Name: utilizing time-resolved protein-induced fluorescence enhancement to identify stable local conformations one &#945;-synuclein monomer at a time
Uploaded: 2021-05-30T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Utilizing Time-Resolved Protein-Induced Fluorescence Enhancement to Identify Stable Local Conformations One ÃŽÂ±-Synuclein Monomer at a Time at JoVE.com

ה-pT-t7 קידוד A56C α-Syn ניתנה לנו במתנה מד"ר אסף גרופי, ד"ר דן אמיר וד"ר אלישע האס. מאמר זה נתמך על ידי המכונים הלאומיים לבריאות (NIH, מענק R01 GM130942 לא"ל כסובה), הקרן הישראלית למדע (מענק 3565/20 במסגרת תוכנית קילקורונה - בלימת נגיף הקורונה), קרן מילנר והאוניברסיטה העברית בירושלים (קרנות הזנק).

1. טרנספורמציה פלסמיד
<ol><li>הכנת 0.5 ליטר של SOC בינוני<ol>
<li>שקול 10 גרם של טריפטון, 2.5 גרם של תמצית שמרים, 0.25 גרם של נתרן כלורי (NaCl), 0.1 גרם של אשלגן כלורי (KCl).</li>
		<li>יש להוסיף מים מזוקקים כפולים (DDW) עד לנפח כולל של 0.5 ליטר.</li>
		<li>הסתגלו ל-pH 7 על ידי הוספת נתרן הידרוקסיד (NaOH).</li>
		<li>הכן aliquots מלאי של 100 מ"ל ו...

מחקרים ביוכימיים וביופיזיים נרחבים בוצעו כדי לחקור את המאפיינים המבניים של α-Syn וטבעו המופרע33,34,35,36,37,38. מספר עבודות כבר השתמשו ב- smFRET המתפזר בחופשיות כדי לחקור את הדינמיקה התוך-מול?...

במהלך שני העשורים האחרונים, שיטות מבוססות פלואורסצנטיות של מולקולה אחת הפכו לכלי רב עוצמה למדידת ביומולקולות1,2, בודקים כיצד פרמטרים ביומולקולריים שונים מפיצים, כמו גם כיצד הם מתחברים באופן דינמי בין אוכלוסיות משנה שונות שלפרמטריםאלה ברזולוציה תת-אלפית השנייה 3,4,5. הפרמטרים בטכניקות אלה כוללים את יעילות העברת האנרגיה במדידות FRET 6,7, פלואורסצנטיות אניזוטרופיה8,9, פלואורסצנטיות תשואות קוונטיות ואורך חיים10,11, כפונקציה של פלואורסצנטיות שונה מרווה12 או שיפור13 מנגנונים. אחד ממנגנונים אלה, הידוע יותר בשם שיפור פלואורסצנטיות הנגרמת על ידי חלבון (PIFE)14 מציג את השיפור של תשואה קוונטית פלואורסצנטית ואורך חיים כפונקציה של חסימה סטרית לאיזומריזציה חופשית של הפלואורופור כאשר במצב נרגש, הנגרמת על ידי משטחי חלבון בקרבת הצבע14,15,16,17,18,19 . הן FRET והן PIFE נחשבים לשליטים ספקטרוסקופיים או חיישני קרבה מכיוון שהפרמטר הנמדד שלהם מקושר ישירות למדידה מרחבית בתוך הביומולקול המסומן תחת מדידה. בעוד יעילות FRET קשורה למרחק בין זוג צבעים בטווח של 3-10 ננומטר20, PIFE עוקב אחר עלייה בתפוקות קוונטיות פלואורסצנטיות או תקופות חיים הקשורות למרחק בין הצבע לבין משטח של חלבון סמוך בטווח של 0-3 ננומטר19.
FRET מולקולה אחת שימשה באופן נרחב למתן תובנות מבניות למערכות חלבון רבות ושונות, כולל חלבונים עם הפרעה מהותית (עקורים)21, כגון α-סינוקלאין (α-Syn)22. α-Syn יכול ליצור מבנים מסודרים בעקבות קשירה ביומולקולים שונים ובתנאים שונים23,24,25,26,27,28,29,30. עם זאת, כאשר לא מאוגד, מונומר α-Syn מאופיין בהטרוגניות קונפורמציה גבוהה עם קונפורמציות הדדיות במהירות31,32.
הקונפורמציות של α-Syn נחקרו בעבר באמצעות טכניקות שונות ושונות המסייעות בזיהוי דינמיקה קונפורמיאלית של מערכות חלבון הטרוגניות ודינמיות כאלה33,34,35,36,37,38,39. מעניין, מדידות FRET מולקולה אחת (smFRET) של α-Syn במאגר דיווחו על אוכלוסיית FRET יחיד39,40 כי הוא תוצאה של זמן ממוצע של קונפורמציות באופן דינמי interconverting לפעמים הרבה יותר מהר מאשר זמן דיפוזיה טיפוסי של α-Syn דרך נקודת הקונפוקציה (פעמים מהר כמו מיקרו שניות מעטות ואפילו מהר יותר מזה, יחסית זמני דיפוזיה אלפיות השנייה טיפוסית)40, 41. עם זאת, באמצעות סרגל ספקטרוסקופי FRET עם רגישות למרחק של 3-10 ננומטר מדווח לפעמים רק על שינויים מבניים כוללים בחלבון קטן כגון α-Syn. למדידות של מולקולה אחת המשתמשות בחיישני קרבה ספקטרוסקופיים עם רגישויות מרחק קצרות יותר יש פוטנציאל לדווח על דינמיקה של מבנים מקומיים. בזאת אנו מבצעים מדידות PIFE של α-Syn ומזהים תת-אוכלוסיות שונות של מיפוי אורך חיים פלואורסצנטי למבנים מקומיים שונים עם מעברים ביניהם איטיים כמו 100 אלפיות שני. עבודה זו מסכמת מדידות smPIFE שנפתרו בזמן של מולקולות α-Syn המתפזרות בחופשיות אחת בכל פעם, במאגר וכאשר היא מאוגדת לממברנות מבוססות SDS כחיישן קרבה ספקטרוסקופי לטווח קצר.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Amicon Ultra-15 Centrifugal Filter Units</td>
			<td>Merc</td>
			<td>C7715</td>
			<td>cutoff: 100 kDa</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ammonium sulfate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A4418</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BSA</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A9647</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>cysteamine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>30070</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dialysis bags - MEGA GeBaFlex-tube</td>
			<td>Gene Bio-Application</td>
			<td>MEGA320</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>dithiothreitol (DTT)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>43815</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>E5134</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fast SeeBand staining solution</td>
			<td>Gene Bio-Application</td>
			<td>SB050</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glycine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>50046</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>D-Glucose</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>G7021</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HEPES</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>54457</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HiTrap Desalting 5 mL</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>GE17-1408</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>6-hydroxy-2,5,7,8-tetramethylchroman-2-carboxylic acid (TROLOX)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>238813</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>isopropyl &#946;-d-1-thiogalactopyranoside (IPTG)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>I5502</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LB broth</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>L3152</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium chloride</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>63068</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MonoQ column</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>54807</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>protein LoBind tube</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>EP0030108094</td>
			<td>0.5 mL</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rinse a &#181;-slide 18</td>
			<td>Ibidi</td>
			<td>81816</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SDS</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>75746</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium acetate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S2889</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium hydroxide</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S8045</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium phosphate monobasic monohydrate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>71507</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sterile Cell spreaders, Drigalski spatulas</td>
			<td>mini-plast</td>
			<td>815-004-05-001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>streptomycin sulfate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>S9137</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>sulfo-Cy3&#160;maleimide</td>
			<td>abcam</td>
			<td>ab146493</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris(2-carboxyethyl)phosphine hydrochloride (TCEP)</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>75259</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tris-HCl</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>93363</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tryptone</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T7293</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Yeast Extract</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Y1625</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

utilizing time-resolved protein-induced fluorescence enhancement to identify stable local conformations one &#945;-synuclein monomer at a time

שימוש בסרגלים ספקטרוסקופיים כדי לעקוב אחר קונפורמציות מרובות של ביומולקולות בודדות והדינמיקה שלהם חוללה מהפכה בהבנת הדינמיקה המבנית ותרומתה לביולוגיה. בעוד שהסרגל מבוסס FRET מדווח על מרחקים בין צבעים בטווח של 3-10 ננומטר, טכניקות ספקטרוסקופיות אחרות, כגון שיפור פלואורסצנטיות הנגרמת על-ידי חלבון (PIFE), מדווחות על הקרבה בין צבע למשטח חלבון בטווח הקצר יותר של 0-3 ננומטר. ללא קשר לשיטת הבחירה, השימוש בו במדידת ביו-מולוקולים המפזרים בחופשיות בזה אחר זה מאחזר היסטוגרמה של הפרמטר הניסיוני המניב אוכלוסיות תת-אוכלוסיות נפרדות בחלוקה מרכזית של ביו-מוקולות, כאשר כל תת-אוכלוסייה מייצגת התאמה אחת שנותרה ללא שינוי בתוך אלפיות השניה, או קונפורמציות מרובות המתחברות הרבה יותר מהר מאלפיות שניה, ומכאן תת-אוכלוסייה ממוצעת. במולקולה אחת FRET, שבו הפרמטר המדווח בהיסטוגרמה הוא יעילות FRET בין צבעים, חלבון הפרעה מהותית, כגון מונומר α-Synuclein במאגר, דווח בעבר כמפגין תת-אוכלוסייה ממוצעת אחת של קונפורמציות מרובות המתחברות במהירות. בעוד שממצאי העבר האלה תלויים בטווח של 3-10 ננומטר של השליט מבוסס FRET, ביקשנו לשים את החלבון הזה במבחן באמצעות PIFE של מולקולה אחת, שם אנו עוקבים אחר חיי הפלואורסצנטיות של חלבוני α-Synuclein ספציפיים לאתר. מעניין, באמצעות חיישן קרבה ספקטרוסקופי לטווח קצר זה, sCy3-תווית α-Synuclein מציג מספר אוכלוסיות משנה לכל החיים עם תקופות חיים ממוצעות שונות במובהק כי interconvert ב 10-100 ms. תוצאות אלה מראות כי בעוד α-Synuclein עלול להיות מופרע ברחבי העולם, הוא בכל זאת משיג מבנים מקומיים יציבים. לסיכום, בעבודה זו אנו מדגישים את היתרון של שימוש בחיישני קרבה ספקטרוסקופיים שונים העוקבים אחר שינויים מבניים מקומיים או גלובליים ביומולקול אחד בכל פעם.

כ- IDP, כאשר הוא אינו מאוגד לביומולקול אחר, α-Syn מציג דינמיקה מבנית בין קונפורמציות מרובות, עם מעברים במיקרו שניות מעטות40 ואפילו במאות ננו-שניות41. כאשר α-סיסן חוצה את נקודת הקונפוציה, היא עשויה לעבור אלפי מעברים בין קונפורמציות. אכן, זה היה המקרה כאשר smFRET שימש<sup class="xre...

Watch this Scientific Journal Video about Utilizing Time-Resolved Protein-Induced Fluorescence Enhancement to Identify Stable Local Conformations One ÃŽÂ±-Synuclein Monomer at a Time at JoVE.com

Utilizing Time-Resolved Protein-Induced Fluorescence Enhancement to Identify Stable Local Conformations One ÃƒÅ½Ã‚Â±-Synuclein Monomer at a Time

שיפור פלואורסצנטיות המושרה בחלבון המושרה בחלבון בזמן הוא חיישן קרבה פלואורסצנטי שימושי רגיש לשינויים מבניים מקומיים בחלבונים. כאן אנו מראים שניתן להשתמש בו כדי לחשוף קונפורמציות מקומיות יציבות α-Synuclein, אשר ידוע גם בשם globulared ולא יציב כאשר נמדד באמצעות סרגל FRET לטווח ארוך יותר.

ניצול שיפור פלואורסצנטיות הנגרמת על-ידי חלבון בזמן כדי לזהות קונפורמציות מקומיות יציבות אחת α-Synuclein Monomer בכל פעם

Using spectroscopic rulers to track multiple conformations of single biomolecules and their dynamics have revolutionized the understanding of structural ...

מולקולה אחת, שיפור פלואורסצנטיות הנגרמת על ידי חלבון יכול להחמיא מדידות FRET מולקולה אחת בעת לימוד תת-אוכלוסין מבני חלבון וקונפורמציות, במיוחד במקרים שבהם תת אוכלוסין מבניים ברורים מדווחים על מבנים מקומיים יציבים. היתרון העיקרי של טכניקה זו הוא שהיא לוכדת תת-אוכלוסיות מבניות ייחודיות לאתר בהתבסס על סביבת אתר תיוג הצבע למשטחי החלבון. מולקולה אחת, חלבון המושרה שיפור פלואורסצנטיות יכול להיות מיושם על כל מערכת ביומולקולרית של עניין לחקור אוכלוסין ייחודי, מקומי, מבני.התחל על ידי הכנת 25 פיקומולר סולפו-Cy3-תווית אלפא-סינוקלאין במאגר מדידה בצינור כריכה חלבון נמוך. הוסף 100 מיקרוליטרים של מיליגרם אחד למיליליטר BSA לשקופית כיסוי מיקרוסקופיה של 18 תאים ודגרה למשך דקה אחת, ולאחר מכן, להשליך את BSA. הוסף 100 מיקרוליטרים של 25 דגימת אלפא-סינוקלאין עם תווית פיקומולר סולפו-סיי-סי-3 לתא של שקופית החלקת הכיסוי.לאחר מכן, לרכישת הנתונים, הוסף טיפה של מים אולטרה-פצליים בחלק העליון של העדשה האובייקטיבית טבילת מים בצמצם גבוה, תקן את שקופית החלקת הכיסוי בתא הבמה ולאחר מכן התקן את ההרכבה בחלק העליון של שלב המיקרוסקופ. מביאים את העדשה האובייקטיבית כלפי מעלה עד שטיפת המים מעל העדשה האובייקטיבית תרוח בתחתית שקופית החלקת הכיסוי, ופתחו את תריס הלייזר. כאשר העדשה האובייקטיבית נעה כלפי מעלה, בדוק את התבנית של הטבעות האוורייריות במצלמת CCD.הטבעת הראשונה מייצגת את המוקד בממשק המים/זכוכית, והטבעת השנייה מייצגת את המוקד בממשק שבין הזכוכית לפתרון לדוגמה. הגדל את גובה העדשה האובייקטיבית ב-75 מיקרומטר כדי להביא את מיקוד הלייזר עמוק בתמיסה למזעור האוטופלואורסצנטיות מפני השטח של הזכוכית של שובר הכיסוי. כוונן את כוח הלייזר בעדשה האובייקטיבית כ-100 מיקרו-וואט.התחל ברכישת הפוטונים שזוהו לזמן מוגדר מראש. פתח את מחברות יופיטר ולאחר מכן פתח את המחברת לדוגמה. טען את קובץ הנתונים FRETBursts ו- Photon-HDF5.השתמש בהיסטוגרמה של הזמנים הבין-פוטוניים כדי לחשב את שיעורי הרקע עבור כל 30 שניות של רכישת נתונים. הזז חלון זמן של פוטון אחד בכל פעם עבור 20 פוטונים רצופים, ואסוף את נתוני הפוטונים אם קצב הפוטון המיידי F גדול לפחות פי 11 מקצב הרקע לתקופה זו של רכישת הנתונים. חשב את גודל הפרץ ואת כמות הפוטונים בפרץ, את משך הפרץ, את הפרש הזמן בין זמני זיהוי הפוטוס האחרונים והראשון בפרץ, את בהירות הפרץ, את הערך הגדול ביותר של קצב הפוטוס המיידי בפרץ, ואת הפרדת הפרץ, מרווח הזמן בין התפרצויות רצופות.התווה את ההיסטוגרמה של ערכי בהירות פרץ עם ציר האירועים בקנה מידה לוגריתמי. הגדר את סף הבהירות של הפרץ כערך הבהירות המינימלי של פרץ שממנו היסטוגרמה מציגה תבנית מתפוררת, ובוחרים את התפרצויות עם ערכי בהירות הגדולים מסף הבהירות המתפרץ. עבור פרץ ממוצע מדידת חיים פלואורסצנטית, התווה את ההיסטוגרמה של פוטון ננו-זמן עבור כל הפוטונים בפרצים שנבחרו עם ציר ספירת הפוטונים בקנה מידה לוגריתמי.הגדר את סף הננו-זמן כערך הננו-זמן המינימלי שממנו היסטוגרמה של ננו-זמן פוטון מציגה תבנית מתפוררת. בחר רק את הפוטונים האלה עם ננו-זמן גדול יותר מסף הננו-זמן. חשב את הממוצע האלגברי של כל הננו-זמןים של הפוטן שנבחרו.הפחת את סף הננו-זמן מהממוצע האלגברי של הננו-זמן בפוטון. הערך המתקבל הוא הננו-זמן הפוטן הממוצע של הפרץ, פרופורציונלי ישירות לתוחלת החיים הממוצעת של פלואורסצנטיות. שרטט את ההיסטוגרמה של כל אורך החיים של הפלואורסצנטיות.תת-אוכלוסין מבוזר באופן מרכזי של חיי פלואורסצנטיות עשוי להופיע. תת-הת-אוכלוסין עם ממוצעים בעלי ערך נמוך יותר מייצגים את המינים המולקולריים עם סולפו-Cy3 שלא נחסמו באופן סטרי, בעוד שתת-אוכלוסין עם ממוצעים בעלי ערך גבוה יותר מייצגים את מיני המולקולות עם S-Cy3 שהיו חסומים יותר באופן סטרי. להערכת הדינמיקה האיטית שבין פרץ, התווה את ההיסטוגרמה של זמני ההפרדה המתפרצת עם ציר זמן הפרדה בקנה מידה לוגריתמי.בחר כדי לשמור את כל הזוגות של התפרצויות רצופות המופרדים על-ידי פחות מזמן הפרדה מרבי המגדיר את תת-המולקולה. התווה היסטוגרמה או פיזור של אורך החיים הפלואורסצנטי הממוצע של ההתפרצויות הראשונה והשנייה עבור כל זוגות ההתפרצויות החוזרות מתחת לסף זמן הפרדה מסוים. היסטוגרמות של אורך החיים הממוצע פלואורסצנטי של מולקולה אלפא-סינוקלאין-56 אחת, המסומנת בתווית S-Cy3, הראתה כי תת-אכלוס הראשון היה בעל אורך חיים פלואורסצנטי אופייני של 1.6 ננו-שניות, ומייצג מצבים קונפורמציה אלפא-סינוקלאין עם מעט משטחי חלבון בקרבת שאריות 56.תת-אכלוס השני היה בעל אורך חיים פלואורסצנטי אופייני של 3.5 ננו-שניות וייצוג מצבי קונפורמציה אלפא-סינוקלאין עם משטחי חלבון נוספים בקרבת שאריות 56. מקטעי רכיב הבטא שאינם עמילואיד של מולקולות אלפא-סינוקלאין ידועים באימוץ מבנה סלילי, סיכת ראש על כריכה בשלפוחיות SDS, אשר אושר כאוכלוסייה אחת לכל החיים פלורסנס עם חיים אופייניים של כשלושה ננו שנייה, והיעדר תת-אוכלוסייה עם משך החיים האופייני של 1.6 ננו שנייה. ההיסטוגרמה של זמני ההפרדה בין התפרצויות רצופות של מולקולה אחת מדווחת על מולקולות חוזרות על הפרידה פעמים מהירות יותר מ-100 אלפיות השנייה, שם התפרצויות ראשונות ושניות נובעות מאותה מולקולה.היסטוגרמה הממוצעת של כל התפרצויות המולקולות הבודדות הראתה תת-אוכלוסין עם אורך חיים אופייני קצר, כמו גם עם חיים אופייניים ארוכים, מה שמצביע על כך שמולקולות בודדות יכולות לעבור מעברים בין ערכי חיים ממוצעים שונים איטיים יותר מאשר זמני משך פרץ. בתוך זמני הפרדה מתפרצים של 100 אלפיות השנייה לכל היותר, היה שבריר של מולקולות שהחלו כפרץ ראשון בתת-אכלוס תוחלת החיים הקצרה, וחזרו על עצמן כפרץ שני בתוך תת-אכלוס ארוך תוחלת החיים. בעוד שבריר המולקולות שהחלו כפרץ ראשון בתת-אוכלוסין ארוכת-טווח, וחזרו על עצמן כפרץ שני בתוך האוכלוסייה קצרת החיים, מצביע על המעברים בין שתי התת-אוכלוסיות בתוך 10 עד 100 אלפיות השנייה.הדבר החשוב ביותר שיש לזכור בעת ניתוח תוצאות הניסוי הוא להפריד כראוי אותות פלואורסצנטיות של מולקולה אחת מהרקע, ולנתח התפרצויות עם מספיק ננו-זמן פוטון. פיתוח smPIFE סלל את הדרך לחוקרים לחקור אינטראקציות חלבון חומצת גרעין ברמת המולקולה הבודדת. התקדמות זו מניחה את הקרקע לחקר הדינמיקה המבנית המקומית בתוך חלבונים.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Utilizing Time-Resolved Protein-Induced Fluorescence Enhancement to Identify Stable Local Conformations One &#945;-Synuclein Monomer at a Time

Utilizing the Ethylene-releasing Compound, 2-Chloroethylphosphonic Acid, as a Tool to Study Ethylene Response in Bacteria

ניצול במגרש משחררים אתילן, 2-Chloroethylphosphonic חומצה, ככלי לחקר תגובה אתילן בחיידקים

Ethylene (C2H4) is a gaseous phytohormone that is involved in numerous aspects of plant development, playing a dominant role in senescence and fruit ...

Time-resolved ElectroSpray Ionization Hydrogen-deuterium Exchange Mass Spectrometry for Studying Protein Structure and Dynamics

המרת מימן-דאוטריום electrospray יינון זמן נפתרה ספקטרומטריית מסה לימוד מבנה החלבון Dynamics

Intrinsically disordered proteins (IDPs) have long been a challenge to structural biologists due to their lack of stable secondary structure elements. ...

Utilizing a Comprehensive Immunoprecipitation Enrichment System to Identify an Endogenous Post-translational Modification Profile for Target Proteins

ניצול מערכת העשרה Immunoprecipitation מקיף כדי לזהות פרופיל אנדוגני שינוי Post-translational של חלבונים היעד

It is now well-appreciated that post-translational modifications (PTMs) play an integral role in regulating a protein&#39;s structure and function, which ...

Generation of Native, Untagged Huntingtin Exon1 Monomer and Fibrils Using a SUMO Fusion Strategy

דור של Huntingtin Exon1 טבעית, לא מתויגות מונומר, הסיבים משתמש באסטרטגיה פיוז'ן סומו

Huntington&#39;s Disease (HD) is an inherited fatal neurodegenerative disease caused by a CAG expansion (&#8805;36) in the first exon of the HD gene, ...

Manipulating Living Cells to Construct Stable 3D Cellular Assembly Without Artificial Scaffold

מניפולציה מתאים חיים לבנות יציב הרכבה הסלולר 3D ללא לגרדום מלאכותי

Regenerative medicine and tissue engineering offer several advantages for the treatment of intractable diseases, and several studies have demonstrated the ...

A Fluorescence Fluctuation Spectroscopy Assay of Protein-Protein Interactions at Cell-Cell Contacts

Assay ספקטרוסקופיה התנודות זריחה של אינטראקציות חלבון-חלבון באנשי קשר תא-תא

A variety of biological processes involves cell-cell interactions, typically mediated by proteins that interact at the interface between neighboring ...

Using In Vitro Fluorescence Resonance Energy Transfer to Study the Dynamics Of Protein Complexes at a Millisecond Time Scale

שימוש בהעברת אנרגיה פלורסצנטיות תהודה חוץ גופית ללמוד את הדינמיקה של חלבון מתחמי בקנה מידה הזמן אלפיות השנייה

Proteins are the primary operators of biological systems, and they usually interact with other macro- or small molecules to carry out their biological ...

A Strategy to Identify Compounds that Affect Cell Growth and Survival in Cultured Mammalian Cells at Low-to-Moderate Throughput

אסטרטגיה לזיהוי תרכובות המשפיעות על צמיחת תאים והישרדות בתאי מיונקים מתורבתים בתפוקה נמוכה לבינונית

Cytotoxicity is a critical parameter that needs to be quantified when studying drugs that may have therapeutic benefits. Because of this, many drug ...

Fast Grid Preparation for Time-Resolved Cryo-Electron Microscopy

הכנת רשת מהירה למיקרוסקופיה קריו-אלקטרונית שנפתרה בזמן

The field of cryo-electron microscopy (cryo-EM) is rapidly developing with new hardware and processing algorithms, producing higher resolution structures ...

Time-resolved F&#246;rster Resonance Energy Transfer Assays for Measurement of Endogenous Phosphorylated STAT Proteins in Human Cells

Time-resolved FÃƒÆ’Ã‚Â¶rster Resonance Energy Transfer Assays for Measurement of Endogenous Phosphorylated STAT Proteins in Human Cells

בדיקות העברת אנרגיה תהודה Förster נפתר זמן למדידה של חלבונים STAT זרחן אנדוגני בתאים אנושיים

The Janus kinase (JAK)/signal transducer and activator of transcription (STAT) signaling pathway plays a crucial role in mediating cellular responses to ...