Name: determination of tripartite interaction between two monomers of a mads-box transcription factor and a calcium sensor protein by bifc-fret-flim assay
Uploaded: 2021-12-25T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Determination of Tripartite Interaction between Two Monomers of a MADS-box Transcription Factor and a Calcium Sensor Protein by BiFC-FRET-FLIM Assay at JoVE.c

NB, GG, SB, KC는 대학 보조금 위원회 (UGC), UGC-BSR, DBT-INSPIRE, 과학 및 산업 연구위원회 (CSIR)의 연구 펠로우십에 진심으로 감사드립니다. 우리는 고맙게도 생명공학부 (DBT), 인도 정부, 과학 기술부 (DST-FIST), 재정 지원을 위한 인도 정부를 인정합니다.

1. 항목 및 대상 벡터에서 유전자의 복제 (그림2)
<ol><li>관심 있는 유전자의 코딩 서열(CDS)을 PCR에 의해 증폭시키고 적절한 진입 벡터(예를 들어, pENTR/D-TOPO 벡터)에서 복제하는; 이 실험에 사용된 벡터의 표 1을 참조하십시오.).</li>
	<li>항생제를 함유 한 접시에 클론을 성장. 제한 소화 및 DNA 염기서열22,<sup...

<ol>
	<li>Grove, C. A., Walhout, A. J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcription+factor+functionality+and+transcription+regulatory+networks.">Transcription factor functionality and transcription regulatory networks.</a> Molecular Biosystem. (4), 309-314 (2008).</li><li>Amoutzias, G. D., Robertson, D. L., Van de Peer, Y., Oliver, S. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Choose+your+partners:+dimerization+in+eukaryotic+transcription+factors.">Choose your partners: dimerization in eukaryotic transcription factors.</a> Trends in Biochemical Sciences. 33 (5), 220-229 (2008).</li><li>Arora, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MADS-box+gene+family+in+rice:+genome-wide+identification,+organization+and+expression+profiling+during+reproductive+development+and+stress.">MADS-box gene family in rice: genome-wide identification, organization and expression profiling during reproductive development and stress.</a> BMC Genomics. 8 (242), (2007).</li><li>Thei&#223;en, G., Gramzow, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure+and+evolution+of+plant+MADS+domain+transcription+factors.">Structure and evolution of plant MADS domain transcription factors.</a> Plant Transcription Factors: Evolutionary, Structural and Functional Aspects. , 127-138 (2016).</li><li>Schweiger, R., Schwenkert, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Protein-protein+interactions+visualized+by+bimolecular+fluorescence+complementation+in+tobacco+protoplasts+and+leaves.">Protein-protein interactions visualized by bimolecular fluorescence complementation in tobacco protoplasts and leaves.</a> Journal of Visualized Experiments: JoVE. (85), (2014).</li><li>Bracha-Drori, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+protein-protein+interactions+in+plants+using+bimolecular+fluorescence+complementation.">Detection of protein-protein interactions in plants using bimolecular fluorescence complementation.</a> Plant Journal. 40 (3), 419-427 (2004).</li><li>Shyu, Y. J., Suarez, C. D., Hu, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualization+of+ternary+complexes+in+living+cells+by+using+a+BiFC-based+FRET+assay.">Visualization of ternary complexes in living cells by using a BiFC-based FRET assay.</a> Nature Protocols. 3 (11), 1693-1702 (2008).</li><li>Kwaaitaal, M., Keinath, N. F., Pajonk, S., Biskup, C., Panstruga, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combined+bimolecular+fluorescence+complementation+and+f&#246;rster+resonance+energy+transfer+reveals+ternary+SNARE+complex+formation+in+living+plant+cells.">Combined bimolecular fluorescence complementation and f&#246;rster resonance energy transfer reveals ternary SNARE complex formation in living plant cells.</a> Plant Physiology. 152 (3), 1135-1147 (2010).</li><li>Margineanu, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Screening+for+protein-protein+interactions+using+F&#246;rster+resonance+energy+transfer+(FRET)+and+fluorescence+lifetime+imaging+microscopy+(FLIM).">Screening for protein-protein interactions using F&#246;rster resonance energy transfer (FRET) and fluorescence lifetime imaging microscopy (FLIM).</a> Scientific Reports. 6, (2016).</li><li>Datta, R., Heaster, T. M., Sharick, J. T., Gillette, A. A., Skala, M. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence+lifetime+imaging+microscopy:+fundamentals+and+advances+in+instrumentation,+analysis,+and+applications.">Fluorescence lifetime imaging microscopy: fundamentals and advances in instrumentation, analysis, and applications.</a> Journal of Biomedical Optics. 25 (07), 1 (2020).</li><li>Long, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimizing+FRET-FLIM+labeling+conditions+to+detect+nuclear+protein+interactions+at+native+expression+levels+in+living+Arabidopsis+roots.">Optimizing FRET-FLIM labeling conditions to detect nuclear protein interactions at native expression levels in living Arabidopsis roots.</a> Frontiers in Plant Science. 9, 1-13 (2018).</li><li>Burman, N., Chandran, D., Khurana, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+Rapid+and+highly+efficient+method+for+transient+gene+expression+in+rice+plants.">A Rapid and highly efficient method for transient gene expression in rice plants.</a> Frontiers in Plant Science. , 11 (2020).</li><li>Kudla, J., Bock, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lighting+the+way+to+protein-protein+interactions:+Recommendations+on+best+practices+for+bimolecular+fluorescence+complementation+analyses.">Lighting the way to protein-protein interactions: Recommendations on best practices for bimolecular fluorescence complementation analyses.</a> Plant Cell. 28 (5), 1002-1008 (2016).</li><li>Shyu, Y. J., Hu, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescence+complementation:+an+emerging+tool+for+biological+research.">Fluorescence complementation: an emerging tool for biological research.</a> Trends in Biotechnology. 26 (11), 622-630 (2008).</li><li>Kodama, Y., Hu, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+improved+bimolecular+fluorescence+complementation+assay+with+a+high+signal-to-noise+ratio.">An improved bimolecular fluorescence complementation assay with a high signal-to-noise ratio.</a> BioTechniques. 49 (5), 793-803 (2010).</li><li>Kodama, Y., Hu, C. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bimolecular+fluorescence+complementation+(BiFC):+A+5-year+update+and+future+perspectives.">Bimolecular fluorescence complementation (BiFC): A 5-year update and future perspectives.</a> BioTechniques. 53 (5), 285-298 (2012).</li><li>Piston, D. W., Kremers, G. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fluorescent+protein+FRET:+the+good,+the+bad+and+the+ugly.">Fluorescent protein FRET: the good, the bad and the ugly.</a> Trends in Biochemical Sciences. 32 (9), 407-414 (2007).</li><li>Chakrabarty, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=pSITE+vectors+for+stable+integration+or+transient+expression+of+autofluorescent+protein+fusions+in+plants:+Probing+Nicotiana+benthamiana-+Virus+Interactions.">pSITE vectors for stable integration or transient expression of autofluorescent protein fusions in plants: Probing Nicotiana benthamiana- Virus Interactions.</a> Molecular Plant-Microbe Interactions. 20 (7), 740-750 (2007).</li><li>Walter, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualization+of+protein+interactions+in+living+plant+cells+using+bimolecular+fluorescence+complementation.">Visualization of protein interactions in living plant cells using bimolecular fluorescence complementation.</a> Plant Journal. 40 (3), 428-438 (2004).</li><li>Hellens, R., Mullineaux, P., Klee, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+guide+to+Agrobacterium+binary+Ti+vectors.">A guide to Agrobacterium binary Ti vectors.</a> Trends in Plant Science. 5 (10), 446-451 (2000).</li><li>Van Der Hoorn, R. A. L., Rivas, S., Wulff, B. B. H., Jones, J. D. G., Joosten, M. H. A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+migration+in+gel+filtration+of+the+Cf-4+and+Cf-9+resistance+proteins+is+an+intrinsic+property+of+Cf+proteins+and+not+because+of+their+association+with+high-molecular-weight+proteins.">Rapid migration in gel filtration of the Cf-4 and Cf-9 resistance proteins is an intrinsic property of Cf proteins and not because of their association with high-molecular-weight proteins.</a> Plant Journal. 35 (3), 305-315 (2003).</li><li>Xie, X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Engineering+SARS-CoV-2+using+a+reverse+genetic+system.">Engineering SARS-CoV-2 using a reverse genetic system.</a> Nature Protocols. 16, (2021).</li><li>Xu, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Optimized+plasmid+construction+strategy+for+Cas9.">Optimized plasmid construction strategy for Cas9.</a> Cellular Physiology and Biochemistry. 48, 131-137 (2018).</li><li>Mattanovich, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Efficient+transformation+of+Agrobacterium+spp.+by+electroporation.">Efficient transformation of Agrobacterium spp. by electroporation.</a> Nucleic Acids Research. 17 (16), 6747 (1989).</li><li>Rizzo, M. A., Springer, G. H., Granada, B., Piston, D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+improved+cyan+fluorescent+protein+variant+useful+for+FRET.">An improved cyan fluorescent protein variant useful for FRET.</a> Nature Biotechnology. 22 (4), 445-449 (2004).</li><li>Tramier, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Picosecond-hetero-FRET+microscopy+to+probe+protein-protein+interactions+in+live+cells.">Picosecond-hetero-FRET microscopy to probe protein-protein interactions in live cells.</a> Biophysical Journal. 83 (6), 3570-3577 (2002).</li><li>Alvarez, L. A. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SP8+FALCON:+a+novel+concept+in+fluorescence+lifetime+imaging+enabling+video-rate+confocal+FLIM.">SP8 FALCON: a novel concept in fluorescence lifetime imaging enabling video-rate confocal FLIM.</a> Nature Methods. 20, 2-4 (2019).</li><li>Postma, M., Goedhart, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plotsofdata-a+web+app+for+visualizing+data+together+with+their+summaries.">Plotsofdata-a web app for visualizing data together with their summaries.</a> PLoS Biology. 17 (3), 1-8 (2019).</li><li>Galperin, E., Verkhusha, V. V., Sorkin, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-chromophore+fret+microscopy+to+analyze+multiprotein+interactions+in+living+cells.">Three-chromophore fret microscopy to analyze multiprotein interactions in living cells.</a> Nature Methods. 1 (3), 209-217 (2004).</li><li>Waadt, R., Kudla, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+plant+visualization+of+protein+interactions+using+bimolecular+fluorescence+complementation+(BiFC).">In plant visualization of protein interactions using bimolecular fluorescence complementation (BiFC).</a> Cold Spring Harbor Protocols. 3 (4), (2008).</li></ol>

본 프로토콜은 MADS 박스 단백질의 두 단량체와 칼슘 센서 단백질 사이의 대동맥 복합체의 형성을 확인하기 위해 BiFC 기반 FRET-FLIM 분석의 사용을 보여줍니다. 이 프로토콜은 Y. John Shyu 등의 보고서에서 적용되어 Fos-Jun heterodimers와 NFAT 또는 p65 사이에 형성된 삼각 복합체를 민감하게 하여 7을 사용하여 시각화하는 BiFC 기반 FRET방법을개발하였다. 이전에는 2004년29년...

단백질 단백질 상호 작용(PPI)은 다양한 대사 및 발달 과정을 조절하여 진핵 세포의 적절한 기능의 기초를 형성한다. 일부 PPI는 안정적이며 다른 PPI는 자연에서 일시적입니다. 상호 작용은 조광, 트리메릭, 테트라메릭 균동체 및 이종성1과같은 상호 작용에서 구성원의 수와 유형에 따라 분류될 수 있다. 단백질 상호 작용의 식별 및 특성화는 단백질 기능 및 규제 네트워크의 더 나은 이해로 이어질 수 있습니다.
전사 요인은 규제 기능에 관여하는 단백질입니다. 그(것)들은 DNA에 결합하여 그들의 다운스트림 유전자의 전사의 비율을 통제합니다. 때로는 단백질에 의한 고수 복합체의 올리고머화 또는 형성은 그들의 기능을 수행하기 위한 전제조건2. 식물 MADS 박스 전사 요인은 꽃 전환, 꽃 장기 발달, 수정, 종자 발달, 노화 및 식물 발달과 같은 다양한 과정을 조절하는 동종 유전자입니다. 그들은 DNA3에결합 하는 높은 순서 복합체를 형성 하는 것으로 알려져 있다3,4. 전사 요인과 그 상호 작용자 중 PPI 네트워크를 연구하면 기본 전사 규정의 복잡성에 대한 통찰력을 얻을 수 있습니다.
니코티아나 벤타미안나에서의 과도 단백질 발현은 생체 내에서단백질 국소화 또는 단백질-단백질 상호 작용을 연구하기 위한 인기 있는 접근법이다5. BiFC 및 FRET는 형광 리포터 시스템6을사용하여 생체 내에서 단백질-단백질 상호 작용을 연구하는 방법이다. 이들 두 기술의 조합은 3개의 단백질7사이의 상호작용을 드러내는 것으로 나타났다. FRET는 수용조 광표백, 감감 방출 및 형광 평생 이미징(FLIM) 기술을 사용하여 측정됩니다. FLIM 기반 FRET 분석법은 형광 수명8을기준으로 두 분자 간의 에너지 전달 측정에 대한 정확한 정량화 및 현면 특이성을 제공하는 도구로 부상했다. FLIM은 광자 방출 전에 플루오로포어가 흥분된 상태로 머무르는 시간을 측정하며 강도 측정을 단독으로 사용하는 기술보다9,10이더 낫다. 니코티아나 벤타미안나 및 양파 표피 껍질과 같은 이종 시스템 외에도, 최근 보고서는 네이티브 조건 하에서 단백질-단백질 상호 작용의 생체 분석을 위해 아라비도시스 뿌리와 젊은 쌀 모종 등의 사용을입증했다11,12.
적절한 식 시스템 이외에 BiFC 및 FRET 에세이에 대한 상호 작용 파트너의 선택은 이 실험의 성공에 매우 중요합니다. BiFC 구성에 사용되는 파트너 간의 PPI는 FRET 실험13에서컨쥬게이션 파트너로 사용하기 전에 적절한 컨트롤을 사용하여 유효성을 검사해야 한다. BiFC는 형광 단백질의 N 및 C 단말 부분의 구조적 보완을 활용합니다. BiFC 분석서에 사용되는 모든 형광 단백질이 아닌 대부분의 일반적인 제한은 두 유도체 비형광 단편 간의 자체 조립으로, 거짓 양성 형광에 기여하고 신호-잡음(S/N)비율(14)을감소시한다. 최근 개발, 점 돌연변이 또는 형광 단백질분할의 위치를 포함하는, 증가 강도와 BiFC 쌍상승을 주었다, 높은 특이성, 높은 S/N 비율15,16. 이러한 형광성 단백질은 또한 실험의 적합성에 따라 BiFC를 수행하기 위해 사용될 수 있다.
전통적으로 CFP와 YFP는 FRET 실험17에서기증자 및 수용자 쌍으로 사용되어 왔다. 그러나, YFP 또는 m-Citrine은 애비독증 뿌리 시스템에서 표적 단백질의 원발현 동안 높은 양자 수율(QY)으로 인해 더 나은 FRET 기증자(RFP를 수용자로 사용할 경우)인 것으로 나타났다. 발기인(구성대 네이티브/내생)과 형광호는 성공적인 BiFC-FRET-FLIM 실험을 설계하는 데 중요한 역할을 합니다. FRET 기증자의 효율성과 FRET 쌍의 적합성은 발기인의 변화와 발현에 사용되는 생물학적 시스템의 변화와 함께 변화하는 경향이 있음을 주목하는 것이 필수적입니다. 그것의 밝기에 관련되는 불소호의 QY는, 사용 중인 pH, 온도 및 생물학 시스템에 달려 있습니다. FRET 실험을 위한 플루오로포레 쌍을 선택하기 전에 이러한 기준을 철저히 고려하는 것이 좋습니다. 이 프로토콜에 사용되는 생물학적 시스템, 프로모터 및 단백질은 BiFC FRET-FLIM 실험을 위한 CFP-YFP 형광과 잘 작용했습니다.
본 연구에서는, 우리는 BiFC 기지를 둔 FRET를 사용하여 3개의 단백질 분자 사이 상호 작용을 구상하기 위하여 FLIM의 특징을 통합합니다. 이 기술에서, 2개의 단백질은 분할 YFP 단백질 및 CFP를 가진 세 번째 단백질로 태그됩니다. 우리는 칼슘 센서 단백질 (C)와 MADS 박스 단백질 (M) 호모이머의 상호 작용을 연구하는 데 관심이 있었기 때문에, 이러한 단백질은 pSITE-1CA 및 pSITE-3CA 벡터18에서형광 단백질로 태그되었다. 상호 작용 파트너 중 2개는 pSPYNE-35S 및 pSPYCE-35S 벡터19에서YFP의 N-및 C 단말 부분과 태그되었으며, 이들의 상호 작용은 CFP(FRET 기증자로 작용)와 태그되는 제3 상호작용 파트너에게 FRET 수락자 역할을 하는 기능성 YFP의 재구성(FRET 기증자의 경우)1(FRET 기증자의 역할)로 태그됩니다( FRET 기증자로 작용) (1) ). 이 경우, 두 M 단량체와 M과 C 사이의 PPI는 효모-2 하이브리드 시스템과 함께 세 가지 시스템에서 BiFC를 수행하여 검증되었습니다. 이러한 벡터는 전기화에 의해 Agrobacterium tumifaciens GV3101 균주로 동원되었다. GV3101 균주는 젠타미신저항(20)을가진 무장 해제 된 티 플라스미드 pMP90 (pTiC58DT-DNA)을 갖는다. p19 아그로박테리움 균주는 모든 침투와 함께 첨가되어 유전자침묵(21)을방지하였다. 3개의 단백질은 삼자 상호 작용을 확인하기 위하여 반대 순응에 이용되어야 한다는 것을 추천합니다.
이 기술에서, 우리는 FLIM를 채택했습니다, 여기서 첫째로, 기증자의 형광 수명 (불순종한 기증자 수명)는 수용자의 부재에서 측정됩니다. 그 후, 그 수명은 수용자의 존재에서 측정됩니다 (담금질 기증자 수명). 기증자 형광 수명에 있는 이 다름은 형광 수명에 있는 감소를 나타내는 광자의 수에 의존하는 FRET 효율성을 계산하기 위하여 이용됩니다. 아래에 언급된 상세한 프로토콜은 니코티아나 벤타미안에서 형광 태그 단백질을 일시적으로 표현하고 BiFC-FRET-FLIM에 의한 상호 작용을 말함으로써 어떤 3개의 단백질 사이 대동맥 복합체의 형성을 결정하기 위한 상세한 프로토콜입니다.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>1 ml Syringes without needles</td>
			<td>Dispovan</td>
			<td>&#160;-</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Acetosyringone</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>D134406</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gateway&#160; LR Clonase II Enzyme mix</td>
			<td>Thermo Fischer Scientific</td>
			<td>11791020</td>
			<td>The vectors used in the study are Gateway based</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Gentamycin Sulphate</td>
			<td>Himedia</td>
			<td>CMS461</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Kanamycin Sulphate</td>
			<td>Himedia</td>
			<td>MB105</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MES hydrate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M2933</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MgCl2</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M2670</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>pENTR/D-TOPO Cloning Kit</td>
			<td>Thermo Fischer Scientific</td>
			<td>K240020</td>
			<td>The vectors used in the study are Gateway based</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Phusion high fidelity Taq DNA polymerase</td>
			<td>Thermo Fischer Scientific</td>
			<td>F530-S</td>
			<td>Any High fidelity Polymerase can work</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Rifampicin</td>
			<td>Himedia</td>
			<td>CMS1889</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>SP8 FALCON Confocal laser scanning microscope</td>
			<td>Leica</td>
			<td>SP8 FALCON</td>
			<td>Any CLSM with FLIM capabilities can be used for this analysis</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Spectinomycin dihydrochloride pentahydrate</td>
			<td>Himedia</td>
			<td>TC034</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

determination of tripartite interaction between two monomers of a mads-box transcription factor and a calcium sensor protein by bifc-fret-flim assay

단백질 단백질 상호 작용은 세포 기능을 조절, 유지 및 수정하는 데 중요한 역할을 할 때 세포의 모든 생물학적 과정의 필수적인 부분입니다. 이러한 상호 작용은 신호 트랜스듀션, 병원체 반응, 세포 세포 상호 작용, 대사 및 발달 과정과 같은 광범위한 현상에 관여합니다. 전사 요인의 경우, 이러한 상호 작용은 핵, 세포질 등과 같은 특정 세포 외 맥락에서 분리된 하위 단위의 올리고머화로 이어질 수 있으며, 이는 차례로 다운스트림 유전자의 발현에 더 심오한 영향을 미칠 수 있다. 여기서는 형광 수명 이미징(FLIM)을 포함하는 이중 분자 형광 보완(BiFC) 기반 Förster 공명 에너지 전송(FRET)을 사용하여 생체 삼자 상호 작용을 시각화하는 방법론을 시연합니다. 이 데모를 위해 선택된 단백질의 2개는 BiFC 파트너로 상호 작용하고, 그들의 재구성한 형광 활동은 제 3 파트너와 FRET-FLIM를 분석하기 위하여 이용됩니다. 4~5주 된 성장 챔버 에서 자란 니코티아나 벤타미안나 식물은 이 데모의 모델 플랜트 시스템으로 사용되었습니다.

이 프로토콜은 식물에서 생체 삼자 단백질 상호 작용을 연구하는 최적화된 방법을 나타냅니다. 프로토콜의 기본 원리는 두 개의 형광 태그 단백질 상호 작용 기술, 즉 BiFC 및 FRET를 결합하여 세 가지 단백질 파트너 간의 삼차 복합 형성을 측정하는 분석법을 만드는 것입니다. 여기에서, 우리는 FRET 수락자의 존재와 부재에서 FRET 기증자 파트너의 형광 수명을 측정하기 위하여 FLIM를 이용했습?...

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Determination of Tripartite Interaction between Two Monomers of a MADS-box Transcription Factor and a Calcium Sensor Protein by BiFC-FRET-FLIM Assay

여기서 우리는 BiFC 기반 FRET-FLIM 분석법에 의한 형광 태그 단백질을 사용하여 3개의 단백질 파트너 간의 삼차 복합 형성을 시각화하는 방법을 제시합니다. 이 방법은 생체 내에서단백질 단백질 상호 작용 복합체를 연구하는 데 유용합니다.

BIFC-FRET-FLIM 분석체에 의한 MADS 박스 전사 계수의 두 단백제와 칼슘 센서 단백질 간의 삼자 상호 작용 결정

Protein-protein interactions are an integral part of all biological processes in the cells as they play a crucial role in regulating, maintaining, and ...

단백질 단백질 상호 작용의 연구 결과는 많은 생물학 프로세스의 규칙의 이해를 제공합니다. 여기서 우리는 Y 존 신발 및 공동에 의해 초기 설명 절차를 보여줍니다. 2007년 저자들이 FRET와 함께 BiFC를 사용하여 3개의 단백질 분자 간의 삼자 상호 작용을 검증한 근로자.그러나 FRET 측정을 입증하기 위해 이 절차에형형수명 측정을 포함시켰습니다. 삼자 상호 작용을 보여주기 위해, 우리는 단백질을 선택했습니다, 이는 호모메로 알려져 있습니다. 더욱이, 그것은 또한 이 프로토콜에 있는 C 단백질이라고 칭한 단백질의 칼슘 센서와 상호 작용하기 위하여 사내에서 검증되었습니다.MNC 단백질은 세포질에서 상호 작용합니다. 이 기술에서, 2개의 단백질은 분할YFP 단백질로 태그됩니다. 그들의 상호 작용은 FRET 기증자 역할을 하는 CFP와 태그되는 세 번째 상호 작용 파트너에 FRET 수락자 역할을 하는 기능적인 YFP의 배상을 초래합니다.PCR에 의해 우리의 경우에 M 및 C 유전자인 관심 있는 유전자의 코딩 서열의 증폭으로 시작하고 적당한 진입 벡터에서 복제합니다. 제한 다이제스트 및 DNA 염기서열에 의해 플레이트를 포함하는 항생제에 선택되는 클론을 검증합니다. 재구성된 CDS'를 엔트리 클론에서 대상 벡터로 동원합니다.이 실험에 사용된 모든 벡터는 표 하나에 나열됩니다. 마지막으로, 전공에 의한 대상 벡터로 농균 GV3101 세포를 변환한다. 여기에서 우리는 니코티아나 벤타미안식물을 재배하고 있으며, 여전히 4~6개의 식물이 성장하는 챔버에서 통제된 조건에서 단계를 남깁니다.토양, 코코 토탄 및 퇴비를 2:1:1의 비율로 혼합하여 토양 믹스를 준비합니다. 이 믹스의 1 인치 두께층을 플라스틱 트레이에 펴서 토양 침대를 만들고 약간의 물로 포화시니다. 토양 위에 약 200개의 씨앗을 뿌리고 서 있는 물의 약 1센티미터 정도더 큰 트레이로 옮겨보세요.이 트레이를 플라스틱 랩으로 덮어 수분 챔버를 만듭니다. 이 트레이를 16시간 빛과 8시간 의 어두운 주기로 섭씨 23도로 설정된 성장 챔버로 옮기습니다. 2 주 후 물 포화 토양 믹스를 포함하는 작은 3 ~ 4 인치 냄비에 젊은 묘목을 전송합니다.이 냄비를 플라스틱 트레이에 놓고 4 주 동안 챔버를 성장시키기 위해 옮기십시오. 농구침의 경우, 세균균은 적절한 비율로 농균의 P19 균주와 함께 신선하게 하위 배양되고 혼합되어야 합니다. 10ml의 줄무늬 플레이트에서 BiFC 및 FRET 구조를 포함하는 GV3101 농균 균주를 접종하여이 절차를 시작합니다.적절한 항생제를 함유하는 국물에. 함께, 또한 농균의 P19 균주의 문화를 시작, 이는 유전자 침묵을 방지하기 위해 추가됩니다. 플라스크를 알루미늄 호일로 덮고 인큐베이터 셰이커에 보관하고 16시간 동안 170 RPM에서 섭씨 28도 설정합니다.야간 성장 후 1 ml.는 분광광계를 이용하여 600 나노미터에서 광학 밀도를 측정하기 위해 일회용 큐빗으로 이들 배양의 1ml를 전송한다. 최종 OD가 0.5이고 P19의 배양은 2ml의 총 부피에서 0.3이 되도록 균주를 포함하는 적절한 BiFC 및 FRET 파트너의 배양을 혼합한다.이러한 비율을 달성하기 위해 이러한 계산에 대해 화면에 표시된 수식을 따릅니다. 3000G에서 혼합 된 아그로 박테리움 배양을 실온에서 5 분 동안 원심 분리하고 상체를 조심스럽게 폐기하십시오. 2 ml에 펠릿을 일시 중단합니다.침투 버퍼. 당신은 완전히 균질 세포 현탁액에서 세포를 다시 중단 소용돌이 믹서를 사용해야 할 수 있습니다. 이 후 3 시간 동안 어둠 속에서 실온에서 튜브를 배양.한편, 각 식물 냄비에 물입될 구조 혼합물에 라벨을 부착합니다. 농균 혼합물로 바늘없는 주사기 1 ml를 채웁니다.주사기 끝을 완전히 확장된 잎의 축축측으로 부드럽게 누르고 다른 쪽에서 잎을 지지합니다. 주사기 팁의 2~3배에 해당하는 리프 영역에 용액이 채워날 때까지 플런저를 부드럽게 밀어넣습니다. 한 잎에 최대 4개의 반점에 세균 믹스에 침투하고 침투의 한 종류에 대한 3 ~ 4 잎이 절차를 반복.또한 침투를 위해 구조당 적어도 두 개의 식물을 포함한다. 70%의 알코올로 손을 닦거나 장갑을 교체하여 교차 오염을 방지해야 합니다. 모든 냄비를 트레이로 옮기고 동일한 성장 조건에서 성장 챔버에서 배양하십시오.형광 현미경을 사용하여 농구침 잎의 작은 부분을 확인하십시오. 세포에서 YFP와 CFP 모두에서 형광이 검출되면 BiFC FRET-FLIM 분석기의 공초점 현미경으로 진행된다. 우리의 경우에, 이 분석은 농약 침투 후에 3 일 실행되었습니다.이제 식물은 주사기 팁 상처에서 5 ~8mm에서 현미경 절단 사각형 잎 샘플에서 시각화 할 준비가되어 증류수에 장착할 수 있습니다. 깨끗한 커버 슬립을 위에 놓고 밀봉합니다.공초점 레이저 스캐닝 현미경으로 이러한 샘플을 시각화합니다. 이 절차에서, 두 단백질 간의 상호 작용을 결정하고 정량화하는 기초는 FRET의 효율성을 계산하는 데 사용되는 수용자와의 상호 작용에 따라 FRET 기증자 파트너의 형광 수명 감소입니다. 이 경우 FRET 수용자가 단일 분자가 아니므로 삼자 상호 작용의 복잡성이 더욱 증가하지만, 먼저 기능적인 FRET 수용자 형광이 되기 위해 생체 내에서 재구성되어야 하는 분할 YFP BiFC 쌍이 된다.FRET-FLIM을 수행하기 위해, 우리는 기증자 분자 형광 수명을 결정해야합니다, 먼저 혼자 다음 FRET 파트너의 존재. 공초점 레이저 스캐닝 현미경에서 FLIM 응용 프로그램을 열고 콘솔을 시작하고 패턴 인식 광자 계수를 사용하여 형광 수명을 측정합니다. 표준 모든 광자 계수 측정 모드를 선택합니다.우리는 농구침 식물의 두 가지 유형을 취할 것입니다. CFP 유전자를 가지고 있고 다른 하나는 MYFP와 함께 CCFP를 가지고 있기 때문에 M 단백질의 상호 작용은 이미 BiFC 및 Y2H를 사용하여 C 단백질로 검증되었기 때문에, 우리는 이 상호 작용 쌍과 좋은 FRET 효율을 기대합니다. 이제 우리는 먼저 CCFP 농약 잎을 스캔하고 좋은 CFP 형광을 보여주는 세포를 찾습니다.현미경 설정이 화면에 표시됩니다. 샘플은 펄스 당 약 0.1 광자를 달성하기에 충분한 레이저 전력으로 조명된다. 가변 형광 강도를 가진 샘플의 경우 50 프레임을 캡처하여 수명 측정에 필요한 적절한 광자를 수집합니다.CFP는 확인 적응으로 인해 두 개의 형광 수명을 나타내는 것으로 알려져 있으므로 N값을 2와 동일하게 유지하면서 지수 재수렴 모델을 사용하여 데이터를 공급합니다. 이러한 설정에서는 두 수명이 1및 3.2 나노초에 표시됩니다. 우리는 모든 후속 계산에 대한 더 높은 수명을 사용합니다.이제 CCFP와 MYFP 간에 FRET를 측정하도록 설정되어 있습니다. 이를 위해 CCFP 및 MYFP를 사용하여 농가 침투 식물의 잎 샘플을 사용해 보겠습니다. 우리는 CCFP와 MYFP를 모두 표현하는 세포를 찾고 전체 40 나노 미터 펄스 레이저와 514 나노 미터 백색 광 레이저를 사용하여 흥미 진진한 하여 각각의 방출 패턴을 확인합니다.그 후 FLIM 콘솔로 전환하여 CCFP의 수명을 측정하기 위해 이전에 사용한 것과 동일한 설정을 사용하여 CFP의 수명을 측정합니다. 그러나 이번에는 셀이 CCFP와 잠재적으로 상호 작용하고 CCFP의 수명 감소를 일으킬 수있는 MYFP를 표현하고 있습니다. N지수재컨볼루션 모델을 사용하여 얻은 그래프를 2와 동일하게 읽으면서 실제로 CFP 수명이 3.2에서 2.6나노초로 감소합니다.이제 소프트웨어에서 FRET 콘솔을 시작하고 소프트웨어에 제공된 방정식에서 의심할 여지 없는 수명을 수동으로 입력하여 FRET 효율을 계산하고 관찰된 FRET 효율은 56%로 최종 단계로 이동하여 세 파트너 간의 상호 작용을 시각화하는 것입니다. 이를 위해 CCFP 및 MYFPN과 MYFPC와 공동 침투한 식물의 리프 샘플을 MYFPC와 함께 채취합니다. 우리는 두 M 단백질 사이의 상호 작용에서 발산 되는 CFP와 재구성된 YFP 형광을 모두 보여주는 세포를 위해 잎 식물을 검사합니다.우리는 이전에 사용 했던 것과 동일한 레이저 와 방출 파장을 사용 합니다. 그 후, 우리는 514 나노 미터 레이저를 끄고 FLIM 콘솔로 이동합니다. MYFP 이머가 CCFP와 상호 작용하는 경우.우리는 MYFP와의 상호 작용 중에 관찰된 CCFP의 수명 감소를 보아야 합니다. 그러나 CCFP가 MYFP 이머와 상호 작용하지 못하면 형광 수명은 3.2 나노초에서 계속 볼 수 있어야 합니다. 위에서 언급한 것과 유사한 설정을 사용하여 재구성된 YFP가 있는 경우 CFP 수명을 측정합니다.N 지수 재수렴 모델을 사용하여 그래프에 2개와 동일한 그래프를 장착하고 FRET 콘솔로 이동합니다. 그리고 네 CFP 수명은 3.2에서 2.3 나노초로 감소합니다. 우리는 위에서 설명한 대로 FRET 효율을 계산합니다.계산된 FRET 효율은 55%이며, FRET 승인기의 존재와 부재에서 FRET 기증자 파트너의 형광 수명을 측정하기 위해 FLIM을 사용했습니다. 기증자의 형광 수명 감소는 두 단백질 사이의 긍정적 인 상호 작용이 있다면 예상되었다. 긍정적 인 제어의 경우, 즉 CCFP및 MYFP입니다.우리는 기증자의 형광 수명이 3.3에서 2.5 나노초로 감소하고 FRET 효율은 56%로 두 개의 단백과 C 단백질 사이의 상호 작용에서 비롯된 재구성된 YFP와 유사한 운동이었으며, 또한 기증자의 형광 수명이 2.6나노초로 감소하는 결과를 초래하였다. 계산된 FRET 효율은 이 경우 약 55%였습니다. FRET 기증자의 형광 수명 감소는 이 단백질 사이 삼자 상호 작용을 위한 강력한 증거를 제공합니다.여기에서 기술된 프로토콜은 살아있는 세포에 있는 삼자 단백질 단백질 상호 작용을 결정하는 강력한 공구입니다. 이 절차는 또한 어떤 단백질 복합체의 기능 및 생리적 중요성을 해독에 중요한 결과 복합체의 세포 내 국소화를 결정하는 것을 도울 수 있습니다. 결론적으로, BiFC 기반 FRET-FLIM 분석법은 삼자 단백질 상호 작용의 중요한 측면을 연구하고 특성화 할 수있는 기회를 제공하며, 이는 동물 및 식물 시스템 모두에서 단백질 단백질 상호 작용 연구에 도움이 될 수 있습니다.

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