Name: rapid antimicrobial susceptibility testing by stimulated raman scattering imaging of deuterium incorporation in a single bacterium
Uploaded: 2022-02-14T12:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Rapid Antimicrobial Susceptibility Testing by Stimulated Raman Scattering Imaging of Deuterium Incorporation in a Single Bacterium at JoVE.com

Dette arbeidet ble støttet av NIH R01AI141439 til J.-X.C og M.S, og R35GM136223 til J.-X.C.

Bruken av humane blodprøver er i samsvar med retningslinjene fra IRB ved Boston University og National Institutes of Health (NIH). Spesielt er prøvene fra en bank og er fullstendig deidentifisert. Disse prøvene anses ikke for å være mennesker av institutional review board (IRB) kontor ved Boston University.
1. Fremstilling av bakterier og antibiotika stamløsning
<ol><li>Klargjør stamløsningen av antibiotika (gentamicinsulfat eller amoksicillin) i en konsentrasjon på 1 mg/ml oppløst...

Rapid AST kan oppnås ved å vurdere responsen av bakteriell metabolsk aktivitet til antibiotikabehandling ved bruk av enkeltcellet SRS metabolsk avbildning innen 2,5 timer fra prøven til SC-MIC resultater. Responsen av bakteriell metabolsk aktivitet og antimikrobiell følsomhet kan detekteres ved å overvåke metabolsk inkorporering av D2O for biomolekylsyntese ved bruk av SRS-avbildning av C-D-bindinger. Siden vann er allestedsnærværende brukt i levende celler, gir SRS metabolsk avbildning en universell m...

Antibiotikaresistens (AMR) er en økende global trussel mot effektiv behandling av smittsomme sykdommer1. Det er spådd at AMR vil forårsake ytterligere 10 millioner dødsfall per år og $ 100 billioner globalt BNP-tap innen 2050 hvis detikke iverksettes tiltak for å bekjempe antibiotikaresistente bakterier 1,2. Dette understreker det presserende behovet for raske og innovative diagnostiske metoder for antibiotikafølsomhetstesting (AST) av smittsomme bakterier for å bremse fremveksten av antibiotikaresistente bakterier og redusere den relaterte dødeligheten3. For å sikre best mulig klinisk resultat er det avgjørende å innføre effektiv behandling innen 24 timer. Imidlertid krever den nåværende gullstandardmetoden, som diskdiffusjon eller buljongfortynningsmetode, vanligvis minst 24 timer for preinkubasjonsprosedyren for kliniske prøver og ytterligere 16-24 timer for å oppnå resultatene av minimal hemmende konsentrasjon (MIC). Samlet sett er disse metodene for tidkrevende til å veilede en umiddelbar beslutning om infeksjonssykdomsbehandling i klinikken, noe som fører til fremvekst og spredning av antimikrobiell resistens4.
Genotypiske AST-metoder, som polymerasekjedereaksjon (PCR)-baserte teknikker5, er utviklet for rask deteksjon. Slike teknikker måler de spesifikke resistensgenetiske sekvensene for å gi raske AST-resultater. De er ikke avhengige av tidkrevende cellekultur; Imidlertid testes bare spesifikke kjente genetiske sekvenser med resistens. Derfor er applikasjonen begrenset til forskjellige bakteriearter eller forskjellige resistensmekanismer. De kan heller ikke gi MIC-resultater for behandlingsbeslutninger 6,7. Dessuten er nye fenotypiske metoder for rask AST under utvikling for å overvinne disse begrensningene8, inkludert mikrofluidiske enheter 9,10,11,12,13, optiske enheter14,15,16, fenotypisk AST som kvantifiserer nukleinsyrekopien nummer17,18 og Raman-spektroskopiske metoder 19, 20,21,22,23,24. Disse metodene reduserer tiden for å veilede AST-resultater, men de fleste av dem gjelder bare for bakterielle isolater, ikke direkte til kliniske prøver, og krever fortsatt langvarig preinkubasjon.
I dette arbeidet presenterer vi en metode for rask bestemmelse av følsomheten til bakterier i urin og fullblod via overvåking av den cellulære metabolske aktiviteten ved SRS-avbildning. Vann (H2O) deltar i de aller fleste essensielle biomolekylære synteseprosesser i levende celler. Som en isotopolog av vann, gjennom enzymkatalysert H / D-utvekslingsreaksjon mellom det redoksaktive hydrogenatomet i NADPH og D-atomet i D2O, kan deuterium inkorporeres i biomasse inne i en celle25,26. En deuterert fettsyresyntesereaksjon er mediert av deuterium merket NADPH. D2O-inkorporering i reaksjoner av aminosyrer (AA) resulterer i deuterert proteinproduksjon26 (figur 1). På denne måten kan de nylig syntetiserte C-D-bindingsholdige biomolekylene i enkeltmikrobielle celler brukes som en generell metabolsk aktivitetsmarkør som skal detekteres. For å lese ut de novo syntetiserte C-D-bindinger, er Raman-spektroskopi, et allsidig analytisk verktøy som gir spesifikk og kvantitativ kjemisk informasjon om biomolekyler, mye brukt til å bestemme antimikrobiell følsomhet og redusere testtiden betydelig til noen få timer27,28,29,30 . På grunn av den iboende lave effektiviteten til Raman-spredningsprosessen har den spontane Raman-spektroskopien imidlertid lav deteksjonsfølsomhet. Derfor er det utfordrende å oppnå bilderesultater i sanntid ved hjelp av spontan Raman-spektroskopi. Koherent Raman-spredning (CRS), inkludert sammenhengende anti-Stokes Raman-spredning (CARS) og stimulert Raman-spredning (SRS), har nådd høy deteksjonsfølsomhet på grunn av det sammenhengende lysfeltet for å generere størrelsesordener større enn for spontan Raman-spektroskopi, og derved gjengir høyhastighets, spesifikk og kvantitativ kjemisk avbildning på enkeltcellenivå 31,32,33,34,35 ,36,37,38,39.
Her, basert på vårt siste arbeid40, presenterer vi en protokoll for rask bestemmelse av metabolsk aktivitet og antimikrobiell følsomhet ved femtosekund SRS C-D-avbildning av D2O-inkorporering av bakterier i normalt medium, urin og fullblodsmiljø på enkeltcellenivå. Femtosekund SRS-avbildning gjør det mulig å overvåke enkeltcellemetabolismeinaktiveringskonsentrasjon (SC-MIC) mot antibiotika på enkeltbakterienivå innen 2,5 timer. SC-MIC-resultatene valideres ved standard MIC-test via buljongmikrodilusjon. Vår metode er anvendelig for å bestemme antimikrobiell følsomhet for bakterier urinveisinfeksjon (UTI) og blodbaneinfeksjon (BSI) patogener med mye redusert analysetid sammenlignet med konvensjonell metode, noe som åpner muligheten for rask fenotypisk ASAT i klinikken på enkeltcellenivå.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Acousto-optic modulation</td>
			<td>Gooch&#38;Housego</td>
			<td>R15180-1.06-LTD</td>
			<td>Modulating stokes laser beam</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amoxicillin</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>A8523-5G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bandpass filter</td>
			<td>Chroma</td>
			<td>HQ825/150m</td>
			<td>Block the stokes laser beam before the photodiode</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcium chloride</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>C1016-100G</td>
			<td>Cation adjustment</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cation-adjusted Mueller-Hinton Broth</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>B12322</td>
			<td>Antimicrobial susceptibility testing of microorganisms by broth dilution methods</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>75002542</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cover Glasses</td>
			<td>VWR</td>
			<td>16004-318</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Culture tube with snap cap</td>
			<td>Fisher brand</td>
			<td>149569B</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Daptomycin</td>
			<td>Acros</td>
			<td>A0386346</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deuterium oxide</td>
			<td></td>
			<td>151882</td>
			<td>Organic solvent to dissolve antibiotics</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Deuterium oxide-d6</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>156914</td>
			<td>Organic solvent as a standard to calibrate SRS imaging system</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Escherichia coli BW 25113</td>
			<td>The Coli Genetic Stock Center</td>
			<td>7636</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eppendorf polypropylene microcentrifuge tubes 1.5 mL</td>
			<td>Fisher brand</td>
			<td>05-408-129</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gentamicin sulfate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>G4918</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hydrophilic Polyvinylidene Fluoride filters</td>
			<td>Millipore-Sigma</td>
			<td>SLSV025NB</td>
			<td>pore size 5 &#181;m</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ImageJ software</td>
			<td>NIH</td>
			<td>Version: 2.0.0-rc-69/1.52t</td>
			<td>Image processing and analysis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubating orbital shaker set at 37 &#176;C</td>
			<td>VWR</td>
			<td>97009-890</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Inoculation loop</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>BR452201-1000EA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>InSight DeepSee femtosecond pulsed laser</td>
			<td>Spectra-Physics</td>
			<td>Model: insight X3</td>
			<td>Tunable laser source and fixed laser source at 1045 nm for SRS imaging</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lock-in amplifier</td>
			<td>Zurich Instrument</td>
			<td>HF2LI</td>
			<td>Demodulate the SRS signals</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Oil condenser</td>
			<td>Olympus</td>
			<td>U-AAC</td>
			<td>NA 1.4</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pseudomonas aeruginosa ATCC 47085 (PAO1)</td>
			<td>American Type Culture Collection</td>
			<td>ATCC 47085</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Photodiode</td>
			<td>Hamamatsu</td>
			<td>S3994-01</td>
			<td>Detector</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polypropylene conical tube 15 mL</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>14-959-53A</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Polypropylene filters</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>726-2520</td>
			<td>pore size 0.2 &#181;m</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile petri dishes</td>
			<td>Corning</td>
			<td>07-202-031</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Syringe 10 mL</td>
			<td>Fisher brand</td>
			<td>14955459</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UV/Vis Spectrophotometer</td>
			<td>Beckman Coulter</td>
			<td>Model: DU 530</td>
			<td>Measuring optical density at wavelength of 600 nm</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex mixer</td>
			<td>VWR</td>
			<td>97043-562</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water objective</td>
			<td>Olympus</td>
			<td>UPLANAPO/IR</td>
			<td>60&#215;, NA 1.2</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

rapid antimicrobial susceptibility testing by stimulated raman scattering imaging of deuterium incorporation in a single bacterium

For å bremse og forhindre spredning av antimikrobielle resistente infeksjoner, er rask antimikrobiell følsomhetstesting (AST) i akutt behov for å kvantitativt bestemme antimikrobielle effekter på patogener. Det tar vanligvis dager å fullføre AST ved konvensjonelle metoder basert på langtidskulturen, og de fungerer ikke direkte for kliniske prøver. Her rapporterer vi en rask AST-metode aktivert ved stimulert Raman-spredning (SRS) avbildning av deuteriumoksid (D2O) metabolsk inkorporering. Metabolsk inkorporering av D2O i biomasse og metabolsk aktivitetshemming ved eksponering for antibiotika på enkeltbakterienivå overvåkes av SRS-avbildning. Enkeltcellemetabolismens inaktiveringskonsentrasjon (SC-MIC) av bakterier ved eksponering for antibiotika kan oppnås etter totalt 2,5 timer med prøvepreparering og deteksjon. Videre er denne raske AST-metoden direkte anvendelig for bakterieprøver i komplekse biologiske miljøer, som urin eller fullblod. SRS metabolsk avbildning av deuteriuminkorporering er transformativ for rask encellet fenotypisk AST i klinikken.

Effekten av inkubasjonstid på deuteriuminkorporering måles ved spontan Raman-mikroskopi ved C-D (2070 til 2250 cm-1) og C-H (2 800 til 3 100 cm-1) område (figur 4a). Time-lapse enkeltcellede Raman-spektra av P. aeruginosa dyrket i 70% D 2 O-inneholdende medium viser økende CD / CH-intensitet over inkubasjonstid fra 0 til 180 min. (Figur 4b) Den økende C-D-overfloden i enkeltmikrobielle celler avslører at D2O er inn...

Watch this Scientific Journal Video about Rapid Antimicrobial Susceptibility Testing by Stimulated Raman Scattering Imaging of Deuterium Incorporation in a Single Bacterium at JoVE.com

Rapid Antimicrobial Susceptibility Testing by Stimulated Raman Scattering Imaging of Deuterium Incorporation in a Single Bacterium

Denne protokollen presenterer rask antimikrobiell følsomhetstesting (AST) analyse innen 2,5 timer ved enkeltcellestimulert Raman-spredningsavbildning av D2O-metabolisme. Denne metoden gjelder bakterier i urin- eller fullblodsmiljøet, som er transformativ for rask encellet fenotypisk AST i klinikken.

Rask antimikrobiell følsomhetstesting ved stimulert Raman-spredningsavbildning av Deuterium-inkorporering i en enkelt bakterie

To slow and prevent the spread of antimicrobial resistant infections, rapid antimicrobial susceptibility testing (AST) is in urgent need to ...

Rask antimikrobiell følsomhetstesting kan oppnås innen 2,5 timer i urin og blod, noe som regnes som en enorm reduksjon i analysetid sammenlignet med den konvensjonelle buljongmikrofortynningsmetoden. Det kan overvåke bakteriell metabolsk aktivitet i et komplekst miljø, for eksempel fullblod. For å begynne, kontroller bakteriekonsentrasjonen fra prøvene ved å måle den optiske tettheten med et fotometer ved 600 nanometer bølgelengde.For å nå en endelig cellekonsentrasjon på åtte ganger 10 til de femte kolonidannende enhetene, eller CFU, per milliliter, fortynn bakterieoppløsningen ved å bruke det normale MHB-mediet uten deuterium. Etter å ha blandet bakteriecellene med virvel, fjern 300 mikroliter aliquots av bakterieoppløsningen i syv 1, 5 milliliter mikrorør og en 600 mikroliter aliquot av bakterieoppløsningen i en 1, 5 milliliter mikrotube. Tilsett deretter 4,8 mikroliter av antibiotikablandingen i mikrorøret som inneholder 600 mikroliter av bakterieoppløsningen for å oppnå den endelige antibiotikakonsentrasjonen på åtte mikrogram per milliliter.Tilsett 300 mikroliter av bakterieoppløsningen med antibiotika til en 300 mikroliter aliquot av bakterieoppløsningen uten antibiotika for å oppnå en todelt fortynnet løsning med den endelige antibiotiske konsentrasjonen på fire mikrogram per milliliter. Gjenta den todelte serielle fortynningen av testantibiotika til den laveste konsentrasjonen på 0, 25 mikrogram per milliliter er nådd. Kast 300 mikroliter av løsningen fra det siste mikrorøret.Tildel ett rør uten antibiotika til den positive kontrollen med deuteriumbehandling, og den negative kontrollen uten deuterium. Inkuber bakteriell aliquot med antibiotikumet som inneholder MHB-medium i en time. I mellomtiden forbereder du en seriell fortynning av antibiotika med 100% deuteriumholdig MHB-medium med samme konsentrasjonsgradienter som beskrevet tidligere.Etter en times inkubasjon, tilsett 700 mikroliter antibiotika serielt fortynnet med 100% deuteriumholdig MHB-medium til 300 mikroliter antibiotika forbehandlede bakterier i samme antibiotikakonsentrasjon. Homogeniser blandingen ved pipettering opp og ned flere ganger. Tilsett 700 mikroliter antibiotikafri 100% deuterium som inneholder MHB-medium til 300 mikroliter antibiotikafrie bakterier som en positiv kontroll.Tilsett 700 mikroliter antibiotikafritt 0% deuterium som inneholder MHB-medium til 300 mikroliter antibiotikafrie bakterier som en negativ kontroll. Inkuber alle mikrorørene ved 37 grader Celsius og 200 rotasjoner per minutt i 30 minutter. Etter inkubering, sentrifuger en milliliter antibiotika og deuteriumbehandlet bakterieprøve ved 6.200 ganger g i fem minutter ved fire grader Celsius.Vask deretter pelleten to ganger med renset vann. Fest prøvene i 10% volum for volum formalinløsning, og lagre dem ved fire grader Celsius. Kontroller Escherichia coli-konsentrasjonen fra den nytilberedte bakterieprøven ved å måle den optiske tettheten med et fotometer ved 600 nanometer bølgelengde.For å etterligne de kliniske urinveisinfeksjonsprøvene, spike Escherichia coli-prøven i 10 milliliter avidentifiserte urinprøver for å nå en endelig konsentrasjon på 10 til de seks CFU per milliliter. Filtrer Escherichia coli spiked urin ved hjelp av et fem mikron filter, og del den filtrerte bakterielle løsningen i 300 mikroliter aliquots i syv 1, 5 milliliter mikrorør og en 600 mikroliter aliquot i en 1, 5 milliliter mikrotube. Utfør deuterium inkorporeringsbehandling i nærvær av antibiotika som beskrevet tidligere.For å etterligne de kliniske blodbaneinfeksjonsprøvene, spike Pseudomonas aeruginosa i en milliliter avidentifisert humant blod for å nå en endelig konsentrasjon på 10 til den sjette CFU per milliliter. For å lyse blodet, tilsett ni milliliter sterilt renset vann. Filtrer Pseudomonas aeruginosa spiked blod ved hjelp av et fem mikron filter.Høst deretter bakterier fra den filtrerte prøven til et milliliter volum ved sentrifugering ved 6.200 ganger g i fem minutter ved fire grader Celsius. Etter sentrifugering, del Pseudomonas aeruginosa spiked blodløsning i 300 mikroliter aliquots i syv 1, 5 milliliter mikrorør og en 600 mikroliter aliquot av bakterieoppløsningen i en 1, 5 milliliter mikrotube, og utfør deuterium inkorporeringsbehandling i nærvær av antibiotika som beskrevet tidligere. For prøveprepareringen, vask en milliliter fast bakterieoppløsning med renset vann, og sentrifuger den vasket bakterieoppløsningen ved 6.200 ganger g i fem minutter ved fire grader Celsius.Fjern supernatanten og berik bakterieoppløsningen til ca. 20 mikroliter med sterilisert vann. Sett bakterieløsningen på et poly-L-lysinbelagt dekselglass, sandwich med et annet dekselglass, og forsegl prøven. I SRS-mikroskopet gir en justerbar femtosekundlaser med en repetisjonshastighet på 80 megahertz pumpen og Stokes eksitasjonslasere.Stokes-strålen moduleres av en akustooptisk modulator på 2,4 megahertz. De to bjelkene er kolinøst kombinert gjennom et dikroisk speil. Deretter ledes pumpen og Stokes-strålene inn i et laboratoriebygget laserskanningsmikroskop med et 2D Galvo-speil for laserskanning.Et 60x vannmål fokuserer laserne til prøven, og en oljekondensator samler signalet fra prøven. To filtre brukes til å filtrere ut Stokes-strålen, mens pumpestrålen oppdages av en fotodiode, hvoretter det stimulerte Raman-signalet ekstraheres av en låseforsterker. Bruk kontrollprogramvaren til å legge inn og justere pumpens bølgelengde til 852 nanometer.Juster C til D vibrasjonsfrekvens til 2, 168 bølgetall for å avbilde bakterier ved hjelp av et SRS-mikroskop. Mål lasereffekten ved hjelp av en effektmåler. Sett kraften til pumpelaseren ved prøven til åtte milliwatt, og kraften til Stokes laser ved prøven til 50 milliwatt ved å justere halvbølgeplaten foran laserutgangen.Plasser standardprøven DMSO d6 på prøvetrinnet, og bruk et 60x vanndypingsmål for å fokusere pumpen og Stokes-laserne på prøven. Ved å justere skruene på refleksjonsspeilene, juster pumpen og Stokes-strålene romlig og rett de to strålene inn i et oppreist mikroskop utstyrt med 2D Galvo-speilsystem for laserskanning. I programvarekontrollpanelet setter du hvert SRS-bilde til å inneholde 200 x 200 piksler og pikseloppholdstiden til 30 mikrosekunder.Den totale innsamlingstiden for ett bilde er rundt 1,2 sekunder. Sett trinnstørrelsen til 150 nanometer, slik at bildestørrelsen er omtrent 30 x 30 mikrometer kvadrat. Etter å ha optimalisert systemet, ta standardprøven ut og legg bakterieprøven på prøvetrinnet under 60x vannnedsenkingsmålet.Start SRS-avbildningen av bakterieprøver. Bilde minst tre synsfelt for hvert eksempel. Effekten av inkubasjonstid på deuteriuminkorporering måles ved spontan Raman-mikroskopi ved CD- og CH-regionene.CD over CH-intensitetsforholdsplottet over deuteriuminkubasjonstid for enkeltbakterier viste økende CD over CH-intensitet over inkubasjonstid fra null til 180 minutter. SRS-avbildning av Pseudomonas aeruginosa ble utført ved inkubasjon med gentamicin og 70 % deuterium. Den videre kvantitative statistiske analysen viste at CD-signaler fra bakterier var signifikant lavere ved to mikrogram per milliliter, eller høyere gentamicinkonsentrasjon enn uten gentamicinbehandling.Grenseintensitetsgrensen på 0,60 konkluderte med at Pseudomonas aeruginosa ble metabolsk hemmet ved to mikrogram per milliliter og høyere konsentrasjoner av gentamicin. SC-MIC for Pseudomonas aeruginosa mot gentamicin i et normalt MHB-medium ble bestemt til å være to mikrogram per milliliter, som var innenfor en gangs forskjellsområde med MIC på fire mikrogram per milliliter bestemt av buljongmikrodilusjonsmetoden. Rapid Antimicrobial Susceptibility Testing, eller ASAT, av Escherichia coli spiked urinprøver ble utført av SRS imaging.SC-MIC for Escherichia coli spiked urinprøve mot amoksicillin ble bestemt til å være fire mikrogram per milliliter, som har samme følsomhetsavlesning som MIC på åtte mikrogram per milliliter ved konvensjonell buljongfortynningsmetode for ren Escherichia coli i normalt MHB-medium. Anvendelsen av rask ASAT av Pseudomonas aeruginosa pigget i humant blod ble undersøkt ved SRS-avbildning. CD-intensiteten til SRS-bildet ved 2.168 per centimeter ble dominert av bakterielle signaler som stammer fra metabolsk deuteriuminkorporering av levende bakterier.SC-MIC for Pseudomonas aeruginosa i blod ble bestemt til å være to mikrogram per milliliter, noe som stemte godt overens med det konvensjonelle standard MIC-resultatet for Pseudomonas aeruginosa i det normale vekstmediet. Bakteriecellenummeret som brukes til antimikrobiell følsomhetstesting, holdes på omtrent fem ganger 10 til de femte kolonidannende enhetene per milliliter, som anbefalt av Clinical and Laboratory Standards Institute. Høyere bakteriekonsentrasjon kan føre til en økning i den minimale hemmende konsentrasjonen.Kombinering in situ patogenidentifikasjon og rask antimikrobiell følsomhetstesting diagnose kan være av stort potensial for oversettelse til en klinikk som gjør det mulig å identifisere passende antimikrobielle midler i tide for presis behandling.

Research

JoVE Journal

Biology

Quantitative Phosphoproteomics in Fatty Acid Stimulated Saccharomyces cerevisiae

Quantitative Phosphoproteomics in Fatty Acid Stimulated Saccharomyces cerevisiae

This protocol describes the growth and stimulation, with the fatty acid oleate, of isotopically heavy and light S. cerevisiae cells. Cells are ground ...

Differential Imaging of Biological Structures with Doubly-resonant Coherent Anti-stokes Raman Scattering (CARS)

Differential Imaging of Biological Structures with Doubly-resonant Coherent Anti-stokes Raman Scattering CARS

Coherent Raman imaging techniques have seen a dramatic increase in activity over the past decade due to their promise to enable label-free optical imaging ...

Quantitation and Analysis of the Formation of HO-Endonuclease Stimulated Chromosomal Translocations by Single-Strand Annealing in Saccharomyces cerevisiae

Quantitation and Analysis of the Formation of HO-Endonuclease Stimulated Chromosomal Translocations by Single-Strand Annealing in Saccharomyces cerevisiae

Genetic variation is frequently mediated by genomic rearrangements that arise through interaction between dispersed repetitive elements present in every ...

Amide Hydrogen/Deuterium Exchange &amp; MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis of Pak2 Activation

Amide Hydrogen/Deuterium Exchange & MALDI-TOF Mass Spectrometry Analysis of Pak2 Activation

Amid Hydrogen / Deuterium Utveksling &amp; MALDI-TOF massespektrometri Analyse av Pak2 Activation

Amide hydrogen/deuterium exchange (H/D exchange) coupled with mass spectrometry has been widely used to analyze the interface of protein-protein ...

Single-molecule Imaging of Gene Regulation In vivo Using Cotranslational Activation by Cleavage (CoTrAC)

Single-molecule Imaging of Gene Regulation In vivo Using Cotranslational Activation by Cleavage CoTrAC

Enkelt-molekyl Imaging of Gene Regulation<em&gt; In vivo</em&gt; Ved hjelp av Cotranslational Aktivering av Cleavage (CoTrAC)

We describe a fluorescence microscopy method, Co-Translational Activation by Cleavage (CoTrAC) to image the production of protein molecules in live cells ...

Real-time Imaging of Single Engineered RNA Transcripts in Living Cells Using Ratiometric Bimolecular Beacons

Real-time Imaging av Enkelt Engineered RNA transkripsjoner i levende celler ved hjelp Proporsjonellekspansjon bimolekylære Beacons

The growing realization that both the temporal and spatial regulation of gene expression can have important consequences on cell function has led to the ...

Rapid Isolation And Purification Of Mitochondria For Transplantation By Tissue Dissociation And Differential Filtration

Rapid isolering og rensing av Mitokondrier for transplantasjon Av Tissue Dissosiasjon og differensial Filtration

Previously described mitochondrial isolation methods using differential centrifugation and/or Ficoll gradient centrifugation require 60 to 100 min to ...

In Vivo 4-Dimensional Tracking of Hematopoietic Stem and Progenitor Cells in Adult Mouse Calvarial Bone Marrow

In Vivo 4-Dimensional Tracking of Hematopoietic Stem and Progenitor Cells in Adult Mouse Calvarial Bone Marrow

In Vivo 4-Dimensional Sporing av Hematopoietiske Stem og stamceller i Adult Mouse Calvarial Bone Marrow

Through a delicate balance between quiescence and proliferation, self renewal and production of differentiated progeny, hematopoietic stem cells (HSCs) ...

Implementation of a Coherent Anti-Stokes Raman Scattering (CARS) System on a Ti:Sapphire and OPO Laser Based Standard Laser Scanning Microscope

Implementation of a Coherent Anti-Stokes Raman Scattering CARS System on a Ti:Sapphire and OPO Laser Based Standard Laser Scanning Microscope

Implementering av en sammenhengende Anti-Stokes Raman Spredning (CARS) System på en Ti: Sapphire og OPO Laser Basert Standard Laser Scanning Microscope

Laser scanning microscopes combining a femtosecond Ti:sapphire laser and an optical parametric oscillator (OPO) to duplicate the laser line have become ...

Filtration Isolation of Nucleic Acids:  A Simple and Rapid DNA Extraction Method

Filtrering Isolering av nukleinsyrer: En enkel og Rapid DNA Extraction Method

FINA, filtration isolation of nucleic acids, is a novel extraction method which utilizes vertical filtration via a separation membrane and absorbent pad ...