Name: identification of antibacterial immunity proteins in escherichia coli using maldi-tof-tof-ms/ms and top-down proteomic analysis
Uploaded: 2021-05-23T15:00:00
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O software Protein Biomarker Seeker está livremente disponível (sem custo) entrando em contato com Clifton K. Fagerquist em clifton.fagerquist@usda.gov. Queremos reconhecer o apoio desta pesquisa por ARS, USDA, BOLSA CRIS: 2030-42000-051-00-D.

1. Preparação da amostra microbiológica
<ol><li>Inocular 25 mL de caldo de Luria (LB) em um tubo cônico de 50 mL com estruoso O113:H21 cepa RM7788 (ou outra cepa bacteriana) de um estoque de glicerol usando um laço estéril de 1 μL. Tampe o tubo e a pré-cultura a 37 °C com agitação (200 rpm) por 4h.</li>
	<li>Aliquot 100 μL de caldo pré-cultivado e espalhe-se em uma placa de ágar LB suplementada com 400 ou 800 ng/mL de mitomicina-C. Placas de ágar de cultura estaticamente durante a noite em uma i...

Considerações protocolares Os principais pontos fortes do protocolo atual são sua velocidade, simplicidade da preparação da amostra e uso de um instrumento relativamente fácil de operar, ser treinado e manter. Embora a análise proteômica de baixo para cima e de cima para baixo por cromatografia líquida-ESI-HR-MS seja onipresente e muito superior em muitos aspectos para de cima para baixo pelo MALDI-TOF-TOF, eles exigem mais tempo, trabalho e experiência. A complexidade do instrumento pode af...

A análise e identificação de proteínas não digeridas por espectrometria de massa é referida como a análise proteômica de cima para baixo1,2,3,4. É agora uma técnica estabelecida que utiliza a ionização eletrospray (ESI)5 e analisadores de massa de alta resolução6, e técnicas sofisticadas de dissociação, por exemplo, dissociação de transferência de elétrons (ETD), dissociação de captura de elétrons (ECD)7,foto-dissociação ultravioleta (UV-PD)8, etc.
A outra técnica de ionização suave é a desorção/ionização a laser assistida por matriz (MALDI)9,10,11 que tem sido menos utilizada para a análise de cima para baixo, em parte porque está principalmente acoplada aos analisadores de massa tempo de voo (TOF), que têm resolução limitada em comparação com outros analisadores de massa. Apesar dessas limitações, os instrumentos MALDI-TOF e MALDI-TOF-TOF têm sido explorados para a rápida análise de cima para baixo de proteínas puras e misturas fracionadas e não fracionadas de proteínas. Para a identificação de proteínas puras, a decadência na fonte (ISD) é uma técnica particularmente útil porque permite a análise da espectrometria de massa (MS) de íons de fragmentos de ISD, bem como espectrometria de massa tandem (MS/MS) de fragmentos de íons proteicos que fornecem fragmentos específicos de sequência muitas vezes do N- e C-termini da proteína alvo, análogo ao sequenciamento de Edman12,13 . Uma desvantagem para a abordagem isd é que, como no sequenciamento de Edman, a amostra deve conter apenas uma proteína. A única exigência de proteína é devido à necessidade de atribuição inequívoca de íons fragmentários a um íon precursor. Se duas ou mais proteínas estiverem presentes em uma amostra, pode ser difícil atribuir quais íons fragmentários pertencem aos íons precursores.
A atribuição de íon/íon precursor pode ser tratada usando MALDI-TOF-TOF-MS/MS. Como em qualquer experimento clássico de MS/MS, os íons precursores são selecionados em massa/isolados antes da fragmentação, e os íons de fragmento detectados podem ser atribuídos a um íon precursor específico. No entanto, as técnicas de dissociação disponíveis para esta abordagem estão restritas principalmente à dissociação induzida por colisão de alta energia (HE-CID)14 ou à decadência pós-fonte (PSD)15,16. HE-CID e PSD são mais eficazes na fragmentação de peptídeos e pequenas proteínas, e a cobertura de sequência pode, em alguns casos, ser limitada. Além disso, o PSD resulta em decote backbone polipeptídeo (PBC) principalmente no lado terminal C de resíduos de ácido aspônico e glutamico por um fenômeno chamado efeito ácido aspartílico17,18,19,20.
O MALDI-TOF-MS também encontrou uma aplicação de nicho na identificação taxonômica de microrganismos: bactérias21,fungos22e vírus23. Por exemplo, os espectros de MS são usados para identificar bactérias desconhecidas em comparação com uma biblioteca de referência de espectros de MS de bactérias conhecidas usando algoritmos de reconhecimento de padrões para comparação. Esta abordagem tem se mostrado altamente bem sucedida devido à sua velocidade e simplicidade, embora exija uma colheita noturna do isolado. Os íons proteicos detectados por esta abordagem (geralmente abaixo de 20 kDa) compreendem uma impressão digital em MS que permite a resolução taxonômica no nível do gênero e da espécie e, em alguns casos, na subespécie24 e no nível da cepa25,26. No entanto, ainda há a necessidade de classificar não apenas os microrganismos potencialmente patogênicos, mas também identificar fatores específicos de virulência, toxinas e fatores de resistência antimicrobiana (AMR). Para isso, a massa de peptídeos, proteínas ou pequenas moléculas são medidas por ESM e, posteriormente, isoladas e fragmentadas por MS/MS.
Bactérias patogênicas geralmente carregam pedaços circulares de DNA chamados plasmídeos. Plasmídeos, juntamente com prophagens, são um grande vetor de transferência de genes horizontais entre bactérias e são responsáveis pela rápida disseminação da resistência antimicrobiana e outros fatores de virulência entre as bactérias. Plasmídeos também podem transportar genes antibacterianos (AB), por exemplo, colicina e bacteriocina. Quando esses genes são expressos e as proteínas secretadas, eles agem para desativar a máquina de tradução de proteínas de bactérias vizinhas que ocupam o mesmo nicho ambiental27. No entanto, essas enzimas bactericida também podem representar um risco para o hospedeiro que as produziu. Em consequência, um gene é co-expresso pelo hospedeiro que inibe especificamente a função de uma enzima AB e é referido como sua proteína de imunidade (Im).
Antibióticos prejudiciais ao DNA, como mitomicina-C e ciprofloxacina, são frequentemente usados para induzir a resposta sos na E. coli (STEC) produtora de toxinas Shiga (STEC) cujo gene de toxina Shiga(stx) é encontrado dentro de um genoma de prophagem presente no genoma bacteriano28. Utilizamos indução de antibióticos, maldi-TOF-TOF-MS/MS e análise proteômica de cima para baixo anteriormente para detectar e identificar tipos e subtipos stx produzidos pelas cepas STEC29,30,31,32. No trabalho anterior, a cepa STEC O113:H21 RM7788 foi cultivada durante a noite na mídia ágar complementada com mitomicina-C. No entanto, em vez de detectar a subunidade B antecipada de Stx2a em m/z ~7816, um íon proteico diferente foi detectado em m/z ~7839 e identificado como uma proteína hipotética codificada por plasmídeos da função desconhecida33. No trabalho atual, identificamos duas proteínas AB-Im codificadas por plasmídeos produzidas por esta cepa usando indução de antibiótico, MALDI-TOF-TOF-MS/MS, e análise proteômica de cima para baixo usando software autônomo desenvolvido para processar e digitalizar em sequências de proteína silico derivadas de sequenciamento de genoma inteiro (WGS). Além disso, a possibilidade de modificações pós-tradução (PTM) envolvendo truncação de sequência foram incorporadas ao software. As proteínas de imunidade foram identificadas utilizando-se este software a partir da massa medida do íon proteico maduro e íons de fragmentos específicos de sequência de PBC causados pelo efeito ácido aspartic e detectados por MS/MS-PSD. Finalmente, um promotor foi identificado a montante dos genes AB/Im em um genoma plasmídeo que pode explicar a expressão desses genes quando esta cepa é exposta a um antibiótico prejudicial ao DNA. Partes deste trabalho foram apresentadas na National American Chemical Society Fall 2020 Virtual Meeting & Expo (17 a 20 de agosto de 2020)34.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>4000 Series Explorer software</td>
			<td>AB Sciex</td>
			<td>Version 3.5.3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4800 Plus MALDI TOF/TOF Analyzer</td>
			<td>AB Sciex</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile Optima LC/MS grade</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A996-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BSL-2 biohazard cabinet</td>
			<td>The Baker Company</td>
			<td>SG403A-HE</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cytochrome-C</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>C2867-10MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Data Explorer software</td>
			<td>AB Sciex</td>
			<td>Version 4.9</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Focus Protein Reduction-Alkylation kit</td>
			<td>G-Biosciences</td>
			<td>786-231</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GPMAW software</td>
			<td>Lighthouse Data</td>
			<td>Version 10.0</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubator</td>
			<td>VWR</td>
			<td>9120973</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB Agar</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>22700-025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Luria Broth</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>12795-027</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lysozyme</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>L4919-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge Tubes, 2 mL, screw-cap, O-ring</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>02-681-343</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MiniSpin Plus Centrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22620207</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mitomycin-C (from streptomyces)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M0440-5MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Myoglobin</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>M5696-100MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaker MaxQ 420HP Model 420</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>Model 420</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sinapinic acid</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>1861580</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile 1 uL loops</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>22-363-595</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thioredoxin (E. coli, recombinant)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T0910-1MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trifluoroacetic acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>299537-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water Optima LC/MS grade</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>W6-4</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

identification of antibacterial immunity proteins in escherichia coli using maldi-tof-tof-ms/ms and top-down proteomic analysis

Este protocolo identifica as proteínas de imunidade das enzimas bactericidas: colicina E3 e bacteriocina, produzidas por uma cepa patogênica de Escherichia coli usando indução de antibiótico, e identificada por espectrometria de massa maldi-TOF-TOF e análise proteômica de cima para baixo com software desenvolvido internamente. A proteína de imunidade da colicina E3 (Im3) e a proteína de imunidade da bacteriocina (Im-Bac) foram identificadas a partir de íons de fragmentos proeminentes do tipo b e/ou y gerados pelo decote da coluna vertebral (PBC) no lado terminal C do ácido aspartíaco, ácido glutamico e resíduos de asparagine pelo mecanismo de efeito de fragmento de ácido aspartílico. O software escaneia rapidamente em sequências proteicas sílicos derivadas de todo o sequenciamento do genoma da cepa bacteriana. O software também remove iterativamente resíduos de aminoácidos de uma sequência proteica no caso de a sequência proteica madura ser truncada. Uma única sequência proteica possuía massa e íons fragmentados consistentes com os detectados para cada proteína de imunidade. A sequência do candidato foi então inspecionada manualmente para confirmar que todos os íons de fragmento detectados poderiam ser atribuídos. A methionina n-terminal de Im3 foi removida pós-tradução, enquanto Im-Bac teve a sequência completa. Além disso, descobrimos que apenas dois ou três íons de fragmento não complementares formados pelo PBC são necessários para identificar a sequência proteica correta. Finalmente, um promotor (caixa SOS) foi identificado a montante dos genes antibacterianos e de imunidade em um genoma plasmídeo da cepa bacteriana.

A Figura 3 (painel superior) mostra o MS da cepa STEC O113:H21 RM7788 cultivada durante a noite na LBA suplementada com 400 ng/mL mitomicina-C. Picos em m/z 7276, 7337 e 7841 foram identificados anteriormente como proteína de choque frio C (CspC), proteína de choque frio E (CspE) e uma proteína transmitida por plasmídeos de função desconhecida,respectivamente 33. O íon proteico em m/z 9780 [M+H]+ foi analisado por MS/MS-PSD, conforme mostrado na <str...

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Identification of Antibacterial Immunity Proteins in Escherichia coli using MALDI-TOF-TOF-MS/MS and Top-Down Proteomic Analysis

Aqui apresentamos um protocolo para a identificação rápida de proteínas produzidas por bactérias patogênicas genomicamente sequenciadas usando espectrometria de massa maldi-TOF-TOF e análise proteômica de cima para baixo com software desenvolvido internamente. Íons proteicos metastáveis fragmentom por causa do efeito ácido aspartic e essa especificidade é explorada para identificação de proteínas.

Identificação de Proteínas de Imunidade Antibacteriana em Escherichia coli usando MALDI-TOF-TOF-MS/MS e Análise Proteômica De Cima Para Baixo

This protocol identifies the immunity proteins of the bactericidal enzymes: colicin E3 and bacteriocin, produced by a pathogenic Escherichia coli strain ...

O protocolo demonstra um método rápido de identificação de proteínas bacterianas usando indução de antibióticos e espectrometria de massa. A principal vantagem da técnica é sua velocidade e simplicidade. A preparação da amostra não é complicada.A técnica pode ser estendida à caracterização de qualquer bactéria patogênica, como fatores de virulência ou resistência a antibióticos para melhor informar o tratamento adequado para uma infecção bacteriana. Para começar, use um laço microliter estéril para colher bactérias de colônias únicas cultivadas em placa de ágar LB. E transfira para um tubo de microcentrifuge da linha de rosca da linha O-ring de dois mililitros contendo 300 microlitros de água de grau HPLC.Em seguida, brevemente vórtice do tubo e pelota as células por centrifugação, a uma água relíquia microliter de 0,75 microliter da amostra supernante no Alvo MALDI de aço inoxidável, e permitir que ele seque. Sobreponha o ponto de amostra seca com 0,75 microlitres de uma solução saturada de ácido sinapúrico preparado em acetonitrilo de 33%, 67% água e ácido trifluoroacético de 0,2%, e permita que o local seque. Uma vez que a mancha esteja seca, carregue o alvo no espectrômetro de massa.Abra o software de aquisição e clique em MS Linear Mode Acquisition ou faixa de carga em massa e massa para carregar dos limites inferior e superior em seus respectivos campos. Clique no local de amostra para ser analisado no modelo de destino MALDI. Em seguida, pressione o botão esquerdo do mouse e arraste o cursor sobre o local da amostra para especificar a região retangular a ser amostrada para uma ablação ou ionização a laser.Solte o botão do mouse para iniciar a aquisição e colete 1000 tiros a laser para cada ponto de amostra. Se os íons não forem detectados, aumente a intensidade do laser ajustando a barra de escala deslizante sob intensidade de laser até que o sinal de íons proteicos seja detectado. Após a conclusão da Aquisição do Modo Linear MS, clique na Aquisição do Modo Refletiron MS/MS.Insira a massa precursora para ser analisada no campo de massa precursora. Em seguida, insira uma largura de isolamento em daltons na janela de massa precursora para o lado de massa baixa e alta da massa precursora. Clique no botão CID Off.Em seguida, clique no botão Supressor Metastable On. Ajuste a intensidade do laser para pelo menos 90% do seu valor máximo ajustando a barra de escala deslizante como demonstrado. Clique no local da amostra a ser analisado no modelo de destino MALDI e, em seguida, deprimir o botão do mouse esquerdo e arraste o cursor sobre o local da amostra para especificar a região retangular a ser amostrada para ablação ou ionização a laser, solte o botão do mouse para iniciar a aquisição e colete 10.000 tiros laser para cada ponto de amostra, conforme demonstrado.Clique duas vezes no Arquivo Executável Do Buscador de Proteínas e na janela gráfica da interface do usuário. Digite a massa do biomarcador de proteínas no campo de massa de proteína madura, e o erro de medição de massa no campo de Tolerância em Massa. Opcionalmente, clique no botão Cortesia b/y ion Protein Mass Calculator para calcular a massa proteica de um par de íons de fragmentos de cortesia putativo, e a janela pop-up da Ferramenta calculadora de massa de proteína aparecerá.Digite a proporção de massa para carga do par de íons de fragmentos de cortesia putativo, clique no botão Adicionar par e a massa de proteína da calculadora aparecerá. Copie esse valor no campo de massa de proteínas maduras e feche a janela da ferramenta pasta de massa de proteínas. Clique na caixa De restrição de resíduos.Selecione o comprimento do peptídeo de sinal terminal final, e o pop-up com uma escala deslizante e cursor aparecerá e mova o cursor para o comprimento do peptídeo de sinal desejado. Se o comprimento do peptídeo de sinal não for selecionado, uma truncação de sequência irrestrita será realizada pelo software. Sob a Condição de Íon de Fragmento, selecione o decote de espinha dorsal de resíduos para polipeptídeo clicando nas caixas de um ou mais resíduos, D-E-N e/ou P.E.E clique no botão Enter Fragment Ions Plus One para ser botão de pesquisa e a página de fragmento pop-up aparecerá.Clique em seguida no botão Adicionar íon fragmento, e um campo suspenso aparecerá para que cada íon de fragmento seja inserido. Digite a massa por taxas de carga dos íons de fragmento e sua massa associada pela tolerância de carga. Em seguida, clique no botão Salvar e Fechar.Na caixa lateral direita de Quantos íons de fragmento precisam ser correspondidos, role para selecionar o número mínimo de íons de fragmento que devem ser combinados para identificação e selecione os resíduos de cisteína em seu estado oxidado. Se as proteínas não forem identificadas após a busca, repita a busca com cisteínas em seu estado reduzido. De acordo com a configuração de arquivo, clique no ícone de arquivo Select FASTA para navegar e selecione o arquivo FASTA contendo as sequências de proteína silico em silico da cepa bacteriana anteriormente construída.Em seguida, selecione uma pasta de saída e crie um nome de arquivo de saída. Clique no ícone "Pesquisar em entradas de arquivos". Uma janela pop-up aparecerá intitulada Confirmar parâmetros de pesquisa exibindo os parâmetros de pesquisa antes que a pesquisa seja iniciada.E se os parâmetros de pesquisa estiverem corretos, clique em Iniciar pesquisa. Se os parâmetros estiverem incorretos, clique em Cancelar e reinsira os parâmetros corretos. Uma vez iniciada a pesquisa, a janela do parâmetro será fechada e uma nova janela pop-up com uma barra de progresso aparecerá, mostrando o progresso da pesquisa e uma contagem de execução do número de identificações encontradas.Após a conclusão da pesquisa, a barra de progresso será fechada automaticamente, e um resumo da pesquisa será exibido no campo de registro da interface gráfica do usuário, juntamente com uma nova janela pop-up exibindo as identificações de proteínas encontradas. No presente estudo, as culturas bacterianas foram cultivadas em LB com duas concentrações diferentes de mitomicina-C. O espectro de massa da cultura bacteriana cresceu com uma concentração de mitomicina-C.Proteína de choque frio C, proteína de choque frio E, e uma proteína transmitida por plasmídeos de função desconhecida foram identificados. O íon proteico desconhecido em 9780 foi analisado pela MS/MS, e o íon precursor foi isolado com uma janela seletora de íons de tempo de aproximadamente 100 daltons. O íon fragmento em massa para carregar 9675,9 é derramado a partir da dissociação do íon proteico metastável em 9655.A sequência da proteína de imunidade para colicina E3 contém resíduos básicos possíveis locais de ionização. Os íons fragmentos detectados a partir do decote da coluna vertebral do polipeptídeo, quando a forma reduzida de cisteína foi usada durante a busca. A methionina terminal N é removida como uma modificação pós-tradução.Quando a cultura bacteriana foi cultivada em uma alta concentração de micomicina-C, a proteína de imunidade da bacteriocina foi identificada. O pico desconhecido em 9651 foi analisado por MS/MS, e o íon precursor foi isolado com uma janela TIS mais estreita e assimétrica de menos 75 mais 60 daltons. A sequência da proteína de imunidade da bacteriocina contém resíduos básicos possíveis locais de ionização.Os íons fragmentos detectados a partir do decote da coluna vertebral do polipeptídeo, quando a forma reduzida de cisteína foi usada durante a busca. com as diferentes concentrações de antibióticos, a abundância relativa de proteínas pode variar. E estes foram analisados usando espectrometria de massa.Ao colher células bacterianas, observe a morfologia da colônia e o crescimento bacteriano em relação aos antibióticos e à concentração. Um loop de um microliter de células é necessário para detectar proteínas.

Research

JoVE Journal

Chemistry

Identification of Antibacterial Immunity Proteins in Escherichia coli using MALDI-TOF-TOF-MS/MS and Top-Down Proteomic Analysis

Qualitative Identification of Carboxylic Acids, Boronic Acids, and Amines Using Cruciform Fluorophores

A identificação qualitativa dos ácidos carboxílicos, ácidos borónicos e aminas Usando fluoróforos cruciforme

Molecular cruciforms are X-shaped systems in which two conjugation axes intersect at a central core. If one axis of these molecules is substituted with ...

Química

Optimization of Synthetic Proteins: Identification of Interpositional Dependencies Indicating Structurally and/or Functionally Linked Residues

Otimização de proteínas sintéticas: Identificação de interposição Dependências Indicating Estruturalmente e / ou resíduos funcionalmente ligadas

Protein alignments are commonly used to evaluate the similarity of protein residues, and the derived consensus sequence used for identifying functional ...

Sequencing of Plant Wall Heteroxylans Using Enzymic, Chemical (Methylation) and Physical (Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance) Techniques

Sequencing of Plant Wall Heteroxylans Using Enzymic, Chemical Methylation and Physical Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance Techniques

Sequenciamento de parede planta heteroxilanos Usando enzimática, química (metilação) e físico (espectrometria de massa, ressonância magnética nuclear) Técnicas

This protocol describes the specific techniques used for the characterization of reducing end (RE) and internal region glycosyl sequence(s) of ...

Rapid High-throughput Species Identification of Botanical Material Using Direct Analysis in Real Time High Resolution Mass Spectrometry

Rápida de alta capacidade: Identificação de Espécies de material botânico Usando Direct Análise em Tempo Real alta resolução Espectrometria de Massa

We demonstrate that direct analysis in real time-high resolution mass spectrometry can be used to produce mass spectral profiles of botanical material, ...

Using Capillary Electrophoresis to Quantify Organic Acids from Plant Tissue: A Test Case Examining Coffea arabica Seeds

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Usando Eletroforese Capilar para quantificar ácidos orgânicos a partir de tecido da planta: um caso de teste de exame<em&gt; Coffea arabica</em&gt; Sementes

Carboxylic acids are organic acids containing one or more terminal carboxyl (COOH) functional groups. Short chain carboxylic acids (SCCAs; carboxylic ...

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In Situ Deteção e única célula quantificação de nanopartículas de óxido de Metal usando análise de microsonda Nuclear

Micro-analytical techniques based on chemical element imaging enable the localization and quantification of chemical composition at the cellular level. ...

DNA-magnetic Particle Binding Analysis by Dynamic and Electrophoretic Light Scattering

DNA-magnético partícula análise por dispersão de luz dinâmica e eletroforético de vinculação

Isolation of DNA using magnetic particles is a field of high importance in biotechnology and molecular biology research. This protocol describes the ...

Large-scale Top-down Proteomics Using Capillary Zone Electrophoresis Tandem Mass Spectrometry

Em grande escala proteômica de cima para baixo usando zona capilar eletroforese espectrometria de massa em Tandem

Capillary zone electrophoresis-electrospray ionization-tandem mass spectrometry (CZE-ESI-MS/MS) has been recognized as a useful tool for top-down ...

Escherichia coli-Based Cell-Free Protein Synthesis: Protocols for a robust, flexible, and accessible platform technology

Escherichia coli-Based Cell-Free Protein Synthesis: Protocols for a robust, flexible, and accessible platform technology

Escherichia coli-baseado sem célula de síntese de proteínas: protocolos para uma tecnologia de plataforma robusta, flexível e acessível

Over the last 50 years, Cell-Free Protein Synthesis (CFPS) has emerged as a powerful technology to harness the transcriptional and translational capacity ...