Name: an intestinal gut organ culture system for analyzing host-microbiota interactions
Uploaded: 2021-06-30T15:00:00
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Nous remercions les membres passés et présents du laboratoire Yissachar pour leurs précieuses contributions à l’optimisation du protocole du système de culture d’organes intestinaux. Nous remercions Yael Laure pour l’édition critique du manuscrit. Ce travail a été soutenu par la Fondation israélienne pour la science (subvention n° 3114831), la Fondation scientifique israélienne - Programme conjoint du Broad Institute (subvention n° 8165162) et le Fonds Gassner pour la recherche médicale, Israël.

Ce protocole suit les lignes directrices en matière de soins aux animaux approuvées par le comité d’éthique pour le bien-être des animaux.
1. Préparation de l’expérience
<ol><li>Fabrication du dispositif de culture d’organes intestinaux (3 jours)<ol>
<li>À l’aide d’une imprimante 3D, imprimez les moules en plastique réutilisables pour le dispositif de culture d’organes (l’appareil a 6 puits, avec 24 petits et grands trous, et pour le couvercle du couvercle de l’appar...

<ol>
	<li>Mowat, A. M., Agace, W. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regional+specialization+within+the+intestinal+immune+system.">Regional specialization within the intestinal immune system.</a> Nature Reviews Immunology. 14 (10), 667-685 (2014).</li><li>Pearce, S. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intestinal+in+vitro+and+ex+vivo+Models+to+Study+Host-Microbiome+Interactions+and+Acute+Stressors.">Intestinal in vitro and ex vivo Models to Study Host-Microbiome Interactions and Acute Stressors.</a> Frontiers in Physiology. 9 (1584), (2018).</li><li>Hooper, L. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+analysis+of+commensal+host-microbial+relationships+in+the+intestine.">Molecular analysis of commensal host-microbial relationships in the intestine.</a> Science. 291 (5505), 881-884 (2001).</li><li>Haller, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Non-pathogenic+bacteria+elicit+a+differential+cytokine+response+by+intestinal+epithelial+cell/leucocyte+co-cultures.">Non-pathogenic bacteria elicit a differential cytokine response by intestinal epithelial cell/leucocyte co-cultures.</a> Gut. 47 (1), 79-87 (2000).</li><li>Sato, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+Lgr5+stem+cells+build+crypt-villus+structures+in+vitro+without+a+mesenchymal+niche.">Single Lgr5 stem cells build crypt-villus structures in vitro without a mesenchymal niche.</a> Nature. 459 (7244), 262-265 (2009).</li><li>Sato, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Long-term+expansion+of+epithelial+organoids+from+human+colon,+adenoma,+adenocarcinoma,+and+Barrett's+epithelium.">Long-term expansion of epithelial organoids from human colon, adenoma, adenocarcinoma, and Barrett's epithelium.</a> Gastroenterology. 141 (5), 1762-1772 (2011).</li><li>Tsilingiri, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Probiotic+and+postbiotic+activity+in+health+and+disease:+comparison+on+a+novel+polarised+ex-vivo+organ+culture+model.">Probiotic and postbiotic activity in health and disease: comparison on a novel polarised ex-vivo organ culture model.</a> Gut. 61 (7), 1007-1015 (2012).</li><li>Gazzaniga, F. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Harnessing+Colon+Chip+Technology+to+Identify+Commensal+Bacteria+That+Promote+Host+Tolerance+to+Infection.">Harnessing Colon Chip Technology to Identify Commensal Bacteria That Promote Host Tolerance to Infection.</a> Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 11, 638014 (2021).</li><li>Yissachar, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Intestinal+Organ+Culture+System+Uncovers+a+Role+for+the+Nervous+System+in+Microbe-Immune+Crosstalk.">An Intestinal Organ Culture System Uncovers a Role for the Nervous System in Microbe-Immune Crosstalk.</a> Cell. 168 (6), 1135-1148 (2017).</li><li>Duscha, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Propionic+Acid+Shapes+the+Multiple+Sclerosis+Disease+Course+by+an+Immunomodulatory+Mechanism.">Propionic Acid Shapes the Multiple Sclerosis Disease Course by an Immunomodulatory Mechanism.</a> Cell. 180 (6), 1067-1080 (2020).</li><li>Grosheva, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-Throughput+Screen+Identifies+Host+and+Microbiota+Regulators+of+Intestinal+Barrier+Function.">High-Throughput Screen Identifies Host and Microbiota Regulators of Intestinal Barrier Function.</a> Gastroenterology. 159 (5), 1807-1823 (2020).</li><li>Blaize, J. F., Corbo, C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Serial+Dilutions+and+Plating:+Microbial+Enumeration.">Serial Dilutions and Plating: Microbial Enumeration.</a> Journal of Visualized Experiments. , (2021).</li><li>Ivanov, I. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Induction+of+intestinal+Th17+cells+by+segmented+filamentous+bacteria.">Induction of intestinal Th17 cells by segmented filamentous bacteria.</a> Cell. 139 (3), 485-498 (2009).</li><li>Schnupf, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+and+host+interaction+of+mouse+segmented+filamentous+bacteria+in+vitro.">Growth and host interaction of mouse segmented filamentous bacteria in vitro.</a> Nature. 520 (7545), 99-103 (2015).</li><li>Chung, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gut+immune+maturation+depends+on+colonization+with+a+host-specific+microbiota.">Gut immune maturation depends on colonization with a host-specific microbiota.</a> Cell. 149 (7), 1578-1593 (2012).</li><li>Atarashi, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Th17+Cell+Induction+by+Adhesion+of+Microbes+to+Intestinal+Epithelial+Cells.">Th17 Cell Induction by Adhesion of Microbes to Intestinal Epithelial Cells.</a> Cell. 163 (2), 367-380 (2015).</li></ol>

Cet article décrit un protocole optimisé pour les cultures d’organes intestinaux ex vivo que Yissachar et al. ont récemment développé (publié9 et données non publiées). Le système de culture d’organes intestinaux prend en charge la culture multiplexée de fragments intestinaux intacts tout en maintenant le flux luminal. Il offre un contrôle total sur l’environnement intra et extra-luminal (y compris la dose de stimulation, le temps d’exposition et le débit) et préserve...

L’intestin est un organe très complexe contenant un large éventail de types cellulaires (cellules épithéliales, cellules du système immunitaire, neurones, etc.) organisés dans une structure particulière qui permet aux cellules d’interagir et de communiquer entre elles et avec le contenu luminal (microbiote, nourriture, etc.) 1. Actuellement, la boîte à outils de recherche disponible pour l’analyse des interactions hôte-microbiote comprend des cultures cellulaires in vitro et des modèles animaux in vivo 2. Les modèles animaux in vivo fournissent une construction tissulaire physiologique3 mais avec un mauvais contrôle expérimental et une capacité limitée à manipuler les conditions expérimentales. Les systèmes de culture in vitro, d’autre part, utilisent des cellules primaires ou des lignées cellulaires qui peuvent être complétées par des microbes4,offrant un contrôle étroit sur les paramètres de l’expérience mais dépourvus de complexité cellulaire et d’architecture tissulaire. Les essais in vitro modernes permettent l’utilisation avancée d’échantillons de tissus humains sains et pathologiques, comme les organoïdes épithéliaux dérivés de sources souris ou humaines5,6, et des échantillons qui imitent le microenvironnement muqueux7. Un autre exemple est le test « intestin sur puce », qui comprend la lignée cellulaire épithéliale du côlon humain (Caco2), la matrice extracellulaire et les canaux microfluidiques pour imiter l’état physiologique de l’invariant intestinal8. Cependant, aussi avancés et innovants que puissent être les échantillons in vitro, ils ne maintiennent pas une architecture tissulaire normale ou une composition cellulaire naïve.
Pour y remédier, Yissachar et al. ont récemment mis au point un système de culture d’organes ex vivo 9 (Figure 1)qui maintient des fragments intestinaux intacts ex vivo,bénéficiant des avantages des modèles in vivo et in vitro. Ce système de culture d’organes intestinaux ex vivo est basé sur un dispositif de culture sur mesure qui prend en charge une culture multiplexée de six tissus du côlon, permettant d’examiner les entrées expérimentales dans des conditions comparables tout en contrôlant les entrées et les sorties du système. Des travaux récents ont démontré que ce système est précieux pour analyser les réponses intestinales aux bactéries intestinales individuelles9,aux échantillons de microbiote humain entier10 et aux métabolites microbiens11. Ce système permet, pour la première fois, l’étude de ces interactions précoces hôte-microbiote avec un haut niveau de contrôle sur l’hôte, les composants microbiens et environnementaux. De plus, il permet de surveiller et de manipuler le système tout au long de l’expérience, en temps réel.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62779/62779fig01.jpg"> Figure 1: Schémas du dispositif de culture intestinale. Un fragment entier de tissu intestinal est attaché aux orifices de sortie et d’entrée de la chambre (en haut), avec des pompes régulant le flux de fluide à l’intérieur de la lumière et dans la chambre de milieu externe. L’ensemble de l’appareil (en bas) contient 6 chambres de ce type. Ce chiffre a été modifié à partir de Yissachar et al. 2017. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62779/62779fig01large.jpg" target="_blank">Veuillez cliquer ici pour voir une version agrandie de cette figure.</a>

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Device</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>18 Gauge Blunt Needle</td>
			<td>Mcmaster</td>
			<td>75165a754</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>22 Gauge Blunt Needle</td>
			<td>Mcmaster</td>
			<td>75165a758</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>All Purpose Adhesive Selant 100% Silicone</td>
			<td>DAP</td>
			<td>688</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cubic Vacuum Desiccator VDC-21+ 2 Shelves</td>
			<td></td>
			<td>AAAD4021</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass Slide 1 mm Thick</td>
			<td>Corning</td>
			<td>2947-75X50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mini Incubator im-10</td>
			<td></td>
			<td>AAH24315K</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MPC 301E Vacuum PUMP</td>
			<td></td>
			<td>VI-412711</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plastic Quick Turn Tube Coupling Plugs</td>
			<td>Mcmaster</td>
			<td>51525k121</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>plastic Quick Turn Tube Coupling Sockets</td>
			<td>Mcmaster</td>
			<td>52525k211</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sylgard 184 Silicone Elastomer</td>
			<td>Dow</td>
			<td></td>
			<td>Polydimethylsiloxane, PDMS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tubing</td>
			<td>Mcmaster</td>
			<td>6516t11</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zortrax M200</td>
			<td>Zortrax</td>
			<td></td>
			<td>Zortrax Z-SUITE, Autodesk Fusion 360</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zortrax M200 Materials: z-ultrat</td>
			<td>Zortrax</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Medium</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>B27 Supplement (50x), Serum Free</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>17504044</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HEPES Buffer (1M)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>15630056</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Iscove&#39;s Mod Dulbecco&#39;s Medium With Phenol Red (1x)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>12440061</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Knock-Out Serum</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>10828028</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N2 Supplement (100x)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A1370701</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Non Essential Amino Acid (100x)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>11140035</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Surgical Tools</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Large Scissors</td>
			<td>Aseltech</td>
			<td>11-00-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sharp Forceps</td>
			<td>F.S.T</td>
			<td>11297-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Silk Braided Surgical Thread</td>
			<td>SMI</td>
			<td>8010G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Straight Scissors</td>
			<td>F.S.T</td>
			<td>14091-09</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thin Forceps</td>
			<td>F.S.T</td>
			<td>11051-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Organ System</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.1 &#181;m Filter</td>
			<td>Life Gene</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.22 &#181;m Filter</td>
			<td>Life Gene</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5 mL Luer Lock Syringe</td>
			<td>B-D</td>
			<td>309649</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Greenough Stereo Microscope</td>
			<td>ZEISS</td>
			<td>Stemi 305</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Recirculating Precision Air Heater &#34;CUBE&#34;</td>
			<td></td>
			<td>CUBE-2-LIS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Syringe Pump</td>
			<td>new era pump systems inc</td>
			<td>nep-ne-1600-em</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

an intestinal gut organ culture system for analyzing host-microbiota interactions

La structure du tissu intestinal facilite les interactions étroites et mutualistes entre l’hôte et le microbiote intestinal. Ces pourparlers croisés sont cruciaux pour maintenir l’homéostasie locale et systémique; les modifications de la composition du microbiote intestinal (dysbiose) sont associées à un large éventail de maladies humaines. Les méthodes de dissection des interactions hôte-microbiote englobent un compromis inhérent entre la préservation de la structure physiologique des tissus (lors de l’utilisation de modèles animaux in vivo) et le niveau de contrôle des facteurs expérimentaux (comme dans les systèmes de culture cellulaire in vitro simples). Pour remédier à ce compromis, Yissachar et al. ont récemment développé un système de culture d’organes intestinaux. Le système préserve une construction naïve du tissu du côlon et des mécanismes cellulaires et il permet également un contrôle expérimental serré, facilitant les expérimentations qui ne peuvent pas être facilement effectuées in vivo. Il est optimal pour disséquer les réponses à court terme de divers composants intestinaux (tels que les éléments épithéliaux, immunologiques et neuronaux) aux perturbations luminales (y compris les microbes anaérobies ou aérobies, les échantillons de microbiote entier de souris ou d’humains, les médicaments et les métabolites). Ici, nous présentons une description détaillée d’un protocole optimisé pour la culture d’organes de plusieurs fragments intestinaux à l’aide d’un dispositif de culture intestinale sur mesure. Les réponses de l’hôte aux perturbations luminales peuvent être visualisées par coloration par immunofluorescence de coupes de tissus ou de fragments de tissus à monture entière, hybridation in situ par fluorescence (FISH) ou imagerie accélérée. Ce système prend en charge un large éventail de lectures, y compris le séquençage de nouvelle génération, la cytométrie en flux et divers tests cellulaires et biochimiques. Dans l’ensemble, ce système de culture d’organes tridimensionnel prend en charge la culture de tissus intestinaux volumineux et intacts et a de vastes applications pour l’analyse à haute résolution et la visualisation des interactions hôte-microbiote dans l’environnement intestinal local.

Le système de culture d’organes intestinaux maintient la viabilité des tissus ex vivo. L’évaluation de la viabilité des tissus a été effectuée tout au long de la période de culture. Des fragments de tissu du côlon ont été incubés dans le système de culture d’organes intestinaux et fixés après une culture de 2/12/24 h. L’intégrité de la couche de cellules épithéliales intestinales (CEI) a été validée par coloration par immunofluorescence à l’aide d’anticorps E-cadhérine et cyto...

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An Intestinal Gut Organ Culture System for Analyzing Host-Microbiota Interactions

Cet article présente une méthode unique d’analyse des interactions hôte-microbiome à l’aide d’un nouveau système de culture d’organes intestinaux pour des expériences ex vivo.

Un système de culture d’organes intestinaux pour l’analyse des interactions hôte-microbiote

The structure of the gut tissue facilitates close and mutualistic interactions between the host and the gut microbiota. These cross-talks are crucial for ...

Le système de culture d’organes intestinaux combine les avantages des essais in vitro et in vivo et sert ainsi d’étape expérimentale intermédiaire entre des essais in vitro simples et des expériences in vivo complexes. Le principal avantage de cette technique est la combinaison d’un contrôle expérimental strict avec la préservation de la physiologie intestinale. Cette méthode fournit des informations pour analyser les réponses intestinales à un stimulus spécifique avec un niveau élevé de contrôle sur l’hôte, les composants microbiens et environnementaux.Alon Shemesh, un étudiant à la maîtrise de mon laboratoire, et le Dr Sivan Amidror, notre directeur de laboratoire, feront la démonstration de la procédure. Pour commencer, insérez les aiguilles à extrémité émoussée à la position appropriée dans le moule de l’appareil et coulez environ 20 grammes de mélange de polydiméthylsiloxane ou de PDMS, pour un ensemble de l’appareil et du couvercle. Placez les moules dans une chambre à vide pendant 30 minutes pour éliminer les bulles d’air du mélange PDMS, puis incubez les moules à 55 degrés Celsius pendant la nuit pour terminer la polymérisation PDMS.Lorsque le PDMS est réglé, retirez les aiguilles du moule et libérez soigneusement le dispositif de culture et le couvercle des moules en plastique. Retirez les résidus de PDMS du contour du puits à l’aide d’une lame chirurgicale. Fixez le dispositif PDMS et le couvercle de l’appareil sur un verre de couverture de microslides de 75 par 50 millimètres à l’aide d’un adhésif au silicium non toxique et laissez les pièces se fixer pendant la nuit.Appliquez le collé sur le côté lisse de l’appareil. Insérez 12, 22 aiguilles de jauge pour la lumière et 12, 18 aiguilles de jauge pour le puits. Fixez toutes les aiguilles en place à l’aide de silicone et laissez-les se fixer pendant la nuit.Purgez les seringues d’entrée et assurez-vous que le milieu du puits s’écoule de tous les tubes dans un verre usagé, puis purgez les seringues d’entrée et assurez-vous que les stimulations s’écoulent de tous les tubes dans un verre usagé, en prenant soin de ne pas contaminer les différentes stimulations. Après avoir sacrifié la souris, utilisez des ciseaux et des pinces tranchants pour la disséquer et retirer le tube digestif de l’estomac à l’anus, en coupant toute la graisse et les tissus conjonctifs. Coupez le côlon et placez-le sur une nouvelle assiette.Minimisez le contact tout en tenant le tissu doucement et seulement sur les bords. Effectuez le rinçage du côlon sous un microscope à dissection. Rincez doucement le contenu du côlon avec de l’IMDM stérile avec la seringue préparée de 10 millilitres comme décrit dans le texte.Après avoir retiré les matières fécales du tissu intestinal, placez le côlon dans une nouvelle plaque de six puits remplie de 0,5 millilitre de DMI stérile. Ensuite, prenez le tissu du côlon et connectez-le soigneusement à l’aiguille de calibre 22, en faisant une cravate serrée avec les deux fils. Maintenez l’orientation correcte du côlon par rapport au flux lumineux, de sorte que le proximal et le distal soient égaux à l’entrée et à la sortie, respectivement.Répétez le rinçage du côlon et l’attache des aiguilles pour tous les tissus. Connectez les tubes d’entrée et de sortie à l’appareil, puis commencez l’expérience en démarrant les pompes aux vitesses souhaitées. Des cellules de gobelet remplies de mucus dans l’épithélium colique et une sécrétion de mucus dans la lumière ont été détectées ainsi qu’une prolifération de ceI dans les cryptes du côlon, comme indiqué par la coloration KI67.Ces résultats ont montré que le système de culture intestinale maintient la fonction et la structure intestinales ex-vivo. Après deux heures d’introduction de bactéries filamenteuses segmentées, ou SFB, des filaments SFB typiques ont été détectés en étroite association avec les villosités de l’intestin grêle en utilisant l’hybridation in situ par fluorescence. De plus, une microscopie électronique à transmission a présenté un SFB à quelques microns de la bordure de la brosse d’épithélium de l’intestin grêle.Les profils d’expression génique d’échantillons de tissus entiers ont été produits en trois exemplaires deux heures après la perfusion de SFB. Les cultures témoins ont été perfusées avec des suspensions fécales de souris monocolonisées sans germes ou Bacteroides fragilis. Ces changements persuadés par SFB étaient principalement de faible amplitude par rapport au contrôle sans germes.L’orientation du côlon est très importante. Prenez des précautions supplémentaires lorsque vous attachez le côlon sur l’aiguille. Une bonne attache empêchera la contamination du puits par le contenu en lumens.Un large éventail de techniques de lecture peuvent suivre ce protocole, telles que le séquençage de nouvelle génération, l’imagerie, le tri cellulaire et bien d’autres. Ces lectures fournissent de nouvelles informations sur les interactions du microbiome de l’hôte dans la santé et la maladie.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

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