Name: mirmachine: a one-stop shop for plant mirna annotation
Uploaded: 2021-05-01T13:30:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about mirMachine: A One-Stop Shop for Plant miRNA Annotation at JoVE.com

1. 소프트웨어 종속성 및 설치
<ol><li>홈 사이트에서 또는 conda를 사용하여 소프트웨어 종속성을 설치합니다.<ol><li>Perl이 아직 설치되지 않은 경우 홈 사이트(https://www.perl.org/get.html)에서 다운로드하여 설치합니다. 참고: 표시된 결과는 Perl v5.32.0을 사용하여 예측되었습니다.</li>
		<li>정렬 프로그램인 Blast+를 홈 사이트(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279671/)에서 실행 파일 및 소스 코드로 다운로드합?...

<ol>
	<li>Voinnet, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Origin,+biogenesis,+and+activity+of+plant+microRNAs.">Origin, biogenesis, and activity of plant microRNAs.</a> Cell. 136 (4), 669-687 (2009).</li><li>Budak, H., Akpinar, B. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plant+miRNAs:+biogenesis,+organization+and+origins.">Plant miRNAs: biogenesis, organization and origins.</a> Functional &amp; Integrative Genomics. 15 (5), 523-531 (2015).</li><li>Lee, R. C., Feinbaum, R. L., Ambros, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+C.+elegans+heterochronic+gene+lin-4+encodes+small+RNAs+with+antisense+complementarity+to+lin-14.">The C. elegans heterochronic gene lin-4 encodes small RNAs with antisense complementarity to lin-14.</a> Cell. 75 (5), 843-854 (1993).</li><li>Zhang, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Exogenous+plant+MIR168a+specifically+targets+mammalian+LDLRAP1:+evidence+of+cross-kingdom+regulation+by+microRNA.">Exogenous plant MIR168a specifically targets mammalian LDLRAP1: evidence of cross-kingdom regulation by microRNA.</a> Cell Research. 22 (1), 107-126 (2012).</li><li>Pang, K. C., Frith, M. C., Mattick, J. 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(155), e59864 (2020).</li><li>Kozomara, A., Griffiths-Jones, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MiRBase:+Annotating+high+confidence+microRNAs+using+deep+sequencing+data.">MiRBase: Annotating high confidence microRNAs using deep sequencing data.</a> Nucleic Acids Research. 42, 68-73 (2014).</li><li>Lorenz, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ViennaRNA+Package+2.0.">ViennaRNA Package 2.0.</a> Algorithms for Molecular Biology. 6 (1), 26 (2011).</li><li>Wicker, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impact+of+transposable+elements+on+genome+structure+and+evolution+in+bread+wheat.">Impact of transposable elements on genome structure and evolution in bread wheat.</a> Genome Biology. 19 (1), 103 (2018).</li><li>Flavell, R. 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A., Liu, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechanism+of+siRNA+production+from+repetitive+DNA.">Mechanism of siRNA production from repetitive DNA.</a> Genes and Development. 29 (5), 526-537 (2015).</li><li>Lam, J. K. W., Chow, M. Y. T., Zhang, Y., Leung, S. W. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=siRNA+versus+miRNA+as+therapeutics+for+gene+silencing.">siRNA versus miRNA as therapeutics for gene silencing.</a> Molecular Therapy. Nucleic Acids. 4 (9), 252 (2015).</li><li>Bartel, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MicroRNAs+directing+siRNA+biogenesis.">MicroRNAs directing siRNA biogenesis.</a> Nature Structural and Molecular Biology. 12 (7), 569-571 (2005).</li><li>Meng, Y., Shao, C., Wang, H., Chen, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Are+all+the+miRBase-registered+microRNAs+true?+A+structure-+and+expression-based+re-examination+in+plants.">Are all the miRBase-registered microRNAs true? A structure- and expression-based re-examination in plants.</a> RNA Biology. 9 (3), 249-253 (2012).</li><li>Berezikov, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evolutionary+flux+of+canonical+microRNAs+and+mirtrons+in+Drosophila.">Evolutionary flux of canonical microRNAs and mirtrons in Drosophila.</a> Nature Genetics. 42 (1), 6-9 (2010).</li></ol>

당사의 miRNA 파이프라인인 SUmir는 지난 10년 동안 많은 식물 miRNA의 식별에 사용되었습니다. 여기에서 우리는 완전히 자동화되고 자유롭게 사용할 수 있는 새로운 miRNA 식별 및 주석 파이프라인인 mirMachine을 개발했습니다. 더욱이, 이전 파이프라인을 포함하되 이에 제한되지 않는 다수의 miRNA 식별 파이프라인은 UNAfold 소프트웨어(21)에 의존했는데, 이는 한때 자유롭게 이용가능했음...

차세대 염기서열분석 기술의 발전으로 RNA 구조와 조절 요소에 대한 이해가 넓어졌으며 기능적으로 중요한 비코딩 RNA(ncRNA)가 밝혀졌습니다. 다양한 유형의 ncRNA 중에서 마이크로 RNA (miRNA)는 식물 1,2에서 길이가 19에서 24 뉴클레오티드 사이 인 작은 RNA의 기본 조절 클래스를 구성합니다. 선충류에서 최초의 miRNA가 발견 된 이후 Caenorhabditis elegans3, miRNA의 존재와 기능은 동물 및 식물 게놈에서도 광범위하게 연구되었습니다 4,5,6. miRNA는 절단 또는 번역 억제를 위해 mRNA를 표적으로 하여 기능합니다7. 축적된 증거는 또한 miRNA가 성장 및 발달8, 자가 생물 발생9 및 여러 생물학적 및 비생물적 스트레스 반응10을 포함하여 식물의 광범위한 생물학적 과정에 관여한다는 것을 보여주었습니다.
식물에서 miRNA는 처음에 pri-miRNA11이라고 하는 긴 1차 전사체에서 처리됩니다. 핵 내부의 RNA 중합효소 II에 의해 생성된 이들 pri-miRNA는 불완전한 폴드백 구조(12)를 형성하는 긴 전사체이다. pri-miRNA는 나중에 pre-miRNA11이라고 하는 miRNA의 내인성 단일 가닥(ss) 헤어핀 전구체를 생성하기 위해 절단 과정을 거칩니다. pre-miRNA는 단일 가닥이 이중 가닥 구조로 접혀 miRNA 듀플렉스(miRNA/miRNA*)13를 절제하는 헤어핀 유사 구조를 형성합니다. 다이서 유사 단백질은 miRNA/miRNA* 듀플렉스의 두 가닥을 절단하여 2-뉴클레오티드 3'-오버행14,15를 남깁니다. miRNA 듀플렉스는 핵 내부에서 메틸화되어 miRNA의 3'-말단을 분해 및 우리딜화 활성으로부터 보호합니다16,17. 헬리카제는 수출 후 메틸화된 miRNA 이중체를 풀고 성숙한 miRNA를 세포질18의 RNA 유도 침묵 복합체(RISC)에 노출시킵니다. 듀플렉스의 한 가닥은 RISC에 통합된 성숙한 miRNA인 반면 다른 가닥인 miRNA*는 분해됩니다. miRNA-RISC 복합체는 표적 서열에 결합하여 완전 상보성의 경우 mRNA 분해 또는 부분 상보성의 경우 번역 억제를 유도한다13.
발현 및 생물발생 특징에 기초하여, miRNA 주석에 대한 가이드라인이15,19에 기재되었다. 정의된 가이드라인에 따라 Lucas와 Budak은 식물9에서 상동성 기반 인실리코 miRNA 식별을 수행하기 위해 SUmir 파이프라인을 개발했습니다. SUmir 파이프라인은 SUmirFind 및 SUmirFold라는 두 개의 스크립트로 구성되었습니다. SUmirFind는 2개 이하의 불일치가 있는 히트를 포함하고 더 짧은 히트(blastn-short-unapped -penalty -1 -reward 1)에 대한 편향을 피하기 위해 수정된 매개변수를 사용하여 NCBI(National Center for Biotechnology Information) 기본 로컬 정렬 검색 도구(BLAST) 스크리닝을 통해 알려진 miRNA 데이터 세트에 대해 유사성 검색을 수행합니다. SUmirFold는 UNAfold21을 사용하여 BLAST20 결과로부터 추정되는 miRNA 서열의 2차 구조를 평가합니다. SUmirFold는 헤어핀 구조의 특성을 식별하여 miRNA를 작은 간섭 RNA와 구별합니다. 또한, 매개 변수, 최소 배 에너지 지수 > 0.67 및 GC 함량 24-71 %에 의해 miRNA를 tRNA 및 rRNA와 같은 다른 ssRNA와 구별합니다. 이 파이프라인은 (i) 민감도 증가, (ii) 주석 정확도 증가, 및 (iii) 예측된 miRNA 유전자(22)의 게놈 분포를 제공하기 위한 2개의 추가 단계를 추가함으로써 최근에 업데이트되었다. 식물 miRNA 서열23의 높은 보존성을 감안할 때, 이 파이프라인은 원래 상동성 기반 miRNA 예측을 위해 설계되었습니다. 그러나 새로운 miRNA는 밀접하게 관련된 종 간의 miRNA의 서열 보존에 크게 의존했기 때문에 이 생물정보학 분석으로 정확하게 식별할 수 없었습니다.
이 논문은 1) 알려진 miRNA와 새로운 miRNA를 보다 정확하게 식별할 수 있고(예를 들어, 파이프라인은 이제 sRNA-seq 기반 새로운 miRNA 예측 및 상동성 기반 miRNA 식별을 사용함) 2) 완전히 자동화되고 자유롭게 사용할 수 있는 새롭고 완전히 자동화된 miRNA 파이프라인인 mirMachine을 제시합니다. 출력에는 예측된 miRNA의 게놈 분포도 포함되었습니다. mirMachine은 밀 및 애기장대 게놈에서 상동성 기반 및 sRNA-seq 기반 예측 모두에 대해 테스트되었습니다. 처음에는 자유 소프트웨어로 출시되었지만 UNAfold는 지난 10년 동안 상용 소프트웨어가 되었습니다. 이 업그레이드를 통해 2차 구조 예측 도구가 UNAfold에서 RNAfold로 전환되어 mirMachine을 자유롭게 사용할 수 있습니다. 이제 사용자는 간단한 제출 스크립트를 실행하여 완전히 자동화된 mirMachine 파이프라인을 실행할 수 있습니다(예제는 https://github.com/hbusra/mirMachine.git 에서 제공됨).

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279671/</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Blast+</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>https://github.com/hbusra/mirMachine.git</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>mirMachine submission script</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>https://www.perl.org/get.html</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Perl</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>RNAfold</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Arabidopsis TAIR10</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triticum aestivum (wheat, IWGSC RefSeq v2)</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

mirmachine: a one-stop shop for plant mirna annotation

다양한 유형의 비암호화 RNA 중에서 마이크로RNA(miRNA)는 틀림없이 지난 10년 동안 주목을 받아 왔습니다. 유전자 발현의 전사 후 조절자로서 miRNA는 가뭄 및 질병과 같은 생물학적 스트레스에 대한 발달 및 반응을 포함하여 다양한 세포 경로에서 중요한 역할을 합니다. 고품질 참조 게놈 서열을 보유하면 miRNA 서열이 고도로 보존되는 여러 식물 종에서 miRNA를 식별하고 주석을 달 수 있습니다. 전산 miRNA 식별 및 주석 프로세스는 대부분 오류가 발생하기 쉬운 프로세스이므로 상동성 기반 예측은 예측 정확도를 높입니다. 우리는 지난 10년 동안 miRNA 주석 파이프라인인 SUmir를 개발하고 개선했으며, 그 이후로 여러 식물 게놈에 사용되었습니다. 
본 연구는 (i) 2차 구조 예측에 대한 추가 필터링 단계를 추가하고, (ii) 완전 자동화하고, (iii) 이전 파이프라인을 사용하여 작은 RNA 시퀀싱 판독을 기반으로 하는 상동성 또는 새로운 miRNA를 기반으로 알려진 miRNA를 예측하는 새로운 옵션을 도입함으로써 완전 자동화된 새로운 miRNA 파이프라인인 mirMachine (miRNA Machine)을 제시합니다. 새로운 miRNA 파이프라인인 mirMachine은 애기장대 정보 리소스, TAIR10, 애기장대 게놈 방출 및 국제 밀 게놈 시퀀싱 컨소시엄(IWGSC) 밀 참조 게놈 v2를 사용하여 테스트되었습니다.

상술한 miRNA 파이프라인인 mirMachine을 파이프라인의 성능을 빠르게 평가하기 위한 테스트 데이터에 적용하였다. miRBase v22.1에 침착된 신뢰도가 높은 식물 miRNA만이 IWGSC 밀 RefSeq 게놈 v224의 염색체 5A에 대해 스크리닝되었습니다. mirMachine_find 최대 1개의 불일치가 허용되는 189개의 고신뢰도 miRNA의 비중복 목록에 대해 312개의 히트를 반환했습니다(표 1). mirMachine_fold 2차 구...

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mirMachine: A One-Stop Shop for Plant miRNA Annotation

여기에서는 1) 알려진 miRNA와 새로운 miRNA를 보다 정확하게 식별할 수 있고 2) 완전히 자동화되어 자유롭게 사용할 수 있는 새롭고 완전히 자동화된 miRNA 파이프라인인 mirMachine을 제시합니다. 이제 사용자는 간단한 제출 스크립트를 실행하여 완전히 자동화된 mirMachine 파이프라인을 실행할 수 있습니다.

미르머신: 식물 miRNA 주석을 위한 원스톱 상점

Of different types of noncoding RNAs, microRNAs (miRNAs) have arguably been in the spotlight over the last decade. As post-transcriptional regulators of ...

마이크로 RNA의 전산 식별은 높은 위양성 예측을 산출합니다. 최근 업데이트를 통해 mirMachine은 알려진 새로운 마이크로 RNA 예측에서 높은 감도와 특이성을 제공합니다. MirMachine은 감도 측면에서 최신 마이크로 RNA 알고리즘보다 우수한 것으로 입증되었으며 mirMachine은 이제 완전히 자동화되고 자유롭게 사용할 수 있으므로 모든 사람이 제공된 지침에 따라 사용할 수 있습니다.MirMachine은 조직 및 조건에 특정한 데이터의 제한 없이 추정되는 마이크로 RNA의 게놈 전체 분포를 예측할 수 있습니다. msRNA 시퀀싱 실험 전에 예비 데이터를 사용할 수 있으면 중요한 마이크로 RNA 유전자에 대한 검증 프로세스가 빨라집니다. 기계를 설정하기 전에 텍스트 원고의 링크를 사용하여 각 홈 사이트에서 소프트웨어 종속성을 다운로드하고 설치하십시오.또는 소프트웨어 종속성을 설치하는 더 쉽고 빠른 방법은 텍스트 원고에 제공된 명령을 사용하여 conduct를 사용하는 것입니다. GitHub에서 최신 버전의 mirMachine 스크립트를 단순한 기계 제출 스크립트로 다운로드합니다. 그런 다음 스크립트 경로를 경로 탭으로 설정합니다.GitHub의 테스트 데이터에서 mirMachine을 실행하여 mirMachine 및 해당 종속성이 올바르게 다운로드되었는지 확인합니다. 표준 출력 스트림으로 화면의 작업 상태를 확인합니다. 완료된 텍스트가 모두 나타나면 출력 파일을 제어합니다.머리핀 도트 TBL 도트 아웃 도트 TBL 출력 파일을 제어합니다. 두 번째, 세 번째 및 여섯 번째 열에서 성숙한 miRNA pre miRNA와 miRNA 별 서열을 확인합니다. 각 줄의 끝에있는 염색체에서 예측 된 miRNA의 위치를 찾으십시오.그런 다음 로그 파일에서 프로그램 출력 및 경고를 확인합니다. 상동성 기반 식별을 위해 bash 스크립트를 사용하여 mirMachine을 실행하고 예측된 mRNA를 확인합니다. 성숙한 miRNA 및 pre miRNA 가장 빠른 서열에 대한 출력 파일과 헤어핀 로그 파일의 출력 파일을 찾습니다.새로운 miRNA 동정을 위해 sRNA-seq Fast Q 파일을 적절한 FASTA 형식으로 사전 처리합니다. 어댑터를 다듬고 sRNA-seq 읽기에 대한 전처리가 mirMachine의 일부가 아니므로 N을 포함하는 것과 같은 저품질 읽기를 제거합니다. 제출된 데이터에 대해 안정적인 트리밍 도구와 트리밍 매개변수를 선택합니다.FASTQ 파일을 입력 파일로 FASTA 파일로 변환합니다. 풍부 테이블 파일이 제공되는 경우 mirMachine 스크립트와 함께 제공된 수정 스크립트를 사용하여 테이블 파일을 적절한 FASTA 입력으로 변환합니다. 그런 다음 bash 스크립트를 사용하여 mirMachine을 실행합니다.예측된 miRNA를 확인합니다. 예측된 mRNA 및 prem miRNA FASTA 서열에 대한 출력 파일과 헤어핀 로그 파일에 대한 출력 파일을 찾습니다. dash DB 옵션을 blast 데이터베이스로 설정하여 파이프라인 내에서 빌드 참조 데이터베이스를 건너뜁니다.대시 M 옵션을 허용되는 불일치 수로 설정하고 대시 N을 정렬 후 제거할 적중 수로 설정합니다. 종에 따라 변경하십시오. 대시를 사용하여 용의자 목록에 대한 2차 구조를 평가하고, 대시를 사용하여 sRNA-seq 데이터에 기초한 신규한 miRNA 예측을 활성화합니다.대시 Lmax 옵션을 스크리닝에 포함할 S RNA-seq 판독의 최대 길이로 설정하고 대시 Lmin 옵션을 스크리닝에 포함할 sRNA-서열 판독의 최소 길이로 설정합니다. 대시 RPM 옵션을 사용하여 백만 개당 읽기 임계값을 설정합니다. 대표 분석에서.IWGSC 밀의 염색체 5 A로부터의 mRNA 패밀리의 분포가 표시된다. mRNA의 가장 높은 대표 그룹은 18개의 확인된 miRNA가 있는 miR9666이었습니다. 애기장대 탈리아나 및 밀 종에 대한 mirMachine의 성능은 miRDP2와 비교됩니다.민감도와 두 번째 양성의 비교는 mirMachine이 애기장대 데이터에서 miRDP2를 능가하는 것으로 나타났습니다. 밀 데이터의 경우 발현 증거를 통한 mirMachine 상동성 기반 예측은 miRDP2보다 더 나은 민감도를 제공했습니다. 두 게놈 모두에 대해 miRDP2는 sRNAs-seq 및 상동성 기반 예측보다 더 많은 수의 참양성을 예측했습니다.필요한 응용 프로그램을 설정하는 것은 경험이없는 사용자에게 부담이 될 수 있습니다. 이 비디오 자습서를 따르면 도움이 될 것입니다. 설치 프로세스의 시각화는 비 계산 연구원이 기본 컴퓨팅에 들어가도록 장려합니다.또한 비디오의 출력 파일을 조사하면 사용자가 결과를 해석하는 데 확실히 도움이 됩니다.

Research

JoVE Journal

Biology

Choice and No-Choice Assays for Testing the Resistance of A. thaliana to Chewing Insects

씹는 곤충에 A.의 thaliana의 저항을 테스트하기 위해 선택과 노 - 선택 Assays

Larvae of the small white cabbage butterfly are a pest in agricultural settings. This caterpillar species feeds from plants in the cabbage family, which ...

연구

생물학

Virus-induced Gene Silencing (VIGS) in Nicotiana benthamiana and Tomato

Virus-induced Gene Silencing VIGS in Nicotiana benthamiana and Tomato

바이러스 유도 진 입을 (VIGS)에 Nicotiana benthamiana 토마토

RNA interference (RNAi) is a highly specific gene-silencing phenomenon triggered by dsRNA1. This silencing mechanism uses two major classes of RNA ...

A &#946;-glucuronidase (GUS) Based Cell Death Assay

A ÃƒÅ½Ã‚Â²-glucuronidase GUS Based Cell Death Assay

β - glucuronidase (거스)을 기반으로 세포를 파괴 분석

We have developed a novel transient plant expression system that simultaneously expresses the reporter gene, &beta;-glucuronidase (GUS), with putative ...

Agrobacterium-Mediated Virus-Induced Gene Silencing Assay In Cotton

커튼에서 Agrobacterium - 중재 바이러스 유발 유전자 입을 분석

Cotton (Gossypium hirsutum) is one of the most important crops worldwide. Considerable efforts have been made on molecular breeding of new varieties.  The ...

Annotation of Plant Gene Function via Combined Genomics, Metabolomics and Informatics

결합 지노 믹스, Metabolomics와 정보학 통해 식물 유전자 기능의 주석

Given the ever expanding number of model plant species for which complete genome sequences are available and the abundance of bio-resources such as ...

Agroinfiltration and PVX Agroinfection in Potato and Nicotiana benthamiana

Agroinfiltration and PVX Agroinfection in Potato and Nicotiana benthamiana

감자와 니코티아나 벤타미안의 농아침투 및 PVX 농병감염

Agroinfiltration and PVX agroinfection are two efficient transient expression assays for functional analysis of candidate genes in plants. The most ...

A New Approach for the Comparative Analysis of Multiprotein Complexes Based on 15N Metabolic Labeling and Quantitative Mass Spectrometry

A New Approach for the Comparative Analysis of Multiprotein Complexes Based on 15N Metabolic Labeling and Quantitative Mass Spectrometry

multiprotein의 단지의 비교 분석을위한 새로운 접근 방식을 기반으로<sup&gt; 15</sup&gt; N 대사 라벨링 및 정량 질량 분석

The introduced protocol provides a tool for the analysis of multiprotein complexes in the thylakoid membrane, by revealing insights into complex ...

A Fast Air-dry Dropping Chromosome Preparation Method Suitable for FISH in Plants

식물에서 물고기에 적합한 빠른 공기 건조 떨어 뜨리 염색체 제조 방법

Preparation of chromosome spreads is a prerequisite for the successful performance of fluorescence in situ hybridization (FISH). Preparation of high ...

High-throughput CRISPR Vector Construction and Characterization of DNA Modifications by Generation of Tomato Hairy Roots

토마토 털이 뿌리의 생성에 의한 높은 처리량 CRISPR 벡터 건설 및 DNA 수정의 특성

Targeted DNA mutations generated by vectors with clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/Cas9 technology have proven useful for ...

Rapid Analysis of Circadian Phenotypes in Arabidopsis Protoplasts Transfected with a Luminescent Clock Reporter

발광 시계 기자와 애기 장대 원형질체 트랜의 일주기 표현형의 신속한 분석

The plant circadian clock allows the anticipation of daily changes to the environment. This anticipation aids the responses to temporally predictable ...