Name: jumpn: a streamlined application for protein co-expression clustering and network analysis in proteomics
Uploaded: 2021-10-19T13:30:00
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नेशनल इंस्टीट्यूट ऑफ हेल्थ (एनआईएच) (आर 01 एजी 047928, आर 01 एजी 053987, आरएफ 1 एजी 064909, आरएफ 1 एजी 068581, और यू 54 एनएस 110435) और एएलएसएसी (अमेरिकन लेबनानी सीरियाई एसोसिएटेड चैरिटीज) द्वारा वित्त पोषण सहायता प्रदान की गई थी। एमएस विश्लेषण सेंट जूड चिल्ड्रन रिसर्च हॉस्पिटल के सेंटर ऑफ प्रोटिओमिक्स एंड मेटाबोलॉमिक्स में किया गया था, जिसे आंशिक रूप से एनआईएच कैंसर सेंटर सपोर्ट ग्रांट (पी 30 सीए 021765) द्वारा समर्थित किया गया था। सामग्री पूरी तरह से लेखकों की ज़िम्मेदारी है और जरूरी नहीं कि राष्ट्रीय स्वास्थ्य संस्थानों के आधिकारिक विचारों का प्रतिनिधित्व करती है।

नोट: इस प्रोटोकॉल में, जेयूएमपीएन का उपयोग टीएमटी आइसोबेरिक लेबल अभिकर्मक27 द्वारा निर्धारित बी सेल भेदभाव के दौरान पूरे प्रोटिओम प्रोफाइलिंग के प्रकाशित डेटासेट का उपयोग करके सचित्र है।
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यहां हमने अपने जेयूएमपीएन सॉफ्टवेयर और इसके प्रोटोकॉल को पेश किया, जिसे गहरी मात्रात्मक प्रोटिओमिक्स डेटा 25,26,27,30,64 का उपयोग करके आणविक तंत्र को विच्छेदन करने के ?...

मास स्पेक्ट्रोमेट्री-आधारित शॉटगन प्रोटिओमिक्स जटिल नमूनों की प्रोटिओम विविधता का विश्लेषण करने के लिए महत्वपूर्ण दृष्टिकोण बन गयाहै 1. मास स्पेक्ट्रोमेट्री इंस्ट्रूमेंटेशन2,3, क्रोमैटोग्राफी 4,5, आयन गतिशीलता का पता लगाने6, अधिग्रहण विधियों (डेटा-स्वतंत्र7 और डेटा-निर्भर अधिग्रहण8), मात्रा का ठहराव दृष्टिकोण (मल्टी-प्लेक्स आइसोबेरिक पेप्टाइड लेबलिंग विधि, जैसे, टीएमटी 9,10, और लेबल-मुक्त मात्रा का ठहराव11,12) और डेटा विश्लेषण रणनीतियों में हालिया प्रगति के साथ / सॉफ्टवेयर विकास 13,14,15,16,17,18, पूरे प्रोटिओम (जैसे, 10,000 से अधिक प्रोटीन) की मात्रा का ठहराव अब नियमितरूप से 19,20,21 है। हालांकि, इस तरह के गहरे मात्रात्मक डेटासेट से यंत्रवत अंतर्दृष्टि कैसे प्राप्त करें अभी भी चुनौतीपूर्ण है22. इन डेटासेट की जांच के लिए प्रारंभिक प्रयास मुख्य रूप से डेटा के व्यक्तिगत तत्वों के एनोटेशन पर निर्भर थे, प्रत्येक घटक (प्रोटीन) को स्वतंत्र रूप से इलाज करते थे। हालांकि, जैविक प्रणालियों और उनके व्यवहार को केवल व्यक्तिगत घटकों की जांच करके समझाया नहीं जा सकताहै 23. इसलिए, एक सिस्टम दृष्टिकोण जो इंटरैक्शन नेटवर्क के संदर्भ में मात्रात्मक बायोमोलेक्यूल्स को रखता है, जटिल प्रणालियों और संबंधित प्रक्रियाओं जैसे भ्रूणजनन, प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया और मानव रोगों के रोगजनन की समझ के लिए आवश्यक है।
नेटवर्क-आधारित सिस्टम जीव विज्ञान बड़े पैमाने पर मात्रात्मक प्रोटिओमिक्स डेटा 25,26,27,28,29,30,31,32,33 का विश्लेषण करने के लिए एक शक्तिशाली प्रतिमान के रूप में उभरा है। संकल्पनात्मक रूप से, स्तनधारी कोशिकाओं जैसे जटिल प्रणालियों को पदानुक्रमित नेटवर्क34,35 के रूप में मॉडलिंग किया जा सकता है, जिसमें पूरी प्रणाली को स्तरों में दर्शाया जाता है: पहले कई बड़े घटकों द्वारा, जिनमें से प्रत्येक तब छोटे उपप्रणालियों द्वारा पुनरावृत्त रूप से मॉडलिंग की जाती है। तकनीकी रूप से, प्रोटिओम गतिशीलता की संरचना को सह-व्यक्त प्रोटीन समूहों के परस्पर जुड़े नेटवर्क द्वारा प्रस्तुत किया जा सकता है (क्योंकि सह-व्यक्त जीन / प्रोटीन अक्सर समान जैविक कार्यों या विनियमन36 के तंत्र को साझा करते हैं) और शारीरिक रूप से बातचीत पीपीआई मॉड्यूल37। हाल के उदाहरण के रूप में, हमने टी सेल सक्रियण के दौरान पूरे प्रोटिओम और फॉस्फोप्रोटिओम के अस्थायी प्रोफाइल उत्पन्न किए और कार्यात्मक मॉड्यूल की पहचान करने के लिए पीपीआई के साथ एकीकृत सह-अभिव्यक्ति नेटवर्क का उपयोग किया जो टी-सेल क्विसेंस निकास की मध्यस्थता करते हैं। कई बायोएनर्जेटिक-संबंधित मॉड्यूल को हाइलाइट किया गया और प्रयोगात्मक रूप से मान्य किया गया (उदाहरण के लिए, माइटोरिबोसोम और जटिल चतुर्थ मॉड्यूल25, और एक-कार्बन मॉड्यूल38)। एक अन्य उदाहरण26 में, हमने अल्जाइमर रोग के रोगजनन का अध्ययन करने के लिए अपने दृष्टिकोण को आगे बढ़ाया, और सफलतापूर्वक रोग प्रगति से जुड़े प्रोटीन मॉड्यूल और अणुओं को प्राथमिकता दी। महत्वपूर्ण बात यह है कि हमारी कई निष्पक्ष खोजों को स्वतंत्र रोगीसमूहों 26,29 और / या रोग माउस मॉडल 26 द्वारा मान्य किया गया था। इन उदाहरणों ने मात्रात्मक प्रोटिओमिक्स और अन्य ओमिक्स एकीकरण के साथ आणविक तंत्र को विच्छेदन करने के लिए सिस्टम जीव विज्ञान दृष्टिकोण की शक्ति को चित्रित किया।
यहां हम जेयूएमपीएन पेश करते हैं, एक सुव्यवस्थित सॉफ्टवेयर जो नेटवर्क-आधारित सिस्टम जीव विज्ञान दृष्टिकोण का उपयोग करके मात्रात्मक प्रोटिओमिक्स डेटा की पड़ताल करता है। जेयूएमपीएन स्थापित जंप प्रोटिओमिक्स सॉफ्टवेयर सूट13,14,39 के डाउनस्ट्रीम घटक के रूप में कार्य करता है, और इसका उद्देश्य सिस्टम जीव विज्ञान दृष्टिकोण का उपयोग करके व्यक्तिगत प्रोटीन परिमाणीकरण से जैविक रूप से सार्थक मार्गों और प्रोटीन मॉड्यूल तक की खाई को भरना है। इनपुट के रूप में अलग-अलग व्यक्त (या सबसे चर) प्रोटीन के परिमाणीकरण मैट्रिक्स को लेकर, जेयूएमपीएन का उद्देश्य नमूनों और घने रूप से जुड़े पीपीआई मॉड्यूल (जैसे, प्रोटीन कॉम्प्लेक्स) में सह-व्यक्त प्रोटीन क्लस्टर के एक स्तरीय पदानुक्रम में प्रोटिओम को व्यवस्थित करना है, जो आगे ओवर-प्रतिनिधित्व (या संवर्धन) विश्लेषण (चित्रा 1) द्वारा सार्वजनिक मार्ग डेटाबेस के साथ एनोटेट किए जाते हैं। चमकदार प्लेटफ़ॉर्म40 के साथ उपयोगकर्ता के अनुकूल इंटरफ़ेस के लिए विकसित किया गया है और तीन प्रमुख कार्यात्मक मॉड्यूल को एकीकृत करता है: सह-अभिव्यक्ति क्लस्टरिंग विश्लेषण, मार्ग संवर्धन विश्लेषण और पीपीआई नेटवर्क विश्लेषण (चित्रा 1)। प्रत्येक विश्लेषण के बाद, परिणाम स्वचालित रूप से विज़ुअलाइज़ किए जाते हैं और आर / चमकदार विजेट फ़ंक्शंस के माध्यम से समायोज्य होते हैं और माइक्रोसॉफ्ट एक्सेल प्रारूप में प्रकाशन तालिकाओं के रूप में आसानी से डाउनलोड करने योग्य होते हैं। निम्नलिखित प्रोटोकॉल में, हम एक उदाहरण के रूप में मात्रात्मक पूरे प्रोटिओम डेटा का उपयोग करते हैं और जेयूएमपीएन का उपयोग करने के प्रमुख चरणों का वर्णन करते हैं, जिसमें जेयूएमपीएन सॉफ्टवेयर की स्थापना, अलग-अलग व्यक्त प्रोटीन की परिभाषा या (डिस) विनियमित प्रोटिओम, सह-अभिव्यक्ति नेटवर्क विश्लेषण, और पीपीआई मॉड्यूल विश्लेषण, परिणाम दृश्य और व्याख्या, और परेशानी की शूटिंग शामिल है। जेयूएमपीएन सॉफ्टवेयर गिटहब41 पर स्वतंत्र रूप से उपलब्ध है।

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>MacBook Pro with a 2.3 GHz Quad-Core Processor running OS 10.15.7.</td>
			<td>Apple Inc.</td>
			<td>MacBook Pro 13&#39;&#39;</td>
			<td>Hardware used for software development and testing</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anoconda</td>
			<td>Anaconda, Inc.</td>
			<td>version 4.9.2</td>
			<td>https://docs.anaconda.com/anaconda/install/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>miniconda</td>
			<td>Anaconda, Inc.</td>
			<td>version 4.9.2</td>
			<td>https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>RStudio</td>
			<td>RStudio Public-benefit corporation</td>
			<td>version 4.0.3</td>
			<td>https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Shiny Server</td>
			<td>RStudio Public-benefit corporation</td>
			<td></td>
			<td>https://shiny.rstudio.com/articles/shinyapps.html</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

jumpn: a streamlined application for protein co-expression clustering and network analysis in proteomics

मास स्पेक्ट्रोमेट्री-आधारित प्रोटिओमिक्स प्रौद्योगिकियों में हालिया प्रगति के साथ, सैकड़ों प्रोटिओम की गहरी प्रोफाइलिंग तेजी से संभव हो गई है। हालांकि, इस तरह के मूल्यवान डेटासेट से जैविक अंतर्दृष्टि प्राप्त करना चुनौतीपूर्ण है। यहां हम मॉड्यूल (जैसे, प्रोटीन कॉम्प्लेक्स) द्वारा जुड़े नमूनों और प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन (पीपीआई) नेटवर्क में प्रोटीन सह-अभिव्यक्ति समूहों में प्रोटीन सह-अभिव्यक्ति समूहों में प्रोटिओम को व्यवस्थित करने के लिए एक सिस्टम जीव विज्ञान-आधारित सॉफ़्टवेयर जेयूपीएन और इसके संबंधित प्रोटोकॉल का परिचय देते हैं। चमकदार मंच का उपयोग करते हुए, जेयूएमपीएन सॉफ्टवेयर एकीकृत डेटा विज़ुअलाइज़ेशन और उपयोगकर्ता के अनुकूल इंटरफ़ेस के साथ सह-अभिव्यक्ति क्लस्टरिंग, मार्ग संवर्धन और पीपीआई मॉड्यूल का पता लगाने के विश्लेषण को सुव्यवस्थित करता है। प्रोटोकॉल के मुख्य चरणों में जेयूएमपीएन सॉफ्टवेयर की स्थापना, अलग-अलग व्यक्त प्रोटीन या (डिस) विनियमित प्रोटिओम की परिभाषा, सार्थक सह-अभिव्यक्ति क्लस्टर और पीपीआई मॉड्यूल का निर्धारण और परिणाम विज़ुअलाइज़ेशन शामिल हैं। जबकि प्रोटोकॉल को आइसोबेरिक लेबलिंग-आधारित प्रोटिओम प्रोफाइल का उपयोग करके प्रदर्शित किया जाता है, जेयूएमपीएन आमतौर पर मात्रात्मक डेटासेट (जैसे, लेबल-मुक्त प्रोटिओमिक्स) की एक विस्तृत श्रृंखला पर लागू होता है। इस प्रकार जेयूएमपीएन सॉफ्टवेयर और प्रोटोकॉल मात्रात्मक प्रोटिओमिक्स में जैविक व्याख्या की सुविधा के लिए एक शक्तिशाली उपकरण प्रदान करते हैं।

हमने जेयूएमपीएनप्रदर्शन को अनुकूलित और मूल्यांकन करने के लिए हमारे प्रकाशित गहरे प्रोटिओमिक्स डेटासेट 25,26,27,30 (आंकड़े 5 और चित्रा 6</stro...

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JUMPn: A Streamlined Application for Protein Co-Expression Clustering and Network Analysis in Proteomics

हम डेटा प्री-प्रोसेसिंग, सह-अभिव्यक्ति क्लस्टरिंग, मार्ग संवर्धन और प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन नेटवर्क विश्लेषण सहित एक विस्तृत प्रोटोकॉल के साथ मात्रात्मक प्रोटिओमिक्स डेटा के लिए नेटवर्क विश्लेषण करने और कल्पना करने के लिए एक सिस्टम जीव विज्ञान उपकरण जेयूएमपीएन प्रस्तुत करते हैं।

जेयूएमपीएन: प्रोटिओमिक्स में प्रोटीन सह-अभिव्यक्ति क्लस्टरिंग और नेटवर्क विश्लेषण के लिए एक सुव्यवस्थित अनुप्रयोग

With recent advances in mass spectrometry-based proteomics technologies, deep profiling of hundreds of proteomes has become increasingly feasible. ...

जेयूएमपीएन सॉफ्टवेयर के प्रोटोकॉल का उद्देश्य मात्रात्मक प्रोटिओमिक्स डेटा की जैविक व्याख्या की सुविधा प्रदान करना है। सॉफ्टवेयर पूरे प्रोटीन को सह-अभिव्यक्ति समूहों और प्रोटीन इंटरैक्शन मॉड्यूल के स्तरीय पदानुक्रम में व्यवस्थित करने में सक्षम है। विशेष रूप से, जेयूएमपीएन सॉफ्टवेयर सह-अभिव्यक्ति क्लस्टरिंग, मार्ग संवर्धन और पीपीआई मॉड्यूल का पता लगाने के विश्लेषण को सुव्यवस्थित करता है।यह डेटा और नेटवर्क का उपयोगकर्ता के अनुकूल इंटरफ़ेस और इंटरैक्टिव विज़ुअलाइज़ेशन प्रदान करता है। जबकि हमने पूरे प्रोटिओम डेटा विश्लेषण में जेयूएमपीएन के आवेदन का सफलतापूर्वक प्रदर्शन किया, विधि अन्य डेटा प्रकारों के लिए आसानी से बढ़ाई जा सकती है, जिसमें फॉस्फोप्रोटिओमिक्स विश्लेषण और आत्मीयता शुद्धि मास स्पेक्ट्रोमेट्री से इंटरैक्टोम डेटा शामिल है। जेयूएमपीएन सॉफ़्टवेयर सेट करने के लिए, वेबसाइट से स्रोत कोड डाउनलोड करें और कमांड लाइन टर्मिनल पर सॉफ़्टवेयर इंस्टॉल करें।JUMPn सॉफ़्टवेयर लॉन्च करने के लिए, टर्मिनल पर "सीडी निष्पादन टाइप करके निष्पादन फ़ोल्डर के लिए वर्तमान निर्देशिका परिवर्तित करें, और उसके बाद वेब ब्राउज़र पर JUMPn लॉन्च करने के लिए टर्मिनल पर पाठ दर्ज करें। जेयूएमपीएन होमपेज पर, जेयूएमपीएन विश्लेषण शुरू करने के लिए प्रारंभ विश्लेषण "बटन पर क्लिक करें, फिर प्रारंभ विश्लेषण" पृष्ठ के निचले बाएं कोने में, डेटा अपलोड की सफलता की सूचना देखने के लिए अपलोड डेमो बी-सेल प्रोटिओमिक डेटा "बटन पर क्लिक करें। पृष्ठ के निचले दाएं कोने में, डिफ़ॉल्ट पैरामीटर का उपयोग करके डेमो रन शुरू करने के लिए सबमिट जेयूएमपीएन विश्लेषण "बटन पर क्लिक करें।एक प्रगति पट्टी विश्लेषण के पाठ्यक्रम को निरूपित करेगी। प्रगति पट्टी पूरी होने तक प्रतीक्षा करें। एक बार डेमो रन समाप्त हो जाने के बाद, सफलता रन संदेश और परिणाम फ़ोल्डर के पूर्ण पथ के साथ एक संवाद बॉक्स दिखाई देगा, फिर परिणाम जारी रखें "टैब पर क्लिक करें।जैसा कि वेबपेज डब्ल्यूजीसीएनए एल्गोरिथ्म द्वारा सह-अभिव्यक्ति क्लस्टर परिणामों के लिए मार्गदर्शन करता है, जारी रखने के लिए संवाद विंडो पर "परिणाम देखें" पर क्लिक करें। परिणाम पृष्ठ 1 WGCNA आउटपुट पृष्ठ के बाईं ओर, प्रोटीन सह-अभिव्यक्ति पैटर्न ढूंढें और दो आकृति स्वरूपों के बीच नेविगेट करने के लिए अभिव्यक्ति स्वरूप का चयन करें "का उपयोग करें। बॉक्सप्लॉट आकृति डिफ़ॉल्ट रूप से चुनी जाएगी।रुझान प्लॉट प्रदर्शित करने के लिए रुझान टैब का चयन करें, प्रत्येक पंक्ति नमूनों में व्यक्तिगत प्रोटीन बहुतायत का प्रतिनिधित्व करती है। प्रत्येक पंक्ति का रंग दर्शाता है कि अभिव्यक्ति पैटर्न सह-अभिव्यक्ति क्लस्टर सर्वसम्मति के कितने करीब है। डब्ल्यूजीसीएनए आउटपुट पेज के दाईं ओर, पाथवे ओन्टोलॉजी संवर्धन हीटमैप "देखा जा सकता है।एक हीटमैप में, प्रत्येक क्लस्टर के लिए सबसे अधिक समृद्ध मार्ग एक साथ प्रदर्शित किए जाएंगे। अगला, व्यक्तिगत प्रोटीन के लिए अभिव्यक्ति पैटर्न देखने के लिए वेबपेज को नीचे स्क्रॉल करें। ड्रॉप-डाउन बॉक्स का उपयोग करें, प्रत्येक क्लस्टर से प्रोटीन की जांच करने के लिए सह-अभिव्यक्ति क्लस्टर का चयन करें, फिर तालिका में एक विशिष्ट प्रोटीन का चयन करें जिस पर तालिका के नीचे बार प्लॉट स्वचालित रूप से इसकी प्रोटीन बहुतायत को प्रतिबिंबित करने के लिए अपडेट किया जाएगा।विशिष्ट प्रोटीन नामों के लिए, तालिका के दाईं ओर खोज "बॉक्स का उपयोग करें। बाद में, शीर्ष पर परिणाम पृष्ठ 2 पीपीआई आउटपुट पर क्लिक करके प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन या पीपीआई परिणामों को देखें। किसी विशिष्ट सह-अभिव्यक्ति क्लस्टर के लिए परिणाम प्राप्त करने के लिए, सह-अभिव्यक्ति क्लस्टर का चयन करें "टैब पर क्लिक करें।सभी फिगर पैनल के डिस्प्ले को नए चयनित क्लस्टर के लिए अपडेट किया जाएगा। बाईं आकृति पैनल पर, चयनित सह-अभिव्यक्ति क्लस्टर के लिए पीपीआई नेटवर्क को समूह ड्रॉपडाउन बॉक्स द्वारा चयन करके और नेटवर्क के भीतर व्यक्तिगत पीपीआई मॉड्यूल को हाइलाइट करके देखें, फिर नेटवर्क लेआउट को बदलने के लिए चयनित नेटवर्क लेआउट प्रारूप बॉक्स के लिए जाएं। माउस और ट्रैकपैड का उपयोग करके, नेटवर्क में प्रत्येक नोड के जीन नामों को देखने के लिए पीपीआई नेटवर्क से ज़ूम इन या ज़ूम आउट करें।ज़ूम इन करने पर, प्रोटीन और उसके नेटवर्क पड़ोसियों को उजागर करने के लिए एक निश्चित प्रोटीन का चयन करें और क्लिक करें। नेटवर्क में, लेआउट में अपनी स्थिति बदलने और नेटवर्क लेआउट को पुनर्व्यवस्थित करने के लिए एक निश्चित नोड खींचें। पीपीआई परिणाम पृष्ठ के दाहिने पैनल पर, सह-अभिव्यक्ति क्लस्टर स्तर की जानकारी का अध्ययन करें जो पीपीआई परिणामों की व्याख्या में सहायता करता है।चयनित क्लस्टर पर सह-अभिव्यक्ति पैटर्न को डिफ़ॉल्ट रूप से बॉक्सप्लॉट के रूप में देखा जा सकता है। सह-अभिव्यक्ति पैटर्न के लिए रुझान प्लॉट दिखाने के लिए रुझान का चयन करें और फिर पाथवे सर्कल प्लॉट के साथ सह-अभिव्यक्ति क्लस्टर के लिए काफी समृद्ध मार्ग दिखाने के लिए पाथवे बार प्लॉट का चयन करें, सर्कल प्लॉट प्रारूप में सह-अभिव्यक्ति क्लस्टर के लिए काफी समृद्ध मार्ग देखें। व्यक्तिगत पीपीआई मॉड्यूल स्तर पर परिणाम देखने के लिए, परिणाम पृष्ठ को पीपीआई आउटपुट वेबपेज पर स्क्रॉल करें और प्रदर्शन के लिए एक विशिष्ट पीपीआई मॉड्यूल का चयन करने के लिए मॉड्यूल ड्रॉपडाउन बॉक्स का चयन करें।बाएं पैनल पर पीपीआई मॉड्यूल देखें, नेटवर्क डिस्प्ले में हेरफेर करें जैसा कि पहले बताया गया है। दाहिने पैनल पर, मार्ग ऑन्कोलॉजी संवर्धन परिणाम देखें, फिर चयनित पीपीआई मॉड्यूल के लिए काफी समृद्ध मार्गों के बारे में अधिक जानकारी और प्रदर्शित करने के लिए पाथवे एनोटेशन स्टाइल "ड्रॉपडाउन बॉक्स और टिक बारप्लॉट टैब का चयन करें का उपयोग करें। एक सर्कल प्लॉट के प्रारूप में चयनित पीपीआई मॉड्यूल के लिए काफी समृद्ध मार्ग दिखाने के लिए टिक सर्कल प्लॉट और काफी समृद्ध मार्गों और संबंधित जीन नामों को दिखाने के लिए हीटमैप का उपयोग करें।विस्तृत मार्ग संवर्धन परिणामों को प्रदर्शित करने के लिए टेबल टैब के लिए जाएं, जिसमें फिशर के सटीक परीक्षण द्वारा मार्गों का नाम, ऑन्कोलॉजी शब्द, जीन नाम और पी मान शामिल हैं। परिणाम पृष्ठों के शीर्ष पर मुद्रित निरपेक्ष पथ का पालन करें और प्रकाशन स्प्रेडशीट तालिका ढूंढें। जेयूएमपीएन को उपयोगकर्ता के अनुकूल इंटरफ़ेस के लिए आर चमकदार मंच के साथ विकसित किया गया है और तीन प्रमुख कार्यात्मक मॉड्यूल को एकीकृत करता है।सह-अभिव्यक्ति क्लस्टरिंग विश्लेषण, मार्ग संवर्धन विश्लेषण और पीपीआई नेटवर्क विश्लेषण। प्रत्येक विश्लेषण के बाद परिणाम स्वचालित रूप से आर चमकदार विजेट कार्यों के माध्यम से हमारे समायोज्य में कल्पना कर रहे हैं और प्रकाशन तालिकाओं और माइक्रोसॉफ्ट एक्सेल प्रारूप के रूप में आसानी से डाउनलोड करने योग्य हैं। पीपीआई नेटवर्क विश्लेषण के लिए, स्ट्रिंग, बायोप्लेक्स और वेब आईएम डेटाबेस में संयोजन करके एक समग्र पीपीआई नेटवर्क संकलित किया गया था।अंतिम विलय पीपीआई नेटवर्क 1, 100, 000 किनारों के साथ 20, 000 से अधिक मानव जीन को कवर करता है। यह व्यापक इंटरैक्टोम संवेदनशील पीपीआई विश्लेषण के लिए जेयूएमपीएन सॉफ्टवेयर के साथ एक बंडल में शामिल और प्रकाशित किया गया है। नेटवर्क आधारित दृष्टिकोण जो सह-अभिव्यक्ति और प्रोटीन इंटरैक्शन नेटवर्क दोनों का लाभ उठाते हैं, प्रतिलेखन कारकों और किनेसेस में गतिविधि के अनुमान के लिए एक अतिरिक्त विधि के रूप में उपयोग किया जा सकता है।

Research

JoVE Journal

Biochemistry

Method for Identifying Small Molecule Inhibitors of the Protein-protein Interaction Between HCN1 and TRIP8b

HCN1 और TRIP8b बीच प्रोटीन, प्रोटीन बातचीत के छोटे अणु inhibitors की पहचान के लिए विधि

Hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated (HCN) channels are expressed ubiquitously throughout the brain, where they function to regulate the ...

Lipid Droplet Isolation for Quantitative Mass Spectrometry Analysis

मात्रात्मक मास स्पेक्ट्रोमेट्री विश्लेषण के लिए लिपिड बूंद अलगाव

Lipid droplets are vital to the replication of a variety of different pathogens, most prominently the Hepatitis C Virus (HCV), as the putative site of ...

Extracellular Protein Microarray Technology for High Throughput Detection of Low Affinity Receptor-Ligand Interactions

Extracellular प्रोटीन Microarray कम संबध रिसेप्टर का उच्च प्रवाह का पता लगाने के लिए प्रौद्योगिकी-Ligand बातचीत

Secreted factors, membrane-tethered receptors, and their interacting partners are main regulators of cellular communication and initiation of signaling ...

Preparation of Chloroplast Sub-compartments from Arabidopsis for the Analysis of Protein Localization by Immunoblotting or Proteomics

Immunoblotting या प्रोटियोमिक् द्वारा प्रोटीन स्थानीयकरण के विश्लेषण के लिए Arabidopsis से Chloroplast उप-डिब्बों की तैयारी

Chloroplasts are major components of plant cells. Such plastids fulfill many crucial functions, such as assimilation of carbon, sulfur and nitrogen as ...

Analysis of Protein Folding, Transport, and Degradation in Living Cells by Radioactive Pulse Chase

प्रोटीन तह, परिवहन, और रेडियोधर्मी पल्स चेस द्वारा जीवित कोशिकाओं में क्षरण का विश्लेषण

Radioactive pulse-chase labeling is a powerful tool for studying the conformational maturation, the transport to their functional cellular location, and ...

Detection of Protein Ubiquitination Sites by Peptide Enrichment and Mass Spectrometry

पेप्टाइड संवर्धन और मास स्पेक्ट्रोमेट्री द्वारा प्रोटीन सर्वव्यापकता साइटों का पता लगाना

The posttranslational modification of proteins by the small protein ubiquitin is involved in many cellular events. After tryptic digestion of ...

Application of Biolayer Interferometry (BLI) for Studying Protein-Protein Interactions in Transcription

Application of Biolayer Interferometry BLI for Studying Protein-Protein Interactions in Transcription

ट्रांसक्रिप्शन में प्रोटीन-प्रोटिन इंटरेक्शन के अध्ययन के लिए बायोलेयर इंटरफेरोमेट्री (बीआईएलआई) का अनुप्रयोग

A transcription factor&#160;(TF) is a protein that regulates gene expression by interacting with the RNA polymerase, another TF, and/or template DNA. GrgA ...

Quantification of Protein Interaction Network Dynamics using Multiplexed Co-Immunoprecipitation

मल्टीप्लेक्स्ड सह-प्रतिरक्षा का उपयोग कर प्रोटीन इंटरेक्शन नेटवर्क गतिशीलता का परिमाणीकरण

Dynamic protein-protein interactions control cellular behavior, from motility to DNA replication to signal transduction. However, monitoring dynamic ...

PeptiQuick, a One-Step Incorporation of Membrane Proteins into Biotinylated Peptidiscs for Streamlined Protein Binding Assays

PeptiQuick, एक एक कदम झिल्ली प्रोटीन का शामिल Biotinylated Peptidiscs के लिए सुव्यवस्थित प्रोटीन बंधन परख के लिए

Membrane proteins, including transporters, channels, and receptors, constitute nearly one-fourth of the cellular proteome and over half of current drug ...

TMT Sample Preparation for Proteomics Facility Submission and Subsequent Data Analysis

प्रोटेओमिक्स सुविधा सबमिशन और बाद के डेटा विश्लेषण के लिए टीएमटी नमूना तैयारी

Proteomic technologies are powerful methodologies that can aid our understanding of mechanisms of action in biological systems by providing a global view ...