Name: identification of antibacterial immunity proteins in escherichia coli using maldi-tof-tof-ms/ms and top-down proteomic analysis
Uploaded: 2021-05-23T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Identification of Antibacterial Immunity Proteins in Escherichia coli using MALDI-TOF-TOF-MS/MS and Top-Down Proteomic Analysis at JoVE.com

Protein Biomarker Seeker programvare er fritt tilgjengelig (uten kostnad) ved å kontakte Clifton K. Fagerquist på clifton.fagerquist@usda.gov. Vi ønsker å anerkjenne støtte til denne forskningen av ARS, USDA, CRIS grant: 2030-42000-051-00-D.

1. Mikrobiologisk prøvepreparering
<ol><li>Inokuler 25 ml Luria buljong (LB) i et 50 ml konisk rør med E. coli O113:H21 stamme RM7788 (eller en annen bakteriestamme) fra en glyserolbestand ved hjelp av en steril 1 μL sløyfe. Hette røret og prekulturen ved 37 °C med risting (200 o/min) i 4 timer.</li>
	<li>Aliquot 100 μL pre-kultivert buljong og spredt på en LB agar plate supplert med 400 eller 800 ng / ml mitomycin-C. Kultur agar plater statisk over natten i en inkubator ved 37 °C. FORSIKTIG: STEC-...

Hensyn ved protokollen De primære styrkene til den nåværende protokollen er hastigheten, enkelheten i prøvepreparering og bruk av et instrument som er relativt enkelt å betjene, trenes på og vedlikeholde. Selv om bunn- og ovenfra-og-ned proteomisk analyse av flytende kromatografi-ESI-HR-MS er allestedsnærværende og langt bedre på mange måter til ovenfra og ned av MALDI-TOF-TOF, krever de mer tid, arbeidskraft og kompetanse. Instrumentkompleksitet kan ofte påvirke om visse instrumentplattfor...

Analyse og identifisering av ufordøyde proteiner ved massespektrometri kalles ovenfra og ned proteomisk analyse1,2,3,4. Det er nå en etablert teknikk som benytter elektrosprayionisering (ESI)5 og høyoppløselige masseanalysatorer6, og sofistikerte dissosiasjonsteknikker, for eksempel elektronoverføringsdissosiasjon (ETD), elektronfangst dissosiasjon (ECD)7, ultrafiolett foto-dissosiasjon (UV-PD)8, etc.
Den andre myke ioniseringsteknikken er matriseassistert laseravledning / ionisering (MALDI)9,10,11 som har blitt mindre utnyttet for ovenfra-og-ned-analysen, delvis fordi den hovedsakelig er koblet til tof-masseanalysatorer, som har begrenset oppløsning sammenlignet med andre masseanalysatorer. Til tross for disse begrensningene har MALDI-TOF- og MALDI-TOF-TOF-instrumenter blitt utnyttet for rask ovenfra-og-ned-analyse av rene proteiner og fraksjonerte og fraksjonerte blandinger av proteiner. For identifisering av rene proteiner er in-source decay (ISD) en spesielt nyttig teknikk fordi den tillater massespektrometri (MS) analyse av ISD-fragmentioner, samt tandemmassespektrometri (MS / MS) av proteinionfragmenter som gir sekvensspesifikt fragment ofte fra N- og C-termini av målproteinet, analogt med Edman-sekvensering12,13 . En ulempe med ISD-tilnærmingen er at, som i Edman-sekvensering, må prøven bare inneholde ett protein. Det ene proteinkravet skyldes behovet for entydig tilskrivelse av fragmentioner til en forløperion. Hvis to eller flere proteiner er til stede i en prøve, kan det være vanskelig å tildele hvilke fragmentioner som tilhører hvilke forløperioner.
Fragmention-/forløper-attribusjon kan adresseres ved hjelp av MALDI-TOF-TOF-MS/MS. Som med alle klassiske MS/MS-eksperimenter, er forløperioner massevalgt/isolert før fragmentering, og fragmentjonene som oppdages kan tilskrives en bestemt forløperion. Dissosiasjonsteknikkene som er tilgjengelige for denne tilnærmingen, er imidlertid begrenset til primært høyenergikollisjonsindusert dissosiasjon (HE-CID)14 eller forfall etter kilden (PSD)15,16. HE-CID og PSD er mest effektive til fragmentering av peptider og små proteiner, og sekvensdekningen kan i noen tilfeller begrenses. I tillegg resulterer PSD i polypeptid ryggrad spalting (PBC) primært på C-terminalsiden av aspartic og glutaminsyrerester av et fenomen som kalles aspartinsyreeffekten17,18,19,20.
MALDI-TOF-MS har også funnet en nisjeapplikasjon i taksonomisk identifisering av mikroorganismer: bakterier21, sopp22og virus23. For eksempel brukes MS-spektra til å identifisere ukjente bakterier sammenlignet med et referansebibliotek med MS-spektra av kjente bakterier ved hjelp av mønstergjenkjenningsalgoritmer til sammenligning. Denne tilnærmingen har vist seg svært vellykket på grunn av sin hastighet og enkelhet, selv om det krever en nattlig dyrking av isolasjonen. Proteinionene som oppdages av denne tilnærmingen (vanligvis under 20 kDa) består av et MS-fingeravtrykk som tillater taksonomisk oppløsning på slekts- og artsnivå og i noen tilfeller på underarten24 og belastningsnivå25,26. Imidlertid er det fortsatt behov for ikke bare taksonomisk klassifisere potensielt patogene mikroorganismer, men også identifisere spesifikke virulensfaktorer, toksiner og antimikrobielle resistensfaktorer (AMR). For å oppnå dette måles massen av peptider, proteiner eller små molekyler av MS og deretter isoleres og fragmenteres av MS / MS.
Patogene bakterier bærer ofte sirkulære biter av DNA kalt plasmider. Plasmider, sammen med prophages, er en stor vektor av horisontal genoverføring mellom bakterier og er ansvarlige for rask spredning av antimikrobiell motstand og andre virulensfaktorer på tvers av bakterier. Plasmider kan også bære antibakterielle (AB) gener, f.eks. Når disse genene uttrykkes og proteinene utskilles, virker de for å deaktivere proteinoversettelsesmaskineriet til nærliggende bakterier som opptar samme miljønisje27. Imidlertid kan disse bakteriedrepende enzymene også utgjøre en risiko for verten som produserte dem. Som en konsekvens er et gen co-uttrykt av verten som spesifikt hemmer funksjonen til et AB-enzym og kalles immunitetsproteinet (Im).
DNA-skadelige antibiotika som mitomycin-C og ciprofloxacin brukes ofte til å indusere SOS-responsen i Shiga toksinproduserende E. coli (STEC) hvis Shiga toksingen (stx) finnes i et prophagegenom tilstede i bakteriegenomet28. Vi har brukt antibiotikainduksjon, MALDIV-TOF-TOF-MS/MS, og ovenfra og ned proteomisk analyse tidligere for å oppdage og identifisere Stx-typer og undertyper produsert av STEC-stammer29,30,31,32. I det forrige arbeidet ble STEC O113:H21-stammen RM7788 dyrket over natten på agarmedier supplert med mitomycin-C. Men i stedet for å oppdage den forventede B-underenheten av Stx2a ved m/z ~7816, ble det påvist en annen proteinion ved m/z ~7839 og identifisert som et plasmidkodet hypotetisk protein av ukjent funksjon33. I det nåværende arbeidet identifiserte vi to plasmid-kodede AB-Im-proteiner produsert av denne stammen ved hjelp av antibiotikainduksjon, MALALDI-TOF-TOF-MS / MS, og ovenfra og ned proteomisk analyse ved hjelp av frittstående programvare utviklet for å behandle og skanne i silicoproteinsekvenser avledet fra fullgenomsekvensering (WGS). I tillegg ble muligheten for endringer etter oversettelse (PTM) som involverer sekvensavkorting innlemmet i programvaren. Immunitetsproteinene ble identifisert ved hjelp av denne programvaren fra den målte massen av den modne proteinionen og sekvensspesifikke fragmentioner fra PBC forårsaket av aspartinsyreeffekten og oppdaget av MS / MS-PSD. Til slutt ble en promotor identifisert oppstrøms ab / im gener i et plasmidgenom som kan forklare uttrykket av disse genene når denne stammen er utsatt for et DNA-skadelig antibiotika. Deler av dette arbeidet ble presentert på National American Chemical Society Høsten 2020 Virtual Meeting &Expo (17.-20. august 2020)34.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>4000 Series Explorer software</td>
			<td>AB Sciex</td>
			<td>Version 3.5.3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4800 Plus MALDI TOF/TOF Analyzer</td>
			<td>AB Sciex</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile Optima LC/MS grade</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A996-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BSL-2 biohazard cabinet</td>
			<td>The Baker Company</td>
			<td>SG403A-HE</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cytochrome-C</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>C2867-10MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Data Explorer software</td>
			<td>AB Sciex</td>
			<td>Version 4.9</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Focus Protein Reduction-Alkylation kit</td>
			<td>G-Biosciences</td>
			<td>786-231</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GPMAW software</td>
			<td>Lighthouse Data</td>
			<td>Version 10.0</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubator</td>
			<td>VWR</td>
			<td>9120973</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB Agar</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>22700-025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Luria Broth</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>12795-027</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lysozyme</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>L4919-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge Tubes, 2 mL, screw-cap, O-ring</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>02-681-343</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MiniSpin Plus Centrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22620207</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mitomycin-C (from streptomyces)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M0440-5MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Myoglobin</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>M5696-100MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaker MaxQ 420HP Model 420</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>Model 420</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sinapinic acid</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>1861580</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile 1 uL loops</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>22-363-595</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thioredoxin (E. coli, recombinant)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T0910-1MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trifluoroacetic acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>299537-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water Optima LC/MS grade</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>W6-4</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

identification of antibacterial immunity proteins in escherichia coli using maldi-tof-tof-ms/ms and top-down proteomic analysis

Denne protokollen identifiserer immunitetsproteinene til bakteriedrepende enzymer: kolikkin E3 og bakteriocin, produsert av en patogen Escherichia coli-stamme ved hjelp av antibiotikainduksjon, og identifisert av MALDI-TOF-TOF tandemmassespektrometri og ovenfra og ned proteomisk analyse med programvare utviklet internt. Immunitetsproteinet til kolikkin E3 (Im3) og immunitetsproteinet til bakteriocin (Im-Bac) ble identifisert fra fremtredende b- og/eller y-type fragmentioner generert av polypeptid ryggradsspalting (PBC) på C-terminalsiden av aspartiksyre, glutaminsyre og asparginrester av aspartic acid effekt fragmenteringsmekanismen. Programvaren skanner raskt i silicoproteinsekvenser avledet fra hele genomsekvenseringen av bakteriestammen. Programvaren fjerner også iterativt aminosyrerester av en proteinsekvens i tilfelle den modne proteinsekvensen avkortes. En enkelt proteinsekvens hadde masse- og fragmentioner som var i samsvar med de som ble oppdaget for hvert immunitetsprotein. Kandidatsekvensen ble deretter manuelt inspisert for å bekrefte at alle oppdagede fragmentioner kunne tilordnes. N-terminal methionine av Im3 ble post-translationally fjernet, mens Im-Bac hadde hele sekvensen. I tillegg fant vi ut at bare to eller tre ikke-komplementære fragmentioner dannet av PBC er nødvendige for å identifisere riktig proteinsekvens. Til slutt ble en promotor (SOS-boks) identifisert oppstrøms for antibakterielle og immunitetsgener i et plasmidgenom av bakteriestammen.

Figur 3 (topppanel) viser MS av STEC O113:H21-stammen RM7788 dyrket over natten på LBA supplert med 400 ng/ml mitomycin-C. Topper på m/z 7276, 7337 og 7841 var tidligere identifisert som kaldsjokkprotein C (CspC), kaldsjokkprotein E (CspE) og et plasmidbåren protein med ukjent funksjon, henholdsvis33. Proteinionen ved m/z 9780 [M+H]+ ble analysert av MS/MS-PSD som vist i figur 3 (nederste panel). Forløperionen ble isolert m...

Watch this Scientific Journal Video about Identification of Antibacterial Immunity Proteins in Escherichia coli using MALDI-TOF-TOF-MS/MS and Top-Down Proteomic Analysis at JoVE.com

Identification of Antibacterial Immunity Proteins in Escherichia coli using MALDI-TOF-TOF-MS/MS and Top-Down Proteomic Analysis

Her presenterer vi en protokoll for rask identifisering av proteiner produsert av genomisk sekvenserte patogene bakterier ved hjelp av MALDI-TOF-TOF tandemmassespektrometri og ovenfra og ned proteomisk analyse med programvare utviklet internt. Metastabile proteinioner fragmenterer på grunn av aspartiginsyreeffekten, og denne spesifisiteten utnyttes for proteinidentifikasjon.

Identifisering av antibakteriell immunitet Proteiner i Escherichia coli ved bruk av MALDI-TOF-TOF-MS/MS og Ovenfra og ned Proteomisk analyse

This protocol identifies the immunity proteins of the bactericidal enzymes: colicin E3 and bacteriocin, produced by a pathogenic Escherichia coli strain ...

Protokollen demonstrerer en rask metode for identifisering av bakterielle proteiner ved hjelp av antibiotikainduksjon og massespektrometri. Den største fordelen med teknikken er dens hastighet og enkelhet. Prøvepreparering er ukomplisert.Teknikken kan utvides til karakterisering av patogene bakterier, for eksempel virulensfaktorer eller antibiotikaresistens for bedre å informere passende behandling for en bakteriell infeksjon. Til å begynne med, bruk en steril en mikroliterløkke for å høste bakterier fra enkeltkolonier dyrket på LB agarplate. Og overfør til en to milliliter O-ring ring linje skrue cap microcentrifuge rør som inneholder 300 mikroliter HPLC-klasse vann.Deretter virveler du kort røret og pellets cellene ved sentrifugering, ved et 0,75 mikroliter relikvievann av prøven supernatant på MALDI-målet i rustfritt stål, og la det tørke. Overlegg det tørkede prøvestedet med 0,75 mikroliter av en mettet løsning av sinapinsyre tilberedt i 33% acetonitril, 67% vann og 0,2% trifluorolaktisk syre, og la stedet tørke. Når stedet er tørket, last målet i massespektrometeret.Åpne anskaffelsesprogramvaren og klikk ms linear mode acquisition eller masse-til-kostnad-område og masse-til-kostnad av nedre og øvre grenser i sine respektive felt. Klikk på eksempelpunktet som skal analyseres på Mal for Mal. Trykk deretter på venstre museknapp, og dra markøren over prøvepunktet for å angi det rektangulære området som skal prøves for en laserablasjon eller iionisering.Slipp museknappen for å starte oppkjøpet og samle inn 1000 laserbilder for hvert prøvepunkt. Hvis ioner ikke oppdages, øker laserintensiteten ved å justere glideskalalinjen under laserintensitet til proteinionsignalet oppdages. Når ms linear mode-anskaffelsen er fullført, klikker du på MS/MS Reflectron Mode Acquisition.Angi forløpermassen som skal analyseres, i feltet Forløpermasse. Deretter angir du en isolasjonsbredde i daltons i Precursor Mass-vinduet for den lave og høye massesiden av forløpermassen. Klikk CID Av -knappen.Klikk deretter knappen Metastable Suppressor On . Juster laserintensiteten til minst 90 % av maksimumsverdien ved å justere glideskalalinjen som vist. Klikk på prøvepunktet som skal analyseres på Mal for MALDI-mål, trykk deretter på venstre museknapp, og dra markøren over prøvepunktet for å angi det rektangulære området som skal prøves for laserablasjon eller ionisering, slipp museknappen for å starte oppkjøpet og samle 10 000 laserbilder for hvert prøvepunkt som vist.Dobbeltklikk på Protein Biomarker Seeker Executable File, og det grafiske brukergrensesnittvinduet vises. Angi massen av proteinbiomarkøren i feltet Moden proteinmasse, og massemålingsfeilen i Massetoleranse-feltet. Alternativt kan du klikke på Gratis b / y ion Protein Mass Calculator-knappen for å beregne proteinmassen fra et putativt gratis fragmentionpar, og popup-vinduet til Protein Mass Calculator Tool vises.Skriv inn masse-til-lading-forholdet til det putative gratis fragmentionparet, klikk på Legg til par-knappen, så vises Kalkulator Protein Mass. Kopier lim inn denne verdien i feltet Moden proteinmasse, og lukk verktøyvinduet For proteinmassekalkulator. Klikk på boksen Angi restbegrensning .Velg lengden på sluttterminalsignalets peptid, og popup-vinduet med glideskala og markør vises og flytt markøren til ønsket signalpeptidlengde. Hvis lengden på signalpeptidet ikke er valgt, utføres en ubegrenset sekvensavkorting av programvaren. Under Fragment Ion-tilstanden velger du rester for polypeptid ryggradsspalting ved å klikke på boksene til en eller flere rester, D-E-N og / eller P.Og klikk deretter på Enter Fragment Ions Plus One for å søke-knappen, og popup-fragmentsiden vises.Neste klikk på Legg til fragmention-knappen, og et rullegardinfelt vises for hver fragmention som skal legges inn. Angi massen etter gebyrforhold for fragmentionene og tilhørende masse etter ladetoleranse. Klikk deretter på Lagre og lukk-knappen.I boksen til høyre for Hvor mange fragmentioner som må sammenlignes, blar du for å velge det minste antallet fragmentioner som må samsvares for identifikasjon, og velger cysteinrester i oksidasjonstilstand. Hvis proteinene ikke identifiseres etter søket, gjenta søket med cysteiner i redusert tilstand. Under filoppsettet klikker du på Velg FASTA-filikonet for å bla gjennom og velge FASTA-filen som inneholder i silicoproteinsekvenser av bakteriestammen som tidligere var konstruert.Velg deretter en utdatamappe og opprett et utdatafilnavn. Klikk på ikonet Kjør søk på filoppføringer. Et popup-vindu vises med tittelen Bekreft søkeparametere som viser søkeparameterne før søket startes.Og hvis søkeparameterne er riktige, klikker du Start søk. Hvis parameterne er feil, klikker du Avbryt og angir de riktige parameterne på nytt. Når søket er startet, lukkes parametervinduet, og et nytt popup-vindu med en fremdriftslinje vises, og viser fremdriften for søket og en løpende oversikt over antall identifikasjoner som er funnet.Etter at søket er fullført, lukkes fremdriftslinjen automatisk, og et sammendrag av søket vises i loggfeltet i det grafiske brukergrensesnittet sammen med et nytt popup-vindu som viser proteinidentifikasjonene som er funnet. I den nåværende studien ble bakteriekulturer dyrket i LB med to forskjellige konsentrasjoner av mytomycin-C. Massespekteret av bakteriekultur dyrket med en mytomycin-C konsentrasjon.Kaldt sjokkprotein C, kaldt sjokkprotein E og et plasmidbåren protein med ukjent funksjon ble identifisert. Den ukjente proteinionen ved 9780 ble analysert av MS/MS, og forløperionen ble isolert med et tidsionvelgervindu på ca. 100 daltons. Fragmentionen i masse for å lade 9675,9 er smitte fra dissosiasjonen av den metastabile proteinionen ved 9655.Sekvensen av immunitetsproteinet for kolikkin E3 inneholder grunnleggende rester mulige steder for ionisering. Fragmentionene oppdaget fra polypeptid ryggrad spalting, da den reduserte formen for cystein ble brukt under søket. N-terminal metionin fjernes som en endring etter oversettelsen.Da bakteriekulturen ble dyrket med høy mytomycin-C-konsentrasjon, ble immunitetsproteinet av bakteriocin identifisert. Den ukjente toppen på 9651 ble analysert av MS / MS, og forløperionen ble isolert med et smalere og asymmetrisk TIS-vindu på minus 75 pluss 60 daltons. Sekvensen av immunitetsproteinet av bakteriocin inneholder grunnleggende rester mulige steder for ionisering.Fragmentionene oppdaget fra polypeptid ryggrad spalting, da den reduserte formen for cystein ble brukt under søket. med de forskjellige konsentrasjonene av antibiotika, kan relativ proteinoverflod variere. Og disse ble analysert ved hjelp av massespektrometri.Når du høster bakterieceller, observere kolonimorfologi og bakterievekst med hensyn til antibiotika og konsentrasjon. En mikroliterløkke av celler er nødvendig for å oppdage proteiner.

Research

JoVE Journal

Chemistry

Identification of Antibacterial Immunity Proteins in Escherichia coli using MALDI-TOF-TOF-MS/MS and Top-Down Proteomic Analysis

Qualitative Identification of Carboxylic Acids, Boronic Acids, and Amines Using Cruciform Fluorophores

Kvalitativ Identifikasjon av karboksylsyrer, boronsyrer, og aminer hjelp Cruciform fluorophores

Molecular cruciforms are X-shaped systems in which two conjugation axes intersect at a central core. If one axis of these molecules is substituted with ...

Optimization of Synthetic Proteins: Identification of Interpositional Dependencies Indicating Structurally and/or Functionally Linked Residues

Optimalisering av Syntetisk Proteiner: Identifisering av Interpositional Avhengig Hente Strukturelt og / eller Funksjonelt Koblede Rester

Protein alignments are commonly used to evaluate the similarity of protein residues, and the derived consensus sequence used for identifying functional ...

Sequencing of Plant Wall Heteroxylans Using Enzymic, Chemical (Methylation) and Physical (Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance) Techniques

Sequencing of Plant Wall Heteroxylans Using Enzymic, Chemical Methylation and Physical Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance Techniques

Sekvensering av Plant Wall Heteroxylans Bruke enzymic, Chemical (Metylering) og fysiske (massespektrometri Nuclear Magnetic Resonance) Teknikker

This protocol describes the specific techniques used for the characterization of reducing end (RE) and internal region glycosyl sequence(s) of ...

Rapid High-throughput Species Identification of Botanical Material Using Direct Analysis in Real Time High Resolution Mass Spectrometry

Rapid Høy throughput Arter Identifikasjon av Botanisk Material Bruke direkte analyse i Real Time High Resolution massespektrometri

We demonstrate that direct analysis in real time-high resolution mass spectrometry can be used to produce mass spectral profiles of botanical material, ...

Using Capillary Electrophoresis to Quantify Organic Acids from Plant Tissue: A Test Case Examining Coffea arabica Seeds

Using Capillary Electrophoresis to Quantify Organic Acids from Plant Tissue: A Test Case Examining Coffea arabica Seeds

Bruke Kapillær elektroforese å kvantifisere organiske syrer fra Plant Tissue: En Test Case Undersøke<em&gt; Coffea arabica</em&gt; Seeds

Carboxylic acids are organic acids containing one or more terminal carboxyl (COOH) functional groups. Short chain carboxylic acids (SCCAs; carboxylic ...

In Situ Detection and Single Cell Quantification of Metal Oxide Nanoparticles Using Nuclear Microprobe Analysis

In Situ Detection and Single Cell Quantification of Metal Oxide Nanoparticles Using Nuclear Microprobe Analysis

In Situ Gjenkjennings- og enkeltcelle kvantifisering av metalloksid nanopartikler kjernefysiske Microprobe analyse

Micro-analytical techniques based on chemical element imaging enable the localization and quantification of chemical composition at the cellular level. ...

DNA-magnetic Particle Binding Analysis by Dynamic and Electrophoretic Light Scattering

DNA-magnetiske partikler bindende analyse av dynamisk og Electrophoretic lysspredning

Isolation of DNA using magnetic particles is a field of high importance in biotechnology and molecular biology research. This protocol describes the ...

Large-scale Top-down Proteomics Using Capillary Zone Electrophoresis Tandem Mass Spectrometry

Store ovenfra og ned Proteomikk bruker kapillær sone geleelektroforese Tandem massespektrometri

Capillary zone electrophoresis-electrospray ionization-tandem mass spectrometry (CZE-ESI-MS/MS) has been recognized as a useful tool for top-down ...

Escherichia coli-Based Cell-Free Protein Synthesis: Protocols for a robust, flexible, and accessible platform technology

Escherichia coli-Based Cell-Free Protein Synthesis: Protocols for a robust, flexible, and accessible platform technology

Escherichia coli-basert Cell-Free proteinsyntese: protokoller for en robust, fleksibel og tilgjengelig plattform-teknologi

Over the last 50 years, Cell-Free Protein Synthesis (CFPS) has emerged as a powerful technology to harness the transcriptional and translational capacity ...