Name: an intestinal gut organ culture system for analyzing host-microbiota interactions
Uploaded: 2021-06-30T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about An Intestinal Gut Organ Culture System for Analyzing Host-Microbiota Interactions at JoVE.com

Vi takker tidligere og nåværende medlemmer av Yissachar-laboratoriet for deres verdifulle bidrag til å optimalisere tarmorgankultursystemprotokollen. Vi takker Yael Laure for kritisk redigering av manuskriptet. Dette arbeidet ble støttet av Israel Science Foundation (grant No. 3114831), Israel Science Foundation - Broad Institute Joint Program (grant No. 8165162) og Gassner Fund for Medical Research, Israel.

Denne protokollen følger retningslinjene for dyrepleie godkjent av etikkutvalget for dyrevelferd.
1. Eksperiment forberedelse
<ol><li>Fabrikasjon av tarmorgankulturenheten (3 dager)<ol>
<li>Bruk en 3D-skriver til å skrive ut gjenbrukbare plastformer for organkulturenheten (enheten har 6 brønner, med 24 små og store hull, og for enhetens deksellokk) (3D-filer vedlagt). MERK: Disse plastformene kan brukes til fabrikasjon av mange enheter.</li>
		<li>Sett de stumpe nålene (22 G &18 G) i...

<ol>
	<li>Mowat, A. M., Agace, W. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regional+specialization+within+the+intestinal+immune+system.">Regional specialization within the intestinal immune system.</a> Nature Reviews Immunology. 14 (10), 667-685 (2014).</li><li>Pearce, S. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intestinal+in+vitro+and+ex+vivo+Models+to+Study+Host-Microbiome+Interactions+and+Acute+Stressors.">Intestinal in vitro and ex vivo Models to Study Host-Microbiome Interactions and Acute Stressors.</a> Frontiers in Physiology. 9 (1584), (2018).</li><li>Hooper, L. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+analysis+of+commensal+host-microbial+relationships+in+the+intestine.">Molecular analysis of commensal host-microbial relationships in the intestine.</a> Science. 291 (5505), 881-884 (2001).</li><li>Haller, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Non-pathogenic+bacteria+elicit+a+differential+cytokine+response+by+intestinal+epithelial+cell/leucocyte+co-cultures.">Non-pathogenic bacteria elicit a differential cytokine response by intestinal epithelial cell/leucocyte co-cultures.</a> Gut. 47 (1), 79-87 (2000).</li><li>Sato, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+Lgr5+stem+cells+build+crypt-villus+structures+in+vitro+without+a+mesenchymal+niche.">Single Lgr5 stem cells build crypt-villus structures in vitro without a mesenchymal niche.</a> Nature. 459 (7244), 262-265 (2009).</li><li>Sato, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Long-term+expansion+of+epithelial+organoids+from+human+colon,+adenoma,+adenocarcinoma,+and+Barrett's+epithelium.">Long-term expansion of epithelial organoids from human colon, adenoma, adenocarcinoma, and Barrett's epithelium.</a> Gastroenterology. 141 (5), 1762-1772 (2011).</li><li>Tsilingiri, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Probiotic+and+postbiotic+activity+in+health+and+disease:+comparison+on+a+novel+polarised+ex-vivo+organ+culture+model.">Probiotic and postbiotic activity in health and disease: comparison on a novel polarised ex-vivo organ culture model.</a> Gut. 61 (7), 1007-1015 (2012).</li><li>Gazzaniga, F. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Harnessing+Colon+Chip+Technology+to+Identify+Commensal+Bacteria+That+Promote+Host+Tolerance+to+Infection.">Harnessing Colon Chip Technology to Identify Commensal Bacteria That Promote Host Tolerance to Infection.</a> Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 11, 638014 (2021).</li><li>Yissachar, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Intestinal+Organ+Culture+System+Uncovers+a+Role+for+the+Nervous+System+in+Microbe-Immune+Crosstalk.">An Intestinal Organ Culture System Uncovers a Role for the Nervous System in Microbe-Immune Crosstalk.</a> Cell. 168 (6), 1135-1148 (2017).</li><li>Duscha, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Propionic+Acid+Shapes+the+Multiple+Sclerosis+Disease+Course+by+an+Immunomodulatory+Mechanism.">Propionic Acid Shapes the Multiple Sclerosis Disease Course by an Immunomodulatory Mechanism.</a> Cell. 180 (6), 1067-1080 (2020).</li><li>Grosheva, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-Throughput+Screen+Identifies+Host+and+Microbiota+Regulators+of+Intestinal+Barrier+Function.">High-Throughput Screen Identifies Host and Microbiota Regulators of Intestinal Barrier Function.</a> Gastroenterology. 159 (5), 1807-1823 (2020).</li><li>Blaize, J. F., Corbo, C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Serial+Dilutions+and+Plating:+Microbial+Enumeration.">Serial Dilutions and Plating: Microbial Enumeration.</a> Journal of Visualized Experiments. , (2021).</li><li>Ivanov, I. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Induction+of+intestinal+Th17+cells+by+segmented+filamentous+bacteria.">Induction of intestinal Th17 cells by segmented filamentous bacteria.</a> Cell. 139 (3), 485-498 (2009).</li><li>Schnupf, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+and+host+interaction+of+mouse+segmented+filamentous+bacteria+in+vitro.">Growth and host interaction of mouse segmented filamentous bacteria in vitro.</a> Nature. 520 (7545), 99-103 (2015).</li><li>Chung, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gut+immune+maturation+depends+on+colonization+with+a+host-specific+microbiota.">Gut immune maturation depends on colonization with a host-specific microbiota.</a> Cell. 149 (7), 1578-1593 (2012).</li><li>Atarashi, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Th17+Cell+Induction+by+Adhesion+of+Microbes+to+Intestinal+Epithelial+Cells.">Th17 Cell Induction by Adhesion of Microbes to Intestinal Epithelial Cells.</a> Cell. 163 (2), 367-380 (2015).</li></ol>

Denne artikkelen beskriver en optimalisert protokoll for ex vivo gut organ kulturer som Yissachar et al. nylig har utviklet (publisert9 og upubliserte data). Tarmorgankultursystemet støtter multiplekset kultur av intakte tarmfragmenter samtidig som lysstrømmen opprettholdes. Det gir full kontroll over det intra- og ekstralysende miljøet (inkludert stimuleringsdose, eksponeringstid og strømningshastighet) og bevarer den naive tarmvevsstrukturen og dens cellulære kompleksitet<sup class...

Tarmen er et svært komplekst organ som inneholder et bredt spekter av celletyper (epitelceller, immunsystemceller, nevroner og mer) organisert i en bestemt struktur som gjør at celler kan samhandle og kommunisere med hverandre og med lysinnholdet (mikrobiota, mat, etc.) 1. For tiden inkluderer forskningsverktøykassen som er tilgjengelig for analyse av vertsmikrobiotainteraksjoner in vitro-cellekulturer og in vivo dyremodeller2. In vivo dyremodeller gir en fysiologisk vevskonstruksjon3, men med dårlig eksperimentell kontroll og begrenset evne til å manipulere eksperimentforholdene. In vitro kultursystemer, derimot, bruker primære celler eller cellelinjer som kan suppleres med mikrober4, og gir tett kontroll over eksperimentparametrene, men mangler cellulær kompleksitet og vevsarkitektur. Moderne in vitro-analyser tillater avansert bruk av sunne og patologiske humane vevsprøver, som epitelorganoider avledet fra mus eller menneskelige kilder5,6og prøver som etterligner slimhinnens mikromiljø7. Et annet eksempel er 'tarmen på en chip' -analysen, som inkluderer den menneskelige koloniske epitelcellelinjen (Caco2), ekstracellulær matrise og mikrofluidiske kanaler for å etterligne den fysiologiske tilstanden til tarmen konstant8. Men så avansert og innovativ som in vitro-prøver kan være, opprettholder de ikke en normal vevsarkitektur eller naiv cellulær sammensetning.
For å adressere det utviklet Yissachar et al. nylig et ex vivo organkultursystem9 (figur 1) som opprettholder intakte tarmfragmenter ex vivo, og drar nytte av fordelene med både in vivo- og in vitro-modeller. Dette ex vivo gut organ kultursystemet er basert på en skreddersydd kultur enhet som støtter en multiplekset kultur av seks kolon vev, slik at undersøke eksperimentelle innganger under sammenlignbare forhold mens kontrollere systemets innganger og utganger. Nyere arbeider har vist at dette systemet er verdifullt for å analysere tarmresponser på individuelle tarmbakterier9, hele menneskelige mikrobiotaprøver10 og mikrobielle metabolitter11. Dette systemet tillater for første gang studiet av disse tidlige vertsmikrobiotainteraksjonene med høyt kontrollnivå over verts-, mikrobielle og miljømessige komponenter. Videre tillater det overvåking og manipulering av systemet gjennom hele eksperimentet, i sanntid.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62779/62779fig01.jpg"> Figur 1: Skjematikken til tarmkulturenheten. Et helt tarmvevsfragment er festet til kammerets utgangs- og inngangsporter (topp), med pumper som regulerer mediumstrømmen inne i lumen og i det ytre middels kammeret. Hele enheten (bunnen) inneholder 6 slike kamre. Dette tallet er endret fra Yissachar et al. 2017. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62779/62779fig01large.jpg" target="_blank">Klikk her for å se en større versjon av denne figuren.</a>

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Device</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>18 Gauge Blunt Needle</td>
			<td>Mcmaster</td>
			<td>75165a754</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>22 Gauge Blunt Needle</td>
			<td>Mcmaster</td>
			<td>75165a758</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>All Purpose Adhesive Selant 100% Silicone</td>
			<td>DAP</td>
			<td>688</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cubic Vacuum Desiccator VDC-21+ 2 Shelves</td>
			<td></td>
			<td>AAAD4021</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass Slide 1 mm Thick</td>
			<td>Corning</td>
			<td>2947-75X50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mini Incubator im-10</td>
			<td></td>
			<td>AAH24315K</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MPC 301E Vacuum PUMP</td>
			<td></td>
			<td>VI-412711</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plastic Quick Turn Tube Coupling Plugs</td>
			<td>Mcmaster</td>
			<td>51525k121</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>plastic Quick Turn Tube Coupling Sockets</td>
			<td>Mcmaster</td>
			<td>52525k211</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sylgard 184 Silicone Elastomer</td>
			<td>Dow</td>
			<td></td>
			<td>Polydimethylsiloxane, PDMS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tubing</td>
			<td>Mcmaster</td>
			<td>6516t11</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zortrax M200</td>
			<td>Zortrax</td>
			<td></td>
			<td>Zortrax Z-SUITE, Autodesk Fusion 360</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zortrax M200 Materials: z-ultrat</td>
			<td>Zortrax</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Medium</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>B27 Supplement (50x), Serum Free</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>17504044</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HEPES Buffer (1M)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>15630056</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Iscove&#39;s Mod Dulbecco&#39;s Medium With Phenol Red (1x)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>12440061</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Knock-Out Serum</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>10828028</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N2 Supplement (100x)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A1370701</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Non Essential Amino Acid (100x)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>11140035</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Surgical Tools</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Large Scissors</td>
			<td>Aseltech</td>
			<td>11-00-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sharp Forceps</td>
			<td>F.S.T</td>
			<td>11297-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Silk Braided Surgical Thread</td>
			<td>SMI</td>
			<td>8010G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Straight Scissors</td>
			<td>F.S.T</td>
			<td>14091-09</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thin Forceps</td>
			<td>F.S.T</td>
			<td>11051-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Organ System</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.1 &#181;m Filter</td>
			<td>Life Gene</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.22 &#181;m Filter</td>
			<td>Life Gene</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5 mL Luer Lock Syringe</td>
			<td>B-D</td>
			<td>309649</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Greenough Stereo Microscope</td>
			<td>ZEISS</td>
			<td>Stemi 305</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Recirculating Precision Air Heater &#34;CUBE&#34;</td>
			<td></td>
			<td>CUBE-2-LIS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Syringe Pump</td>
			<td>new era pump systems inc</td>
			<td>nep-ne-1600-em</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

an intestinal gut organ culture system for analyzing host-microbiota interactions

Strukturen av tarmvevet letter nære og gjensidige interaksjoner mellom verten og tarmmikrobiota. Disse krysssamtalene er avgjørende for å opprettholde lokale og systemiske homeostase; endringer i tarmmikrobiotasammensetningen (dysbiose) forbinder med et bredt spekter av menneskelige sykdommer. Metoder for dissekering av vertsmikrobiotainteraksjoner omfatter en iboende avveining mellom bevaring av fysiologisk vevsstruktur (ved bruk av in vivo dyremodeller) og kontrollnivået over eksperimentfaktorene (som i enkle in vitro-cellekultursystemer). For å løse denne avveiningen utviklet Yissachar et al. nylig et tarmorgankultursystem. Systemet bevarer en naiv kolonvevskonstruksjon og cellulære mekanismer, og det tillater også tett eksperimentell kontroll, noe som letter eksperimenter som ikke lett kan utføres in vivo. Det er optimalt for dissekering av kortsiktige responser av ulike tarmkomponenter (som epiteliale, immunologiske og nevronale elementer) til lysende perturbasjoner (inkludert anaerobe eller aerobe mikrober, hele mikrobiotaprøver fra mus eller mennesker, narkotika og metabolitter). Her presenterer vi en detaljert beskrivelse av en optimalisert protokoll for organkultur av flere tarmfragmenter ved hjelp av en skreddersydd tarmkulturenhet. Vertsresponser på luminal perturbasjoner kan visualiseres ved immunfluorescensfarging av vevsseksjoner eller helmonterte vevsfragmenter, fluorescens in-situ hybridisering (FISH) eller tidsforløpavbildning. Dette systemet støtter et bredt spekter av avlesninger, inkludert neste generasjons sekvensering, strømningscytometri og ulike cellulære og biokjemiske analyser. Samlet sett støtter dette tredimensjonale organkultursystemet kulturen til store, intakte tarmvev og har brede anvendelser for høyoppløselig analyse og visualisering av vertsmikrobiotainteraksjoner i det lokale tarmmiljøet.

Tarmorgankultursystemet opprettholder vev levedyktighet ex vivo. Evalueringen av vevs levedyktigheten ble gjort gjennom hele kulturperioden. Kolonvevsfragmenter ble inkubert i tarmorgankultursystemet og fikset etter 2/12/24 h kultur. Den intestinale epitelcelle (IEC) lagintegriteten ble validert ved immunfluorescensfarging ved hjelp av E-kaderin og cytokeratin-18 antistoffer. På samme måte ble slimfylte begerceller i det koloniske epitelet og slimsekresjonen i lumen oppdaget, samt spredning av IEC i de koloni...

Watch this Scientific Journal Video about An Intestinal Gut Organ Culture System for Analyzing Host-Microbiota Interactions at JoVE.com

An Intestinal Gut Organ Culture System for Analyzing Host-Microbiota Interactions

Denne artikkelen presenterer en unik metode for å analysere vertsmikrobiomeinteraksjoner ved hjelp av et nytt tarmorgankultursystem for ex vivo-eksperimenter.

Et intestinal tarmorgankultursystem for å analysere vertsmikrobiotainteraksjoner

The structure of the gut tissue facilitates close and mutualistic interactions between the host and the gut microbiota. These cross-talks are crucial for ...

Tarmorgankultursystemet kombinerer fordelene med in vitro- og in vivo-analyser og fungerer dermed som et mellomliggende eksperimentelt skritt mellom enkle in vitro-analyser til komplekse in vivo-eksperimenter. Den største fordelen med denne teknikken er kombinasjonen av tett eksperimentell kontroll med bevaring av tarmfysiologi. Denne metoden gir innsikt for å analysere tarmresponser på spesifikke stimulanser med høyt kontrollnivå over verten, mikrobielle og miljøkomponentene.Å demonstrere prosedyren vil være Alon Shemesh, en masterstudent fra laboratoriet mitt, og Dr.Sivan Amidror, laboratorielederen vår. For å begynne med, sett de stumpe nålene i riktig posisjon i enhetsformen og kast ca. 20 gram polydimetylsiloksan eller PDMS-blanding, for ett sett med enheten og lokket. Plasser formene i et vakuumkammer i 30 minutter for å fjerne luftbobler fra PDMS-blandingen, og inkuber deretter formene ved 55 grader Celsius over natten for å fullføre PDMS-polymerisering.Når PDMS er satt, trekk ut nålene fra formen og slipp forsiktig kulturenheten og lokket fra plastformene. Fjern PDMS-rester fra brønnomrisset ved hjelp av et kirurgisk blad. Fest PDMS-enheten og enhetsdekselet på et dekkglass på 75 x 50 millimeter mikroslider ved hjelp av ikke-giftig silisiumlim og la delene stilles over natten.Påfør limt på den glatte siden av enheten. Sett inn 12, 22 gauge nåler for lumen og 12, 18 gauge nåler for brønnen. Fest alle nålene på plass ved hjelp av silikon og la den stilles over natten.Tøm inngangssprøytene og sørg for at brønnmediet strømmer ut fra alle rør til et avfallsglass, tøm deretter inngangssprøytene og sørg for at stimuleringene strømmer ut av alle rørene i et avfallsglass, og pass på at de ikke forurenser de forskjellige stimuleringene. Etter å ha ofret musen, bruk skarp saks og tang for å dissekere den og ta ut fordøyelseskanalen fra magen til anusen, ved å kutte alt fett- og bindevevet. Klipp tykktarmen og legg den på en ny tallerken.Minimer kontakten mens du holder vevet forsiktig og bare ved kantene. Utfør kolon flush under et disseksjonsmikroskop. Skyll koloninnholdet forsiktig med steril IMDM med den tilberedte 10 milliliter sprøyten som beskrevet i teksten.Etter å ha fjernet avføringen fra tarmvevet, plasser tykktarmen i en ny seks brønnplate fylt med 0,5 milliliter steril IMDM. Deretter tar du kolonvevet og kobler det forsiktig til 22 gauge nålen, noe som gjør et tett slips med de to trådene. Opprettholde riktig orientering av tykktarmen til lumenstrømmen, slik at den proksimale og distale er lik henholdsvis inngang og utgang.Gjenta kolon rødme og nål binde for alle vev. Koble inngangs- og utgangsrørene til enheten, og start deretter eksperimentet ved å starte pumpene til ønsket hastighet. Slimfylte begerceller i det koloniske epitelet og slimsekresjonen i lumen ble oppdaget, samt spredning av IEC i de koloniske kryptene, som indikert av KI67-farging.Disse resultatene viste at tarmkultursystemet opprettholder tarmfunksjon og struktur ex-vivo. Etter to timer med segmenterte filamentøse bakterier, eller SFB, introduksjon, ble typiske SFB-filamenter påvist i nær tilknytning til tynntarmen villi ved hjelp av fluorescens in situ hybridisering. I tillegg presenterte en transmisjonselektronmikroskopi SFB innen noen få mikroner av tynntarmens epitelbørstekant.Genuttrykksprofiler av hele vevsprøver ble produsert i triplikat to timer etter infusjon med SFB. Kontrollkulturer ble infundert med fekale suspensjoner av bakteriefrie eller bakterioider fragilis monokoloniserte mus. Disse endringene som SFB overtalte var hovedsakelig av liten amplitude sammenlignet med bakteriefri kontroll.Orienteringen av tykktarmen er svært viktig. Vær ekstra forsiktig når du knytter tykktarmen på nålen. Riktig slips vil forhindre forurensning av brønnen med lumeninnholdet.En rekke avlesningsteknikker kan følge denne protokollen, for eksempel neste generasjons sekvensering, avbildning, cellesortering og mange flere. Denne avlesningen gir ny innsikt i vertsmikrobiomeinteraksjoner i helse og sykdom.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Use of an Optical Trap for Study of Host-Pathogen Interactions for Dynamic Live Cell Imaging

Dynamic live cell imaging allows direct visualization of real-time interactions between cells of the immune system1, 2; however, the lack of spatial and ...

A Primary Neuron Culture System for the Study of Herpes Simplex Virus Latency and Reactivation

En primær Neuron Kultur System for studier av herpes simplex virus ventetid og reaktivering

Herpes simplex virus type-1 (HSV-1) establishes a life-long latent infection in peripheral neurons. This latent reservoir is the source of recurrent ...

The Ex Vivo Culture and Pattern Recognition Receptor Stimulation of Mouse Intestinal Organoids

The Ex Vivo Culture and Pattern Recognition Receptor Stimulation of Mouse Intestinal Organoids

De<em&gt; Ex Vivo</em&gt; Kultur og mønstergjenkjenning Receptor Stimulering av Mouse Tarm Organoids

Primary intestinal organoids are a valuable model system that has the potential to significantly impact the field of mucosal immunology. However, the ...

Establishment of a High-throughput Setup for Screening Small Molecules That Modulate c-di-GMP Signaling in Pseudomonas aeruginosa

Establishment of a High-throughput Setup for Screening Small Molecules That Modulate c-di-GMP Signaling in Pseudomonas aeruginosa

Etablering av en High-throughput Oppsett for screening små molekyler som modulerer c-di-GMP signalering i<em&gt; Pseudomonas aeruginosa</em

Bacterial resistance to traditional antibiotics has driven research attempts to identify new drug targets in recently discovered regulatory pathways. ...

The Ex Vivo Colon Organ Culture and Its Use in Antimicrobial Host Defense Studies

The Ex Vivo Colon Organ Culture and Its Use in Antimicrobial Host Defense Studies

De<em&gt; Ex Vivo</em&gt; Colon Organ Kultur og dets bruk i Antimicrobial Host forsvarsstudier

The intestine displays an architecture of repetitive crypt structures consisting of different types of epithelial cells, lamina propia containing immune ...

Isolating Lymphocytes from the Mouse Small Intestinal Immune System

Isolere lymfocytter fra musen liten Intestinal immunsystemet

The intestinal immune system plays an essential role in maintaining the barrier function of the gastrointestinal tract by generating tolerant responses to ...

Human Colonoid Monolayers to Study Interactions Between Pathogens, Commensals, and Host Intestinal Epithelium

Menneskelig Colonoid Monolayers å studere interaksjonen mellom patogener, Commensals og vert Intestinal epitel

Human 3-dimensional (3D) enteroid or colonoid cultures derived from crypt base stem cells are currently the most advanced ex vivo model of the intestinal ...

Analysis of Interactions between Endobiotics and Human Gut Microbiota Using In Vitro Bath Fermentation Systems

Analyse av interaksjoner mellom Endobiotics og Human gut bakterieflora bruke in vitro Bath Gjærings systemer

Human intestinal microorganisms have recently become an important target of research in promoting human health and preventing diseases. Consequently, ...

High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions

Høy gjennomstrømming co-kultur analyser for etterforskning av mikrobielle interaksjoner

The study of interactions between microorganisms has led to numerous discoveries, from novel antimicrobials to insights in microbial ecology. Many ...

Optimization of the Cuff Technique for Murine Heart Transplantation

Optimalisering av mansjettteknikken for Murine hjertetransplantasjon

Murine cardiac transplantation has been performed for more than 40 years. With advancements in microsurgery, certain new techniques have been used to ...