Name: molecular spring constant analysis by biomembrane force probe spectroscopy
Uploaded: 2021-11-20T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Molecular Spring Constant Analysis by Biomembrane Force Probe Spectroscopy at JoVE.com

Мы благодарим Гийома Троадека за полезную дискуссию, Zihao Wang за консультации по аппаратному обеспечению и Sydney Manufacturing Hub, Грегга Суанинга и Саймона Рингера за поддержку нашего лабораторного стартапа. Эта работа была поддержана Австралийским исследовательским советом Discovery Project (DP200101970 - L.A.J.), Программой наращивания сердечно-сосудистого потенциала Нового Южного Уэльса (грант исследователя в начале и середине карьеры - L.A.J.), премией Сиднейского исследовательского акселератора (SOAR - L.A.J.), Инвестиционным грантом Ramaciotti Foundations Health Investment Grant (2020HIG76 - L.A.J.), Грантом идей Национального совета по здравоохранению и медицинским исследованиям (APP2003904 - L.A.J.) и Фондом стартапов факультета инженерных разработок Университета Сиднея и схемой крупного оборудования (L.A.J.). Лайнинг Арнольд Джу является членом Австралийского исследовательского совета DECRA (DE190100609).

1. Получение анализируемых событий DFS
<ol><li>Запустите эксперимент в программном обеспечении (например, LabVIEW VI) для управления BFP и настройки параметров(рисунок S1A).</li>
	<li>Наблюдайте за повторяющимися касаниями шариков/ячеек в программном обеспечении для монитора BFP(рисунок S1B...

<ol>
	<li>Chen, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence+Biomembrane+Force+Probe:+Concurrent+Quantitation+of+Receptor-ligand+Kinetics+and+Binding-induced+Intracellular+Signaling+on+a+Single+Cell.">Fluorescence Biomembrane Force Probe: Concurrent Quantitation of Receptor-ligand Kinetics and Binding-induced Intracellular Signaling on a Single Cell.</a> The Journal of Visualized Experiments. (102), e52975 (2015).</li><li>Su, Q. P., Ju, L. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biophysical+nanotools+for+single-molecule+dynamics.">Biophysical nanotools for single-molecule dynamics.</a> Biophysics Reviews. 10 (5), 1349-1357 (2018).</li><li>Ju, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+Force+Spectroscopy+Analysis+on+the+Redox+States+of+Protein+Disulphide+Bonds.">Dynamic Force Spectroscopy Analysis on the Redox States of Protein Disulphide Bonds.</a> Methods in Molecular Biology. 1967, 115-131 (2019).</li><li>An, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ultra-stable+Biomembrane+Force+Probe+for+Accurately+Determining+Slow+Dissociation+Kinetics+of+PD-1+Blockade+Antibodies+on+Single+Living+Cells.">Ultra-stable Biomembrane Force Probe for Accurately Determining Slow Dissociation Kinetics of PD-1 Blockade Antibodies on Single Living Cells.</a> Nano Letters. 20 (7), 5133-5140 (2020).</li><li>Chen, Y., Ju, L., Rushdi, M., Ge, C., Zhu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Receptor-mediated+cell+mechanosensing.">Receptor-mediated cell mechanosensing.</a> Molecular Biology of the Cell. 28 (23), 3134-3155 (2017).</li><li>Ju, L., Chen, Y., Rushdi, M. N., Chen, W., Zhu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two-Dimensional+Analysis+of+Cross-Junctional+Molecular+Interaction+by+Force+Probes.">Two-Dimensional Analysis of Cross-Junctional Molecular Interaction by Force Probes.</a> Methods in Molecular Biology. 1584, 231-258 (2017).</li><li>Evans, E., Ritchie, K., Merkel, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sensitive+force+technique+to+probe+molecular+adhesion+and+structural+linkages+at+biological+interfaces.">Sensitive force technique to probe molecular adhesion and structural linkages at biological interfaces.</a> Biophysical Journal. 68 (6), 2580-2587 (1995).</li><li>Ju, L., Zhu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Benchmarks+of+Biomembrane+Force+Probe+Spring+Constant+Models.">Benchmarks of Biomembrane Force Probe Spring Constant Models.</a> Biophysical Journal. 113 (12), 2842-2845 (2017).</li><li>Evans, E., Ritchie, K., Merkel, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sensitive+Force+Technique+to+Probe+Molecular+Adhesion+and+Structural+Linkages+at+Biological+Interfaces.">Sensitive Force Technique to Probe Molecular Adhesion and Structural Linkages at Biological Interfaces.</a> Biophysical Journal. 68, 2580 (1995).</li><li>Fiore, V. F., Ju, L., Chen, Y., Zhu, C., Barker, T. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dynamic+catch+of+a+Thy-1-alpha5beta1+syndecan-4+trimolecular+complex.">Dynamic catch of a Thy-1-alpha5beta1+syndecan-4 trimolecular complex.</a> Nature Communications. 5, 4886 (2014).</li><li>Passam, F., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mechano-redox+control+of+integrin+de-adhesion.">Mechano-redox control of integrin de-adhesion.</a> Elife. 7, (2018).</li><li>Chen, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+integrin+alphaIIbbeta3+intermediate+affinity+state+mediates+biomechanical+platelet+aggregation.">An integrin alphaIIbbeta3 intermediate affinity state mediates biomechanical platelet aggregation.</a> Nature Materials. 18 (7), 760-769 (2019).</li><li>Chen, Y., Lee, H., Tong, H., Schwartz, M., Zhu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Force+regulated+conformational+change+of+integrin+&#945;V&#946;3.">Force regulated conformational change of integrin &#945;V&#946;3.</a> Matrix Biology. 60, 70-85 (2017).</li><li>Liu, B., Chen, W., Zhu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+force+spectroscopy+on+cells.">Molecular force spectroscopy on cells.</a> Annual Review of Physical Chemistry. 66, 427-451 (2015).</li><li>Piper, J. W., Swerlick, R. A., Zhu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determining+force+dependence+of+two-dimensional+receptor-ligand+binding+affinity+by+centrifugation.">Determining force dependence of two-dimensional receptor-ligand binding affinity by centrifugation.</a> Biophysical Journal. 74 (1), 492-513 (1998).</li><li>Ju, L., Dong, J. -. f., Cruz, M. A., Zhu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+N-terminal+flanking+region+of+the+A1+domain+regulates+the+force-dependent+binding+of+von+Willebrand+factor+to+platelet+glycoprotein+Ib&#945;.">The N-terminal flanking region of the A1 domain regulates the force-dependent binding of von Willebrand factor to platelet glycoprotein Ib&#945;.</a> Journal of Biological Chemistry. 288 (45), 32289-32301 (2013).</li><li>Ju, L., Chen, Y., Xue, L., Du, X., Zhu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cooperative+unfolding+of+distinctive+mechanoreceptor+domains+transduces+force+into+signals.">Cooperative unfolding of distinctive mechanoreceptor domains transduces force into signals.</a> Elife. 5, 15447 (2016).</li></ol>

Таким образом, мы предоставили подробный протокол анализа данных для предварительной обработки необработанных данных DFS и получения констант молекулярной пружины в режимах анализа BFP Bead-Bead и Bead-Cell. Представлены биомеханические модели и уравнения, необходимые для определения молекуля?...

В качестве метода DFS с живыми клетками BFP разрабатывает эритроцит человека (RBC; Рисунок 1) в сверхчувствительный и настраиваемый преобразователь силы с совместимым постоянным диапазоном пружин при 0,1-3 пН/нм1,2,3. Для зондирования взаимодействия лиганд-рецептор BFP позволяет проводить измерения DFS при ~1 пН (10-12 Н), ~3 нм (10-9м) и ~0,5 мс (10-3 с) в силе, пространственном и временном разрешении 4,5. Его экспериментальная конфигурация состоит из двух противоположных микропипет, а именно зонда и мишени. Микропипетка Probe аспирирует эрицит, и шарик приклеивается на его вершине посредством взаимодействия биотин-стрептавидин. Шарик покрыт интересующих лигандами(рисунок 1А). Микропипетка-мишень аспирирует либо клетку, либо бусину, несущую интересующих рецептор, соответствующий режимам Бисероплетение(Рисунок 1В)и Бусина-Бусина(Рисунок 1С),соответственно5.
Построение, сборка и экспериментальные протоколы DFS были подробно описаныранее 1,6. Вкратце, сенсорный цикл BFP состоит из 5 этапов: подход, ущемление, контакт, втягивание и диссоциат(рисунок 1D). Горизонтальная вершинная позиция RBC обозначается как ΔxRBC. В начале безударная (с нулевой силой) деформация RBC ΔxRBC равна 0(таблица 1). Затем мишень приводится в движение пьезотранслятором для впрызания и втягивания из шарика зонда(рисунок 1D). Зонд RBC сначала сжимается мишенью с отрицательной деформацией RBC ΔxRBC < 0. В событии Связи стадия втягивания переходит из сжимающей в растягиваемую фазу с положительной деформацией RBC ΔxRBC > 0(рис. 2C и D). Согласно закону Гука, несущая сила BFP может быть измерена как F = kRBC × ΔxRBC, где kRBC (Таблица 1)— константа пружины RBC BFP. При разрыве связи и завершении цикла одного касания шарик зонда возвращается в положение с нулевой силой при ΔxRBC = 0(рисунок 1D).
Чтобы определить kRBC,мы измеряем и регистрим радиусы внутреннего отверстия микропипетки зонда(Rp),RBC(R0)и круговой области контакта(Rc)между RBC и шариком зонда(рисунок 1A). Затем kRBC вычисляется по модели Эвана (Eq. 1) 7,8 с использованием программы LabVIEW, которая действует как виртуальный инструмент (VI) для работы BFP(рисунок S1A)8,9.
<img alt="Equation 1" src="/files/ftp_upload/62490/62490eq01.jpg"> (Экв. 1)
Установив БФП и получив исходные данные DFS, мы представляем, как анализировать пружинную константу пары лиганд-рецептор или клеток. Исходные данные DFS о взаимодействии гликозилированного белка Thy-1 и клетки K562, несущей интегрин, α5β1 (Thy-1-α5β1; Фиг.3А и 3В)10и фибриноген и интегрин с шариковым покрытием αIIbβ3 (FGN-αIIbβ3; Рисунок 3C) 11,12 были использованы для демонстрации режимов анализа Бисероплетняя клетка и Бисероплета, соответственно.
Экспериментальная подготовка BFP Для получения подробной информации об экспериментальной подготовке и приборах BFP, пожалуйста, обратитесь к ранее опубликованным протоколам3. Короче говоря, человеческий эриртикат был биотинилирован с использованием Biotin-PEG3500-NHS в буфере углерода / бикарбоната. Интересуемые белки были ковалентно соединены с боросиликатными стеклянными шариками с использованием MAL-PEG3500-NHS в фосфатном буфере. Для прикрепления к биотинилированному эрициту шарик зонда также покрывают стрептавидином (SA) с использованием MAL-SA. Пожалуйста, ознакомьтесь с Таблицей материалов и Таблицей 2.
Для сборки BFP(рисунок 1, слева)третья микропипетка, названная «Помощник», будет использоваться для доставки шарика зонда и приклеивания его к вершинеRBC 1,3. Ковалентное взаимодействие между шариком зонда с покрытием SA и биотинилированным RBC намного сильнее, чем интересуящее связь лиганд-рецептор. Таким образом, диссоциатная стадия может быть интерпретирована как разрыв связи лиганд-рецептор, а не отделение шарика зонда от эрицита.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>3-Mercaptopropyltrimethoxysilane (MPTMS)</td>
			<td>Uct, Specialties, llc</td>
			<td>4420-74-0</td>
			<td>Glass bead functionalization</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anhy. Sodium Phosphate Dibasic (Na2HPO4)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S7907</td>
			<td>Phosphate buffer preparation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BFP data acquisition VI</td>
			<td>LabVIEW</td>
			<td></td>
			<td>BFP control and parameter setting</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BFP data analysis VI</td>
			<td>LabVIEW</td>
			<td></td>
			<td>BFP raw data analysis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biotin-PEG3500-NHS</td>
			<td>JenKem</td>
			<td>A5026-1</td>
			<td>RBC biotinylation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Borosilicate Glass beads</td>
			<td>Distrilab Particle Technology, Netherlands</td>
			<td>9002</td>
			<td>Glass bead functionalization</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bovine serum albumin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A0336</td>
			<td>Ligand functionalization</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Camera VI</td>
			<td>LabVIEW</td>
			<td></td>
			<td>BFP monitoring</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>D-glucose</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G7021</td>
			<td>Tyrode&#8217;s buffer preparation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Hepes</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>H3375</td>
			<td>Tyrode&#8217;s buffer preparation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MAL-PEG3500-NHS</td>
			<td>JenKem</td>
			<td>A5002-1</td>
			<td>Glass bead functionalization</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium Chloride (KCl)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P9541</td>
			<td>Tyrode&#8217;s buffer preparation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Bicarbonate (NaHCO3)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S5761</td>
			<td>Carbonate/bicarbonate buffer preparation; Tyrode&#8217;s buffer preparation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Carbonate (Na2CO3)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S2127</td>
			<td>Carbonate/bicarbonate buffer preparation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Chloride (NaCl)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S7653</td>
			<td>Tyrode&#8217;s buffer preparation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium Phosphate Monobasic Monohydrate (NaH2PO4&#8226;H2O)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S9638</td>
			<td>Phosphate buffer preparation</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Streptavidin-Maleimide</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S9415</td>
			<td>Glass bead functionalization</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

molecular spring constant analysis by biomembrane force probe spectroscopy

Биомембранный силовой зонд (BFP) недавно появился как наноинструмент для нативной клеточной поверхности или динамической силовой спектроскопии in situ (DFS), который может измерять кинетику одномолекулярного связывания, оценивать механические свойства взаимодействий лиганд-рецептор, визуализировать динамические конформационные изменения белка и более захватывающе разъяснять механизмы механозонирования клеток, опосредованные рецепторами. Совсем недавно BFP был использован для измерения пружинной постоянной молекулярных связей. Этот протокол описывает пошаговую процедуру выполнения анализа DFS с константой молекулярной пружины. В частности, обсуждаются два режима работы BFP, а именно режимы Bead-Cell и Bead-Bead. Этот протокол фокусируется на получении пружинных констант молекулярной связи и клетки из необработанных данных DFS.

В этой работе мы продемонстрировали протокол анализа пружинных констант BFP. Для режима анализа «шарик-клетка» мы проанализировали kмоль молекулярной связи между гликозилированным белком Thy-1, покрытым на шарике зонда, и интегрином α5β1, экспрессируемым на клетке Tar...

Watch this Scientific Journal Video about Molecular Spring Constant Analysis by Biomembrane Force Probe Spectroscopy at JoVE.com

Molecular Spring Constant Analysis by Biomembrane Force Probe Spectroscopy

Биомембранный силовой зонд (BFP) - это метод динамической силовой спектроскопии in situ (DFS). BFP может быть использован для измерения пружинной постоянной молекулярных взаимодействий на живых клетках. Этот протокол представляет весенний постоянный анализ молекулярных связей, обнаруженных BFP.

Анализ молекулярной пружинной константы с помощью зондовой спектроскопии биомембранных сил

A biomembrane force probe (BFP) has recently emerged as a native-cell-surface or in situ dynamic force spectroscopy (DFS) nanotool that can measure ...

В этом видео описываются пошаговые процедуры использования биомембранного силового зонда или BFP для измерения константы молекулярной пружины. В силовом зонде BFP недавно появился на поверхности нативной клетки или в анализе SITU Dynamic Force Spectroscopy. Основной целью этого метода является измерение генетики связывания одной молекулы.Эта процедура анализа данных является простым, но мощным сообщением и предоставляет механическую информацию, в частности динамическую силу и воспаление молекул, экспрессивиющих клеточную мембрану. Во время цикла эксперимента BFP зондовый микробиом, соединяющийся с эритроцитами и завещанием, клеткой-мишенью и молекулярной связью рецептора лиганда между зондом и мишенью, может рассматриваться как последовательно связанная система мозга. Исходя из закона Гука, обратная полная константа пружины последовательной связанной пружинной системы равна сумме константы обратной пружины каждого отдельного компонента, как показывает уравнение.Пружинная постоянная эритроцитов рассчитывается на основе событий движения, которое зависит от радиальной микропипетки зонда в отверстии. Эритроцит, круговая область контакта между эритроцитом и завещанием и аспирирующим давлением микропипетки. Дорожные данные BFP получают самодельный виртуальный прибор левого вида, который управляет движением целевой микропипетки с помощью переводчика PAs.Полный сенсорный цикл PFP состоит из пяти этапов. Подход.Импейз.Контакт. Втягивай и диссоциировать. В начале, делается ли ударение, положение Robusto APICS обозначается как X равно 0 в черном дештине.Затем цель приводится в движение куском или транслятором, чтобы втихнуть и сжать робусто, чтобы вызвать отрицательное движение завещания. Вы отмечаете его как X меньше нуля в красной линии тире. На стадии втягивления верхушка красного шины перемещается из положения X меньше нуля обратно в положение X, равное нулевому положению, называемому фазой сжатия.Если между комплексом молекул рецепторов лиганда образуется связь, эритроцит будет еще больше отличаться от другого положительного направления. Этот X больше нулевого периода называется фазой растязания стадии втягивки. Стадия втягивания является наиболее важной частью для определения пружинной константы молекулы связи.Собирайте данные о силе и времени с помощью платформы сбора данных BSP. Каждый эксперимент обычно записывает от 50 до 200 сенсорных циклов, откройте программное обеспечение для анализа данных PFP. Нажмите на желтый значок папки и выберите соответствующий файл данных строки, дважды щелкнув по ним.Мы в программе. Затем нажмите на кнопки со стрелками вверх и вниз, чтобы переключаться между событиями. Использование критериев исключения выбросов для отсеировки недопустимых событий.Выберите экспортируемый тип данных, который принудительно форматируется по времени, и выберите соответствующий диапазон времени состояния. Нажмите на кнопку экспортировать данные графика. Экспортированные данные сохраняются в виде текстового файла по умолчанию.Этот текстовый файл содержит два столбца данных. Это первый столбец, представляющий временных пап, и второй столбец, представляющий соответствующую силу в каждой точке времени. Постройте кривую силы и времени с помощью программного обеспечения электронных таблиц для получения кривой принудительного и смещения.Умножьте временное значение каждой точки данных на движение PSO Willow Steel. Обнульте первую точку данных, вычитая наименьшее значение смещения из каждой точки данных. Это горизонтальное преобразование не влияет на последующее вычисление пружинной константы.В кривой «сила против смещения» две различные группы актора были разными, если можно было идентифицировать новый наклон силы. Каждый из них представляет фазу сжатия и фазу стиля 10. Подгонка строки регрессии к каждой группе данных.Линия с более крутым уклоном представляет собой общую константу пружины на фазе компрессора, обозначенную как K1. И линия, которая была самой маленькой вершиной, представляет линию на этой фазе стиля 10, обозначенную как K2.As я уже упоминал, общая константа пружины является обратной от сына последовательной пружинной константы каждого компонента. Во время сжимающей фазы вхожения в клеточный режим молекулярная связь не растягивается, поэтому константа пружины молекулярной связи не принимается во внимание. Пружинная константа целевой ячейки описывается как уравнение, отображаемое там, где K1 представляет собой общую константу пружины во время фазы компрессора.В фазе 10 стиля ритма для продажи, общая константа пружины является солнцем уверсной пружинной константы молекулярной связи красных кровяных клеток. А в клетке-мишени используйте отображаемое уравнение для вычисления константы пружины связи молекулера, которая K2 представляет собой общую константу пружины. Вы читаете фазу 10 остановок.В режиме beat to beat, поскольку деформация B незначительна, термин, который описывает обратную константу пружины целевой клетки, приближается к нулю, поэтому полная константа пружины в фазе компрессора эквивалентна константе пружины эритроцитов, показанной в виде следующего уравнения. В фазе растяживания пружинная константа молекулярной связи может быть рассчитана путем вычитания эффекта эритроцита, показанного в следующем уравнении. Соберите пружинные константы интегрировательного положения бокового ветра B, комплекса Бета 3, ячейки K562 и комплекса интегрировательного отношения B Бета три, рассчитайте среднее и стандартное отклонение производных констант пружины по шкале Ньютона или нанометра.Теперь вы должны лучше понять, каковы требования к измерению и пружинной константе из данных VFD. Следует заметить различия между режимом beat to cell и режимом beat to beat. Различные молекулы, представляющие службу, будут иметь разную защиту от меры постоянной пружины.В заключение, эта пошаговая процедура описывает, как выполнить анализ молекулярной пружинной константы с использованием BFP. Мы предполагаем, что в будущем будут предприняты усилия по автоматизации и интеграции сбора данных BFP и анализа DFS в одну компьютерную программу отдыха. Сделать весь анализ данных операции BFP более удобным для пользователя и высоким во всем.

Research

JoVE Journal

Bioengineering

Thermodynamics of Membrane Protein Folding Measured by Fluorescence Spectroscopy

Термодинамика Мембранные белки Складные Измеряется флуоресцентной спектроскопии

Membrane protein folding is an emerging topic with both fundamental and health-related significance.  The abundance of membrane proteins in cells ...

Bacterial Immobilization for Imaging by Atomic Force Microscopy

Бактериальные Иммобилизация для обработки изображений методом атомно-силовой микроскопии

AFM is a high-resolution (nm scale) imaging tool that mechanically probes a surface.  It has the ability to image cells and biomolecules, in a liquid ...

Stretching Short Sequences of DNA with Constant Force Axial Optical Tweezers

Растяжение коротких последовательностей ДНК с постоянной силой осевой оптический пинцет

Single-molecule techniques for stretching DNA of contour lengths  less than a kilobase are fraught with experimental difficulties. However, many ...

Investigating Receptor-ligand Systems of the Cellulosome with AFM-based Single-molecule Force Spectroscopy

Cellulosomes are discrete multienzyme complexes used by a subset of anaerobic bacteria and fungi to digest lignocellulosic substrates. Assembly of the ...

A Microfluidic Technique to Probe Cell Deformability

Микрожидкостных Техника для исследования клеток деформируемости

Here we detail the design, fabrication, and use of a microfluidic device to evaluate the deformability of a large number of individual cells in an ...

Formation of Biomembrane Microarrays with a Squeegee-based Assembly Method

Формирование биомембрана Microarrays с Ракель основе метода Ассамблеи

Lipid bilayer membranes form the plasma membranes of cells and define the boundaries of subcellular organelles. In nature, these membranes are ...

Surface Potential Measurement of Bacteria Using Kelvin Probe Force Microscopy

Поверхностный потенциал Измерение бактерий с помощью зонда Кельвина силовой микроскопии

Surface potential is a commonly overlooked physical characteristic that plays a dominant role in the adhesion of microorganisms to substrate surfaces. ...

Measurement of Maximum Isometric Force Generated by Permeabilized Skeletal Muscle Fibers

Измерение максимальной Изометрические усилие, создаваемое проницаемыми скелетных мышечных волокон

Analysis of the contractile properties of chemically skinned, or permeabilized, skeletal muscle fibers offers a powerful means by which to assess muscle ...

Atomic Force Microscopy Imaging and Force Spectroscopy of Supported Lipid Bilayers

Атомно-силовая микроскопия изображений и силовая спектроскопия поддерживаемых липидного бислоя

Atomic force microscopy (AFM) is a versatile, high-resolution imaging technique that allows visualization of biological membranes. It has sufficient ...

Fluorescence Biomembrane Force Probe: Concurrent Quantitation of Receptor-ligand Kinetics and Binding-induced Intracellular Signaling on a Single Cell

Флуоресценции зонда биомембрана Сила: Параллельное Количественное рецептор-лиганд кинетики и привязка вызванной внутриклеточной сигнализации на одну ячейку

Membrane receptor-ligand interactions mediate many cellular functions. Binding kinetics and downstream signaling triggered by these molecular interactions ...