Name: resin-assisted capture coupled with isobaric tandem mass tag labeling for multiplexed quantification of protein thiol oxidation
Uploaded: 2021-06-21T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Resin-Assisted Capture Coupled with Isobaric Tandem Mass Tag Labeling for Multiplexed Quantification of Protein Thiol Oxidation at JoVE.com

Часть работы была поддержана грантами NIH R01 DK122160, R01 HL139335 и U24 DK112349

Все процедуры, описанные в протоколе, связанные с образцами/тканями животных или человека, были одобрены и соответствовали институциональным руководящим принципам Комитета по этике исследований человека и животных.
1. Гомогенизация/лизис образцов
<ol><li>Замороженные об?...

Улавливание с помощью смолы использовалось в различных типах образцов и биологических системах для исследования окислительных модификаций остатков цистеина 25,29,30. Этот метод позволяет оценивать образцы на нескольких уровнях и показ?...

В гомеостатических условиях клетки генерируют активный кислород, азот или серу, которые помогают облегчить процессы, такие как метаболизм и передача сигналов 1,2,3, распространяющихся как на прокариот, так и на эукариот. Физиологические уровни этих реактивных видов необходимы для правильной клеточной функции, также известной как «эустресс»1,4. Напротив, увеличение окислителей, которое приводит к дисбалансу между окислителями и антиоксидантами, может вызвать окислительный стресс или «дистресс»1, что приводит к повреждению клеток. Окислители передают сигналы биологическим путям, модифицируя различные биомолекулы, включая белок, ДНК, РНК и липиды. В частности, цистеиновые остатки белков представляют собой высокореакционноспособные участки, склонные к окислению из-за тиольной группы на цистеине, которая является реакционноспособной по отношению к различным типам окислителей5. Это приводит к появлению широкого спектра обратимых посттрансляционных модификаций на основе окислительно-восстановительных систем (ПТМ) для цистеина, включая нитрозилирование (SNO), глутатионилирование (SSG), сульфенилирование (SOH), персульфидирование (SSH), полисульфидирование (SSnH), ацилирование и дисульфиды. Необратимые формы окисления цистеина включают сульфинилирование (SO2H) и сульфонилирование (SO3H).
Обратимые окислительные модификации остатков цистеина могут выполнять защитные роли, предотвращающие дальнейшее необратимое окисление, или служить сигнальными молекулами для последующих клеточных путей 6,7. Обратимость некоторых окислительно-восстановительных ПТМ позволяет цистеиновым сайтам функционировать как «окислительно-восстановительные переключатели»8,9, при этом изменения в окислительно-восстановительном состоянии этих сайтов изменяют функцию белка для регулирования их роли в переходных процессах. Модулирующие эффекты окислительно-восстановительных ПТМ10 наблюдались во многих аспектах функциибелка 11, включая катализ12, белково-белковые взаимодействия13, изменение конформации14, координацию ионов металлов15 или фармакологическое связывание ингибитора16. Кроме того, окислительно-восстановительные ПТМ участвуют в цистеиновых сайтах белков, которые регулируют такие пути, как транскрипция17, трансляция18 или метаболизм19. Учитывая влияние, которое окислительно-восстановительные ПТМ оказывают на функцию белка и биологические процессы, важно количественно оценить степень окисления, которую подвергается сайт цистеина в ответ на возмущение окислительно-восстановительного состояния.
Идентификация цистеиновых участков с измененными окислительно-восстановительными состояниями сосредоточена на сравнении состояния окисления на сайт-специфическом уровне между нормальными и возмущенными условиями. Измерения изменения складок часто используются для определения того, какие участки значительно изменены, поскольку это помогает пользователям интерпретировать, какие участки цистеина могут быть физиологически значимыми для исследования. В качестве альтернативы, стехиометрические измерения обратимого окисления тиола в конкретном типе образца дают общую картину физиологического состояния в отношении клеточного окисления, что является важным измерением, которое часто упускается из виду и недостаточно используется. Модификационная стехиометрия основана на количественной оценке процента модифицированного тиола в соотношении к общему тиолу белка (модифицированному и немодифицированному)20,21. В результате стехиометрические измерения предлагают более точное измерение, чем изменение складки, особенно при использовании масс-спектрометрии. Значение увеличения окисления может быть более легко установлено с помощью стехиометрии для определения занятости PTM конкретного участка цистеина. Например, 3-кратное увеличение окисления тиола может быть результатом перехода всего на 1% к 3% или от 30% до 90%. 3-кратное увеличение окисления для участка, который заполняется только на 1%, может оказать незначительное влияние на функцию белка; тем не менее, 3-кратное увеличение для участка с 30% заполняемостью в состоянии покоя может быть более существенным. Стехиометрические измерения, выполняемые между общими окисленными тиолами и специфическими окислительными модификациями, включая глутатионилирование белка (SSG) и нитрозилирование (SNO), могут выявить соотношения и количественную информацию в отношении конкретных типов модификаций.
Поскольку обратимое окисление тиола обычно представляет собой посттрансляционную модификацию с низким содержанием, было разработано несколько подходов для обогащения белков, содержащих эти модификации, из биологических образцов. Ранний подход, разработанный Jaffrey и другими, названный методом переключения биотина (BST)22, включает в себя несколько этапов, на которых немодифицированные тиолы блокируются путем алкилирования, обратимо модифицированные тиолы восстанавливаются до зарождающихся свободных тиолов, зарождающиеся свободные тиолы мечуются биотином, а меченые белки обогащаются сцеплением сродства стрептавидина. Этот метод использовался для профилирования SNO и SSG во многих исследованиях и может быть адаптирован для зондирования других форм обратимого окисления тиола23,24. В то время как BST использовался для исследования различных форм обратимого окисления тиола, одна из проблем с этим подходом заключается в том, что на обогащение влияет неспецифическое связывание небиотинилированных белков со стрептавидином. Альтернативный подход, разработанный в нашей лаборатории, названный смоляным захватом (RAC)25,26 (Рисунок 1), обходит вопрос обогащения тиоловых групп с помощью системы биотин-стрептавидин.
После восстановления обратимо окисленных тиолов белки с зарождающимися свободными тиолами обогащаются тиол-аффинной смолой, которая ковалентно захватывает свободные тиольные группы, что позволяет более специфическо обогащать цистеинсодержащие белки, чем BST. Соединение RAC с мультиплексирующей способностью последних достижений изобарической маркировки и масс-спектрометрии создает надежный и чувствительный рабочий процесс для обогащения, идентификации и количественной оценки обратимо окисленных остатков цистеина на уровне протеома. Последние достижения в области масс-спектрометрии позволили гораздо глубже профилировать тиоловый окислительно-восстановительный протеом, повышая понимание как причины, так и следствия окисления белка тиола27. Информация, полученная на основе количественных данных по конкретным участкам, позволяет проводить дальнейшие исследования механистических воздействий и последующих эффектов обратимых окислительных модификаций28. Использование этого рабочего процесса дало представление о физиологических последствиях обратимого окисления цистеина в отношении нормальных физиологических событий, таких как старение, при этом уровни SSG различались в зависимости от возраста. Эффекты старения на SSG были частично обращены вспять с помощью SS-31 (эламипретид), нового пептида, который усиливает митохондриальную функцию и снижает уровень SSG у пожилых мышей, в результате чего у них профиль SSG, более похожий на молодых мышей29.
Было показано, что патофизиологические условия, связанные с воздействием наночастиц, включают SSG в модель макрофагов мыши. Используя RAC в сочетании с масс-спектрометрией, авторы показали, что уровни SSG напрямую коррелируют со степенью окислительного стресса и нарушения фагоцитарной функции макрофагов. Данные также выявили специфические для пути различия в реакции на различные инженерные наноматериалы, которые вызывают различные степени окислительного стресса30. Метод также доказал свою полезность при прокариотических видах, где он применялся для изучения влияния суточных циклов на фотосинтетические цианобактерии в отношении окисления тиола. Наблюдались широкие изменения в окислении тиола в нескольких ключевых биологических процессах, включая перенос электронов, фиксацию углерода и гликолиз. Кроме того, с помощью ортогональной валидации было подтверждено, что несколько ключевых функциональных участков были модифицированы, что свидетельствует о регуляторной роли этих окислительных модификаций6.
Здесь мы описываем детали стандартизированного рабочего процесса (рисунок 1), демонстрируя полезность подхода RAC для обогащения общих окисленных цистеиновых тиолов белков и их последующей маркировки и стехиометрической количественной оценки. Этот рабочий процесс был реализован в исследованиях окислительно-восстановительного состояния в различных типах образцов, включая клеточные культуры27,30 и целые ткани (например, скелетные мышцы, сердце, легкие)29,31,32,33. Хотя протокол RAC не включен здесь, он также легко адаптируется для исследования конкретных форм обратимых окислительно-восстановительных модификаций, включая SSG, SNO и S-ацилирование, как упоминалось ранее 25,29,34.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>2-(Pyridyldithio)ethylamine hydrochloride</td>
			<td>Med Chem Express</td>
			<td>HY-101794</td>
			<td>Reagent for in-house resin synthesis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>2.0 mL LoBind centrifuge tubes</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22431048</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5.0 mL LoBind centrifuge tubes</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>30108310</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5.0 mL round bottom tubes</td>
			<td>Falcon</td>
			<td>352054</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetone</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>A949-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetonitrile</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>34998</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Activated Thiol&#8211;Sepharose&#160;4B</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>T8512</td>
			<td>Potential replacement for thiol-affinity resin</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Amicon Ultra 0.5 mL centrifugal filter</td>
			<td>Millipore Sigma</td>
			<td>UFC5010BK</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ammonium bicarbonate</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>09830</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bicinchonicic acid (BCA)</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>23227</td>
			<td>Protein Assay Reagent</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5810R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Centrifuge</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5415R</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Dithiothreitol (DTT)</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>20291</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>E5134</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HEPES buffer</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>H4034</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Homogenizer</td>
			<td>BioSpec Products</td>
			<td>985370</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Iodoacetimide (IAA)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>I1149</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N-ethylmaleimide</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>4259</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NHS-Activated Sepharose 4 Fast Flow</td>
			<td>Cytiva</td>
			<td>17-0906-01</td>
			<td>Reagent for in-house resin synthesis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>QIAvac 24 Plus vacuum manifold</td>
			<td>Qiagen</td>
			<td>19413</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium chloride</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>S3014</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium dodecyl sulfate (SDS)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>L6026</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sonicator</td>
			<td>Branson</td>
			<td>1510R-MT</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Spin columns</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>69705</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Strata C18-E reverse phase columns</td>
			<td>Phenomenex</td>
			<td>8B-S001-DAK</td>
			<td>Peptide desalting</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thermomixer</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>5355</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thiopropyl Sepharose 6B</td>
			<td>GE Healthcare</td>
			<td>17-0420-01</td>
			<td>Thiol-affinity resin; *Production of Thiopropyl Sepharose 6B resin has been discontinued by the manufacturer (see protocol for details).</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TMT isobaric labels (16 plex)</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>A44522</td>
			<td>Peptide labeling reagent; available in multiple formats</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triethylammonium bicarbonate buffer (TEAB)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>T7408</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trifluoroacetic acid (TFA)</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>T6508</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Triton X-100</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>T8787</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypsin</td>
			<td>Promega</td>
			<td>V5820</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Urea</td>
			<td>Sigma Aldrich</td>
			<td>U5378</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vacufuge Plus speedvac</td>
			<td>Eppendorf</td>
			<td>22820001</td>
			<td>vacuum concentrator</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vortex mixer</td>
			<td>Scientific Industries</td>
			<td>SI-0236</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

resin-assisted capture coupled with isobaric tandem mass tag labeling for multiplexed quantification of protein thiol oxidation

Обратимые окислительные модификации белковых тиолов недавно стали важными медиаторами клеточной функции. Здесь мы описываем подробную процедуру количественного метода окислительно-восстановительной протеомики, который использует смоляной захват (RAC) в сочетании с изобарической маркировкой тандемной массы (TMT) и жидкостной хроматографией-тандемной масс-спектрометрией (LC-MS / MS), чтобы позволить мультиплексированную стохиометрическую количественную оценку окисленных белковых тиолов на уровне протеома. Количественная информация об окисленных остатках цистеина для конкретных участков дает дополнительное представление о функциональном воздействии таких модификаций. 
Рабочий процесс адаптируется ко многим типам образцов, включая культивируемые клетки (например, млекопитающие, прокариоты) и целые ткани (например, сердце, легкие, мышцы), которые первоначально лизируются / гомогенизируются и со свободными тиолами, алкилированными для предотвращения искусственного окисления. Окисленные белковые тиолы затем восстанавливаются и захватываются тиол-аффинной смолой, которая оптимизирует и упрощает этапы рабочего процесса, позволяя выполнять процедуры переваривания, маркировки и промывки без дополнительной передачи белков / пептидов. Наконец, меченые пептиды элюируются и анализируются LC-MS / MS, чтобы выявить комплексные стехиометрические изменения, связанные с окислением тиола во всем протеоме. Этот метод значительно улучшает понимание роли окислительно-восстановительной регуляции при физиологических и патофизиологических состояниях, связанных с окислением белка тиола.

Завершение протокола приведет к высокоспецифичному обогащению ранее окисленных цистеинсодержащих пептидов, часто со специфичностью >95% 27,35,36. Однако несколько ключевых этапов протокола требуют особого внимания, например, первоначаль...

Watch this Scientific Journal Video about Resin-Assisted Capture Coupled with Isobaric Tandem Mass Tag Labeling for Multiplexed Quantification of Protein Thiol Oxidation at JoVE.com

Resin-Assisted Capture Coupled with Isobaric Tandem Mass Tag Labeling for Multiplexed Quantification of Protein Thiol Oxidation

Окисление белка тиола имеет значительные последствия при нормальных физиологических и патофизиологических условиях. Мы описываем детали количественного метода окислительно-восстановительной протеомики, который использует захват с помощью смолы, изобарическую маркировку и масс-спектрометрию, что позволяет идентифицировать и количественно оценивать обратимо окисленные цистеиновые остатки белков.

Улавливание с помощью смолы в сочетании с изобарической маркировкой тандемных масс-меток для мультиплексированной количественной оценки окисления тиола белка

Reversible oxidative modifications on protein thiols have recently emerged as important mediators of cellular function. Herein we describe the detailed ...

Этот протокол описывает метод, который позволяет идентифицировать специфичные для сайта окисленные цистиновые остатки белков. Метод позволяет получать количественные и специфические для участка данные об окисленных остатках цистина из различных типов образцов. Чтобы начать процедуру вспомогательного захвата, дважды промывайте осажденные белковые гранулы ацетоном путем центрифугирования при 20 500 г, в четырех градусах Цельсия в течение 10 минут.Затем декантируйте ацетон и удалите оставшийся ацетон микропипеткой. С помощью стеклянной серологической пипетки добавьте в трубку три миллилитра свежего ледяного ацетона и хорошо перемешайте, перевернув трубку несколько раз. После второй промывки дайте гранулам высохнуть на воздухе в течение одной-двух минут, не давая им высохнуть.Добавьте один миллилитр буфера В к высушенной белковой грануле. Чтобы солюбилизировать белок, повторно обжажайте гранулу ультразвуком в анализаторе ванны с выходом 250 Вт в течение 15-30 секунд за раз, вместе с коротким вихрем. Выполните анализ бицинхониновой кислоты или BCA для измерения концентрации белка.Чтобы стандартизировать концентрации белка, перенесите 500 микрограммов образца белка в центробежный фильтр 0,5 миллилитра, 10 килодалтонов и увеличьте объем образца до 500 микролитров с буфером повторного суспензии. Центрифугируют белковую буферную смесь при 14 000 г при комнатной температуре, пока объем в центробежном фильтре не составит менее 100 микролитров. Соберите образец, инвертировав фильтр в коллекторной трубке.Центрифугируйте образец при 1000 G в течение двух минут и добавьте буфер C, чтобы получить конечный объем 500 микролитров. Чтобы уменьшить тиолы белка, добавьте 20 микролитров 500 миллимолярного дитиотрейтола или DTT к образцу, чтобы получить конечную концентрацию 20 миллимоляров, и инкубируйте образцы в течение 30 минут при 37 градусах Цельсия с встряхиванием при 850 об/мин. После восстановления центрифугируют образцы в центробежные фильтры объемом 0,5 миллилитра 10 килодалтон при 14 000 Г при комнатной температуре, пока объем в центробежном фильтре не составит менее 100 микролитров.Добавьте буфер D, чтобы увеличить объем до 500 микролитров и повторите центрифугирование. После четвертой центрифугирования соберите образцы, инвертировав фильтр в коллекторной трубке для центрифуги при 1000 G в течение двух минут. Затем измерьте концентрацию белка с помощью анализа BCA.Затем поместите спиновые колонны на вакуумный коллектор и с помощью микропипетки перенесите 500 микролитров свежеприготовленной тиол аффинной смолы в каждую колонку. Примените вакуум для удаления воды. Повторите процедуру один раз, чтобы получить 30 миллиграммов смолы на столбец.Промыть смолу пять раз 500 микролитрами сверхчистой воды, применив вакуум для удаления воды, а затем пять раз с 500 микролитрами буферной E.In новой пробирке, добавить буфер С к 150 мкг восстановленного образца белка до тех пор, пока конечный объем не составит 120 микролитров. Перенесите белковый раствор в закупоренную спиновую колонку, содержащую смолу. Поместите колпачок на колонку и высиживайте в течение двух часов при комнатной температуре с встряхиванием при 850 об/мин.Промыть смолу, как описано в рукописи. Замените вилку. Чтобы выполнить триптическое сбраживание на смоле, добавьте в образцы 120 микролитров свежеприготовленного раствора трипсина и высиживайте столб в течение ночи при 37 градусах Цельсия, с встряхиванием при 850 об/мин.На следующий день промыть смолу несколько раз, как описано в рукописи, и заменить пробку. Используя микропипетку, добавьте 40 микролитров 100 миллимолярного бикарбонатного буфера триэтиламмония в промытую смолу. Затем добавляют 70 микролитров растворенной тандемной массы метки или реагента для маркировки ТМТ, и инкубируют в течение одного часа при комнатной температуре с встряхиванием при 850 об/мин.Храните оставшийся реагент ТМТ при температуре минус 80 градусов по Цельсию. Вымойте смолу и замените заглушку. Элюируют меченые ТМТ пептиды путем добавления 100 микролитров 100 миллимолярного бикарбонатного буфера аммония при рН 8,0, содержащего 20 миллимоляров DTT, в колонку и инкубации колонны на термомешалке при комнатной температуре в течение 30 минут при 850 об/мин.После инкубации выполняют элюирование, помещая колонну на вакуумный коллектор, применяя вакуум и элюируя образцы в пятимиллилитровую микроцентрифужную трубку. Повторите этап один раз, затем добавьте в колонку 100 микролитров 80% ацетонитрила с 0,1% трифторуксусной кислотой. После инкубации колонки в течение 10 минут при комнатной температуре элюируют образец в той же пятимиллилитровой центрифужной трубке.Поместите элюированные образцы в вакуумный концентратор до высыхания. Затем храните сухие пептиды при минус 80 градусах Цельсия до дальнейшего использования. Качественный анализ пептидных образцов из raw 264.7 клеток проводили с помощью SDS-PAGE, где образцы сравнивали путем определения различных уровней окисления из-за обработки.Разделенные белки были впоследствии исследованы западным блоттингом для дальнейшего изучения уровней окисления отдельных белков. Сообщаемые интенсивности ионов цистинсодержащих пептидов анализировали с помощью жидкостной хроматографической тандемной масс-спектрометрии. Была количественно определена стехиометрия окисления тиола iTRAQ, меченых обогащенными и окисленными пептидами на отдельных уровнях цистинового сайта.Осторожно удалите ацетон, не нарушая белковую гранулу. Убедитесь, что белковая гранула полностью солюбилизирована и точно количественно оценена, а смола точно распределена по спиновым колонкам. Обязательно повторно суспендируйте смолу во время этапов стирки.Дальнейшая оценка обогащенных белков и пептидов может быть выполнена с помощью SDS-PAGE и окрашивания, западного блоттинга и масс-спектрометрии.

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Protein Complex Affinity Capture from Cryomilled Mammalian Cells

Белковый комплекс Affinity Capture от Cryomilled клеток млекопитающих

Affinity capture is an effective technique for isolating endogenous protein complexes for further study. When used in conjunction with an antibody, this ...

Enhanced Sample Multiplexing of Tissues Using Combined Precursor Isotopic Labeling and Isobaric Tagging (cPILOT)

Enhanced Sample Multiplexing of Tissues Using Combined Precursor Isotopic Labeling and Isobaric Tagging cPILOT

Enhanced Sample мультиплексирование тканей с использованием комбинированного прекурсорами изотопной метки и изобарической Tagging (cPILOT)

There is an increasing demand to analyze many biological samples for disease understanding and biomarker discovery. Quantitative proteomics strategies ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

Разрешающая Affinity Очищенная Белковые комплексы от Синей Native ПААГ и белка корреляции профилирование

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

A Tandem Liquid Chromatography&#8211;Mass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus

A Tandem Liquid ChromatographyÃƒÆ’Ã‚Â¢ÃƒÂ¢Ã¢â‚¬Å¡Ã‚Â¬ÃƒÂ¢Ã¢â€šÂ¬Ã…â€œMass Spectrometry-based Approach for Metabolite Analysis of Staphylococcus aureus

Тандем жидкостной хроматографии на основе подхода для анализа метаболитов<em&gt; Золотистый стафилококк</em

In an effort to thwart bacterial pathogens, hosts often limit the availability of nutrients at the site of infection. This limitation can alter the ...

Deep Proteome Profiling by Isobaric Labeling, Extensive Liquid Chromatography, Mass Spectrometry, and Software-assisted Quantification

Глубокая протеома профилирование Изобарический маркировки, обширные жидкостная хроматография, масс-спектрометрии и при содействии программного обеспечения количественной оценки

Many exceptional advances have been made in mass spectrometry (MS)-based proteomics, with particular technical progress in liquid chromatography (LC) ...

Growing Protein Crystals with Distinct Dimensions Using Automated Crystallization Coupled with In Situ Dynamic Light Scattering

Growing Protein Crystals with Distinct Dimensions Using Automated Crystallization Coupled with In Situ Dynamic Light Scattering

Растущий белок кристаллы с отдельных измерений с помощью автоматизированных кристаллизации, в сочетании с в Situ Динамическое рассеяние света

The automated crystallization device is a patented technique1 especially developed for monitoring protein crystallization experiments with the aim to ...

Proteome-wide Quantification of Labeling Homogeneity at the Single Molecule Level

Количественная оценка протеома общесистемной маркировки однородность на уровне одной молекулы

Cell proteomes are often characterized using electrophoresis assays, where all species of proteins in the cells are non-specifically labeled with a ...

Quantification of Protein Interaction Network Dynamics using Multiplexed Co-Immunoprecipitation

Количественная оценка динамики взаимодействия белков с использованием мультиплексного со-иммунопрециации

Dynamic protein-protein interactions control cellular behavior, from motility to DNA replication to signal transduction. However, monitoring dynamic ...

Absolute Quantification of Cell-Free Protein Synthesis Metabolism by Reversed-Phase Liquid Chromatography-Mass Spectrometry

Абсолютная количественная количественная количественная количественная метания белка без клеток путем обратной фазы жидкой хроматографии-масс-спектрометрии

Cell-free protein synthesis (CFPS) is an emerging technology in systems and synthetic biology for the in vitro production of proteins. However, if CFPS is ...

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Quantitative Analysis of the Cellular Lipidome of Saccharomyces Cerevisiae Using Liquid Chromatography Coupled with Tandem Mass Spectrometry

Количественный анализ клеточного липидома Сахаромиса Церевизии с использованием жидкой хроматографии в сочетании с тандемной масс-спектрометрией

Lipids are structurally diverse amphipathic molecules that are insoluble in water. Lipids are essential contributors to the organization and function of ...