Name: an intestinal gut organ culture system for analyzing host-microbiota interactions
Uploaded: 2021-06-30T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about An Intestinal Gut Organ Culture System for Analyzing Host-Microbiota Interactions at JoVE.com

Vi tackar tidigare och nuvarande medlemmar av Yissachar-labbet för deras värdefulla bidrag till att optimera tarmorgankultursystemets protokoll. Vi tackar Yael Laure för kritisk redigering av manuskriptet. Detta arbete stöddes av Israel Science Foundation (anslag nr 3114831), Israel Science Foundation - Broad Institute Joint Program (grant No. 8165162) och Gassner Fund for Medical Research, Israel.

Detta protokoll följer de riktlinjer för djurvård som godkänts av etikkommittén för djurskydd.
1. Förberedelse av experiment
<ol><li>Tillverkning av tarmorganets odlingsanordning (3 dagar)<ol>
<li>Använd en 3D-skrivare och skriv ut de återanvändbara plastformarna för organkulturenheten (enheten har 6 brunnar, med 24 små och stora hål och för enhetens locklock) (3D-filer bifogade). OBS: Dessa plastformar kan användas för tillverkning av många enheter.</li>
		<li>Sätt in d...

<ol>
	<li>Mowat, A. M., Agace, W. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Regional+specialization+within+the+intestinal+immune+system.">Regional specialization within the intestinal immune system.</a> Nature Reviews Immunology. 14 (10), 667-685 (2014).</li><li>Pearce, S. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Intestinal+in+vitro+and+ex+vivo+Models+to+Study+Host-Microbiome+Interactions+and+Acute+Stressors.">Intestinal in vitro and ex vivo Models to Study Host-Microbiome Interactions and Acute Stressors.</a> Frontiers in Physiology. 9 (1584), (2018).</li><li>Hooper, L. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+analysis+of+commensal+host-microbial+relationships+in+the+intestine.">Molecular analysis of commensal host-microbial relationships in the intestine.</a> Science. 291 (5505), 881-884 (2001).</li><li>Haller, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Non-pathogenic+bacteria+elicit+a+differential+cytokine+response+by+intestinal+epithelial+cell/leucocyte+co-cultures.">Non-pathogenic bacteria elicit a differential cytokine response by intestinal epithelial cell/leucocyte co-cultures.</a> Gut. 47 (1), 79-87 (2000).</li><li>Sato, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+Lgr5+stem+cells+build+crypt-villus+structures+in+vitro+without+a+mesenchymal+niche.">Single Lgr5 stem cells build crypt-villus structures in vitro without a mesenchymal niche.</a> Nature. 459 (7244), 262-265 (2009).</li><li>Sato, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Long-term+expansion+of+epithelial+organoids+from+human+colon,+adenoma,+adenocarcinoma,+and+Barrett's+epithelium.">Long-term expansion of epithelial organoids from human colon, adenoma, adenocarcinoma, and Barrett's epithelium.</a> Gastroenterology. 141 (5), 1762-1772 (2011).</li><li>Tsilingiri, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Probiotic+and+postbiotic+activity+in+health+and+disease:+comparison+on+a+novel+polarised+ex-vivo+organ+culture+model.">Probiotic and postbiotic activity in health and disease: comparison on a novel polarised ex-vivo organ culture model.</a> Gut. 61 (7), 1007-1015 (2012).</li><li>Gazzaniga, F. S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Harnessing+Colon+Chip+Technology+to+Identify+Commensal+Bacteria+That+Promote+Host+Tolerance+to+Infection.">Harnessing Colon Chip Technology to Identify Commensal Bacteria That Promote Host Tolerance to Infection.</a> Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 11, 638014 (2021).</li><li>Yissachar, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+Intestinal+Organ+Culture+System+Uncovers+a+Role+for+the+Nervous+System+in+Microbe-Immune+Crosstalk.">An Intestinal Organ Culture System Uncovers a Role for the Nervous System in Microbe-Immune Crosstalk.</a> Cell. 168 (6), 1135-1148 (2017).</li><li>Duscha, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Propionic+Acid+Shapes+the+Multiple+Sclerosis+Disease+Course+by+an+Immunomodulatory+Mechanism.">Propionic Acid Shapes the Multiple Sclerosis Disease Course by an Immunomodulatory Mechanism.</a> Cell. 180 (6), 1067-1080 (2020).</li><li>Grosheva, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-Throughput+Screen+Identifies+Host+and+Microbiota+Regulators+of+Intestinal+Barrier+Function.">High-Throughput Screen Identifies Host and Microbiota Regulators of Intestinal Barrier Function.</a> Gastroenterology. 159 (5), 1807-1823 (2020).</li><li>Blaize, J. F., Corbo, C. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Serial+Dilutions+and+Plating:+Microbial+Enumeration.">Serial Dilutions and Plating: Microbial Enumeration.</a> Journal of Visualized Experiments. , (2021).</li><li>Ivanov, I. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Induction+of+intestinal+Th17+cells+by+segmented+filamentous+bacteria.">Induction of intestinal Th17 cells by segmented filamentous bacteria.</a> Cell. 139 (3), 485-498 (2009).</li><li>Schnupf, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Growth+and+host+interaction+of+mouse+segmented+filamentous+bacteria+in+vitro.">Growth and host interaction of mouse segmented filamentous bacteria in vitro.</a> Nature. 520 (7545), 99-103 (2015).</li><li>Chung, H., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gut+immune+maturation+depends+on+colonization+with+a+host-specific+microbiota.">Gut immune maturation depends on colonization with a host-specific microbiota.</a> Cell. 149 (7), 1578-1593 (2012).</li><li>Atarashi, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Th17+Cell+Induction+by+Adhesion+of+Microbes+to+Intestinal+Epithelial+Cells.">Th17 Cell Induction by Adhesion of Microbes to Intestinal Epithelial Cells.</a> Cell. 163 (2), 367-380 (2015).</li></ol>

Denna artikel beskriver ett optimerat protokoll för ex vivo tarmorgan kulturer som Yissachar et al. nyligen har utvecklat(publicerad 9 och opublicerade data). Tarmorgankultursystemet stöder multiplexerad kultur av intakta tarmfragment samtidigt som luminalflödet bibehålls. Det ger full kontroll över den intra- och extra-luminal miljön (inklusive stimuleringsdos, exponeringstid och flödeshastighet) och bevarar den naiva tarmvävnadsstrukturen och dess cellulära komplexitet<sup clas...

Tarmarna är ett mycket komplext organ som innehåller ett brett spektrum av celltyper (epitelceller, immunsystemceller, nervceller och mer) organiserade i en viss struktur som gör det möjligt för celler att interagera och kommunicera med varandra och med det luminala innehållet (mikrobiota, mat, etc.) 1.För närvarande innehåller den forskningsverktygslåda som finns tillgänglig för analys av värd-mikrobiotainteraktioner in vitro-cellkulturer och in vivo-djurmodeller 2. In vivo djurmodeller ger en fysiologiskvävnadskonstruktion 3 men med dålig experimentell kontroll och begränsad förmåga att manipulera experimentförhållandena. In vitro-odlingssystem, å andra sidan, använder primära celler eller cellinjer som kan kompletteras med mikrober4, vilket ger strikt kontroll över experimentparametrarna men saknar cellulär komplexitet och vävnadsarkitekturen. Moderna in vitro-analyser möjliggör avancerad användning av friska och patologiska mänskliga vävnadsprover, som epitelorganoider som härrör från mus- eller mänskligakällor 5,6, och prover som efterliknar mukosal mikromiljön7. Ett annat exempel är "tarmen på ett chip" -analysen, som inkluderar den mänskliga colonic epitelcelllinjen (Caco2), extracellulär matris och mikrofluidiska kanaler för att efterlikna tarmens fysiologiska tillstånd invariant8. Men så avancerade och innovativa som in vitro-prover kan vara, upprätthåller de inte en normal vävnadsarkitektur eller naiv cellulär sammansättning.
För att ta itu med detta utvecklade Yissachar et al. nyligen ett ex vivo-organkultursystem 9 ( figur1) som upprätthåller intakta tarmfragment ex vivo, som drar nytta av fördelarna med både in vivo- och in vitro-modeller. Detta ex vivo tarmorgankultursystem är baserat på en skräddarsydd odlingsanordning som stöder en multiplexkultur av sex kolonvävnader, vilket gör det möjligt att undersöka experimentella ingångar under jämförbara förhållanden samtidigt som systemets ingångar och utgångar styrs. Nya arbeten har visat att detta system är värdefullt för att analysera tarmsvar på enskilda tarmbakterier9, hela mänskliga mikrobiotaprover10 och mikrobiella metaboliter11. Detta system möjliggör för första gången studier av dessa tidiga värd-mikrobiotainteraktioner med en hög kontrollnivå över värdkomponenterna, mikrobiella och miljömässiga komponenter. Dessutom tillåter det övervakning och manipulatering av systemet under hela experimentet, i realtid.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/62779/62779fig01.jpg"> Figur 1: Schemat för tarmkulturanordningen. Ett helt tarmvävnadsfragment är fäst vid kammarens utgångs- och ingångsportar (överst), med pumpar som reglerar medelflödet inuti lumen och i den yttre medelkammaren. Hela enheten (botten) innehåller 6 sådana kammare. Denna siffra har ändrats från Yissachar et al. 2017. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/62779/62779fig01large.jpg" target="_blank">Klicka här om du vill visa en större version av den här figuren.</a>

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Device</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>18 Gauge Blunt Needle</td>
			<td>Mcmaster</td>
			<td>75165a754</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>22 Gauge Blunt Needle</td>
			<td>Mcmaster</td>
			<td>75165a758</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>All Purpose Adhesive Selant 100% Silicone</td>
			<td>DAP</td>
			<td>688</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cubic Vacuum Desiccator VDC-21+ 2 Shelves</td>
			<td></td>
			<td>AAAD4021</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Glass Slide 1 mm Thick</td>
			<td>Corning</td>
			<td>2947-75X50</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Mini Incubator im-10</td>
			<td></td>
			<td>AAH24315K</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MPC 301E Vacuum PUMP</td>
			<td></td>
			<td>VI-412711</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Plastic Quick Turn Tube Coupling Plugs</td>
			<td>Mcmaster</td>
			<td>51525k121</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>plastic Quick Turn Tube Coupling Sockets</td>
			<td>Mcmaster</td>
			<td>52525k211</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sylgard 184 Silicone Elastomer</td>
			<td>Dow</td>
			<td></td>
			<td>Polydimethylsiloxane, PDMS</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tubing</td>
			<td>Mcmaster</td>
			<td>6516t11</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zortrax M200</td>
			<td>Zortrax</td>
			<td></td>
			<td>Zortrax Z-SUITE, Autodesk Fusion 360</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zortrax M200 Materials: z-ultrat</td>
			<td>Zortrax</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Medium</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>B27 Supplement (50x), Serum Free</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>17504044</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>HEPES Buffer (1M)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>15630056</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Iscove&#39;s Mod Dulbecco&#39;s Medium With Phenol Red (1x)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>12440061</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Knock-Out Serum</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>10828028</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>N2 Supplement (100x)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>A1370701</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Non Essential Amino Acid (100x)</td>
			<td>Thermo Fisher Scientific</td>
			<td>11140035</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Surgical Tools</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Large Scissors</td>
			<td>Aseltech</td>
			<td>11-00-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sharp Forceps</td>
			<td>F.S.T</td>
			<td>11297-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Silk Braided Surgical Thread</td>
			<td>SMI</td>
			<td>8010G</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Straight Scissors</td>
			<td>F.S.T</td>
			<td>14091-09</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thin Forceps</td>
			<td>F.S.T</td>
			<td>11051-10</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Organ System</td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.1 &#181;m Filter</td>
			<td>Life Gene</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>0.22 &#181;m Filter</td>
			<td>Life Gene</td>
			<td></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5 mL Luer Lock Syringe</td>
			<td>B-D</td>
			<td>309649</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Greenough Stereo Microscope</td>
			<td>ZEISS</td>
			<td>Stemi 305</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Recirculating Precision Air Heater &#34;CUBE&#34;</td>
			<td></td>
			<td>CUBE-2-LIS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Syringe Pump</td>
			<td>new era pump systems inc</td>
			<td>nep-ne-1600-em</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

an intestinal gut organ culture system for analyzing host-microbiota interactions

Tarmvävnadens struktur underlättar nära och mutualistiska interaktioner mellan värden och tarmfloran. Dessa korssamtal är avgörande för att upprätthålla lokal och systemisk homeostas. förändringar i tarmflorans sammansättning (dysbios) associeras med ett brett spektrum av mänskliga sjukdomar. Metoder för dissekering av värd-mikrobiotainteraktioner omfattar en inneboende kompromiss mellan bevarandet av fysiologisk vävnadsstruktur (vid användning av in vivo-djurmodeller) och kontrollnivån över experimentfaktorerna (som i enkla in vitro-cellkultursystem). För att ta itu med denna kompromiss utvecklade Yissachar et al. nyligen ett tarmorgankultursystem. Systemet bevarar en naiv kolonvävnadskonstruktion och cellulära mekanismer och det tillåter också snäv experimentell kontroll, vilket underlättar experiment som inte lätt kan utföras in vivo. Det är optimalt för dissekering av kortsiktiga svar av olika tarmkomponenter (såsom epiteliala, immunologiska och neuronala element) på luminala störningar (inklusive anaeroba eller aeroba mikrober, hela mikrobiotaprover från möss eller människor, läkemedel och metaboliter). Här presenterar vi en detaljerad beskrivning av ett optimerat protokoll för organkultur av flera tarmfragment med hjälp av en skräddarsydd tarmkulturanordning. Värd svar på luminal stör kan visualiseras genom immunofluorescens färgning av vävnad avsnitt eller hela mount vävnad fragment, fluorescens in-situ hybridisering (FISH) eller time-lapse imaging. Detta system stöder ett brett utbud av avläsningar, inklusive nästa generations sekvensering, flödescytometri och olika cellulära och biokemiska analyser. Sammantaget stöder detta tredimensionella organkultursystem kulturen hos stora, intakta tarmvävnader och har breda tillämpningar för högupplöst analys och visualisering av värd-mikrobiotainteraktioner i den lokala tarmmiljön.

Tarmorgankultursystemet upprätthåller vävnadens livskraft ex vivo. Utvärderingen av vävnadens livskraft gjordes under hela kulturperioden. Kolon vävnad fragment inkuberades i tarm organ kultur systemet och fixas efter 2/12/24 h kultur. Intestinala epitelial cell (IEC) skikt integritet validerades av immunofluorescens färgning med E-cadherin och cytokeratin-18 antikroppar. På samma sätt upptäcktes slemfyllda bägare i det coloniska epitel- och slemsekretionen inom lumen samt prolifererande IEC i de col...

Watch this Scientific Journal Video about An Intestinal Gut Organ Culture System for Analyzing Host-Microbiota Interactions at JoVE.com

An Intestinal Gut Organ Culture System for Analyzing Host-Microbiota Interactions

Den här artikeln presenterar en unik metod för att analysera värd-mikrobiom interaktioner med hjälp av ett nytt tarmorgan kultursystem för ex vivo experiment.

Ett tarm tarmorgankultursystem för analys av värd-mikrobiotainteraktioner

The structure of the gut tissue facilitates close and mutualistic interactions between the host and the gut microbiota. These cross-talks are crucial for ...

Tarmorgankultursystemet kombinerar fördelarna med in vitro- och in vivo-analyser och fungerar därmed som ett mellanliggande experimentellt steg mellan enkla in vitro-analyser till komplexa in vivo-experiment. Den största fördelen med denna teknik är kombinationen av snäv experimentell kontroll med bevarandet av tarmfysiologi. Denna metod ger insikt för att analysera tarmsvar på specifika stimulanser med hög kontroll över värden, mikrobiella och miljökomponenterna.Alon Shemesh, en masterstudent från mitt laboratorium, och Dr.Sivan Amidror, vår labbchef, demonstrerar proceduren. För att börja, sätt in de trubbiga nålarna i lämpligt läge i enhetens form och gjut cirka 20 gram polydietylsiloxan eller PDMS-blandning, för en uppsättning av enheten och locket. Placera formarna i en vakuumkammare i 30 minuter för att ta bort luftbubblor från PDMS-blandningen och inkubera sedan formarna vid 55 grader Celsius över natten för att slutföra PDMS-polymerisation.När PDMS är inställt, dra ut nålarna från formen och släpp försiktigt kulturenheten och locket från plastformarna. Ta bort PDMS-rester från brunnskonturen med ett kirurgiskt blad. Fäst PDMS-enheten och anordningslocket på ett täckglas på 75 med 50 millimeter mikroslider med giftfritt silikonlim och låt delarna ställas in över natten.Applicera den limmade på enhetens släta sida. Sätt in nålar med 12, 22 gauge för lumen och 12, 18 gauge nålar för brunnen. Fixera alla nålar på plats med silikon och låt det ställas in över natten.Rensa ingångssprutorna och se till att brunnsmediet strömmar ut från alla rör till ett spillglas, rensa sedan ingångssprutorna och se till att stimuleringarna strömmar ut ur alla rör till ett spillglas, var noga med att inte förorena de olika stimuleringarna. Efter att ha offrat musen, använd skarp sax och tång för att dissekera den och ta ut matsmältningskanalen från magen till anusen, genom att skära allt fett och bindväv. Skär tjocktarmen och lägg den på en ny tallrik.Minimera kontakten samtidigt som vävnaden hållers försiktigt och endast i kanterna. Utför kolonspolningen under ett dissekeringsmikroskop. Spola försiktigt kolonhalten med steril IMDM med den beredda 10 milliliter sprutan enligt beskrivningen i texten.Efter att ha tagit bort avföringen från tarmvävnaden, placera tjocktarmen i en ny sex brunnsplatta fylld med 0,5 milliliter steril IMDM. Ta sedan kolonvävnaden och anslut den försiktigt till 22 gauge-nålen, vilket gör en snäv slips med de två trådarna. Håll rätt orientering av kolonet till lumenflödet, så att det proximala och distala är lika med ingång respektive utgång.Upprepa kolonspolning och nålbindning för alla vävnader. Anslut ingångs- och utgångsrören till enheten och börja sedan experimentet genom att starta pumparna med önskad takt. Slemfyllda bägare celler i colonic epitel och slem utsöndring inom lumen upptäcktes samt proliferating IEC i de colonic krypterna, som anges av KI67 färgning.Dessa resultat visade att tarm kultur systemet upprätthåller intestinala funktion och struktur ex-vivo. Efter två timmar av segmenterade filamentous bakterier, eller SFB, introduktion, upptäcktes typiska SFB filament i nära samband med tunntarmen villi med fluorescens in situ hybridisering. Dessutom presenterade en överföring elektronmikroskopi SFB inom några mikron av tunntarmen epitel borstgränsen.Genuttryck profiler av hela vävnad prover producerades i tre exemplar två timmar efter infusion med SFB. Kontroll kulturer var infunderas med fekal suspensioner av bakteriefria eller Bacteroides fragilis monocolonized möss. Dessa förändringar som SFB övertygade om var huvudsakligen av liten amplitud jämfört med den bakteriefria kontrollen.Kolonens orientering är mycket viktig. Var extra försiktig när du binder kolonet på nålen. Korrekt slips förhindrar förorening av brunnen med lumenhalten.Ett brett spektrum av avläsningstekniker kan följa det här protokollet, till exempel nästa generations sekvensering, avbildning, cellsortering och många fler. Dessa avläsningar ger ny inblick i värd mikrobiom interaktioner i hälsa och sjukdom.

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Use of an Optical Trap for Study of Host-Pathogen Interactions for Dynamic Live Cell Imaging

Användning av en optisk fälla för studier av Host-patogen interaktioner för Dynamic levande cell imaging

Dynamic live cell imaging allows direct visualization of real-time interactions between cells of the immune system1, 2; however, the lack of spatial and ...

A Primary Neuron Culture System for the Study of Herpes Simplex Virus Latency and Reactivation

En primär Neuron odlingssystem för studier av Herpes simplex virus latens och återaktivering

Herpes simplex virus type-1 (HSV-1) establishes a life-long latent infection in peripheral neurons. This latent reservoir is the source of recurrent ...

The Ex Vivo Culture and Pattern Recognition Receptor Stimulation of Mouse Intestinal Organoids

The Ex Vivo Culture and Pattern Recognition Receptor Stimulation of Mouse Intestinal Organoids

De<em&gt; Ex vivo</em&gt; Kultur och mönsterigenkänning receptorstimulering av Mouse Intestinal Organoids

Primary intestinal organoids are a valuable model system that has the potential to significantly impact the field of mucosal immunology. However, the ...

Establishment of a High-throughput Setup for Screening Small Molecules That Modulate c-di-GMP Signaling in Pseudomonas aeruginosa

Establishment of a High-throughput Setup for Screening Small Molecules That Modulate c-di-GMP Signaling in Pseudomonas aeruginosa

Inrättandet av en hög kapacitet Setup för screening av små molekyler som modulerar c-di-GMP Signalering i<em&gt; Pseudomonas aeruginosa</em

Bacterial resistance to traditional antibiotics has driven research attempts to identify new drug targets in recently discovered regulatory pathways. ...

The Ex Vivo Colon Organ Culture and Its Use in Antimicrobial Host Defense Studies

The Ex Vivo Colon Organ Culture and Its Use in Antimicrobial Host Defense Studies

De<em&gt; Ex vivo</em&gt; Colon orgel kultur och dess användning i Antimicrobial värdförsvaret Studies

The intestine displays an architecture of repetitive crypt structures consisting of different types of epithelial cells, lamina propia containing immune ...

Isolating Lymphocytes from the Mouse Small Intestinal Immune System

Isolera lymfocyter från mus små Intestinal immunförsvaret

The intestinal immune system plays an essential role in maintaining the barrier function of the gastrointestinal tract by generating tolerant responses to ...

Human Colonoid Monolayers to Study Interactions Between Pathogens, Commensals, and Host Intestinal Epithelium

Mänskliga Colonoid enskiktslager att studera interaktioner mellan patogener, förknippas och värd Intestinal epitel

Human 3-dimensional (3D) enteroid or colonoid cultures derived from crypt base stem cells are currently the most advanced ex vivo model of the intestinal ...

Analysis of Interactions between Endobiotics and Human Gut Microbiota Using In Vitro Bath Fermentation Systems

Analys av interaktioner mellan Endobiotika och Human Gut Microbiota med in vitro-system för bad jäsning

Human intestinal microorganisms have recently become an important target of research in promoting human health and preventing diseases. Consequently, ...

High Throughput Co-culture Assays for the Investigation of Microbial Interactions

Co-Culture-analyser med hög genomströmning för undersökning av mikrobiella interaktioner

The study of interactions between microorganisms has led to numerous discoveries, from novel antimicrobials to insights in microbial ecology. Many ...

Optimization of the Cuff Technique for Murine Heart Transplantation

Optimering av manschettteknik för Murine Heart Transplantation

Murine cardiac transplantation has been performed for more than 40 years. With advancements in microsurgery, certain new techniques have been used to ...