Name: automated dissection protocol for tumor enrichment in low tumor content tissues
Uploaded: 2021-03-29T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Automated Dissection Protocol for Tumor Enrichment in Low Tumor Content Tissues at JoVE.com

Авторы хотели бы поблагодарить Кармину Эспириту и Робина Э. Тейлора за их поддержку в разработке автоматизированного вскрытия, а также сотрудников Genentech Pathology Core Laboratory, которые поддержали эту работу.

До начала получите соответствующие образцы тканей в соответствии с протоколами Институционального наблюдательного совета (IRB). Все методы, описанные здесь, были одобрены Институциональным комитетом по уходу за животными и их использованию (IACUC) Genentech, Inc.
1. Подготовка ткан?...

<ol>
	<li>Cho, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue+recommendations+for+precision+cancer+therapy+using+next+generation+sequencing:+a+comprehensive+single+cancer+center's+experiences.">Tissue recommendations for precision cancer therapy using next generation sequencing: a comprehensive single cancer center's experiences.</a> Oncotarget. 8 (26), 42478-42486 (2017).</li><li>Smits, A. J. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+estimation+of+tumor+cell+percentage+for+molecular+testing+by+pathologists+is+not+accurate.">The estimation of tumor cell percentage for molecular testing by pathologists is not accurate.</a> Modern Pathology: An Official Journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc. 27 (2), 168-174 (2014).</li><li>Poole-Wilson, P. A., Langer, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+pH+on+ionic+exchange+and+function+in+rat+and+rabbit+myocardium.">Effect of pH on ionic exchange and function in rat and rabbit myocardium.</a> The American Journal of Physiology. 229 (3), 570-581 (1975).</li><li>Viray, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+prospective,+multi-institutional+diagnostic+trial+to+determine+pathologist+accuracy+in+estimation+of+percentage+of+malignant+cells.">A prospective, multi-institutional diagnostic trial to determine pathologist accuracy in estimation of percentage of malignant cells.</a> Archives of Pathology &amp; Laboratory Medicine. 137 (11), 1545-1549 (2013).</li><li>El-Serag, H. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+Expression+in+Barrett's+Esophagus:+Laser+capture+versus+whole+tissue.">Gene Expression in Barrett's Esophagus: Laser capture versus whole tissue.</a> Scandinavian Journal of Gastroenterology. 44 (7), 787-795 (2009).</li><li>Harrell, J. C., Dye, W. W., Harvell, D. M. E., Sartorius, C. A., Horwitz, K. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Contaminating+cells+alter+gene+signatures+in+whole+organ+versus+laser+capture+microdissected+tumors:+a+comparison+of+experimental+breast+cancers+and+their+lymph+node+metastases.">Contaminating cells alter gene signatures in whole organ versus laser capture microdissected tumors: a comparison of experimental breast cancers and their lymph node metastases.</a> Clinical &amp; Experimental Metastasis. 25 (1), 81-88 (2008).</li><li>Kim, H. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinctions+in+gastric+cancer+gene+expression+signatures+derived+from+laser+capture+microdissection+versus+histologic+macrodissection.">Distinctions in gastric cancer gene expression signatures derived from laser capture microdissection versus histologic macrodissection.</a> BMC Medical Genomics. 4, 48 (2011).</li><li>Klee, E. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impact+of+sample+acquisition+and+linear+amplification+on+gene+expression+profiling+of+lung+adenocarcinoma:+laser+capture+micro-dissection+cell-sampling+versus+bulk+tissue-sampling.">Impact of sample acquisition and linear amplification on gene expression profiling of lung adenocarcinoma: laser capture micro-dissection cell-sampling versus bulk tissue-sampling.</a> BMC Medical Genomics. 2, 13 (2009).</li><li>Civita, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection+and+RNA-seq+analysis:+High+sensitivity+approaches+to+explain+histopathological+heterogeneity+in+human+glioblastoma+FFPE+archived+tissues.">Laser capture microdissection and RNA-seq analysis: High sensitivity approaches to explain histopathological heterogeneity in human glioblastoma FFPE archived tissues.</a> Frontiers in Oncology. 9, 482 (2019).</li><li>Emmert-Buck, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection.">Laser capture microdissection.</a> Science. 274 (5289), 998-1001 (1996).</li><li>Bonner, R. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection:+molecular+analysis+of+tissue.">Laser capture microdissection: molecular analysis of tissue.</a> Science. 278 (5342), 1481-1483 (1997).</li><li>Hunt, J. L., Finkelstein, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microdissection+techniques+for+molecular+testing+in+surgical+pathology.">Microdissection techniques for molecular testing in surgical pathology.</a> Archives of Pathology &amp; Laboratory Medicine. 128 (12), 1372-1378 (2004).</li><li>Espina, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser-capture+microdissection.">Laser-capture microdissection.</a> Nature Protocols. 1, 586-603 (2006).</li><li>Grafen, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimized+expression-based+microdissection+of+formalin-fixed+lung+cancer+tissue.">Optimized expression-based microdissection of formalin-fixed lung cancer tissue.</a> Laboratory Investigation; A Journal of Technical Methods and Pathology. 97 (7), 863-872 (2017).</li><li>Javey, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=innovative+tumor+tissue+dissection+tool+for+molecular+oncology+diagnostics.">innovative tumor tissue dissection tool for molecular oncology diagnostics.</a> The Journal of Molecular Diagnnostics: JMD. (21), 1525-1578 (2021).</li><li>Adey, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+mill+based+instrument+and+software+system+for+dissecting+slide-mounted+tissue+that+provides+digital+guidance+and+documentation.">A mill based instrument and software system for dissecting slide-mounted tissue that provides digital guidance and documentation.</a> BMC Clinical Pathology. 13 (1), 29 (2013).</li></ol>

Здесь представлен протокол применения цифровой аннотации и автоматизированного рассечения для рассечения опухолевых областей от низкоопухолевых FFPE или свежезамороженных тканей для обогащения опухоли и использования в WES. Сочетание цифровой аннотации и создания маски с автоматизир?...

Секвенирование следующего поколения (NGS) все чаще используется как для ухода за пациентами, так и для исследований рака, чтобы помочь в руководстве лечением и облегчить научные открытия. Ткань часто ограничена, и обычно используются небольшие образцы с переменным содержанием опухоли. Таким образом, адекватность и целостность опухоли остаются препятствием для получения значимых данных. Образцы с более низким процентом опухоли могут вызвать трудности в различении истинных вариантов от артефактов секвенирования и часто не имеют права на NGS1. Было показано, что обогащение опухоли в случаях с низким содержанием опухоли, ниже 20%, помогает получить достаточное количество материала для получения воспроизводимых данных секвенирования и обеспечения того, чтобы низкочастотные варианты не были пропущены 2,3. Однако ограничения будут варьироваться в зависимости от используемых платформ и планируемого использования генерируемых данных.
Традиционно обогащение опухолевых областей для экстракции выполняется ручной макродиссекцией или лазерной микродиссекцией захвата (LCM) формалиновых фиксированных парафиновых встроенных (FFPE) слайдов. Ручная макродиссекция или соскоб определенных участков тканей со слайдов позволяет удалять опухолевые области для использования в последующих анализах с относительно низкой стоимостью, но с низкой точностью и низкой точностью 2,4. Минимальная техническая точность может быть очень эффективной в случаях с более высоким содержанием опухоли, когда присутствуют большие участки опухоли и / или минимальная потеря ткани существенно не влияет на результаты, но случаи с низким содержанием опухоли или случаи с более дисперсной опухолью требуют повышенной точности. Поэтому LCM был изобретен в 1990-х годах и стал ценным способом точного удаления небольших, определенных, микроскопических областей ткани из формалиновых фиксированных парафиновых встроенных (FFPE) слайдов 5,6,7,8. LCM может быть использован для сбора одиночных клеточных популяций, когда существует сложная гетерогенность образца9, позволяющая собирать ранее трудно разделяемые клеточные популяции. Тем не менее, LCM требует дорогостоящего оборудования, которое требует обширных технических знаний и практического времени 10,11,12,13,14.
Инструмент, используемый для автоматизированного рассечения тканей, имеет точность между LCM (~ 10 мкм) и макродиссекции (~ 1 мм) 15. Кроме того, он демонстрирует как затратные, так и технические требования к экспертизе между макродиссекцией и LCM и предназначен для выполнения быстрого обогащения тканей последовательными слайдами FFPE для смягчения недостатков предыдущих методов15. Автоматизированное рассечение таким образом использует цифровые аннотации или накладки эталонных изображений слайдов на сцене на последовательно секционированные неокрашенные тканевые слайды для рассечения и обогащения областей, представляющих интерес. Инструмент использует пластиковые наконечники для фрезерования прядильных лезвий, коллекторные трубки объемом 1,5 мл и может использоваться с рядом различных жидкостей для рассечения для сбора областей, представляющих интерес для последующих анализов, включая нуклеиновую экстракцию и секвенирование. Вращающийся пластиковый фрезерный наконечник использует внутренние и внешние резервуары для шприцевых бочек и плунжер для сбора буфера, а затем фрезерует и собирает ткань16. Переменный диаметр фрезерного наконечника (250 мкм, 525 мкм, 725 мкм) может позволить рассечение отдельных областей ткани для сравнения, мультифокальных областей, которые могут быть объединены, или отдельных небольших областей из одного или нескольких слайдов FFPE. Толщина секций, используемых для сбора урожая, может быть скорректирована на основе индивидуальных потребностей эксперимента, и пользователи могут гарантировать, что интересующие регионы не были исчерпаны, выполнив дополнительный H &E на одной последовательной секции сразу после последней секции, используемой для сбора урожая.
Автоматизированное рассечение было идентифицировано как способ обогащения опухолевого содержания в случаях с низким содержанием опухоли, и мы протестировали и расширили предполагаемую функциональность автоматизированного инструмента для рассечения тканей, который в настоящее время продается для использования на клинических образцах FFPE толщиной до 10 мкм. Работа показывает, что автоматизированное рассечение может быть применено как к FFPE, так и к свежезамороженным участкам тканей человека или животных толщиной до 20 мкм в исследовательских целях. Протокол также демонстрирует подход к цифровому аннотированию и автоматизации рассечения для обогащения опухоли в тканях с низким содержанием опухоли и / или случаях с вложенной, дисперсной опухолью, где значимая макродиссекция является сложной или неосуществимой, и показывают как качество, так и выход нуклеиновой кислоты, достаточные для NGS. Таким образом, автоматизированная рассечение может обеспечить точность среднего уровня и повышенную пропускную способность для обогащения опухоли, а также может применяться для обогащения других областей, представляющих интерес, или в сочетании с другими платформами для ответа на исследовательские или клинические вопросы.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Agilent SureSelectXT</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G9611A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect Fill Station</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106533001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect Instrument, Base</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106568001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect Instrument, Head</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106550001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect Milling Tips Small</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106509001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect PC</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106495001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BioAnalyzer</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G2939BA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf 5427R</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22620700</td>
			<td>Micro-centrifuge</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubation Buffer</td>
			<td>Promega</td>
			<td>D920D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leica Autostainer XL</td>
			<td>Leica</td>
			<td>ST5010</td>
			<td>Automated stainer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Molecular Grade Mineral Oil</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>M5904-500ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Proteinase K</td>
			<td>Promega</td>
			<td>V302B</td>
			<td>Digestion buffer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qiagen AllPrep DNA/RNA Mini Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>80284</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RLT Plus buffer</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>80204</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Superfrost Plus positively charged microscope slides</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>6776214</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

automated dissection protocol for tumor enrichment in low tumor content tissues

Обогащение опухоли в тканях с низким содержанием опухоли, которые ниже 20% содержания опухоли в зависимости от метода, требуется для воспроизводимой генерации качественных данных со многими последующими анализами, такими как секвенирование следующего поколения. Автоматизированная рассечение тканей - это новая методология, которая автоматизирует и улучшает обогащение опухоли в этих распространенных тканях с низким содержанием опухоли за счет уменьшения зависящей от пользователя неточности традиционной макродиссекции и ограничений времени, стоимости и опыта микродиссекции лазерного захвата с использованием наложения аннотаций цифрового изображения на незапятнанные слайды. Здесь цифровые аннотации гематоксилина и эозина (H & E) используются для нацеливания на небольшие области опухоли с использованием лезвия диаметром 250 мкм2 в неокрашенном фиксированном парафине формалина (FFPE) или свежезамороженных участках толщиной до 20 мкм для автоматизированного обогащения опухоли до экстракции нуклеиновых кислот и секвенирования всего экзома (WES). Автоматизированное рассечение может собирать аннотированные области в тканях с низким содержанием опухоли из одного или нескольких секций для экстракции нуклеиновых кислот. Он также позволяет собирать обширные метрики сбора до и после сбора урожая, одновременно повышая точность, воспроизводимость и увеличивая пропускную способность с использованием меньшего количества слайдов. Описанный протокол обеспечивает цифровую аннотацию с автоматическим рассечением на животных и/или человеческих FFPE или свежезамороженных тканях с низким содержанием опухоли, а также может быть использован для обогащения любой интересующей области для повышения адекватности для последующих приложений секвенирования в клинических или исследовательских рабочих процессах.

Были отобраны участки печени мышей FFPE и FF, содержащие метастатический колоректальный рак в ксенотрансплантатах. Участки были окрашены H&E (рисунок 1A, E, I) и отсканированы на целом слайд-тепловизоре с 20-кратным увеличением. Патологоанатом цифрово аннотировал инте...

Watch this Scientific Journal Video about Automated Dissection Protocol for Tumor Enrichment in Low Tumor Content Tissues at JoVE.com

Automated Dissection Protocol for Tumor Enrichment in Low Tumor Content Tissues

Цифровая аннотация с автоматизированным рассечением тканей обеспечивает инновационный подход к обогащению опухоли в случаях с низким содержанием опухоли и адаптируется как к парафиновым, так и к замороженным типам тканей. Описанный рабочий процесс повышает точность, воспроизводимость и пропускную способность и может применяться как к исследованиям, так и к клиническим условиям.

Автоматизированный протокол рассечения для обогащения опухоли в тканях с низким содержанием опухоли

Tumor enrichment in low tumor content tissues, those below 20% tumor content depending on the method, is required to generate quality data reproducibly ...

Выделение или обогащение небольших дисперсных областей, представляющих интерес, из FFPE или свежезамороженного материала может быть достигнуто с помощью автоматизированного рассечения быстрее и эффективнее, чем с помощью традиционных методов. Извлечение геномного материала из FFPE, или свежезамороженной ткани, является требованием для многих клинических и трансляционных исследовательских лабораторий. Автоматизированное рассечение заполняет значительный разрыв между макродиссекцией и микродиссекцией лазерного захвата.Для начала аннотируйте отсканированные изображения слайдов для интересующих опухолевых областей, используя предоставленную поставщиком смотровую платформу или средство просмотра с открытым исходным кодом. Поместите незапятнанный слайд образца ткани на сцену в первом-четвертом положении слайда при использовании цифровой ссылки на слайд. Создайте задание фрезерования с помощью автоматизированного программного обеспечения для рассечения тканей, открыв список заданий, затем выберите Создать новое задание и введите идентификатор дела и имя, чтобы ввести имя задания.Перейдите в раздел Толщина и выберите толщину секции с помощью вкладки со стрелкой вверх или вниз. Затем перейдите в раздел Подготовка тканей и выберите Парафинизированный или Депарафинизированный. Выберите Эталонное изображение"Из файла и Импорт изображения.Затем выберите файл для импорта из раскрывающегося списка в качестве цифровой ссылки. Отсканируйте рабочую область, нажав кнопку «Этап сканирования» в правом нижнем углу, чтобы захватить каждый слайд образца ткани в первой-четвертой позиции. Для ссылки на рабочую область перетащите поле, чтобы создать прямоугольную область над тканью, и выберите круглый пузырь под прямоугольной областью, чтобы захватить эталонное изображение стадии.Скопируйте это прямоугольное поле на оставшиеся слайды образца ткани во втором-четвертом положениях слайда, выбрав параметр копирования в правом верхнем углу эталонного изображения. Затем выровняйте и измените размер по мере необходимости. Для цифрового эталонного изображения наложите изображение на выбранную прямоугольную область.Затем значительно измените размер и выровняйте цифровую ссылку, конечно, масштабируйте, чтобы наилучшим образом соответствовать размеру и положению над тканью образца. Скопируйте это прямоугольное поле на оставшиеся слайды образца ткани во втором-четвертом положениях слайда, выбрав параметр копирования в правом верхнем углу эталонного изображения. Затем выровняйте и измените размер по мере необходимости.Нажмите кнопку «Этап сканирования» в правом нижнем углу, чтобы перейти к шагу тонкой настройки. Выберите положение первого этапа и значок инструмента «Трансформирование» на правой панели инструментов, чтобы выполнить точное выравнивание и корректировку масштаба ссылки в соответствии с примером наложения слайдов. Используйте ссылку на скользящую панель образца в нижней части экрана, переключаясь между эталонными и образцами изображений.А также функция увеличения и уменьшения масштаба для настройки и достижения выравнивания каждого положения слайда. После достижения оптимального наложения образца нарисуйте обозначения контура фрезерования на цветной части маскированного эталонного изображения, выбрав значок инструмента палитры цветов на панели инструментов справа. Нарисуйте контуры фрезерования на образцах слайдов, нажав кнопку «Получить аннотации» в правом нижнем углу экрана.Захватите и соберите интересующую аннотированную область с помощью четырех или менее фрезерных наконечников при расчете пути фрезерования. Использование фрезерного наконечника в левом верхнем углу рассчитывается на основе площади покрытия и выбранного размера наконечника. Размер наконечника может быть изменен под стрелкой фрезерного наконечника, и использование наконечника будет пересчитано.Когда контур фрезерования выбран в первой позиции слайда, он будет скопирован в остальные позиции слайда. Нажмите кнопку «Этап настройки» в правом нижнем углу экрана для оперативной загрузки фрезерных наконечников из коллекторных трубок в их надлежащем обозначении на сцене. Заполните резервуар тремя миллилитрами соответствующего буфера рассечения для типа ткани и для последующей экстракции нуклеиновых кислот.Затем нажмите кнопку «Рассекать» в правом нижнем углу экрана. После автоматического вскрытия извлеките из сцены сборные трубки и рассеченные слайды образцов. Поместите трубки для сбора в стойку для трубок, а слайды — в стойку для скольжения.Окрашенный формалин H & E, встроенный фиксированный парафин и свежезамороженные участки печени мыши, содержащие метастатический колоректальный рак в ксенотрансплантатах, были отсканированы на целом слайд-тепловизоре с 20-кратным увеличением и использованы в качестве эталонных слайдов. Окрашенные H&E эталонные слайды были аннотированы и замаскированы в цифровом виде для опухолевых областей для рассечения и экстракции нуклеиновых кислот. Слайды образцов после вскрытия были окрашены H&E, чтобы подтвердить области рассечения на слайдах размером 10 микрометров и 20 микрометров.Захваченные метрики продемонстрировали успех автоматизированной диссекции и экстракции нуклеиновых кислот. При попытке использовать этот протокол имейте в виду, что достижение относительно точного наложения аннотации на незапятнанные слайды важно для выделения областей, представляющих интерес.

Research

JoVE Journal

Cancer Research

The Drosophila Imaginal Disc Tumor Model: Visualization and Quantification of Gene Expression and Tumor Invasiveness Using Genetic Mosaics

The Drosophila Imaginal Disc Tumor Model: Visualization and Quantification of Gene Expression and Tumor Invasiveness Using Genetic Mosaics

<em&gt; Drosophila</em&gt; Имаджинальное Disc Опухоль Модель: Визуализация и Количественная экспрессии генов и опухолевой инвазии с использованием генетических Мозаики

Drosophila melanogaster has emerged as a powerful experimental system for functional and mechanistic studies of tumor development and progression in the ...

A Murine Orthotopic Bladder Tumor Model and Tumor Detection System

Опухоль Модель и опухолевой мышиной цистопластики Система обнаружения

This protocol describes the generation of bladder tumors in female C57BL/6J mice using the murine bladder cancer cell line MB49, which has been modified ...

Target Cell Pre-enrichment and Whole Genome Amplification for Single Cell Downstream Characterization

Целевые ячейки предварительного обогащения и весь геном усилители на одну ячейку вниз по течению характеристика

Rare target cells can be isolated from a high background of non-target cells using antibodies specific for surface proteins of target cells. A recently ...

The Establishment of a Lung Colonization Assay for Circulating Tumor Cell Visualization in Lung Tissues

Создание колонизации Assay легких для циркулирующих визуализации опухолевых клеток в тканях легких

Metastasis is the major cause of cancer death. The role of circulating tumor cells (CTCs) in promoting cancer metastasis, in which lung colonization by ...

An Integrated Platform for Genome-wide Mapping of Chromatin States Using High-throughput ChIP-sequencing in Tumor Tissues

Интегрированная платформа для картирования генома общесистемной Chromatin государств с использованием высокопроизводительный чип последовательности в тканях опухоли

Histone modifications constitute a major component of the epigenome and play important regulatory roles in determining the transcriptional status of ...

Radionuclide-fluorescence Reporter Gene Imaging to Track Tumor Progression in Rodent Tumor Models

Радионуклида флуоресценции Репортер ген Imaging для отслеживания опухолевой прогрессии в моделях грызунов опухоли

Metastasis is responsible for most cancer deaths. Despite extensive research, the mechanistic understanding of the complex processes governing metastasis ...

A Method to Define the Effects of Environmental Enrichment on Colon Microbiome Biodiversity in a Mouse Colon Tumor Model

Метод для определения последствий экологических обогащения на биоразнообразие Микрофлора толстой кишки в мышиной модели опухоли толстой кишки

Several recent studies have illustrated the beneficial effects of living in an enriched environment on improving human disease. In mice, environmental ...

Enrichment and Characterization of the Tumor Immune and Non-immune Microenvironments in Established Subcutaneous Murine Tumors

Обогащение и характеристика опухоли иммунной и неиммунизированных микросреды в установленных подкожной мышиных опухоли

The tumor immune microenvironment (TIME) has recently been recognized as a critical mediator of treatment response in solid tumors, especially for ...

Digital Polymerase Chain Reaction Assay for the Genetic Variation in a Sporadic Familial Adenomatous Polyposis Patient Using the Chip-in-a-tube Format

Assay цифровой полимеразной цепной реакции для генетической вариации в спорадических семейное аденоматозное Polyposis пациента, используя формат чип в трубе

The quantitative analysis of human genetic variation is crucial for understanding the molecular characteristics of serious medical conditions, such as ...

Paramyxoviruses for Tumor-targeted Immunomodulation: Design and Evaluation Ex Vivo

Парамиксовирусы для ориентированных на опухоль иммуномодуляция: дизайн и оценке Ex Vivo

Successful cancer immunotherapy has the potential to achieve long-term tumor control. Despite recent clinical successes, there remains an urgent need for ...