Name: resin-assisted capture coupled with isobaric tandem mass tag labeling for multiplexed quantification of protein thiol oxidation
Uploaded: 2021-06-21T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Resin-Assisted Capture Coupled with Isobaric Tandem Mass Tag Labeling for Multiplexed Quantification of Protein Thiol Oxidation at JoVE.com

作業の一部は、NIH助成金R01 DK122160、R01 HL139335、およびU24 DK112349によってサポートされました。

動物またはヒトのサンプル/組織に関連するプロトコルに記載されているすべての手順は、ヒトおよび動物の研究倫理委員会の制度的ガイドラインによって承認され、それに従いました。
1. サンプルの均質化/溶解
<ol><li>凍結組織サンプル<ol><li>凍結組織(~30 mg)を、あらかじめ冷やしたカミソリの刃と鉗子を使用してドライアイス上でスライドさせてガラス顕微鏡上でミン...

樹脂支援捕捉は、システイン残基の酸化的修飾の研究のために、様々なサンプルタイプおよび生物学的系にわたって利用されている25、29、30。この方法では、SDS-PAGEおよびウェスタンブロット分析を使用したタンパク質およびペプチド、ならびに質量分析を使用した個々のシステイン部位を含む、複数のレベルおよび読み?...

恒常性条件下では、細胞は活性酸素、窒素、または硫黄種を生成し、代謝やシグナル伝達などのプロセスを促進するのに役立ちます1,2,3、原核生物と真核生物の両方にまで及びます。これらの反応性種の生理学的レベルは、「ユーストレス」としても知られる適切な細胞機能に必要です1,4。対照的に、酸化剤と抗酸化物質のバランスを崩す酸化剤の増加は、酸化ストレス、または「苦痛」1を引き起こし、細胞の損傷につながる可能性があります。酸化剤は、タンパク質、DNA、RNA、脂質などのさまざまな生体分子を修飾することにより、生物学的経路にシグナルを伝達します。特に、タンパク質のシステイン残基は、システイン上のチオール基に起因して酸化を起こしやすい反応性の高い部位であり、異なる種類の酸化剤に対して反応性を示す5。これにより、ニトロシル化(SNO)、グルタチオニル化(SSG)、スルフェニル化(SOH)、ペルスルフィド化(SSH)、ポリスルフィド化(SSnH)、アシル化、ジスルフィドなど、システインに対するさまざまな可逆的レドックスベースの翻訳後修飾(PTM)が生じます。システイン酸化の不可逆的な形態には、スルフィニル化(SO2H)およびスルホニル化(SO3H)が含まれる。
システイン残基の可逆的酸化修飾は、さらなる不可逆的酸化を防止する保護的役割を果たすか、または下流の細胞経路のシグナル伝達分子として役立ち得る6,7。一部のチオールレドックスPTMの可逆性により、システイン部位は「レドックススイッチ」として機能し8,9、これらの部位の酸化還元状態の変化はタンパク質機能を変化させ、一過性プロセスにおける役割を調節します。酸化還元PTMs10の調節効果は、触媒作用12、タンパク質間相互作用13、立体配座変化14、金属イオン配位15、または薬理学的阻害剤結合16を含むタンパク質機能11の多くの側面において観察されている。さらに、レドックスPTMは、転写17、翻訳18、または代謝19などの経路を調節するタンパク質のシステイン部位に関与しています。酸化還元PTMがタンパク質の機能と生物学的プロセスに与える影響を考えると、酸化還元状態の摂動に応答してシステイン部位が受ける酸化の程度を定量化することが重要です。
酸化還元状態が変化したシステイン部位の同定は、通常の条件と摂動状態の間の部位特異的レベルでの酸化状態の比較に焦点を当てています。フォールド変化測定は、どのシステイン部位が研究にとって生理学的に重要であるかをユーザーが解釈するのに役立つため、どの部位が大幅に変化しているかを判断するためによく使用されます。あるいは、特定のサンプルタイプにわたる可逆的なチオール酸化の化学量論的測定は、細胞酸化に関する生理学的状態の全体像を示しますが、これは見過ごされ、十分に活用されていないことが多い重要な測定値です。修飾化学量論は、修飾チオールの割合を総タンパク質チオール(修飾および未修飾)に対する比率として定量することに基づいています20,21。その結果、化学量論的測定は、特に質量分析を使用する場合、倍率変化よりも正確な測定を提供します。酸化の増加の重要性は、化学量論を使用して特定のシステイン部位のPTM占有率を決定することにより、より容易に確認できます。たとえば、チオール酸化の3倍の増加は、わずか1%から3%、または30%から90%の大きな遷移に起因する可能性があります。占有率が1%しかない部位の酸化が3倍に増加しても、タンパク質の機能にはほとんど影響しない可能性があります。ただし、休止状態で30%の占有率を持つサイトの3倍の増加は、より実質的に影響を受ける可能性があります。化学量論的測定は、総酸化チオールとタンパク質グルタチオニル化(SSG)およびニトロシル化(SNO)を含む特定の酸化修飾との間で実行されると、特定の修飾タイプに関する比率および定量的情報を明らかにすることができる。
可逆チオール酸化は通常、低存在量の翻訳後修飾であるため、これらの修飾を含むタンパク質を生物学的サンプルから濃縮するために複数のアプローチが開発されています。Jaffreyらが考案したビオチンスイッチ技術(BST)22と呼ばれる初期のアプローチには、未修飾のチオールをアルキル化によってブロックし、可逆的に修飾されたチオールを新生の遊離チオールに還元し、新生の遊離チオールをビオチンで標識し、標識タンパク質をストレプトアビジン親和性プルダウンによって濃縮する複数のステップが含まれます。この技術は、多くの研究でSNOおよびSSGのプロファイリングに使用されており、他の形態の可逆チオール酸化のプローブに適合させることができます23,24。BSTは、さまざまな形態の可逆的チオール酸化のプローブに利用されてきましたが、このアプローチの懸念の1つは、非ビオチン化タンパク質のストレプトアビジンへの非特異的結合によって濃縮が影響を受けることです。私たちの研究室で開発された別のアプローチである樹脂支援捕獲(RAC)25,26(図1)は、ビオチン-ストレプトアビジン系を介したチオール基の濃縮の問題を回避します。
可逆的に酸化されたチオールの還元に続いて、新生遊離チオールを有するタンパク質は、遊離チオール基を共有結合的に捕捉するチオール親和性樹脂によって濃縮され、BSTよりもシステイン含有タンパク質のより特異的な濃縮を可能にする。RACと、アイソバリック標識および質量分析の最近の進歩のマルチプレックスパワーを組み合わせることで、プロテオーム全体のレベルで可逆的に酸化されたシステイン残基の濃縮、同定、定量のための堅牢で高感度なワークフローが作成されます。質量分析の最近の進歩により、チオールレドックスプロテオームのより深いプロファイリングが可能になり、タンパク質チオール酸化の原因と結果の両方の理解が深まりました27。部位特異的な定量データから得られた情報は、可逆的酸化修飾の機構的影響および下流効果のさらなる研究を可能にする28。このワークフローを利用することで、SSGのレベルが年齢に関して異なる老化などの通常の生理学的イベントに対する可逆的なシステイン酸化の生理学的影響についての洞察が得られました。SSGに対する老化効果は、ミトコンドリア機能を高め、老化マウスのSSGレベルを低下させる新規ペプチドであるSS-31(エラミプレチド)を使用して部分的に逆転し、若いマウスにより類似したSSGプロファイルを持つようになりました29。
ナノ粒子曝露に起因する病態生理学的状態は、マウスマクロファージモデルにおいてSSGが関与することが示されている。RACと質量分析を組み合わせて使用することで、SSGレベルが酸化ストレスの程度とマクロファージ貪食機能の障害に直接相関していることが示された。データはまた、異なる程度の酸化ストレスを誘発する異なる工学的ナノ材料に応答する経路特異的な違いを明らかにした30。この方法は、原核生物種でもその有用性を証明しており、チオール酸化に関する光合成シアノバクテリアの日周周期の影響を研究するために適用されました。電子伝達、炭素固定、解糖など、いくつかの重要な生物学的プロセスにわたるチオール酸化の広範な変化が観察されました。さらに、直交検証により、いくつかの重要な機能部位が修飾されていることが確認され、これらの酸化的修飾の調節的役割が示唆された6。
ここでは、標準化されたワークフローの詳細を説明し(図1)、タンパク質の総酸化システインチオールの濃縮とその後の標識および化学量論定量に対するRACアプローチの有用性を実証します。このワークフローは、細胞培養物27,30および全組織(例えば、骨格筋、心臓、肺)29,31,32,33を含む異なるサンプルタイプにおける酸化還元状態の研究において実施されている。ここには含まれていないが、RACプロトコルは、前述のように、SSG、SNO、およびS-アシル化を含む特定の形態の可逆的酸化還元修飾の調査にも容易に適合させる25,29,34。

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>2-(Pyridyldithio)ethylamine hydrochloride</td>
			<td>Med Chem Express</td>
			<td>HY-101794</td>
			<td>Reagent for in-house resin synthesis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2.0 mL LoBind centrifuge tubes</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22431048</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5.0 mL LoBind centrifuge tubes</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>30108310</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5.0 mL round bottom tubes</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>352054</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetone</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A949-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>34998</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Activated Thiol&#8211;Sepharose&#160;4B</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>T8512</td>
			<td>Potential replacement for thiol-affinity resin</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amicon Ultra 0.5 mL centrifugal filter</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>UFC5010BK</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium bicarbonate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>09830</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bicinchonicic acid (BCA)</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>23227</td>
			<td>Protein Assay Reagent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5810R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5415R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dithiothreitol (DTT)</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>20291</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>E5134</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HEPES buffer</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>H4034</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Homogenizer</td>
			<td>BioSpec Products</td>
			<td>985370</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Iodoacetimide (IAA)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>I1149</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N-ethylmaleimide</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>4259</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NHS-Activated Sepharose 4 Fast Flow</td>
			<td>Cytiva</td>
			<td>17-0906-01</td>
			<td>Reagent for in-house resin synthesis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QIAvac 24 Plus vacuum manifold</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>19413</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium chloride</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S3014</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium dodecyl sulfate (SDS)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>L6026</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sonicator</td>
			<td>Branson</td>
			<td>1510R-MT</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Spin columns</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>69705</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Strata C18-E reverse phase columns</td>
			<td>Phenomenex</td>
			<td>8B-S001-DAK</td>
			<td>Peptide desalting</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermomixer</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5355</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thiopropyl Sepharose 6B</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>17-0420-01</td>
			<td>Thiol-affinity resin; *Production of Thiopropyl Sepharose 6B resin has been discontinued by the manufacturer (see protocol for details).</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TMT isobaric labels (16 plex)</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>A44522</td>
			<td>Peptide labeling reagent; available in multiple formats</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triethylammonium bicarbonate buffer (TEAB)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>T7408</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trifluoroacetic acid (TFA)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>T6508</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>T8787</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypsin</td>
			<td>Promega</td>
			<td>V5820</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Urea</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>U5378</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vacufuge Plus speedvac</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22820001</td>
			<td>vacuum concentrator</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex mixer</td>
			<td>Scientific Industries</td>
			<td>SI-0236</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

resin-assisted capture coupled with isobaric tandem mass tag labeling for multiplexed quantification of protein thiol oxidation

タンパク質チオールの可逆的酸化修飾は、最近、細胞機能の重要なメディエーターとして浮上しています。ここでは、タンデム質量タグ(TMT)同重体標識および液体クロマトグラフィー-タンデム質量分析(LC-MS/MS)と組み合わせて、酸化タンパク質チオールのマルチプレックス確率法をプロテオームレベルで定量できる、樹脂支援捕捉(RAC)を利用した定量的レドックスプロテオミクス法の詳細な手順について説明します。酸化システイン残基に関する部位特異的な定量情報は、そのような修飾の機能的影響に関するさらなる洞察を提供します。 
このワークフローは、培養細胞(哺乳類、原核生物など)や組織全体(心臓、肺、筋肉など)など、多くのサンプルタイプに適応でき、最初に溶解/ホモジナイズされ、人工酸化を防ぐために遊離チオールがアルキル化されます。酸化されたタンパク質チオールは、チオール親和性樹脂によって還元および捕捉されるため、タンパク質/ペプチドを追加で移すことなく、消化、標識、洗浄手順を実行できるため、ワークフローのステップが合理化および簡素化されます。最後に、標識ペプチドを溶出し、LC-MS/MSで分析して、プロテオーム全体にわたるチオール酸化に関連する包括的な化学量論的変化を明らかにします。この方法は、タンパク質チオール酸化に関連する生理学的および病態生理学的状態下での酸化還元依存性調節の役割の理解を大幅に向上させます。

プロトコルの完了は、以前に酸化されたシステイン含有ペプチドの非常に特異的な濃縮をもたらし、多くの場合、>95%の特異性を有する27,35,36。しかしながら、プロトコルのいくつかの重要なステップは、特別な注意を必要とする、例えば、人工酸化および人工的に酸化されたチオールの非特異的濃縮を禁止するサンプル溶...

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Resin-Assisted Capture Coupled with Isobaric Tandem Mass Tag Labeling for Multiplexed Quantification of Protein Thiol Oxidation

タンパク質チオール酸化は、通常の生理学的および病態生理学的条件下で重要な意味を持ちます。レジンアシストキャプチャー、アイソバリック標識、質量分析を利用して、タンパク質の可逆的に酸化されたシステイン残基の部位特異的同定と定量を可能にする定量的レドックスプロテオミクス法の詳細について説明します。

タンパク質チオール酸化の多重化定量のための同重体タンデム質量タグ標識と組み合わせた樹脂支援キャプチャ(英語)

Reversible oxidative modifications on protein thiols have recently emerged as important mediators of cellular function. Herein we describe the detailed ...

このプロトコルは、タンパク質の酸化シスチン残基の部位特異的同定を可能にする方法を記載する。この方法では、酸化シスチン残基の定量的および部位特異的データをさまざまなサンプルタイプから生成できます。補助捕捉手順を開始するには、沈殿したタンパク質ペレットをアセトンで2回洗浄し、20, 500 G、摂氏4度で10分間遠心分離します。次に、アセトンをデカントし、マイクロピペットで残りのアセトンを取り除きます。ガラス血清学的ピペットを使用して、3ミリリットルの新鮮な氷冷アセトンをチューブに加え、チューブを数回反転させてよく混合します。2回目の洗浄後、ペレットを乾燥させすぎずに1〜2分間風乾させます。1ミリリットルのバッファーBを乾燥タンパク質ペレットに加える。タンパク質を可溶化するには、短いボルテックスとともに、一度に15〜30秒間、250ワットの出力を有するバス超音波処理器でペレットを繰り返し超音波処理する。ビシンコニン酸またはBCAアッセイを実行して、タンパク質濃度を測定します。タンパク質濃度を標準化するには、500マイクログラムのタンパク質サンプルを0.5ミリリットル、10キロダルトンの遠心フィルターに移し、再懸濁バッファーでサンプルを500マイクロリットルまで容量アップします。遠心フィルター内の容量が100マイクロリットル未満になるまで、室温で14, 000 Gでタンパク質バッファー混合物を遠心分離します。収集チューブ内のフィルターを反転させてサンプルを収集します。サンプルを1000 Gで2分間遠心分離し、バッファーCを加えて最終容量500マイクロリットルにします。タンパク質チオールを減らすには、20マイクロリットルの500ミリモルのジチオスレイトールまたはDTTをサンプルに加えて最終濃度20ミリモルとし、850RPMで振とうしながら摂氏37度で30分間サンプルをインキュベートします。還元後、遠心フィルター内の容量が100マイクロリットル未満になるまで、室温で14, 000 Gでサンプルを0.5ミリリットルの10キロダルトン遠心フィルターに遠心分離します。バッファーDを加えて容量を500マイクロリットルにし、遠心分離を繰り返します。4回目の遠心分離後、回収チューブ内のフィルターを反転させてサンプルを回収し、1000Gで2分間遠心分離する。次に、BCAアッセイを使用してタンパク質濃度を測定します。次に、スピンカラムを真空マニホールド上に置き、マイクロピペットを用いて、調製したばかりのチオールアフィニティー樹脂スラリー500マイクロリットルを各カラムに移した。水分を除去するために真空を適用します。この手順を1回繰り返して、カラムあたり30ミリグラムの樹脂を取得します。500マイクロリットルの超純水で樹脂を5回洗浄し、真空を適用して水を除去し、次に新しいチューブ E.In 500マイクロリットルのバッファーで5回洗浄し、最終容量が120マイクロリットルになるまで、150マイクログラムの還元タンパク質サンプルにバッファーCを追加します。タンパク質溶液を、樹脂を含む詰まったスピンカラムに移します。キャップをカラムに置き、850rpmで振とうしながら室温で2時間インキュベートする。原稿に記載されているように樹脂を洗います。プラグを交換してください。樹脂上でのトリプシン消化を行うには、新たに調製した120マイクロリットルのトリプシン溶液をサンプルに加え、850 RPMで振とうしながら、摂氏37度で一晩カラムをインキュベートします。翌日、原稿に記載されているように樹脂を複数回洗浄し、プラグを交換します。マイクロピペットを使用して、洗浄した樹脂に40マイクロリットルの100ミリモルのトリエチルアンモニウム重炭酸塩緩衝液を加えます。次いで、溶解したタンデム質量タグまたはTMT標識試薬70マイクロリットルを加え、850RPMで振とうしながら室温で1時間インキュベートする。残りのTMT試薬は摂氏マイナス80度で保管してください。レジンを洗浄し、プラグを交換します。20ミリモルのDTTを含むpH 8.0の100ミリモル炭酸水素アンモニウムバッファーを100マイクロリットル加えてTMT標識ペプチドをカラムに添加し、サーマルミキサー上でカラムを室温で850RPMで30分間インキュベートします。インキュベーション後、カラムを真空マニホールドに置き、真空を適用してサンプルを5ミリリットルのマイクロ遠心チューブに溶出して溶出を行います。この手順を1回繰り返してから、100マイクロリットルの80%アセトニトリルと0.1%トリフルオロ酢酸をカラムに加えます。カラムを室温で10分間インキュベートした後、同じ5ミリリットルの遠沈管でサンプルを溶出します。溶出したサンプルを乾燥するまで真空濃縮器に入れます。その後、乾燥ペプチドをさらに使用するまで摂氏マイナス80度で保管します。RAW264.7細胞からのペプチドサンプルの定性分析はSDS-PAGEで実施され、サンプルは処理による異なるレベルの酸化を決定することによって比較されました。その後、分離したタンパク質をウェスタンブロットで調査し、個々のタンパク質の酸化レベルをさらに調査しました。シスチン含有ペプチドの報告されたイオン強度を液体クロマトグラフィータンデム質量分析法により分析した。iTRAQのチオール酸化化学量論により、個々のシスチン部位レベルで標識された富化および酸化ペプチドを定量した。タンパク質ペレットを乱すことなくアセトンを慎重に除去します。タンパク質ペレットが完全に可溶化され、正確に定量され、樹脂がスピンカラムに正確に割り当てられていることを確認してください。洗浄ステップ中は必ずレジンを再懸濁してください。濃縮されたタンパク質およびペプチドのさらなる評価は、SDS-PAGEおよび染色、ウェスタンブロッティングおよび質量分析によって行うことができる。

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Protein Complex Affinity Capture from Cryomilled Mammalian Cells

Cryomilled哺乳動物細胞からのタンパク質複合体の親和性のキャプチャ

Affinity capture is an effective technique for isolating endogenous protein complexes for further study. When used in conjunction with an antibody, this ...

Enhanced Sample Multiplexing of Tissues Using Combined Precursor Isotopic Labeling and Isobaric Tagging (cPILOT)

Enhanced Sample Multiplexing of Tissues Using Combined Precursor Isotopic Labeling and Isobaric Tagging cPILOT

拡張サンプル複合前駆同位体標識と同重体タグ付けを使用して組織の多重化（cPILOT）

There is an increasing demand to analyze many biological samples for disease understanding and biomarker discovery. Quantitative proteomics strategies ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

ブルーネイティブPAGEおよびタンパク質相関プロファイリングによってアフィニティー精製タンパク質複合体の解決

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

A Tandem Liquid Chromatography&#8211;Mass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus

A Tandem Liquid ChromatographyÃƒÆ’Ã‚Â¢ÃƒÂ¢Ã¢â‚¬Å¡Ã‚Â¬ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã…â€œMass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus

代謝産物分析のためのタンデム液体クロマトグラフィー - 質量分析に基づくアプローチ<em&gt;黄色ブドウ球菌</em

In an effort to thwart bacterial pathogens, hosts often limit the availability of nutrients at the site of infection. This limitation can alter the ...

Deep Proteome Profiling by Isobaric Labeling, Extensive Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, and Software-assisted Quantification

定圧ラベリング、豊富な液体クロマトグラフィー、質量分析法、およびソフトウェアによる定量化して深いプロテオームをプロファイリング

Many exceptional advances have been made in mass spectrometry (MS)-based proteomics, with particular technical progress in liquid chromatography (LC) ...

Growing Protein Crystals with Distinct Dimensions Using Automated Crystallization Coupled with In Situ Dynamic Light Scattering

Growing Protein Crystals with Distinct Dimensions Using Automated Crystallization Coupled with In Situ Dynamic Light Scattering

タンパク質結晶の成長を使用して異なる寸法自動結晶化その場の動的光散乱と相まって

The automated crystallization device is a patented technique1 especially developed for monitoring protein crystallization experiments with the aim to ...

Proteome-wide Quantification of Labeling Homogeneity at the Single Molecule Level

プロテオーム的分類の単一分子レベルでの均一性の定量化

Cell proteomes are often characterized using electrophoresis assays, where all species of proteins in the cells are non-specifically labeled with a ...

Quantification of Protein Interaction Network Dynamics using Multiplexed Co-Immunoprecipitation

多重共免疫沈殿を用いたタンパク質相互作用ネットワークダイナミクスの定量化

Dynamic protein-protein interactions control cellular behavior, from motility to DNA replication to signal transduction. However, monitoring dynamic ...

Absolute Quantification of Cell-Free Protein Synthesis Metabolism by Reversed-Phase Liquid Chromatography-Mass Spectrometry

逆相液体クロマトグラフィー-質量分析法による無細胞タンパク質合成代謝の絶対定量

Cell-free protein synthesis (CFPS) is an emerging technology in systems and synthetic biology for the in vitro production of proteins. However, if CFPS is ...

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

液体クロマトグラフィーとタンデム質量分析法を用いたサッカロミセス・セレビシエ細胞リピドームの定量的解析

Lipids are structurally diverse amphipathic molecules that are insoluble in water. Lipids are essential contributors to the organization and function of ...