Name: automated dissection protocol for tumor enrichment in low tumor content tissues
Uploaded: 2021-03-29T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Automated Dissection Protocol for Tumor Enrichment in Low Tumor Content Tissues at JoVE.com

Författarna vill tacka Carmina Espiritu och Robin E. Taylor för deras stöd i automatiserad dissektionsutveckling samt Genentech Pathology Core Laboratory-personalen som stödde detta arbete.

Före initiering, skaffa lämpliga vävnadsprover enligt Institutional Review Board (IRB) protokoll. Alla metoder som beskrivs här har godkänts av Institutional Animal Care and Use Committee (IACUC) i Genentech, Inc.
1. Vävnads- och glidberedning
<ol><li>Välj FFPE eller färska frysta vävnadsblock och använd motsvarande bearbetningsmetod nedan.</li>
	<li>Skär vävnadsblocksektioner på positivt laddade glasskivor med önskad tjocklek. Seriedela FFPE-vävnaden i band med den första re...

<ol>
	<li>Cho, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue+recommendations+for+precision+cancer+therapy+using+next+generation+sequencing:+a+comprehensive+single+cancer+center's+experiences.">Tissue recommendations for precision cancer therapy using next generation sequencing: a comprehensive single cancer center's experiences.</a> Oncotarget. 8 (26), 42478-42486 (2017).</li><li>Smits, A. J. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+estimation+of+tumor+cell+percentage+for+molecular+testing+by+pathologists+is+not+accurate.">The estimation of tumor cell percentage for molecular testing by pathologists is not accurate.</a> Modern Pathology: An Official Journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc. 27 (2), 168-174 (2014).</li><li>Poole-Wilson, P. A., Langer, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effect+of+pH+on+ionic+exchange+and+function+in+rat+and+rabbit+myocardium.">Effect of pH on ionic exchange and function in rat and rabbit myocardium.</a> The American Journal of Physiology. 229 (3), 570-581 (1975).</li><li>Viray, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+prospective,+multi-institutional+diagnostic+trial+to+determine+pathologist+accuracy+in+estimation+of+percentage+of+malignant+cells.">A prospective, multi-institutional diagnostic trial to determine pathologist accuracy in estimation of percentage of malignant cells.</a> Archives of Pathology &amp; Laboratory Medicine. 137 (11), 1545-1549 (2013).</li><li>El-Serag, H. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+Expression+in+Barrett's+Esophagus:+Laser+capture+versus+whole+tissue.">Gene Expression in Barrett's Esophagus: Laser capture versus whole tissue.</a> Scandinavian Journal of Gastroenterology. 44 (7), 787-795 (2009).</li><li>Harrell, J. C., Dye, W. W., Harvell, D. M. E., Sartorius, C. A., Horwitz, K. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Contaminating+cells+alter+gene+signatures+in+whole+organ+versus+laser+capture+microdissected+tumors:+a+comparison+of+experimental+breast+cancers+and+their+lymph+node+metastases.">Contaminating cells alter gene signatures in whole organ versus laser capture microdissected tumors: a comparison of experimental breast cancers and their lymph node metastases.</a> Clinical &amp; Experimental Metastasis. 25 (1), 81-88 (2008).</li><li>Kim, H. K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinctions+in+gastric+cancer+gene+expression+signatures+derived+from+laser+capture+microdissection+versus+histologic+macrodissection.">Distinctions in gastric cancer gene expression signatures derived from laser capture microdissection versus histologic macrodissection.</a> BMC Medical Genomics. 4, 48 (2011).</li><li>Klee, E. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impact+of+sample+acquisition+and+linear+amplification+on+gene+expression+profiling+of+lung+adenocarcinoma:+laser+capture+micro-dissection+cell-sampling+versus+bulk+tissue-sampling.">Impact of sample acquisition and linear amplification on gene expression profiling of lung adenocarcinoma: laser capture micro-dissection cell-sampling versus bulk tissue-sampling.</a> BMC Medical Genomics. 2, 13 (2009).</li><li>Civita, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection+and+RNA-seq+analysis:+High+sensitivity+approaches+to+explain+histopathological+heterogeneity+in+human+glioblastoma+FFPE+archived+tissues.">Laser capture microdissection and RNA-seq analysis: High sensitivity approaches to explain histopathological heterogeneity in human glioblastoma FFPE archived tissues.</a> Frontiers in Oncology. 9, 482 (2019).</li><li>Emmert-Buck, M. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection.">Laser capture microdissection.</a> Science. 274 (5289), 998-1001 (1996).</li><li>Bonner, R. F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser+capture+microdissection:+molecular+analysis+of+tissue.">Laser capture microdissection: molecular analysis of tissue.</a> Science. 278 (5342), 1481-1483 (1997).</li><li>Hunt, J. L., Finkelstein, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microdissection+techniques+for+molecular+testing+in+surgical+pathology.">Microdissection techniques for molecular testing in surgical pathology.</a> Archives of Pathology &amp; Laboratory Medicine. 128 (12), 1372-1378 (2004).</li><li>Espina, V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laser-capture+microdissection.">Laser-capture microdissection.</a> Nature Protocols. 1, 586-603 (2006).</li><li>Grafen, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimized+expression-based+microdissection+of+formalin-fixed+lung+cancer+tissue.">Optimized expression-based microdissection of formalin-fixed lung cancer tissue.</a> Laboratory Investigation; A Journal of Technical Methods and Pathology. 97 (7), 863-872 (2017).</li><li>Javey, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=innovative+tumor+tissue+dissection+tool+for+molecular+oncology+diagnostics.">innovative tumor tissue dissection tool for molecular oncology diagnostics.</a> The Journal of Molecular Diagnnostics: JMD. (21), 1525-1578 (2021).</li><li>Adey, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+mill+based+instrument+and+software+system+for+dissecting+slide-mounted+tissue+that+provides+digital+guidance+and+documentation.">A mill based instrument and software system for dissecting slide-mounted tissue that provides digital guidance and documentation.</a> BMC Clinical Pathology. 13 (1), 29 (2013).</li></ol>

Här presenteras ett protokoll för tillämpning av digital annotering och automatiserad dissektion för att dissekera tumörregioner från lågt tumörinnehåll FFPE eller färska frysta vävnader för tumöranrikning och användning i WES. Att kombinera digital anteckning och maskskapande med automatiserad dissektion minskar avsevärt den nödvändiga praktiska tiden och expertisen som är gemensam för klassiska metoder för tumöranrikning inklusive manuell makrodissektion och LCM. Protokollet visar ett potentiellt v...

Nästa generations sekvensering (NGS) används alltmer för både patientvård och inom cancerforskning för att vägleda behandlingar och underlätta vetenskaplig upptäckt. Vävnaden är ofta begränsad och små prover med varierande tumörinnehåll används rutinmässigt. Tumörtillräcklighet och integritet förblir därför ett hinder för att erhålla meningsfulla data. Prover med lägre tumörprocent kan orsaka svårigheter att skilja sanna varianter från sekvenseringsartefakter och är ofta inte berättigade till NGS1. Tumöranrikning av fall med lågt tumörinnehåll, de under 20%, har visat sig hjälpa till att ge tillräckligt med material för att generera reproducerbara sekvenseringsdata och säkerställa att lågfrekventa varianter inte missas 2,3. Gränserna varierar dock beroende på vilka plattformar som används och planerad användning av de data som genereras.
Traditionellt utförs anrikning av tumörregioner för extraktion genom manuell makrodissektion eller laserfångningsmikrodissektion (LCM) av formalinfixerade paraffininbäddade (FFPE) glidbanor. Manuell makrodissektion, eller skrapning av specificerade vävnadsområden från objektglas, gör att tumörregioner kan avlägsnas för användning i nedströmsanalyser med relativt låg kostnad, men med låg noggrannhet och låg precision 2,4. Minimal teknisk noggrannhet kan vara mycket effektiv med fall med högre tumörinnehåll där stora delar av tumören är närvarande och / eller minimal vävnadsförlust påverkar inte signifikant resultaten, men fall med lågt tumörinnehåll eller fall med mer spridd tumör kräver ökad precision. LCM uppfanns därför på 1990-talet och blev ett värdefullt sätt att exakt ta bort små, definierade, mikroskopiska vävnadsregioner från formalinfixerade paraffininbäddade (FFPE) glid 5,6,7,8. LCM kan användas för att samla in encellspopulationer när komplex heterogenitet hos provet finns9 vilket möjliggör insamling av tidigare svåra att separera cellpopulationer. LCM kräver dock kostsamma maskiner som kräver omfattande teknisk expertis och praktisk tid 10,11,12,13,14.
Instrumentet som används för automatiserad vävnadsdissektion har precision mellan LCM (~ 10 μm) och makrodissektioner (~ 1 mm)15. Dessutom uppvisar den både kostnads- och tekniska expertkrav mellan makrodissektion och LCM och är utformad för att utföra snabb vävnadsanrikning från sekventiella FFPE-objekt för att lindra nackdelarna med tidigare metoder15. Automatiserad dissektion på detta sätt använder digitala anteckningar eller bildreferensbildöverlägg på scenen på seriellt sektionerade oskadade vävnadsglas för dissekering och berikande regioner av intresse. Instrumentet använder frässpetsar av plastspinnblad, 1,5 ml uppsamlingsrör och kan användas med ett antal olika vätskor för dissektion för att samla in regioner av intresse för nedströmsanalyser inklusive nukleisk extraktion och sekvensering. Den snurrande plastfrässpetsen använder inre och yttre sprutfatsbehållare och en kolv för att samla buffert, sedan kvarn och samlar vävnad16. Den variabla frässpetsstorlekens diameter (250 μm, 525 μm, 725 μm) kan möjliggöra dissektion av separata vävnadsområden för jämförelse, multifokala regioner som kan poolas eller enskilda små områden från enstaka eller flera FFPE-objektglas. Sektionstjocklekar som används för skörd kan justeras baserat på individuella experimentbehov och användare kan säkerställa att regioner av intresse inte har tömts genom att utföra ytterligare ett H&E på en seriell sektion omedelbart efter den sista sektionen som används för skörd.
Automatiserad dissektion identifierades som ett sätt att berika tumörinnehållet i fall med lågt tumörinnehåll och vi testade och utökade den avsedda funktionaliteten hos ett automatiserat vävnadsdissektionsinstrument, som för närvarande marknadsförs för användning på FFPE-kliniska prover upp till 10 μm i tjocklek. Arbetet visar att automatiserad dissektion kan appliceras på både FFPE och färska frysta vävnadssektioner för människor eller djur upp till 20 μm i tjocklek för forskningsändamål. Protokollet visar också ett tillvägagångssätt för att digitalt kommentera och automatisera dissektion för tumöranrikning i vävnader med lågt tumörinnehåll och / eller fall med kapslad, dispergerad tumör där meningsfull makrodissektion är utmanande eller inte genomförbar och visar både kvalitet och utbyte av nukleinsyra som är tillräcklig för NGS. Automatiserad dissektion kan därför ge precision på mellannivå och ökad genomströmning för tumöranrikning och kan också tillämpas för att berika andra regioner av intresse eller kombineras med andra plattformar för att svara på forskning eller kliniska frågor.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Agilent SureSelectXT</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G9611A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect Fill Station</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106533001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect Instrument, Base</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106568001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect Instrument, Head</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106550001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect Milling Tips Small</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106509001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>AVENIO Millisect PC</td>
			<td>Roche</td>
			<td>8106495001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BioAnalyzer</td>
			<td>Agilent</td>
			<td>G2939BA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf 5427R</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22620700</td>
			<td>Micro-centrifuge</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubation Buffer</td>
			<td>Promega</td>
			<td>D920D</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leica Autostainer XL</td>
			<td>Leica</td>
			<td>ST5010</td>
			<td>Automated stainer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Molecular Grade Mineral Oil</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>M5904-500ML</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Proteinase K</td>
			<td>Promega</td>
			<td>V302B</td>
			<td>Digestion buffer</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Qiagen AllPrep DNA/RNA Mini Kit</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>80284</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RLT Plus buffer</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>80204</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Superfrost Plus positively charged microscope slides</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>6776214</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

automated dissection protocol for tumor enrichment in low tumor content tissues

Tumöranrikning i vävnader med lågt tumörinnehåll, de under 20% tumörinnehåll beroende på metod, krävs för att generera kvalitetsdata reproducerbart med många nedströmsanalyser, såsom nästa generations sekvensering. Automatiserad vävnadsdissektion är en ny metod som automatiserar och förbättrar tumöranrikning i dessa vanliga vävnader med lågt tumörinnehåll genom att minska den användarberoende oprecisionen av traditionell makrodissektion och tids-, kostnads- och expertisbegränsningar för laserfångstmikrodissektion genom att använda digital bildanteckningsöverlägg på oskyddade bilder. Här används digitala hematoxylin- och eosinanteckningar (H&E) för att rikta in sig på små tumörområden med hjälp av ett blad som är 250 μm2 i diameter i oskadad formalinfixerad paraffin inbäddad (FFPE) eller färska frysta sektioner upp till 20 μm i tjocklek för automatiserad tumöranrikning före nukleinsyraextraktion och hel exomsekvensering (WES). Automatiserad dissektion kan skörda kommenterade regioner i vävnader med lågt tumörinnehåll från enstaka eller flera sektioner för nukleinsyraextraktion. Det möjliggör också insamling av omfattande insamlingsmått före och efter skörd samtidigt som noggrannheten, reproducerbarheten och ökar genomströmningen med användning av färre bilder. Det beskrivna protokollet möjliggör digital anteckning med automatiserad dissektion på djur och / eller human FFPE eller färska frysta vävnader med lågt tumörinnehåll och kan också användas för alla regioner av intresseberikning för att öka tillräckligheten för nedströms sekvenseringsapplikationer i kliniska eller forskningsarbetsflöden.

FFPE och FF mus leversektioner innehållande metastaserande kolorektal cancer hos xenografter valdes. Sektionerna var H&E-färgade (figur 1A,E,I) och skannade på en hel bildbildare med 20x förstoring. En patolog digitalt kommenterade tumörregioner av intresse och en mask genererades med hjälp av kommersiell programvara och formaterades som en digital png-referensbild (figur 1B, F, J). Seriella 10 μm och 20 μm tjocka ostopp...

Watch this Scientific Journal Video about Automated Dissection Protocol for Tumor Enrichment in Low Tumor Content Tissues at JoVE.com

Automated Dissection Protocol for Tumor Enrichment in Low Tumor Content Tissues

Digital anteckning med automatiserad vävnadsdissektion ger ett innovativt tillvägagångssätt för att berika tumör i fall med lågt tumörinnehåll och är anpassningsbart till både paraffin- och frysta vävnadstyper. Det beskrivna arbetsflödet förbättrar noggrannhet, reproducerbarhet och genomströmning och kan tillämpas på både forskning och kliniska miljöer.

Automatiserat dissektionsprotokoll för tumöranrikning i vävnader med lågt tumörinnehåll

Tumor enrichment in low tumor content tissues, those below 20% tumor content depending on the method, is required to generate quality data reproducibly ...

Isolering eller anrikning av små spridda områden av intresse från FFPE, eller färskt fryst material, kan uppnås med automatiserad dissektion snabbare och effektivare än med traditionella metoder. Extraktion av genomiskt material från FFPE, eller färsk fryst vävnad, är ett krav för många kliniska och translationella forskningslaboratorier. Automatiserad dissektion fyller ett betydande gap mellan makrodissektion och laserfångande mikrodissektion.Till att börja med kommenterar du de skannade bilderna för de tumörregioner som är av intresse, med hjälp av en visningsplattform som tillhandahålls av leverantören eller en visningsprogram med öppen källkod. Placera den oskyddade provvävnadsglidningen på scenen i den första till fjärde bildpositionen när du använder en digital bildreferens. Skapa ett fräsningsjobb med hjälp av den automatiska mjukpappersdissektionsprogramvaran genom att öppna jobblistan, välj sedan Skapa nytt jobb och ange ärende-ID och namn för att ange namnet på jobbet.Gå till Tjocklek och välj sektionstjocklek med hjälp av fliken upp- eller nedpil. Gå sedan till Vävnadsberedning och välj Paraffiniserad eller Deparaffiniserad. Välj Referensbild"Från fil och Importera bild.Välj sedan filen som ska importeras från rullgardinsmenyn som digital referens. Skanna scenen genom att välja knappen Skanna scenen "i det nedre högra hörnet för att fånga varje provvävnadsglas i det första till fjärde läget. För scenreferensen drar du rutan för att skapa ett rektangulärt område över vävnaden och markerar den cirkulära bubblan under det rektangulära området för att fånga scenreferensbilden.Kopiera det här rektangelfältet till de återstående provvävnadsbilderna i den andra till fjärde bildpositionen genom att välja kopieringsalternativet i det övre högra hörnet av referensbilden. Justera sedan och ändra storlek efter behov. För den digitala referensbilden lägger du över bilden på det rektangulära område som valts.Ändra sedan storlek på och justera den digitala referensen grovt, naturligtvis zooma, för att bäst matcha storleken och positionen över provvävnaden. Kopiera det här rektangelfältet till de återstående provvävnadsbilderna i den andra till fjärde bildpositionen genom att välja kopieringsalternativet i det övre högra hörnet av referensbilden. Justera sedan och ändra storlek efter behov.Välj knappen Skanna steg "i det nedre högra hörnet för att gå till finjusteringssteget. Välj den första stegpositionen och ikonen Transformera verktyg i det högra verktygsfältet om du vill göra finjusteringar och zoomjusteringar av referensen så att den bäst matchar exempelbildöverlägget. Använd referensen för att ta exempel på skjutreglaget längst ned på skärmen och växla mellan referensen och exempelbilderna.Och zooma in och zooma ut för att justera och uppnå justeringen av varje bildposition. När det optimala provöverlägget har uppnåtts ritar du fräsningsbanebeteckningarna på den färgade delen av den maskerade referensbilden genom att välja ikonen för färgväljarverktyget i verktygsfältet till höger. Rita fräsningsbanorna på exempelbilderna genom att välja knappen Hämta anteckningar i det nedre högra hörnet av skärmen.Samla in det kommenterade området av intresse med fyra eller färre frästips när fräsningsbanan beräknas. Användningen av frässpetsen i det övre vänstra hörnet beräknas baserat på det område som omfattas och den valda spetsstorleken. Spetsstorleken kan ändras under frässpetspilen och spetsanvändningen beräknas om.När fräsbanan är markerad i den första bildpositionen kopieras den till de återstående bildpositionerna. Välj knappen Inställningssteg "i det nedre högra hörnet av skärmen för snabb laddning av frässpetsarna från uppsamlingsrören i rätt beteckning på scenen. Fyll behållaren med tre milliliter lämplig dissektionsbuffert för vävnadstypen och för nedströms nukleinsyraextraktion.Välj sedan dissekera "-knappen i det nedre högra hörnet av skärmen. Efter den automatiska dissektion, ta bort uppsamlingsrören och de dissekerade provglasen från scenen. Placera uppsamlingsrören i rörstället och bilderna i glidstället.Det H&E-färgade formalinet, fast paraffininbäddat och färska frysta musleversektioner som innehåller metastaserad kolorektal cancer i xenografter skannades på en hel bildbildare med 20x förstoring och användes som referensglas. De H&E-färgade referensglasen kommenterades och maskerades digitalt för tumörregioner för dissektion och nukleinsyraextraktion. De efter dissekerade provglasen var H&E-färgade för att bekräfta dissektionsområdena i 10 mikrometer och 20 mikrometer glidbanor.Fångade mätvärden visade framgången för automatiserad dissektion och nukleinsyraextraktion. När du försöker detta protokoll, kom ihåg att det är viktigt att uppnå en relativt exakt överlagring av anteckningar på de oskyddade bilderna för att isolera intresseområden.

Research

JoVE Journal

Cancer Research

The Drosophila Imaginal Disc Tumor Model: Visualization and Quantification of Gene Expression and Tumor Invasiveness Using Genetic Mosaics

The Drosophila Imaginal Disc Tumor Model: Visualization and Quantification of Gene Expression and Tumor Invasiveness Using Genetic Mosaics

De<em&gt; Drosophila</em&gt; Imaginal skiva Tumör Modell: Visualisering och kvantifiering av genuttryck och tumör invasiv använda genetiska mosaiker

Drosophila melanogaster has emerged as a powerful experimental system for functional and mechanistic studies of tumor development and progression in the ...

A Murine Orthotopic Bladder Tumor Model and Tumor Detection System

En Murin Orthotopic blåstumör modell och Tumör Detection System

This protocol describes the generation of bladder tumors in female C57BL/6J mice using the murine bladder cancer cell line MB49, which has been modified ...

Target Cell Pre-enrichment and Whole Genome Amplification for Single Cell Downstream Characterization

Mål Cell före berikning och hela genomet förstärkning för enstaka Cell nedströms karakterisering

Rare target cells can be isolated from a high background of non-target cells using antibodies specific for surface proteins of target cells. A recently ...

The Establishment of a Lung Colonization Assay for Circulating Tumor Cell Visualization in Lung Tissues

Inrättandet av en Lung Colonization analys för cirkulerande tumör Cell visualisering i lungvävnad

Metastasis is the major cause of cancer death. The role of circulating tumor cells (CTCs) in promoting cancer metastasis, in which lung colonization by ...

An Integrated Platform for Genome-wide Mapping of Chromatin States Using High-throughput ChIP-sequencing in Tumor Tissues

En integrerad plattform för Genome-wide mappning av kromatin stater med hög genomströmning ChIP-sekvensering i tumörvävnad

Histone modifications constitute a major component of the epigenome and play important regulatory roles in determining the transcriptional status of ...

Radionuclide-fluorescence Reporter Gene Imaging to Track Tumor Progression in Rodent Tumor Models

Radionuklid-fluorescens Reporter gen Imaging för att spåra tumör Progression i gnagare tumör modeller

Metastasis is responsible for most cancer deaths. Despite extensive research, the mechanistic understanding of the complex processes governing metastasis ...

A Method to Define the Effects of Environmental Enrichment on Colon Microbiome Biodiversity in a Mouse Colon Tumor Model

En metod för att definiera effekterna av miljömässiga berikning på kolon mikrobiomet biologisk mångfald i en musmodell kolon tumör

Several recent studies have illustrated the beneficial effects of living in an enriched environment on improving human disease. In mice, environmental ...

Enrichment and Characterization of the Tumor Immune and Non-immune Microenvironments in Established Subcutaneous Murine Tumors

Anrikning och karakterisering av de tumör immun och icke-immun mikromiljö i etablerade subkutan murina tumörer

The tumor immune microenvironment (TIME) has recently been recognized as a critical mediator of treatment response in solid tumors, especially for ...

Digital Polymerase Chain Reaction Assay for the Genetic Variation in a Sporadic Familial Adenomatous Polyposis Patient Using the Chip-in-a-tube Format

Digitala polymeras Chain Reaction Assay för den genetiska variationen i en sporadisk familjär adenomatös polypos Patient med formatet Chip-i-ett-rör

The quantitative analysis of human genetic variation is crucial for understanding the molecular characteristics of serious medical conditions, such as ...

Paramyxoviruses for Tumor-targeted Immunomodulation: Design and Evaluation Ex Vivo

Paramyxovirus för tumör-riktade immunmodulering: Design och utvärdering Ex Vivo

Successful cancer immunotherapy has the potential to achieve long-term tumor control. Despite recent clinical successes, there remains an urgent need for ...