Name: the automated crystallography pipelines at the embl htx facility in grenoble
Uploaded: 2021-06-05T14:30:00
Duration: 6 min 50 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about The Automated Crystallography Pipelines at the EMBL HTX Facility in Grenoble at JoVE.com

우리는 ESRF 거대 분자 빔라인의 사용 및 운영에 대한 지원을 위한 공동 EMBL-ESRF 구조 생물학 그룹 (JSBG)에 감사드립니다. 우리는 ESRF와 토마스 슈나이더와 페트라III 싱크로트론 (DESY, 함부르크, 독일)의 P14에서 데이터 수집을 통해 우수한 지원을 위한 ESRF-1 빔라인과 EMBL 함부르크 팀의 데이터 수집을 지원하는 매튜 볼러에게 감사드립니다. 크리스탈 다이렉트 수확기는 EMBL 그르노블의 계측팀과 협력하여 개발되었습니다. 이 프로젝트는 iNEXT 프로젝트 iNEXT(그랜트 노 653706)와 iNEXT 디스커버리(그랜트 없음 871037)와 부스터 프로그램을 통해 레지온 오베르뉴-론 알프스(Région Auvergne-Rhône-Alpes)에 따라 유럽 커뮤니티H2020 프로그램의 자금 지원을 받았습니다.

참고: 전 세계 과학자들을 위한 이러한 파이프라인에 대한 자금 지원 은 일련의 자금 조달 프로그램을 통해 지원됩니다. 액세스에 대한이 원고 응용 프로그램을 작성하는 순간에 iNEXT 디스커버리 프로그램 (https://inext-discovery.eu)을 통해 허용됩니다, 유럽 위원회의 Horizon2020 프로그램 또는 지시 - 에릭 (https://instruct-eric.eu/)의 호라이즌에 의해 투자 번역 구조 생물학을 자극하는 유럽 시설 네트워크. 특정 시간에 자금 지원을 받을 수 있는 현재 양식 및 경로에 대해 해당 작성에게 문의하십시오. 이 프로토콜은 단백질-구조 파이프라인의 작동을 설명하고 다른 두 파이프라인에 대한 특이성에 대해 다음 섹션에서 설명하는 동안 모든 파이프라인에 공통되는 단계를 포함합니다. 여기에 있는 지침은 CRIMS V4.0을 참조하십시오.
1. 높은 처리량 결정화 실험실
<ol><li>시작하기 전에 https://htxlab.embl.fr/#/ CRIMS 시스템을 통해 HTX 실험실에서 등록을 요청하십시오. 사용자 자격 증명은 모든 실험 설계 및 평가 인터페이스에 원격으로 액세스할 수 있습니다.<ol>
<li>웹 네비게이터를 통해 CRIMS에 로그인합니다(파이어폭스, 크롬 및 사파리가 지원됩니다). CRIMs 웹 서버는 웹을 통과하는 동안 제3자가 데이터에 액세스하지 못하도록 암호화됩니다. CRIMS에 들어가면 스크리닝 왼쪽에 있는 일련의 메뉴가 샘플을 관리하고 생성하고, 결정화 실험을 요청하고, 플레이트를 관리하고 시각화하는 데 도움이 됩니다. 일련의 비디오 자습서는 https://medias01-web.embl.de/Mediasite/Showcase/embl/Channel/a2168bcaa36b4564851663e5b69594014d 사용할 수 있습니다. 참고: 택배로 샘플을 보내는 사용자는 크림을 통해 샘플과 요청된 결정화 실험을 등록해야 도착하여 지체 없이 처리할 수 있도록 샘플을 보내야 합니다. 발송 정보를 htx@embl.fr 보내주십시오.</li>
	</ol></li>
	<li>웹 브라우저와 크림 (https://htxlab.embl.fr)에 로그인하고 샘플 메뉴를 클릭합니다. 이렇게 하면 프로젝트 및 샘플 관리 도구와의 인터페이스가 열립니다.</li>
	<li>새 샘플 버튼을 클릭하고 요청된 정보를 제공합니다. CRIMS를 사용하면 다양한 프로젝트, 대상 및 구조에서 샘플을 구성할 수 있습니다. 샘플을 기존 샘플에 할당하거나 이 시점에서 새 샘플을 만듭니다.</li>
	<li>요청된 정보가 입력되면 요청 저장 및 요청 확인을 클릭합니다. 결정화 프로토콜, 사용할 결정화 스크린, 배양 온도 및 실험에 대한 원하는 날짜를 선택합니다.<ol>
<li>주석 필드를 사용하여 HTX 랩 운영자가 알아야 할 중요한 샘플에 대한 표시를 제공합니다. 사용자 지정 화면도 선택할 수 있습니다(아래 참조). 결정화 요청을 제출한 후 HTX Lab 팀에서 검증되며 실험 일정에 대한 확인은 전자 메일을 통해 전송됩니다. 샘플 발송물에 필요한 시간과 호환되는 실험 날짜를 선택해야 합니다.</li>
	</ol></li>
	<li>샘플이 HTX 연구소의 시설 운영자에 도착하면 요청에 따라 실험을 수행합니다. 결정화 실험이 설정되면 전자 메일을 통해 확인이 전송되고 결정화 트레이는 자동화된 이미저로 전송됩니다. CRIMS는 모든 실험 매개 변수에 대한 액세스를 제공하며 새로운 이미징 세션을 자동으로 추적합니다. 새 이미지를 사용할 수 있을 때 전자 메일 알림이 자동으로 전송됩니다. 시설(25)에서개발된 프로토콜을 기반으로 한 써열플루어 기반30개의 샘플 품질 평가실험은 이 시점에서 모든 샘플로 수행되며 CRIMS를 통해 사용할 수 있습니다.</li>
	<li>결정화 트레이가 설정된 직후 샘플 품질 평가 결과와 함께 결정화 실험의 이미지를 CRIMS에서 사용할 수 있습니다. Thermofluor 메뉴를 클릭하고 샘플로 이동하여 샘플 품질 평가 실험의 결과를 확인합니다.<ol>
<li>플레이트 메뉴를 클릭하여 결정화 플레이트의 이미지를 확인합니다. 샘플로 이동하여 보기를 클릭하여 마지막 이미징 세션또는 +(확장) 기호를 확인하여 다른 이미징 세션을 선택합니다. 일련의 도구는 샘플을 쉽게 찾고 탐색하는 데 도움이됩니다. 예를 들어 화면 상단의 프로젝트 상자를 클릭하면 해당 프로젝트에 대한 샘플을 필터링하고 검색 기능은 대부분의 테이블 열에서 사용할 수 있습니다.</li>
	</ol></li>
	<li>플레이트 뷰 인터페이스를 사용하여 결정화 실험결과를 평가하고 점수를 매기는 데 도움이 됩니다. 예를 들어 결정화 플레이트의 다양한 우물을 탐색하고 이미지 유형(즉, Vis, UV)을 선택하여 이미지 해상도 또는 레코드 점수를 선택할 수 있습니다. 이 인터페이스는 또한 결정화 솔루션의 조성을 포함하여 결정화 실험에 사용되는 모든 실험 파라미터를 제공합니다.</li>
	<li>초기 스크리닝을 통해 확인된 1차 적중 조건에 따라 수정 최적화 화면을 디자인하려면 개선 메뉴를 클릭합니다. 화학 및 주식 솔루션 하위 메뉴를 통해 결정화 주식 솔루션을 등록하고 관리할 수 있습니다. 화면 하위 메뉴는 인터페이스에 대한 액세스를 제공하여 사용자 고유의 최적화 또는 사용자 지정 화면을 디자인합니다.<ol>
<li>실험 설계에 가장 적합한 플레이트 유형, 스톡 솔루션 또는 그라데이션 구성을 선택합니다. CriMS에게 포뮬러터 로봇(Formulatrix)과 직접 호환되는 파일을 출력하여 화면을 플레이트에 자동으로 피펫하거나 수동 작동을 위한 볼륨으로 인쇄 가능한 문서를 출력하도록 요청할 수 있습니다.</li>
	</ol></li>
	<li>1.2-1.8 단계를 반복하여 결정 최적화 실험을 수행합니다.</li>
	<li>X선 회절 실험에 적합한 결정이 확인되면 플레이트 뷰 인터페이스로 이동하여 올바른 결정화 낙하에 해당하는 이미지를 선택합니다. 미리 저장된 점수는 쉽게 이 작업을 수행하는 데 도움이 됩니다.<ol>
<li>크리스탈 수확을 클릭하여 CrystalDirect 수확기 로봇에 대한 자동 크리스탈 수확 계획을 기록하거나 크리스탈다이렉트가 장착되지 않은 시설에서 CRIMS를 사용하는 경우 기존의 수동 결정 마운팅을 위한 수동 수확 계획을 기록하십시오. 두 인터페이스 모두 사용자가 크리스탈 수확 과정을 안내합니다. CRIMS는 수확된 결정의 위치를 SPINE 또는 Unipucks21에자동으로 기록하고 저장합니다.</li>
	</ol></li>
	<li>진한에서 크리스탈 매니저 메뉴를 선택합니다. 수확한 크리스탈 하위 메뉴를 클릭하여 냉동 샘플을 검사합니다. CrystalDirect 수확기를 사용하는 경우 수확된 결정이 있는 핀 이미지를 포함하여 수확 과정의 이미지가 표시됩니다.</li>
	<li>발송 메뉴를 선택하여 ESRF 또는 페트라 III 싱크로트론에 연결하고 X선 회절 분석을 위한 샘플 발송물을 만듭니다. 발송물 만들기 버튼을 클릭하고 사용할 싱크로트론과 가방 번호(싱크로트론의 가방 암호는 여기에서 필요)를 선택합니다. 다음 인터페이스 시리즈는 발송물에 포함될 pukcs를 선택하는 데 사용됩니다. 이 시스템을 사용하면 데이터 수집을 지원하고 MASSIF-1과 같은 자동화된 빔라인에 대한 데이터 수집 매개 변수를 결정하는 주석을 제공할 수 있습니다.</li>
	<li>ESRF 또는 Petra III HTX 랩에서 데이터 수집이 수행되는 경우 운영자는 샘플을 빔라인으로 전송하며 다른 싱크로트론의 데이터 수집은 사용자의 비용으로 수행됩니다. 싱크로트론으로 이동하여 원격 빔라인 동작또는 MASSIF-1에서 데이터를 수집할 수 있다. 후자의 경우 데이터 수집 프로세스가 완전히 자동화됩니다. 싱크로트론에서 ISPyB29의 특정 인터페이스를 통해 사용자는 CRIMS에서 보낸 정보를 복구하고 샘플 퍽을 연결하여 데이터 수집 결과를 자동으로 추적할 수 있습니다. 여기에 설명된 실험의 경우, 싱크로트론의 데이터 수집은 일반적으로 MXcube31 소프트웨어로 수행되었으며, 데이터 처리 및 구조 개선은 아투오PROC32,Staraninso33,BUSTER33,Pipedream32,33 및Coot35로수행되었다.</li>
	<li>데이터 수집 실험이 수행되면 ISPyB29 시스템에서 싱크로트론에서 초기 데이터 처리 결과와 함께 CRIMS가 요약 정보를 검색합니다. 크림스 크리스탈 매니저 메뉴로 이동하여 크리스탈 회절 데이터 하위 메뉴를 클릭합니다. 회절 데이터 수집에 관한 모든 정보와 메타데이터를 사용할 수 있습니다. 또한 동기화된 데이터뿐만 아니라 원시 회절 이미지에서 다운로드할 수도 있습니다. 여러 데이터 수집을 보거나 특정 데이터 집합을 선택합니다. 샘플 관리 도구를 사용하면 특정 프로젝트 구성에 대한 샘플을 탐색하고 선택할 수 있습니다. 참고: 이 파이프라인은 순수 단백질에서 X선 회절 결과에 이르기까지 인터넷을 통해 완전히 자동화된 작동을 제공하며 하나 또는 여러 샘플로 동시에 작동할 수 있습니다. 그것은 구조 생물학에 있는 다른 문맥 및 프로젝트 모형에 적용될 수 있습니다.</li>
</ol>

<ol>
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A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+protease+uses+distinct+thermodynamic+signatures+for+substrate+recognition.">Bacterial protease uses distinct thermodynamic signatures for substrate recognition.</a> Scientific Reports. 7 (1), 2848 (2017).</li><li>Martin-Malpartida, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+basis+for+genome+wide+recognition+of+5-bp+GC+motifs+by+SMAD+transcription+factors.">Structural basis for genome wide recognition of 5-bp GC motifs by SMAD transcription factors.</a> Nature Communications. 8 (1), 2070 (2017).</li><li>Arag&#243;n, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structural+basis+for+distinct+roles+of+SMAD2+and+SMAD3+in+FOXH1+pioneer-directed+TGF-&#946;+signaling.">Structural basis for distinct roles of SMAD2 and SMAD3 in FOXH1 pioneer-directed TGF-&#946; signaling.</a> Genes &amp; Development. 33 (21-22), 1506-1524 (2019).</li><li>M&#252;nzker, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fragment&#8208;Based+Discovery+of+Non&#8208;bisphosphonate+Binders+of+Trypanosoma+brucei+Farnesyl+Pyrophosphate+Synthase.">Fragment&#8208;Based Discovery of Non&#8208;bisphosphonate Binders of Trypanosoma brucei Farnesyl Pyrophosphate Synthase.</a> ChemBioChem. 21 (21), 3096-3111 (2020).</li></ol>

JAM은 크리스탈 다이렉트 시스템에 대한 특허의 공동 저자입니다.

여기에 설명된 자동화된 결정화 파이프라인은 다양한 자금 조달 프로그램을 통해 전 세계 연구자들이 이용할 수 있습니다. 현재, 결정화 실험 및 CrystalDirect 기술에 대한 자금 지원은 iNEXT 디스커버리 프로그램 및 지시-ERIC에 적용하여 얻을 수 있으며, ESRF의 거대 분자 결정빔라인에 대한 액세스는 ESRF 사용자 액세스 프로그램을 통해 지원된다. 이 접근법은 결정 성장과 측정 사이의 지연을 최소화하고, 단백질 생산 및 결정화 조건의 회절 기반 최적화를 요구하는 매우 도전적인 프로젝트의 진행을 가속화하고, 결정화, 결정 처리 및 빔 라인 작동과 관련된 복잡한 작업에서 과학자를 해방하여 비 전문가 그룹이 결정학에 더 쉽게 접근할 수 있게 합니다. 또한 결정화 첨가제, 해착제 또는 공동 결정화 실험을 통한 화합물 스크리닝의 신속한 탐색에 사용될 수 있다. 대부분의 결정학 프로젝트는 이 접근법의 혜택을 받을 수 있지만, 일부 샘플은 자동화 또는 여기에 제시된 파이프라인에 대한 특수 프로토콜이 필요할 수 있습니다(예: 미세유체 시스템 또는 고도로 특수화된 결정화 장치 또는 시료가 매우 비열하며 발송을 용납하지 않는 샘플).
CrystalDirect 기술은 또한 작은 분자 표적 복합체의 특성화를 위해 자동 결정 담그기17을 가능하게 합니다. 이를 위해, 작은 조리개는 수확 공정 전에 레이저로 생성되고 원하는 화학 물질을 포함하는 용액의 한 방울(즉, 페이징 에이전트 또는 잠재적 리간드)이 위에 첨가되어 접촉하여 입력하고 결국 결정화 용액으로 확산됩니다. 화학 용액은 물, DMSO 또는 기타 유기 용매로 제조 될 수 있습니다. 특정 인큐베이션 시간 후에 결정은 전술한 바와 같이 회절에 의해 수확및 분석될 수 있다. 이러한 접근법은 구조 기반 약물 설계의 맥락에서 리간드 단백질 복합체의 신속한 특성화뿐만 아니라 대규모 화합물 및 단편 스크리닝에도 적용되었다. 후자의 경우 수백~100개 이상의 조각라이브러리를 빠르게 분석할 수 있습니다. 여기에 제시되지 않은 특정 CRIMS 인터페이스는 크리스탈 담그기 실험의 설계 및 자동화 된 추적을 용이하게하며, 글로벌 Phasing Ltd(U.K)가 개발한 CRIMS 소프트웨어와 Pipedream 소프트웨어 제품군 간의 통합을 통해 수백 개의 데이터 집합에 대한 자동화된 데이터 처리, 구체화, 리간드 식별 및 구조 개선을 병렬로 구현하고 데이터 분석 및 해석32,33을 간소화할 수 있습니다. . 예를 들어, 이 파이프라인은 최근 인간 아프리카 의 트리파노소미아증을 유발하는 기생충의 핵심 효소인 Trypanosoma brucei farnesyl pyrophosphate synthase의 활성 부위 및 여러 알로스터릭 부위에 결합하는 파편의 식별에 적용되었다.
여기에 제시된 파이프라인은 구조 생물학에서 발견의 속도를 가속화하고 거시분자 결정학이 더 많은 연구 그룹에 더 쉽게 접근할 수 있도록 하는 데 기여할 수 있습니다. 또한 대규모 화합물 및 단편 스크리닝을 촉진함으로써 번역 연구를 촉진하고 약물 발견 과정을 가속화하여 더 많은 수의 표적에 대해 더 우수하고 안전한 약물의 개발을 용이하게 할 수 있습니다.

자동화는 결정화에서 회절 데이터 수집 및처리1,2,3,4,5,6,7,8,9,샘플 장착10,11,12에 대한 다수의 기술을 포함하는 거대 분자 결정학 실험 공정의 모든 단계에서 도입되었습니다. ,13,14,15,16,17. 이는 결정적 구조가 얻어지는 속도를 가속화할 뿐만 아니라 구조 유도 약물 설계18,19,20,21,22, 23,24와같은 응용 을 간소화하는 데 기여했다. 이 원고에서는 그르노블의 HTX 연구소에서 사용할 수 있는 자동화된 결정예 파이프라인의 측면과 기본 기술에 대해 설명합니다.
EMBL 그르노블의 HTX 연구소는 유럽에서 결정화 심사를 위한 가장 큰 학술 시설 중 하나입니다. 유럽에서 가장 뛰어난 엑스레이 빔과 높은 플럭스 중성자 빔을 제공하는 인스티투트 라우랑게빈(ILL)을 생산하는 유럽 싱크로트론 방사선 시설(ESRF)과 함께 유럽 광자 및 중성자(EPN) 캠퍼스에 공동 배치되어 있습니다. HTX 연구소는 2003년 운영이 시작된 이래 800명 이상의 과학자에게 서비스를 제공하고 연간 1,000개 이상의 샘플을 처리했습니다. HTX 연구소는 샘플 평가 및 품질관리(25,26) 및 CrystalDirect 기술을 포함한 거대 분자 결정학의 새로운 방법의 개발에 중점을 두고 있으며,15,16,17의완전 자동화된 결정 장착 및 처리를 가능하게 한다. HTX 연구소는 또한 결정화와 싱크로트론 데이터 수집 시설 간의 자동화된 통신을 제공하는 웹 기반 실험실 정보 시스템인 CRIMS(Crystallographic Information Management System)를 개발하여 순수 단백질에서 회절 데이터까지 전체 샘플 주기에 걸쳐 중단 없는 정보 흐름을 가능하게 합니다. HTX 시설, CrystalDirect 기술 및 CRIMS 소프트웨어의 용량을 결합하여 결정화 스크리닝, 결정 최적화, 자동 결정 수확 처리 및 냉동 냉각 및 X선 데이터 수집을 웹 브라우저를 통해 원격으로 작동할 수 있는 단일 및 연속 워크플로우로 통합하는 완전 자동화된 단백질-구조 파이프라인을 개발했습니다. 이러한 파이프라인은 새로운 구조의 신속한 측정, 단백질 리간드 복합체의 특성화 및 X선 결정학을 통한 대규모 화합물 및 단편 스크리닝을 지원하기 위해 적용될 수 있습니다.
HTX 연구소에는 용해성 및 멤브레인 단백질의 결정화를 가능하게 하는 LCP 모듈, 결정화 스크린을 준비하는 로봇 액체 처리 스테이션 2개, 작동 사이클당 최대 400개의 냉동 샘플 핀을 생산하고 저장할 수 있는 2개의 자동화된 CrystalDirect 결정 수확기(LCP 모듈 포함)가 장착되어 있습니다. 과학자들은 익스프레스 택배를 통해 샘플을 시설로 보내며 HTX 연구소의 전담 기술자에 의해 처리됩니다. 과학자들은 CRIMS 시스템에서 제공하는 웹 인터페이스를 통해 결정화 스크리닝 및 최적화 실험을 원격으로 설계할 수 있습니다. 이 인터페이스를 통해 특정 샘플 요구 사항에 맞게 시설에서 사용할 수 있는 광범위한 매개 변수 및 실험 프로토콜 중에서 선택할 수 있습니다. 모든 실험 매개 변수와 함께 결과를 실시간으로 사용할 수 있습니다. 수신된모든 샘플은 시료25,26,27의결정화 가능성을 추정할 수 있는 특별히 개발된 방법을 통해 분석된다. 이 분석 의 결과에 기초하여 특정 권장 사항은 최적의 잠복기 온도 및 가능한 샘플 최적화 실험에 관한 사용자에게 이루어집니다. 결정화 실험이 설정되면 과학자는 웹을 통해 서로 다른 시점에서 수집된 결정화 이미지를 보고 결과를 평가할 수 있습니다. X선 회절 실험에 적합한 결정이 확인되면 과학자들은 전용 인터페이스를 사용하여 CrystalDirect 로봇에 의해 실행되는 크리스탈 장착 계획을 수립할 수 있습니다.
CrystalDirect 기술은 수정된 증기 확산 결정화 마이크로플레이트와 레이저 빔을 사용하여 절전 가능한 회절 호환을 통해 결정화 및 데이터수집(15,16,17)사이에 존재하는 자동화 격차를 해소하는 것을 지원합니다. 간단히 말해서, 크리스탈은 수정된 증기 확산 플레이트인 CrystalDirect 마이크로플레이트에서 재배됩니다. 크리스탈이 나타나면 크리스탈이 포함된 필름 조각을 소비하고, 표준 회절 데이터 수집 핀에 부착하고, 질소 가스 스트림에서 저온 냉각을 위해 레이저 빔을 자동으로 적용합니다(Zander et al. 2016 및 https://www.youtube.com/watch?v=Nk2jQ5s7Xx8 참조). 이 기술은 수동 또는 반자동 결정 장착 프로토콜에 비해 여러 가지 추가적인 이점을 가지고 있습니다. 예를 들어, 결정의 크기와 모양은 문제가 되지 않아 큰 결정이나 미세 결정을 수확하기가 똑같이 쉬워지며, 기술이 작동하는 특별한 방법(참조 17, Zander 등 참조 참조)으로 인해 저온 보호제의 사용을 피할 수 있는 경우가 많습니다(참조 참조 17, Zander 등 외.참조), X-ray 회절 분석이 훨씬 간단합니다. 레이저 빔은 또한 결정이 클러스터에서 성장하거나 예를 들어 상피 성장을 표시 할 때 샘플의 가장 좋은 부분을 선택하는 수술 도구로 사용할 수 있습니다. CrystalDirect 기술은 자동화된 담그실험(17)에도사용할 수 있습니다. 작은 분자 또는 다른 화학 물질을 가진 솔루션의 전달을 결정에 전달. 이를 통해 완전 자동화된 대규모 화합물 및 단편 스크리닝을 지원할 수 있습니다. 크리스탈다이렉트 로봇에 의해 크리스탈을 수확하고 극저온으로 채우면 전 세계 대부분의 싱크로나이 거대 분자 결정학 빔라인과 호환되는 SPINE 또는 유니퍽 퍽으로 옮겨질 수 있습니다. 이 시스템은 완전 자율적으로 최대 400핀(극저온 스토리지 Dewar 용량)을 수확할 수 있습니다. CRIMS는 공정 중에 수확기 로봇과 통신하고 크리스탈 샘플 (퍽 및 핀)의 자동 추적을 제공합니다. 퍽은 샘플 관리를 용이하게하기 위해 바코드와 RFID 태그가 모두 표시되어있습니다(21,28).
CRIMS는 유럽과 세계29의많은 싱크로트론에서 X선 데이터 수집 관리 및 처리를 지원하는 ISPyB 시스템과의 자동화된 통신을 지원하는 애플리케이션 프로그램 인터페이스(API)를 제공한다. 자동화된 결정 수확이 완료된 후, 과학자들은 결정 시료(퍽)를 선택하고 ESRF(그르노블, 프랑스)7,8,9 또는 페트라 III 싱크로트론(함부르크, 독일)18,19에서거대 분자 결정학 빔라인에 대한 시료 선적을 생성할 수 있다. CRIMS는 미리 선택된 데이터 수집 매개 변수와 함께 선택한 빔라인 샘플에 해당하는 데이터를 싱크로트론 정보 시스템으로 전송합니다. 샘플이 선택한 싱크로트론 빔라인에 도달하면, X선 데이터 수집은 원격 빔라인 작동 또는 완전 자동화된 방식으로 수동으로 수행됩니다(즉, 합동 EMBL ESRF 조인트 구조 생물학 그룹(JSBG)에 의해 작동하는 ESRF8의 MASSIF-1 빔라인에서). 데이터 수집 후 CRIMS는 싱크로트론 데이터 처리 시스템에서 수행된 초기 데이터 처리 결과와 함께 데이터 수집 결과에 대한 정보를 자동으로 검색하고 편리한 사용자 인터페이스를 통해 과학자에게 제공합니다.
HTX 연구소는 이러한 자동화된 파이프라인을 적용하여 세 가지 응용 분야, 새로운 구조의 신속한 결정, 단백질 리간드 복합체의 신속한 특성화, 대규모 화합물 및 단편 스크리닝을 지원합니다. 아래에서 우리는 그것을 사용하고 운영하는 방법을 설명합니다.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>CrystalDirect harvester</td>
			<td>Arinax</td>
			<td></td>
			<td>Automated crystal mounting and cryocooling</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CrystalDirect Crystallization plate</td>
			<td>Mitegen</td>
			<td>SKU: M-XDIR-96-2</td>
			<td>96-well crytsallization microplate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Formulator 16</td>
			<td>Formulatrix</td>
			<td></td>
			<td>For the autoamted preparation of crystallization screens</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mosquito crystallization Robot</td>
			<td>SPT Labtech</td>
			<td></td>
			<td>For the preparation of crystallization experiments</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tecan Evo Liquid handling station</td>
			<td>Tecan</td>
			<td></td>
			<td>For the preparation of crystallization solutions</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Spine Pucks</td>
			<td>Mitegen</td>
			<td>SKU: M-SP-SC3-1</td>
			<td>SPINE-compatible cryogenic pucks for automated synchrotron sample exchangers</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>UniPucks</td>
			<td>Mitegen</td>
			<td>SKU: M-CP-111-021</td>
			<td>Universal cryogenic pucks for automated synchrotron sample exchangers</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

the automated crystallography pipelines at the embl htx facility in grenoble

EMBL 그르노블은 전 세계 사용자에게 높은 처리량 결정화 서비스를 제공하는 대규모 사용자 시설인 고처리량 결정화 연구소(HTX Lab)를 운영하고 있습니다. HTX 연구소는 거시 분자 결정학의 새로운 방법의 개발에 강한 초점을 가지고있다. 고처리량 결정화 플랫폼, 완전 자동화된 결정 마운팅 및 냉동 냉각을 위한 CrystalDirect 기술, 인터넷을 통해 원격으로 작동할 수 있는 거대 분자 결정예촬영을 위한 완전 자동화 파이프라인을 개발했습니다. 여기에는 새로운 구조물의 측정을 위한 단백질-구조 파이프라인, 약용 화학을 지원하는 단백질 리간드 복합체의 신속한 특성화를 위한 파이프라인, 1000개 이상의 단편 라이브러리평가를 가능하게 하는 대규모 자동화된 단편 스크리닝 파이프라인이 포함됩니다. 여기에서는 이러한 리소스에 액세스하고 사용하는 방법을 설명합니다.

위에서 설명한 자동화된 결정화 파이프라인은 놀라운 성공을 거둔 많은 내부 및 외부 프로젝트를 지원하기 위해 적용되었습니다. 몇 가지 하이라이트는 Djinović-Carugo에서 프로젝트와 맥스 페루츠 연구소 (비엔나)에서 동료를 포함 세균병원성 성장에 필수적인 디펩디딜 펩티다제의 구조적 및 기능 적 분석에 초점을 맞추고. 결정화 스크리닝, 회절 평가, 결정 최적화 및 X선 데이터 수집 주기(이 프로젝트에 대한 최대 8회 반복)의 급속한 연속은 단 몇 주 만에 단백질의 세 가지 변형 상태에 대한 구조적 모델을 얻을 수 있었으며, 이는 이 단백질36의 기능에 대한 핵심 기계론적 이해를 제공하였다(그림 1참조).
또 다른 예는 세포 운명 조절에 관여하는 SMAD3 및 SMAD4 전사 요인에 대한 새로운 DNA 결합 모티브를 식별하기 위해 생물 정보학 도구와 구조적 접근 방식을 결합한 생물 의학 연구 연구소 (IRB, Barcelona)의 Macias 및 동료입니다. 이 작품은 다른 DNA 결합 모티브(37)와복잡한 에서 SMAD3 & 4의 6 고해상도 구조를생산하고있다,38 인식하고 다른 생물학적 맥락에서 자신의 기능의 해석에 대한 핵심인 DNA 서열의 다양한 배열에 결합하는 이러한 전사 요인의 지금까지 의심할 수없는 용량을 공개. 이러한 기술은 또한 제약 및 생명 공학 회사의 연구 그룹에서 약물 설계 프로젝트의 맥락에서 독점 연구를 지원하기 위해 적용되었습니다. 예를 들어, 이러한 파이프라인에 의해 기여되는 급속성 덕분에, 다중 리간드 표적 복합체의 구조적 분석은 며칠 내에 이루어질 수 있으며, 이는 약물 개발의 맥락에서 연이은 라운드 의약 화학 최적화를 지원하는 데 큰 가치가 있다. 마지막으로 대규모 X선 기반 단편스크리닝(39)에이 인프라를 적용했습니다.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62491/62491fig01.jpg"> 그림 1: 자동 결정화 파이프 라인. CRYSTALDirect 기술과 ESRF의 MASSIF-1 빔라인과 크림스크 소프트웨어를 포함한 EMBL HTX 실험실의 통합 작동과 CRIMS 와 ISPyB 소프트웨어 간의 자동화된 통신을 통해 결정화 선별 및 최적화, 자동 결정 수확 및 저온 냉각 및 자동화된 데이터 수집 및 처리를 통합하는 완전 자동화된 원격 제어 단백질-구조 파이프라인을 지원할 수 있습니다. 구조 모델은 이러한파이프라인(36)을적용하여 기록적인 시간에 확인된 병원성 박테리아로부터 프로테아제의 3가지 상이한 형태 상태에 대응한다. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62491/62491fig01large.jpg" target="_blank">이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭하십시오.</a>

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The Automated Crystallography Pipelines at the EMBL HTX Facility in Grenoble

여기서는 EMBL 그르노블의 HTX 연구소의 CrystalDirect 기술을 기반으로 단백질-투 구조, 신속한 리간드 단백질 복합 분석 및 대규모 단편 스크리닝을 위해 자동화된 거대 분자 결정도 파이프라인을 사용하는 방법을 설명합니다.

그르노블의 EMBL HTX 시설의 자동 결정화 파이프라인

EMBL Grenoble operates the High Throughput Crystallization Laboratory (HTX Lab), a large-scale user facility offering high throughput crystallography ...

HTX 연구소는 새로운 구조를 해결하기 위해 적용할 수 있는 구조화된 파이프라인에 완전 자동화된 단백질에 대한 온라인 액세스를 제공하고, 더 큰 규모의 단편 및 레간 스크리닝을 수행합니다. 과학자들이 인터넷을 통해 전체 결정학 공정을 제어할 수 있는 CRIM 소프트웨어에서 자동화된 크리스탈 수확 및 CRI 냉각을 위한 CrystalDirect 기술의 조합을 통해. 먼저 웹 브라우저에서 크리스탈 그래픽 정보 관리 시스템을 열고 로그인한 후 샘플 메뉴를 클릭하여 샘플 관리 도구에서 프로젝트와 인터페이스를 엽니다.새 샘플을 클릭하고 샘플 창에서 요청된 정보를 입력하고 저장을 클릭하고 요청을 합니다. 요청 패널에서, 결정화 프로토콜, 인큐베이션 온도, 사용할 결정화 스크린 및 시료 선적에 필요한 시간과 호환되어야 하는 실험에 대해 원하는 날짜를 선택한다. 주석 필드를 사용하여 HDX 랩 운영자가 알아야 할 중요한 샘플에 대한 표시를 제공합니다.제출 후 결정화 요청은 고처리량 결정화 랩 팀에 의해 검증됩니다. 실험 일정에 대한 확인은 이메일을 통해 전송됩니다. 샘플이 도착하면 시설에 도착합니다.실험실 직원은 실험을 설정하고, 이메일을 통해 설치 확인을 보내고, 결정화 트레이를 자동화된 이미저로 전송합니다. CRIMS는 모든 실험 매개 변수에 대한 액세스를 제공하고 실시간으로 새로운 이미징 세션을 추적할 것입니다. 새 이미지를 사용할 수 있는 경우 이메일 알림이 자동으로 전송됩니다.결정화 플레이트의 이미지를 보려면 플레이트 메뉴를 열고 샘플로 이동합니다. 보기를 클릭하여 마지막 이미징 세션을 보거나 확장 기호를 클릭하여 다른 이미징 세션을 선택하고 드롭 기록을 확인합니다. 선택한 프로젝트에 대한 샘플을 필터링합니다.특정 프로젝트 상자를 클릭합니다. 검색 함수는 대부분의 테이블 열에서도 사용할 수 있습니다. 결정화 실험의 결과를 평가하고 점수를 얻으려면 플레이트 뷰 인터페이스를 선택하고 결정화 플레이트의 다른 벽을 탐색합니다.이미지 유형을 선택하고 이미지 품질을 선택하거나 점수를 기록합니다. 뷰 인터페이스는 또한 결정화 용액의 조성을 포함하여 결정화 실험에 사용되는 모든 실험 파라미터를 제공한다. 초기 스크리닝을 통해 식별된 기본 적중 조건에 따라 크리스탈 최적화 화면을 설계하려면 개선 메뉴를 열고 화면 하위 메뉴를 선택합니다.실험 설계에 가장 적합한 플레이트 유형, 스톡 솔루션 또는 그라데이션 구성을 선택합니다. CRIMS에게 공식화 로봇 공식과 직접 호환되는 파일을 출력하여 화면을 플레이트에 자동으로 피펫하거나 인쇄 가능한 문서를 출력하도록 요청하거나 수동 작동을 위한 볼륨을 출력할 수 있습니다. 일단 결정이 X선 회절 실험이 확인되면 플레이트 뷰 인터페이스로 이동하여 미리 저장된 점수를 사용하여 올바른 결정화 낙하에 해당하는 이미지를 선택합니다.크리스탈 수확을 클릭하여 크리스탈 직접 수확기 로봇의 자동 크리스탈 수확 계획을 기록합니다. CRIMS는 수확된 결정의 위치를 자동으로 기록하고 척추 또는 단위 퍽에 보관합니다. 다음으로, 우리 시설이 이미저에서 수확 계획으로 플레이트를 제거하고 CrystalDirect 로봇으로 전송할 운영자.크리스탈 수확이 완료되면 샘플을 포함하는 퍽을 CX 100 Dewar에 배치하거나 선택한 싱크로트론으로 옮겨갑니다. 냉동 냉각 샘플을 검사하려면 크리스탈 매니저 메뉴를 열고 수확된 크리스탈을 선택합니다. 수확된 결정핀의 이미지를 포함한 수확 과정의 이미지를 사용할 수 있습니다.X선 회절 분석을 위한 샘플 발송물을 만들려면 발송 메뉴를 열고 발송물 생성을 클릭하여 관심 있는 싱크로트론과 가방 번호를 선택합니다. 완전히 자동화된 빔라인에서 데이터 수집을 위한 미리 정의된 매개 변수뿐만 아니라 데이터 수집을 지원하는 주석도 입력할 수 있습니다. HDX 랩은 또한 완전히 자동화된 대규모 조각 스크리닝에 대한 액세스를 제공합니다.글로벌 데이터 처리 및 적중 식별을 위한 CRIMS 리소스는 단일 프로젝트에서 수백~수천 개의 데이터 집합을 통해 결과를 신속하게 평가하고 우선 순위를 정할 수 있도록 합니다. CRIMS는 Synchrotron 정보 관리 시스템과 통신하고 실제 회절 실험에 대한 정보를 검색합니다. 크리스탈 관리자 메뉴를 열고 결정 회절 데이터를 선택하여 요약 정보와 Synchrotron에서 초기 데이터 처리 결과를 볼 수 있습니다.이 대표적인 분석에서, 자동화된 결정학 파이프라인은 다른 단백질의 구조적 식별을 위해 입증된 바와 같이 사용되었다. 관찰된 바와 같이, 병원성 박테리아로부터 프로테아제의 세 가지 다른 확인 상태는 결정 선별 최적화 및 회절 측정의 급속한 연속 덕분에 매우 짧은 시간에 확인되었다. 이 파이프라인은 또한 최근에 트리파노소마 브루시의 여러 분단 부위에서 활성에 모두 바인딩, 조각의 식별에 적용되었다.파네실 파이로포스페이트는 인간 아프리카 의 트라이파노소미증을 유발하는 기생충의 주요 효소이다. 이 공정은 결정 성장과 측정 사이의 지연을 최소화하여 진행을 가속화합니다. 또한 과학자들이 크리스탈 처리 및 빔 라인 작동 렌더링 결정예 촬영과 같은 복잡한 작업에서 과학자를 해방하여 비 전문가가 더 쉽게 접근할 수 있습니다.이 접근은 번역 연구를 육성하고 약 발견의 과정을 가속화하는 데 기여할 수 있습니다. 더 많은 수의 표적에 대해 더 좋고 안전한 약물의 개발에 기여합니다.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Preparation and Delivery of Protein Microcrystals in Lipidic Cubic Phase for Serial Femtosecond Crystallography

준비 및 직렬 펨토초 결정학에 대한 지질 큐빅 단계에서 단백질 미세 배달

Membrane proteins (MPs) are essential components of cellular membranes and primary drug targets. Rational drug design relies on precise structural ...

연구

생화학

Automated Protocols for Macromolecular Crystallization at the MRC Laboratory of Molecular Biology

분자 생물학의 MRC 실험실에서 고분자 결정에 대 한 프로토콜을 자동

When high quality crystals are obtained that diffract X-rays, the crystal structure may be solved at near atomic resolution. The conditions to crystallize ...

Characterization of Glycoproteins with the Immunoglobulin Fold by X-Ray Crystallography and Biophysical Techniques

X 선 결정학 및 생물 기술에 의해 면역 글로불린 겹와 Glycoproteins의 특성

Glycoproteins on the surface of cells play critical roles in cellular function, including signalling, adhesion and transport. On leukocytes, several of ...

Preparation of Chloroplast Sub-compartments from Arabidopsis for the Analysis of Protein Localization by Immunoblotting or Proteomics

단백질 지 방화 Immunoblotting 또는 단백질의 분석에 대 한 애기에서 엽록체 하위 구획의 준비

Chloroplasts are major components of plant cells. Such plastids fulfill many crucial functions, such as assimilation of carbon, sulfur and nitrogen as ...

Structure Solution of the Fluorescent Protein Cerulean Using MeshAndCollect

MeshAndCollect를 사용 하 여 형광 단백질 리안의 구조 솔루션

X-ray crystallography is the major technique used to obtain high resolution information concerning the 3-dimensional structures of biological ...

Fully Autonomous Characterization and Data Collection from Crystals of Biological Macromolecules

완전히 자치 특성화 및 생물학 고분자의 결정에서 데이터 수집

High-brilliance X-ray beams coupled with automation have&#160;led to the use of synchrotron-based macromolecular X-ray crystallography (MX) beamlines for ...

Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP) for RNA Isolation from Endothelial Cells In Vivo

Translating Ribosome Affinity Purification TRAP for RNA Isolation from Endothelial Cells In Vivo

생체 내피 세포에서 RNA 격리를 위한 리보솜 친화성 정제(TRAP) 번역

Many studies have been limited to using in vitro cellular assays and whole tissues or isolating of specific cell types from animals for in vitro analysis ...

Cell Culture on Silicon Nitride Membranes and Cryopreparation for Synchrotron X-ray Fluorescence Nano-analysis

싱크로트론 X선 형광 나노 분석을 위한 실리콘 질화물 멤브레인의 세포 배양 및 저온 준비

Very little is known about the distribution of metal ions at the subcellular level. However, those chemical elements have essential regulatory functions ...

Analysis of SEC-SAXS data via EFA deconvolution and Scatter

EFA 감소 및 분산을 통한 SEC-SAXS 데이터 분석

BioSAXS is a popular technique used in molecular and structural biology to determine the solution structure, particle size and shape, surface-to-volume ...