Name: identification of antibacterial immunity proteins in escherichia coli using maldi-tof-tof-ms/ms and top-down proteomic analysis
Uploaded: 2021-05-23T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Identification of Antibacterial Immunity Proteins in Escherichia coli using MALDI-TOF-TOF-MS/MS and Top-Down Proteomic Analysis at JoVE.com

Protein Biomarker Seeker software er frit tilgængelig (uden omkostninger) ved at kontakte Clifton K. Fagerquist på clifton.fagerquist@usda.gov. Vi ønsker at anerkende støtte til denne forskning af ARS, USDA, CRIS tilskud: 2030-42000-051-00-D.

1. Mikrobiologisk prøvepræparat
<ol><li>Pod 25 mL Luria bouillon (LB) i et 50 mL konisk rør med E. coli O113:H21 stamme RM7788 (eller en anden bakteriestamme) fra en glycerol lager ved hjælp af en steril 1 μL loop. Røret og prækulturen skal begrænses ved 37 °C med rystelser (200 omdrejninger) i 4 timer.</li>
	<li>Aliquot 100 μL af prækulturel bouillon og spredes på en LB agarplade suppleret med 400 eller 800 ng/mL mitomycin-C. Kultur agarplader statisk natten over i en inkubator ved 37 °C. FORS...

Overvejelser i forbindelse med protokoller De primære styrker ved den nuværende protokol er dens hastighed, enkelhed prøve forberedelse, og brug af et instrument, der er relativt let at betjene, trænes på, og vedligeholde. Selvom bottom-up og top-down proteomisk analyse af flydende kromatografi-ESI-HR-MS er allestedsnærværende og langt overlegen i mange henseender til top-down af MALDI-TOF-TOF, de kræver mere tid, arbejdskraft og ekspertise. Instrumentets kompleksitet kan ofte påvirke, om vis...

Analyse og identifikation af ufordøjede proteiner ved massespektrometri kaldes top-down proteomisk analyse1,2,3,4. Det er nu en etableret teknik, der udnytter elektrosprayionisering (ESI)5 og høj opløsning masseanalysatorer6, og sofistikerede dissociation teknikker, fx elektron overførsel dissociation (ETD), elektron fange dissociation (ECD)7, ultraviolet foto-dissociation (UV-PD)8,osv.
Den anden bløde ionisering teknik er matrix-assisteret laser desorption / ionisering (MALDI)9,10,11, der har været mindre omfattende udnyttet til top-down analyse, dels fordi det primært er koblet til time-of-flight (TOF) masseanalysatorer, som har begrænset opløsning i forhold til andre masseanalysatorer. På trods af disse begrænsninger er MALDI-TOF- og MALDI-TOF-TOF-TOF-instrumenter blevet udnyttet til den hurtige top-down-analyse af rene proteiner og fraktionerede og ufraktionerede blandinger af proteiner. Til identifikation af rene proteiner er in-source henfald (ISD) en særlig nyttig teknik, fordi det giver mulighed for massespektrometri (MS) analyse af ISD-fragmentioner samt tandemmassespektrometri (MS / MS) af proteinionfragmenter, der giver sekvensspecifikt fragment ofte fra N- og C-termini af målproteinet, svarende til Edman-sekventering12,13 . En ulempe ved ISD-tilgangen er, at som i Edman-sekventering må prøven kun indeholde ét protein. Det ene proteinbehov skyldes behovet for entydig tilskrivning af fragmentioner til en prækursorion. Hvis der er to eller flere proteiner til stede i en prøve, kan det være vanskeligt at tildele hvilke fragmentioner, der tilhører hvilke forstadier.
Fragmention/prækursorion kan afhjælpes ved hjælp af MALDI-TOF-TOF-MS/MS. Som med ethvert klassisk MS/MS-eksperiment massevalgtes/isoleres prækursorer før fragmentering, og de fundne fragmentioner kan tilskrives en bestemt forløberion. De dissociationsteknikker, der er tilgængelige for denne fremgangsmåde, er dog begrænset til primært højenergikollisionsinduceret dissociation (HE-CID)14 eller postkildeforrådnelse (PSD)15,16. HE-CID og PSD er mest effektive til fragmentering af peptider og små proteiner, og sekvensdækningen kan i nogle tilfælde begrænses. Desuden resulterer PSD i polypeptid rygradsspaltning (PBC) primært på C-terminalsiden af aspartiske og glutaminsyrerester ved et fænomen kaldet aspartsyreeffekten17,18,19,20.
MALDI-TOF-MS har også fundet en nicheapplikation i den taksonomiske identifikation af mikroorganismer: bakterier21, svampe22og vira23. For eksempel bruges MS-spektre til at identificere ukendte bakterier i forhold til et referencebibliotek af MS-spektre af kendte bakterier ved hjælp af mønstergenkendelsesalgoritmer til sammenligning. Denne tilgang har vist sig at være en stor succes på grund af dens hastighed og enkelhed, selv om den kræver en dyrkning fra den ene dag til den anden af isolaten. De proteinioner , der påvises ved denne fremgangsmåde (normalt under 20 kDa), omfatter et MS-fingeraftryk, der muliggør taksonomisk opløsning på slægts- og artsniveau og i nogle tilfælde på underarten24 og stammeniveau25,26. Der er dog stadig behov for ikke kun taksonomisk at klassificere potentielt patogene mikroorganismer, men også identificere specifikke virulensfaktorer, toksiner og antimikrobiel resistens (AMR) faktorer. For at opnå dette måles massen af peptider, proteiner eller små molekyler af MS og efterfølgende isoleres og fragmenteret af MS / MS.
Patogene bakterier bærer ofte cirkulære stykker DNA kaldet plasmider. Plasmider, sammen med prophages, er en vigtig vektor af horisontal genoverførsel mellem bakterier og er ansvarlige for den hurtige spredning af antimikrobiel resistens og andre virulensfaktorer på tværs af bakterier. Plasmider kan også bære antibakterielle (AB) gener, f.eks. Når disse gener udtrykkes og proteinerne udskilles, virker de for at deaktivere proteinoversættelsesmaskineriet af nabobakterier, der besætter den samme miljømæssige niche27. Men disse bakteriedræbende enzymer kan også udgøre en risiko for værten, der producerede dem. Som følge heraf udtrykkes et gen i samerklæring af værten, der specifikt hæmmer funktionen af et AB-enzym og kaldes dets immunitetsprotein (Im).
DNA-skadelige antibiotika såsom mitomycin-C og ciprofloxacin bruges ofte til at fremkalde SOS-respons i Shiga toksinproducerende E. coli (STEC), hvis Shiga toksingen (stx) findes i et prophage-genom, der findes i bakteriegenomet28. Vi har brugt antibiotikainduktion, MALDI-TOF-TOF-MS/MS og top-down proteomisk analyse tidligere til at opdage og identificere Stx-typer og undertyper produceret af STEC-stammer29,30,31,32. I det foregående arbejde blev STEC O113:H21 stamme RM7788 kulturret natten over på agar medier suppleret med mitomycin-C. Men i stedet for at opdage den forventede B-underenhed af Stx2a på m / z ~7816, en anden protein ion blev opdaget på m / z ~ 7839 og identificeret som en plasmid-kodet hypotetisk protein af ukendt funktion33. I det nuværende arbejde identificerede vi to plasmid-kodede AB-Im proteiner produceret af denne stamme ved hjælp af antibiotikainduktion, MALDI-TOF-TOF-MS/ MS og top-down proteomisk analyse ved hjælp af standalone software udviklet til at behandle og scanne i silicoproteinsekvenser afledt af hele genomsekvensering (WGS). Desuden blev muligheden for post-oversættelsesændringer (PTM), der involverer sekvensafkortning, indarbejdet i softwaren. Immunitetsproteinerne blev identificeret ved hjælp af denne software fra den målte masse af den modne proteinion og sekvensspecifikke fragmentioner fra PBC forårsaget af aspartsyreeffekten og denekteret af MS/MS-PSD. Endelig blev en promotor identificeret opstrøms AB / Im gener i et plasmid genom, der kan forklare udtrykket af disse gener, når denne stamme udsættes for et DNA-skadeligt antibiotikum. Dele af dette arbejde blev præsenteret på National American Chemical Society Fall 2020 Virtual Meeting &Expo (17.-20. august 2020)34.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>4000 Series Explorer software</td>
			<td>AB Sciex</td>
			<td>Version 3.5.3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4800 Plus MALDI TOF/TOF Analyzer</td>
			<td>AB Sciex</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile Optima LC/MS grade</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A996-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BSL-2 biohazard cabinet</td>
			<td>The Baker Company</td>
			<td>SG403A-HE</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cytochrome-C</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>C2867-10MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Data Explorer software</td>
			<td>AB Sciex</td>
			<td>Version 4.9</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Focus Protein Reduction-Alkylation kit</td>
			<td>G-Biosciences</td>
			<td>786-231</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GPMAW software</td>
			<td>Lighthouse Data</td>
			<td>Version 10.0</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubator</td>
			<td>VWR</td>
			<td>9120973</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB Agar</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>22700-025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Luria Broth</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>12795-027</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lysozyme</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>L4919-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge Tubes, 2 mL, screw-cap, O-ring</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>02-681-343</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MiniSpin Plus Centrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22620207</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mitomycin-C (from streptomyces)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M0440-5MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Myoglobin</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>M5696-100MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaker MaxQ 420HP Model 420</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>Model 420</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sinapinic acid</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>1861580</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile 1 uL loops</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>22-363-595</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thioredoxin (E. coli, recombinant)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T0910-1MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trifluoroacetic acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>299537-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water Optima LC/MS grade</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>W6-4</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

identification of antibacterial immunity proteins in escherichia coli using maldi-tof-tof-ms/ms and top-down proteomic analysis

Denne protokol identificerer immunitetsproteinerne i de bakteriedræbende enzymer: kolikin E3 og baktericin, produceret af en patogen Escherichia coli-stamme ved hjælp af antibiotikainduktion, og identificeret af MALDI-TOF-TOF tandem massespektrometri og top-down proteomisk analyse med software udviklet internt. Immunitetsproteinet af kolikin E3 (Im3) og bakterieproteinet af bakterien (Im-Bac) blev identificeret fra fremtrædende b- og/eller y-type fragmentioner genereret af polypeptid rygradsspalteren (PBC) på C-terminalsiden af aspartsyre, glutaminsyre og asparaginerester ved fragmenteringsmekanismen for aspartsyreeffekt. Softwaren scanner hurtigt i silicoproteinsekvenser afledt af hele genomsekvenseringen af bakteriestammen. Softwaren fjerner også iterativt aminosyrerester af en proteinsekvens i tilfælde af, at den modne proteinsekvens afkortes. En enkelt protein sekvens besad masse og fragmentioner i overensstemmelse med dem, der påvises for hver immunitet protein. Kandidatsekvensen blev derefter manuelt inspiceret for at bekræfte, at alle fundne fragmentioner kunne tildeles. N-terminal methionine af Im3 blev post-translationelt fjernet, mens Im-Bac havde den komplette sekvens. Derudover fandt vi, at kun to eller tre ikke-komplementære fragmentioner dannet af PBC er nødvendige for at identificere den korrekte proteinsekvens. Endelig blev en promotor (SOS box) identificeret opstrøms antibakterielle og immunitet gener i en plasmid genom af bakteriestammen.

Figur 3 (øverste panel) viser MS af STEC O113:H21 stamme RM7788 dyrkes natten over på LBA suppleret med 400 ng/mL mitomycin-C. Toppe ved m/z 7276, 7337 og 7841 var tidligere blevet identificeret som koldchokprotein C (CspC), koldchokprotein E (CspE) og et plasmidbåren protein med ukendt funktion henholdsvis33. Proteinionen ved m/z 9780 [M+H]+ blev analyseret af MS/MS-PSD som vist i figur 3 (bundpanel). Forløberen ion blev i...

Watch this Scientific Journal Video about Identification of Antibacterial Immunity Proteins in Escherichia coli using MALDI-TOF-TOF-MS/MS and Top-Down Proteomic Analysis at JoVE.com

Identification of Antibacterial Immunity Proteins in Escherichia coli using MALDI-TOF-TOF-MS/MS and Top-Down Proteomic Analysis

Her præsenterer vi en protokol for hurtig identifikation af proteiner produceret af genomisk sekventeret patogene bakterier ved hjælp af MALDI-TOF-TOF tandem massespektrometri og top-down proteomisk analyse med software udviklet in-house. Metastable proteinioner fragment på grund af aspartsyre effekt og denne specificitet udnyttes til protein identifikation.

Identifikation af antibakterielle immunitetsproteiner i Escherichia coli ved hjælp af MALDI-TOF-TOF-MS/MS og Top-Down Proteomisk analyse

This protocol identifies the immunity proteins of the bactericidal enzymes: colicin E3 and bacteriocin, produced by a pathogenic Escherichia coli strain ...

Protokollen demonstrerer en hurtig metode til identifikation af bakterieproteiner ved hjælp af antibiotika induktion og massespektrometri. Den største fordel ved teknikken er det hastighed og enkelhed. Prøveforberedelsen er ukompliceret.Teknikken kan udvides til karakterisering af patogene bakterier, såsom virulensfaktorer eller antibiotikaresistens for bedre at informere passende behandling for en bakteriel infektion. Til at begynde med skal du bruge en steril en mikroliter løkke til at høste bakterier fra enkelte kolonier dyrket på LB agar plade. Og overførsel til en to milliliter O-ring linje skrue cap mikrocentrifuge rør, der indeholder 300 mikroliter af HPLC-grade vand.Derefter kortvarigt vortex røret og pellet cellerne ved centrifugering, på en 0,75 mikroliter relikvie vand af prøven supernatant på rustfrit stål MALDI Target, og lad det tørre. Overlejr det tørrede prøvested med 0,75 mikroliter af en mættet opløsning af sinapinsyre fremstillet i 33%acetonitril, 67% vand og 0,2% trifluoracetisk syre, og lad stedet tørre. Når stedet er tørret, skal du indlæse målet i massespektrometeret.Åbn anskaffelsessoftwaren, og klik på MS Linear Mode Acquisition Eller masse-til-opladningsområde og masse-til-opladning af de nedre og øvre grænser ind i deres respektive felter. Klik på prøvepletten for at blive analyseret på MALDI-målskabelonen. Tryk derefter på venstre museknap, og træk markøren hen over prøvepletten for at angive det rektangulære område, der skal udtages prøver af til en laserablation eller ionisering.Slip museknappen for at starte erhvervelsen og indsamle 1000 laser skud for hver prøve stedet. Hvis der ikke registreres ioner, øges laserintensiteten ved at justere skydeskalalinjen under laserintensitet, indtil proteinionsignalet er detekteret. Når anskaffelsen af MS Linear Mode er fuldført, skal du klikke på erhvervelsen af MS/MS Reflectron-tilstand.Indtast forkursmassen, der skal analyseres i forløbermassefeltet. Indtast derefter en isolationsbredde i daltons i precursormassevinduet for den lave og høje masseside af forløbermassen. Klik på knappen CID Fra.Klik derefter på knappen Metastable Suppressor On. Juster laserintensiteten til mindst 90 % af den maksimale værdi ved at justere skydeskalalinjen som demonstreret. Klik på prøve stedet, der skal analyseres på MALDI mål skabelon, derefter trykke på venstre museknap, og trække markøren hen over prøven stedet for at angive rektangulære område, der skal udtages prøver for laser ablation eller ionisering, frigive museknappen til at indlede erhvervelse og indsamle 10.000 laser skud for hver prøve stedet som demonstreret.Dobbeltklik på den eksekverbare fil til Protein Biomarker Seeker, og det grafiske brugergrænsefladevindue vises. Indtast massen af proteinbiomarkøren i feltet Ældre proteinmasse og massemålingsfejlen i massetolerancefeltet. Du kan også klikke på knappen Gratis b/y ion Protein Mass Calculator for at beregne proteinmassen ud fra et putativt gratis fragmentionpar, og pop-up-vinduet i Protein Mass Calculator Tool vises.Indtast masse til opladning forholdet mellem putative gratis fragment ion par, skal du klikke på knappen Tilføj par, og Lommeregner Protein Mass vises. Kopier indsæt denne værdi i feltet Ældre proteinmasse, og luk værktøjsvinduet Protein Mass Calculator. Klik på feltet Angiv restbegrænsning.Vælg slutterminalsignalets peptidlængde, og pop-up'en med en glidende skala og markør vises og flytter markøren til den ønskede signalpeptidlængde. Hvis signal peptid længde ikke er valgt, en ubegrænset sekvens afkortning vil blive udført af softwaren. Under fragmentionstilstanden skal du vælge resterne til polypeptidgradspalte ved at klikke på felterne med en eller flere rester, D-E-N og/eller P.Og derefter klikke på knappen Enter Fragment Ions Plus One for at blive søgt, hvorefter pop op-fragmentsiden vises.Klik derefter på knappen Tilføj fragmention, og der vises et rullelistefelt for hver fragmention, der skal indtastes. Angiv massen efter ladningsforhold for fragmentionerne og deres tilknyttede masse ved ladningstolerance. Klik derefter på knappen Gem og luk.Rul i højre sideboks i Hvor mange fragmentions, der skal matches, for at vælge det mindste antal fragmentioner, der skal matches til identifikation, og vælg cysteinresterne i deres oxiderede tilstand. Hvis proteinerne ikke er identificeret efter søgningen, gentag søgningen med cysteiner i deres reducerede tilstand. Under Filopsætning skal du klikke på ikonet Vælg FASTA-fil for at gennemse og vælge FASTA-filen, der indeholder de i silicoproteinsekvenser af bakteriestammen, der tidligere er konstrueret.Vælg derefter en outputmappe, og opret et outputfilnavn. Klik på ikonet Kør søgning på filposter. Der vises et pop op-vindue med titlen Bekræft søgeparametre, der viser søgeparametrene, før søgningen startes.Og hvis søgeparametrene er korrekte, skal du klikke på Start søgning. Hvis parametrene er forkerte, skal du klikke på Annuller og angive de korrekte parametre igen. Når søgningen er startet, lukkes parametervinduet, og der vises et nyt pop op-vindue med en statuslinje, der viser søgningens fremdrift og en løbende optælling af antallet af fundne identifikationer.Når søgningen er fuldført, lukkes statuslinjen automatisk, og der vises en oversigt over søgningen i logfeltet i den grafiske brugergrænseflade sammen med et nyt pop op-vindue, der viser de fundne proteinidentifikationer. I den aktuelle undersøgelse blev bakteriekulturer dyrket i LB med to forskellige koncentrationer af mytomycin-C. Massespektret af bakteriekultur dyrket med en mytomycin-C koncentration.Koldt chokprotein C, koldt chokprotein E og et plasmidbåren protein af ukendt funktion blev identificeret. Den ukendte proteinion ved 9780 blev analyseret af MS / MS, Og forløberen ion blev isoleret med en tid ion selector vindue på ca 100 daltons. Fragmentionen ved masse til at oplade 9675,9 er afsmitning fra dissociationen af metastable protein ion ved 9655.Rækkefølgen af immunitetsproteinet til kolikin E3 indeholder grundlæggende rester mulige steder for ionisering. Fragmentionerne opdaget fra polypeptid rygrad kavalergang, når den reducerede form for cystein blev brugt under søgningen. N-terminal methionin fjernes som en post oversættelse modifikation.Når bakteriekulturen blev dyrket ved en høj mytomycin-C koncentration, immunitet protein af baktericin blev identificeret. Den ukendte top ved 9651 blev analyseret af MS/MS, og forløberen blev isoleret med et smallere og asymmetrisk TIS-vindue på minus 75 plus 60 dalton. Rækkefølgen af bakteriens immunitetsprotein indeholder grundlæggende rester mulige steder for ionisering.Fragmentionerne opdaget fra polypeptid rygrad kavalergang, når den reducerede form for cystein blev brugt under søgningen. med de forskellige koncentrationer af antibiotika, relativ protein overflod kan variere. Og disse blev analyseret ved hjælp af massespektrometri.Ved høst af bakterieceller skal du observere kolonimorfologi og bakterievækst med hensyn til antibiotika og koncentration. En 1 mikroliter sløjfe af celler er nødvendig for at opdage proteiner.

Research

JoVE Journal

Chemistry

Identification of Antibacterial Immunity Proteins in Escherichia coli using MALDI-TOF-TOF-MS/MS and Top-Down Proteomic Analysis

Qualitative Identification of Carboxylic Acids, Boronic Acids, and Amines Using Cruciform Fluorophores

Kvalitativ Identifikation af carboxylsyrer, borsyrer og Aminer Brug korsformede Fluoroforer

Molecular cruciforms are X-shaped systems in which two conjugation axes intersect at a central core. If one axis of these molecules is substituted with ...

Optimization of Synthetic Proteins: Identification of Interpositional Dependencies Indicating Structurally and/or Functionally Linked Residues

Optimering af syntetiske Proteiner: Identifikation af Interpositional Afhængigheder Angivelse Strukturelt og / eller funktionelt knyttet Rester

Protein alignments are commonly used to evaluate the similarity of protein residues, and the derived consensus sequence used for identifying functional ...

Sequencing of Plant Wall Heteroxylans Using Enzymic, Chemical (Methylation) and Physical (Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance) Techniques

Sequencing of Plant Wall Heteroxylans Using Enzymic, Chemical Methylation and Physical Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance Techniques

Sekventering af Plant Wall Heteroxylans Brug Enzymatisk, Chemical (Methylering) og fysiske (massespektrometri Nuclear Magnetic Resonance) Teknikker

This protocol describes the specific techniques used for the characterization of reducing end (RE) and internal region glycosyl sequence(s) of ...

Rapid High-throughput Species Identification of Botanical Material Using Direct Analysis in Real Time High Resolution Mass Spectrometry

Hurtig High-throughput Arter Identifikation af Botanisk Materiale Brug Direct Analyse i Real Time High Resolution massespektrometri

We demonstrate that direct analysis in real time-high resolution mass spectrometry can be used to produce mass spectral profiles of botanical material, ...

Using Capillary Electrophoresis to Quantify Organic Acids from Plant Tissue: A Test Case Examining Coffea arabica Seeds

Using Capillary Electrophoresis to Quantify Organic Acids from Plant Tissue: A Test Case Examining Coffea arabica Seeds

Brug kapillarelektroforese at kvantificere organiske syrer fra Plant Tissue: En Test Case Undersøgelse<em&gt; Ægte kaffe</em&gt; Frø

Carboxylic acids are organic acids containing one or more terminal carboxyl (COOH) functional groups. Short chain carboxylic acids (SCCAs; carboxylic ...

In Situ Detection and Single Cell Quantification of Metal Oxide Nanoparticles Using Nuclear Microprobe Analysis

In Situ Detection and Single Cell Quantification of Metal Oxide Nanoparticles Using Nuclear Microprobe Analysis

In Situ Påvisning og enkelt celle kvantificering af Metal metaloxid bruger nukleare Microprobe analyse

Micro-analytical techniques based on chemical element imaging enable the localization and quantification of chemical composition at the cellular level. ...

DNA-magnetic Particle Binding Analysis by Dynamic and Electrophoretic Light Scattering

DNA-magnetiske partikel bindende analyse af dynamiske og elektroforese lysspredning

Isolation of DNA using magnetic particles is a field of high importance in biotechnology and molecular biology research. This protocol describes the ...

Large-scale Top-down Proteomics Using Capillary Zone Electrophoresis Tandem Mass Spectrometry

Storstilet Top-down Proteomics brug af kapillar Zone elektroforese Tandem massespektrometri

Capillary zone electrophoresis-electrospray ionization-tandem mass spectrometry (CZE-ESI-MS/MS) has been recognized as a useful tool for top-down ...

Escherichia coli-Based Cell-Free Protein Synthesis: Protocols for a robust, flexible, and accessible platform technology

Escherichia coli-Based Cell-Free Protein Synthesis: Protocols for a robust, flexible, and accessible platform technology

Escherichia coli-baseret celle-fri proteinsyntesen: protokoller for en robust, fleksibel og tilgængelig platformteknologi

Over the last 50 years, Cell-Free Protein Synthesis (CFPS) has emerged as a powerful technology to harness the transcriptional and translational capacity ...