts ble valgt. Seksjonene var H&E-farget (figur 1A, E, I) og skannet på en hel lysbildebilde ved 20x forstørrelse. En patolog digitalt kommenterte tumorregioner av interesse og en maske ble generert ved hjelp av kommersiell programvare og formatert som et digitalt png-referansebilde (Figur 1B, F, J). Serielle 10 μm og 20 μm tykke unstained pr...

Watch this Scientific Journal Video about Automated Dissection Protocol for Tumor Enrichment in Low Tumor Content Tissues at JoVE.com

Automated Dissection Protocol for Tumor Enrichment in Low Tumor Content Tissues

Digital merknad med automatisert vevspredning gir en innovativ tilnærming til berikende svulst i tilfeller med lavt tumorinnhold og kan tilpasses både parafin- og frosne vevstyper. Den beskrevne arbeidsflyten forbedrer nøyaktigheten, reproduserbarheten og gjennomstrømningen og kan brukes på både forsknings- og kliniske innstillinger.

Automatisert disseksjonsprotokoll for tumorberikelse i vev med lavt tumorinnhold

Tumor enrichment in low tumor content tissues, those below 20% tumor content depending on the method, is required to generate quality data reproducibly ...

Isolasjon eller berikelse av små spredte interesseområder fra FFPE, eller fersk frossent materiale, kan oppnås med automatisert disseksjon raskere og mer effektivt enn med tradisjonelle metoder. Utvinning av genomisk materiale fra FFPE, eller ferskt frossent vev, er et krav for mange kliniske og translasjonelle forskningslaboratorier. Automatisert disseksjon fyller et betydelig gap mellom makro disseksjon og laserfangst mikro disseksjon.Til å begynne med kommenterer du de skannede lysbildebildene for de svulstområdene av interesse, ved hjelp av en visningsplattform fra leverandøren eller en visningsprogram med åpen kildekode. Plasser det uoppnåede prøvevevsskuffen på scenen i første til fjerde lysbildeposisjon når du bruker en digital lysbildereferanse. Opprett en fresejobb ved hjelp av den automatiserte vevsreditorprogramvaren ved å åpne jobblisten, velg Opprett ny jobb, og angi saks-ID og navn for å angi navnet på jobben.Gå til Tykkelse, og velg inndelingstykkelse ved hjelp av pil opp eller pil ned. Gå deretter til Vevsforberedelse, og velg Paraffinized, eller Deparaffinized. Velg Referansebilde"Fra fil og Importer bilde.Velg deretter filen du vil importere fra rullegardinmenyen som digital referanse. Skann scenen ved å velge Skann trinn"-knappen nederst til høyre for å fange hvert prøvevevslys i første til fjerde posisjon. For referansen på scenen drar du boksen for å opprette et rektangulært område over vevet, og velger den sirkulære boblen under det rektangulære området for å ta opp scenereferansebildet.Kopier dette rektangelfeltet til de gjenværende prøvevevslysbildene fra andre til fjerde lysbilde ved å velge kopieringsalternativet øverst til høyre i referansebildet. Deretter justerer og endrer du størrelse etter behov. Legg bildet over det merkede rektangulære området for det digitale referansebildet.Deretter endrer du størrelsen på og justerer den digitale referansen grovt, i kurs, zoomer, slik at den passer best til størrelsen og plasseringen over prøvevevet. Kopier dette rektangelfeltet til de gjenværende prøvevevslysbildene fra andre til fjerde lysbilde ved å velge kopieringsalternativet øverst til høyre i referansebildet. Deretter justerer og endrer du størrelse etter behov.Velg Skann trinn"-knappen nederst til høyre for å gå inn i finjusteringstrinnet. Velg første faseposisjon, og transformeringsverktøyikonet på høyre verktøylinje, for å finjustere justeringen og zoomjusteringen av referansen slik at den passer best til prøvelysbildeoverlegget. Bruk referansen til å ta prøver av glidende stolpe nederst på skjermen, og veksle mellom referansen og eksempelbildene.Og zoom inn og zoom ut-funksjonen for å justere og oppnå justeringen av hver lysbildeposisjon. Når det optimale prøveoverlegget er oppnådd, tegner du fresebanebetegnelsene på den fargede delen av det maskerte referansebildet ved å velge fargevelgerverktøyikonet på verktøylinjen til høyre. Tegn fresebanene på eksempellysbildene ved å velge knappen Hent merknader nederst til høyre på skjermen.Fang opp og samle den kommenterte interesseområdet med fire eller færre fresetips når fresebanen beregnes. Fresespissens bruk i øvre venstre hjørne beregnes basert på området som dekkes, og den valgte spissstørrelsen. Tipsstørrelsen kan endres under fresespisspilen, og spissbruken beregnes på nytt.Når fresebanen er valgt i den første lysbildeplasseringen, kopieres den til de gjenværende lysbildeplasseringene. Velg Setup stage"-knappen nederst til høyre på skjermen for rask lasting av fresespissene fra oppsamlingsrørene i riktig betegnelse på scenen. Fyll reservoaret med tre milliliter passende disseksjonsbuffer for vevstypen, og for nedstrøms nukleinsyreutvinning.Velg deretter Dissect"-knappen nederst til høyre på skjermen. Etter den automatiserte disseksjonen fjerner du oppsamlingsrørene og de dissekerte prøvelysene fra scenen. Plasser oppsamlingsrørene i rørstativet, og lysbildene i glidestativet.H&E farget formalin, fast parafin innebygd, og friske frosne mus lever seksjoner som inneholder metastatisk kolorektal kreft i xenografts ble skannet på en hel lysbilde imager ved 20x forstørrelse, og brukes som referanse lysbilder. H&E-fargede referanseskred ble kommentert og digitalt maskert for tumorregioner for disseksjon og nukleinsyreutvinning. De post-dissekerte prøvesklier ble H&E farget for å bekrefte disseksjonsområdene i 10 mikrometer og 20 mikrometer lysbilder.Registrerte beregninger viste suksessen til den automatiserte disseksjonen og nukleinsyreutvinningen. Når du prøver denne protokollen, må du huske på at det er viktig å oppnå et relativt nøyaktig overlegg av merknader på de uoppdagede lysbildene for å isolere interesseområder.

Research

JoVE Journal

Cancer Research

The Drosophila Imaginal Disc Tumor Model: Visualization and Quantification of Gene Expression and Tumor Invasiveness Using Genetic Mosaics

The Drosophila Imaginal Disc Tumor Model: Visualization and Quantification of Gene Expression and Tumor Invasiveness Using Genetic Mosaics

De<em&gt; Drosophila</em&gt; Imaginal Disc Tumor Model: Visualisering og Kvantifisering av genekspresjon og Tumor Invasivitet Bruke Genetic Mosaikk

Drosophila melanogaster has emerged as a powerful experimental system for functional and mechanistic studies of tumor development and progression in the ...

A Murine Orthotopic Bladder Tumor Model and Tumor Detection System

En Murine ortotopiske Blære Tumor Model og Tumor Detection System

This protocol describes the generation of bladder tumors in female C57BL/6J mice using the murine bladder cancer cell line MB49, which has been modified ...

Target Cell Pre-enrichment and Whole Genome Amplification for Single Cell Downstream Characterization

Målet cellen pre berikelse og hele genomet forsterkning for enkeltcelle nedstrøms karakteristikk

Rare target cells can be isolated from a high background of non-target cells using antibodies specific for surface proteins of target cells. A recently ...

The Establishment of a Lung Colonization Assay for Circulating Tumor Cell Visualization in Lung Tissues

Etablering av en lunge kolonisering analysen for sirkulerende svulst celle effekt i lunge vev

Metastasis is the major cause of cancer death. The role of circulating tumor cells (CTCs) in promoting cancer metastasis, in which lung colonization by ...

An Integrated Platform for Genome-wide Mapping of Chromatin States Using High-throughput ChIP-sequencing in Tumor Tissues

En integrert plattform for genomet hele kartlegging av Chromatin stater med høy gjennomstrømming ChIP-sekvensering Tumor vev

Histone modifications constitute a major component of the epigenome and play important regulatory roles in determining the transcriptional status of ...

Radionuclide-fluorescence Reporter Gene Imaging to Track Tumor Progression in Rodent Tumor Models

Radionuklidenes-fluorescens Reporter genet å spore svulst progresjon i gnager svulst modeller

Metastasis is responsible for most cancer deaths. Despite extensive research, the mechanistic understanding of the complex processes governing metastasis ...

A Method to Define the Effects of Environmental Enrichment on Colon Microbiome Biodiversity in a Mouse Colon Tumor Model

En metode for å definere effekten av miljømessig berikelse på kolon Microbiome biologisk mangfold i en mus kolon svulst modell

Several recent studies have illustrated the beneficial effects of living in an enriched environment on improving human disease. In mice, environmental ...

Enrichment and Characterization of the Tumor Immune and Non-immune Microenvironments in Established Subcutaneous Murine Tumors

Berikelse og karakterisering av svulst immun og ikke-immune Microenvironments i etablerte subkutan Murine svulster

The tumor immune microenvironment (TIME) has recently been recognized as a critical mediator of treatment response in solid tumors, especially for ...

Digital Polymerase Chain Reaction Assay for the Genetic Variation in a Sporadic Familial Adenomatous Polyposis Patient Using the Chip-in-a-tube Format

Digital Polymerase kjedereaksjon analysen for den genetisk variasjonen i en sporadisk familiær adenomatøse polypose pasient i Chip-i-en-t-format

The quantitative analysis of human genetic variation is crucial for understanding the molecular characteristics of serious medical conditions, such as ...

Paramyxoviruses for Tumor-targeted Immunomodulation: Design and Evaluation Ex Vivo

Paramyxoviruses for svulst målrettede Immunomodulation: Design og evaluering Ex Vivo

Successful cancer immunotherapy has the potential to achieve long-term tumor control. Despite recent clinical successes, there remains an urgent need for ...