Name: an intestinal gut organ culture system for analyzing host-microbiota interactions
Uploaded: 2021-06-30T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about An Intestinal Gut Organ Culture System for Analyzing Host-Microbiota Interactions at JoVE.com

Vi takker tidligere og nuværende medlemmer af Yissachar lab for deres værdifulde bidrag til optimering af tarmorgankultur systemprotokollen. Vi takker Yael Laure for kritisk redigering af manuskriptet. Dette arbejde blev støttet af Israel Science Foundation (tilskud Nr. 3114831), Israel Science Foundation - Broad Institute Joint Program (tilskud Nr. 8165162), og Gassner Fund for Medical Research, Israel.

Denne protokol følger de retningslinjer for dyrepleje, der er godkendt af den etiske komité for dyrevelfærd.
1. Forberedelse af forsøg
<ol><li>Fremstilling af tarmorgankulturen (3 dage)<ol>
<li>Brug en 3D-printer til at udskrive de genanvendelige plastforme til organkulturenheden (enheden har 6 brønde, med 24 små og store huller og til enhedens dæksellåg) (3D-filer vedhæftet). BEMÆRK: Disse plastforme kan bruges til fremstilling af mange enheder.</li>
		<li>Sæt de stumpe nåle ...

<ol>
	<li>Mowat, A. M., Agace, W. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regional+specialization+within+the+intestinal+immune+system.">Regional specialization within the intestinal immune system.</a> Nature Reviews Immunology. 14 (10), 667-685 (2014).</li><li>Pearce, S. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intestinal+in+vitro+and+ex+vivo+Models+to+Study+Host-Microbiome+Interactions+and+Acute+Stressors.">Intestinal in vitro and ex vivo Models to Study Host-Microbiome Interactions and Acute Stressors.</a> Frontiers in Physiology. 9 (1584), (2018).</li><li>Hooper, L. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+analysis+of+commensal+host-microbial+relationships+in+the+intestine.">Molecular analysis of commensal host-microbial relationships in the intestine.</a> Science. 291 (5505), 881-884 (2001).</li><li>Haller, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Non-pathogenic+bacteria+elicit+a+differential+cytokine+response+by+intestinal+epithelial+cell/leucocyte+co-cultures.">Non-pathogenic bacteria elicit a differential cytokine response by intestinal epithelial cell/leucocyte co-cultures.</a> Gut. 47 (1), 79-87 (2000).</li><li>Sato, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+Lgr5+stem+cells+build+crypt-villus+structures+in+vitro+without+a+mesenchymal+niche.">Single Lgr5 stem cells build crypt-villus structures in vitro without a mesenchymal niche.</a> Nature. 459 (7244), 262-265 (2009).</li><li>Sato, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Long-term+expansion+of+epithelial+organoids+from+human+colon,+adenoma,+adenocarcinoma,+and+Barrett's+epithelium.">Long-term expansion of epithelial organoids from human colon, adenoma, adenocarcinoma, and Barrett's epithelium.</a> Gastroenterology. 141 (5), 1762-1772 (2011).</li><li>Tsilingiri, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Probiotic+and+postbiotic+activity+in+health+and+disease:+comparison+on+a+novel+polarised+ex-vivo+organ+culture+model.">Probiotic and postbiotic activity in health and disease: comparison on a novel polarised ex-vivo organ culture model.</a> Gut. 61 (7), 1007-1015 (2012).</li><li>Gazzaniga, F. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Harnessing+Colon+Chip+Technology+to+Identify+Commensal+Bacteria+That+Promote+Host+Tolerance+to+Infection.">Harnessing Colon Chip Technology to Identify Commensal Bacteria That Promote Host Tolerance to Infection.</a> Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 11, 638014 (2021).</li><li>Yissachar, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Intestinal+Organ+Culture+System+Uncovers+a+Role+for+the+Nervous+System+in+Microbe-Immune+Crosstalk.">An Intestinal Organ Culture System Uncovers a Role for the Nervous System in Microbe-Immune Crosstalk.</a> Cell. 168 (6), 1135-1148 (2017).</li><li>Duscha, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Propionic+Acid+Shapes+the+Multiple+Sclerosis+Disease+Course+by+an+Immunomodulatory+Mechanism.">Propionic Acid Shapes the Multiple Sclerosis Disease Course by an Immunomodulatory Mechanism.</a> Cell. 180 (6), 1067-1080 (2020).</li><li>Grosheva, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-Throughput+Screen+Identifies+Host+and+Microbiota+Regulators+of+Intestinal+Barrier+Function.">High-Throughput Screen Identifies Host and Microbiota Regulators of Intestinal Barrier Function.</a> Gastroenterology. 159 (5), 1807-1823 (2020).</li><li>Blaize, J. F., Corbo, C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Serial+Dilutions+and+Plating:+Microbial+Enumeration.">Serial Dilutions and Plating: Microbial Enumeration.</a> Journal of Visualized Experiments. , (2021).</li><li>Ivanov, I. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Induction+of+intestinal+Th17+cells+by+segmented+filamentous+bacteria.">Induction of intestinal Th17 cells by segmented filamentous bacteria.</a> Cell. 139 (3), 485-498 (2009).</li><li>Schnupf, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+and+host+interaction+of+mouse+segmented+filamentous+bacteria+in+vitro.">Growth and host interaction of mouse segmented filamentous bacteria in vitro.</a> Nature. 520 (7545), 99-103 (2015).</li><li>Chung, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gut+immune+maturation+depends+on+colonization+with+a+host-specific+microbiota.">Gut immune maturation depends on colonization with a host-specific microbiota.</a> Cell. 149 (7), 1578-1593 (2012).</li><li>Atarashi, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Th17+Cell+Induction+by+Adhesion+of+Microbes+to+Intestinal+Epithelial+Cells.">Th17 Cell Induction by Adhesion of Microbes to Intestinal Epithelial Cells.</a> Cell. 163 (2), 367-380 (2015).</li></ol>

Denne artikel beskriver en optimeret protokol for ex vivo gut organkulturer, som Yissachar et al. for nylig har udviklet (offentliggjort9 og ikke-offentliggjorte data). Tarmorgankultursystemet understøtter multiplekseret kultur af intakte tarmfragmenter, samtidig med at det opretholder lysgennemstrømningen. Det giver fuld kontrol over intra- og ekstra-luminal miljø (herunder stimulation dosis, eksponering tid og strømningshastighed) og bevarer den naive tarmvæv struktur og dens cellu...

Tarmen er et meget komplekst organ, der indeholder en bred vifte af celletyper (epitelceller, immunsystemceller, neuroner og mere) organiseret i en bestemt struktur, der gør det muligt for celler at interagere og kommunikere med hinanden og med det luminale indhold (mikrobiota, mad osv.) 1. I øjeblikket omfatter den forskningsværktøjskasse, der er tilgængelig til analyse af værtsmikrobiotainteraktioner, in vitro-cellekulturer og in vivo-dyremodeller 2. In vivo-dyremodeller giver en fysiologisk vævskonstruktion3, men med dårlig eksperimentel kontrol og begrænset evne til at manipulere forsøgsbetingelserne. In vitro kultursystemer, på den anden side, bruge primære celler eller cellelinjer, der kan suppleres med mikrober4, der tilbyder stram kontrol over eksperimentparametrene, men mangler den cellulære kompleksitet og vævsarkitekturen. Moderne in vitro-assays tillader avanceret anvendelse af sunde og patologiske humane vævsprøver, som epitelorganoider afledt af mus eller menneskelige kilder5, 6og prøver, der efterligner slimhindemikromiljøet7. Et andet eksempel er 'tarmen på en chip' assay, som omfatter den menneskelige colon epitelcellelinje (Caco2), ekstracellulær matrix og mikrofluidiske kanaler til at efterligne tarmens invariante fysiologiske tilstand8. Men så avancerede og innovative som in vitro prøver kan være, de ikke opretholde en normal væv arkitektur eller naiv cellulær sammensætning.
For at løse dette har Yissachar et al. for nylig udviklet et ex vivo-organkultursystem 9 ( figur1), der opretholder intakte tarmfragmenter ex vivo, der nyder godt af fordelene ved både in vivo- og in vitro-modeller. Dette ex vivo gut organ kultur system er baseret på en skræddersyet kultur enhed, der understøtter en multiplekseret kultur af seks kolon væv, der gør det muligt at undersøge eksperimentelle input under sammenlignelige forhold, mens kontrollere systemets input og output. Nyere værker har vist , at dette system er værdifuldt til analyse af tarmresponser på individuelle tarmbakterier9, hele humane mikrobiotaprøver10 og mikrobielle metabolitter11. Dette system gør det muligt for første gang at studere disse tidlige værtsmikrobiotainteraktioner med en høj grad af kontrol over værts-, mikrobielle og miljømæssige komponenter. Desuden giver det mulighed for at overvåge og manipulere systemet gennem hele eksperimentet i realtid.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62779/62779fig01.jpg"> Figur 1: Skemaer over tarmkulturens enhed. Et helt tarmvævsfragment er fastgjort til kammerets udgangs- og indgangsporte (øverst), med pumper, der regulerer mediumstrømmen inde i lumen og i det eksterne mediumkammer. Hele enheden (nederst) indeholder 6 sådanne kamre. Dette tal er blevet ændret fra Yissachar et al. 2017. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62779/62779fig01large.jpg" target="_blank">Klik her for at se en større version af dette tal.</a>

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Device</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>18 Gauge Blunt Needle</td>
			<td>Mcmaster</td>
			<td>75165a754</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>22 Gauge Blunt Needle</td>
			<td>Mcmaster</td>
			<td>75165a758</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>All Purpose Adhesive Selant 100% Silicone</td>
			<td>DAP</td>
			<td>688</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cubic Vacuum Desiccator VDC-21+ 2 Shelves</td>
			<td></td>
			<td>AAAD4021</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass Slide 1 mm Thick</td>
			<td>Corning</td>
			<td>2947-75X50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mini Incubator im-10</td>
			<td></td>
			<td>AAH24315K</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MPC 301E Vacuum PUMP</td>
			<td></td>
			<td>VI-412711</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plastic Quick Turn Tube Coupling Plugs</td>
			<td>Mcmaster</td>
			<td>51525k121</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>plastic Quick Turn Tube Coupling Sockets</td>
			<td>Mcmaster</td>
			<td>52525k211</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sylgard 184 Silicone Elastomer</td>
			<td>Dow</td>
			<td></td>
			<td>Polydimethylsiloxane, PDMS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tubing</td>
			<td>Mcmaster</td>
			<td>6516t11</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zortrax M200</td>
			<td>Zortrax</td>
			<td></td>
			<td>Zortrax Z-SUITE, Autodesk Fusion 360</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zortrax M200 Materials: z-ultrat</td>
			<td>Zortrax</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Medium</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>B27 Supplement (50x), Serum Free</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>17504044</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HEPES Buffer (1M)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>15630056</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Iscove&#39;s Mod Dulbecco&#39;s Medium With Phenol Red (1x)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>12440061</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Knock-Out Serum</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>10828028</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N2 Supplement (100x)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A1370701</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Non Essential Amino Acid (100x)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>11140035</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Surgical Tools</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Large Scissors</td>
			<td>Aseltech</td>
			<td>11-00-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sharp Forceps</td>
			<td>F.S.T</td>
			<td>11297-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Silk Braided Surgical Thread</td>
			<td>SMI</td>
			<td>8010G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Straight Scissors</td>
			<td>F.S.T</td>
			<td>14091-09</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thin Forceps</td>
			<td>F.S.T</td>
			<td>11051-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Organ System</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.1 &#181;m Filter</td>
			<td>Life Gene</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.22 &#181;m Filter</td>
			<td>Life Gene</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5 mL Luer Lock Syringe</td>
			<td>B-D</td>
			<td>309649</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Greenough Stereo Microscope</td>
			<td>ZEISS</td>
			<td>Stemi 305</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Recirculating Precision Air Heater &#34;CUBE&#34;</td>
			<td></td>
			<td>CUBE-2-LIS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Syringe Pump</td>
			<td>new era pump systems inc</td>
			<td>nep-ne-1600-em</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

an intestinal gut organ culture system for analyzing host-microbiota interactions

Tarmvævets struktur letter tætte og gensidige interaktioner mellem værten og tarmmikrobiotaen. Disse krydssamtaler er afgørende for at opretholde lokale og systemiske homøostase; ændringer i tarmmikrobiotasammensætningen (dysbiose), der er associeret med en lang række sygdomme hos mennesker. Metoder til dissekering af værtsmikrobiotainteraktioner omfatter en iboende afvejning blandt bevarelsen af fysiologisk vævsstruktur (ved anvendelse af in vivo-dyremodeller) og graden af kontrol over eksperimentfaktorerne (som i enkle in vitro-cellekultursystemer). For at løse dette kompromis udviklede Yissachar et al. for nylig et tarmorgankultursystem. Systemet bevarer en naiv tyktarmsvæv konstruktion og cellulære mekanismer, og det giver også mulighed for stram eksperimentel kontrol, lette eksperimenter, der ikke umiddelbart kan udføres in vivo. Det er optimalt til afhandling af kortsigtede reaktioner fra forskellige tarmkomponenter (såsom epitel-, immunologiske og neuronale elementer) til luminale rensninger (herunder anaerob eller aerob mikrober, hele mikrobiotaprøver fra mus eller mennesker, stoffer og metabolitter). Her præsenterer vi en detaljeret beskrivelse af en optimeret protokol for orgelkultur af flere tarmfragmenter ved hjælp af en skræddersyet tarmkulturenhed. Værtsresponser på luminale foranstaltninger kan visualiseres ved immunfluorescensfarvning af vævssektioner eller hele monteringsvævsfragmenter, fluorescens in-situ hybridisering (FISH) eller time-lapse-billeddannelse. Dette system understøtter en bred vifte af udlæsninger, herunder næste generations sekventering, flowcytometry og forskellige cellulære og biokemiske assays. Samlet set understøtter dette tredimensionelle organkultursystem kulturen i store, intakte tarmvæv og har brede applikationer til analyse og visualisering af værtsmikrobiotainteraktioner i det lokale tarmmiljø.

Tarmorgankultursystemet opretholder vævs levedygtighed ex vivo. Vurderingen af vævsgabiliteten blev foretaget i hele kulturperioden. Tyktarmsvævsfragmenter blev inkuberet i tarmorgankultursystemet og fikseret efter 2/12/24 h kultur. Tarmepitelets (IEC) lagintegritet blev valideret ved immunfluorescenspletning ved hjælp af E-cadherin og cytokeratin-18 antistoffer. Ligeledes blev slimfyldte bægerceller i det colon epitel og slim sekretion i lumen opdaget samt formere IEC i de colon krypter, som angivet ved K...

Watch this Scientific Journal Video about An Intestinal Gut Organ Culture System for Analyzing Host-Microbiota Interactions at JoVE.com

An Intestinal Gut Organ Culture System for Analyzing Host-Microbiota Interactions

Denne artikel præsenterer en unik metode til analyse af værtsmikrobie interaktioner ved hjælp af et nyt tarmorgankultursystem til ex vivo-eksperimenter.

Et tarminskorgelkultursystem til analyse af værtsmikrobiotainteraktioner

The structure of the gut tissue facilitates close and mutualistic interactions between the host and the gut microbiota. These cross-talks are crucial for ...

Tarmorgankultursystemet kombinerer fordelene ved in vitro- og in vivo-assays og fungerer således som et mellemliggende eksperimentelt skridt mellem enkle in vitro-analyse til komplekse in vivo-eksperimenter. Den største fordel ved denne teknik er kombinationen af stram eksperimentel kontrol med bevarelsen af tarmfysiologi. Denne metode giver indsigt i at analysere tarmresponser på specifikke stimulus med høj grad af kontrol over værten, mikrobielle og miljøkomponenterne.Demonstrere proceduren vil være Alon Shemesh, en Masters studerende fra mit laboratorium, og Dr.Sivan Amidror, vores lab manager. Til at begynde med skal du indsætte de stumpe nåle på den passende position i enhedsformen og kaste ca. 20 gram polydimethylsiloxan eller PDMS-blanding for et sæt af enheden og låget. Placer forme i et vakuumkammer i 30 minutter for at fjerne luftbobler fra PDMS-blandingen, og inkubter derefter forme ved 55 grader Celsius natten over for at fuldføre PDMS polymerisering.Når PDMS er indstillet, trække nåle fra formen og forsigtigt frigive kultur enhed og låg fra plast forme. Fjern PDMS-rester fra brønddispositionen ved hjælp af et kirurgisk blad. Fastgør PDMS-enheden og enhedsdækslet på et dækglas på 75 med 50 millimeter mikroslider ved hjælp af ikke-giftigt siliciumklæbemiddel, og lad delene indstille natten over.Påfør den limede på den glatte side af enheden. Sæt 12, 22 gauge nåle til lumen og 12, 18 gauge nåle til brønden. Fastgør alle nålene på plads ved hjælp af silikone og lad det sætte natten over.Fjern indgangssprøjterne, og sørg for, at brøndmediet strømmer ud fra alle rør i et affaldsglas, og fjern derefter indgangssprøjterne og sørg for, at stimuleringerne strømmer ud af alle rørene i et affaldsglas, idet man sørger for ikke at forurene de forskellige stimuleringer. Efter at have ofret musen, skal du bruge skarpe saks og pincet til at dissekere det og tage fordøjelseskanalen fra maven til anus, ved at skære alle fedt og bindevæv. Skær tyktarmen og læg den på en ny plade.Minimer kontakten, mens du holder vævet forsigtigt og kun i kanterne. Udfør kolon flush under en dissektion mikroskop. Forsigtigt skylles tyktarmsindholdet med steril IMDM med den forberedte 10 milliliter sprøjte som beskrevet i teksten.Efter at have fjernet afføringen fra tarmvævet, skal du placere tyktarmen i en ny seks brøndplade fyldt med 0,5 milliliter steril IMDM. Dernæst skal du tage tyktarmsvævet og forsigtigt forbinde det til den 22 gauge nål, hvilket gør et stramt slips med de to tråde. Hold tyktarmens korrekte retning til lumenflowet, så det proksimale og distale er lig med henholdsvis input og output.Gentag kolonskylning og nålebinding for alle væv. Tilslut indgangs- og udgangsrørene til enheden, og start derefter eksperimentet ved at starte pumperne med de ønskede hastigheder. Slimfyldte bægerceller i tyktarmsepitelet og slimsekretionen i lumen blev opdaget samt spredte IEC i de colon krypter, som angivet ved KI67 farvning.Disse resultater viste, at tarmkultursystemet opretholder tarmfunktion og struktur ex-vivo. Efter to timers segmenterede filamentøse bakterier, eller SFB, introduktion, typiske SFB filamenter blev påvist i tæt forbindelse med tyndtarmen villi ved hjælp af fluorescens in situ hybridisering. Derudover præsenterede en transmissionselektronmikroskopi SFB inden for et par mikron af tyndtarmens epitelbørstekant.Genekspressionsprofiler for hele vævsprøver blev produceret i tre eksemplarer to timer efter infusion med SFB. Kontrolkulturer blev infunderet med fækal suspensioner af kimfri eller Bacteroides fragilis monokoloniserede mus. Disse ændringer, som SFB overtalte, var hovedsageligt af ringe amplitude sammenlignet med den kimfri kontrol.Retningen af tyktarmen er meget vigtig. Vær ekstra forsigtig, når du binder tyktarmen på nålen. Korrekt slips forhindrer forurening af brønden med lumenindholdet.En lang række udlæsningsteknikker kan følge denne protokol, f.eks. Disse udlæsninger giver ny indsigt i værtsmikrobiominteraktioner i sundhed og sygdom.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Use of an Optical Trap for Study of Host-Pathogen Interactions for Dynamic Live Cell Imaging

Dynamic live cell imaging allows direct visualization of real-time interactions between cells of the immune system1, 2; however, the lack of spatial and ...

A Primary Neuron Culture System for the Study of Herpes Simplex Virus Latency and Reactivation

En primær Neuron Kultur System for Studiet af Herpes Simplex Virus Latency og genaktivering

Herpes simplex virus type-1 (HSV-1) establishes a life-long latent infection in peripheral neurons. This latent reservoir is the source of recurrent ...

The Ex Vivo Culture and Pattern Recognition Receptor Stimulation of Mouse Intestinal Organoids

The Ex Vivo Culture and Pattern Recognition Receptor Stimulation of Mouse Intestinal Organoids

Det<em&gt; Ex vivo</em&gt; Kultur og Pattern Recognition Receptor Stimulering af Mouse Intestinal Organoids

Primary intestinal organoids are a valuable model system that has the potential to significantly impact the field of mucosal immunology. However, the ...

Establishment of a High-throughput Setup for Screening Small Molecules That Modulate c-di-GMP Signaling in Pseudomonas aeruginosa

Establishment of a High-throughput Setup for Screening Small Molecules That Modulate c-di-GMP Signaling in Pseudomonas aeruginosa

Etablering af en High-throughput Opsætning til screening små molekyler, der modulerer c-di-GMP Signalering i<em&gt; Pseudomonas aeruginosa</em

Bacterial resistance to traditional antibiotics has driven research attempts to identify new drug targets in recently discovered regulatory pathways. ...

The Ex Vivo Colon Organ Culture and Its Use in Antimicrobial Host Defense Studies

The Ex Vivo Colon Organ Culture and Its Use in Antimicrobial Host Defense Studies

Det<em&gt; Ex vivo</em&gt; Colon Organ Kultur og dens anvendelse i Antimikrobiel Host Defense Studies

The intestine displays an architecture of repetitive crypt structures consisting of different types of epithelial cells, lamina propia containing immune ...

Isolating Lymphocytes from the Mouse Small Intestinal Immune System

Isolere lymfocytter fra mus Small Intestinal immunsystemet

The intestinal immune system plays an essential role in maintaining the barrier function of the gastrointestinal tract by generating tolerant responses to ...

Human Colonoid Monolayers to Study Interactions Between Pathogens, Commensals, and Host Intestinal Epithelium

Menneskelige Colonoid encellelag at studere samspillet mellem patogener, latente og vært intestinale epitel

Human 3-dimensional (3D) enteroid or colonoid cultures derived from crypt base stem cells are currently the most advanced ex vivo model of the intestinal ...

Analysis of Interactions between Endobiotics and Human Gut Microbiota Using In Vitro Bath Fermentation Systems

Analyse af interaktioner mellem Endobiotika og humant tarm mikrobiota ved hjælp af in vitro-bade fermenterings systemer

Human intestinal microorganisms have recently become an important target of research in promoting human health and preventing diseases. Consequently, ...

High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions

Co-Culture assays med høj gennemstrømning til undersøgelse af mikrobielle interaktioner

The study of interactions between microorganisms has led to numerous discoveries, from novel antimicrobials to insights in microbial ecology. Many ...

Optimization of the Cuff Technique for Murine Heart Transplantation

Optimering af cuffteknikken til Murine hjertetransplantation

Murine cardiac transplantation has been performed for more than 40 years. With advancements in microsurgery, certain new techniques have been used to ...