Name: automating aggregate quantification in caenorhabditis elegans
Uploaded: 2021-10-14T14:45:00
Duration: 7 min 50 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Automating Aggregate Quantification in Caenorhabditis elegans at JoVE.com

इस काम को नेशनल इंस्टीट्यूट ऑफ हेल्थ (1आरओ 3 एजी 069056-01) और डीएमसी को वित्त पोषण करने वाले संक्रामक रोग सोसाइटी ऑफ अमेरिका द्वारा समर्थित किया गया था। अध्ययन डिजाइन, डेटा संग्रह और विश्लेषण, प्रकाशित करने के निर्णय या पांडुलिपि की तैयारी में फंडर्स की कोई भूमिका नहीं थी। हम पांडुलिपि को प्रूफरीड करने के लिए सीज़िज़ लैब के सदस्यों को धन्यवाद देते हैं। कार्टून आंकड़े बायोरेंडर भुगतान लाइसेंस का उपयोग करके उत्पन्न किए गए थे।

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	<li>Soto, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unfolding+the+role+of+protein+misfolding+in+neurodegenerative+diseases.">Unfolding the role of protein misfolding in neurodegenerative diseases.</a> Nature Reviews Neuroscience. 4 (1), 49-60 (2003).</li><li>Fang, P., Kazmi, S. A., Jameson, K. G., Hsiao, E. 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A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genome-wide+RNA+interference+screen+identifies+previously+undescribed+regulators+of+polyglutamine+aggregation.">Genome-wide RNA interference screen identifies previously undescribed regulators of polyglutamine aggregation.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (17), 6403-6408 (2004).</li><li>Walker, A. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Colonization+of+the+Caenorhabditis+elegans+gut+with+human+enteric+bacterial+pathogens+leads+to+proteostasis+disruption+that+is+rescued+by+butyrate.">Colonization of the Caenorhabditis elegans gut with human enteric bacterial pathogens leads to proteostasis disruption that is rescued by butyrate.</a> PLOS Pathogens. 17 (5), 1009510 (2021).</li><li>Goya, M. E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Probiotic+Bacillus+subtilis+protects+against+&#945;-Synuclein+aggregation+in+C.+elegans.">Probiotic Bacillus subtilis protects against &#945;-Synuclein aggregation in C. elegans.</a> Cell Reports. 30 (2), 367-380 (2020).</li><li>Kumsta, C., Chang, J. T., Schmalz, J., Hansen, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hormetic+heat+stress+and+HSF-1+induce+autophagy+to+improve+survival+and+proteostasis+in+C.+elegans.">Hormetic heat stress and HSF-1 induce autophagy to improve survival and proteostasis in C. elegans.</a> Nature Communications. 8, 14337 (2017).</li><li>Prahlad, V., Morimoto, R. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Neuronal+circuitry+regulates+the+response+of+Caenorhabditis+elegans+to+misfolded+proteins.">Neuronal circuitry regulates the response of Caenorhabditis elegans to misfolded proteins.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 108, 14204-14209 (2011).</li><li>Mohri-Shiomi, A., Garsin, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Insulin+signaling+and+the+heat+shock+response+modulate+protein+homeostasis+in+the+Caenorhabditis+elegans+intestine+during+infection.">Insulin signaling and the heat shock response modulate protein homeostasis in the Caenorhabditis elegans intestine during infection.</a> Journal of Biological Chemistry. 283 (1), 194-201 (2008).</li><li>Hakim, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=WorMachine:+machine+learning-based+phenotypic+analysis+tool+for+worms.">WorMachine: machine learning-based phenotypic analysis tool for worms.</a> BMC Biology. 16 (1), 8 (2018).</li><li>W&#228;hlby, C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+image+analysis+toolbox+for+high-throughput+C.+elegans+assays.">An image analysis toolbox for high-throughput C. elegans assays.</a> Nature Methods. 9 (7), 714-716 (2012).</li><li>Jones, T. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CellProfiler+Analyst:+data+exploration+and+analysis+software+for+complex+image-based+screens.">CellProfiler Analyst: data exploration and analysis software for complex image-based screens.</a> BMC Bioinformatics. 9 (1), 482 (2008).</li><li>Held, K., Ramage, E., Jacobs, M., Gallagher, L., Manoil, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sequence-verified+two-allele+transposon+mutant+library+for+Pseudomona+aeruginosa+PA01.">Sequence-verified two-allele transposon mutant library for Pseudomona aeruginosa PA01.</a> Journal of Bacteriology. 194 (23), 6387-6389 (2012).</li><li>Schulenburg, H., Ewbank, J. 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M., Hekimi, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FUdR+causes+a+twofold+increase+in+the+lifespan+of+the+mitochondrial+mutant+gas-1.">FUdR causes a twofold increase in the lifespan of the mitochondrial mutant gas-1.</a> Mechanisms of Ageing and Development. 132 (10), 519-521 (2011).</li><li>Haldimann, P., Muriset, M., V&#237;gh, L., Goloubinoff, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+novel+hydroxylamine+derivative+ng-094+suppresses+polyglutamine+protein+toxicity+in+Caenorhabditis+elegans.">The novel hydroxylamine derivative ng-094 suppresses polyglutamine protein toxicity in Caenorhabditis elegans.</a> Journal of Biological Chemistry. 286 (21), 18784-18794 (2011).</li><li>Shinn-Thomas, J. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Wrapping+culture+plates+with+Parafilm+M&#174;+increases+Caenorhabditis+elegans+growth.">Wrapping culture plates with Parafilm M&#174; increases Caenorhabditis elegans growth.</a> BMC Research Notes. 12 (1), (2019).</li><li>Alexander-Floyd, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unexpected+cell+type-dependent+effects+of+autophagy+on+polyglutamine+aggregation+revealed+by+natural+genetic+variation+in+C.+elegans.">Unexpected cell type-dependent effects of autophagy on polyglutamine aggregation revealed by natural genetic variation in C. elegans.</a> BMC Biology. 18 (1), 18 (2020).</li><li>Moronetti Mazzeo, L. E., Dersh, D., Boccitto, M., Kalb, R. G., Lamitina, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stress+and+aging+induce+distinct+polyQ+protein+aggregation+states.">Stress and aging induce distinct polyQ protein aggregation states.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109 (26), 10587-10592 (2012).</li><li>Sink, R., Gobec, S., Pecar, S., Zega, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=False+positives+in+the+early+stages+of+drug+discovery.">False positives in the early stages of drug discovery.</a> Current Medicinal Chemistry. 17 (34), 4231-4255 (2010).</li></ol>

लेखकों ने घोषणा की है कि हितों का कोई टकराव मौजूद नहीं है।

वर्णित प्रोटोकॉल सी एलिगेंस संवर्धन, इमेजिंग और छवि प्रसंस्करण के लिए प्रक्रियाओं को रेखांकित करता है जिसमें सेलप्रोफाइलर, एक ओपन-सोर्स इमेज एनालिसिस सॉफ्टवेयर शामिल है। प्रतिनिधि परिणाम प्रजनन क्षमता, पूर्वाग्रह में कमी और मापनीयता प्रदर्शित करते हैं। यह मानकीकृत प्रक्रिया बड़े जीवाणु, जीनोमिक या दवा पुस्तकालयों के साथ नियोजित स्क्रीनिंग रणनीतियों में सुधार करेगी। जबकि ऑब्जेक्ट डिटेक्शन के अन्य स्वचालित सी एलिगेंस तरीके मौजूद हैं, वर्णित तकनीक एक मानकीकृत, उच्च-थ्रूपुट पाइपलाइन प्रदान करती है जो संवर्धन, छवि अधिग्रहण और विश्लेषण को एकीकृत करती है।
यहां वर्णित प्रोटोकॉल को अनुकूलित करने के लिए कृमि की खेती के कई रूपों का परीक्षण किया जाना था। प्रारंभ में, कीड़े को आयु-सिंक्रनाइज़ेशन (एल 1 चरण) के तुरंत बाद नमूना बैक्टीरिया में स्थानांतरित कर दिया गया था। हालांकि, इस तरह के दृष्टिकोण के परिणामस्वरूप चर आकार वाले कीड़े की आबादी हुई, यहां तक कि एक ही कुएं के भीतर कीड़े के बीच भी। एलिगेंस रोगज़नक़ परिहार19 के लिए जाने जाते हैं, जो आकार में देखी गई परिवर्तनशीलता में योगदान दे सकते हैं और अंततः विशेष रूप से डाउनस्ट्रीम इमेजिंग-वर्म डिटेक्शन को प्रभावित कर सकते हैं। इस तरह की परिवर्तनशीलता को खत्म करने के लिए, प्रत्येक कुएं में पूरे एनजीएम क्षेत्र को परीक्षण बैक्टीरिया के साथ कवर किया गया था। कोलाई ओपी 50 खिलाया गया और 25 डिग्री सेल्सियस पर 48 घंटे के लिए युवा वयस्कों में पूरी तरह से विकसित करने की अनुमति दी गई। परीक्षण बैक्टीरिया पर स्थानांतरित करने से पहले ई कोलाई ओपी 50 पर वयस्कता तक पहुंचने की अनुमति देने के परिणामस्वरूप शरीर का आकार अधिक सुसंगत हो गया। इसके अतिरिक्त, एफयूडीआर के साथ एनजीएम अगर को पूरक करके संतान द्वारा भीड़भाड़ और तेजी से भोजन की कमी को समाप्त कर दिया गया था। एफयूडीआर के कार्यान्वयन ने संतान को हटा दिया और स्वचालित कृमि पहचान को बढ़ाया, जिसे माता-पिता की आबादी के साथ संतान मिश्रण द्वारा अस्पष्ट किया गया था। हालांकि, एफयूडीआर का उपयोग करते समय सतर्क रहना और उचित नियंत्रण का उपयोग करना महत्वपूर्ण है, क्योंकि यौगिक को प्रभावित करने के लिए जाना जाता है सी। इस प्रोटोकॉल में वर्णित शर्तों के तहत, एफयूडीआर ने आंतों के पॉलीक्यू एकत्रीकरण (पूरक चित्रा 5) को प्रभावित नहीं किया; इसलिए, इसका उपयोग वर्णित विधि के लिए उपयुक्त और फायदेमंद था।
इमेजिंग से पहले फ्रीजिंग नमूने पाइपलाइन के सफल रोजगार में एक महत्वपूर्ण कदम साबित हुए। ठंड से पहले कुल गिनती मैनुअल गिनती (चित्रा 3 बी) की तुलना में काफी अधिक थी। इमेजिंग से पहले 18-48 घंटे के लिए -20 डिग्री सेल्सियस पर कीड़े रखने पृष्ठभूमि प्रतिदीप्ति कम और अंततः कुल पता लगाने में सुधार (चित्रा 3 ए)। कुल पहचान पर ठंड के प्रभावों की केवल पॉलीक्यू के लिए जांच की गई है और इस तरह के प्रभावों की आगे की जांच के बिना अन्य मॉडलों के लिए सामान्यीकृत नहीं किया जाना चाहिए।
सभी स्थितियों को समान रखने के बावजूद, यह देखा गया कि प्रति कृमि समुच्चय की औसत संख्या विभिन्न रनों के बीच भिन्न हो सकती है, जबकि ओपी 50 बनाम एमपीएओ 1 के साथ उपनिवेशित जानवरों में समुच्चय की संख्या के बीच का अनुपात सुसंगत रहा (चित्रा 6, पूरक चित्रा 2, पूरक चित्रा 5)। इसलिए, प्रत्येक रन में हमेशा ई कोलाई ओपी 50 नियंत्रण, या किसी भी अतिरिक्त उपयुक्त संदर्भ नियंत्रण को शामिल करना आवश्यक है। प्रयोगों के बीच कुल गिनती में इस तरह की परिवर्तनशीलता पर्यावरणीय परिस्थितियों (तापमान, आर्द्रता) 22,23 या आनुवंशिक पृष्ठभूमि8 से प्रभावित हो सकती है। वास्तव में, यह देखा गया कि लंबे समय तक संस्कृति के बाद, आंतों की प्रतिदीप्ति काफी कम हो गई या पूरी तरह से खो गई, जिसके लिए जमे हुए स्टॉक से एक नया तनाव पिघलने की आवश्यकता थी। प्रतिदीप्ति में देखी गई कमी आनुवंशिक परिवर्तनों का परिणाम हो सकती है जो विषाक्त ट्रांसजीन को दबाते हैं, जैसे कि पॉलीक्यू व्यक्त करने वाले। बहरहाल, विभिन्न प्रयोगकर्ताओं (पूरक चित्रा 2) के बीच मनाया परिणामों की असाधारण प्रजनन क्षमता, जैविक प्रतिकृतियों (चित्रा 5) के बीच, और एक ही नमूना (पूरक चित्रा 3) के भीतर इस दृष्टिकोण की ताकत पर जोर देते हैं।
कई रिपोर्टों में प्रोटियोस्टेसिस 9,11,12,13,24,25 का अध्ययन करने के लिए आंतों के पॉलीक्यू को नियोजित किया गया है। हालांकि, प्रयोगात्मक दृष्टिकोण और रीडआउट विधियों के बीच परिवर्तनशीलता के कारण परिणामों के बीच सीधी तुलना नहीं की जा सकती है। बहरहाल, पहले प्रकाशित डेटा के कुछ परिणाम यहां वर्णित स्वचालित मात्रा का ठहराव द्वारा पुन: प्रस्तुत किए जाते हैं, जिसमें एकत्रीकरण 9,13 के जीवाणु प्रेरण और समुच्चय 11 की तुलनीय संख्या शामिल है। सामूहिक रूप से, वर्णित पाइपलाइन प्रोटियोस्टेसिस का अध्ययन करने के लिए एक मूल्यवान उपकरण प्रदान करती है।
यहां वर्णित विधि में कुछ अंतर्निहित चुनौतियां हैं। उदाहरण के लिए, यह इस प्रोटोकॉल के सभी घटकों को मास्टर करने के लिए पर्याप्त समय की आवश्यकता है, जो प्रोटोकॉल की धारा 8 के लिए विशेष रूप से सच है, जिसके लिए यह निर्धारित करने के लिए परख के साथ परिचित होने की आवश्यकता है कि अधिग्रहित छवियां पाइपलाइन विश्लेषण के लिए उपयुक्त हैं या नहीं। इस प्रोटोकॉल में उपयोग की जाने वाली छवि अधिग्रहण सेटिंग्स से विचलन संभव है; हालाँकि, सेटिंग्स और वर्म प्रशिक्षण सेट के संशोधन की आवश्यकता होगी। यह पाइपलाइन विभिन्न आकारों के समुच्चय और उन लोगों को अलग कर सकती है जो छू रहे हैं, जो समुच्चय के "सम्मिश्रण" को सीमित करता है और अंततः पता लगाने की संवेदनशीलता को बढ़ाता है। हालाँकि, स्वीकृत आकार सीमा से अधिक बड़े समुच्चय की पहचान करने का प्रयास करते समय समस्याएं उत्पन्न हो सकती हैं, क्योंकि ऊपरी आकार थ्रेशोल्ड का विस्तार करने से खराब पहचान के कारण त्रुटियां हो सकती हैं, जैसे कि स्पर्श करने वाले समुच्चय को अलग करने में असमर्थता। छवि विश्लेषण से पहले सटीकता, आकार और तीव्रता के बीच संतुलन पाया जाना चाहिए। कुल पहचान को बढ़ाने में सक्षम तंत्रिका नेटवर्क बनाने के लिए मशीन लर्निंग को शामिल करके कुल पहचान की दक्षता में और सुधार किया जा सकता है। वर्तमान में इस तरह के सुधारों का पता लगाया जा रहा है और वर्तमान मुद्दों को संबोधित करने में बहुत सहायता मिलेगी जैसे कि विभिन्न फोकल विमानों पर झूठ बोलने वाले समुच्चय का पता लगाना या जिनके असामान्य आकार हैं।
वर्णित विधि की एक उल्लेखनीय कमजोरी स्वचालित कुल गिनती में परिवर्तनशीलता है, क्योंकि वे हमेशा विभिन्न जीवाणु उपभेदों को खिलाए गए कीड़े में मैनुअल गिनती द्वारा पुनरावृत्ति नहीं करते हैं। उदाहरण के लिए, स्वचालित गिनती के आधार पर, कीड़े खिलाया पी एरुगिनोसा उत्परिवर्ती 53 (एम 53) जंगली प्रकार के तनाव (एमपीएओ 1) (चित्रा 7) की तुलना में काफी कम समुच्चय था; हालांकि, हिट की पुष्टि ने कोई महत्वपूर्ण अंतर नहीं दिखाया (पूरक चित्रा 4)। सामान्य तौर पर, उच्च थ्रूपुट दवा स्क्रीन में झूठी-सकारात्मक हिट डिटेक्शन की उच्च दर होती है, और वर्णित विधि कोई अपवाद नहीं है26. इस प्रकार, यह सभी संभावित हिट की पुष्टि करने के लिए प्रोटोकॉल का एक महत्वपूर्ण हिस्सा है।
जबकि इस प्रोटोकॉल को मेजबान प्रोटियोस्टेसिस को प्रभावित करने वाले बैक्टीरिया की पहचान करने के लिए एक स्क्रीनिंग रणनीति फिट करने के लिए अनुकूलित किया गया था, प्रत्येक चरण को जीनोमिक आरएनएआई पुस्तकालयों, छोटे अणुओं या अन्य स्थितियों के प्रभाव का परीक्षण करने के लिए और संशोधित किया जा सकता है। एक विशिष्ट स्क्रीनिंग रणनीति की आवश्यकताओं के अनुरूप प्रत्येक चरण में अतिरिक्त संशोधन किए जा सकते हैं। इसके अलावा, यह तकनीक लचीलेपन का एक स्तर प्रदान करती है जो एक विशिष्ट मॉडल के अनुरूप प्रत्येक चरण के अनुकूलन की अनुमति देती है। उदाहरण के लिए, इस दृष्टिकोण को अन्य ऊतकों में पॉलीक्यू एकत्रीकरण या छवियों में पाई जाने वाली अन्य विशेषताओं को निकालने के लिए बढ़ाया जा सकता है जैसे कि प्रेरक फ्लोरोसेंट रिपोर्टरों (जैसे, हीट शॉक जीन) का उपयोग करके जीन अभिव्यक्ति की निगरानी करना, प्रोटीन के उपकोशिकीय स्थानीयकरण का आकलन करना (उदाहरण के लिए, डीएएफ -16 का परमाणु स्थानीयकरण), अन्य रोग मॉडल में एकत्रीकरण का अध्ययन करना (एβ1-42, α-सिन्यूक्लिन, टीडीपी -43, आदि) जैसे कृमि का आकार।

अल्जाइमर, पार्किंसंस और हंटिंगटन रोगों, या एमियोट्रोफिक पार्श्व स्केलेरोसिस जैसे आयु-निर्भर न्यूरोडीजेनेरेटिव प्रोटीन विरूपण रोग (पीसीडी) प्रोटीन मिसफोल्डिंग की विशेषता है जो एकत्रीकरण, कोशिका मृत्यु और ऊतक अध: पतन की ओर जाता है1. जबकि प्रोटीन मिसफोल्डिंग को अपराधी के रूप में पहचाना जाता है, इन बीमारियों का एटियलजि स्पष्ट नहीं है। इस प्रकार, प्रभावी उपचारों के विकास को उन कारकों और स्थितियों के बारे में ज्ञान की कमी से बाधित किया गया है जो रोग की शुरुआत और प्रगति में योगदान करते हैं। हाल के अध्ययनों से पता चलता है कि माइक्रोबायोम में परिवर्तन पीसीडी 2,3,4 की शुरुआत, प्रगति और गंभीरता को प्रभावित करते हैं। हालांकि, मानव, या यहां तक कि म्यूरिन, माइक्रोबायोम की जटिलता उन अध्ययनों का संचालन करना मुश्किल बनाती है जो उनके मेजबान पर रोगाणुओं के सटीक प्रभाव को प्रकट करेंगे। इसलिए, सरल जीव, जैसे कि कैनोरहाब्डाइटिस एलिगेंस, अक्सर खोज उपकरण 5,6,7,8 के रूप में उपयोग किए जाते हैं। हाल के अध्ययनों ने मेजबान प्रोटियोस्टेसिस और रोग रोगजनन 9,10 पर बैक्टीरिया के प्रभाव की जांच करनेके लिए सी एलिगेंस को नियोजित किया है। बैक्टीरियल उपनिवेशण, हार्मेसिस और जीनोमिक परिवर्तन अनुकरणीय स्थितियों में से हैं जो पॉलीग्लूटामाइन (पॉलीक्यू)ट्रैक्ट 9,11,12 के एकत्रीकरण को प्रभावित करते हैं। इसके अतिरिक्त, ये मिसफोल्डेड प्रोटीन क्लस्टर मेजबान के भीतर पॉलीक्यू लंबाई- और आयु-निर्भर संचय प्रदर्शित करते हैं और बिगड़ा हुआ गतिशीलता 9,13 से जुड़े होते हैं। फ्लोरोसेंटली लेबल वाले पंक्टा को मापने का अपेक्षाकृत सरल दृष्टिकोण प्रोटीन तह और एकत्रीकरण को प्रभावित करने वाली स्थितियों, कारकों या दवाओं पर महत्वपूर्ण डेटा उत्पन्न कर सकता है।
यद्यपि फ्लोरोसेंट पंक्टा का परिमाणीकरण एक विश्वसनीय और अपेक्षाकृत सरल प्रक्रिया साबित हुई है, चुनौती एक प्रोटोकॉल विकसित करना है जो प्रोटीन एकत्रीकरण को प्रभावित करने वाले यौगिकों, बैक्टीरिया या स्थितियों की बड़े पैमाने पर स्क्रीनिंग की सुविधा प्रदान करेगा। स्वचालित सी एलिगेंस छवि प्रसंस्करण और पंक्टा परिमाणीकरण की अवधारणा पूरी तरह से उपन्यास नहीं है, क्योंकि कई व्यावहारिक समर्थन उपकरण14,15 विकसित किए गए हैं। हालांकि, संवर्धन, छवि अधिग्रहण और एक प्रसंस्करण पाइपलाइन का एकीकरण परिणामों में परिवर्तनशीलता को समाप्त करने और उच्च-थ्रूपुट स्क्रीन की अनुमति देने में आवश्यक है।
इस प्रकार, इस पांडुलिपि का इरादा प्रोटियोस्टेसिस में परिवर्तन का पता लगाने के लिए प्रॉक्सी के रूप में सी एलिगेंस में पॉलीक्यू एकत्रीकरण को मापने के लिए उपयोग की जाने वाली प्रक्रिया को मानकीकृत करना है। यह कार्य सेलप्रोफ़ाइलर को नियोजित करके पूरा किया गया था, एक ओपन-सोर्स इमेज एनालिसिस सॉफ़्टवेयर16 स्वचालित कृमि और कुल पहचान में सक्षम है, और कीड़े को संवर्धन, छवियों को प्राप्त करने और डेटा को संसाधित करने के लिए एक बड़े प्रोटोकॉल में एकीकृत है।

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>1.7 mL Microtubes</td>
			<td>Olympus Plastics</td>
			<td>Cat#24-282</td>
			<td>Microcentrifuge tubes</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>10 mL Serological Pipettes</td>
			<td>GenClone</td>
			<td>Cat#12-104</td>
			<td>Plastic pipettes</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>15 mL Centrifuge Tubes, Racked</td>
			<td>Olympus Plastics</td>
			<td>Cat#28-101</td>
			<td>Conical tubes</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>5-Fluoro-2&#8242;-deoxyuridine</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>D2235100MG</td>
			<td>FUDR</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Accu-jet Pro Pipette Controller</td>
			<td>Genesee Scientific</td>
			<td>91-600RB</td>
			<td>Pipette gun</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>Cat#BP1423-2</td>
			<td>Granulated agar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>BioRender</td>
			<td>BioRender</td>
			<td></td>
			<td>Graphical figure generator</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Bleach (Regular)</td>
			<td>Clorox</td>
			<td>Bar# 044600324111, Splash-less Bleach</td>
			<td>4.5% sodium hypochlorite</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>C. elegans: AM140: rmIs132 [unc-54p::q35::yfp]</td>
			<td>Morimoto Lab (Northwestern University)</td>
			<td>AM140, Q35::YFP</td>
			<td>Muscle polyQ</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>C. elegans: AM738: rmIs297[vha-6p::q44::yfp; rol-6(su1006)]</td>
			<td>Morimoto Lab (Northwestern University)</td>
			<td>AM738, Q44::YFP</td>
			<td>Intestinal polyQ</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CaCl2&#183;2H2O</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>Cat#C79-500</td>
			<td>Calcium chloride dihydrate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CellProfiler</td>
			<td>Broad Institute</td>
			<td></td>
			<td>Image analysis software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cholesterol</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>Cat#ICN10138201</td>
			<td>Cholesterol</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Circulating Water Bath Head</td>
			<td>Lauda</td>
			<td>26LE</td>
			<td>Lauda E 100</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>CoolLED pE300lite 365 dir mount STEREO</td>
			<td>CoolLED</td>
			<td>8114931</td>
			<td>Fluorescent light control and emitter</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>16 mL Culture Tubes</td>
			<td>Olympus Plastics</td>
			<td>21-129</td>
			<td>Culture tubes, 17 mm x 100 mm</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Escherichia coli OP50</td>
			<td>Caenorhabditis Genetics Center</td>
			<td>OP50</td>
			<td>E. coli control strain</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Ethanol, 200 Proof</td>
			<td>Decon Labs, Inc.</td>
			<td>2701</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Eyepiece 10x/23B, adjustable, 3d gen</td>
			<td>Leica Microsystems</td>
			<td>10450910</td>
			<td>Eyepiece set</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filter Set ET GFP - MZ10F</td>
			<td>Leica Microsystems</td>
			<td>10450588</td>
			<td>Filter cube</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>GraphPad Prism v9.2.0</td>
			<td>GraphPad Software, Inc.</td>
			<td></td>
			<td>Statistical analysis tool</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Heratherm Incubator IMP180</td>
			<td>Thermo</td>
			<td>51031562</td>
			<td>Refrigerated incubator</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Innova 4000</td>
			<td>New Brunswick Scientific</td>
			<td>M1192-0000</td>
			<td>Shaking incubator</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>K5 Camera</td>
			<td>Leica Microsystems</td>
			<td>11547112</td>
			<td>Stereomicroscope camera</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>KH2P04</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>Cat#P285-3</td>
			<td>Potassium phosphate monobasic</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>LAS X Imaging Software</td>
			<td>Leica Microsystems</td>
			<td></td>
			<td>Microscope imaging software</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Leica MZ10 F Optics Carrier</td>
			<td>Leica Microsystems</td>
			<td>10450103</td>
			<td>Stereomicroscope</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Levamisole</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>Cat#0215522805</td>
			<td>Levamisole hydrochloride</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Luria Broth (Lennox)</td>
			<td>Apex Bioresearch Products</td>
			<td>Cat#11-125</td>
			<td>LB</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnetic Stir Plate</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>11-100-49S</td>
			<td>Stir plate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>MgSO4&#183;7H2O</td>
			<td>Alfa Aesar</td>
			<td>A14491</td>
			<td>Magnesium sulfate heptahydrate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Microscope Slides</td>
			<td>Premiere</td>
			<td>8205</td>
			<td>Single frosted microscope slides</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Na2HPO4&#183;7H2O</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>Cat#S373-500</td>
			<td>Sodium phosphate dibasic heptahydrate</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaCl</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>Cat#S671-500</td>
			<td>Sodium chloride</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>NaOH</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>Cat#S318-3</td>
			<td>Sodium hydroxide pellets</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Objective Achromat, f = 100 mm</td>
			<td>Leica Microsystems</td>
			<td>10411597</td>
			<td>Objective microscope lens</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Petri Dishes</td>
			<td>Genesee Scientific</td>
			<td>Cat#32-107G</td>
			<td>100 mm x 15 mm</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pseudomonas aeruginosa Mutant Library</td>
			<td>Manoil Lab (University of Washington)</td>
			<td></td>
			<td>P. aeruginosa mutant library</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Suspension Culture Plate 24-Well, Flat Bottom</td>
			<td>Olympus Plastics</td>
			<td>25-102</td>
			<td>Used for worm growth and imaging</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trinocular Tube 100% M-series</td>
			<td>Leica Microsystems</td>
			<td>10450043</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Trypticase Peptone</td>
			<td>ThermoFisher, Difco</td>
			<td>Cat#211921</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TX-400 Rotor</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>Cat#75003181</td>
			<td>Swing bucket rotor</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Vacuum Driven Filter System</td>
			<td>GenClone</td>
			<td>Cat#25-227</td>
			<td>500 mL, PES Membrane, .22 &#181;m</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Video Objective with C-Mount</td>
			<td>Leica Microsystems</td>
			<td>10447367</td>
			<td>0.63x camera adapter tube</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

automating aggregate quantification in caenorhabditis elegans

न्यूरोडीजेनेरेटिव प्रोटीन विरूपण रोगों (पीसीडी) के प्रसार में वृद्धि ने वर्षों से इस विषय में बहुत रुचि को बढ़ावा दिया है। इस बढ़े हुए ध्यान ने पीसीडी के साथ मनुष्यों में देखे गए रोग फेनोटाइप को पुन: पेश करने में सक्षम पशु मॉडल के विविधीकरण और सुधार का आह्वान किया है। यद्यपि म्यूरिन मॉडल अमूल्य साबित हुए हैं, वे महंगे हैं और श्रमसाध्य, कम-थ्रूपुट विधियों से जुड़े हैं। पीसीडी का अध्ययन करने के लिए कैनोरहाब्डाइटिस एलिगेंस नेमाटोड मॉडल का उपयोग रखरखाव की सापेक्ष आसानी, कम लागत और तेजी से पीढ़ी के समय से उचित ठहराया गया है, जो उच्च-थ्रूपुट अनुप्रयोगों की अनुमति देता है। इसके अतिरिक्त, सी एलिगेंस और मानव जीनोम के बीच उच्च संरक्षण इस मॉडल को एक अमूल्य खोज उपकरण बनाता है। सूत्रकृमि जो फ्लोरोसेंटली टैग किए गए ऊतक-विशिष्ट पॉलीग्लूटामाइन (पॉलीक्यू) ट्रैक्ट्स को व्यक्त करते हैं, फ्लोरोसेंट फोकी की विशेषता उम्र- और पॉलीक्यू लंबाई-निर्भर एकत्रीकरण प्रदर्शित करते हैं। ऐसे पत्रकारों को अक्सर ऊतकों में प्रोटियोस्टेसिस में परिवर्तन की निगरानी के लिए प्रॉक्सी के रूप में नियोजित किया जाता है। मैनुअल कुल मात्रा का ठहराव समय लेने वाली है, प्रयोगात्मक थ्रूपुट को सीमित करती है। इसके अलावा, मैनुअल फोकी परिमाणीकरण पूर्वाग्रह का परिचय दे सकता है, क्योंकि कुल पहचान अत्यधिक व्यक्तिपरक हो सकती है। इसमें, कृमि संवर्धन, छवि अधिग्रहण और डेटा प्रोसेसिंग से युक्त एक प्रोटोकॉल को आंत-विशिष्ट पॉलीक्यू व्यक्त करने वाले सी एलिगेंस का उपयोग करके उच्च-थ्रूपुट कुल मात्रा का ठहराव का समर्थन करने के लिए मानकीकृत किया गया था। सेलप्रोफाइलर, एक छवि विश्लेषण सॉफ्टवेयर का उपयोग करके सी एलिगेंस-आधारित छवि प्रसंस्करण पाइपलाइन को लागू करके, इस विधि को अलग-अलग कीड़े को अलग करने और पहचानने और उनके संबंधित समुच्चय की गणना करने के लिए अनुकूलित किया गया है। यद्यपि स्वचालन की अवधारणा पूरी तरह से अद्वितीय नहीं है, प्रजनन क्षमता के लिए ऐसी प्रक्रियाओं को मानकीकृत करने, मैनुअल गिनती से पूर्वाग्रह का उन्मूलन और थ्रूपुट बढ़ाने की आवश्यकता अधिक है। यह अनुमान लगाया जाता है कि ये विधियां सी एलिगेंस मॉडल का उपयोग करके बड़े जीवाणु, जीनोमिक या दवा पुस्तकालयों की स्क्रीनिंग प्रक्रिया को काफी सरल बना सकती हैं।

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Automating Aggregate Quantification in Caenorhabditis elegans

निम्नलिखित प्रोटोकॉल प्रोटियोस्टेसिस में परिवर्तन के आकलन के रूप में पॉलीग्लूटामाइन समुच्चय को मापने के लिए कृमि संवर्धन, प्रतिदीप्ति इमेजिंग और स्वचालित छवि प्रसंस्करण के लिए एक उच्च-थ्रूपुट वर्कफ़्लो के विकास और अनुकूलन का वर्णन करता है।

कैनोरहाब्डाइटिस एलिगेंस में कुल मात्रा का ठहराव स्वचालित करना

A rise in the prevalence of neurodegenerative protein conformational diseases (PCDs) has fostered a great interest in this subject over the years. This ...

पॉलीग्लूटामाइन एकत्रीकरण का आकलन करके और एक ढांचा प्रदान करके प्रोटियोस्टेसिस में परिवर्तन की निगरानी के लिए एक सरल दृष्टिकोण लिया गया था जिसका उपयोग उच्च थ्रूपुट अनुप्रयोगों के लिए किया जा सकता है। एक फेनोटाइप स्कोरिंग जैसे कि मैं द्वारा समुच्चय की संख्या व्यक्तिपरक बन सकता हूं। कुल गिनती को स्वचालित करने से हमें इस तरह के पूर्वाग्रह को खत्म करने, थ्रूपुट और प्रजनन क्षमता बढ़ाने की अनुमति मिलती है।यह विधि मेजबान प्रोटियोस्टेसिस व्यवधान में योगदान करने वाले जीवाणु जीन की पहचान करने में मदद करती है। व्यक्तिगत जीवाणु जीन योगदान को समझने से हमें अल्जाइमर, पार्किंसंस और हंटिंगटन जैसी बीमारियों के रोगजनन में इसके निहितार्थ को समझने में मदद मिलेगी। फ्रीजर से कीड़े युक्त प्लेटों को हटाकर शुरू करें और उन्हें कमरे के तापमान पर पिघलने दें।फिर अतिरिक्त संक्षेपण को मिटा दें और इमेजिंग से पहले ढक्कन को हटा दें। एक्सपोजर समय 500 मिलीसेकंड के साथ माइक्रोस्कोप सेटिंग्स का उपयोग करें, 0.63 एक्स कैमरा एडाप्टर के साथ 40 एक्स का आवर्धन, और छवि कैप्चर के दौरान जीएफपी तीव्रता 100% पर सेट करें। अब प्रेषित प्रकाश नियंत्रण को समायोजित करें जब तक कि कीड़े अंधेरे पृष्ठभूमि की तुलना में उज्ज्वल रूप से प्रबुद्ध दिखाई न दें, ओवरएक्सपोज़र से बचें।धीरे वांछित स्थिति में कीड़े धक्का करने के लिए एक 10 माइक्रोलीटर विंदुक टिप का उपयोग करके अत्यधिक क्लंपिंग को रोकने के लिए अच्छी तरह से कीड़े की स्थिति को बदलने। दोनों छवियों के लिए फोकल विमान स्थापित करने के लिए चैनल को जीएफपी फ़िल्टर पर सेट करें। एक उज्ज्वल क्षेत्र छवि कैप्चर करें।प्लेट को परेशान किए बिना, या माइक्रोस्कोप के फोकस को बदलने के बिना एक संबंधित प्रतिदीप्ति छवि लें। अब छवियों का आकलन करने के लिए, पहले सेलप्रोफ़ाइलर डाउनलोड करें। सॉफ़्टवेयर खोलें, और छवियों के बॉक्स में रुचि की छवियों को खींचें और छोड़ें।उन्हें खोलने के लिए फ़ाइल सूची में छवियों पर क्लिक करें। ब्याज के एक क्षेत्र को उजागर करने के लिए आवर्धक ग्लास का चयन करें और कीड़े और समुच्चय दोनों की लंबाई को मापने के लिए तीर आइकन। इसकी तीव्रता मूल्य निर्धारित करने के लिए वांछित वस्तु पर होवर करें, जिसे स्क्रीन के निचले हिस्से पर देखा जा सकता है।सेलप्रोफ़ाइलर छवि विश्लेषण पाइपलाइन का उपयोग करने के लिए, आधिकारिक वेबसाइट से सेलप्रोफ़ाइलर डाउनलोड करने के बाद पाठ पांडुलिपि में वर्णित छवि जोड़े को ठीक से नाम दें। पाइपलाइन डाउनलोड करें और फ़ाइल से फ़ाइल, आयात और पाइपलाइन का चयन करके इसे सेलप्रोफ़ाइलर में अपलोड करें। अनटैंगल्ड वर्म मॉड्यूल में कीड़े की पहचान करने के लिए उपयोग किए जाने वाले प्रशिक्षण सेट को लोड करने के लिए अपनी सेटिंग्स खोलने के लिए अनटैंगल्ड वर्म मॉड्यूल का चयन करें।फिर प्रशिक्षण सेट फ़ाइल नाम की पहचान करें। अपलोड फ़ाइल आइकन का चयन करें और पूरक फ़ाइल भी अपलोड करें। ऊपरी बाएं कोने में छवियों मॉड्यूल का चयन करके छवियों को अपलोड करें।और फिर ठीक से नामित छवियों को खींचें और छोड़ें। छवियों का विश्लेषण करने से पहले, वांछित आउटपुट फ़ोल्डर का चयन करें जिसका उपयोग प्रोग्राम के निचले बाएं कोने के पास स्थित आउटपुट सेटिंग्स बटन पर क्लिक करके परिणामों को संग्रहीत करने के लिए किया जाएगा। फिर वांछित आउटपुट स्थान चुनने के लिए डिफ़ॉल्ट आउटपुट के दाईं ओर फ़ोल्डर आइकन का चयन करें।छवि विश्लेषण शुरू करने के लिए विश्लेषण छवियों आइकन का चयन करें। यदि विश्लेषण को पूरा होने में बहुत अधिक समय लगता है और एक एकल छवि को संसाधित करने में अटक जाता है, तो रन को निरस्त करें और आउटपुट फ़ोल्डर के माध्यम से सॉर्ट करके असंसाधित छवि की पहचान करें, और यह देखते हुए कि कौन सा छवि नाम नहीं मिला है। पूर्ण विश्लेषण के बाद, सॉफ़्टवेयर परिणामों को एक एक्सेल स्प्रेडशीट में व्यवस्थित करेगा जिसमें कॉलम एन में अलग-अलग कीड़े होते हैं, और कॉलम में समुच्चय की संबंधित संख्या K.सेलप्रोफ़ाइलर से आउटपुट सीएसवी फ़ाइल से डेटा को आसानी से व्यवस्थित करने के लिए मेटाडेटा आयोजक डाउनलोड करें।विंडोज ओएस के लिए, डाउनलोड की गई फ़ाइल का पता लगाएं और इसे वांछित स्थान पर निकालें। gui_Windowsos_64x नाम के निकाले गए फ़ोल्डर की स्थिति जानें और खोलें। और जीयूआई एप्लिकेशन आइकन पर क्लिक करके एप्लिकेशन लॉन्च करें।एक प्रॉम्प्ट चलाने की अनुमति का अनुरोध करते हुए खोल सकता है। अधिक जानकारी का चयन करें और फिर वैसे भी रन पर क्लिक करें। मेटाडेटा आयोजक अब सेलप्रोफाइलर आउटपुट सीएसवी फ़ाइलों को खींचने और छोड़ने के लिए तैयार है।मैक ओएस के लिए, डाउनलोड की गई फ़ाइल की स्थिति जानें और फ़ाइल मेटाडेटा आयोजक एप्लिकेशन फ़ाइल निकालें। डाउनलोड में मिले निकाले गए फ़ोल्डर को खोलें। जीयूआई एप्लिकेशन पर राइट क्लिक करें और ओपन का चयन करें।एक प्रॉम्प्ट आधिकारिक लाइसेंस की कमी के कारण खोलने की अनुमति मांगते हुए दिखाई देगा। खोलें का चयन करें। एक बार जब आपका मेटाडेटा आयोजक एप्लिकेशन संबंधित ओएस में खुला हो जाता है, तो अपनी फ़ाइलों को यहां अपलोड करने पर क्लिक करें, या वांछित सेलप्रोफाइलर सीएसवी फ़ाइलों को खींचें और छोड़ दें।व्यवस्थित बटन पर क्लिक करें, जो उपयोगकर्ता को डाउनलोड फ़ाइल बटन के साथ एक नई स्क्रीन पर लाएगा। बटन पर क्लिक करें और आउटपुट फ़ाइल को सहेजने के लिए वांछित स्थान का चयन करें। आउटपुट फ़ाइल फ़ाइल नाम में जोड़े गए एक्सटेंशन _organized साथ मूल फ़ाइल नाम के रूप में दिखाई देगी।एफयूडीआर की उपस्थिति में, विभिन्न बैक्टीरिया को खिलाए गए कीड़े के शरीर का आकार अधिक सुसंगत था जो अधिक समान और सटीक कृमि का पता लगाने की अनुमति देता था, इस प्रकार भीड़भाड़ की समस्या को हल करता था। कीड़े को ठंडा करने से पृष्ठभूमि प्रतिदीप्ति को खत्म करके पॉलीक्यू कुल पहचान में सुधार हुआ, साथ ही मैनुअल गिनती की तुलना में स्वचालित गिनती की सटीकता भी। उल्टे ब्राइटफील्ड रोशनी का उपयोग पूरे सी.एलिगेंस और जीएफपी चैनल को पॉलीक्यू वाईएफपी समुच्चय की छवि का पता लगाने के लिए किया गया था।प्रत्येक कीड़े के लिए वर्म डिटेक्शन, अनटैंगलिंग और कुल मात्रा का ठहराव एक अनुकूलित सेलप्रोफाइलर इमेज प्रोसेसिंग पाइपलाइन को लागू करके किया गया था, जो प्रति व्यक्तिगत कृमि समुच्चय की संख्या प्राप्त करने की अनुमति देता है। स्वचालित कुल मात्रा का ठहराव की प्रभावकारिता और सेलप्रोफाइलर पाइपलाइन का उपयोग करके के बीच का अंतर न्यूनतम था, यह दर्शाता है कि स्वचालित विधि को बड़े पैमाने पर स्क्रीन पर लागू किया जा सकता है। परीक्षण किए गए 90 जीवाणु उपभेदों में से, एक उम्मीदवार के साथ सी.एलिगेंस आंत के उपनिवेशीकरण ने समुच्चय की संख्या में महत्वपूर्ण कमी देखी।मैनुअल गिनती द्वारा पुष्टि प्रयोगों से पता चला है कि म्यूटेंट में से कोई भी, जिसमें समुच्चय की संख्या में काफी कमी आई है, ने पॉलीक्यू एकत्रीकरण को प्रभावित किया। शोधकर्ता जो इस ढांचे का उपयोग करने का निर्णय लेते हैं, उन्हें समझना चाहिए कि उल्लिखित चरण पूर्ण नहीं हैं। संशोधन और सेलप्रोफ़ाइलर में हेरफेर करने के तरीके की मौलिक समझ सफलता के लिए आवश्यक है।पॉलीक्यू एकत्रीकरण की पुष्टि करने के लिए पश्चिमी सोख्ता जैसे अतिरिक्त जैव रासायनिक दृष्टिकोण का उपयोग किया जा सकता है।

Research

JoVE Journal

Biology

Automating Aggregate Quantification in Caenorhabditis elegans

Isolation and In vitro Activation of Caenorhabditis elegans Sperm

Isolation and In vitro Activation of Caenorhabditis elegans Sperm

अलगाव और इन विट्रो में सक्रियकरण Caenorhabditis एलिगेंस शुक्राणु

Males and hermaphrodites are the two naturally found sexual forms in the nematode C. elegans. The amoeboid sperm are produced by both males and ...

Solid Plate-based Dietary Restriction in Caenorhabditis elegans

Solid Plate-based Dietary Restriction in Caenorhabditis elegans

ठोस आधारित प्लेट आहार प्रतिबंध में Caenorhabditis एलिगेंस</em

Reduction of food intake without malnutrition or starvation is known to increase lifespan and delay the onset of various age-related diseases in a wide ...

Time-lapse Microscopy of Early Embryogenesis in Caenorhabditis elegans

Time-lapse Microscopy of Early Embryogenesis in Caenorhabditis elegans

समय चूक प्रारंभिक Embryogenesis में माइक्रोस्कोपी Caenorhabditis एलिगेंस

Caenorhabditis elegans has often been used as a model system in studies of early developmental processes.  The transparency of the 
embryos, the genetic ...

Basic Caenorhabditis elegans Methods: Synchronization and Observation

Basic Caenorhabditis elegans Methods: Synchronization and Observation

बुनियादी<em&gt; Caenorhabditis एलिगेंस</em&gt; तरीके तुल्यकालन और निरीक्षण:

Research into the molecular and developmental biology of the nematode Caenorhabditis elegans was begun in the early seventies by Sydney Brenner and it has ...

Prostaglandin Extraction and Analysis in Caenorhabditis elegans

Prostaglandin Extraction and Analysis in Caenorhabditis elegans

में प्रोस्टाग्लैंडीन निष्कर्षण और विश्लेषण<em&gt; Caenorhabditis एलिगेंस</em

Caenorhabditis elegans is emerging as a powerful animal model to study the biology of lipids1-9. Prostaglandins are an important class of eicosanoids, ...

Observation and Quantification of Telomere and Repetitive Sequences Using Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) with PNA Probes in Caenorhabditis elegans

Observation and Quantification of Telomere and Repetitive Sequences Using Fluorescence In Situ Hybridization FISH with PNA Probes in Caenorhabditis elegans

अवलोकन और टेलोमेर की मात्रा और दोहराव दृश्यों का उपयोग प्रतिदीप्ति<em&gt; बगल में</em&gt; संकरण (मछली) में PNA जांच के साथ<em&gt; Caenorhabditis एलिगेंस</em

Telomere is a ribonucleoprotein structure that protects chromosomal ends from aberrant fusion and degradation. Telomere length is maintained by telomerase ...

Cultivation of Caenorhabditis elegans in Three Dimensions in the Laboratory

Cultivation of Caenorhabditis elegans in Three Dimensions in the Laboratory

की खेती<em&gt; Caenorhabditis एलिगेंस</emप्रयोगशाला में तीन आयामों में&gt;

The use of genetic model organisms such as Caenorhabditis elegans has led to seminal discoveries in biology over the last five decades. Most of what we ...

Combined Nucleotide and Protein Extractions in Caenorhabditis elegans

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कैनोहैबडिटिस एलिगेंस में संयुक्त न्यूक्लियोटाइड और प्रोटीन निष्कर्षण

A single biological sample holds a plethora of information, and it is now common practice to simultaneously investigate several macromolecules to capture ...

Measurement of Oxygen Consumption Rates in Intact Caenorhabditis elegans

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अक्षुण्ण केनोहाब्दितिस एलीगेंस में ऑक्सीजन उपभोग दरों का मापन

Optimal mitochondrial function is critical for healthy cellular activity, particularly in cells that have high energy demands like those in the nervous ...

Quantifying Tissue-Specific Proteostatic Decline in Caenorhabditis elegans

Quantifying Tissue-Specific Proteostatic Decline in Caenorhabditis elegans

कैनोरहैब्डिटिस एलिगेंस में ऊतक-विशिष्ट प्रोटेओस्टेटिक गिरावट की मात्रा निर्धारित करना

The ability to maintain proper function and folding of the proteome (protein homeostasis) declines during normal aging, facilitating the onset of a ...