Name: identification of antibacterial immunity proteins in escherichia coli using maldi-tof-tof-ms/ms and top-down proteomic analysis
Uploaded: 2021-05-23T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Identification of Antibacterial Immunity Proteins in Escherichia coli using MALDI-TOF-TOF-MS/MS and Top-Down Proteomic Analysis at JoVE.com

Protein Biomarker Seeker programvara är fritt tillgänglig (utan kostnad) genom att kontakta Clifton K. Fagerquist på clifton.fagerquist@usda.gov. Vi vill erkänna stöd för denna forskning av ARS, USDA, CRIS-bidrag: 2030-42000-051-00-D.

1. Mikrobiologisk provberedning
<ol><li>Inokulera 25 ml Luriabuljong (LB) i ett koniskt rör på 50 ml med E. coli O113:H21 stam RM7788 (eller annan bakteriestam) från ett glycerollager med en steril 1 μL-slinga. Kapa röret och förkulturen vid 37 °C med skakningar (200 varv/min) i 4 timmar.</li>
	<li>Alikvot 100 μL förkulturerad buljong och sprids på en LB agarplatta kompletterad med 400 eller 800 ng/ml mitomycin-C. Odla agarplattor statiskt över natten i en inkubator vid 37 °C. VARNING: STEC stam...

Protokollöverväganden De främsta styrkorna med det nuvarande protokollet är dess hastighet, enkelhet i provberedning och användning av ett instrument som är relativt lätt att använda, tränas på och underhålla. Även om nedifrån och upp och uppifrån proteomisk analys av flytande kromatografi-ESI-HR-MS är allestädes närvarande och mycket överlägsen i många avseenden till top-down av MALDI-TOF-TOF, kräver de mer tid, arbetskraft och expertis. Instrumentkomplexitet kan ofta påverka om...

Analys och identifiering av osmälta proteiner genom masspektrometri kallas proteomisk analys uppifrån och ned1,2,3,4. Det är nu en etablerad teknik som använder elektrosprayjonisering (ESI)5 och högupplösta massanalysatorer6, och sofistikerade dissociationstekniker, t.ex. elektronöverförings dissociation (ETD), elektronfångst dissociation (ECD)7,ultraviolett foto-dissociation (UV-PD)8, etc.
Den andra mjuka joniseringstekniken är matrisassisterad laserdesorption/jonisering (MALDI)9,10,11 som har använts mindre omfattande för top-down-analysen, delvis för att den främst är kopplad till time-of-flight (TOF) massanalysatorer, som har begränsad upplösning jämfört med andra massanalysatorer. Trots dessa begränsningar har MALDI-TOF- och MALDI-TOF-TOF-instrument utnyttjats för snabb top-down-analys av rena proteiner och fraktionerade och odragna blandningar av proteiner. För identifiering av rena proteiner är in-source decay (ISD) en särskilt användbar teknik eftersom den möjliggör massspektrometri (MS) analys av ISD-fragmentjoner, liksom tandemmasspektrometri (MS/MS) av proteinjonfragment som ger sekvensspecifikt fragment ofta från N- och C-termini av målproteinet, analogt med Edman sekvensering12,13 . En nackdel med ISD-metoden är att provet, som i Edman-sekvensering, endast får innehålla ett protein. Det enda proteinkravet beror på behovet av otvetydig tillskrivning av fragmentjoner till en prekursorjon. Om två eller flera proteiner finns i ett prov kan det vara svårt att tilldela vilka fragmentjoner som tillhör vilka prekursorjoner.
Fragmentjon-/prekursorjonattribution kan åtgärdas med MALDI-TOF-TOF-MS/MS. Som med alla klassiska MS/MS-experiment är prekursorjoner massvalda/isolerade före fragmentering, och de fragmentjoner som detekteras kan hänföras till en specifik prekursorjon. De dissociationstekniker som är tillgängliga för detta tillvägagångssätt är dock begränsade till främst högenergikollision inducerad dissociation (HE-CID)14 eller efter-source decay (PSD)15,16. HE-CID och PSD är mest effektiva på fragmentering peptider och små proteiner, och sekvenstäckningen kan i vissa fall begränsas. Dessutom resulterar PSD i polypeptid stamklyvning (PBC) främst på C-terminalsidan av aspartiska och glutaminsyrarester av ett fenomen som kallas aspartsyraeffekten17,18,19,20.
MALDI-TOF-MS har också hittat en nischapplikation i taxonomisk identifiering av mikroorganismer: bakterier21, svampar22och virus23. MS-spektra används till exempel för att identifiera okända bakterier i jämförelse med ett referensbibliotek med MS-spektra av kända bakterier med hjälp av mönsterigenkänningsalgoritmer för jämförelse. Detta tillvägagångssätt har visat sig vara mycket framgångsrikt på grund av dess hastighet och enkelhet, även om det kräver en övernattning av isolatet. De proteinjoner som detekteras genom detta tillvägagångssätt (vanligtvis under 20 kDa) omfattar ett ms-fingeravtryck som möjliggör taxonomisk upplösning på släkt- och artnivå och i vissa fall vid underarterna24 och stamnivå25,26. Det finns dock fortfarande ett behov av att inte bara taxonomiskt klassificera potentiellt patogena mikroorganismer utan också identifiera specifika virulensfaktorer, toxiner och antimikrobiell resistens (AMR) faktorer. För att uppnå detta mäts massan av peptider, proteiner eller små molekyler med MS och isoleras och fragmenteras därefter av MS/MS.
Patogena bakterier bär ofta cirkulära bitar av DNA som kallas plasmider. Plasmider, tillsammans med profager, är en viktig vektor för horisontell genöverföring mellan bakterier och är ansvariga för den snabba spridningen av antimikrobiell resistens och andra virulensfaktorer över bakterier. Plasmider kan också bära antibakteriella (AB) gener, t.ex. colicin och baktericin. När dessa gener uttrycks och proteinerna utsöndras, agerar de för att inaktivera proteinöversättningsmaskineriet hos närliggande bakterier som upptar samma miljönisch27. Men dessa bakteriedödande enzymer kan också utgöra en risk för värden som producerade dem. Följaktligen uttrycks en gen av värden som specifikt hämmar funktionen hos ett AB-enzym och kallas dess immunitetsprotein (Im).
DNA-skadliga antibiotika som mitomycin-C och ciprofloxacin används ofta för att inducera SOS-svaret i Shiga toxinproducerande E. coli (STEC) vars Shiga toxingen(stx) finns i ett profaggenom som finns i bakteriegenomet28. Vi har använt antibiotikainduktion, MALDI-TOF-TOF-MS/MS, och uppifrån och ner proteomisk analys tidigare för att upptäcka och identifiera Stx typer och subtyper som produceras av STEC stammar29,30,31,32. I det tidigare arbetet odlades STEC O113:H21 stam RM7788 över natten på agar media kompletterat med mitomycin-C. Men istället för att upptäcka den förväntade B-underenheten av Stx2a vid m/z ~7816 upptäcktes en annan proteinjon vid m/z ~7839 och identifierades som ett plasmidkodat hypotetiskt protein av okänd funktion33. I det aktuella arbetet identifierade vi två plasmidkodade AB-Im-proteiner som produceras av denna stam med hjälp av antibiotikainduktion, MALDI-TOF-TOF-MS/MS och uppifrån och ner proteomisk analys med fristående programvara utvecklad för att bearbeta och skanna i silico proteinsekvenser som härrör från helgenomsekvensering (WGS). Dessutom införlivades möjligheten till ändringar efter översättning (PTM) som involverar sekvens trunkering i programvaran. Immunitetsproteinerna identifierades med hjälp av denna programvara från den uppmätta massan av mogna proteinjon och sekvensspecifika fragmentjoner från PBC orsakade av aspartsyraeffekten och detekteras av MS/MS-PSD. Slutligen identifierades en promotor uppströms AB/Im-generna i ett plasmidgenom som kan förklara uttrycket av dessa gener när denna stam utsätts för ett DNA-skadligt antibiotikum. Delar av detta arbete presenterades på National American Chemical Society Fall 2020 Virtual Meeting & Expo (17-20 augusti 2020)34.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>4000 Series Explorer software</td>
			<td>AB Sciex</td>
			<td>Version 3.5.3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>4800 Plus MALDI TOF/TOF Analyzer</td>
			<td>AB Sciex</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile Optima LC/MS grade</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>A996-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BSL-2 biohazard cabinet</td>
			<td>The Baker Company</td>
			<td>SG403A-HE</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cytochrome-C</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>C2867-10MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Data Explorer software</td>
			<td>AB Sciex</td>
			<td>Version 4.9</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Focus Protein Reduction-Alkylation kit</td>
			<td>G-Biosciences</td>
			<td>786-231</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GPMAW software</td>
			<td>Lighthouse Data</td>
			<td>Version 10.0</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Incubator</td>
			<td>VWR</td>
			<td>9120973</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB Agar</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>22700-025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Luria Broth</td>
			<td>Invitrogen</td>
			<td>12795-027</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lysozyme</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>L4919-1G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microcentrifuge Tubes, 2 mL, screw-cap, O-ring</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>02-681-343</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MiniSpin Plus Centrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22620207</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mitomycin-C (from streptomyces)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M0440-5MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Myoglobin</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>M5696-100MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shaker MaxQ 420HP Model 420</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>Model 420</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sinapinic acid</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>1861580</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile 1 uL loops</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>22-363-595</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thioredoxin (E. coli, recombinant)</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>T0910-1MG</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trifluoroacetic acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>299537-100G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Water Optima LC/MS grade</td>
			<td>Fisher Chemical</td>
			<td>W6-4</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

identification of antibacterial immunity proteins in escherichia coli using maldi-tof-tof-ms/ms and top-down proteomic analysis

Detta protokoll identifierar immunitetsproteinerna i de bakteriedödande enzymerna: colicin E3 och bakterian, som produceras av en patogen Escherichia coli-stam med antibiotikainduktion och identifieras av MALDI-TOF-TOF tandem masspektrometri och uppifrån och ner proteomisk analys med programvara som utvecklats internt. Immunitet proteinet av colicin E3 (Im3) och immunitet proteinet av bakteriin (Im-Bac) identifierades från framträdande b- och/eller y-typ fragment joner som genereras av polypeptid stamnät klyvning (PBC) på C-terminal sidan av aspartic syra, glutamic syra och asparagin rester av aspartic syra effekt fragmentering mekanism. Programvaran skannar snabbt i silico protein sekvenser härrör från hela genomsekvensering av bakteriestammen. Programvaran tar också iterativt bort aminosyrarester av en proteinsekvens i händelse av att den mogna proteinsekvensen trunkeras. En enda proteinsekvens besatt massa och fragmentjoner överensstämmer med de som detekteras för varje immunitetsprotein. Kandidatsekvensen inspekterades sedan manuellt för att bekräfta att alla upptäckta fragmentjoner kunde tilldelas. N-terminalen methionine av Im3 togs bort post-translationally, medan Im-Bac hade den fullständiga sekvensen. Dessutom fann vi att endast två eller tre icke-kompletterande fragmentjoner som bildas av PBC är nödvändiga för att identifiera rätt proteinsekvens. Slutligen identifierades en promotor (SOS box) uppströms av de antibakteriella och immunitet gener i en plasmid genom av bakteriell stam.

Figur 3 (övre panelen) visar MS för STEC O113:H21 stam RM7788 odlas över natten på LBA kompletterad med 400 ng/mL mitomycin-C. Toppar vid m/z 7276, 7337 och 7841 hade tidigare identifierats som kallchockprotein C (CspC), kallchockprotein E (CspE) och ett plasmidburet protein med okänd funktion, respektive33. Proteinjonen vid m/z 9780 [M+H]+ analyserades av MS/MS-PSD enligt figur 3 (nedre panelen). Prekursorjonen isolerades...

Watch this Scientific Journal Video about Identification of Antibacterial Immunity Proteins in Escherichia coli using MALDI-TOF-TOF-MS/MS and Top-Down Proteomic Analysis at JoVE.com

Identification of Antibacterial Immunity Proteins in Escherichia coli using MALDI-TOF-TOF-MS/MS and Top-Down Proteomic Analysis

Här presenterar vi ett protokoll för snabb identifiering av proteiner som produceras av genomiskt sekvenserade patogena bakterier med MALDI-TOF-TOF tandem masspektrometri och uppifrån och ner proteomisk analys med programvara som utvecklats internt. Metastabila proteinjoner fragment på grund av aspartsyra effekten och denna specificitet utnyttjas för protein identifiering.

Identifiering av antibakteriella immunitetsproteiner i Escherichia coli med MALDI-TOF-TOF-MS/MS och top-down proteomisk analys

This protocol identifies the immunity proteins of the bactericidal enzymes: colicin E3 and bacteriocin, produced by a pathogenic Escherichia coli strain ...

Protokollet visar en snabb metod för identifiering av bakteriella proteiner med hjälp av antibiotikainduktion och masspektrometri. Den största fördelen med tekniken är dess hastighet och enkelhet. Provberedningen är okomplicerad.Tekniken kan utvidgas till karakterisering av alla patogena bakterier, såsom virulensfaktorer eller antibiotikaresistens för att bättre informera lämplig behandling för en bakteriell infektion. Till att börja med, använd en steril en mikroliterslinga för att skörda bakterier från enstaka kolonier som odlas på LB-agarplatta. Och överför till ett två milliliter O-ringlinje skruvlock microcentrifuge rör som innehåller 300 mikroliter av HPLC-klass vatten.Virvla sedan röret en kort stund och pelleta cellerna genom centrifugering, vid ett 0,75 mikroliterrelikvatten från provsnanten på MALDI-målet i rostfritt stål, och låt det torka. Överlägg den torkade provfläcken med 0,75 mikroliter av en mättad lösning av sinapinsyra beredd i 33% acetonitril, 67% vatten och 0,2% trifluoreetsyra och låt platsen torka. När fläcken har torkats, ladda målet i masspektrometern.Öppna anskaffningsprogrammet och klicka på MS Linear Mode Acquisition Or mass-to-charge-intervall och mass-till-laddning av de nedre och övre gränserna i deras respektive fält. Klicka på exempelplatsen som ska analyseras på MALDI-målmallen. Tryck sedan ned den vänstra musknappen och dra markören över provplatsen för att ange det rektangulära område som ska provas för en laserablation eller jonisering.Släpp musknappen för att initiera förvärvet och samla in 1000 laserbilder för varje provplats. Om joner inte detekteras öka laserintensiteten genom att justera glidskalan under laserintensitet tills proteinjonsignalen detekteras. När MS Linear Mode-anskaffningen har slutförts klickar du på MS/MS Reflectron Mode Acquisition.Ange den prekursormassa som ska analyseras i fältet Precursor Mass. Ange sedan en isoleringsbredd i daltoner i precursormassfönstret för den låga och höga masssidan av prekursormassan. Klicka på knappen CID Av.Klicka sedan på knappen Metastable Suppressor På. Justera laserintensiteten till minst 90 % av dess maximala värde genom att justera den glidande skalstången enligt vad som visas. Klicka på provplatsen som ska analyseras på MALDI-målmallen, tryck sedan ned den vänstra musknappen och dra markören över provplatsen för att ange det rektangulära område som ska provas för laserablation eller jonisering, släpp musknappen för att initiera förvärvet och samla in 10 000 laserbilder för varje provplats som visats.Dubbelklicka på Protein Biomarker Seeker Executable File, så visas det grafiska användargränssnittet. Ange massan av proteinbiomarkören i fältet Mogen proteinmassa och massmätningsfelet i masstoleransfältet. Du kan också klicka på knappen Gratis b/y ion Protein Mass Calculator för att beräkna proteinmassan från ett förmodat gratis fragmentjonpar, så visas popup-fönstret i Protein Mass Calculator Tool.Ange mass-till-laddningsförhållandet för det förmodade kostnadsfria fragmentjonparet, klicka på knappen Lägg till par så visas Kalkylatorns proteinmassa. Kopiera klistra in det här värdet i fältet Mogen proteinmassa och stäng verktygsfönstret Protein Mass Calculator. Klicka på rutan Ange restbegränsningar.Välj peptidlängd för slutsignalen, så visas popup-fönster med en glidande skala och markör och flyttar markören till önskad signalpeptidlängd. Om signalpeptidlängden inte väljs kommer en obegränsad sekvens trunkering att utföras av programvaran. Under fragmentjontillståndet väljer du Rester för polypeptid stamklyvning genom att klicka på rutorna med en eller flera rester, D-E-N och/eller P.Och klicka sedan på knappen Ange fragment ions plus ett som ska sökas, så visas popup-fragmentsidan.Klicka sedan på knappen Lägg till fragmentjon så visas ett listningsfält för varje fragmentjon som ska anges. Ange massan efter laddningsförhållanden för fragmentjonerna och deras associerade massa genom laddningstolerans. Klicka sedan på knappen Spara och stäng.I den högra rutan i How Many Fragment Ions Need To Be Matched bläddrar du för att välja det minsta antalet fragmentjoner som måste matchas för identifiering och välj cysteinrester i oxiderat tillstånd. Om proteinerna inte identifieras efter sökningen, upprepa sökningen med cysteiner i deras reducerade tillstånd. Klicka på filikonen Välj FASTA under filinställningarna för att bläddra bland och välja FASTA-filen som innehåller in silico-proteinsekvenserna för den bakteriestam som tidigare konstruerats.Välj sedan en utdatamapp och skapa ett utdatafilnamn. Klicka på ikonen Kör sök på filposter. Ett popup-fönster visas med titeln Bekräfta sökparametrar som visar sökparametrarna innan sökningen påbörjas.Och om sökparametrarna är korrekta klickar du på Börja sökning. Om parametrarna är felaktiga klickar du på Avbryt och anger rätt parametrar igen. När sökningen har initierats stängs parameterfönstret och ett nytt popup-fönster med ett förloppsfält visas, som visar sökningens förlopp och en löpande räkning av antalet identifieringar som hittas.När sökningen är klar stängs förloppsindikatorn automatiskt och en sammanfattning av sökningen visas i loggfältet i det grafiska användargränssnittet tillsammans med ett nytt popup-fönster som visar de proteinidentifieringar som hittats. I den aktuella studien odlades bakteriekulturer i LB med två olika koncentrationer av mytomycin-C. Massspektrumet av bakteriekultur odlas med en mytomycin-C koncentration.Kall chock protein C, kall chock protein E och en plasmid-borne protein av okänd funktion identifierades. Den okända proteinjon vid 9780 analyserades av MS/MS, och prekursor jon isolerades med en tidjon väljar fönster på cirka 100 dalton. Fragmentjonen vid massa för att ladda 9675,9 är spillover från dissociationen av metastabil proteinjon vid 9655.Sekvensen av immunitetsproteinet för kolicin E3 innehåller grundläggande rester möjliga platser för jonisering. Fragment joner upptäckt från polypeptid stamnät klyvning, när den minskade formen av cystein användes under sökningen. N-terminalen methionine tas bort som en ändring efter översättning.När bakteriekulturen odlades med en hög mytomycin-C koncentration identifierades immunitetsproteinet av bacteriocin. Den okända toppen på 9651 analyserades av MS/MS, och föregångaren jon isolerades med ett smalare och asymmetriska TIS fönster på minus 75 plus 60 dalton. Sekvensen av immunitetsproteinet av bakteriin innehåller grundläggande rester möjliga platser för jonisering.Fragment joner upptäckt från polypeptid stamnät klyvning, när den minskade formen av cystein användes under sökningen. med de olika koncentrationerna av antibiotika kan relativ proteinförekomst variera. Och dessa analyserades med hjälp av masspektrometri.Vid skörd av bakterieceller, observera kolonimorfologi och bakterietillväxt med avseende på antibiotika och koncentration. En mikroliter slinga av celler är nödvändig för att upptäcka proteiner.

Research

JoVE Journal

Chemistry

Identification of Antibacterial Immunity Proteins in Escherichia coli using MALDI-TOF-TOF-MS/MS and Top-Down Proteomic Analysis

Qualitative Identification of Carboxylic Acids, Boronic Acids, and Amines Using Cruciform Fluorophores

Kvalitativ Identifiering av karboxylsyror, boronsyror och aminer Använda Cruciform Fluoroforer

Molecular cruciforms are X-shaped systems in which two conjugation axes intersect at a central core. If one axis of these molecules is substituted with ...

Optimization of Synthetic Proteins: Identification of Interpositional Dependencies Indicating Structurally and/or Functionally Linked Residues

Optimering av syntetiska proteiner: Namnet på Interpositional beroenden Indikerings strukturellt och / eller funktionellt knutna Stoder

Protein alignments are commonly used to evaluate the similarity of protein residues, and the derived consensus sequence used for identifying functional ...

Sequencing of Plant Wall Heteroxylans Using Enzymic, Chemical (Methylation) and Physical (Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance) Techniques

Sequencing of Plant Wall Heteroxylans Using Enzymic, Chemical Methylation and Physical Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance Techniques

Sekvensering av växt Wall Heteroxylans Använda enzym, Chemical (metylering) och fysiska (masspektrometri, kärnmagnetisk resonans) Tekniker

This protocol describes the specific techniques used for the characterization of reducing end (RE) and internal region glycosyl sequence(s) of ...

Rapid High-throughput Species Identification of Botanical Material Using Direct Analysis in Real Time High Resolution Mass Spectrometry

Rapid med hög kapacitet Art Identifiering av Botanical Material med direkt analys i realtid högupplöst masspektrometri

We demonstrate that direct analysis in real time-high resolution mass spectrometry can be used to produce mass spectral profiles of botanical material, ...

Using Capillary Electrophoresis to Quantify Organic Acids from Plant Tissue: A Test Case Examining Coffea arabica Seeds

Using Capillary Electrophoresis to Quantify Organic Acids from Plant Tissue: A Test Case Examining Coffea arabica Seeds

Använda kapillärelektrofores att kvantifiera organiska syror från växtvävnad: ett pilotfall Undersöka<em&gt; Coffea arabica</em&gt; Frön

Carboxylic acids are organic acids containing one or more terminal carboxyl (COOH) functional groups. Short chain carboxylic acids (SCCAs; carboxylic ...

In Situ Detection and Single Cell Quantification of Metal Oxide Nanoparticles Using Nuclear Microprobe Analysis

In Situ Detection and Single Cell Quantification of Metal Oxide Nanoparticles Using Nuclear Microprobe Analysis

In Situ Upptäckt och enda Cell kvantifiering av metalloxid nanopartiklar med nukleära Microprobe analys

Micro-analytical techniques based on chemical element imaging enable the localization and quantification of chemical composition at the cellular level. ...

DNA-magnetic Particle Binding Analysis by Dynamic and Electrophoretic Light Scattering

DNA-magnetiska partikel bindande analys av dynamiska och elektroforetiska ljusspridning

Isolation of DNA using magnetic particles is a field of high importance in biotechnology and molecular biology research. This protocol describes the ...

Large-scale Top-down Proteomics Using Capillary Zone Electrophoresis Tandem Mass Spectrometry

Storskaliga Top-down proteomik med kapillära zonen elektrofores Tandem Mass Spectrometry

Capillary zone electrophoresis-electrospray ionization-tandem mass spectrometry (CZE-ESI-MS/MS) has been recognized as a useful tool for top-down ...

Escherichia coli-Based Cell-Free Protein Synthesis: Protocols for a robust, flexible, and accessible platform technology

Escherichia coli-Based Cell-Free Protein Synthesis: Protocols for a robust, flexible, and accessible platform technology

Escherichia coli-baserade Cell-Free proteinsyntes: protokoll för en robust, flexibel och lättillgänglig plattform teknik

Over the last 50 years, Cell-Free Protein Synthesis (CFPS) has emerged as a powerful technology to harness the transcriptional and translational capacity ...